預測肝癌預后的組合物或試劑盒的制作方法
【專利說明】
[0001] 本申請是分案申請，其原申請的國際申請號為PCT/KR2010/006357，中國國家申請 號為201080069658. 8,申請日為2010年9月16日，發明名稱為"預測肝癌預后的組合物或 試劑盒以及預測肝癌預后的方法"。
技術領域
[0002] 本發明涉及一種用于預測肝癌預后的生物標志物。更具體而言，本發明涉及一種 預測肝癌預后的組合物或試劑盒及預測肝癌預后的方法。
【背景技術】
[0003] 肝癌已知是世界上最致命的癌癥之一。特別而言，據報道，在亞洲和撒哈拉以南的 非洲每年有至少約50萬人死于肝癌。肝癌大體上可以分為源于肝細胞本身的肝細胞癌和 從其他組織傳播到肝臟的轉移性肝癌。至少約90%的肝癌是肝細胞癌，通常將術語"肝癌" 理解為肝細胞癌。
[0004] 肝癌預后是指對肝癌患者的多種狀況的預估，例如從肝癌完全恢復的可能性、治 療后復發的可能性、診斷患有肝癌后患者存活的可能性等。其視不同條件（例如疾病的嚴 重程度、診斷點、治療進程等）而有所不同。肝癌僅在根據其預后來正確地使用各種治療方 法時能夠得到高效地治療。例如，對于被評估為預后良好的患者，有必要避免使用可能為患 者帶來嚴重副作用的危險治療方法（例如攻擊性的化學治療或手術、放射治療）而選擇相 對溫和、保守和安全的治療方法。另一方面，對于被評估為預后不佳的患者，為了延長生存 期或提高生存率，應當積極地進行化學治療或手術、諸如放射治療等治療方法。
[0005] 根據迄今為止已進行的研究可知，對于已發生進展的肝癌，其預后非常差，并且顯 示出自診斷起6個月內死亡、平均存活期僅為4個月的高致死率。但是，尺寸小于3cm的 肝癌卻具有良好的預后，已知其在不進行任何特殊治療時及在術后的1年內的生存率為 90%，5年內的生存率為約40%~50%。然而，用現有技術來精確地預估肝癌預后是非常困 難的。為了準確地預估預后，必須有一種將患者分類為各個風險組的分析方法。然而，迄今 為止，預后僅僅是根據診斷時的臨床病理學肝癌分期以及初步的外科手術治療來確定，并 不存在準確地預估肝癌預后的手段。
[0006] 常規的分析方法包括BCLC(巴塞羅那臨床肝癌）分期系統。該系統是通過在 對患者進行外科手術前確定患者的肝癌分期來將肝癌患者分類從而確定治療方法（肝 臟切除、肝臟移植或射頻消蝕等，視疾病分期而定）的系統（LlovertJM,BruC,Bruix J.Prognosisofhepatocellularcarcinoma:theBCLCstagingclassification.Semin LiverDis. 1999 ； 19 (3):329-338)〇
[0007] 然而，可惜的是，僅憑肝癌分期不能精確地確定每個肝癌患者的預后。因此，有必 要開發一種使用基因標志物來對肝癌患者的預后進行精確預測的技術。即，基于每位個體 患者的分期和預后結果來選擇被預期為對特定治療方法（例如，肝臟切除術）響應良好的 患者，并向這些患者提供所述治療，從而能夠改進肝癌患者的整體治療結果，并能夠預期產 生如節省醫療成本等社會經濟效應。
[0008]同時，對于UVRAG、NAMPT、STAT3、CIAP2、BHLHE41、MMP2、SESN2、HMGBl、SIRTl、 RPS19BP1、LAMP2、AGER、SESN3、ID2、TCF3、HMGB2、TP63、RAGE、KIAA1967、SATBl、RAPTOR、 SESNl、CCNG2、CDHl、FASLG、CASP3、BECNl、CDH2、TWISTl、MMP9、VEGF、ATG12、DIABLO、E2F1、 LAMPI、LC3、ATG7、TKT、AIFMl、BNIP3、ATG3、DRAM、ATG5、NNMT、PRKAAl、CASP8、ULKl、BCL2L1、 FAS、CSE1L、FRAP1、AKT1、BAX、BCL2、PTEN、CBS、XIAP等蛋白，它們在肝癌組織中的表達水 平或表達模式如何隨肝癌的分期而變化，以及如何能夠將它們用于根據分期來預測肝癌預 后，都是已知的。雖然在一些情況下已使用上述蛋白或一些編碼上述蛋白的基因來作為肝 癌預后的標志物，但是尚無使用它們來作為根據分期來進行肝癌預后的標志物的情況。
[0009] 在進行了有關預測肝癌預后的研究后，本發明人發現了表達水平和表達模式（根 據肝癌的分期）發生顯著變化的基因，并完成了本發明。
【發明內容】
[0010] 技術主題
[0011] 本發明所要解決的一個技術主題是提供一種用于預測肝癌預后的生物標志物，所 述生物標志物能夠（根據癌癥的分期）對預后進行預測。
[0012] 本發明所要解決的另一技術主題是提供一種用于預測肝癌預后的組合物或試劑 盒，所述組合物或試劑盒能夠（根據癌癥的分期）對預后進行預測。
[0013] 本發明所要解決的又一個技術主題是提供一種用于預測肝癌預后的方法，所述方 法可以用來（根據癌癥的分期）對預后進行預測。
[0014] 實現主題的方法
[0015] 本發明提供一種用于預測肝癌預后的生物標志物，優選是用于根據分期來預測肝 癌預后的生物標志物，所述生物標志物是選自下表1所列的基因和這些基因所編碼的蛋白 中的至少一種。
[0016] [表 1]
[0017]
[0019] 在上表中，NCBIGI(Geninfo標識符）是指由美國國家生物技術信息中心（NCBI) 提供的序列識別號，其由登錄號和版本號組成。
[0020] 在本發明中，"肝癌"包括源于肝細胞本身的肝細胞癌和從其他組織傳播到肝臟的 轉移性肝癌。優選的是，"肝癌"指肝細胞癌。
[0021] 在本發明中，"用于預測肝癌預后的標志物"是指基因標志物，其作為在肝癌出現 后預測肝癌預后的標準。該標志物具有顯著低的P值，其中所述P值根據所述標志物在具 有不同預后的患者的肝癌細胞和/或組織中的表達差異計算得到。優選的是，所述標志物 的P值小于〇. 05。
[0022] 此外，本發明提供用于預測肝癌預后的組合物或試劑盒，所述組合物或試劑盒包 含：對選自表1所示的組的一種或至少兩種基因中的每一種分別具有特異性的核酸，或對 所述基因編碼的蛋白有特異性的抗體；且所述組合物或試劑盒用于根據選自下述各組的一 個或多個組中的分期來預測肝癌預后：Al組{:門靜脈侵襲陰性患者組，患者處于BCLC(巴 塞羅那臨床肝癌）分期系統的〇期或A期，具有1個尺寸為5cm以下的腫瘤或3個以下的 尺寸為3cm以下的腫瘤}，A2組{:門靜脈侵襲陰性患者組，患者具有尺寸大于5cm的腫瘤}， B組{:門靜脈侵襲陰性患者組，患者處于BCLC分期系統的中期，具有多個尺寸大于3cm的 腫瘤或數量大于3的多個腫瘤}，或C組{:門靜脈侵襲陽性患者組，不論腫瘤尺寸和數量如 何}。
[0023] 所述至少兩種基因可以是至少三種、四種、五種、六種、七種或八種以上基因。
[0024] 優選的是，由基因組成的所述組可以是下表2所示的基因組成的組。
[0025] [表2]
[0026]
[0027] 更優選的是，由基因組成的所述組還可以包含下表3所示的基因。
[0028] [表3]
[0029]
[0030] 在上表2所示的基因中，⑶H1、ID2、MMP9、TCF3可以從表2中排除，并且可以進一 步包含在表3所示的基因的組中。
[0031] BCLC分類（S卩，圖1中所用的分類）是通過在對肝癌患者進行外科手術前確 定肝癌的分期來將肝癌患者分類從而確定治療方法（肝臟切除、肝臟移植或射頻消蝕 等，視分期而定）的系統（LlovertJM,BruC,BruixJ.Prognosisofhepatocellular carcinoma:theBCLCstagingclassification.SeminLiverDis. 1999 ; 19 (3):329-338)〇 在圖I中，體力狀態測試（PST)分為階段0~階段4。階段0是指體力無問題的情況；階段 1是指患者能夠進行輕度工作的情況；階段2是指患者不能工作但可以照料自己的情況； 階段3是指患者能夠有限地照料自己且日常生活的至少50%是在床上或椅上度過的階段； 階段4是指患者不能進行任何活動、不能照料自己且全天都在床上或椅上度過的情況。在 Okuda分期中，各期基于四種標準來確定，并根據癌的尺寸大于還是小于整個肝臟的50%、 根據是否存在腹水并根據膽紅素數值（小于或大于3mg/dL)和白蛋白數值（小于或大于 3g/dL)來將這些期分類為I期、II期、III期。Child-Pugh分級是評估肝硬化患者的肝功 的指數。評估了白蛋白值（>3. 5g/dL:1分；2. 8~3. 5g/dL:2分；〈2. 8g/dL:3分）、膽紅素 值（〈2.Omg/dL:1 分；2. 0 ~3.Omg/dL:2 分；>3.Omg/dL:3 分）、凝血酶原時間值（>50% :1 分；40%~50% :2分；〈40% :3分）、腹水的存在（無：1分；略有：2分；中等：3分）、腦病 分級（無：1分；不確定的脾氣變化、抑郁、震顫、嗜睡、講話緩慢且口齒不清、撲翼樣震顫、行 走困難：2分；肌肉僵直、失定向、意識錯亂、間歇性肌痛性痙攣、眼球震顫、昏迷、瞳孔散大、 去大腦動物姿勢：3分）等。6分以下為A類，7~9分為B類，10分以上為C類。
[0032] 以上預后能夠預示復發、存活或無病存活，并且可以作為進行了癌癥肝臟切除術 后的預后。"復發"指的是進行了癌癥肝臟切除術后的存活者的肝癌復發。"存活"是指在 癌癥肝臟切除術后5年內的存活率。無病存活是指進行癌癥肝臟切除術后無復發的存活。
[0033] 優選的是，所述組合物或試劑盒用于預測Al組的復發預后，并且所述基因是選自 下表4所示的基因或基因的組中的一種或多種。
[0034] [表4]
[0041] 優選的是，所述組合物或試劑盒用于預測Al組的存活預后，并且所述基因是選自 下表5所示的基因或基因的組中的一種或多種。
[0042] [表 5]
[0049] 優選的是，所述組合物或試劑盒用于預測Al組的無病存活預后，并且所述基因是 選自下表6所示的基因或基因的組中的一種或多種。
[0050] [表 6]
[0051]
[0054] 優選的是，所述組合物或試劑盒用于預測A2組的復發預后，并且所述基因是選自 下表7所示的基因或基因的組中的一種或多種。
[0055] [表 7]
[0056]
[0062] 優選的是，所述組合物或試劑盒用于預測A2組的存活預后，并且所述基因是選自 下表8所示的基因或基因的組中的一種或多種。
[0063] [表 8]
[0064]
[0070] 優選的是，所述組合物或試劑盒用于預測A2組的無病存活預后