本發明涉及一種櫛孔扇貝的DNA提取方法。
背景技術:
櫛孔扇貝(Chlamys farreri)隸屬于軟體動物門(Mollusca)瓣鰓綱(Lamellibranchia)翼形亞綱(Pterimorphia)珍珠貝目(Pterioodae)扇貝科(Pectinidae),自然分布于遼寧旅大及山東半島一帶的沿海,大多生活在低潮線以下、鹽度高且水流較急的海區,棲息水深達10-30米,以足絲附著在礁石或者有貝殼沙礫的硬質海底。櫛孔扇貝貝殼表面一般為褐色、杏黃色、灰白色等,有放射肋,并有小肋夾雜其中,殼長略小于殼高,兩殼大小基本相同,右殼較左殼平,且其前耳腹部有凹陷,與左殼閉合時形成一個下緣生有櫛狀小齒的孔,稱之為櫛孔,櫛孔扇貝由此得名。
分子生物學是生物學研究的一項重要分支,而DNA的提取則是分子生物學研究的重要基礎,DNA純度的純度及質量對后續的研究工作具有極為重要的影響。每一物種由于其自身各成分的含量不同(比如有的物種蛋白含量高、有的物種糖分含量高),會對DNA的純度和質量產生較大影響。因此,需要針對不同的物種開發出適宜的有針對性的提取方法。
技術實現要素:
針對上述問題,本發明旨在提供一種適于櫛孔扇貝的高質量、高純度的DNA提取方法。
一種櫛孔扇貝的DNA的提取方法,步驟如下:
(1)取扇貝肌肉組織3-8克,用液氮研磨后,將粉末平均加入到10-15管裝有500μL STE(100mM NaCl;10mM Tris-Cl,pH8.0;1mM EDTA,pH8.0)及50μL 10% SDS裂解緩沖液的1.5mL離心管中,隨即每管加入5μL 濃度為20mg/mL的蛋白酶K,55-57℃水浴10-60 min,至溶液澄清;
(2)每管加入250μL飽和酚、250μL氯仿/異戊醇(24:1),輕柔晃動5-15min,室溫10000-12000 rpm離心8-15min;
(3)離心后有機相位于下層,中間層為蛋白層,上層為溶有DNA的水相,吸取上清液至新離心管中,重復步驟(2),至水相和有機相之間無蛋白層殘留;
(4)吸取上清液至新離心管中,加入500μL氯仿/異戊醇,輕柔晃動5-15min,室溫10000-12000 rpm離心8-15min;
(5)吸取上清液,加入50μL 3M NaAc,緩慢輕柔搖勻,添加1mL在-20℃預冷的無水乙醇,放置于-20℃冰箱 20-50min,10000-15000rpm 離心8-15min,得到DNA沉淀;
(6)用預冷的 70%乙醇洗滌沉淀1-3次;
(7)沉淀干燥,根據沉淀量多少加入不同量的無菌超純水及終濃度為0.05mg/mL的RNase A,37℃水浴15-40min,直至RNA全部溶解;
(8)用分光光度計測定DNA的濃度,同時進行瓊脂糖電泳檢測。
本發明的方法針對性強,特別適于櫛孔扇貝DNA的提取,提取的DNA濃度、純度非常高,非常適于文庫構建、PCR等后續研究。
附圖說明
圖1 本發明方法提取的櫛孔扇貝DNA的電泳圖。
具體實施方式
下面結合具體實施例對本發明做進一步詳細說明。
從市場購買的櫛孔扇貝在實驗室用無菌海水暫養3-5天后,開始DNA的提取工作,步驟如下:
(1)取扇貝肌肉組織3-8克,用液氮研磨后,將粉末平均加入到10-15管裝有500μL STE(100mM NaCl;10mM Tris-Cl,pH8.0;1mM EDTA,pH8.0)及50μL 10% SDS裂解緩沖液的1.5mL離心管中,隨即每管加入5μL 濃度為20mg/mL的蛋白酶K,55-57℃水浴10-60 min,至溶液澄清;
(2)每管加入250μL飽和酚、250μL氯仿/異戊醇(24:1),輕柔晃動5-15min,室溫10000-12000 rpm離心8-15min;
(3)離心后有機相位于下層,中間層為蛋白層,上層為溶有DNA的水相,吸取上清液至新離心管中,重復步驟(2),至水相和有機相之間無蛋白層殘留;
(4)吸取上清液至新離心管中,加入500μL氯仿/異戊醇,輕柔晃動5-15min,室溫10000-12000 rpm離心8-15min;
(5)吸取上清液,加入50μL 3M NaAc,緩慢輕柔搖勻,添加1mL在-20℃預冷的無水乙醇,放置于-20℃冰箱 20-50min,10000-15000rpm 離心8-15min,得到DNA沉淀;
(6)用預冷的 70%乙醇洗滌沉淀1-3次;
(7)沉淀干燥,根據沉淀量多少加入不同量的無菌超純水及終濃度為0.05mg/mL的RNase A,37℃水浴15-40min,直至RNA全部溶解;
(8)用分光光度計測定DNA的濃度,同時進行瓊脂糖電泳檢測。
經檢測,DNA的濃度為896 ng/uL,A260/A280=1.8。電泳結果如圖1所示,可見DNA的濃度及純度都非常高。