用于提供基因網入口的方法,系統,和計算機軟件的制作方法

專利名稱：用于提供基因網入口的方法,系統,和計算機軟件的制作方法
相關申請本申請要求美國臨時專利申請序列號為No.60/178,077，標題為“用于提供基因網入口的方法，系統，和計算機軟件”的優先權，該申請于2000年1月25日提出申請，在此結合參考它的全部內容以用于所有目的。
對于分子生物學，生物化學，和許多有關健康領域的研究需要大量的組織機構以及由新的實驗技術產生的復雜數據的分析。通過快速發展的生物信息學領域從事這些任務。例如參看，由H.Rashidi and K.Buehler著的《生物信息學基礎》生物學和醫學應用(Application inBiological Science and Medicine)(CRC Press，London，2000)；生物信息學分析基因和蛋白質的實用指南(A Practical Guide to the Analysis ofGene and Proteine)(B.F.Ouelette and A.D.Bzevanis，eds.，Wiley&Sons，Inc.，1998)，在此結合參考它們的全部內容。概括的說，生物信息學的一個范疇是把計算技術應用到大型的基因數據庫，通常在諸如因特網之類的網絡上分布和通過網絡訪問，以便達到說明基因結構和/或位置，蛋白質功能，和新陳代謝處理之間的關系。
在此針對這些和其他的需要描述了系統、方法和計算機程序產品。在一些實現方式中，一個網入口處理有關購買生物設備或物質材料，或者有關試劑的查詢或訂單。用戶選擇“探針設置標識符”(在下面描述的一個廣義術語)，它可以與一個或多個探針的探針組設置組相關。這些探針能夠檢測生物分子。這些生物分子包括，但不限于此，包括DNA表現的核酸或對應基因的mRNA轉錄和/或表現(出于方便，該核酸此后簡單的稱為“mRNA轉錄”)。相應的基因或EST被識別并與提供給用戶的有關數據相關。以某些方面，用戶可以選擇購買基于數據的產品。如果用戶決定作出一個購買，根據購買的訂單調整用戶的帳戶。
這些實現方式的一個優點是，基于來自一個初始實驗的結果，可以用針對實驗的產品建議展示給一個用戶。通過用戶的探針設置標識符的選擇表示出這些初步的結果，例如通過指定那些探針設置標識符，它們對應于在控制中和試驗采樣中表示為相當高等級微分式的探針。
在相同的或其他的實現方式中，一個局部基因組數據庫被周期的更新。在某些方面，可以從遠程數據庫作出這種更新。響應于探針設置標識符的一個用戶選擇，有關基因或EST的數據從局部基因組數據庫被提供到用戶。另一方面，有關基因或EST的數據從局部基因數據庫被提供到用戶以響應一個基因和/或EST標識符的用戶選擇。
這些實現方式的一些優點包括基于實驗的結果用戶能夠啟動一個數據請求的能力。僅僅作為一個例子，用戶通過選擇對應于相對高的微分基因表達式的探針設置標識符來表明這些結果。此外，這些實現還可以具有優點，因為在用戶請求的時間上該基因數據是局部的可用的并且通常不需要包含詢問一個遠程數據庫來響應用戶的請求。相反，周期的進行遠端數據庫的詢問，例如一周。這樣，即使用戶的選擇包括大量的探針設置標識符，指明大量的基因和EST的表達式或微分式，從局部基因數據庫可以快速地把一個響應提供到用戶。由于遠程數據庫的多徑或批詢問而通常避免了有效延遲。
此外，在前述的和其他的實現中，描述了一種方法，通過一個用戶放置一個計算機實現的查詢或者訂購有關購買的一個或多個產品。用戶選擇第一組探針設置標識符，該選擇經因特網被發送到一個入口系統，該系統能夠具有對應于用戶選擇的探針設置標識符的一個或多個基因或EST的相關數據。用戶從入口系統接收相關的數據。用戶可以選擇一些或全部的數據否則表示出另外的期望來購買與數據有關的產品。如果用戶選擇購買一個產品，用戶的帳戶因此而被調整。
在一些實現方式中，描述了一種系統，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有一個對應于由一個探針設置標識符識別的探針設置，并能夠檢測一個生物學分子。生物學分子可以是一個相應基因的一種核酸或一種mRNA轉錄。如上所述，一個或多個探針設置標識符可以包括一個基因或EST標識符，比如一個接入編號。系統包括一個輸入管理器，它接收第一組探針設置標識符的一個用戶選擇；一個基因確定器，識別對應于由第一組探針設置標識符標識的探針設置的基因或EST；一個相關器，用數據相關基因或EST；和一個輸出管理器，給用戶提供數據。這些儀器的輸入和輸出管理器可以經因特網被耦合到用戶。
第一組探針設置標識符可以是第二組探針設置的探針設置標識符的一個子集，探針設置具有能夠檢測相應基因或EST的表達式或微分式的能力。例如，通過一個探針陣列軟件應用程序提供的一個圖形用戶接口用戶可以選擇該子集。例如可以這樣作出該選擇，通過在表示探針設置的一個分散繪圖中圍繞著非正常值畫一個圈，其中該非正常值表示具有相對高階的微分式的探針設置。作為許多可能的其他的例子，在一個指令的表格中通過探針設置標識符的高亮輸入項用戶可以選擇子集。
典型的把探針設置安置在一個或多個探針陣列上，如提到的，可以是任何各種類型的微陣列，比如使用VLSIPSTM技術(下面描述)的那些綜合的或點狀陣列。因此，術語“探針設置”一般理解為不僅包括一組綜合的探針，例如按照VLSIPSTM技術，而且還包括按照各種點狀陣列技術(也在下面描述)沉積的一個或多個點。這些點例如是低聚核苷酸或從那些克隆產生的其他的cDNA無性繁殖或PCR產品。該數據可以包括關于可用性，價格，成分，適用性的產品數據，或者包括生物設備或物質的各種產品的訂單，或者一種試劑，它可以用于生物設備或物質，或者附加的信息，比如核苷酸或蛋白質順序信息或定位的或功能注釋信息。作為一些例子，該設備可以是一個探針陣列或一個顯微鏡載片，或者物質可以是克隆，低聚核苷酸，抗體，或蛋白質。
其他的實現方式直接針對用于提供有關一個或多個基因或EST的數據的方法，其中每個基因或EST至少具有由探針設置標識符識別的相應的探針設置，和能夠進行生物分子的檢測。生物分子可以是一種核酸或一種相應基因的mRNA轉錄。該方法包括步驟接收第一組探針設置標識符的用戶選擇；識別相應于由第一組探針設置標識符標識的探針設置的基因或EST；用數據與基因或EST進行相關；并將數據提供給用戶。還有其他的儀器是直接針對實現前述方法的一種計算機程序產品。
另外的實現直接針對一種方法，用于放置一個計算機實現的查詢或有關購買一個或多個產品的訂購指令。該方法包括步驟在用戶計算機上接收第一組一個或多個探針設置標識符的用戶選擇，其中每個探針設置標識符識別一個能夠檢測相應基因的表達式的探針設置；把用戶選擇通過因特網提供到一個入口系統，該入口系統能夠用數據與相應于由第一組探針設置標識符標識的探針設置的一個或多個基因或EST進行相關；并從入口系統接收相關的數據。此外，用戶還可以選擇用于購買的產品數據。
另一個實現直接針對一種系統，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有一個由探針設置標識符標識的相應的探針設置，和能夠檢測一個生物分子。生物分子可以是一種核酸或一種一個對應于基因的mRNA轉錄。系統包括一個數據庫管理器，它周期性地更新包括有關基因或EST數據的一個局部基因數據庫；一個輸入管理器，接收一個用戶選擇的探針設置標識符；一個用戶服務管理器，相應于探針設置標識符構造有關基因或EST的局部基因數據庫數據；以及一個輸出管理器，把數據提供到用戶。
在上述的實現中，數據庫管理器可以周期性更新局部基因數據庫，例如一周，用序列數據，外來結構或定位數據，拼接變量數據，標記結構或定位數據，多形態數據，同族數據，蛋白質同族分類數據，路徑數據，可替換的基因命名數據，文獻列舉數據，注解數據，其他的基因組或蛋白質組數據，或者任何它們的組合。通過與遠程數據庫可能是在因特網上周期性的通信可以完成這種更新。可以包括任何成百上千的公共或所有人的遠程數據庫，比如GenBank，GenBankNew，SwissPort，GenPept，DB EST，Unigene，PIR，Prosite，PFAM，Prodom，Blocks，PDB，PDBfinder，EC Enzyme，Kegg Pathway，Kegg Ligand，OMIM，OMIM Map，OMIM ALLele，DB SNP，和/或PubMed。而數據庫管理器周期性的與遠程數據庫通信，典型的(但不是必須的)不響應一個用戶的請求，輸入管理器典型的(但不是必須的)動態的接收用戶的探針設置標識符的選擇。在本文中使用的單詞“動態的”意在表示實時響應一個用戶的查詢。
在另一個實現中，描述了用于提供產品數據的一種系統，該數據可以包括生物產品數據。系統具有一個輸入管理器，它從用戶接收一個基因，EST，和/或探針設置標識符。例如，用戶可以規定一個或多個基因接入號碼。此外，系統具有一個用戶服務管理器，用一個或多個產品數據相關或關聯基因，EST，和/或探針設置標識符。用戶服務管理器另外可選擇協同一個數據庫管理器，從一個或多個局部和/或遠程數據庫或者其它的局部或遠程數據源獲得產品數據，例如從一個網頁。此外在系統中還包括一個輸出管理器，提供產品數據到用戶。在一些方面，根據購買可以調整用戶帳戶，或者對于依賴于賣主的用戶，可以調整一個賣主帳戶。從用戶接收信息和把信息提供到用戶可以在一個網絡上進行，比如因特網。在另一個方面，描述了用于提供產品數據的一種方法，例如，生物產品數據。該方法包括步驟從用戶接收一個基因，EST，和/或探針設置標識符；用一個或多個產品數據與基因，EST，和/或探針設置標識符相關；從一個局部和/或一個遠程數據庫或者其它的局部和/或遠程數據源獲得產品數據；和提供產品數據到用戶。該方法可選的包括根據購買調整一個用戶帳戶，或者對于依賴于賣主的用戶調整一個賣主的帳戶。
另一個方面是用于提供有關一個或多個基因或EST產品數據的一種系統。每個基因或EST至少具有由一個探針設置標識符標識的相應的探針設置，和能夠檢測一個生物分子。該系統包括一個輸入管理器，接收一個或多個探針設置標識符；一個相關器，用一個或多個產品數據的第一組與探針設置標識符相關；和一個輸出管理器，提供第一組數據給用戶。另一個方面是用于提供有關一個或多個基因或EST的產品數據的一種系統。該系統包括一個輸入管理器，接收一個或多個基因和/或EST標識符；一個相關器，用一個或多個產品數據的第一組與標識符相關；和一個輸出管理器，提供第一組數據給用戶。
一個附加的方面是用于提供有關一個或多個基因或EST產品數據的一種方法。每個基因或EST至少具有由一個探針設置標識符標識的相應的探針設置，和能夠檢測一個生物分子。該方法包括步驟，接收一個或多個探針設置標識符；用一個或多個產品數據的第一組與探針設置標識符相關；和提供第一組數據給用戶。另一個方面是提供有關一個或多個基因或EST產品數據的一種方法。該方法包括步驟，接收一個或多個基因和/或EST標識符；用一個或多個產品數據的第一組與標識符進行相關；和提供第一組數據給用戶。
按照本發明的另一個方面，描述了用于提供有關一個或多個基因或EST產品數據的一種系統。該系統包括接收裝置，用于在因特網上接收一個或多個基因或EST標識符；相關裝置，用于用一個或多個產品數據與基因或EST標識符進行相關；以及提供裝置，用于提供產品數據給用戶。
按照本發明的另一個方面，描述了用于提供有關一個或多個基因或EST產品數據的一種系統，其中每個基因或EST至少具有由探針設置標識符標識的相應的探針設置，并能夠檢測一個生物分子。該系統包括接收裝置，用于從用戶接收一個或多個探針設置標識符的第一組的選擇；相關裝置，用于將一個或多個產品數據的第一組與第一組的探針設置標識符進行相關；和提供裝置，用于提供第一組數據給用戶。
在一個附加的方面，描述了用于提供有關一個或多個基因或EST數據的一種系統，其中每個基因或EST至少具有由探針設置標識符表示的一個相應的探針設置，和能夠檢測生物分子。該系統包括更新裝置，用于周期性地更新包括有關基因或EST數據的一個局部基因數據庫；輸入管理裝置，用于從用戶接收一個或多個探針設置標識符的第一組的選擇；數據管理裝置，用于從局部基因數據庫周期性地更新有關對應于第一組探針設置標識符的基因或EST的第一組數據；和提供裝置，用于提供第一組數據給用戶。
上述的實現方式不必彼此包含或排斥并可以以任何方式組合，是非沖突的和有各種可能的，不管它們是以相同的，或不同的方面或實現方式出現。一個實現的描述并不是用來對其他實現方式進行限制。此外，在該說明書中其他地方描述的任何一個或各個功能，步驟，操作，或技術可以以可替換的實現方式來結合在概述中描述的任何一個或多個功能，步驟，操作，或技術。因此，上述的實現方式僅是示例而不是用來限定的。


圖1是包括一個掃描儀和一個計算機系統的一個探針陣列分析系統的功能方框圖，在計算機系統上可以執行計算機應用程序，用于提供探針設置標識符和用于接收針用于處理探針設置標識符的用戶選擇；圖2是探針陣列分析應用程序的一個實施例的功能方框圖，如所示的用于在圖1的計算機系統的系統存儲器中所存儲的應用程序；圖3是用于經因特網獲得基因信息的一個常規系統的功能方框圖；圖4是經因特網耦合到遠程數據庫和網頁以及耦合到客戶的一個基因入口的一個實施例的功能方框圖，包括具有圖1的用戶計算機系統的網絡；圖5是圖4的基因入口的一個實施例的功能方框圖，包括一個數據庫服務器，入口應用計算機系統，和入口端因特網服務器的示例實施例；圖6是一個簡化圖，表示計算機應用平臺的一個實施例，用于結合諸如圖4中所示的客戶實現圖4和5的基因入口；圖7是一個實施例的方法流程圖，用于提供給一個用戶有關基因表達式，或者微分式，實驗結果的基因產品信息；圖8是可以在圖5的入口應用計算機系統上執行的一個用戶服務管理器應用的一個實施例的功能方框圖；圖9是一個簡化圖，表示一個基因或探針設置標識符到數據庫的一個實施例，比如可以通過圖8的用戶服務管理器結合圖7的方法；圖10是一個圖示用戶接口的實施例，可以通過圖2的一個探針陣列分析應用來產生；以及圖11是另一個圖示用戶接口的實施例，可以通過圖2的一個探針陣列分析應用來產生。
詳述說明現在，結合參考基因入口400的一個示例實施例來描述系統、方法和計算機產品。所示的入口400處于圖4中的一個因特網環境中，并在圖5-11中進行了更詳細的示例。
在一個典型的實現中，入口400可以用于從帶有探針陣列的實驗中把有關結果的信息提供給一個用戶。該實驗通常包括使用掃描設備檢測探針靶對的雜交，和通過各種軟件應用程序分析檢測的雜交，現在結合圖1和2進行描述。探針陣列103各種技術和科技可以用于存放或合成在一個基片或支持物上的生物材料的密集的陣列。例如，由加利福尼亞Santa Clara Affvmetrix有限公司制造的AffymetrixGeneChip陣列，按照有時稱作VLSIPSTM(超大規模的固定聚合物綜合)的技術進行合成。VLSIPSTM技術的一些方面在下列的美國專利中都有描述5,143,854(Pirrung，et al.)；5,445,934(Fodor，et al.)；5,744,305(fodor，et al.)；6,022,963(Mcgall，et al.)；和6,083,697(Beecher，et al.)在。在此結合這些專利的全部內容作為參考。這些陣列的探針由低聚核苷酸組成，它通過一些方法來合成，該方法包括激活一個基片區和然后用選擇的單體溶液接觸基片的步驟。被激活的區域通過一個掩膜用一個光源顯示，這與在制造集成電路中使用的照相技術是相同的。基片的其他區域保持非激活狀態，因為掩膜阻斷了對它們的照射。通過重復激活不同的區域組和用基片接觸不同的單片溶液，在基片上產生了聚合物的不同的陣列。在這些方法的各種實現中使用了各種其他的步驟，比如從基片中洗滌未反應的單片溶液。
這些探針一般地連同標簽的生物試樣一起使用，比如細胞，蛋白質，基因或EST，其它的DNA序列，或其他的生物元素。在此稱為“目標”的這些試樣被處理以便它們與探針陣列中的確定探針空間上相關聯。例如，一個或多個化學標簽的生物試樣，即目標，在探針陣列上被分布。一些目標與至少空間上補償探針雜交和保持在探針的位置上，同時非雜交的目標被洗去。這些帶有它們的“標記”或“標簽”的雜交的目標因而與補償探針的目標有關。雜交的探針和目標有時可以被稱作“探針-目標對”。檢測這些對能出于各種目的，比如確定是否一種目標核蛋白酸具有與一個特定參考序列相同或不同的一個核苷酸序列。例如參看，美國專利No.5,837,832，涉及和結合了上面的內容。其它的使用包括基因表達式監視和評估(例如參見，美國專利No.5,800,992(Fodor，et al.)；美國專利No.6,040,138(Lockhart，et al.)；和國際申請號PCT/US98/15151，公開為WO99/05323(BALABAN，etal.))，基因類型(美國專利No.5,856,092，Dal，et al.)，或其他核蛋白酸的檢測。上述‘992’，‘138’，和‘092’專利，以及公開物WO99/05323，在此出于所有目的而結合參考它們的全部內容。
現存在有用于在一個基片或支持上沉積探針的其他的技術。例如，商業上在顯微鏡片上制造的“點狀陣列”。這些陣列包括液體點，它們包含潛在變化的合成物和濃縮物的生物材料。例如，在陣列中的一個點可以在一種水溶液中包括少許短條低聚核苷酸，或者它可以包括高濃縮的長條合成蛋白質。Affymetrix417TM陣列器是一種設備，它按照這些技術和方法，在一個顯微鏡片上沉積密集壓縮的生物材料陣列，這些技術和方法在PCT申請PCT/US99/00730(國際公開號WO99/36760)進行了描述，在此結合它的全部內容作為參考。此外，還存在用于產生點狀陣列的其他的技術。例如，美國專利nO.6,040,193(Winkler，et al.)是針對處理配制滴劑以產生點狀陣列。‘193專利，和美國專利No.5,885,837(Winkler)也描述了在一個基片上或在放量在基片的塊上使用微通道或密紋，以便合成生物材料的陣列。這些專利進一步描述了通過反應區上的惰性區和測試點把一個基片的反應區彼此隔離。在此結合參考‘193和‘837專利的全部內容。另外的技術是基于噴流生物材料以形成一個點狀陣列。其他實施的噴射技術可以使用諸如吸液比重計或壓力電子泵以推進生物材料。目前有各種其他的技術用于在一個基片上或在基片內合成，沉積，或定位生物材料。
為了確保合適的解釋在此使用的術語“探針”，應該注意在相關文獻中出現的相矛盾的慣例。在一些文章中使用的單詞“探針”并不涉及如上所述的在一個基片上被合成的或在一個載片上被沉積的生物材料，但在此被稱作“目標”。為避免混淆，在此使用的術語“探針”被稱作諸如按照VLSIPSTM技術合成的那些探針；以便生成點狀陣列的沉積的生物材料；和合成的，沉積的，或定位的試樣以形成按照其他目前的或未來技術的陣列。這樣，出于方便，按照任何這些技術形成的微陣列此后可以被通常和集中地稱作“探針陣列”。而且，術語“探針”并不限于固定在陣列格式中的探針。相反，對于其它并行的試驗設備，描述的功能和方法對于提供基因組信息和智能e-商業也是有用的。例如，這些功能和方法可以被應用于探針設置標識符，識別在珠子上和珠子中的，光纖中的，或其他物質或媒介的固定的探針。
典型的探針通過檢測在目標中出現mRNA的轉錄存在或分布量能夠檢測對應的基因或EST的表達式。通過檢測標簽的cRNA可以依次地完成這種檢測，該標簽的cRNA是從目標中的mRNA導出的cDNA中導出的。通常，一個探針設置包含在唯一轉錄區中的子序列和不對應于一個完整的基因序列。在此通常使用的單詞“設置”涉及一個或多個；例如，探針設置可以由一個或多個探針組成，和一組探針設置標識符可以由一個或多個探針設置標識符組成。掃描儀190圖1是一個系統的功能方框圖，尤其適用于在其他事情中分析已經被標簽的目標雜交的探針陣列。圖1的表示雜交的探針陣列103可以包括任何類型的探針陣列，如上所述。使用各種商業設備可以檢測在雜交探針陣列103中的標簽的目標，出于方便此后稱作“掃描儀”。圖1所示的一個示例的設備是掃描儀190。通過從標簽中檢測熒光或其他的輻射，或者通過發射的，反射的，或散射的輻射掃描儀成像目標。出于方便，此后這些處理通常集中的簡單稱作“輻射”的檢測所使用各種的檢測方案。取決于輻射和其它因素的類型。一個典型的方案是使用光和其它的元素以提供激勵光和選擇性地收集輻射。此外，通常包括使用光電二極管，電荷耦合器，光電倍增管，或類似的設備以便登記收集輻射的各種光檢測器系統。例如，使用熒光標簽的一種掃描系統在美國專利No.5,143,854中被描述，可以參考上述內容進行結合。在美國專利5,578,832；5,631,734；5,834,758；5,981,956和6,025,601，以及在PCT申請PCT/US99/06097(公開號WO99/47964)中描述了其他的掃描儀或掃描系統，在此出于所有目的結合參考它們的全部內容。
掃描儀190提供表示檢測的輻射的強度(也可以是其它的特征，比如顏色)的數據，以及在基片上檢測到輻射的位置。該數據一般以一種數據文件的形式被存儲在一個存儲器設備中，比如在用戶計算機100的系統存儲器120中。一種類型的數據文件，比如圖2所示的圖像數據文件212，一般包括對應于掃描基片的子區域的元素的強度和位置信息。在文章中的術語“元素的”意味著來自該區域輻射的強度，和/或其他的特征，每個表示一個單一的值。當顯示成用于觀看或處理的一個圖像時，元素的圖像元素，或像素，通常表示該信息。因此，例如，一個象素具有從基片掃描輻射時表示基片子區域元素的強度的一個單一的值。該象素也可以具有表示另外特征的另外的值，比如顏色。例如，在其中檢測高強度輻射的一個掃描的元素的子區域可以通過具有高亮度的象素表示(此后，稱為“明亮”像素)，和低強度輻射可以通過低亮度(一個“暗淡”像素)的一個象素來表示。可替換的，可以作出一個象素的彩色值來表示強度，顏色，或檢測的輻射的其他的特征。這樣，一個高亮度輻射的區域可以被顯示成紅象素以及一個低亮度輻射區域可以被顯示成藍像素。作為另一個例子，在基片的特定的子區域上的一個波長的檢測的輻射可以被表示成紅象素，和在另一個子區域上檢測的第二波長的輻射可以通過一種接近的藍像素表示。許多其他的方案是已知的。探針陣列分析應用199一般的，人們可以檢查一個打印的或顯示的由一個圖像文件中的數據構成的圖像并可以識別那些是明亮的或暗淡的單元，或者另外通過一個像素特征(比如顏色)來識別。然而，這需要頻繁的以一種自動化的，可計量的，和重復性的方式提供該信息，這是與各種圖像處理和/或分析技術相兼容的。例如，通過有關位置的計算機應用可以提供信息來用于處理，在該位置上用已知的位置檢測雜交的目標，在已知的位置上，已知的相同的探針被合成或沉積。諸如目標DNA或RNA的核苷酸或單體的信息則可以被推導。已經描述了作出這些推導的技術，例如，在美國專利No.5,733,729(Lipshutz)中，和美國專利NO.5,837,832中，在此出于各種目的結合參考它們的全部內容。
商業上可獲得各種的計算機軟件應用程序來用于控制掃描儀(和其他的有關雜交處理的儀器，比如雜交箱)，以及用于獲得和處理由掃描儀提供的圖像文件。示例是來自Affymetrix公司的JaguarTM應用程序，這一方面描述在美國臨時專利申請，序列號為60/226,999，于2000年8月22日申請，和來自Affymetrix的微陣列程序應用，這方面描述在美國臨時專利申請，序列號為60/220,587，于2000年7月25日申請。由這些應用程序產生的處理過的圖像文件通常被進一步處理以提取附加的數據。特別是，數據挖掘軟件應用程序通常用于輔助標識和分析生物上的所關心的模式或探針設置的雜交的程度。Affymetrix數據挖掘工具是這種類型的一個軟件應用的例子。此外，軟件應用程序用于存儲和管理通常由探針陣列實驗和通過上述的圖像處理和數據挖掘軟件產生的大量的數據。Affymetrix實驗室信息管理系統(LIMS)是這些數據管理應用程序的一個例子，它的這些內容被描述在美國臨時專利申請，序列號為60/220,645，于2000年7月25日提交申請。此外，由數據庫管理軟件訪問的各種特性數據庫，比如AffymetrixEASI(表達式分析序列信息)數據庫和數據庫軟件，提供給研究者探針設置和基因或EST標識符之間的關系。在這段中提到的所有專利申請在此結合參考它們的全部內容。
出于參考的方便性，這些類型的計算機軟件應用程序(即用于獲得和處理圖像文件，數據挖掘，數據管理，各種數據庫和與有關探針陣列分析的其他的應用程序)在圖1中通常集中的表示為分析應用程序199。圖2是探針陣列分析應用程序199的一個功能方框圖，如示例存儲用于執行的(對應于應用程序199的可執行的代碼199A)在圖1的用戶計算機100的系統存儲器120中的程序。
作為本領域技術人員應該清楚，應用程序199存儲在和/或從計算機100執行并不是必需的；相反，應用程序199的一些或全部可以存儲在和/或從一個應用程序服務器或者其他的計算機平臺執行，它們在一個網絡中被連接到計算機100。例如，對于涉及大規模數據庫操作的應用程序就具有特別的優越性，比如AffymetrixLIMS或者Affymetrix數據挖掘工具(DMT)，將從一個數據庫服務器來執行，比如圖4的用戶數據庫服務器412。可替換的，LIMS，DMT，和/或其他的應用程序可以從計算機100上執行，但在其上運行的那些應用程序的數據庫的一些或全部可以被存儲來用的在服務器412上公共訪問(可能連同一個數據庫管理程序，比如來自Oracle公司的Oracle8.0.5數據庫管理系統)。按照已知的技術使用商業上可用的硬件和軟件就可以實現這樣的網絡安排，比如那些可用于一個局域網絡或廣域網的。圖4中表示了通過網絡電纜480將用戶計算機100連接到用戶數據庫服務器412(并連接到用戶端因特網客戶410，它可以是相同的計算機)的一個局域網。同樣的，出于控制掃描儀190和接收從它輸入的數據的目的，可以使掃描儀190(或多個掃描儀)經電纜480用于一個用戶的網絡。
再參考圖2，可執行的應用程序199A以各種格式產生各種類型的數據，那些所顯示的僅僅作為示例。出于方便，在此使用的術語“文件”涉及由可執行應用程序199A產生的或使用的數據，但可以使用相關領域的已知的可替換技術的任何類型的用于存儲，傳送，和/或操作的數據。在該圖的例子中，數據分析程序210從掃描儀190接收圖像數據文件212并在其中產生單元強度文件216。該例子的文件216包含由掃描儀190掃描的每個探針，表示對于那個探針由掃描儀190測量的象素強度的單一的值。這樣，該值是出現在目標中的標記的mRNA的分布量的一個測量，而該目標雜交到相應的探針。許多這樣的mRNA可以出現在每個探針中，作為一個探針可以包括，例如，設計的成百萬的低聚核苷酸儀以檢測nRNA。
在示例的例子中，探針陣列數據分析程序210產生一個包含有關試驗，抽樣，和探針陣列信息的實驗信息文件213，該文件通常由用戶101輸入。該示例的數據分析程序210的一個主要的功能是分析文件216和/或文件212，可能連同來自文件213的信息和內部庫文件(未顯示)，它們規定了探針和控制的序列和位置的細節。諸如該例的數據分析程序210的程序的目的通常是提供信息，比如雜交程度，絕對的和/或微分(在兩個或更多的實驗上)表達式，基因型比較，多形態和變種檢測，以及其他分析的結果。在該例中，文件215表示這種數據分析程序210的分析輸出。數據分析程序210可以處理文件215以生成報告文件214，它可以響應用戶101的有關形式和內容的請求。作為本領域普通技術人員來說應該清楚的是，由示例的數據分析程序210產生的前述的和后述的文件，報告，以及數據表示僅僅是示例，可以以許多其他的方法處理，組合，安排，和/或表示描述的數據以及其他的數據。
此外，數據分析程序210產生各種類型的曲線、圖、表格和其他的表格式的和/或圖形的諸如包含在文件215中的分析數據的表達式。在圖10中顯示了一個示例，顯示了一個圖形用戶接口(GUI)1000，它具有分散式繪圖窗口1010和表格式窗口1020。在分散繪圖窗口1010中，直線1011對在不同實驗中由探針設置組測量的微分式的等級提供一個參考基準。點的位置，每個點表示來自一個或多個微陣列的一個探針設置，沿著一個軸規定在一個實驗或一組實驗(例如，測量控制采樣的實驗)中探針設置的表達式的程度，和沿著其他的軸，另一個實驗或另組實驗中的表達式的程度等級(例如，測量疾病采樣的實驗)。
在圖10中，用戶101具有圍繞著群集點1016的一個劃界線1014(使用現有已知的技術)。在表格式窗口1020中，對應于窗口1010中一個點的每個探針設置被識別和被描述在一個分離的行中。在該例中，以及如在列1034中一樣行輸入項包括在一個特殊試驗中表達等級的測量(如在列1032)一樣，一個指示是否表達式在實驗中不存在(A)或存在(P)。對應于點的行，即探針設置組，包圍在環圈1014中的在窗口1020中被高度照亮以便用戶101可以容易的識別有關選擇的探針設置組的信息。此外，如在列1036一樣，在窗口1020中的每行包括一個探針設置標識符。
例如，對應于行1021和1022的該探針設置被加亮去示出在窗口1010中已經圍繞其相應的點。在列1036中對于這些行，即，”M13903_at″和″M14091_at″的輸入項分別是用于其相應的探針設置的探針設置標識符。因此圖10是說明了由用戶101可以選擇探針設置標識符的很多技術。尤其是，用戶101在當前的例子中通過在窗口1010圍繞的點(而在這樣情況下，該選擇的探針設置標識符包括圍繞的點)和/或在窗口1020中通過挑選一個行進行這些選擇(而在這樣情況下，該選擇的探針設置標識符包括在列1036中的名稱)。如圖2所示，探針設置標識符222表示這些或者其他的可以由用戶101通過施加諸如數據分析程序210提供用于選擇的探針設置標識符。此外，在這個例子的用于命名探針設置的數據分析程序210中使用的協定包括有時表示該基因的接入編號或者對應于該探針設置的EST信息。例如，在行1021中的探針設置標識名“M13903_at”表示基因的接入編號或者對應于該行是M13903的對應于該探針設置的EST。在其他的例子中，該相應的接入編號可以直接顯示。用于由用戶101選擇的這些接入編號的設備是由在圖2中的接入編號124表示的。雖然，如所說明的，接入編號可以起一種探針設置標識符的作用(因此接入編號124可以被認為是探針設置標識符222的一個子組)，為了說明和討論方便起見，在圖2中它們被清楚地示出。
其他的可執行的應用199A，諸如數據挖掘工具220也可以提供探針設置標識符222(選擇性地包括接入編號224)給用戶101。另一個例子是數據庫應用230，其中一個說明性的GUI在圖11中表示。數據庫應用230是一個用于相關探針設置的應用程序，一般地對于相應的基因或者EST通過探針設置標識符，諸如名稱、號碼和/或符號識別。數據庫230的一個例子是來源于上述注釋的Affymetrix公司的EASI數據庫應用。在圖11的例子中，GUI 1100包括一個查詢窗口1110，和一個結果窗口1120。如圖11所示，按照已知的技術，通過選擇一個特定的探針陣列1112和與陣列1112相關的說明文字部分1114或者任何與陣列1112相關的探針設置，用戶101有效地已經產生一個查詢。應用程序230實施該數據庫(未示出)的搜索，并且在窗口1120中顯示該查詢的結果。如在下面相對于圖5的數據庫的說明，數據庫應用程序230以及其相關的數據庫的功能也可以或選擇性地被包括在入口400內，使得由數據庫管理512通過詢問本地程序庫數據庫516滿足該用戶的查詢。在兩種情況下，該用戶查詢的結果一般地包括滿足該查詢的探針陣列的標識，例如陣列1122，以及探針設置標識符，例如標識符1124以及1126。如在先前舉例的，被給予標識符1124的名稱″AF058789_at″可以表示是對應于其標識的探針設置的基因的接入編號或者EST。用戶101可以用相應的標識符1126加亮一個探針設置標識符，諸如在圖11示出的。窗口1120的公認的樹狀結構表示通過標識符1126識別的該探針設置是安排在陣列1122上的。通過標識符1126識別的與該探針設置相關的描述性信息也被加亮，并且以與標識符1126一樣的樹狀結構在相同的行中顯示。
在圖2中示出的LIM應用225也是作為一個可執行的分析應用程序199A的示范的例子。應用225可以管理由數據分析程序210(例如文件212-216)使用或者產生的文件，以及由DMT 220及其他類型的探針陣列分析應用程序產生或者使用的文件或者數據。LIM 225可以隨著時間的過去存儲、保持、處理以及顯示由一個或多個實驗者產生的這些及其他數據，去簡化管理和實驗計劃以及就其結果提出報告。基于程序庫數據庫(未示出)，LIM 225也可以提供在圖2中由文件217(在下面進行描述)表示的SIF信息。如上所述相對于應用程序230，文件217可以選擇或者另外地由入口400存儲和保持。例如，SIF信息可以存儲在本地程序庫數據庫516中，并且由數據庫管理512管理，它可以包括LIM諸如LIM 225或者合并某些或者所有其功能。用戶計算機100在圖1中示出的用戶計算機100可以是特別設計和裝備的計算裝置，以支持和執行探針陣列應用程序199的某些或者所有功能。計算機100也可以是現在或今后開發的任何各種類型的通用計算機，諸如個人計算機、網絡服務器、工作站或者其他的計算機平臺。計算機100一般地包括已知的元器件，諸如處理器105、操作系統110、圖形用戶界面(GUI)控制器115、系統存儲器120、存儲器存儲設備125以及輸入輸出控制器130。相關領域的技術人員將明白，計算機100的元件存在許多可能的配置，未示出的某些元器件一般地可以包括在計算機100內，諸如超高速緩沖存儲器、數據備份單元以及許多其他的設備。處理器105可以是商用的處理器，例如由英特爾公司制造的Pentium處理器、由Sun微系統制造的SPARC處理器，或者可以是可用的其他的處理器的一種。處理器105執行操作系統110，例如它可以是來源于微軟公司的Windows類型操作系統(諸如具有SP6a的Windows NT4.0)；可以從許多賣方獲得的Unix或者Linux類型操作系統；其它的或者未來的操作系統；或者他們的某些組合。操作系統110與程序包和硬設備以公知的方式接口，并且便于處理器105協調和執行以各種編程語言編寫的不同的計算機程序的功能。操作系統110一般地和處理器105協同，協調和執行計算機100的其他的組成部分的功能。操作系統110還完全按照已知的技術提供時刻表、輸入輸出控制、文件和數據管理、存儲器管理，以及通信控制以及相關的業務。
系統存儲器120可以是任何已知的或者將來出現的存儲裝置設備。例如它包括任何一種通常可用的隨機存取存儲器(RAM)、諸如駐留數據的硬盤或者磁帶的磁性介質、諸如直讀式記錄光盤的光學介質、或者其他的存儲器存儲設備。存儲裝置設備125可以是任何已知的或者將來出現的設備，包括高密度盤驅動器、磁帶驅動器、活動硬盤驅動器、或者軟盤驅動器。這種類型的存儲器存儲設備125一般分別從程序存儲器介質(未示出)讀取和/或寫入，諸如高密度盤、磁帶、活動硬盤或者軟磁盤。所有的這些程序存儲器介質，或者其它的現在在用或者稍后可能開發的可以認為是計算機程序產品。顯然，這些程序存儲器介質一般地存儲計算機軟件程序和/或數據。也稱作計算機控制邏輯的計算機軟件程序一般地存儲在系統存儲器120中和/或結合存儲器存儲設備125使用的該程序存儲器設備中。
在某些實施例中，所描述計算機程序產品包括在其上存儲的具有控制邏輯(計算機軟件程序，包括程序代碼)的計算機可用的介質。當由處理器105執行的時候，該控制邏輯使處理器105去實施在此處描述的功能。在另外一個實施例中，例如，某些功能主要是在使用硬設備狀態機的硬設備中實施的。硬設備狀態機的實現使得實施在此處描述的功能將對相關領域的技術人員來說是顯而易見的。
輸入輸出控制器130可以包括用于接受和處理來自用戶信息的任何種類的已知設備，無論是人工或者機械，無論本地或者遠程。上述的設備包括，例如，調制調解器卡、網絡接口卡、聲卡或者其他類型用于任何種類已知的輸入裝置102的控制器。輸入輸出控制器130的輸出控制器可以包括用于呈現信息給用戶的任何種類已知的顯示設備180的控制器，無論是人工或者機械，無論本地或者遠程。如果一種顯示設備180提供視覺信息，這種信息一般地可以是邏輯上和/或物理上組織為圖象元素的陣列，圖象元素往往被稱為像素。圖形用戶界面(GUI)控制器115可以包括用于在計算機100和用戶101之間提供圖形輸入輸出接口以及用于處理用戶輸入的任何種類已知的或者未來的軟件程序。在舉例說明的實施例中，該計算機100的功能性單元通過系統總線104彼此通信。這些通信的某些在不同的實施例可以使用網絡或者其他類型的遠程通信來實現。
對于那些有關領域的技術人員來說，如果以軟件實施，應用程序199可以經由輸入裝置102中的一種載入系統存儲器120和/或存儲器存儲設備125將是顯然的。應用程序199的全部或者部分也可以駐留在只讀存儲器或者存儲器存儲設備125的類似裝置中，上述的設備不要求應用程序199首先經由輸入裝置102加載。那些本領域的技術人員將明白，為方便運行，應用程序199或者其部分可以由處理器105以已知的方式加載到系統存儲器120或者超高速緩沖存儲器(未示出)或者兩個上述存儲器中。獲得基因組數據的傳統技術用于經因特網獲得基因組數據的若干常規方法是可利用的，其中一些在由Ouelette和Bzevanis所編的書中描述，合并在上面作為參考。圖3是一個表示簡化的例子的功能方塊圖。如圖3所示，用戶101可以查閱任何很多公用的或者其他資料以獲得接入編號224′。如手工操作312表示的，用戶101通過經由任何網絡瀏覽器進入醫學和國家衛生研究所(如2001年1月可訪問的因特網URL http//www.ncbi.nlm.nih.gov)的國家圖書館的國家生物技術信息(NCBI)中心的因特網網址啟動請求312。尤其是，用戶101可以進入Entrez搜索與檢索系統，其在NCBI從不同的數據庫提供信息。這些數據庫提供對于核苷酸序列、蛋白質的序列、大分子結構、整體基因組以及相關于此公布數據的信息。示例性地假定，用戶101以此方式進入NCBI Entrez核苷酸數據庫314，并且接收包括基因或者EST序列316的信息。特別地，如果接入編號224′表示大量(例如一百)感興趣的EST或者基因，作為可以容易地去做探針陣列實驗的分析的情況，迄今描述的操作任務可能花費很多時間，或許幾小時。
用戶101一般地從序列316復制序列信息，并且通過NCBI的BLAST網頁324(如2001年1月在http//www.ncbi.nlrn.nih.gov/BLAST/可訪問)粘貼這個信息進入到可訪問的HTML文件之內。這個由用戶啟動的圖3的批BLAST請求322表示的操作，如果包括許多序列，它也可能是耗費時間的和冗長的。BLAST是基本本地定位搜索工具的縮寫，在該領域是眾所周知的，并且由相似性搜索程序組成，使用試探式算法尋找對于兩個蛋白質和DNA的序列數據庫去尋找本地定位。例如，用戶101可以使用″blastn″核苷酸序列數據庫實施BLAST搜索。由類似的核苷酸和/或蛋白質的序列數據326表示的這個批BLAST搜索的結果對于用戶101持續很多小時可能是不行的。然后用戶101可以手動地或者使用各種各樣的軟件工具啟動比較和估計332，。隨后用戶101可以報出報告334，以解釋搜索的發現和定位策略以及對于下一步實驗的要求從用戶101輸入到基因組入口400圖4是一個示例性說明由用戶101可以與基因組網入口400連接配置的功能方塊圖。應該會明白，圖4只是簡化和說明性地，在圖4示出的網絡和因特網連接的很多的實施和變化對于那些本領域的普通技術人員將是顯然的。
用戶101利用用戶計算機100和如上所述的的分析應用程序199(包括產生和/或訪問文件212-217的某些或者全部)。如圖4所示，在這個例子中，將文件212-217保持在用戶數據庫服務器412上，用戶計算機100經網絡電纜480耦合到用戶數據庫服務器412。計算機100′、100″以及在局域網或者包括企業內部網、因特網或者任何其他網絡的廣域網中的其他用戶的計算機也可以經電纜480耦合到服務器412。
應該明白電纜400僅僅代表任何類型的網絡連通性，它可以包括電纜、發射機、中繼站、網絡服務器以及許多未示出但是對于那些相關領域普通技術人員是顯然的其他的組成部分。經用戶計算機100，用戶101可以操作由用戶端因特網客戶410提供的網瀏覽器去通過因特網499與入口400通信。入口400可以是類似于經因特網499與其他的用戶和/或用戶的網絡通信，如由因特網客戶410′和410″表示的。
如前所述，由用戶101提供給入口400的信息一般包括一個或多個″探針設置標識符″。這些探針設置標識符一般地作為在探針陣列上實施的實驗的結果以引起用戶101的注意。例如，用戶101可以選擇那些能夠允許從相應的特別感興趣的基因或者EST的檢測mRNA轉錄表示的標識微陣列探針的探針設置標識符。正如本領域中眾所周知的，一個EST是不能充分地表征基因序列的片段，然而一個基因序列通常是完全和充分地表征的。該詞″基因″在此處通常用于涉及基因的已知序列的全部大小，以及涉及可計算推算的基因。在某些實施中，由該陣列檢測的代表這些基因或者EST具體的序列可以被稱為″序列信息片段(SIF)″，并且如上所述相對于LIMS 225操作可以記錄在″SIF文件″中。在特定的實施中，一個SIF已經認為是較好地代表來自給定基因或者EST的mRNA轉錄的交感序列的一部分。該交感序列可能是通過比較和分組EST取得的，并且也可能通過比較EST與基因組序列信息取得的。一個SIF是在該陣列上具體地設計用于探針的交感序列的一部分。相對于網入口400的操作，假定某些微陣列探針設置可以設計成基于EST序列能檢測基因的表達式。
如上所述，術語″探針設置″泛指來自在微陣列上的一排探針的一個或多個探針。例如，在一個AffymetrixGeneChip探針陣列中，其中探針是在襯底上人工合成的，探針設置可以由30或者40個探針組成，一般地其中一半被控制。這些探針共同的或者以它們某些或者全部不同的組合被認為是表示基因或者EST的表達式。在定點探針陣列中，一個或多個點可以同樣地構成一個″探針設置″。
該術語″探針設置標識符″被廣泛地在此處使用，其中很多類型的這種標識符可能和將要被包括在這個術語的含義內。探針設置標識符的一種類型是名稱、號碼或者其他的分配給識別探針設置的目的的符號。這個名稱、號碼或符號例如可以是由該探針陣列的制造商任意地分配給探針的設置。例如用戶可以通過加亮或者鍵入該名稱選擇這個類型的探針設置標識符。作為在此處想要的另一種類型的探針設置是圖形表示的探針設置。例如，可以在分散繪圖或者其他的示意圖上顯示的那些點，其中每個點代表一個探針設置。
典型地，在圖上該點的位置表示在一個或多個實驗中來自混合、標記的、目標(在下面更詳細描述)的、信號的強度。這樣的話，用戶通過敲擊、畫一個圍繞的環，或者選擇一個或多個點可以選擇一個探針設置標識符。在與數據分析程序210的操作結合，并且更具體地說，與相對于用戶101畫圍繞在散繪圖上的繪環1014，和/或選擇與加亮行1021或者1022有關的名稱或者接入編號結合來提供上述選擇的例子。其他的例子在上面相對于由用戶101在數據庫中選擇的行1126提供，該數據庫以接入編號和其他的基因組信息來相關探針設置。
作為在此處使用的術語，另一個類型的探針設置標識符包括核苷酸序列。例如，說明性地假定特定的SIF是500堿基的單一順序，其是共同序列的一部分或者從EST和/或基因組序列信息收集的標本序列。進一步假定一個或多個探針設置被設計成能代表該SIF。因此規定500堿基序列全部或者一部分的用戶可以認為已經具有對應的探針設置的全部或者某些。作為進一步的例子，用戶可以規定500堿基順序的一部分，它可以是SIF唯一的，或者也可以標識另一個SIF、EST、EST的群、交感序列和/或基因分組。在那種情況下，該用戶已經對于一個或多個基因或者EST規定探針設置標識符。在另一個變化中，說明性地假定特定的SIF是特定的交感序列的一部分。進一步假定用戶規定交感序列的一部分是未包括在該SIF內，而對將要表示的交感序列或者基因或者EST的交感序列是唯一的。在那種情況下，即使用戶規定的序列未包括在該SIF內，由用戶規定的該序列是對應于該SIF標識該探針設置的探針設置標識符。作為那些有關領域的技術人員現在將會理解，相對于EST和基因或者EST的部分序列的用戶說明要求并聯的情況是可能的。
探針設置標識符的另一個例子是基因或者EST的一個接入編號。基因和EST接入編號是公開可利用的。因此一個探針設置可以通過接入編號或者一個或多個EST和/或對應于該探針設置的基因的號碼識別。在探針設置和EST的或者基因之間的一致性可以在適當的數據庫中保持，諸如由數據庫應用程序230或者本地程序庫數據庫516訪問的，其中該一致性可以提供給用戶。同樣地，對使用其公開可利用的接入編號作為探針設置標識符的目的來說，除EST以外的基因片段或者序列可以被映射(例如，通過查閱適當的數據庫)給相應的基因或者EST。例如，用戶可以對與特定的SIF相關的產品或者基因組信息感興趣，特定的SIF源自于EST-1和EST-2。該用戶可以裝備有在SIF (或者SIF序列的部分或者全部)和EST-1或者EST-2或者雙方之間的一致性。為了獲得與該SIF相關的產品或者基因組數據，或者它的部分序列，該用戶可以選擇EST-1、EST-2或者兩者的接入編號。基因組網入口400基因組網入口400提供給用戶101與一個或多個基因或者EST相關的數據。每個基因或者EST具有至少一個對應的通過探針設置標識符識別的探針設置，正如所述的，作為說明性的和非限制性的例子，該探針標識符可以是號碼、名稱、接入編號、符號、圖形表示(例如點或加亮的列表的條目)、或者核苷酸序列。該相應的探針設置能夠允許檢測其對應的基因的表達式。響應用戶選擇的一個或多個探針設置標識符，入口400給用戶101提供基因組信息和/或關于生物制品的信息。這個信息可以有助于用戶101解析實驗的結果，以及設計或者實施后續的實驗。
圖5是入口400的許多可能的實施例的一個的功能方塊圖。在這個例子中，入口400具有包括三個計算機平臺的硬件組成部分數據庫服務器510、因特網服務器530以及應用服務器520。入口400的不同的功能單元，諸如數據庫管理器512、輸入和輸出管理器532和534，以及用戶服務管理器522在這些計算機平臺上執行其操作。即，在一個典型的實施中，管理器512、532、534以及522的功能是通過軟件應用的執行以及通過由服務器510、530以及520代表的計算機平臺來執行的。入口400首先相對于其計算機平臺描述，然后相對于其功能單元描述。
雖然它們典型地屬于通常被稱為服務器的計算機類別，服務器510、520以及530的每一個可以是任何類型的已知的計算機平臺或者在未來將開發的類型。但是，它們也可以是主機、工作站或者其他的計算機類型。它們通過任何已知的或者未來的電纜類型或者其他的通信系統連接，雙方聯網或者不聯網。它們可以是相互定位或者它們實際上可以是分離的。根據類型和/或所選定的計算機平臺構成，在任何計算機平臺上可以采用不同的操作系統。合恰的操作系統包括Windows NT、Sun Solaris、Linux、OS/400、康柏Tru64、Unix、SGIIRIX、西門子Reliant Unix等等。
以此方式在多個計算機平臺上執行入口400的功能存在很大的優點，諸如低成本調配、數據庫轉換或者轉換為企業應用程序，和/或更有效的防火墻。但是，其他的配置也是可能的。例如，對于那些相關領域的普通的技術人員是眾所周知，除了由圖5表示的三層服務器端組成部分之外，所謂的雙重的或者N層結構是可能的。例如，參見E.Roman的Mastering Enterprise JavaBeansTM和JavaTM2平臺(John Wiley& Sons公司，NY，1999)和J.Schneider以及R.Arora的Using EnterpriseJavaTM(Que公司，Indianapolis 1997)，為了通用的目的在其整體中在此合并參考其中兩者。
很清楚未在圖5中示出的用于因特網商務的許多硬件和相關的軟件或者程序包組成部分可以在服務器端結構中實施。對于實施一個或多個防火墻的組成部分去保護數據和應用程序、不間斷電源供給、局域網交換機、網絡服務器路由軟件以及許多其他的組成部分都未示出。同樣地，通常包括在服務器類別計算平臺中的各種計算機組成部分和其他的類型計算機將被包括但是未示出。例如，這些組成部分包括處理器、存儲單元、輸入/輸出設備、總線及其上面說明的與用戶計算機103有關的組成部分。那些本領域普通的技術人員將會容易地理解如何實現這些及其他常規的組成部分。
入口400的功能單元也可以按照各種軟件提供商和平臺實現(雖然不排除入口400的某些或者全部的功能也可以以硬件或者程序包實現)。在各種各樣的商用產品之中可利用用于實現電子商務網入口的產品是來自BEA系統的BEA WebLogic，它是所謂的″中間件″應用程序。這些及其他中間件應用程序有時被稱為″應用服務器″，但是不要與應用服務器520混淆，應用服務器520是一個計算機。這些中間件應用程序的功能通常是將輔助其他的軟件單元(諸如管理器512、522或者532)去共享資源和協調行為。該目標包括使寫入、保持以及改變該軟件單元更容易，以避免數據阻塞，并且防止系統死機或者從系統故障中恢復。因此，這些中間件應用程序可以提供加載平衡、失敗經過以及故障容忍度，有關領域的普通的那些技術人員將理解所有的這些特征。
其他的開發產品，諸如來自Sun微系統公司的JavaTM2平臺可以在入口400中采用以提供一套應用編程接口(API)，尤其是提高實施可升級的和安全的組成部分。來源于Sun微系統的被稱為J2EE(JavaTM2企業版)的平臺被配置用于隨企業JavaBeans使用。企業JavaBeans使用以Java語言編寫的分布式目標應用程序簡化服務器端組成部分的結構。因此，在一個實施中，入口400的功能單元可以以Java編寫，并且使用J2EE和企業JavaBeans實現。如由那些本領域普通的技術人員理解，各種各樣的其他的軟件開發方法或者結構可以用來實現入口400的功能單元以及其相互連接。
這些平臺和組成部分的一個實施在圖6中示出。圖6是一個簡化的圖形，說明在用戶方上用戶端因特網客戶410和在入口端上因特網服務器530的輸入和輸出管理器532和534之間的交互作用，以及在入口400的三層(服務器510、520以及530)之中的通信。在客戶410上的瀏覽器605向服務器530發送和從服務器530接收HTML文獻620。HTML文獻625包括applet 627。在用戶計算機103上運行的瀏覽器605提供一個用于applet 627的運行時間容器。在服務器530上的管理器532和534的功能，諸如GUI操作的實現可以隨JavaTM平臺操作通過servlet和/或JSP 640實現。在服務器530上執行的servlet引擎提供一個用于servlet 640的運行時間容器。來自Sun微系統公司的JSP(Java服務器主頁)是一個用于GUI操作的文字類環境，一種備選方案是來自微軟公司的ASP(活動服務器主頁)。App服務器650是在上面被稱為中間件的產品，并且在應用服務器520上執行。EJB(企業JavaBeansTM)是一種規定用于企業beans結構的標準，它是應用程序組件。類似地，CORBA(通用的對象請示代理軟件結構)是一種用于分布式目標系統的標準，即，由CORBA標準是通過CORBA依次的產品諸如JavaTMIDL來實現的。一種EJB依從的產品的例子在上面被稱為WebLogic。對于那些有關領域的技術人員來說，用于因特網入口和其與客戶通信的標準、平臺、組成部分及其他單元的實施的更詳細的資料是為大家所熟知的。
如上所述，入口400的一個功能單元是輸入管理器532。管理器532從用戶101經因特網499接收一組，即一個或多個探針設置標識符。管理器532處理和轉發這些信息給用戶業務管理器522。這些功能被按照已知的為因特網服務器的操作所共用的技術實施，也通常以類似的文字引用介紹該服務器。入口400的另一個功能單元是輸出管理器534。也按照那些已知的方法，管理器534經因特網499提供由用戶業務管理器522組合的信息給用戶101，其中一個方面相對于圖6描述如上。由管理器522組合的信息在圖5中表示為數據524，標記為″響應用戶請求綜合的基因組和/或產品網頁″。在一定意義上，該數據尤其是至少部分地基于該數據被集成在由用戶101的探針設置標識符的技術規范上，因此對應于那些標識符該基因和/或EST具有共享的關系。由管理器534代表的數據524可以按照各種已知的方法實現。作為某些例子，數據524可以包括HTML或者XML文獻、電子郵件或者其他文件、或者其他形式的數據。該數據可以包括因特網URL地址，使得用戶101可以從遠端源取回附加的HTML、XML或者其他的文獻或者數據。
入口400進一步包括數據庫管理器512。在舉例說明的實施例中，數據庫管理器512協調來自或者到任何本地數據庫511、513、514、516以及518的數據的存儲、維護、補充等等其他的傳輸。管理器512可以和適當的數據庫應用程序，諸如Oracle 8.0.5數據庫管理系統合作實現這些功能。
在某些實施中，管理器512周期性地更新本地基因組數據庫518。在數據庫518中的數據更新包括與一個或多個探針設置相應的基因或者EST相關的數據。該探針設置可以在任何微陣列產品上使用或者計劃使用，和/或期望或者計劃在任何制造商或者研究人員的微陣列產品中使用。例如，該探針設置可以包括在來自Affymetrix公司庫存的GeneChip探針陣列上人工合成的所有的探針設置，包括其Arabidopsis基因組陣列、CYP450陣列、果蠅基因組陣列、大腸桿菌基因組陣列、GenFlexTM標記陣列、HIV PRT Plus陣列、HuGeneFL陣列、人類基因組U95組、HuSNP探針陣列、鼠科的基因組U74組、P53探針陣列、老鼠基因組U34組、老鼠神經生物學U34組、老鼠毒物學U34陣列或者酵母基因組S98陣列。該探針設置也可以包括那些在常規陣列上用于用戶101或者其它的人工合成的。但是，在數據庫518中更新的數據沒必要如此限制。而是，其可以涉及許多基因或者EST。可以存儲在數據庫518的數據的類型相對于管理器522的操作描述如下，直接定期從遠端源采集這些數據，在數據庫518中提供在本地保持的數據給用戶。
數據庫516包括在上面相對于數據庫應用程序230所引用的數據類型，即，與其相應的基因或者EST以及其標識符相關的數據。數據庫516也包括SIF及其他程序庫數據。用戶業務管理器522有時將相對于程序庫及其他數據更新的信息提供數據庫管理器512。有時候，雖然這些信息也可以被公開進行利用，作為在網絡站點上用于加載，但這些更新信息將由專有信息的擁有者或者管理者提供。
在本地產品數據庫514中由管理器512存儲的信息可以同樣地由賣方、銷售者或者代理商提供或者從公共資源諸如網絡站點中獲得。各式各樣的相關產品信息可以包括在數據庫514中，其中例如包括實用性、價格、成分、適宜性或者訂購數據。該信息可以涉及各式各樣的產品，包括所有的類型的生物設備或者物質，或者所有的類型的可以用于生物設備或者物質的試劑。只提供幾個例子，如該設備、物質或者試劑可以是一種低聚核苷酸、探針陣列、克隆、抗體或者蛋白質。存儲在數據庫514中的數據也可以包括鏈接，諸如因特網URL地址，到產品數據可利用的遠端地址，諸如賣方網址。
數據庫511包括與探針的序列有關的探針設置標識符的信息。這些信息可以由探針的制造商、設計探針用于定點陣列或者其他的常規陣列的研究人員或者其它人來提供。此外，入口400的應用不局限于以陣列形式排列的探針。如所述的，探針可以固定在小珠、光纖或者其他的襯底或者介質上或者之中。因此，數據庫511可能也包括考慮這些探針序列的信息。
數據庫519包括用戶和它們用于和或者經過入口400進行商務的帳戶的信息。可以從用戶獲得任何種類的帳戶信息，諸如當前的訂單、過去的訂單等等，所有的一切對于那些普通的本領域技術人將是容易地顯而易見的。同時，按照已知的在電子商務中使用的方法，與用戶相關的信息可以通過記錄和/或解析用戶與入口400的交互作用來研究。例如，用戶業務管理器522可能注意到用戶興趣的基因組區域，它們的購買或者產品查詢行為，其各種各樣的業務的訪問頻率等等，并且將這個信息提供給數據庫管理器512，用于在數據庫519中存儲或者更新。
入口400的另一個功能單元是用戶業務管理器522。管理器522可以周期性地使得數據庫管理器512去從各種各樣的信源，諸如遠程數據庫402更新本地基因組數據庫518。例如，按照任意的按年代先后的時刻表(例如，每天每周等等)，根據已知的方法，管理器522通過制訂適當的查詢可以啟動搜索遠程數據庫402，尋址各種各樣的數據庫402的URL，或者通過其他的傳統方法用于通過因特網實施數據搜索和/或檢索數據或者文獻。這些搜索查詢和相應的地址可以以已知的方式提供給輸出管理器534用于出示給數據庫402。輸入管理器532接收對于查詢的答復，并且提供它們給管理器522，然后提供它們給數據庫管理器512，用于更新數據庫518，所有這些全部根據各種已知的方法用于管理信息流向、來自以及在因特網站點內，。
入口應用程序管理器526管理入口400的行政方面，可能利用中間件產品諸如應用服務器產品的輔助。所描述的這些行政任務的一個可以是發布定期的指令給管理器522去啟動數據庫518的定期更新。做為選擇，管理器522可以自動啟動這個任務。按照相同的周期時刻表不需要在數據庫518中的所有數據被更新。而是，按照不同的時刻表，一般是對于不同類型數據和/或來自不同的信源的數據更新。此外，這些時刻表可以改變，并且無須按照一致的時刻。即，對于特定的數據的更新可以在一天以后出現，然后在二天以后再次更新，其次以不同的周期可以繼續去變化。很多因素可以影響經管理器526或者管理器522的確定去保持或者變化這些周期，諸如來自各種各樣的遠程數據庫402的響應時間，在那些數據庫中信息的值和/或時間性，與訪問相關的成本考慮或者該數據庫的許可，必須訪問的信息數量等等。
在某些實施中，管理器522從在本地基因組數據庫518中的數據構成一組與對應于由用戶101選擇的探針設置標識符組基因或者EST相關的數據。該用戶選擇可以由輸入管理器532按照已知的方法轉發給管理器522。同樣按照已知的方法，基于該用戶選擇，管理器522通過形成適當的查詢諸如一種SQL語言從數據庫518獲得數據。然后管理器522轉發該查詢給數據庫管理器512以相對于數據庫518來執行。
如所述的，以此方式可以從遠程數據庫402訪問各種類型的數據，并且保持在本地基因組數據庫518中。例子包括序列數據、外來(exonic)結構或者定位數據、拼接變量數據、標記結構或者定位數據、多形態數據、同族數據、蛋白質同族分類數據、路徑數據、可替換的基因名稱數據、文學列舉數據以及注釋數據。也可能有許多其他的例子。同樣，目前不是可用的，而在未來變得可用的基因組數據可以訪問以及如在此處描述的在本地保持。目前適用于以描述的方式訪問的遠程數據庫402的例子包括GenBank，GenBank New，SwissProt，GenPept，DB EST，Unigene，PIR，Prosite，PPAM，Prodom，Blocks，PDB，PDBfinder，EC Enzyme，Kegg Pathway，Kegg Ligand，OMIM，OMIMMap，OMIM Allele，DB SNP以及PubMed。目前存在適宜的成百上千的其他的數據庫，因此這個列表僅僅是說明性的。
此外，本地基因組數據庫518也可以用獲得的數據或者從由數據庫管理器512服務的其他的本地數據庫推導出(由用戶服務管理器522)的數據來補充。尤其是，雖然為了說明方便起見示出的本地產品數據庫514是和數據庫518分離的，但其可以是同一的數據庫。作為選擇，在數據庫514中的全部數據或者一部分可以從數據庫518復制或者可訪問。
現在提供更具體的例子，用戶服務管理器522怎樣接收和響應來自用戶101的請求，以用于基因組信息和用于產品信息和/或訂購。這些例子是相對于圖7、圖8和圖9描述的。
圖7是一個表示示例性的方法的流程圖，通過舉例說明入口400的實施例可以響應用戶對基因組或者產品信息的請求。按照這個例子的步驟710，輸入管理器532經因特網499從客戶410接收由用戶101對數據的請求。例如，這個請求可以包括一個HTML或者XML文件，其包括某一個探針設置標識符的用戶101的選擇。如所述的，作為一個非限定的例子，該探針設置標識符可以是數字、名稱、接入編號、符號、圖形表示或者核苷酸或者其他的序列。在某些情況下，用戶101通過利用一個或多個分析應用程序199A可以進行這個選擇，以選擇探針設置標識符(例如，如上所述畫一個圍繞點的環)，然后通過各種已知的方法激活與入口400的通信，諸如右擊鼠標。按照各種已知的方法，該請求也可以規定用戶101是否對基因組和/或產品數據以及所期望的數據的類型詳情感興趣。例如，用戶101可以從下拉菜單選擇產品的類別、賣方或者產品的名稱等等。如上所述，管理器532提供用戶101的請求給用戶服務管理器522。
按照步驟720，用戶服務管理器522啟動用戶101的識別。圖8是一個更詳情地給出管理器522的功能單元的方框圖，包括帳戶ID確定器822，在這個說明性的實施例中其進行標識用戶101的任務。確定器822可以利用任何已知的方法去獲得這個信息，諸如使用cookies技術或者從由用戶輸入的識別號碼的用戶請求中提取。通過數據庫管理器512，確定器810可以比較用戶標識和在用戶帳戶數據庫513中的條目以進一步標識用戶101。在另外一個實施例中，如上所述，雖然可以記錄統計或者與用戶101的請求相關的信息，但無須獲得用戶101的標識。
按照步驟725，用戶服務管理器522制訂一個適當的查詢(例如，使用SQL語言版本)用于相關探針設置標識符與相應的基因或者EST。基因或者EST確定器820是示例性地執行這個操作任務的管理器522的功能單元。確定器820轉發該詢問給數據庫管理器512。如果由用戶101提供的探針設置標識符包括序列信息，那么該詢問可以從數據庫511，和/或從在數據庫516中的SIF信息中尋求，一個或多個探針設置的識別具有相應(例如，類似于生物學含義)的序列。如果該探針設置標識符包括名稱或者號碼(例如，接入編號)，那么該詢問可以從數據庫516尋找該探針設置的標識，如所述的，包括和名稱、號碼及其他對應于基因或者EST的探針設置標識符相關的數據。用戶101也可以在本地采用數據庫應用程序230去獲得這個信息，并且按照已知的方法，在該信息請求中包含它。在這種情況下，無須實施步驟725。
如在步驟730表示的，用戶服務管理器522接著會用基因組信息和/或產品信息來相關所表示的基因和/或EST。在舉例說明的例子中這個操作任務的執行是通過相關器830來進行的。在許多可能的實施例的一個中，相關器830制訂一個詢問經由數據庫管理器512到數據庫513，以便在本地產品數據庫514和/或本地基因組數據庫518中獲取連接到適當的信息。圖9是一個數據庫513簡化的圖形表示。那些本領域普通的技術人員將會理解，這個表示是為清楚說明目的提供的，并且許多其他的實施例是可能的。在到數據庫513的適當的詢問的一個方面中，為了說明假定是關系數據庫，基因或者EST接入編號902與鏈接904到探針設置ID 912相關。如在圖9表示的，通過將兩個ID 902A和902B相關到同一鏈接904N，多個基因和/或EST可以與同一的探針設置ID有關。用于建立這個相關關系的信息類似于如上所述在數據庫516中提供的信息，并且因此該鏈接可以使用數據庫516預先確定或者動態地確定。
在另外一個實施例中，相關器830簡單的相關一個或多個基因或者EST標識符，諸如接入編號與諸如生物制品的產品。這些實施例在圖8中是由從確定器810(它是可選擇的)徑直到相關器830的箭頭表示的。該相關可以按照任何種類的傳統方法實現，諸如通過提供一個詢問給本地產品數據庫514、給遠程主頁404和/或遠程數據庫402。這些詢問可以通過分類、類型、名稱或者產品的賣方標引或者鍵控，例如，在檢驗查表、關系數據庫或者其他的數據結構中可能是恰當的。此外，按照那些相關領域的普通技術人員所知的方法，該詢問可以搜索產品、產品網頁，或者邏輯上或者句法上與基因或者EST標識符有關的其他的產品數據源。然后該詢問的結果可以由輸出管理器534提供給用戶101，諸如經因特網499提供給客戶410。
隨著到探針設置ID912的適當的鏈接904，可以獲得鏈接到相關的產品和/或基因組數據的一個或多個鏈接916。例如，鏈接904N可以鏈接到探針設置912C，它是與鏈接916C到相關的產品和/或基因組數據有關系的。用于建立這個相關的信息可以由用戶基于專業輸入和/或計算機執行的詢問實質分析(例如，統計和/或由一個自適應系統，諸如神經系統網絡)預先確定。例如，可以觀察或者預料(如所述的，由人工或計算機)用戶引導基因表達式實驗導致識別某種基因可能希望使用對于該基因的抗體去繼續控制蛋白質水平實驗。在基因和適當的抗體之間的關系可以被存儲在合適的數據庫中，例如數據庫516。因此鏈接916C可以包括到產品或基因組數據標識符的鏈接，它識別關于適當的抗體(例如，到產品/基因組ID922A的鏈接)的數據的鏈接，識別一般的抗體目錄鏈接(例如，ID922B)，或者識別明確設計用于檢測另一個興趣的接合形式基因的探針陣列鏈接(例如，ID922C)。為了說明的目的，尤其是在這個例子中，假定鏈接916C通向ID922C。關于接合變量探針陣列可用性的信息可以由鏈接926的內容預先確定。例如，可以存儲因特網和/或數據庫詢問URL的鏈接926D(如所示，與ID922C有關系)通向賣主的網頁、本地產品數據庫514和/或本地基因組數據庫518。同樣，鏈接926D的內容可以由數據庫514或者518或者遠程數據庫諸如數據庫402或網頁404動態地確定。這些處理和類似的處理由圖7的步驟735表示。
正如那些本領域普通技術人員將理解的，數據庫513的這種說明性的安排可能具有很多改變和變化的實施例。例如，探針設置標識數據可以鏈接到陣列標識符(諸如陣列ID914)，然后它可以與鏈接916有關聯。作為很多可能的例子的另一個，基因或EST接入編號可以直接鏈接到產品和/或基因組數據ID 922，或者，甚至直接到鏈接926。例如示例的實施由用戶基于更窄的詢問提供機會用于進行大范圍關聯。例如，用戶可以只選擇一個探針設置標識符，但是標識符可以鏈接到多重基因和/或ETS的數據，其還可以鏈接到多個產品或基因組數據。在另一個例子中，鏈接926D可以包括一個到本地基因組數據庫518的鏈接。基于探針設置標識符、基因或EST接入編號、序列信息或者其它的由用戶101的詢問提供或推出的數據，數據庫518可以按照已知的詢問和/或檢索技術檢索相關的數據。
現在返回到圖7，尤其是步驟740，按照由相關器830擁有的詢問返回的數據被作為適當的返回的數據的本質提供給產品數據處理器842、基因組數據處理器844，或者兩者。這了便于說明，處理器842和844的功能分開示出，但是沒有必要這么做。處理器842和844應用所有已知的介紹或者數據傳送技術以準備圖形用戶接口，用于傳送的文件和其它形式的數據。然后將這樣處理的數據提供給輸出管理器534，用于傳送給客戶410。
在某些實施例中，用戶101可以對這種由表示希望購買產品或者接收更多的信息而發送的數據響應。用于索取進一步信息的請求可以以類似于圖7的如上所述的方式處理。如果用戶101表示出希望購買產品(參見判定單元745)的要求，該表示的產品可以準備裝船或者其它處理，并且按照已知的用于實施電子商務的方法，可以調整該用戶的帳戶。作為許多供選擇的實施例的一個，用戶服務管理器522可以通知產品賣方用戶101的訂單，并且該賣方可以船運或者命令這批產品裝船。在這個實施例的一個方面中，管理器522接著會說明費用應該從用于介紹的賣方處收費。
在入口400的某些實施例中，用戶101可以提供給入口400(例如，經由客戶410、因特網499以及輸入管理器532)一個或多個基因或者EST上升號碼或者其他的基因或者EST標識符。做為選擇，或者此外，用戶101可以提供給入口400一個或多個探針設置標識符。用戶101可以從公共資源，從標志用戶101已經作為進行試驗探針陣列的結果，或者從在探針陣列上具有相應的探針的一系列基因或者EST，或者從任意其他的資源或者以任意其他的方式獲得基因、EST和/或探針組標識符。輸入管理器532接收一個或多個基因、EST或者探針組標識符，并且將它或者它們提供給用戶服務管理器522，它制訂一個詢問給數據庫管理器512。按照已知的詢問方法和格式，該詢問從與基因、EST和/或探針設置標識符相關的產品信息的本地產品數據庫514尋找信息。為此目的，本地產品數據庫514基于或者在任意一個或多個基因、EST和/或探針組標識符上的鍵控可以標引或者可查找產品。按照已知的方法，某些實施例可以包含和基因、EST或者探針設置標識符類似性匹配，例如如果提交了基因、EST、SFI(對應于該探針組標識符)序列的全部或者一部分。同樣，按照已知的方法諸如查表，可以實施名稱連接關系功能，使得供選擇的名稱或者基因、EST或者探針設置標識符的形式可以找到，并且在產品數據查詢中使用。此外，在某些實施例中，按照已知的因特網搜索技術，管理器522可以啟動遠程數據庫402和/或遠程賣方網頁404的遠程數據檢索以從遠端源獲得產品信息。這些搜索可以基于例如產品分類或者賣方，而該產品分類在本地產品數據庫514中與產品、分類相關或者賣方與基因、EST或者由用戶101提供的探針設置標識符有關。管理器522可以提供對應于基因、EST和/或探針組標識符的產品數據，從本地產品數據庫514和/或遠程頁或者數據庫404或者402中獲得產品數據，并且經由輸出管理器534將這些產品數據提供給用戶101。例如，這個產品數據可能包含在網頁524中。在一些實施例中，入口400提供一個用于提供產品數據，典型的生物制品數據的系統。該系統包含輸入管理器532，它從用戶101接收一個或多個基因、EST、和/或探針組標識符；用戶服務管理器522，它用一個或多個產品數據來相關基因、EST、和/或探針設置標識符，而且使(例如，經由數據庫管理器512)產品數據或者例如從在本地數據庫514或者在某些實施例中例如遠程地從主頁404或者數據庫402獲得；以及輸出管理器534，其將該產品數據提供給用戶101。
類似地，提供了一種提供生物制品數據的方法，該方法包含步驟從用戶101接收一個或多個基因、EST、和/或探針設置標識符；用一個或多個產品數據相關基因、EST、和/或探針組標識符；使產品數據從本地(例如數據庫514)或者從遠端(例如主頁404或者數據庫402)獲得；以及該產品數據提供給用戶101。
如上所指出的，入口400的功能單元可以以硬件、軟件、程序包或者其任意組合實現。在如上所述的實施例中，為了方便起見通常假定入口400的功能以軟件實現。即，舉例說明的實施例的功能單元包括軟件指令裝置，以便去執行描述的功能。這些軟件指令可以以任何程序設計語言編程，諸如Java、Perl、C++、其他的高級程序設計語言、低級語言以及其任意組合。因此入口400的功能單元可以稱為執行″一組基因組網絡入口指令″，以及其功能單元可以類似地被描述為由服務器510、520以及530執行的基因組網入口指令的裝置。
在某些實施例中，計算機程序產品被描述為包括在其上存儲的具有控制邏輯(計算機軟件程序，包括程序代碼)的計算機可用的介質。當由處理器執行的時候，該控制邏輯使處理器去實現在此處描述的入口400的功能。在另外一個實施例中，例如，某些上述的功能主要是在使用硬設備狀態機的硬設備中實施的。硬設備狀態機的實現使得實施在此處描述的功能將對有關領域的技術人員來說是顯而易見的。
已經描述了各種各樣的實施例和實施方式，對于那些相關領域的技術人員來說應該是顯而易見的，已經僅僅通過舉例來呈現的上述實施例只是說明性的，而不是限定性的。用于在舉例說明的實施例的各種各樣的功能單元之中分配功能的許多其他的方案是可能的。任何單元的功能可以以在備選方案實施例中的多種方式執行。同樣，在備選方案實施例中，幾個單元的功能可以由較少的或者單個單元執行。
例如，為了清楚起見，用戶服務管理器522的功能被作為由在圖8示出的功能單元的實施來描述。但是，管理器522沒有必要被分成這些或者其他的不同的功能單元。類似地，為了方便起見分別地描述的特定的功能單元的操作沒有必要分別地執行。例如，產品數據處理器842的某些或者全部功能可以由基因組數據處理器844實施，反之亦然。類似地，在某些實施例中，所有的功能單元可以比那些相對于舉例說明的實施例描述的實施例執行更少的或者不同的操作。同樣，在一個特定的實施例中，為了清楚的說明起見示出的功能單元可以合并在其他的功能單元內。
例如，處理器842和844的功能可以被歸于單個功能單元。類似地，數據庫管理器512的某些或者全部功能可以由用戶服務管理器522和/或由輸入管理器532執行。
還有，該功能序列或者部分功能通常可以改變。例如，帳戶ID確定器810的功能可以在用戶數據處理器840之后執行。從而在這點上在圖8中的數據流量和控制僅僅是示范性的。類似地，在圖7示出的方法步驟沒有必要總是按照那些圖說明性的例子建議的順序執行。例如，識別用戶的方法步驟720可以在步驟725、730或者735之后執行。
某些功能單元、文件、數據結構等等可以在舉例說明的實施例中作為位于計算機100的系統存儲器120或者通常在服務器510、520、或者530中描述。但是，在其他的實施例中，它們可以位于或者分配在計算機系統或者其他的平臺，其相互定位和/或彼此遠離。例如，在圖5示出的一個或多個數據文件或者數據結構511、513、514、516或者518相互定位，并且“局限于”服務器510，可以位于計算機系統中或者遠離服務器510的系統。在這些情況下，相對于這些數據文件或者數據結構的數據庫管理器512的操作可以經網絡或者通過任何眾多的其他的已知的用于傳送數據和/或控制到或者來自遠端位置的裝置執行。
此外，那些相關領域的技術人員將明白，在功能單元和各種各樣的數據結構之間和之中的控制和數據流可以在許多方法從如上所述的控制和數據流中改變。尤其是，中間功能單元(未示出)可以直接控制數據流，并且各種各樣的單元的功能可以組合、分解或者重新排序去允許并行處理或者用于其他的原因。同樣，中間數據結構或者文件可以使用，并且各種各樣的描述的數據結構或者文件可以組合或者排列。因此很多其他實施例及其改進都落在由所附權利要求以及其等效規定定義的本發明的范圍之內。
權利要求
1.一種系統，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有由探針設置標識符標識的一個相應的探針設置，和能夠檢測生物分子，包括構成和安排輸入管理器以便從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的選擇；構成和安排基因判定器以識別第一組的一個或多個對應于由第一組探針設置標識符標識的探針設置組的基因或EST；構成和安排相關器，用第一組的一個或多個數據與第一組的基因或EST相關；和構成和安排一個輸出管理器，以將第一組數據提供給用戶。
2.權利要求1的系統，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括核蛋白酸的生物分子的探針設置組。
3.權利要求1的系統，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括相應基因的mRNA轉錄的生物分子的探針設置組。
4.權利要求1的系統，其中第一組探針設置標識符包括已經能夠檢測它們相應基因或EST的表達式或微分式的所有的或部分的第二組的一個或多個探針設置組的探針設置標識符。
5.權利要求4的系統，其中由第二組探針設置標識符標識的探針設置組被安置在一個或多個探針陣列上。
6.權利要求5的系統，其中由第二組探針設置標識符標識的探針設置組包括就地合成的低聚核苷酸。
7.權利要求6的系統，其中探針陣列包括一個GeneChip探針陣列。
8.權利要求5的系統，其中至少一個由第二組探針設置標識符標識的探針設置組由點狀的探針陣列上的單一的點組成。
9.權利要求5的系統，其中探針陣列包括一個點狀陣列。
10.權利要求9的系統，其中至少一個點狀陣列的點包括低聚核苷酸。
11.權利要求1的系統，其中所述用戶包括遠程用戶，和輸入管理器經過網絡接收遠程用戶的選擇。
12.權利要求11的系統，其中所述網絡包括因特網。
13.權利要求1的系統，其中第一組探針設置標識符的至少第一探針設置標識符包括對應于第一探針設置標識符的基因的基因標識符。
14.權利要求13的系統，其中基因標識符包括一個接入編號。
15.權利要求1的系統，其中用戶選擇第一組探針設置標識符，這至少部分的基于基因或EST的表達式或微分式的等級的指示，該基因或EST對應于由第一組探針設置標識符標識的探針設置組。
16.權利要求1的系統，其中第一組的一個或多個數據包括有關可用性，價格，成份，適用性，或訂單的產品數據的一個或任何組合。
17.權利要求16的系統，其中第一組的一個或多個數據包括關于生物設備或材料的產品數據，或者可以用于一個生物設備或材料的試劑。
18.權利要求17的系統，其中設備，材料，或試劑包括低聚核苷酸，探針陣列，克隆，抗體，或蛋白質的一個或任何組合。
19.權利要求1的系統，其中第一組的一個或多個數據至少部分的包括存儲在本地產品數據庫中的數據。
20.權利要求19的系統，其中第一組的一個或多個數據包括至少一個到表示生物產品的賣方的遠程數據的鏈接。
21.權利要求20的系統，其中所述鏈接包括一個因特網URL。
22.權利要求20的系統，其中所述遠程數據包括一個HTML或XML文件。
23.權利要求1的系統，其中所述用戶包括一個遠程用戶，和輸出管理器經過網絡將第一組產品數據提供給用戶。
24.權利要求23的系統，其中所述網絡包括因特網。
25.一種方法，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有由探針設置標識符標識的相應的探針設置，和能夠檢測一種生物分子，其包括下列步驟從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的選擇；識別對應于由第一組探針設置標識符標識的探針設置組的第一組的一個或多個基因或EST；用第一組的一個或多個數據與第一組的基因或EST相關；和將第一組數據提供給用戶。
26.權利要求25的方法，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括核蛋白酸的生物分子的探針設置組。
27.權利要求25的方法，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括相應基因的mRNA轉錄的生物分子的探針設置組。
28.一種計算機程序產品，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有由探針設置標識符標識的一個對應的探針設置，并能夠檢測生物分子，其中當在一個計算機上執行計算機程序產品時，該程序實現一個方法，其包括下列步驟從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的選擇；識別對應于由第一組探針設置標識符標識的探針設置組的第一組的一個或多個基因或EST；用第一組的一個或多個數據與第一組的基因或EST相關；和將第一組數據提供給用戶。
29.權利要求28的計算機程序產品，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括核蛋白酸的生物分子的探針設置組。
30.權利要求28的計算機程序產品，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括相應基因的mRNA轉錄的生物分子的探針設置組。
31.一種系統，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有由探針設置標識符標識的一個相應的探針設置，和能夠檢測生物分子，包括構成和安排輸入管理器以便經因特網從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的選擇，該探針設置標識符包括已經能夠檢測它們相應基因或EST的表達式或微分式的所有的或部分的第二組的一個或多個探針設置組的探針設置標識符；構成和安排基因判定器以識別第一組的一個或多個對應于由第一組探針設置標識符標識的探針設置組的基因或EST；構成和安排相關器，用第一組的一個或多個有關生物設備或材料的產品數據，或者可以用于生物設備或材料的一種試劑與第一組的基因或EST相關；和構成和安排一個輸出管理器，以將第一組產品數據提供到用戶。
32.權利要求31的系統，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括核蛋白酸的生物分子的探針設置組。
33.權利要求31的系統，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括相應基因的mRNA轉錄的生物分子的探針設置組。
34.權利要求31的系統，其中至少一個由第一組探針設置標識符標識的探針設置組被安置在GeneChip探針陣列上。
35.一種系統，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有由探針設置標識符標識的一個相應的探針設置，和能夠檢測生物分子，包括構成和安排輸入管理器以便從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的選擇；構成和安排基因判定器以識別第一組的一個或多個對應于由第一組探針設置標識符標識的探針設置組的基因或EST；構成和安排帳戶識別判定器，以識別對應于用戶的帳戶；構成和安排相關器，用第一組的一個或多個包括產品價格數據的產品數據與第一組的基因或EST相關；構成和安排帳戶數據處理器，至少部分的基于產品價格數據調整對應于用戶的帳戶；和構成和安排輸出管理器，以將第一組產品數據提供到用戶。
36.權利要求35的系統，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括核蛋白酸的生物分子的探針設置組。
37.權利要求35的系統，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括相應基因的mRNA轉錄的生物分子的探針設置組。
38.權利要求35的系統，其中至少一個由第一組探針設置標識符標識的探針設置組被安置在GeneChip探針陣列上。
39.一種系統，用于處理用戶的一個訂單以購買一個或多個產品，包括構成和安排輸入管理器以便經因特網從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的第一用戶選擇，其中每個探針設置標識符標識能夠檢測生物分子的探針設置；構成和安排基因判定器以識別第一組的一個或多個對應于由第一組探針設置標識符標識的探針設置組的基因或EST；構成和安排帳戶識別判定器，以識別對應于用戶的帳戶；構成和安排基因-訂單的相關器，用第一組的一個或多個包括產品價格數據的產品數據與第一組的基因或EST相關；和構成和安排輸出管理器，至少將部分的第一組產品數據提供到用戶。
40.權利要求39的系統，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括核蛋白酸的生物分子的探針設置組。
41.權利要求39的系統，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括相應基因的mRNA轉錄的生物分子的探針設置組。
42.權利要求39的系統，其中進一步構成和安排輸入管理器，基于第一組的產品數據，從用戶接收一個或多個購買產品的第二用戶選擇。
43.權利要求42的系統，進一步包括構成和安排帳戶數據處理器，至少部分的基于對應于第二用戶選擇的產品價格數據，調整對應于用戶的帳戶。
44.一種方法，用于處理用戶有關一個或多個產品的查詢或訂單，包括下列步驟從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的選擇，其中每個探針設置標識符標識能夠檢測生物分子的探針設置；識別對應于由第一組探針設置標識符標識的探針設置組的第一組的一個或多個基因或EST；用包括產品價格數據的第一組的一個或多個產品數據與第一組的基因或EST進行相關；和至少將部分的第一組產品數據提供到用戶。
45.權利要求44的方法，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括核蛋白酸的生物分子的探針設置組。
46.權利要求44的方法，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括相應基因的mRNA轉錄的生物分子的探針設置組。
47.權利要求44的方法，進一步包括步驟基于提供到用戶的部分的第一組產品數據，接收一個或多個購買產品的第二用戶選擇。
48.權利要求47的方法，進一步包括步驟識別對應于用戶的一個帳戶，和至少部分的基于對應于第二用戶選擇的產品價格數據，調整對應于用戶的帳戶。
49.一種方法，用于放置計算機實現的有關一個或多個產品購買的查詢或訂單，包括下列步驟從一個用戶計算機接收第一組的一個或多個探針設置標識符的第一用戶選擇，其中每個探針設置標識符標識能夠檢測生物分子的探針設置；經因特網將第一用戶選擇提供到一個入口系統，該入口系統能夠用對應于由第一組探針設置標識符標識的探針設置組的一個或多個基因或EST與產品數據進行相關；和從入口系統接收相關的產品數據。
50.權利要求49的方法，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括核蛋白酸的生物分子的探針設置組。
51.權利要求49的方法，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括相應基因的mRNA轉錄的生物分子的探針設置組。
52.權利要求49的方法，進一步包括下列步驟能夠具有用于購買的相關的產品數據的一個或多個的第二用戶選擇；和將第二用戶選擇提供到入口系統。
53.一種系統，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有由探針設置標識符標識的一個相應的探針設置，和能夠檢測一種生物分子，包括構成和安排數據庫管理器，周期性的更新包括有關基因或EST數據的一個局部基因組數據庫；構成和安排輸入管理器以便從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的選擇；構成和安排用戶-服務管理器，根據局部基因組數據庫構成與對應于第一組探針設置標識符的基因或EST有關的第一組數據；和構成和安排輸出管理器，將第一組數據提供到用戶。
54.權利要求53的系統，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括核蛋白酸的生物分子的探針設置組。
55.權利要求53的系統，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括相應基因的mRNA轉錄的生物分子的探針設置組。
56.權利要求53的系統，其中數據庫管理器按照年代順序周期更新局部基因組數據庫。
57.權利要求56的系統，其中所述年代順序周期是預定的。
58.權利要求56的系統，其中所述年代順序周期大于大約10小時和小于大約10天。
59.權利要求53的系統，其中數據庫管理用更新數據周期性的更新局部基因組數據庫，該更新數據包括一個或多個以下數據的任何組合，序列數據，外來結構或定位數據，拼接變量數據，標記結構或定位數據，多形態數據，同族數據，蛋白質同族分類數據，路徑數據，可替換的基因命名數據，文獻列舉數據，或注釋數據。
60.權利要求53的系統，其中所述數據庫管理器用來自一個或多個遠程數據庫的更新數據周期性的更新局部基因組數據庫。
61.權利要求60的系統，其中從一個或多個遠程數據庫的更新包括經因特網進行更新。
62.權利要求61的系統，其中遠程數據庫由下列的一個或多個的任何組合所組成，GenBank，GenBank New，SwissProt，GenPept，DB EST，Unigene，PIR，Prosite，PFAM，PFAM，Prodom，Blocks，PDB，PDBfinder，EC Enzyme，KeggPathway，Kegg Ligand，OMIM，OMIM Map，OMIM ALLele，DB SNP，和PubMed。
63.權利要求53的系統，其中構成和安排輸入管理器以動態的接收用戶-啟動的選擇。
64.權利要求53的系統，其中所述第一組包括已經能夠檢測它們相應基因或EST的表達式或微分式的所有的或部分的第二組的一個或多個探針設置組的探針設置標識符。
65.權利要求64的系統，其中由第二組探針設置標識符標識的探針設置組被安置在一個或多個探針陣列上。
66.權利要求65的系統，其中探針陣列包括GeneChip探針陣列。
67.權利要求65的系統，其中所述探針設置組包括單一的點狀探針；探針設置標識符包括識別單一的點狀探針的點狀探針設置標識符；和探針陣列包括含有單一點狀探針的點狀陣列。
68.權利要求67的系統，其中所述單一點狀探針包括一種低聚核苷酸。
69.權利要求64的系統，其中所述用戶包括一個遠程用戶，和輸入管理器經網絡接收遠程用戶的選擇。
70.權利要求69的系統，其中所述網絡包括因特網。
71.權利要求53的系統，其中所述用戶包括一個遠程用戶，和輸出管理器經一個網絡將第一組數據提供到用戶。
72.權利要求71的系統，其中所述網絡包括因特網。
73.權利要求53的系統，其中至少一個探針設置標識符包括對應于探針設置標識符的基因的基因標識符。
74.權利要求73的系統，其中基因標識符包括一個接入編號。
75.一種系統，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中其中每個基因或EST至少具有由探針設置標識符標識的一個相應的探針設置，并能夠檢測基因的表達式，該系統包括構成和安排數據庫管理器，周期性的更新包括有關基因或EST數據的局部基因組數據庫，其中按照預定的周期做出更新；構成和安排輸入管理器以便動態的接收第一組的一個或多個探針設置標識符的用戶-啟動的選擇；構成和安排一個用戶-服務管理器，根據局部基因組數據庫構成與對應于第一組探針設置標識符的基因或EST有關的第一組數據；和構成和安排輸出管理器，以將第一組數據提供到用戶。
76.一種系統，用于提供有關一個或多個預定的基因或EST的數據，其中每個設定的基因具有由一個探針設置標識符唯一標識的一個相應的預定的探針設置，并能夠檢測基因的表達式，該系統包括構成和安排數據庫管理器，周期性的更新包括有關預定的基因或EST數據的一個局部基因組數據庫，其中按照預定的周期做出更新；構成和安排輸入管理器以便動態的接收第一組的一個或多個預定探針設置標識符的用戶-啟動的選擇；構成和安排用戶-服務管理器，根據局部基因組數據庫構成與對應于第一組預定的探針設置標識符的基因或EST有關的第一組數據；和構成和安排輸出管理器，以將第一組數據提供到用戶。
77.一種系統，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST具有由探針設置標識符標識的一個相應的探針設置，并能夠檢測基因的表達式，該系統包括構成和安排數據庫管理器，用來自一個或多個遠程數據庫的更新數據更新包括有關基因或EST數據的局部基因組數據庫，其中按照預定的周期通過因特網做出更新；構成和安排輸入管理器以便動態的接收第一組的一個或多個探針設置標識符的用戶-啟動的選擇；構成和安排用戶-服務管理器，根據局部基因組數據庫構成與對應于第一組探針設置標識符的基因或EST有關的第一組數據；和構成和安排輸出管理器，以將第一組數據提供到用戶。
78.一種系統，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST具有由探針設置標識符標識的一個相應的探針設置，并能夠檢測基因的表達式，該系統包括構成和安排數據庫管理器，用來自一個或多個遠程數據庫的更新數據更新包括有關基因或EST數據的局部基因組數據庫，其中所述更新是按照預定的周期經因特網進行的；構成和安排輸入管理器以便經因特網動態的接收第一組的一個或多個探針設置標識符的用戶-啟動的選擇；構成和安排用戶-服務管理器，根據局部基因組數據庫構成與對應于第一組探針設置標識符的基因或EST有關的第一組數據；和構成和安排輸出管理器，經因特網將第一組數據提供到用戶。
79.一種方法，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有由探針設置標識符標識的一個相應的探針設置，并能夠檢測它相應基因的表達式，包括下列步驟周期的更新包括有關基因或EST數據的局部基因組數據庫；從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的選擇；根據局部基因組數據庫構成與對應于第一組探針設置標識符的基因或EST有關的第一組數據；和將第一組數據提供到用戶。
80.權利要求79的方法，其中經因特網從一個或多個遠程數據庫用更新數據周期性的更新局部基因組數據庫，該更新數據包括一個或多個以下數據的任何組合，序列數據，外來結構或定位數據，拼接變量數據，標記結構或定位數據，多形態數據，同族數據，蛋白質同族分類數據，路徑數據，可替換的基因命名數據，文獻列舉數據，或注釋數據。
81.一種計算機程序產品，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有由一個探針設置標識符標識的一個相應的探針設置，并能夠檢測它相應基因的表達式，其中當在一個計算機系統上執行計算機程序產品時，實現的方法包括下列步驟周期性地更新包括有關基因或EST數據的局部基因組數據庫；從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的選擇；根據局部基因組數據庫構成與對應于第一組探針設置標識符的基因或EST有關的第一組數據；和將第一組數據提供到用戶。
82.一種系統，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有由一個探針設置標識符標識的一個相應的探針設置，并能夠檢測一種生物分子，包括構成和安排輸入管理器以便從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的選擇；構成和安排相關器，用第一組的一個或多個產品數據與第一組的探針設置標識符相關；和構成和安排輸出管理器，以將第一組數據提供到用戶。
83.權利要求82的系統，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括核蛋白酸的生物分子的探針設置組。
84.權利要求82的系統，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括相應基因的mRNA轉錄的生物分子的探針設置組。
85.權利要求84的系統，其中由第二組探針設置標識符標識的探針設置組被安置在一個或多個探針陣列上。
86.權利要求85的系統，其中所述用戶包括一個遠程用戶，和所述輸入管理器經因特網接收遠程用戶的選擇。
87.權利要求82的系統，其中第一組探針設置標識符的至少第一探針設置標識符包括對應于第一探針設置標識符的基因的一個基因標識符。
88.權利要求87的系統，其中所述基因標識符包括一個接入編號。
89.權利要求82的系統，其中第一組的一個或多個產品數據包括有關可用性，價格，成份，適用性，或訂單的產品數據的一個或任何組合。
90.權利要求89的系統，其中第一組的一個或多個產品數據包括關于生物設備或材料，或者可以用于生物設備或材料的一種試劑的產品數據。
91.權利要求90的系統，其中設備，材料，或試劑包括低聚核苷酸，探針陣列，克隆，抗體，或蛋白質的一個或任何組合。
92.權利要求82的系統，其中第一組的一個或多個產品數據至少部分地包括存儲在一個局部產品數據庫中的數據。
93.權利要求82的系統，其中第一組的一個或多個數據至少包括一個到表示生物產品的一個賣方的遠程數據的鏈接。
94.一種方法，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有由一個探針設置標識符標識的一個相應的探針設置，并能夠檢測一種生物分子，包括下列步驟從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的選擇；用第一組的一個或多個產品數據與第一組的探針設置標識符相關；和將第一組數據提供到用戶。
95.權利要求94的方法，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括核蛋白酸的生物分子的探針設置組。
96.權利要求94的方法，其中第一組探針設置標識符識別能夠檢測包括相應基因的mRNA轉錄的生物分子的探針設置組。
97.權利要求94的系統，其中由第一組探針設置標識符標識的探針設置組被安置在一個或多個探針陣列上。
98.一種計算機程序產品，用于提供有關一個或多個基因或EST的數據，其中每個基因或EST至少具有由一個探針設置標識符標識的一個相應的探針設置，并能夠檢測一種生物分子，其中當在一個計算機上執行計算機程序產品時，實現的方法包括下列步驟從用戶接收第一組的一個或多個探針設置標識符的選擇；用第一組的一個或多個產品數據與第一組的探針設置標識符相關；和將第一組數據提供到用戶。
99.一種系統，用于提供有關一個或多個基因或EST的產品數據，包括構成和安排輸入管理器以便通過因特網接收一個或多個基因或EST標識符；構成和安排相關器，用一個或多個產品數據與基因或EST標識符相關；和構成和安排輸出管理器，以將產品數據提供到用戶。
100.權利要求99的系統，其中所述產品數據是生物產品數據。
101.權利要求99的系統，其中所述基因或EST標識符包括基因或EST接入編號。
102.一種方法，用于提供有關一個或多個基因或EST的產品數據，包括經因特網接收一個或多個基因或EST標識符；用一個或多個產品數據與基因或EST標識符相關；和將產品數據提供給用戶。
全文摘要
描述了系統，方法和計算機程序產品，它們處理有關購買生物設備，材料，或有關試劑的查詢或訂單。在一些實現方式中，一用戶選擇探針設置標識符，它識別能夠檢測生物分子的微陣列探針設置組。識別的相應基因或EST和用有關的產品數據與之相關，并把產品數據提供給用戶。此外，用戶可以基于產品數據選擇購買的產品。如果是這樣的話，基于購買訂單可以調整用戶的帳戶。在相同的或其他的實現方式中，一個局部的基因組數據庫被周期的更新。響應于探針設置標識符的一用戶選擇，從局部基因組數據庫把對應于基因或EST的有關數據提供到用戶。
文檔編號G06F19/28GK1426534SQ01804139
公開日2003年6月25日 申請日期2001年1月24日 優先權日2000年1月25日
發明者大衛M·克拉福德, 弗農A·諾維爾 申請人:阿菲梅特里克斯公司