1.一種拷貝多核苷酸模板的方法,該方法包括:
在包含第一引物和第二引物的反應混合物中溫育該多核苷酸模板,其中:
第一引物包含第一區域和第二區域,其中第一引物的第二區域包含與該多核苷酸模板的第一部分互補的核苷酸序列;
第二引物包含第一區域和第二區域,其中第二引物的第二區域包含與配偶體核苷酸序列互補的核苷酸序列,其中該配偶體核苷酸序列與該多核苷酸模板的第二部分互補;并且
在該多核苷酸模板與第一引物和第二引物一起溫育時,形成至少一條多聯體鏈,其中該多聯體鏈包含5’端和3’端,并且包含具有5’至3’方向的通用結構C’-T-C’-T-X-C’的核苷酸序列,其中:C’表示第二引物的第一區域的核苷酸序列,T表示該多核苷酸模板的核苷酸序列或其類似序列,且X表示任何數目和序列的核苷酸。
2.如權利要求1所述的方法,其中所述多聯體鏈是第一多聯體鏈,并且其中在所述多核苷酸模板與第一引物和第二引物一起溫育時,還形成了第二多聯體鏈,其中第二多聯體鏈包含5’端和3’端,并且包含具有5’至3’方向的通用結構C-X’-T’-C-T’-C的核苷酸序列,其中:C表示第一引物的第一區域的核苷酸序列,T’表示與多核苷酸模板互補的核苷酸序列,且X’表示與X的核苷酸序列互補的核苷酸序列。
3.如權利要求1所述的方法,其中X含有具有5’至3’方向的通用結構[(C’-T)N]的序列,其中C’表示第二引物的第一區域的核苷酸序列,T表示多核苷酸模板的核苷酸序列或其類似序列,且N為0至1000之間的任何整數。
4.如權利要求1所述的方法,其中X表示0個核苷酸。
5.如權利要求1所述的方法,其中所述反應混合物進一步包含具有鏈置換活性的DNA聚合酶。
6.如權利要求5所述的方法,其中所述反應混合物進一步包含逆轉錄酶。
7.如權利要求1所述的方法,其中所述多核苷酸模板是RNA分子。
8.如權利要求7所述的方法,其中T表示與所述多核苷酸模板的RNA序列類似的DNA序列的核苷酸序列。
9.如權利要求1所述的方法,其中所述多核苷酸模板包含雙鏈核酸模板的一條鏈。
10.如權利要求1所述的方法,其中在所述反應混合物的溫育過程中,反應混合物的溫度不超過80℃。
11.如權利要求1所述的方法,其中所述第一引物的第一區域含有4至25個核苷酸。
12.如權利要求1所述的方法,其中所述第一引物的第一區域和所述第二引物的第一區域含有相同數目的核苷酸。
13.如權利要求1所述的方法,其中所述多核苷酸模板含有10至1000個核苷酸。
14.如權利要求1所述的方法,其中所述反應混合物進一步包含核酸染料。
15.如權利要求1所述的方法,其中在該方法開始后60分鐘內,所述反應混合物中的多核苷酸模板的拷貝數增加至少10倍。
16.一種測定生物樣品中的靶多核苷酸模板的方法,該方法包括:
A)在包含第一引物和第二引物的反應混合物中溫育該生物樣品或其部分,其中:
第一引物包含第一區域和第二區域,其中第一引物的第二區域包含與該多核苷酸模板的第一部分互補的核苷酸序列;
第二引物包含第一區域和第二區域,其中第二引物的第二區域包含與配偶體核苷酸序列互補的核苷酸序列,其中該配偶體核苷酸序列與多核苷酸模板的第二部分互補;并且
在多核苷酸模板與第一引物和第二引物一起溫育時,形成至少一條多聯體鏈,其中該多聯體鏈包含5’端和3’端,并且包含具有5’至3’方向的通用結構C’-T-C’-T-X-C’的核苷酸序列,其中:C’表示第二引物的第一區域的核苷酸序列,T表示多核苷酸模板的核苷酸序列或其類似序列,且X表示任何數目和序列的核苷酸;以及
B)在A)的溫育步驟開始后在一個或多個點測量A)的反應混合物中擴增的核酸的量。
17.如權利要求16所述的方法,其中測量反應混合物中擴增的核酸的量包括確定反應混合物中的熒光的水平。
18.如權利要求16所述的方法,其進一步包括確定反應混合物中的核酸擴增的轉變時間。
19.如權利要求16所述的方法,其中所述生物樣品或其部分來自人。
20.一種生成包含雙鏈核酸模板的至少兩個拷貝的多聯體的方法,該方法包括:
在反應混合物中溫育至少第一模板分子和第二模板分子,其中:
第一模板分子包含第一核酸鏈和第二核酸鏈,其中:
第一模板分子的第一核酸鏈包含具有5’至3’方向的通用結構H’-S-Y1-H’的核苷酸序列,其中:H’表示第一同源序列的核苷酸序列,S表示雙鏈核酸模板的第一鏈的核苷酸序列,且Y1表示任何數目和序列的核苷酸;并且
第一模板分子的第二核酸鏈包含具有5’至3’方向的通用結構H-Y1’-S’-H的核苷酸序列,其中:H表示第二同源序列的核苷酸序列,其中第一同源序列與第二同源序列彼此互補,Y1’表示與Y1的核苷酸序列互補的核苷酸序列,且S’表示雙鏈核酸模板的第二鏈的核苷酸序列,其中雙鏈核酸模板的第一鏈和第二鏈彼此互補;并且
第二模板分子包含第一核酸鏈和第二核酸鏈,其中:
第二模板分子的第一核酸鏈包含具有5’至3’方向的通用結構H’-S-Y2-H’的核苷酸序列,其中:H’表示第一同源序列的核苷酸序列,S表示雙鏈核酸模板的第一鏈的核苷酸序列,且Y2表示任何數目和序列的核苷酸;且
第一模板分子的第二核酸鏈包含具有5’至3’方向的通用結構H-Y2’-S’-H的核苷酸序列,其中:H表示第二同源序列的核苷酸序列,Y2’表示與Y2的核苷酸序列互補的核苷酸序列,且S’表示雙鏈核酸模板的第二鏈的核酸序列;并且
在反應混合物中的第一模板分子與第二模板分子一起溫育時,形成包含雙鏈核酸模板的至少兩個拷貝的至少一個多聯體,其中該多聯體包含第一多聯體鏈和第二多聯體鏈,其中第一多聯體鏈包含5’端和3’端,并包含具有5’至3’方向的通用結構H’-S-Y2-H’-S-Y1-H’的核苷酸序列,其中H’、Y1、S和Y2中的每一個均表示如上所述的核苷酸序列;并且其中第二多聯體鏈包含5’端和3’端,并包含具有5’至3’方向的通用結構H-Y1’-S’-H-Y2’-S’-H的序列,其中,H’、Y1、S和Y2中的每一個均表示如上所述的核苷酸序列。
21.如權利要求20所述的方法,其中Y1和Y2中的至少一個表示0個核苷酸。
22.如權利要求21所述的方法,其中Y1和Y2均表示0個核苷酸。
23.如權利要求20所述的方法,其中Y1含有具有5’至3’方向的通用結構[(H’-S)N1]的序列,其中H’表示第一同源序列的核苷酸序列,S表示雙鏈核酸模板的第一鏈的核苷酸序列,且N1是0至2000之間的任何整數。
24.如權利要求20所述的方法,其中Y1含有具有5’至3’方向的通用結構[(H’-S)N1]的序列,其中H’表示第一同源序列的核苷酸序列,S表示雙鏈核酸模板的第一鏈的核苷酸序列,且N1是0至2000之間的任何整數,并且其中Y2含有具有5’至3’方向的通用結構[(H’-S)N2]的序列,其中H’表示第一同源序列的核苷酸序列,S表示雙鏈核酸模板的第一鏈的核苷酸序列,且N2是0至2000之間的任何整數。
25.如權利要求24所述的方法,其中N1和N2是不同的整數。
26.如權利要求25所述的方法,其中N1為0,且N2是1至2000之間的整數。
27.如權利要求20所述的方法,其中第一模板分子和第二模板分子均為雙鏈DNA分子。
28.如權利要求20所述的方法,其中第一同源序列含有4至25個核苷酸。
29.一種生成包含雙鏈核酸模板的兩個或更多個拷貝的多聯體的方法,該方法包括:
(A)在使得合成與雙鏈核酸模板的第一鏈退火的第一引物的第一拷貝的延伸產物的條件下,用第一引物的第一拷貝和聚合酶處理包含雙鏈核酸模板的一級雙鏈核酸,
其中
第一引物包含5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及兩個區域:
(i)尾區,其包含:
(a)引物的5’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在5’末端核苷酸的下游
(c)5’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,以及
(ii)模板結合區,其包括
(a)引物的3’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在3’末端核苷酸的上游
(c)3’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,并且
第一引物的第一拷貝的模板結合區與雙鏈核酸模板的第一鏈退火,
(B)在使得合成與步驟(A)的第一引物的第一拷貝的延伸產物退火的第二引物的延伸產物的條件下,用第二引物和聚合酶處理步驟(A)的第一引物的第一拷貝的延伸產物,
其中
第二引物包含5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及兩個區域:
(i)尾區,其包含
(a)引物的5’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在5’末端核苷酸的下游
(c)5’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,以及
(ii)模板結合區,其包含
(a)引物的3’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在3’末端核苷酸的上游
(c)3’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,
第二引物的尾區包含與第一引物的尾區的核苷酸序列互補的核苷酸序列
第二引物的模板結合區與步驟(A)的第一引物的第一拷貝的延伸產物退火,并且
第二引物的延伸產物含有5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及包含3’末端核苷酸的3’末端區,其中該3’末端區含有與在5’至3’方向讀取的第二引物的尾區的核苷酸序列相同的核苷酸序列,且該3’末端區的最后的核苷酸是第二引物的延伸產物的3’末端核苷酸,
(C)在使得合成與步驟(B)的第二引物的延伸產物退火的第一引物的第二拷貝的延伸產物的條件下,用第一引物的第二拷貝和聚合酶處理步驟(B)的第二引物的延伸產物,以產生包含步驟(B)的第二引物的延伸產物和第一引物的第二拷貝的延伸產物的二級核酸的第一拷貝,
其中
第一引物的第二拷貝的延伸產物含有5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及包含3’末端核苷酸的3’末端區,其中該3’末端區含有與在5’至3’方向讀取的第一引物的尾區的核苷酸序列相同的核苷酸序列,并且該3’末端區的最后的核苷酸是第二引物的延伸產物的3’末端核苷酸,
(D)將至少步驟(C)重復另外一次或多次以生成步驟(C)的二級核酸的至少第二拷貝,
(E)在使得二級核酸的第一拷貝的第一引物的第二拷貝的延伸產物的3’末端區與二級核酸的第二拷貝的第二引物的延伸產物的3’末端區退火的條件下,處理步驟(C)的二級核酸的第一拷貝以及步驟(D)的二級核酸的第二拷貝,以產生包含二級核酸的第一拷貝的第一引物的第二拷貝的延伸產物以及二級核酸的第二拷貝的第二引物的延伸產物的交換結構,
(F)在使得合成二級核酸的第一拷貝的第一引物的第二拷貝的延伸產物的延伸產物以及合成二級核酸的第二拷貝的第二引物的延伸產物的延伸產物的條件下,用聚合酶處理步驟(E)的交換結構,以產生包含步驟(A)的雙鏈核酸模板的兩個拷貝的多聯體,其中該多聯體包含二級核酸的第一拷貝的第一引物的第二拷貝的延伸產物的延伸產物以及二級核酸的第二拷貝的第二引物的延伸產物的延伸產物。
30.如權利要求29所述的方法,其中步驟(A)的核酸聚合酶是具有鏈置換活性的DNA聚合酶。
31.如權利要求29所述的方法,其中該方法的所有步驟均在不高于80℃的溫度下進行。
32.如權利要求29所述的方法,其中兩個或更多個步驟同時進行。
33.一種生成包含多核苷酸模板或其類似序列的兩個或更多個拷貝的多聯體的方法,該方法包括,
(A)在使得合成與多核苷酸模板退火的第一引物的第一拷貝的延伸產物的條件下,用第一引物的第一拷貝和聚合酶處理包含多核苷酸模板的一級核酸,
其中
第一引物包含5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及兩個區域:
(i)尾區,其包含
(a)引物的5’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在5’末端核苷酸的下游
(c)5’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,以及
(ii)模板結合區,其包括
(a)引物的3’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在3’末端核苷酸的上游
(c)3’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,并且第一引物的第一拷貝的模板結合區與多核苷酸模板退火,
(B)在使得合成與步驟(A)的第一引物的第一拷貝的延伸產物退火的第二引物的延伸產物的條件下,用第二引物和聚合酶處理步驟(A)的第一引物的第一拷貝的延伸產物,
其中
第二引物包含5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及兩個區域:
(i)尾區,其包含
(a)引物的5’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在5’末端核苷酸的下游
(c)5’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸
(ii)模板結合區,其包含
(a)引物的3’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在3’末端核苷酸的上游
(c)3’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,
第二引物的尾區包含與第一引物的尾區的核苷酸序列互補的核苷酸序列,
第二引物的模板結合區與步驟(A)的第一引物的第一拷貝的延伸產物退火,并且
第二引物的延伸產物含有5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及包含3’末端核苷酸的3’末端區,其中該3’末端區含有與在5’至3’方向讀取的第二引物的尾區的核苷酸序列相同的核苷酸序列,且該3’末端區的最后的核苷酸是第二引物的延伸產物的3’末端核苷酸,
(C)在使得合成與步驟(B)的第二引物的延伸產物退火的第一引物的第二拷貝的延伸產物的條件下,用第一引物的第二拷貝和聚合酶處理步驟(B)的第二引物的延伸產物,以產生包含步驟(B)的第二引物的延伸產物和第一引物的第二拷貝的延伸產物的二級核酸的第一拷貝,
其中
第一引物的第二拷貝的延伸產物含有5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及包含3’末端核苷酸的3’末端區,其中該3’末端區含有與在5’至3’方向讀取的第一引物的尾區的核苷酸序列相同的核苷酸序列,并且該3’末端區的最后的核苷酸是第二引物的延伸產物的3’末端核苷酸,
(D)將至少步驟(C)重復另外一次或多次以生成包含步驟(B)的第二引物的延伸產物和步驟(C)的第一引物的第二拷貝的延伸產物的二級核酸的至少第二拷貝,
(E)在使得二級核酸的第一拷貝的第一引物的第二拷貝的延伸產物的3’末端區與二級核酸的第二拷貝的第二引物的延伸產物的3’末端區退火的條件下,處理步驟(C)的二級核酸的第一拷貝以及步驟(D)的二級核酸的第二拷貝,以產生包含二級核酸的第一拷貝的第一引物的第二拷貝的延伸產物以及二級核酸的第二拷貝的第二引物的延伸產物的交換結構,
(F)在使得合成二級核酸的第一拷貝的第一引物的第二拷貝的延伸產物的延伸產物以及合成二級核酸的第二拷貝的第二引物的延伸產物的延伸產物的條件下,用聚合酶處理步驟(E)的交換結構,以產生包含步驟(A)的多核苷酸模板的兩個拷貝的多聯體,其中該多聯體包含二級核酸的第一拷貝的第一引物的第二拷貝的延伸產物的延伸產物以及二級核酸的第二拷貝的第二引物的延伸產物的延伸產物。
34.如權利要求33所述的方法,其中步驟(A)的核酸聚合酶是DNA聚合酶。
35.如權利要求33所述的方法,其中步驟(A)的核酸聚合酶是逆轉錄酶。
36.如權利要求33所述的方法,其中該方法的所有步驟均在不高于80℃的溫度下進行。
37.如權利要求33所述的方法,其中兩個或更多個步驟同時進行。
38.一種用于生成包含雙鏈核酸模板的兩個或更多個拷貝的多聯體的方法,該方法包括,
(A)制備反應混合物,其包含:
(i)包含雙鏈核酸模板的一級核酸,
(ii)分離的核酸聚合酶,
(iii)第一引物,其包含5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及兩個區域:
(a)尾區,其包含
(1)引物的5’末端核苷酸
(2)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在5’末端核苷酸的下游
(3)5’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,以及
(b)模板結合區,其包括
(1)引物的3’末端核苷酸
(2)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在3’末端核苷酸的上游
(3)3’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,
其中模板結合區與核酸模板的第一鏈互補
(iv)第二引物,其包含5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及兩個區域:
(a)尾區,其包含
(1)引物的5’末端核苷酸
(2)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在5’末端核苷酸的下游
(3)5’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,以及
(b)模板結合區,其包含
(1)引物的3’末端核苷酸
(2)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在3’末端核苷酸的上游
(3)3’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,并且
其中模板結合區與核酸模板的第二鏈互補,并且
其中第二引物的尾區含有與第一引物的尾區的核苷酸序列互補的核苷酸序列,以及
(B)在不高于80℃的溫度下將反應混合物溫育至少3分鐘。
39.一種用于生成包含多核苷酸模板的兩個或更多個拷貝的多聯體的方法,該方法包括,
(A)制備反應混合物,其包含:
(i)包含多核苷酸模板的核酸
(ii)分離的核酸聚合酶,
(iii)第一引物,其包含5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及兩個區域:
(a)尾區,其包含
(1)引物的5’末端核苷酸
(2)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在5’末端核苷酸的下游
(3)5’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,以及
(b)模板結合區,其包括
(1)引物的3’末端核苷酸
(2)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在3’末端核苷酸的上游
(3)3’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,并且
其中模板結合區與多核苷酸模板互補,
(iv)第二引物,其包含5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及兩個區域:
(a)尾區,其包含
(1)引物的5’末端核苷酸
(2)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在5’末端核苷酸的下游
(3)5’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,以及
(b)模板結合區,其包含
(1)引物的3’末端核苷酸
(2)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在3’末端核苷酸的上游
(3)3’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,并且
其中模板結合區與互補于多核苷酸模板的核苷酸序列互補,并且
其中第二引物的尾區含有與第一引物的尾區的核苷酸序列互補的核苷酸序列,以及
(B)在不高于80℃的溫度下將反應混合物溫育至少3分鐘。
40.如權利要求29-39中任一項所述的方法,其中在該方法開始后60分鐘內,所述雙鏈核酸模板或多核苷酸模板擴增至少10倍。
41.如權利要求29-39中任一項所述的方法,其中所述第一引物的尾區含有4至25個核苷酸。
42.一種容器,其包含在其中流體連通的:
第一引物,其中第一引物包含第一區域和第二區域,并且其中第一引物的第二區域包含與多核苷酸模板的第一部分互補的核苷酸序列;
第二引物,其中第二引物包含第一區域和第二區域,并且其中第二引物的第二區域包含與配偶體核苷酸序列互補的核苷酸序列,其中該配偶體核苷酸序列與核苷酸模板的第二部分互補;以及
至少一條多聯體鏈,其中該多聯體鏈包含5’端和3’端,并且包含具有5’至3’方向的通用結構C’-T-C’-T-X-C’的核苷酸序列,其中:C’表示第二引物的第一區域的核苷酸序列,T表示多核苷酸模板的核苷酸序列或其類似序列,且X表示任何數目和序列的核苷酸。
43.如權利要求42所述的容器,其中所述多聯體鏈是第一多聯體鏈,并且該容器進一步包含第二多聯體鏈,其中第二多聯體鏈包含5’端和3’端,并且包含具有5’至3’方向的通用結構C-X’-T’-C-T’-C的核苷酸序列,其中:C表示第一引物的第一區域的核苷酸序列,T’表示與多核苷酸模板互補的核苷酸序列,且X’表示與X的核苷酸序列互補的核苷酸序列。
44.如權利要求42所述的容器,其中X含有具有5’至3’方向的通用結構[(C’-T)N]的序列,其中C’表示第二引物的第一區域的核苷酸序列,T表示多核苷酸模板的核苷酸序列或其類似序列,且N為0至1000之間的任何整數。
45.如權利要求42所述的容器,其中X表示0個核苷酸。
46.一種容器,其包含在其中流體連通的:
(A)分離的核酸聚合酶,
(B)包含至少第一鏈的核酸模板,
(C)第一引物,其包含5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及兩個區域:
(i)尾區,其包含
(a)引物的5’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在5’末端核苷酸的下游
(c)5’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,以及
(ii)模板結合區,其包括:
(a)引物的3’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在3’末端核苷酸的上游
(c)3’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,
其中模板結合區與核酸模板的第一鏈互補,以及
(D)第二引物,其包含5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及兩個區域:
(i)尾區,其包含
(a)引物的5’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在5’末端核苷酸的下游
(c)5’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,以及
(ii)模板結合區,其包含
(a)引物的3’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在3’末端核苷酸的上游
(c)3’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,并且
其中模板結合區與互補于核酸模板的第一鏈的核苷酸序列互補,并且
其中第二引物的尾區含有與第一引物的尾區的核苷酸序列互補的核苷酸序列。
47.如權利要求42-46中任一項所述的容器,其中該容器包含具有鏈置換活性的DNA聚合酶。
48.如權利要求47所述的容器,其中該容器進一步包含逆轉錄酶。
49.如權利要求42所述的容器,其中所述多核苷酸模板是RNA分子。
50.如權利要求49所述的容器,其中T表示與所述多核苷酸模板的RNA序列類似的DNA序列的核苷酸序列。
51.如權利要求42所述的容器,其中所述多核苷酸模板是DNA分子。
52.如權利要求51所述的容器,其中所述多核苷酸模板包含雙鏈核酸模板的一條鏈。
53.如權利要求42所述的容器,其中所述第一引物的第一區域含有4至25個核苷酸。
54.如權利要求42所述的容器,其中所述第一引物的第一區域和所述第二引物的第一區域含有相同數目的核苷酸。
55.如權利要求46所述的容器,其中所述第一引物的尾區含有4至25個核苷酸。
56.如權利要求46所述的容器,其中所述第一引物的尾區和所述第二引物的第一區域含有相同數目的核苷酸。
57.如權利要求42-56中任一項所述的容器,其中該容器進一步包含核酸染料。
58.如權利要求42-57中任一項所述的容器,其中該容器進一步包含核苷酸和緩沖液。
59.如權利要求42-58中任一項所述的容器,其中該容器進一步包含來自受試者的生物樣品的至少一部分。
60.如權利要求59所述的容器,其中所述受試者是人。
61.一種試劑盒,其包含兩個或更多個流體隔離的器皿,該器皿共同包含:
第一引物,其中第一引物包含第一區域和第二區域,并且其中第一引物的第二區域包含與多核苷酸模板的第一部分互補的核苷酸序列;
第二引物,其中第二引物包含第一區域和第二區域,并且其中第二引物的第二區域包含與配偶體核苷酸序列互補的核苷酸序列,其中該配偶體核苷酸序列與核苷酸模板的第二部分互補;以及
分離的具有鏈置換活性的DNA聚合酶;其中:
第一引物的第一區域和第二引物的第一區域互補。
62.一種用于檢測包含至少第一鏈的感興趣的靶核酸的試劑盒,該試劑盒包含兩個或更多個流體隔離的器皿,該器皿共同包含:
(A)分離的具有鏈置換活性的DNA聚合酶,
(B)第一引物,其包含5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及兩個區域:
(i)尾區,其包含
(a)引物的5’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在5’末端核苷酸的下游
(c)5’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,以及
(ii)模板結合區,其包括
(a)引物的3’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在3’末端核苷酸的上游
(c)3’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,
其中模板結合區與靶核酸的第一鏈互補,以及
(C)第二引物,其包含5’末端核苷酸、3’末端核苷酸以及兩個區域:
(i)尾區,其包含
(a)引物的5’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在5’末端核苷酸的下游
(c)5’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,以及
(ii)模板結合區,其包含
(a)引物的3’末端核苷酸
(b)最內核苷酸,其中該最內核苷酸在3’末端核苷酸的上游
(c)3’末端核苷酸與最內核苷酸之間的中間部分,該中間部分包含一個或多個核苷酸,并且
其中模板結合區與互補于靶核酸的第一鏈的核苷酸序列互補,并且
其中第二引物的尾區含有與第一引物的尾區的核苷酸序列互補的核苷酸序列。
63.如權利要求61或62所述的試劑盒,其進一步包含逆轉錄酶。
64.如權利要求61所述的試劑盒,其中所述第一引物的第一區域含有4至25個核苷酸。
65.如權利要求62所述的試劑盒,其中所述第一引物的尾區含有4至25個核苷酸。
66.如權利要求61-65中任一項所述的試劑盒,其進一步包含含有感興趣的靶核酸的核苷酸序列的核酸。