一種基于快速突變y-str基因座的復(fù)合擴增體系、方法及應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及檢測人體基因組中具有多態(tài)性的遺傳標(biāo)記，特別是涉及基于快速突變 Y-STR基因座的復(fù)合擴增體系及其應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] Y-STR基因座是男性特有的Y染色體上的一類短串聯(lián)重復(fù)序列，遺傳方式為父系遺 傳，在法醫(yī)學(xué)中常用于父系親緣關(guān)系的鑒定、性犯罪案件調(diào)查以及現(xiàn)場生物檢材群體來源 推斷等方面。
[0003] 現(xiàn)在國際上廣泛應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)案件鑒定的Y-STR基因座約20個左右，以復(fù)合擴增 的商業(yè)試劑盒形式投入使用，如ThermoFisher公司的17位點Yf iler試劑盒。為了保證親權(quán) 鑒定的可行性，這些基因座的突變率很低，以保證進行親緣關(guān)系的鑒定時不會因為存在過 多突變而做出錯誤的排除結(jié)論。在大多數(shù)人群中，YfileH本系的多態(tài)性良好，可以滿足個人 識別和親權(quán)鑒定的標(biāo)準(zhǔn)。但對于一些地理區(qū)域較隔斷的種族，或經(jīng)歷了瓶頸效應(yīng)的群體來 說，Y染色體基因多態(tài)性較差，Y-STR檢驗的利用效率往往很低下。在這些人群中，Yf iler試 劑盒很難達到足夠的個人分辨力。
[0004] 此外，目前使用的Y-STR在法醫(yī)案件中一個很大缺陷是無法區(qū)分近親或直系親屬。 來自同一家系的男性個體除非發(fā)生基因突變，否則他們擁有同樣的Y-STR分型。當(dāng)男性嫌疑 人的近親或直系親屬也參與案件當(dāng)中時，常規(guī)的Y-STR檢驗往往無法確定這些親屬的參與 與否。
[0005] 為此，國外學(xué)者Kayser等重新對Y染色體進行掃描，發(fā)現(xiàn)新的Y-STR基因座，并進行 多態(tài)性調(diào)查。此外，他們還對新發(fā)現(xiàn)的Y-STR基因座進行父-子間突變率的調(diào)查。調(diào)查共涉及 186個Y-STR基因座，突變率變化范圍由（1 0-4~1 0-2)不等。他們從中挑選出了 13個突變率最 高的基因座（DYF387Sl、DYF399Sl、DYF403Sla/b、DYF404Sl、DYS449、DYS518、DYS526b、 0￥5547、0￥5570、0￥5576、0￥5612、0￥5626、0￥5627)，稱之為快速突變￥-5了1?基因座（1^口丨(117 Mutating Y-STR，RM Y-STR)，提出這些突變率很高的基因座雖不能用來進行親緣關(guān)系的鑒 定，但是在個人識別方面會大大提高人群的多態(tài)性，尤其對于來自同一家系的男性個體可 以更大程度地區(qū)分開來。
[0006] 但是這13個新發(fā)現(xiàn)的高突變率Y-STR基因座由于缺乏各個人群的基因頻率和突變 率等數(shù)據(jù)，還未投入實際應(yīng)用。并且單基因座的擴增、檢測會大大提高檢驗所需的成本和時 間。
【發(fā)明內(nèi)容】
[0007] 針對現(xiàn)有技術(shù)中的上述問題，本發(fā)明的主要目的在于提供一種基于快速突變Y-STR基因座的復(fù)合擴增體系、方法及應(yīng)用，針對這13個快速突變Y-STR基因座，在群體頻率調(diào) 查的基礎(chǔ)上分別設(shè)計引物，并按照特定的組合和引物濃度將這13個基因座融合在一個復(fù)合 反應(yīng)體系中，使13個基因座同時擴增和檢驗，應(yīng)用于檢驗過程時更方便快捷，分型結(jié)果清 晰，并能保證所有基因座檢驗的正確性、靈敏性及穩(wěn)定性，且具有極高的個體識別率。
[0008] 為了達到上述目的，本發(fā)明采用如下技術(shù)方案:一種基于快速突變Y-STR基因座的 復(fù)合擴增體系，包含13個基因座，具體如下：DYF387S1、DYF399S1、DYF403Sla/b、DYF404Sl、 0丫5449、0丫5518、0丫552613、0￥5547、0￥5570、0￥5576、0￥5612、0￥5626、0￥5627 ;其中擴增引物 對分別為：
[0009] DYF387S1 引物對：
[0010] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.1所示，
[0011] 下游引物R的序列如SEQIDN0.2所示；
[0012] DYF399S1 引物對：
[0013] 上游引物F的序列如SEQIDN0.3所示，
[0014] 下游引物R的序列如SEQ ID N0.4所示；
[0015] DYF403Sla/b 引物對：
[0016] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.5所示，
[0017] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.6所示；
[0018] DYF404S1 引物對：
[0019] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.7所示，
[0020] 下游引物R的序列如SEQ ID N0.8所示；
[0021] DYS449 引物對：
[0022] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.9所示，
[0023] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 10所示；
[0024] DYS518 引物對：
[0025] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.11所示，
[0026] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 12所示；
[0027] DYS526b 引物對：
[0028] 上游引物F的序列如SEQ ID NO. 13所示，
[0029] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 14所示；
[0030] DYS547 引物對：
[0031] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.15所示，
[0032] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 16所示；
[0033] DYS570 引物對：
[0034] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.17所示，
[0035] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 18所示；
[0036] DYS576 引物對：
[0037] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.19所示，
[0038] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.20所示；
[0039] DYS612 引物對：
[0040] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.21所示，
[0041 ] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.22所示；
[0042] DYS626 引物對：
[0043] 上游引物F的序列如SEQ ID NO.23所示，
[0044] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.24所示；
[0045] DYS627 引物對：
[0046] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.25所示，
[0047] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.26所示。
[0048] 作為進一步的優(yōu)選，所述13個基因座引物分別用6-FAM、VIC、NED或PET四種熒光素 記 D
[0049] 作為進一步的優(yōu)選，所述6-FAM熒光素標(biāo)記DYS612、DYF387S1和DYF403Sla/b，VIC 熒光素標(biāo)記 〇￥3576、0￥?39951、0￥5627和0￥552613，冊0熒光素標(biāo)記0￥?40451、0￥5626和 DYS547，PET 熒光素標(biāo)記 DYS570、DYS518 和 DYS449。
[0050]作為進一步的優(yōu)選，擴增引物對分別為：
[0051] DYF387S1 引物對：
[0052] F:57-FAM-tccattttacccctaacaagaaa-37 ,
[0053] R:57-gccacagtgtgagaagtgtga-37 ；
[0054] DYF399S1 引物對：
[0055] F:57-gaaccaagggaaatgtggaa-37 ,
[0056] R:57-VIC-ttaggattggacccaggaga-37 ；
[0057] DYF403Sla/b 引物對：
[0058] F:57-FAM-caaaattcatgtggataatgag-37 ,
[0059] R:57-gacagagcaggattccatcta-37 ；
[0060] DYF404S1 引物對：
[0061] F:57-NED-tcaaagggcttaagaaatttcaac-37 ,
[0062] R:57-gtggaacaattgcagtccatc-37 ；
[0063] DYS449 引物對：
[0064] F:57-gtctctcaagcctgttctatgaat-37 ,
[0065] R:57-PET-cctggaagtggagtttgctg-37 ；
[0066] DYS518 引物對：
[0067] F:57-ggcaacacaagtgaaactgc-37 ,
[0068] R:57-PET-tcttaccatgggtgatttctttc-37 ；
[0069] DYS526b 引物對：
[0070] F:57-VIC-