本發明涉及生物檢測領域,特別涉及一組高特異性的nudt15引物及探針。
背景技術:
:在臨床上,使用巰嘌呤類藥物可引起白細胞減少癥,這不良反應可嚴重威脅患者的生命安全,美國的fda建議,在使用巰基嘌呤類藥物前接受tpmt(巰基嘌呤甲基轉移酶)檢測。然而讓人遺憾的是,只有四分一使用巰基嘌呤出現白細胞減少的患者被檢測出存在tpmt突變。巰嘌呤類藥物(如常見的咪唑硫嘌呤及6-巰基嘌呤),廣泛地應用在自身免疫疾病,器官移植及炎癥疾病上。在歐洲,超過5%的炎癥腸道疾病患者在接受巰基嘌呤藥物治療后出現白細胞減少癥。近年發現,在使用巰嘌呤類藥物后出現的不耐受的白血病患者和克羅恩病(炎癥腸道病)均與nudt15基因突變有很強的相關性。突變型的nudt15的患病率可比野生型高出88倍。故而,檢測nudt15比檢測tpmt更具有說服性和實際意義。pcr-熒光探針法是一種高特異性的基因分型的檢測方法,使用pcr-熒光探針法檢測nudt15的基因型,可以為醫生在患者的個性化用藥上提供幫助與指導。而pcr-熒光探針法的關鍵是獲得特異性的引物和探針。目前,市面上并沒有專門針對nudt15的檢測產品,因此設計專門的引物及探針具有十分重要的意義。技術實現要素:本發明的目的在于公開一組高特異性的nudt15引物及探針。本發明所采取的技術方案是:一種高特異性的檢測nudt15基因的試劑盒,試劑盒含有檢測nudt15基因的探針和引物。優選的,檢測nudt15基因的引物是:正向引物:5-’cccaccagatggttcagatctt-3’(seqidno:1);反向引物:5’-gtgggttccttgggaagaacta-3’(seqidno:2)。優選的,檢測nudt15基因的野生型探針序列是:acaacgcagtccc(seqidno:3)。優選的,檢測nudt15基因的突變體探針序列是:acaacacagtcccc(seqidno:4)。優選的,檢測nudt15基因的野生型探針含有發光基團和猝滅基團。優選的,檢測nudt15基因的野生型探針含有發光基團fam和猝滅基團mgb。優選的,檢測nudt15基因的突變體探針含有發光基團和猝滅基團。優選的,檢測nudt15基因的突變體探針含有發光基團vic和猝滅基團mgb。試劑盒在巰嘌呤類藥物的適用性檢測中的應用。本發明的有益效果是:該引物及探針對nudt15的檢測效果好,精確度高,檢測時的信號強度高,因此可以極大地方便檢測,并可用于檢測巰嘌呤類藥物的適用性。具體實施方式實施例11)引物及探針的設計及篩選nud15-rs116855232位點設計多組引物及探針,并驗證其擴增效率及特異性。設計的引物及探針對如下:2)以質粒為樣本,驗證各引物對及探針擴增效果及特異性。結果如下:由上表可知,雖然三對引物均能對樣本進行擴增,也能正確分型。但擴增效果并不一致,引物對1的信號強度比引物2及3都強,ct值在18左右。引物對2信號強度最低,且ct值在28左右,引物對3的信號強度介于兩者之間,ct值在26左右。故此,引物對1即本發明的引物對,具有明顯的優勢。3)靈敏度度驗證考慮到引物對2信號強度不滿足要求,故只驗證引物對1及引物對2,取成人血液樣本提取的dna,稀釋成50ng/μl、5ng/μl、0.5ng/μl,進行擴增。結果表明,引物對2在樣本濃度為5ng/μl開始,信號強度低,而引物對1在樣本濃度為0.5ng/μl時仍能達到檢測效果,靈敏度高。將三種基因型的質粒稀釋至104copies/μl,以此為模板,用引物對1進行的擴增,觀察其信號強度及ct值,若無信號或ct值大于35,則視為該樣品未擴增。結果表明本發明引物檢出率為100%,特異性為100%。4)本發明的引物對1及探針,檢驗66個樣本,用直接測序法驗證結果,結果如下:野生型雜合突變純合突變直接測序法54111本發明54111符合率100%100%100%總結:本發明的引物和探針檢測符合率為100%,特異性好,符合基因分型的要求。實施例2:用實施例1所篩選出的引物對1及探針,檢測成人血液樣本提取的dna(樣本1),然后用直接測序法進行驗證。使用dna提取試劑盒提取樣本1的dna。將提取出的基因組dna溶解于te緩沖溶液中,經紫外分光光度計測定濃度,配成50ng/μl的溶液,作為pcr擴增模板,進行檢測。樣本檢測結果為雜合型,ct-fam為27.635、ct-vic為29.423,與直接測序結果一致。實施例3用實施例1所篩選出的引物對1及探針,檢測成人血液樣本提取的dna(樣本2),然后用直接測序法進行驗證。使用dna提取試劑盒提取樣本2的dna。將提取出的基因組dna溶解于te緩沖溶液中,經紫外分光光度計測定濃度,配成100ng/μl的溶液,作為pcr擴增模板,進行檢測。樣本檢測結果為野生型,ct值19.07,與直接測序結果一致。sequencelisting<110>廣州海思醫療科技有限公司<120>一組高特異性的nudt15引物及探針<130><160>8<170>patentinversion3.5<210>1<211>22<212>dna<213>人工序列<400>1cccaccagatggttcagatctt22<210>2<211>22<212>dna<213>人工序列<400>2gtgggttccttgggaagaacta22<210>3<211>13<212>dna<213>人工序列<400>3acaacgcagtccc13<210>4<211>14<212>dna<213>人工序列<400>4acaacacagtcccc14<210>5<211>20<212>dna<213>人工序列<400>5caccagcaggttcagatcta20<210>6<211>20<212>dna<213>人工序列<400>6atgggttccttcggaagaac20<210>7<211>23<212>dna<213>人工序列<400>7ccttccagatggttcagatctca23<210>8<211>21<212>dna<213>人工序列<400>8gtggagtccttgggaagaagt21當前第1頁12