t畫XP(〇7. 01. 07|NBN) '）X (1-x陽n"bmosta"MCOlXP(〇7 .01. 07|TMC01) '）X (1-Xp咖bmMtatgrnXP(〇7. 01.〇7|GRN) '）X (1-Xp咖vcanXP(〇7. 01. 07 VCAN) ')X(1-X陽nobinostatPCMTiXP(〇7. 01. 07IPCMTl) ')X(1-X陽nobmostat E肌XP(〇7. 01. 07 |EIF5)'）X(1-Xp咖binostatmarcksXP(〇7. 01. 〇7|MARCK巧 '）=1-(1-1X0. 246。X(1-0. 3558X0. 231 9)X(1-0. 4073X0. 1956)X(1-0. 4669X0. 2234)X(1-0. 5269X0. 4415)X(1-0. 5254X0. 1910)X(1-0. 4983X0. 2109)X(1-0. 4：M4X0. 2667)X(1-0. 4187X0. 2092) = 0. 715869. 陽0巧獲得帕比司他的各個(gè)不良反應(yīng)及其發(fā)生概率，篩選出概率大于1 %的不良反應(yīng)，共 得到339個(gè)高位語，其中包含了已知的140個(gè)高位語，其余的均可視為帕比司他潛在的不良 反應(yīng)（見表2)。
[007引表2:帕比司他的不良反應(yīng)評(píng)估結(jié)果（部分）表
[0074]
[007引 *已知：臨床上已發(fā)生且被記錄的藥物不良反應(yīng)滯在：臨床上還未發(fā)生或未被記 錄的藥物不良反應(yīng)。
[0076] 概率大于1%的不良反應(yīng)，即可將其視為目標(biāo)藥物潛在的不良反應(yīng)。從表2可W看 出，比如惡屯、與嘔吐癥狀，概率為0. 715869,大于1%，即判斷為目標(biāo)藥物潛在的不良反應(yīng)。
[0077] 盡管上面已經(jīng)示出和描述了本發(fā)明的實(shí)施例，可W理解的是，上述實(shí)施例是示例 性的，不能理解為對(duì)本發(fā)明的限制，本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員在不脫離本發(fā)明的原理和宗旨 的情況下在本發(fā)明的范圍內(nèi)可W對(duì)上述實(shí)施例進(jìn)行變化、修改、替換和變型。
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 一種基于權(quán)重網(wǎng)絡(luò)評(píng)估藥物不良反應(yīng)的方法，其特征在于，步驟為， (1) 從公共醫(yī)療數(shù)據(jù)庫中獲取藥物與藥物不良反應(yīng)的關(guān)系及關(guān)聯(lián)權(quán)重，構(gòu)建藥物-藥 物不良反應(yīng)關(guān)系網(wǎng)絡(luò)； (2) 從公共數(shù)據(jù)庫中獲取藥物與關(guān)鍵基因的關(guān)系及關(guān)聯(lián)權(quán)重，構(gòu)建藥物-基因關(guān)系網(wǎng) 絡(luò)； (3) 構(gòu)建基因-藥物不良反應(yīng)權(quán)重網(wǎng)絡(luò)；標(biāo)注基因-藥物不良反應(yīng)權(quán)重網(wǎng)絡(luò)中建模藥 物的集合為D=仉，02，…，DJ，基因的集合為G=叫，62，…，Gn}，藥物不良反應(yīng)的集合為 A= {Ai，A2，…，AJ ;將任意一對(duì)建模藥物與基因的關(guān)聯(lián)權(quán)重表示為wD(；，任意一對(duì)建模藥物 與藥物不良反應(yīng)的關(guān)聯(lián)權(quán)重表示為wDA; (4) 從提供蛋白質(zhì)相互作用或生化通路信息的數(shù)據(jù)庫或工具中獲取基因集合G中各基 因之間的關(guān)聯(lián)及關(guān)聯(lián)權(quán)重，將任意一對(duì)基因的關(guān)聯(lián)權(quán)重表不為w%; (5) 獲取藥物不良反應(yīng)集合A中各不良反應(yīng)之間的關(guān)聯(lián)及關(guān)聯(lián)權(quán)重，將任意一對(duì)不良 反應(yīng)的關(guān)聯(lián)權(quán)重表不為wAA; (6) 獲取目標(biāo)藥物調(diào)控的關(guān)鍵基因即目標(biāo)基因，將此集合表示為Gtgt= {G u心，… ，GJ (I, e公，以及目標(biāo)藥物對(duì)目標(biāo)基因的調(diào)控強(qiáng)度和調(diào)控方向，將任意一個(gè)調(diào)控強(qiáng)度表示 為 XDG; (7) 計(jì)算基因 Gn (Gne G)，上調(diào)或下調(diào)，直接誘導(dǎo)藥物不良反應(yīng)A" (A"e A)發(fā)生的概率， 以P (Am | Gn)表不； (8) 計(jì)算加入基因之間和藥物不良反應(yīng)之間的關(guān)聯(lián)之后基因 Gn，上調(diào)或下調(diào)，誘導(dǎo)藥物 不良反應(yīng)A"發(fā)生的概率，即基@Gn，上調(diào)或下調(diào)，直接與間接誘導(dǎo)藥物不良反應(yīng)A"發(fā)生的概 率，以P(A」Gn)'表示； (9) 計(jì)算目標(biāo)基因集Gtgt，上調(diào)或下調(diào)，誘導(dǎo)藥物不良反應(yīng)A"發(fā)生的概率，以P (A " | Gtgt) 表示，計(jì)算公式如下：其中，xDtt代表目標(biāo)藥物D對(duì)基因 Gk的調(diào)控強(qiáng)度，P(A」Gk)'代表基因心，上調(diào)或下調(diào)， 直接與間接誘導(dǎo)藥物不良反應(yīng)A"發(fā)生的概率； (10) 根據(jù)計(jì)算出來的各個(gè)藥物不良反應(yīng)的發(fā)生概率篩選目標(biāo)藥物潛在的不良反應(yīng)。2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述基于權(quán)重網(wǎng)絡(luò)評(píng)估藥物不良反應(yīng)的方法，其特征在于，所述 步驟（1)中公共醫(yī)療數(shù)據(jù)庫包括但不限于DailyMed數(shù)據(jù)庫、副作用資源庫Side Effect Resource，SIDER〇3. 根據(jù)權(quán)利要求1所述基于權(quán)重網(wǎng)絡(luò)評(píng)估藥物不良反應(yīng)的方法，其特征在于，所述 步驟（2)中公共數(shù)據(jù)庫包括但不限于整合細(xì)胞指紋庫Library of Integrated Cellular Signatures，LINCS、比較毒理基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫 Comparative Toxicogenomics Database， CTD〇4. 根據(jù)權(quán)利要求1所述基于權(quán)重網(wǎng)絡(luò)評(píng)估藥物不良反應(yīng)的方法，其特征在于，所述步 驟（3)為以藥物為媒介，整合藥物-藥物不良反應(yīng)關(guān)系網(wǎng)絡(luò)和藥物-基因關(guān)系網(wǎng)絡(luò)，建立 基因-藥物-藥物不良反應(yīng)三邊關(guān)系，構(gòu)建基因-藥物不良反應(yīng)權(quán)重網(wǎng)絡(luò)，將該基因-藥 物不良反應(yīng)權(quán)重網(wǎng)絡(luò)中建模藥物的集合表示為D = ，…，DJ，基因的集合表示為G = {GdG，…，Gn}，藥物不良反應(yīng)的集合表示為A = {Ad A2，…，AJ，任意一對(duì)建模藥物與基因的 關(guān)聯(lián)權(quán)重表示為Wd(；，任意一對(duì)建模藥物與藥物不良反應(yīng)的關(guān)聯(lián)權(quán)重表示為wDA。5. 根據(jù)權(quán)利要求1所述基于權(quán)重網(wǎng)絡(luò)評(píng)估藥物不良反應(yīng)的方法，其特征在于，所述步 驟（4)中所述提供蛋白質(zhì)相互作用或生化通路信息的數(shù)據(jù)庫或工具包括但不限于STRING、 KEGG PATHWAY、GeneMANIA。6. 根據(jù)權(quán)利要求1所述基于權(quán)重網(wǎng)絡(luò)評(píng)估藥物不良反應(yīng)的方法，其特征在于，所述步 驟（6)中獲取8-12個(gè)目標(biāo)藥物調(diào)控的關(guān)鍵基因即目標(biāo)基因。7. 根據(jù)權(quán)利要求1所述基于權(quán)重網(wǎng)絡(luò)評(píng)估藥物不良反應(yīng)的方法，其特征在于，所述 步驟（7)為將與Gn關(guān)聯(lián)，包括使之上調(diào)與下調(diào)的建模藥物集合表示為{Dp D2，…，，同時(shí)與Gn，使之上調(diào)或下調(diào)，及A"關(guān)聯(lián)的建模藥物集合表示為D {Dl，肩P(A"jGn)的計(jì)算公式如下：其中，wDl(；n代表建模藥物D i與關(guān)鍵基因 G n之間的關(guān)聯(lián)權(quán)重，w DlAni代表建模藥物D i與不 良反應(yīng)Am之間的關(guān)聯(lián)權(quán)重，w Dj&1代表建_旲藥物D」與關(guān)鍵基因 G n之間的關(guān)聯(lián)權(quán)重，w DjA代表 建模藥物D]與任一相關(guān)不良反應(yīng)之間的關(guān)聯(lián)權(quán)重。8. 根據(jù)權(quán)利要求1所述基于權(quán)重網(wǎng)絡(luò)評(píng)估藥物不良反應(yīng)的方法，其特征在于，所述步 驟（8)為將與Gn關(guān)聯(lián)的基因集合表不為與A"關(guān)聯(lián)的藥物不良反應(yīng)集合表示為則的計(jì)算公式如下：其中，wSnSl代表基因 Gn與基因 G i之間的關(guān)聯(lián)權(quán)重，P(A代表基因&，上調(diào)或下調(diào)， 直接誘導(dǎo)藥物不良反應(yīng)A,發(fā)生的概率，w ΑηιΑ]代表藥物不良反應(yīng)A "與藥物不良反應(yīng)A ,之間 的關(guān)聯(lián)權(quán)重。9. 根據(jù)權(quán)利要求1所述基于權(quán)重網(wǎng)絡(luò)評(píng)估藥物不良反應(yīng)的方法，其特征在于，所述篩 選目標(biāo)藥物潛在的不良反應(yīng)為篩選發(fā)生概率大于1 %的藥物不良反應(yīng)作為目標(biāo)藥物潛在的 不良反應(yīng)。
【專利摘要】本發(fā)明公開了一種基于權(quán)重網(wǎng)絡(luò)評(píng)估藥物不良反應(yīng)的方法。依次構(gòu)建藥物-藥物不良反應(yīng)關(guān)系網(wǎng)絡(luò)、藥物-基因關(guān)系網(wǎng)絡(luò)和基因-藥物不良反應(yīng)權(quán)重網(wǎng)絡(luò)；分別獲取基因集合中各基因之間的關(guān)聯(lián)及關(guān)聯(lián)權(quán)重，藥物不良反應(yīng)集合中各不良反應(yīng)之間的關(guān)聯(lián)及關(guān)聯(lián)權(quán)重，目標(biāo)藥物調(diào)控的關(guān)鍵基因；再依次計(jì)算基因直接誘導(dǎo)藥物不良反應(yīng)發(fā)生的概率，加入基因之間和藥物不良反應(yīng)之間的關(guān)聯(lián)之后基因誘導(dǎo)藥物不良反應(yīng)發(fā)生的概率，目標(biāo)基因集誘導(dǎo)藥物不良反應(yīng)發(fā)生的概率；根據(jù)計(jì)算出來的各個(gè)藥物不良反應(yīng)的發(fā)生概率篩選目標(biāo)藥物潛在的不良反應(yīng)。在全基因組水平，定量化、網(wǎng)絡(luò)化描述基因與藥物不良反應(yīng)間的關(guān)聯(lián)，適用于多數(shù)常見的臨床藥物不良反應(yīng)。
【IPC分類】G06F19/12
【公開號(hào)】CN105279393
【申請(qǐng)?zhí)枴緾N201510653825
【發(fā)明人】紀(jì)志梁, 劉珂, 蔡梅春
【申請(qǐng)人】廈門大學(xué)
【公開日】2016年1月27日
【申請(qǐng)日】2015年10月12日