預測乳腺癌結果的nano46基因和方法
【專利說明】預測乳腺癌結果的NAN046基因和方法
[0001] 對相關申請的交叉引用 本申請要求2012年5月22日提交的美國臨時申請No. 61/650, 209和2013年1月17 日提交的美國臨時申請No. 61/753, 673的利益。該些申請的每一個的內容通過引用將其 全文合并入本文。 發明領域
[0002] 本公開一般性地涉及癌癥生物學領域，并且具體涉及特定癌癥細胞表型的檢測和 鑒別W及與適當治療的相關性領域。
[0003] 發明背景 目前的治療早期乳腺癌的方法，包括輔助治療，確實已改善了生存并減少復發。但是， 在某些患者中復發的風險可能被低估，但是在其他患者中卻被高估了。
[0004] 雖然隨著時間經過，復發的風險的確有所減少，但在許多研究中觀察到持續的風 險，其中一些風險涉及數W萬計的患有乳腺癌的患者。事實上，在該些研究中，一些五年后 經歷復發的患者先前被認為是"低風險的"-例如，在他們的最初診斷時，他們的癌癥還沒 有擴散到淋己結，或者他們的雌激素受體狀態是陽性的。在該些研究中的一個研究中，有大 量的復發發生在治療后五年W上。因此，在本領域中需要確定復發的風險并確定減少該風 險并改善總體生存的治療。
【發明內容】
[0005] 本發明提供預測患有乳腺癌的主體的結果（outcome)的方法，包括：提供來自主 體的腫瘤樣品；確定腫瘤樣品中表1的NAN046內在基因列表中的基因的表達；基于NAN046 內在基因列表中的基因的表達測量腫瘤樣品與內在亞型的相似性，其中內在亞型至少由 基底樣型炬asal-1化e)、管腔A型（LuminalA)、管腔B型（LuminalB)或肥R2-富集型 (肥R2-enriched)組成；基于NAN046內在基因列表中的增殖基因子集的表達確定增殖得 分；確定腫瘤大小，使用所述內在亞型，增殖得分和腫瘤大小的加權和來計算復發風險得 分；并基于復發得分確定主體是否具有低或高的復發風險。在一個實施方案中，低的得分 指示更有利的結果，高的得分表示較不利的結果。
[0006] 本發明的方法可W包括確定表1所述NAN046內在基因的至少一種、組合或每一個 的表達。在一些實施方案中，本發明的方法可W包括確定選自ANLN、CCNE1、CDC20、CDC6、 CDCA1、CENPF、CEP55、EX01、KIF2C、KNTC2、MELK、MKI67、0RC化、PTTG1、RRM2、TYMS、U邸2C和 /或UBE2T的NAN046內在基因的至少一種、組合或每一個的表達。可W使用nanoreporter 編碼系統（nCounter?分析系統（nCounter?Analysissystem))確定NAN046內在基因列 表的成員的表達。
[0007] 本發明的方法可W包括確定下列的至少一種、組合或每一個；腫瘤大小、腫瘤分 級、淋己結狀況、內在亞型、雌激素受體表達、孕激素受體表達和肥R2/ERBB2表達。
[000引樣品可W是細胞或組織取樣。樣品可W是腫瘤。可W從活組織檢查獲得組織。樣 品可w是體液取樣。體液可w是血液、淋己液、尿液、唾液或乳頭抽吸液。
[0009] 雖然結合其詳細描述對本公開進行描述，前述描述意在舉例說明，并非要限制由 所附權利要求的范圍定義的本公開的范圍。其它方面、優點、和變形在下述權利要求的范圍 內。
[0010] 本文提及的專利和科學文獻確立了所屬領域技術人員可獲得的知識。本文引用的 所有美國專利和公開的或未公開的美國專利申請通過引用合并入本文。本文引用的所有公 開的外國專利和專利申請通過引用合并入本文。由本文引用的登錄號表示的Genbank和 NCBI提交內容通過引用合并入本文。本文引用的所有其它的公開的參考文獻、文檔、手稿和 科技文獻通過引用合并入本文。
[0011] 雖然參照其優選實施方案對本公開進行具體顯示和描述，但所屬領域技術人員會 理解，可W在其中在形式和細節上進行各種改變，而不背離由所附權利要求包含的本公開 的范圍。
[0012] 附圖簡述 圖1是表1的乳腺癌內在亞型和內在基因的熱點圖。
[0013] 圖2顯示來自未治療的乳腺癌患者群組（cohort)的KaplanMeier生存曲線。
[0014] 圖3顯示來自用他莫昔芬治療的淋己結陰性、ER+乳腺癌患者的KaplanMeier生 存曲線。
[0015] 圖4顯示在用他莫昔芬治療的ER+、淋己結陰性乳腺癌患者中作為R0R得分的函數 的10年事件概率。該圖顯示在該人群中子人群亞型分型為管腔A型或B型。RFS=無復 發生存；DSS=疾病特異性生存。
[0016] 圖5是乳腺癌內在亞型分型測定的原理圖。
[0017] 圖6是算法過程的原理圖。
[001引 圖7是顯示CodeSet與mRNA雜交的圖示。
[0019] 圖8是顯示除去過量報告探針（excessrepOTters)的圖示。
[0020] 圖9是顯示報告探針與盒（cartridge)表面結合的圖示。
[0021] 圖10是顯示報告探針固定和比對的圖示。
[0022] 圖11是數據收集的圖示。
[0023] 圖12是nCounter分析系統乳腺癌測試測定過程的圖示。
[0024] 圖13是nCounterPrep工作站的圖不。
[00巧]圖 14 是nCounter數字分析儀（nCounterDigitalAnalyzer)的圖示。
[002引發明詳述 本公開提出了預測患有乳腺癌的主體的結果的方法，包括；提供來自主體的腫瘤樣品； 確定腫瘤樣品中表1的NAN046內在基因列表中的基因的表達；基于NAN046內在基因列表 中的基因的表達確定腫瘤樣品的內在亞型，其中內在亞型由至少基底樣型炬asal-1化e)、 管腔A型（LuminalA)、管腔B型（LuminalB)或肥R2-富集型（肥R2-enriched)組成；根 據NAN046內在基因列表中的增殖基因子集的表達確定增殖得分；確定腫瘤大小，使用所述 內在亞型，增殖得分和腫瘤大小的加權和來計算復發風險得分；并基于復發得分確定主體 是否具有低或高的復發風險。在一個實施方案中，低得分表示更有利的結果，而高得分表示 較不利的結果。
[0027]統計選擇內在基因使其在來自相同個體的生物樣品重復之間的表