3、羅丹明X異硫氰酸酯、磺酰羅丹明B、磺酰羅丹明101和磺酰羅丹明101的磺酰氯衍生物(得克薩斯紅);N，N，N’，N’-四甲基-6-羧基羅丹明(N, N, N’, N’ -tetramethyl-6-carboxyrhodamine) (TRMRA)；四甲基羅丹明、四甲基羅丹明異硫氰酸酯(TRITC);核黃素；玫紅酸和鑭系元素螯合衍生物、量子點、青色素和方酸。
[0017]如本文使用的，術語“氧化劑”或“氧化試劑”指大致上使信號發生劑失活的漂白劑。代表性氧化試劑包括活性氧物種、羥基、單線態氧、過氧化氫或例如過氧化氫、高錳酸鉀、重鉻酸鉀、水溴、碘-碘化鉀和叔丁基過氧化氫等臭氧。
[0018]在某些實施例中，用于處理和成像的方法包括:提供第一多個樣本和第二多個樣本；處理來自該第一多個樣本的至少一個樣本；對來自第一多個樣本的所述被處理樣本進行成像，同時處理來自第二多個樣本的至少一個樣本；以及然后對來自第二多個樣本的所述被處理樣本進行成像，同時可選地進一步處理來自第一多個樣本的樣本。在一些實施例中，多個樣本可包括一個或多個樣本組。在多個樣本包括兩個或更多樣本組的實施例中，這些樣本組可設置在距離彼此的一定距離處。組之間的距離可以是這樣的，其使得至少一個組的樣本可經受處理，同時另一個或多個樣本組被成像，或反之亦然。在一個實施例中，組中的樣本可采用陣列或任何不規則模式設置。
[0019]在某些實施例中，用于處理多個樣本并且對其成像的系統可包括樣本處理單元、圖像采集單元和樣本運送單元。在一個實施例中，該系統可包括兩個或更多圖像采集單元。樣本處理單元可配置成在成像之前或之后處理多個樣本中的一個或多個。在一個實施例中，圖像采集單元可在操作上耦合于樣本處理單元使得被處理樣本可使用圖像采集單元來成像。在一個實施例中，樣本運送單元可配置成將多個樣本中的一個或多個運輸到樣本處理單元、圖像采集單元或兩者。在一個示例中，樣本運送單元可配置成在樣本處理單元與圖像采集單元之間傳輸樣本。在另一個示例中，樣本運送單元可配置成將來自不同位點的樣本傳輸到樣本處理單元、圖像采集單元或兩者。例如，樣本運送單元可配置成將樣本從樣本倉庫傳輸到樣本處理單元，并且從樣本處理單元傳輸到圖像采集單元。在一些實施例中，系統可配置成處理來自多個樣本的至少一個樣本，同時對來自多個樣本的另一個樣本進行成像。在一個實施例中，樣本運送單元可采用傳送帶、機械臂、可移動樣本臺或其組合的形式。
[0020]在一些實施例中，樣本處理可包括多個步驟，其中每個步驟包括關聯的處理時間。樣本處理步驟的非限制性示例可包括染色、沖洗、漂白、應用成像溶液、可選地應用蓋玻片、可選地去除蓋玻片或其組合。對于樣本處理的多個步驟中的一個或多個還可包括關聯的孕育期。在一個示例中，應用染色劑的步驟可具有關聯的孕育期。在另一個示例中，樣本可在應用染色劑之后對于確定的時段被孕育以便為抗體與生物樣本中的分子結合提供足夠的時間。與一個或多個樣本處理步驟關聯的孕育期可進一步使樣本處理所需要的總時間增加。
[0021]如將意識到的，樣本處理和成像是系統中未同時進行的截然不同的操作步驟。在一個示例中，成像可在處理樣本之后進行。在另一個示例中，成像可既在處理樣本之前又在處理樣本之后進行。
[0022]在某些實施例中，系統和方法可通過規劃樣本處理和成像步驟使得與樣本處理單元、圖像采集單元或兩者關聯的個體閑置時間減少而使分子病理學系統的吞吐量增加。使樣本處理單元、圖像采集單元或兩者的閑置時間減少也可降低與系統操作關聯的成本。在一個實施例中，對于樣本處理單元和圖像采集單元的個體閑置時間可最小化。在一個示例中，在對多個樣本中的第一樣本和最后樣本進行成像之間與圖像采集單元關聯的閑置時間可以是大約O分鐘。在該示例中，可依次相繼對樣本進行成像而在兩個連續樣本之間沒有可測量時差。因此，調度或規劃樣本處理和成像步驟使得樣本處理單元和圖像采集單元對于最小時間量維持在閑置位置可使系統的吞吐量增加。
[0023]在某些實施例中，系統的吞吐量可通過樣本的最佳分組而提高，例如對樣本分組來實現最小完成時間。例如，可采集每個樣本的低放大圖像來確定每個樣本的掃描區，并且樣本然后可基于每個樣本的掃描區而分組到第一和第二多個樣本。使用掃描區，可對每個樣本預測掃描時間，并且可對第一和第二多個樣本分組使得每個組需要大約相同的掃描時間，即基于掃描區實現相等的批量大小。
[0024]在另一個示例中，樣本基于每個樣本的掃描區以及在樣本經受不同化驗的混合時關于這些化驗的信息而分組到第一和第二多個樣本。該組合信息用于預測批吞吐量，并且相應地對樣本分組。關于化驗的信息可包括:要進行什么化驗、將花多少輪以及總掃描區。
[0025]總時間=Σ [(掃描速率*tissue_area)+dye_colors的數量+輪數]
在某些實施例中，系統和方法可在進行任何處理之前通過對第一和第二多個圖像成像來獲得背景圖像而使分子病理學系統的吞吐量增加。
[0026]在某些實施例中，系統和方法可在處理之前、在處理另一樣本集時通過對第一或第二多個樣本進行成像來建立背景圖像而使分子病理學系統的吞吐量增加。
[0027]在一些實施例中，可同時或相繼處理多個樣本。該多個樣本也可采用相繼或同時方式成像。
[0028]在某些實施例中，同時處理多個樣本可包括并發地對一個或多個樣本進行處理步驟中的至少一個。同時處理多個樣本可使樣本處理單元和圖像采集單元的利用能夠最大化，并且減少總操作時間。在一個示例中，可同時對一個或多個樣本染色，用于一個或多個樣本的染色劑可以相同或不同。與染色步驟關聯的孕育期對于一個或多個樣本可以相同或不同。
[0029]在一些實施例中，多個樣本可分成兩個或更多的組。在這些實施例中，過程可以第一組的一個或多個樣本的染色開始。可同時處理組的樣本中的一些或全部。在處理之后，可對第一組的樣本進行成像。在對第一組的被處理樣本進行成像后，可處理來自第二樣本組的樣本。因此，如果第二組的樣本的處理時間小于或等于第一組的被處理樣本的累積成像時間，第二組的樣本可在對第一組樣本進行成像之后立即可用于成像。因此，樣本處理單元和圖像采集單元兩者可在多個樣本的第一樣本的處理與最后樣本的成像之間保持最小持續時間的閑置。
[0030]在某些實施例中，復用或復用分析可大體上指使用相同檢測機制來分析生物樣本中的多個靶向物。在分子成像中，可激發信號發生劑(例如，熒光團)并且可觀察獲得的信號(例如，熒光信號)并且采用數字信號(例如，數字化圖像)的形式記錄它。對于復用，可對使用合適的熒光濾波器而在樣本中結合的多個不同信號發生劑(如存在的話)重復相似規程。在一些實施例中，一系列探針可采用相繼方式與生物樣本接觸來獲得生物樣本的復用分析。在一些實施例中，一系列探針集(其在一個集中包括最多四個探針)可采用相繼方式與生物樣本接觸來獲得生物樣本的復用分析。
[0031]在復用應用中使用兩個樣本組的一個示例中，第一組樣本可傳輸到樣本處理單元用于處理(例如，用第一染色劑染色)。第一組樣本然后可傳輸到圖像采集單元用于成像。繼成像之后，第一組樣本可傳輸到處理單元用于用第二染色劑染色，并且然后傳輸回到圖像采集單元用于成像。因此，樣本可根據在復用應用中使用的染色劑的數量而多次在樣本處理單元與圖像采集單元之間傳輸。相似地，第二組樣本可根據染色劑數量而在樣本處理與圖像采集單元之間來回傳輸。
[0032]在一些實施例中，多個樣本可由樣本運送單元接收。樣本運送單元可包括可移動部分，其配置成在樣本處理單元與圖像采集單元之間傳輸樣本。在一個實施例中，樣本運送單元可配置成一次或多次地在樣本處理單元與圖像采集單元之間傳輸樣本。在一個示例中，樣本運送單元可能夠在樣本處理單元與圖像采集單元之間來回傳輸樣本。例如，在復用應用的情況下，對于第一染色劑，樣本可傳輸到樣本處理單元。接著，樣本可傳輸到圖像采集單元用于成像。隨后，樣本可傳輸到樣本處理單元用于使用不同的染色劑來第二輪染色。樣本可根據用于復用的染色劑數量而多次地在樣本處理單元與圖像采集單元之間來回傳輸。
[0033]在一個示例中，樣本可在物理上分成兩個或更多的組，其中每個組包括一個或多個樣本。這些組可設置或安置在樣本運送單元上使得可對一個組的樣本進行成像同時處理另一組的樣本。設置在樣本臺上的樣本的最佳數量對于個體樣本可基于成像時間與樣本處理時間的比率而確定。
[0034]圖1圖示集成樣本處理和成像系統10的示例。該系統10可以是自動分子病理學系統。該系統10可包括樣本處理單元12、圖像采集單元14和樣本運送單元16。樣本處理單元12可配置成在成像之前或之后處理樣本。在某些實施例中，樣本處理單元12可配置成進行一個或多個處理步驟，例如但不限于染色、沖洗、漂白或其組合。在一個實施例中，樣本運送單元16可配置成接收多個樣本。樣本運送單元16可向樣本處理單元12提供樣本。圖像采集單元14可配置成對樣本進行成像并且向信號處理單元18提供成像信號。成像信號可在信號處理單元18處處理和/或分析。信號處理單元18可在操作上耦合于顯示單元22來顯示被處理數據。
[0035]在一個實施例中，樣本運送單元16可以是系統10的圖像采集單元14的部分。在一個示例中，樣本運送單元16可以是圖像采集單元14的臺。例如，樣本運送單元16可以是顯微鏡臺。在該示例中，包括樣本處理和成像的操作可在顯微鏡臺上發生。在另一個示例中，樣本運送單元16可以是與圖像采集單元14分開的實體。在該示例中，樣本臺可以是在操作期間可在操作上耦合于圖像采集單元的電動臺。
[0036]在另一個實施例中，樣本運送單元16可以是與圖像采集單元14分開的實體，其配置成在操作上耦合于圖像采集單元14和樣本處理單元12。在某些實施例中，樣本運送單元16可配置成選擇性地將樣本傳輸到樣本處理單元12、圖像采集單元或兩者。在一個實施例中，樣本運送單元16可配置成將樣本從另一個位點(例如但不限于樣本倉庫)傳輸到樣本處理單元12、圖像采集單元或兩者。在另一個實施例中，樣本運送單元16可配置成在樣本采集單元12與圖像采集單元14之間來回傳輸樣本。在該實施例中，如果系統10采用兩個或更多圖像采集單元，樣本運送單元16可配置成在樣本處理單元與兩個或更多圖像采集單元之間傳輸樣本。在一個示例中，樣本運送單元16可配置成將樣本傳輸到樣本處理單元12以用于染色、沖洗和漂白步驟中的每個。樣本運送單元16可配置成在染色、沖洗或漂白步驟之前或之后將樣本傳輸到圖像采集單元14以用于成像。
[0037]樣本運送單元16可配置成經歷平移移動、旋轉移動或兩者。在一個實施例中，旋轉移動可包括擺動移動。在某些實施例中，樣本運送單元16可包括傳送帶、機械臂、可移動樣本臺或其組合。樣本運送單元16可配置成接收一個或多個樣本組。樣本運送單元可配置成將一個或多個樣本組設置在離散位點處，使得在圖像采集單元14處對來自一個組的樣本進行成像時，可在樣本處理單元12處處理來自另一個組的樣本。<