一種鑒定位于白菜a08染色體上的霜霉病抗性qtl的snp分子位點及其應用
【技術領域】
[0001] 本發明設及生物技術領域中一種鑒定位于白菜A08染色體上的霜霉病抗性WL的 SNP分子位點及其應用。
【背景技術】
[0002] 白菜類作物是我國栽培面積最大的蔬菜作物，在我國菜籃子工程中的作用舉足輕 重。而霜霉病是影響大白菜產量和品質的=大病害之一，大白菜的整個生育期均可發病，一 般使葉片變黃、干枯，嚴重了導致大白菜不結實或結實少，使品質和產量造成嚴重損失。生 產中通常使用殺菌劑進行霜霉病防治，不僅增加了生產成本，造成環境污染，還可能引起霜 霉菌生理小種的變異及病原菌的抗藥性。篩選抗病遺傳資源，培育抗病新品種是解決白菜 感霜霉病的根本途徑，也是目前白菜最重要的育種目標之一。
[0003] 在大白菜霜霉病的抗性遺傳研究方面，認為大白菜苗期對霜霉病的抗性屬顯性遺 傳(鈕屯、恪，1984)。基于BAS法獲得了與不結球白菜霜霉病抗性基因連鎖的RAPD標記，遺傳 距離為6.7cM(冷月強等，2007)。最近研究發現大白菜苗期霜霉病抗性具有數量性狀的遺傳 特征，存在一對顯性主效基因，并在一張高密度遺傳圖譜上定位了一個控制霜霉病苗期抗 性的主效OTL-化DW，并將其定位于A8染色體上的同工酶標記PGM與RAro標記K14-1030之間 2.9cM的置信區間，貢獻率達65.4% (Yu et al.2009)。也有研究發展了六個與大白菜苗期 霜霉病抗性緊密連瑣的分子標記化b062-Indel230、化b094-DraI787、Brb094-Aatn666、 化 b043-Bgin715、化 h019-SNP137 和 brul209(李慧等，2011)。
[0004] 在育種實踐及相關生物學研究的過程中，分子標記起著極其重要的作用。其在目 標資源篩選，定位調控特定農藝性狀的基因，基因聚合，品種鑒定等方面的應用越來越廣 泛。SNP屬于新一代分子標記，具有豐度高、檢測易實現自動化等特點。不同物種全基因組的 序列測定及比較表明，SNP在基因組上的分布極其豐富，相比于目前育種中常用的SSR標記 要廣泛得多。SNP突變率低，尤其處于編碼區的SNP是高度穩定的，其遺傳穩定性要比SSR等 遺傳標記高得多，遺傳分析或基因診斷時的重現性、準確性都優于SSR。
[000引基于KASP(競爭性等位基因特異性PCR)的SNPline基因分型檢測是英國LGC (Xaboratory of the Government Qiemist)有限公司開發的高通量SNP分型技術，其具有 準確、靈活、低成本、高通量的特點，目前已經成為國際上SNP分析的主流方法之一。該方案 的核屯、是KASP技術，即Competitive Allele-Specific PCR。運項技術是基于引物末端堿基 的特異匹配來對SNP分型W及檢測InDelsQnsertions and Deletions,插入和缺失）。
[0006]分子標記在基于分子標記輔助選擇(MAS)技術的抗性育種工作中起著越來越重要 的作用。然而與目的基因緊密連鎖的分子標記在應用過程中有可能受到遺傳背景的限制， 在不同的群體中需對親本的多態性進行檢測;此外，在減數分裂過程中，該類型的分子標記 仍然存在著因染色體發生交換而失去了與目的基因緊密連鎖關系的可能性，運使得在目的 基因鑒定過程中會出現錯選或漏選的情況化ayashi et al.,2006; Ingvardsen et al., 2008)。因此開發功能基因的分子標記顯得尤為重要。
【發明內容】
[0007] 本發明所要解決的技術問題是如何鑒別待測白菜是否為抗霜霉病的白菜。
[0008] 為了解決上述技術問題，本發明提供一種與白菜霜霉病抗性相關的SNP位點-A0817684339T/C位點，該位點位于A08染色體上第17684339位，其脫氧核巧酸為T或C。在本 申請中，該位點為序列表序列4中的第301位核巧酸。
[0009] 本發明根據上述SNP位點開發了A0817684339T/C位點在如下A-F任一中的應用：
[0010] A、在鑒別或輔助鑒別白菜霜霉病抗性中的應用；
[0011] B、在選育白菜霜霉病抗病品種中的應用；
[0012] C、白菜育種中的應用；
[001引D、預測白菜霜霉病抗性中的應用；
[0014] E、在制備鑒別或輔助鑒別白菜霜霉病抗性產品中的應用；
[0015] F、在制備預測白菜霜霉病抗性產品中的應用。
[0016] 本發明根據上述SNP位點還開發了檢測白菜基因組中A0817684339T/C位點的多態 性或基因型的物質在如下A-F任一中的應用：
[0017] A、在鑒別或輔助鑒別白菜霜霉病抗性中的應用；
[0018] B、在選育白菜霜霉病抗病品種中的應用；
[0019] C、白菜育種中的應用；
[0020] D、預測白菜霜霉病抗性中的應用；
[0021] E、在制備鑒別或輔助鑒別白菜霜霉病抗性產品中的應用；
[0022] F、在制備預測白菜霜霉病抗性產品中的應用。
[0023] 上述應用中，所述檢測白菜基因組中A0817684339T/C位點的多態性或基因型的物 質包括由引物1、引物2和引物3所組成的引物組。
[0024] 所述引物1為如下al)或曰2):
[0025] al)序列1所示的單鏈DNA分子。
[0026] a2)將al)限定的單鏈DNA分子進行一個或幾個堿基的缺失、插入和/或改變得到 的、與al)限定的單鏈DNA分子具有相同功能的單鏈DNA分子。
[0027] 所述引物2為如下bl)或b2):
[002引 bl)序列2所示的單鏈DNA分子。
[0029] b2)將bl)限定的單鏈DNA分子進行一個或幾個堿基的缺失、插入和/或改變得到 的、與b 1)限定的單鏈DNA分子具有相同功能的單鏈DNA分子。
[0030] 所述引物3為如下Cl)或c2):
[0031 ] cl)序列3所示的單鏈DNA分子。
[0032] c2)將Cl)限定的單鏈DNA分子進行一個或幾個堿基的缺失、插入和/或改變得到 的、與C1)限定的單鏈DNA分子具有相同功能的單鏈DNA分子。
[0033] 上述一個或幾個堿基的缺失、插入和/或改變為所述單鏈DNA分子3 '末端堿基之外 一個或幾個堿基的缺失、插入和/或改變。
[0034] 上述物質可W是引物組或含有引物組的試劑或試劑盒。
[0035] 本發明根據上述SNP位點還開發一種鑒別或輔助鑒別待測白菜是否為抗霜霉病白 菜的方法，包括如下步驟:檢測待測白菜基因組A0817684339T/C位點的多態性或基因型，若 所述待測白菜基因組A0817684339T/C位點的多態性或基因型為CC或TC,則所述待測白菜為 抗霜霉病白菜或候選抗霜霉病白菜;若所述待鑒別白菜基因組A0817684339T/C位點的多態 性或基因型為TT則所述待鑒別白菜為非抗霜霉病白菜或非候選抗霜霉病白菜。
[0036] 上述方法中，所述檢測待鑒別白菜基因組A0817684339T/C位點的多態性或基因型 的方法為如下（1)或(2):
[0037] (1)測序。
[0038] (2)用引物對待測白菜進行等位基因特異性PCR。
[0039] 所述引物由引物1、引物2和引物3組成。
[0040] 所述引物1為如下al)或曰2):
[0041 ] al)序列1所示的單鏈DNA分子。
[0042] a2)將al)限定的單鏈DNA分子進行一個或幾個堿基的缺失、插入和/或改變得到 的、與al)限定的單鏈DNA分子具有相同功能的單鏈DNA分子。
[0043] 所述引物2為如下bl)或b2):
[0044] bl)序列2所示的單鏈DNA分子。
[0045] b2)將bl)限定的單鏈DNA分子進行一個或幾個堿基的缺失、插入和/或改變得到 的、與b 1)限定的單鏈DNA分子具有相同功能的單鏈DNA分子。
[0046] 所述引物3為如下cl)或c2):
[0047] cl)序列3所示的單鏈DNA分子。
[0048] c2)將Cl)限定的單鏈DNA分子進行一個或幾個堿基的缺失、插入和/或改變得到 的、與C1)限定的單鏈DNA分子具有相同功能的單鏈DNA分子。
[0049] 上述一個或幾個堿基的缺失、插入和/或改變為所述單鏈DNA分子3'末端堿基之外 一個或幾個堿基的缺失、插入和/或改變。
[0050] 為了解決上述技術問題，本發明還提供了上述方法在下述1)-4)任一中的應用：
[0051 ] 1)在鑒別或輔助鑒別白菜霜霉病抗性中的應用；
[0052] 2)在選育白菜霜霉病抗病品種中的應用；
[0053] 3)白菜育種中的應用；