用于鑒別金華兩頭烏和杜洛克豬遺傳背景的分子標(biāo)記及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明設(shè)及一批豬基因組上的分子標(biāo)記，共計(jì)52個(gè)單核巧酸多態(tài)位點(diǎn)，具體是一 批能用于鑒別金華兩頭烏和杜洛克豬遺傳背景的分子標(biāo)記。
【背景技術(shù)】
[0002] 杜洛克、長白、大約克等3大國外品種因其生長速度、瘦肉率、飼料報(bào)酬等生產(chǎn)性 能較高，在目前養(yǎng)豬業(yè)中起主導(dǎo)地位。但引進(jìn)主流豬種存在肉質(zhì)不佳、繁殖率低、抗病抗逆 性狀不理想等弱點(diǎn)，如何在保持其高生長速度、高瘦肉率的前提下提升前述種質(zhì)性能，成為 國際豬育種界的主要研究課題。我國具有豐富的地方豬種資源，特別是我省的金華兩頭烏 和嘉興黑豬（太湖豬）因其具有肉質(zhì)優(yōu)、產(chǎn)仔率高的遺傳特性，成為國際注目的寶貴豬育種 素材。然而，地方品種的生長速度慢、瘦肉率和飼料轉(zhuǎn)化率等性能遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于外來品種，限制 了其在現(xiàn)代養(yǎng)豬生產(chǎn)中的應(yīng)用。如何綜合地方豬種與外來品種的優(yōu)點(diǎn)進(jìn)行生產(chǎn)利用，成為 養(yǎng)豬生產(chǎn)中亟待解決的問題。
[0003] 傳統(tǒng)育種依靠自然變異積累遺傳多樣性，依靠表型測定估計(jì)遺傳性能，育種改進(jìn) 速度慢，花費(fèi)巨大。要想進(jìn)一步突破遺傳進(jìn)展瓶頸，很大程度上需要依靠現(xiàn)代分子育種技術(shù) 手段。分子遺傳標(biāo)記為畜禽的早期遺傳評估、活體無法測定性狀的遺傳評估和遺傳力低性 狀的遺傳評估提供了新的方法，已在畜禽育種先進(jìn)國家的育種實(shí)踐中得到應(yīng)用，并顯出巨 大的優(yōu)越性。
[0004] 迄今為止，尚未將分子育種手段和傳統(tǒng)育種技術(shù)相結(jié)合進(jìn)行種質(zhì)創(chuàng)新的應(yīng)用，申 請人根據(jù)已有豬基因組序列，利用PCR-測序方法篩選出一批能鑒別金華兩頭烏和杜洛克 豬遺傳來源的分子標(biāo)記。為后續(xù)開展分子標(biāo)記輔助基因?qū)胴i育種技術(shù)研究，將金華豬肉 質(zhì)和毛色調(diào)控基因定向?qū)攵怕蹇素i，創(chuàng)制優(yōu)質(zhì)特色新種質(zhì)提供寶貴材料。
【發(fā)明內(nèi)容】
[0005] 本發(fā)明的目的在于克服現(xiàn)有的技術(shù)缺陷，發(fā)掘一批能夠用于鑒別金華兩頭烏和杜 洛克豬遺傳來源的分子標(biāo)記，開展分子標(biāo)記輔助育種，加快豬新品種選育進(jìn)度。
[0006] 本發(fā)明是52個(gè)在金華兩頭烏和杜洛克豬中呈現(xiàn)不同基因型的分子標(biāo)記，能用于 鑒別后代的遺傳背景，開展分子標(biāo)記輔助選種，更有效率地引入金華兩頭烏血緣，從而加快 新品種選育進(jìn)度。分子標(biāo)記由下述引物通過PCR擴(kuò)增金華兩頭烏和杜洛克純種豬耳組織 DNA各10頭，產(chǎn)物純化后經(jīng)測序篩選獲得：
[0007] 1)引物對名稱，CHR1-0. 6
[0008]正向引物：5'-TTTCTCTCTCCTCCCGTTGTCC-3'（沈Q ID NO :1)
[0009]反向引物：5,-GGATCTCGTCGTATCTGTCGTTGT-3'（沈Q ID NO :2)
[0010] 2)引物對名稱，CHR1-0. 8
[0011]正向引物：5'-GGCAGGTATGTGAGGGAGTAAG-3'（SEQID NO :3)
[0012] 反向引物：5, -CAACTGAAAGACAAGCAAGGGA-3,（SEQIDNO:4)
[0013] 3)引物對名稱，CHR2-0. 4
[0014]正向引物：5, -ATGACGCCAAGGACGCTATGAT-3,（沈QIDNO:5)
[0015]反向引物：5' -GAGGGCAGTCTTGGACCTTGTG-3'（沈QIDNO:6)
[0016] 4)引物對名稱，CHR2-0.8
[0017] 正向引物：5'-GTCACCCCATCTCCCTCATCA-3'（SEQIDNO:7)
[0018]反向引物：5'-GTTGGGAGGCTTTCTATTCACG-3'（沈QIDNO:8)
[001引w引物對名稱，CHR4-0. 1
[0020] 正向引物：5' -GAGGGTGAGGTCCTTCTTCCG-3'（沈QIDNO:9)
[0021] 反向引物：5,-GCATTAACCTCGGCTACAACG-3'（沈QIDNO:10)
[0022] 6)引物對名稱，CHR4-0. 5
[0023]正向引物：5, -GGCAAAAAAACAGGAACGGAA-3,（沈QIDNO:11)
[0024]反向引物：5 ' -CAGTAGTGCCAAGGGTTGAGAAAT-3 '（SEQIDNO: 12) [00巧]7)引物對名稱，CHR4-0.6
[0026]正向引物：5'-GTGGGTTTGTTTCCGCTGAGTC-3'（沈QIDNO:13)
[0027]反向引物：5' -CAGTGGCACAGACCCAAAGTCC-3'（SEQIDNO:14)
[0028]8)引物對名稱，CHR5-0. 1
[0029]正向引物：5,-CACATTCCTCGATTCCATCAAAA-3'（SEQIDNO:15)
[0030]反向引物：5'-TCCGAGATTTCCACTTCACCCTG-3'（SEQIDNO:16)
[0031] 9)引物對名稱，CHR5-0. 2
[0032]正向引物：5,-TCAAATTCGCTGACTCTTCTTG-3,（SEQIDNO:17)
[0033]反向引物：5,-TGTATGTAACTCCCAGGGTCCTAA-3'（沈QIDNO:18)
[0034] 10)引物對名稱，CHR6-0. 1
[0035]正向引物：5,-CTAGGCATTGACAGTTTATTGAG-3'（沈QIDNO:19)
[0036]反向引物：5,-TATGTATGTGATGATCTTGGAGC-3,（沈QIDNO:20)
[0037] 11)引物對名稱，CHR6-0. 9
[0038]正向引物：5'-CACAGGATGTTGTCACCGATTC-3'（沈QIDNO:21)
[0039]反向引物：5, -GCCACCTCTGTTTGAGCACTAC-3,（沈QIDNO:22)
[0040] 12)引物對名稱，CHR7-0. 4
[0041]正向引物：5'-CCCTGGTGGGCATTTGGTAAGT-3'（沈QIDNO:23)
[0042]反向引物：5, -TACGGACTGGATGTGAAAAGAGGG-3'（沈QIDNO:24)
[0043] 13)引物對名稱，CHRlO-0. 9
[0044]正向引物：5, -CACGATGTCATGCCCGCCTCC-3,（沈QIDNO:25)
[0045]反向引物：5, -AGCAGCGACCCAGCCACTTCA-3'（沈QIDNO:26)
[0046] 14)引物對名稱，CHR12-0. 9
[0047]正向引物：5, -AAACCAGCTTCCATGCCCTCAC-3,（沈QIDNO:27)
[0048]反向引物：5, -GAAGGCCGTGAACGGGTGAAT-3,（SEQIDNO:28)
[0049] 巧）引物對名稱，CHR13-0. 1
[0050]正向引物：5' -ATACAAGGCCAAGCAAGGTGAG-3'（SEQIDNO:29)
[0051]反向引物：5,-GCTTAGGTTCCAAGGGTTCACA-3'（沈QIDNO:30)
[0052] 16)引物對名稱，CHR14-0.8
[0053]正向引物：5, -CAGAACAGGCTTCCCACACATA-3'（沈QIDNO:31)
[0054]反向引物：5,-TGTCTGCCTTTAGTGACCTCTGG-3'（沈QIDNO:32)
[00巧]17)引物對名稱，CHR15-0. 4
[0056]正向引物：5'-CTGCCTACCCACCCTCATCTTC-3'（SEQIDNO:33)
[0057]反向引物：5' -CTGGACCTCACCCTGGAAAGC-3'（沈QIDNO:34)
[0058] 18)引物對名稱，CHR15-0. 9
[0059]正向引物：5'-TCACTTGACAGATTTGGGCAACTTA-3'（SEQIDNO:35)
[0060]反向引物：5' -GAAAGGAAGTATGGCAATCGGAGA-3'（SEQIDNO:36)
[0061] 19)引物對名稱，CHR17-0. 2
[0062]正向引物：5, -CCATCCCGCTCTGCTTGCCC-3'（SEQIDNO:37)
[0063]反向引物：5, -ACCCCGACCTGCTGAACCCTG-3'（沈QIDNO:38)
[0064] 20)引物對名稱，CHR17-0.8
[0065]正向引物：5' -CCTGGATGCTGGGAAGAAATAG-3'（沈QIDNO:39)
[0066]反向引物：5' -GCTCTGGGTGCGGAACTTGTAG-3'（沈QIDNO:40)
[0067] 21)引物對名稱，CHRX-0. 4
[0068]正向引物：5' -GTGAATGAGGCAGGATGAACTGG-3'（SEQIDNO:41)
[0069]反向引物：5'-CTCAGCAGCTTGTTGATCTCGTTC-3'（SEQIDNO:42)
[0070] 本發(fā)明還提供一種鑒別金華兩頭烏和杜洛克豬遺傳背景的方法，主要包括W下步 驟：
[0071] 1)分別隨機(jī)選取無親緣關(guān)系的金華兩頭烏和杜洛克豬各10頭，采集耳組織，提取 基因組DNA;
[007引 2)利用上述引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增；PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳和邸染色法檢 巧^。PCR產(chǎn)物經(jīng)DNA純化試劑盒燈IANGEN)純化。
[0073] 3)純化后的產(chǎn)物由上海生工進(jìn)行測序。將同一對引物擴(kuò)增得到的產(chǎn)物測序結(jié)果進(jìn) 行比對，篩選出能鑒別金華兩頭烏和杜洛克豬遺傳來源的SNP位點(diǎn)。
[0074] 本發(fā)明分子標(biāo)記的應(yīng)用，將通過對后代基因組DNA的PCR擴(kuò)增和測序，能有效選留 金華兩頭烏遺傳物質(zhì)更多的個(gè)體，更高效準(zhǔn)確地完成金華兩頭烏血緣的導(dǎo)入，從而加快育 種進(jìn)程。
[00巧]本發(fā)明首次將所述分子標(biāo)記在選育豬肉質(zhì)優(yōu)良品種中應(yīng)用。借助分子標(biāo)記輔助選 擇技術(shù)，有目的得進(jìn)行金華兩頭烏血緣的導(dǎo)入和聚合，培育肉質(zhì)更優(yōu)良的豬新品種核屯、群。
[0076] 本發(fā)明的有益效果表現(xiàn)在：本發(fā)明首次篩選得到能鑒別金華兩頭烏和杜洛克豬遺 傳背景的且基因組覆蓋面較廣的一批分子標(biāo)記，共計(jì)52個(gè)單核巧酸多態(tài)位點(diǎn)（SNP)。
【附圖說明】
[0077] 圖1為篩選分子標(biāo)記的標(biāo)準(zhǔn)示意圖；
[0078]圖2為測序峰圖，中間虛線靠左位置表示分子標(biāo)記所在位點(diǎn)（由于數(shù)據(jù)量較大，附 圖只選取其中1個(gè)標(biāo)記的測序峰圖作為代表：CHR2-0.8C/T)。
【具體實(shí)施方式】
[0079] 下面結(jié)合附圖對本發(fā)明作進(jìn)一步的說明。
[0080]