大豆胞囊線蟲抗性相關Map-5041SNP標記的芯片檢測方法及應用
【技術領域】
[0001] 本發明涉及生物技術領域，尤其涉及大豆胞囊線蟲抗性相關Map-5041SNP標記的 芯片檢測方法及應用。
【背景技術】
[0002] 大豆胞囊線蟲（Soybean Cyst Nematode，SCN)具有分布廣，危害重，傳播途徑多， 寄主范圍廣，存活時間久等特點，是一種極難防治的土傳病害，其發生可對大豆生產造成毀 滅性打擊，目前，該病害具有蔓延及日趨加重的趨勢，已經嚴重制約了大豆生產。實踐證明， 培育和種植抗病品種是防治病害的最有效途徑。由于SCN抗性基因在遺傳上的復雜性和大 豆胞囊線蟲生理小種的多樣性，利用傳統抗病表型鑒定和育種方法培育抗大豆胞囊線蟲病 的品種不但需要花費很長的時間，而且難于成功，已經不能夠滿足當前抗線育種的發展。隨 著分子標記的開發和使用，分子標記輔助選擇（Molecular marker-assisted selection， MAS)成為可以節約人力、物力和加速育種進程的有效方法（Cregan et al. 1999)。MAS的 最大優點是在不需要評估表型特征的情況下，通過確認是否帶有目標基因而鑒定出抗性植 株。
[0003] 經典遺傳分析表明，大豆胞囊線蟲的抗性是受多個位點控制的數量性狀，其 中Rhg4是主效的抗病基因，已被克隆（Liu et al. Nature, 2012)。從該抗病區間內發 掘抗病分子標記可為MAS提供有效的標記資源，滿足育種需要。關聯分析，又稱關聯作 圖（Association Mapping)，是一種以 LD (Linkage Disequlibrium)分析為基礎，直接對 基因型變異和表型變異進行分析，從而把那些與性狀有關聯的基因鑒定出來（Khush et al. 2001)，關聯分析方法已成為發掘與表型相關分子標記的強有力工具。新型分子標記一 SNP因為具有在基因組中數量多、分布廣泛、可高通量檢測等優點而在近年廣泛用于鑒定多 基因控制的復雜性狀。隨著SNP標記數量的不斷增多，高通量的SNP分型平臺不斷推出， 包括 BeadArray (Illumina)，GenomeLab SNP stream (Beckman)和 MegAllele (Affymetrix) 等，其中Illumina公司的BeadArray芯片鑒定技術具有高效、高通量、成本低、準確性好等 優點，適合位點數從幾十到幾千的中等通量基因分型研宄，實驗成功率>99%，是理想的中 等通量基因分型檢測的解決方案，目前已被廣泛用于人類、擬南芥、水稻等物種的SNP分 型。
【發明內容】
[0004] 本發明的一個目的是提供檢測大豆基因組中Map-5041SNP位點的多態性或基因 型的物質的用途。
[0005] 本發明提供的檢測大豆基因組中Map_5041SNP位點的多態性或基因型的物質在 鑒定或輔助鑒定大豆對大豆胞囊線蟲3號生理小種抗性中的應用。
[0006] 所述檢測Map-5041SNP位點的多態性（即等位基因）或基因型具體可為檢測 Map-5041SNP位點的核苷酸種類。
[0007] 本發明另一個目的是提供檢測大豆基因組中Map_5041SNP位點的多態性或基因 型的物質的另一個用途。
[0008] 本發明提供了檢測大豆基因組中Map_5041SNP位點的多態性或基因型的物質在 制備鑒定或輔助鑒定大豆對大豆胞囊線蟲3號生理小種抗性產品中的應用。
[0009] 本發明第三個目的是提供檢測大豆基因組中Map-5041SNP位點的多態性或基因 型的物質的第三個用途。
[0010] 本發明提供的檢測大豆基因組中Map-5041SNP位點的多態性或基因型的物質在 鑒定或輔助鑒定抗病大豆中的應用；所述病為由大豆胞囊線蟲3號生理小種引發的病；
[0011] 或檢測大豆基因組中Map-5041SNP位點的多態性或基因型的物質在制備鑒定或 輔助鑒定抗病大豆產品中的應用；所述病為由大豆胞囊線蟲3號生理小種引發的病。
[0012] 本發明第四個目的是提供檢測大豆基因組中Map_5041SNP位點的多態性或基因 型的物質的第四個用途。
[0013] 本發明提供了檢測大豆基因組中Map-5041SNP位點的多態性或基因型的物質在 鑒定或輔助鑒定與大豆胞囊線蟲3號生理小種抗性相關的單核苷酸多態性中的應用；
[0014] 或檢測大豆基因組中Map_5041SNP位點的多態性或基因型的物質在制備鑒定或 輔助鑒定與大豆胞囊線蟲3號生理小種抗性相關的單核苷酸多態性產品中的應用。
[0015] 本發明第五個目的是提供檢測大豆基因組中Map-5041SNP位點的多態性或基因 型的物質的第五個用途。
[0016] 本發明提供了檢測大豆基因組中Map-5041SNP位點的多態性或基因型的物質在 篩選或輔助篩選抗病大豆中的應用；所述病為由大豆胞囊線蟲3號生理小種引發的病；
[0017] 或檢測大豆基因組中Map_5041SNP位點的多態性或基因型的物質在制備篩選或 輔助篩選抗病大豆產品中的應用；所述病為由大豆胞囊線蟲3號生理小種引發的病。
[0018] 上述應用中，所述大豆基因組中Map-5041SNP位點基因型為TT或GG ;
[0019] 所述Map-5041SNP位點位于大豆基因組第8條染色體的Glyma. 08gl04600基因的 第932位；所述Glyma. 08gl04600基因的核苷酸序列為序列1。
[0020] 所述檢測大豆基因組中Map_5041SNP位點的多態性或基因型的物質包括 Map-5041SNP固定用于檢測Map-5041SNP位點的探針組的SNP基因型芯片；
[0021] 所述探針組由序列表中序列1所示的單鏈DNA分子、序列表中序列2所示的單鏈 DNA分子和序列表中序列3所不的單鏈DNA分子組成。
[0022] 本發明的第六個目的是提供一種鑒定或輔助鑒定大豆對大豆胞囊線蟲3號生理 小種抗性的方法。
[0023] 本發明提供的方法，包括如下步驟：檢測待測大豆基因組Map_5041SNP位點基因 型，若所述待測大豆基因組Map-5041SNP位點基因型為TT，則所述待測大豆為或候選為抗 病品種；若所述待測大豆基因組Map-5041SNP位點基因型為GG，則所述待測大豆不為或候 選不為抗病品種；所述病為由大豆胞囊線蟲3號生理小種引發的病；
[0024] 所述檢測待測大豆基因組Map_5041SNP位點基因型采用下述固定用于檢測 Map-5041SNP位點的探針組的SNP基因型芯片檢測。
[0025] 本發明第六個目的是提供檢測大豆基因組中Map_5041SNP位點的多態性或基因 型的物質。
[0026] 本發明提供的檢測大豆基因組中Map_5041SNP位點的多態性或基因型的物質，為 a)_d)中的任