針對KIF5B-ALK融合基因的腫瘤新抗原多肽及其應用

本發明屬于腫瘤免疫治療領域，具體涉及一種針對kif5b-alk融合基因的腫瘤新抗原多肽及其應用。

背景技術：

1、腫瘤免疫治療是一種革命性的腫瘤治療方法，被視為繼手術、放療、化療和小分子靶向治療之后的新一代治療手段。與傳統治療方法相比，免疫治療的核心在于強化患者自身的免疫系統，使其能夠有效地對抗腫瘤，而非直接殺滅腫瘤細胞。這種方法的優勢包括治療的精準性、副作用的降低、長期效果以及高度的個性化。免疫治療的一個關鍵特點是它能夠激活機體的免疫記憶。這意味著治療不僅針對當前的腫瘤細胞，還能防止腫瘤的復發和轉移，因為體內形成了對抗腫瘤的長期記憶性免疫反應。免疫治療的方法之一是基于腫瘤新抗原肽的疫苗治療，這種疫苗通過向mhc分子提供腫瘤突變肽，誘導產生針對腫瘤的特異性和長期記憶t細胞。腫瘤抗原主要被視為內源性抗原，它們與mhc?i類分子結合，激活cd8+細胞毒性t細胞。此外，還有一些較大的多肽可以與mhc?ii分子結合，專門激活cd4+t輔助細胞。這些免疫細胞的激活和增強對抗腫瘤的能力是免疫治療的核心機制。因此，腫瘤免疫治療不僅提供了一種治療腫瘤的新途徑，而且為患者帶來了希望，特別是對于那些對傳統治療方法不敏感的病例。

2、在肺癌的發生和進展中，alk融合基因起著重要作用。alk(間變性淋巴瘤激酶)是一種受體酪氨酸激酶，可以通過染色體重排形成融合基因，導致腫瘤原性激活。肺癌中最常見的alk融合涉及到棘皮動物微管蛋白樣4(eml4)基因，形成eml4-alk融合基因。這種融合導致alk激酶的持續活化，促進細胞增殖和存活途徑，從而有助于癌癥的發展。alk融合基因的發現徹底改變了肺癌的治療方式,目前開發出針對癌細胞中異常alk蛋白的alk酪氨酸激酶抑制劑(tkis)，為患者提供了靶向治療方法。這種靶向治療方法顯著改善了alk陽性肺癌患者的預后，改變了這種癌癥亞型的治療格局。然而，alk?tkis的抗藥性是目前相關癌癥治療的一個挑戰，包括alk基因的二次突變、激活旁路跟蹤和腫瘤細胞的表型變化等多種機制有助于抗藥性的發展。

3、除了常見的eml4-alk融合基因外，還存在很多其它的alk相關融合基因，例如kif5b-alk融合基因。kif5b基因(kinesin?family?member?5b，驅動蛋白家族成員5b)編碼的蛋白屬于運動蛋白家族，這個家族的蛋白質以其在細胞內微管依賴的運輸過程中的作用而聞名。這類基因的改變可能會破壞正常的細胞功能，包括細胞分裂和細胞內運輸。比如在肺癌中kif5b還常常與ret基因形成融合，對肺癌的發生和進展中起到至關重要的作用。持續的研究工作繼續識別新的alk融合變體，并開發新的治療策略以克服現有alk?tkis的抗藥性。

4、kif5b-alk融合基因是由于染色體重排導致的基因融合，具體機制為染色體的3號染色體(kif5b基因所在位置)與2號染色體(alk基因所在位置)之間發生斷裂和重新連接。這個過程可以通過非同源末端連接(nhej)或同源重組(hr)等機制完成。kif5b-alk融合基因形成的蛋白具有alk的激酶功能，但在kif5b的調控下表現出異常活性。這種異常的激酶活性可以激活多條信號通路(如pi3k/akt、ras/raf/mek/erk)，促進細胞增殖和存活，從而導致腫瘤發生。目前認為kif5b-alk融合基因其與肺癌等腫瘤發生發展的有重要關。

5、kif5b-alk融合基因在肺腺癌中的發現率較高，尤其是在不吸煙或輕度吸煙的患者中。對于攜帶kif5b-alk融合基因的腫瘤，alk抑制劑是主要的治療方法，主要包括第一代alk抑制劑克唑替尼(crizotinib)、第二代alk抑制劑阿來替尼(alectinib)和布加替尼(brigatinib)以及第三代alk抑制劑勞拉替尼(lorlatinib)。但是，基于kif5b-alk融合基因的腫瘤新抗原目前還未見報道。

技術實現思路

1、本發明要解決的技術問題是針對現有技術中的不足，提供一種針對含有kif5b-alk融合基因的腫瘤患者的特異性免疫治療方案。

2、本發明解決上述技術問題的技術方案是提供針對含有kif5b-alk融合基因的新抗原多肽，該新抗原多肽為kif5b-alk融合基因所編碼的蛋白中的katdqeksrklheltdlkevprknitlir(seq?id?no.27)肽段的截短肽；其長度為8到15個氨基酸，并且其中含有肽段katdqeksrklheltdlk?evprknitlir中的三個連續的氨基酸dlk。

3、進一步的，上述新抗原多肽為其中含有katdqeksrklheltdlke?vprknitlir中的tdlk四個連續氨基酸的截短肽。

4、進一步的，上述新抗原多肽為其中含有katdqeksrklheltdlke?vprknitlir中的ltdlk五個連續的氨基酸的截短肽。

5、其中，上述新抗原多肽的的長度為8、9、10、11、12、13、14或15個氨基酸殘基。

6、進一步的，上述新抗原多肽的氨基酸序列為seq?id?no.1～seq?id?no.26中至少一條所示；

7、或者，為上述各多肽的氨基酸序列中經過取代和/或缺失和/或添加至少一個氨基酸所得的功能相同或者相似的多肽。

8、其中，上述新抗原多肽中，其特征在于所述的相同或相似的功能是指抗原多肽能激活hla分型為表1所示的對應的hla分型且伴隨含有kif5b-alk融合基因的個體針對含有kif5b-alk融合基因的腫瘤的t細胞：

9、表1

10、

11、

12、表1中的新抗原多肽，均為這些備選的多肽在對應的hla分型進行組合時，ic50值<1000nm并且netmhcpan_el值>0.1的新抗原多肽。

13、更進一步的，所述新抗原多肽的氨基酸序列為klheltdlk(seq?id?no.2)、ltdlkevprk(seq?id?no.8)或heltdlkev(seq?id?no.9)中的至少一條所示。

14、本發明還提供了上述的新抗原多肽在制備含有kif5b-alk融合基因的腫瘤的風險干預和/或治療劑中的應用。

15、本發明還提供了上述的腫瘤新抗原多肽在制備可誘導產生特異性細胞毒性t細胞克隆的免疫活性調節劑中的應用。

16、同時，本發明還提供了一種經上述的新抗原多肽刺激而得的dc細胞；所述的刺激方式為dc細胞與腫瘤新抗原多肽進行共孵育。

17、其中，上述的dc細胞為成熟的dc細胞；或者，上述的dc細胞為含有kif5b-alk融合基因的患者的離體dc細胞。

18、進一步的，上述的dc細胞為含有表1所示的對應的hla分型且伴隨含有kif5b-alk融合基因的離體dc細胞時；使用的新抗原多肽為在表1中hla分型所對應的新抗原肽中進行選擇。

19、更進一步的。當上述的dc細胞在刺激時使用的新抗原多肽為seq?id?no.2、seq?idno.8或seq?id?no.9中的至少一條時，所述的dc細胞為含有人類白細胞的hla分型為hla-a*11:01、hla-a*11:02、hla-a*30:01、hla-a*03:01、hla-b*40:06、hla-b*40:01和\或hla-b*40:02的個體的離體dc細胞。

20、本發明還提供了上述的新抗原多肽或上述的dc細胞在制備含有kif5b-alk融合基因的腫瘤的免疫治療藥物中的應用。

21、其中，上述應用中所述的腫瘤為肺癌。進一步的，所述的肺癌為非小細胞肺癌。

22、其中，上述應用中所述的腫瘤為含有人類白細胞的hla分型為

23、hla-a*11:01、hla-a*11:02、hla-a*30:01、hla-a*03:01、hla-b*40:06、hla-b*40:01和\或hla-b*40:02的患者所患腫瘤。本發明還提供了針對上述的新抗原多肽的抗體。

24、其中，上述的抗體為多克隆抗體或單克隆抗體。

25、進一步的，上述的抗體還與偶聯部分形成偶聯物；所述偶聯部分為選自放射性核素、藥物、毒素、細胞因子、酶、熒光素、載體蛋白或生物素中的至少一種。

26、本發明也提供了編碼上述腫瘤新抗原多肽或上述的抗體的基因。

27、同時，本發明還提供了裝載有上述的基因的載體。進一步的，所述載體為表達載體，表達載體可在質粒載體、腺病毒載體、慢病毒載體或腺相關病毒載體等常用載體中選擇。當使用腺病毒載體時，一般采用復制缺陷型腺病毒載體。

28、本發明的有益效果在于：

29、本發明的抗原肽能夠顯著激活人體特異性針對kif5b-alk融合基因編碼蛋白的t細胞，以增加t細胞對含有kif5b-alk融合基因的腫瘤細胞的殺傷能力，能夠制備治療含有kif5b-alk融合基因的腫瘤的藥物。而經本發明抗原肽刺激的含有kif5b-alk融合基因的腫瘤患者的dc細胞，回輸回患者體內后，能夠激活特異性針對kif5b-alk融合基因編碼蛋白的t細胞，以增加t細胞對含有kif5b-alk融合基因的癌細胞的殺傷能力。本發明的抗原肽彌補了個體化抗原肽在含有kif5b-alk融合基因的腫瘤病人中治療中的空白。同時，本發明的抗原便于大規模的合成，可用于含有kif5b-alk融合基因的腫瘤腫瘤患者標準化、個體化的的免疫治療之中。