用于胰腺癌診斷及治療響應的生物標記物的制作方法

用于胰腺癌診斷及治療響應的生物標記物的制作方法
【專利摘要】用于胰腺癌特別是胰腺導管腺癌(DACP)的生物標記物、方法和早期診斷試劑盒，以及用于預測或生物標記物，方法和試劑盒或裝置，以預測或預后胰腺導管腺癌患者個體對具有核苷類似物(優選吉西他濱)和生長因子受體(優選厄洛替尼)的組合治療的反應。
【專利說明】
用于膜腺癌診斷及治療響應的生物標巧物
技術領域
[0001]本發明屬于分子生物學和醫學領域。具體地說，本發明設及用于為膜腺導管腺癌 的早期診斷獲得有用數據的方法。早期診斷是通過分析生物標記物FGF10，CX化11，0SM， GPNMB和SCF進行的。本發明還設及用于獲得對預測或預后膜腺導管腺癌患者對核巧類似物 (吉西他濱)和生長因子受體(厄洛替尼)聯合治療的反應的有用數據的方法。預后是通過分 析血清生物標記物CD80，EG-VEGF，比-29，NRG1-化和PD-ECGF來執行的。
【背景技術】
[醒]膜腺導管腺癌
[0003] 膜腺導管腺癌(DACP)，雖然只占所有癌癥的2.68%，卻是所有類型的癌癥中死亡 率最高的一種。運種癌癥的去年(2012年)新發病例達44000人，其中37400人死亡(85%)。男 性和女性的患病風險大致相似(Siegel et al. ,2012.C.A.Cancer J.Clin.62,10-29)。
[0004] 治療反應低下的原因包括診斷延遲，因為在大多數情況下，當檢測到癌癥時，已經 發生了癌癥轉移和抗化學療法的內在機制化idalgo，2010 .N.化gl .J.Med. 362，1605-1617; Sakar et al. 2007.Toxicol .Appl.陸armacol. 224,326-336)。鑒于早期診斷對患者存活的 影響（（Agarwal et al.,2008.Pancreas 36,15-20)，需要更好的診斷工具才能檢測和評價 該疾病。血清是獲得用于研究惡性腫瘤的樣本的最佳選擇，因其可W采取非侵入性方法來 獲取。在膜腺癌的情況下，其特別有用，因為獲得祀器官是非常困難的。鑒于運些原因，基于 血清的腫瘤生物標記物最容易用于篩查測試。迄今為止，基于血清的唯一 DACP生物標記物 是碳水化合物抗原19-9(CA)，其靈敏度范圍為從70至98%，取決于腫瘤大小(化an et al.， 2012. J. Proteomics)。但是，如果腫瘤的大小小于2厘米，則無法檢測到該生物標記，且其在 10 %的患者缺乏表達。運也發生在其他疾病中。因此，近期開始，美國腫瘤學會(American Society of Oncology)不推薦 CA 19-9 用于 DACP 篩查試驗（Duffy et al., 2010. Ann. Oncl. 21,441-447)。炎癥性疾病和腫瘤發生之間有密切的關系（Mantovani et 曰1.,2008.化1:腳6 454,436-444;661'1]1日]1〇6131.,2008.切1:〇1^]16 43,374-379)。膜腺癌的 特征在于致密結締組織增生反應，其代表著防止化療劑在疾病的主要部位有效釋放的主要 障礙。此外，復雜的腫瘤微環境滋養膜腺癌的侵襲和轉移（Shields et al. ,2012.Biochem J.44 1,54 1-542；Nesse et a 1 . ,20 1 1 . Gut . 60 , 86 1-868；Luo et al., 2012.Biochim.Bio地ys Acta. 1826,170-178)。由癌細胞或由腫瘤微環境內的細胞釋放的 細胞因子是該反應的締造者。基于上述情況，我們認為，細胞因子水平的調制可W反映導致 疾病或化療發展的進程。基于抗體的陣列是一種發現癌癥生物標記物的有用工具。運種方 法具有為癌癥生物標記物的早期檢測提供快速、充分的認識的突出能力，為癌癥治療提供 了新的方法（Breman et al.,2010.化t.Rev.(Mincer 10,605-617)。因此，鑒別和驗證單獨 或成組的生物標記物W快速檢測DACP(診斷生物標記物），將有助于提高患者存活。
[0005] 另一方面，對于該疾病患者的預后是令人沮喪的。由于化療在該疾病中低療效，W 及腫瘤在診斷時的轉移情況，不到5%的患者在診斷后能存活5年。運種疾病的發展是通過 知之甚少的復雜過程，設及突變和多個細胞信號傳導途徑病癥的結合。所有運一切都說明 了運種情況在不同的患者之間觀察到的異質性和結果差異。近年來，沒有出現任何改進來 增加 DACP患者的存活化idalgo,2010.Pancreatic cancer.N.化gl.J.Med.362,1605-1617; Costello et al.,2012.Nat.Rev.Gastroenterol Hepatol.9,435-444.)。
[00(?] 生物標記物
[0007]生物標記物(生物標記），根據美國國立衛生研究院(NIH)生物標記物，是可W作為 正常的生物過程、病理狀況或治療過程后的藥理學反應的指標進行客觀測量和評估的特征 (Fong et al.,2012.(Mincer J.18,530-538.)。
[000引 Ξ種類型的DACP生物標記物是有用的：有助于檢測疾病（診斷性生物標記物）；用 于預測治療反應(預測性生物標記物)和用于預測疾病可能病程，包括存活和復發模式(預 后性生物標記物）。預后性生物標記物可W指導治療方案，幫助確定可受益于更積極的干預 的患者，新化療方案，也有利于為醫生和患者建立新的期望。在最近幾年中，已使用免疫組 織化學、免疫印跡法、CRP、mRNA，、蛋白質組學和DNA甲基化方法對DACP預后性生物標記物進 行了多項研究（Jamieson et al.,2011.Clin Cancer Res 17,3316-333;Ga;rcea et al., 2005.Eur.J.Cancer 41,2213-2236;Luo et al.,2013.Hum.化thol.44,69-76;Mann et al. ,2012.PL0S One 7,e51119；Dallol et al. ,2012. Cancer lipidemiol. Biomarkers. Prev. 21,2069-2075)。
[0009] 本研究的重點在于可能在DACP患者（甚至是在其接受治療之前)預后中用作生物 標記物的炎癥介質。已在癌癥患者的炎性細胞因子水平中發現素亂，甚至是在病程的初級 階段。免疫反應在癌變過程中起著顯著作用，且循環系統炎性標記物可W是用于癌癥的診 斷和預后的有用生物標記物（Schetter et al.,2010.Carcinogenesis 31,37-49;Ge;rmano et al. ,2008.切tokine 43,374-379)。細胞因子是信號傳導分子，且充當著免疫反應或炎 癥的關鍵介質。該起始假說是基于微環境和促結締組織增生性反應在DACP的發生和發展中 的重要作用，由此腫瘤內和周圍微環境中的細胞因子表達模式可能是潛在的DACP預后性生 物標記物。
[0010] 本研究的目的是調查血清細胞因子對DACP患者的腫瘤的反應的預后能力。為了確 定最顯著充分的生物標記物組合，采用了條件算法，其基于概率分析，并調整適于Cox回歸 模型。得到了用于運一特定人群的存活的方程式。

【發明內容】

[00"] 早期診斷的生物標記物
[0012] 本發明的第一個方面設及使用FGF-10，CX化11，051，6?醒8和5〔。的基因（和/或蛋 白質）用于膜腺癌的早期診斷的用途。該用途可W是同時使用所述基因（和/或蛋白質)或使 用任一基因（和/或蛋白質），或可W選擇其任意組合。
[0013] 在本發明運一方面的一個優選實施例中，所述膜腺的癌癥是膜腺導管腺癌(DACP)
[0014] 本發明的另一個方面設及用于獲得用于膜腺癌早期診斷的有用數據的方法，下文 中稱為本發明的第一個方法，包括：
[0015] a)獲得來自個體的分離的樣品。
[0016] b)測量選自下列基因的表達產物:FGF10,巧化11，0SM，GPNMB和SCF。
[0017] 可W同時測量所有基因的表達產物或測量任一基因（和/或蛋白質），或可W選擇 其任意組合。在另一個優選的實施例中，本發明的方法還包括：
[0018] C)比較在步驟(b)中獲得的所述量與參考量。
[0019] 在本發明的優選實施例中，上述方法的所述步驟(b)和/或(C)可W完全或部分自 動化。
[0020] 本發明的另一個方面設及一種診斷方法，其包括根據權利要求3-5中任一項所述 的步驟(a) -(C)，且還包括：當所述步驟(a)的個體顯示出的基因 FGF-10，CX化11，0SM，GPNMB 和SCF表達產物量高于所述參考量時，將所述對象劃分為膜腺癌患者個體組。
[0021 ]在本發明運一方面的一個優選實施例中，所述膜腺癌是膜腺導管腺癌(DACP)。
[0022] 在本發明的方法的一個優選實施例中，從步驟(a)的個體中分離的生物方法是血 液樣品。在另一個優選的實施例中，FGF-10，CX化11，0SM，GP醒B和SCF基因中的任一個的表 達量是通過免疫測定法來進行檢測的。
[0023] 在另一個優選的實施例中，所述免疫測定是酶聯免疫吸附測定化LISA)。
[0024] 本發明的另一個方面設及一種用于治療膜腺癌患者個體的抗體(或可選地，使用 抗體制備用于治療可W本發明方法進行鑒別的膜腺癌的藥物的用途），其中所述抗體選自 抗FGF-10、抗CX化11、抗0SM、抗GP醒和抗SCF抗體或其任意組合。優選地，使用上述所有抗體 的組合。在本發明的運一方面的另一優選實施例中，所述膜腺的癌癥是膜腺導管腺癌 (DACP)。本發明的另一個方面設及一種包含選自基因 FGF-10，CX化11，05]?，6口醒8和5〔。中的 至少一個的調節劑的藥物組合物，用于治療可W由本發明的方法來鑒別的膜腺癌(且更優 選地，膜腺導管腺癌（DACP))患者個體（或者可選地，一種包含選自基因 FGF-10，CXCL11， 0SM，GPNMB和SCF中的至少一個的調節劑的藥物組合物在制備用于膜腺癌治療的藥物中的 用途）。
[0025] 本發明的另一方面設及一種試劑盒或裝置，下文中稱為"本發明的第一種試劑 盒"，其包括需要測量的基因的表達產物從它們的FGF-10，CX化11，0SM，GPNMB和選定量的元 素 SCF或其任意組合。
[0026] 在一個優選的實施例中，本發明的第一種試劑盒包含選自抗FGF-10,抗CX化11，抗 0SM，抗GP醒和抗SCF抗體的抗體或其任意組合。優選地，本發明的試劑盒同時包括W下每種 類型中的至少一種抗體:抗FGF-10，抗CX化11，抗0SM，抗GP醒和抗SCF抗體。
[0027] 在另一個優選的實施例中，本發明的第一種試劑盒包括二級抗體或陽性和/或陰 性對照。該試劑盒還可W包括，但不限于，緩沖劑、蛋白質提取液、用于防止污染的試劑、蛋 白降解抑制劑等。
[0028] 本發明的另一個方面設及一種固體支持物或蛋白質忍片，其包含抗FGF-10,抗 CX化11，抗0SM，抗GPM1和抗SCF抗體中的至少一種或其任意組合，W用于執行本發明的任一 方法。本發明的另一個方面設及一種固體支持物或DNA忍片，其包括從FGF-10，CX化11，0SM， GPNMB和SCF基因的至少一種或其任意組合的已知序列或mRNA而設計的寡核巧酸或單通道 微陣列。優選地，其包括能夠檢測FGF-10，EG-VEGF，IL-29，NRGl-βΙ和PD-ECGF的全部基因的 mRNA的寡核巧酸。
[0029] 治療反應的生物標記物
[0030] 本發明的另一個方面設及使用CD80，EG-VEGF，化-29，NRGl-m和PD-ECGF的基因 (和/或蛋白質）用于預測或預后個體的對核巧類似物加表皮生長因子受體抑制劑的聯合療 法的反應的用途，其中所述個體患有膜腺癌。
[0031] 在一個優選的實施例中，治療所用的核巧類似物是吉西他濱。在另一個優選的實 施例中，治療所用的表皮生長因子受體抑制劑是厄洛替尼。
[0032] 在另一個優選的實施例中，所述癌癥是膜腺導管腺癌(DACP)。
[0033] 本發明的另一個方面設及用于獲得對預測或預后對個體的膜臟癌治療的反應有 用的數據的方法，W下稱為本發明的第Ξ種方法，包括：
[0034] a)獲得來自個體的分離的樣品。
[0035] b)測量選自下列基因的表達產物:CD80，EG-VEGF，比-29，NRG1 -β 1和PD-ECGF。在另 一個優選的實施例中，本發明的第Ξ方法還包括：
[0036] C)使用W下公式，W步驟b)的細胞因子值得到預后指數(ΡΙ)值：
[0037] 肺ac = 4.351 X B7-1/CD80+0.003 X EG-VEGF/PK1+0.081 X 比-29+0.020
[0038] XNGRl-batsl/HRGl-batal+0.264XPD-ECGF
[0039] 其中，PI〉17的個體具有疾病的預后不良。在運方面的一個優選實施例中，PI〉17的 個體的存活期小于五個月。
[0040] 在另一個優選的實施例中，PI含17的個體表現出更好的疾病預后。在該方面的另 一個優選的實施例中，PI含17的個體的存活期超過五個月的時間。
[0041] 在本發明的第Ξ種方法的一個優選實施例中，所述核巧類似物是吉西他濱。在另 一個優選的實施例中，所述表皮生長因子受體抑制劑是厄洛替尼。
[0042] 在另一個優選的實施例中，所述癌癥是膜腺導管腺癌(DACP)。
[0043] 在本發明的運一方面的另一優選實施例中，生物樣品(a)是血液樣品，且更優選為 血清。
[0044] 在另一個優選的實施例中，通過免疫測定法來檢測CD80，EG-VEGF，比-29，NRGl-f31 和PD-ECGF中任一基因的表達量。
[0045] 在另一個優選的實施例中，所述免疫測定是酶聯免疫吸附測定化LISA)。
[0046] 本發明的另一個方面設及一種用于治療可用本發明的方法來鑒別的膜腺癌癥的 患者個體的抗體，其中所述抗體選自抗CD80，抗EG-VEGF，抗IL-29，抗NRGl-m和抗PD-ECGF 抗體，或其任意組合。
[0047] 本發明的另一個方面設及一種包含選自CD80、EG-VEGF、比-29、NRGl-ei和PD-ECGF 中的至少一種的調節劑的藥物組合物，用于治療可用本發明的方法來鑒別的膜腺癌的患者 個體(或者可選地，使用包含選自CD80、EG-VEGF、比-29、NRGl-ei和PD-ECGF中的至少一種的 調節劑的藥物組合物用于治療膜腺癌的用途）。
[0048] 本發明的另一方面設及一種試劑盒或裝置，W下稱為本發明的第二種試劑盒，其 包括用于測量選自CD80，EG-VEGF，化-29，NRG1-β巧日PD-ECGF基因或其任意組合的表達量的 必要元件。
[0049] 更優選地，本發明的第二種試劑盒包含被選自W下的抗體:抗CD80，抗EG-VEGF，抗 IL-29，抗NRGl-m和抗PD-ECGF抗體，或其任意組合。優選地，本發明的第二種試劑盒同時包 括W下每種類型中的至少一種抗體:抗CD80，抗EG-VEGF，抗IL29，抗NRGl-βΙ和抗PD-ECGF抗 體。
[0050]本發明的另一個方面設及一種固體支持物或蛋白質忍片，其包含抗CD80、抗EG- VEGF、抗IL29、抗NRGl-β巧日抗PD-ECGF抗體中的至少一種或其任意組合，W用于執行本發明 的任一方法。
[0化1] 本發明的另一個方面設及一種固體支持物或DNA忍片，其包括從CD80、EG-VEGF、 比-29、NRGl-m和PD-ECGF基因的至少一種或其任意組合的已知序列或mRNA而設計的寡核 巧酸或單通道微陣列。
[0052] 本發明的方法的實施
[0053] 本發明的另一個方面設及一種計算機可讀存儲介質或者可傳輸信號，其包括可令 計算機執行本發明的方法的步驟的軟件指令。
【具體實施方式】
[0054] 在說明書和權利要求書中的詞語"包括"及其變體，并不旨在排除其它技術特征、 添加劑，組分或步驟。對于本領域技術人員而言，可W部分通過閱讀說明書，部分經過本發 明的實施，來理解本發明的其他目的、有點和特征。
[00巧]概念定義
[0056] "分離的生物樣品"包括，通過由本領域技術人員已知的任何方法獲得細胞、組織 和/或身體的生物流體，等等。
[0057] 本說明書中所稱的術語"個體"設及動物，優選為哺乳動物，更優選為人類。術語 "個體"不旨在具有限制性，在任何方面中，其可W是任何年齡，性別和身體狀況的個體。
[0058] 基因的表達水平將得到特定基因表達圖譜。術語"表達水平"，也稱"基因產物量" 或"表達產物量"，設及基因的表達得到的生化材料(RNA或蛋白質）。有時，測量基因產物的 量來推斷基因的活躍程度。"基因表達圖譜"定義為在分離的生物樣品中，測量生物標記物 的感興趣的基因（即由基因 FGF-10，CX化 11，0SM，GPNMB，SCF，CD80，EG-VEGF，化-29，NRG1 -化 和PD-ECGF)產生的mRNA和/或蛋白獲得的基因圖譜。優選地，可W通過本領域中已知的實驗 方案來從分離的生物樣品中提取總RNA含量，W測定轉錄產生的mRNA水平，W得到基因表達 圖譜。
[0059] FGF-10，CX化 11，0SM，GPNMB，SCF，CD80，EG-VEGF，比-29，NRG1 -β 巧 PPD-ECGF 的表達 產物的量的檢測，可W通過本領域已知的任何方法進行。本發明的發明人已經展示了，針對 所述細胞因子的抗體量或濃度的半定量或定量檢測，能夠對患有膜腺導管腺癌的個體進行 早期診斷。
[0060] 所述基因的表達產物的的量或濃度，優選為半定量或定量測定，其可直接或間接 測定。直接測量設及W直接來自所述基因的轉錄物或蛋白質的信號為基礎的基因的量或表 達產物濃度的測量，且其直接與基因產生的RNA分子或蛋白質數量相關。該信號-也可W稱 為強度信號-可W通過例如測量所述產物的化學或物理性質的強度值而得到。間接測量包 括從次要組分或生物測量系統(例如，對細胞應答、配體、"標記"或酶反應產物的測量)獲得 的測量值。
[0061] 本說明書中所稱的術語"量"，設及但不限于，基因的表達產物的絕對或相對量或 抗體的量，W及任何與其相關的值或參數或自此衍生的值或參數。所述值或參數包括通過 直接測量從表達產物的任何物理或化學性質的強度得到的信號值。此外，所述值或參數包 括所有間接測量得到的值或參數，例如，本申請的其他部分所描述的任意測量系統。
[0062] 本說明書中所稱的術語"比較"，設及但不限于，需分析的基因表達產物或生物樣 品（也稱為測試生物樣品）的量，與一個或多個期望的參考樣本的基因表達產物的量進行比 較。所述參考樣本可W，例如，同時或相繼地地，與測試生物樣品一起進行分析。
[0063] 本說明書中所稱的術語"標記化合物"設及可產生顯色、巧光、放射和/或化學發光 信號的化合物，其允許對抗 FGF-10，CX化11，0SM，GPNMB，SCF，CD80，EG-VEGF，化-29，NRGl-m 和PD-ECGF的抗體的量進行檢測和定量。所述標記化合物選自放射性同位素、酶、巧光團或 任何易于標記另一分子或檢測和/或直接測量的任意分子。此標記化合物可W直接或通過 其他化合物結合到抗體上。直接結合的標記化合物的一些實例是，但不限于:酶，如堿性憐 酸酶或過氧化物酶;放射性同位素，如32P或35S;巧光染料，如巧光素或金屬顆粒，分別用于 由比色法、自動射線照相法、巧光法或金相法的直接檢測。
[0064] 本說明書中所稱的術語"免疫測定法"設及任何基于抗體抗原結合反應的分析技 術。現有技術中已知的免疫測定法的例子是，例如，但不限于:免疫印跡，酶聯免疫吸附測定 化LISA)，直系免疫測定化IA)，放射免疫測定(RIA)，免疫巧光，X-染色體圖或蛋白質忍片。
[0065] 術語"多核巧酸"和"核酸"在本申請中可交換地使用，指的是任何長度的核巧酸聚 合物形式，可W是核糖核巧酸(RNA)和脫氧核糖核巧酸(DNA)。
[0066] 術語"氨基酸序列"，1太"，"寡膚"，"多膚"和"蛋白質"在本申請中可交換地使用， 并設及任何長度的氨基酸的聚合物形式，其可W是編碼或非編碼形式，經過化學或生物化 學修飾。
[0067] 早期診斷生物標記物
[0068] 本發明的發明人已經分析了健康個體、未經治療的的DACP個體和患有DACP且經過 吉西他濱和厄洛替尼治療的個體中的細胞因子家族成員。據發現，許多標記物能夠用于 DACP個體的早期診斷。因此，本發明提供了用于獲得用于DACP個體的早期診斷的有用數據 的方法。因此，本發明的第一個方面設及使用FGF10，CX化11，0SM，GPNMB和SCF的基因（和/或 蛋白質）用于膜腺癌的早期診斷的用途。該用途可W是所述基因（和/或蛋白質）同時使用或 使用其中任一，或可W選擇其任意組合。
[0069] 在本發明運一方面的一個優選實施例中，所述膜腺的癌癥是膜腺導管腺癌(DACP)
[0070] 本發明的另一個方面設及用于獲得用于早期診斷的膜腺癌的有用數據的方法，下 文中稱為本發明的第一個方法，，包括：
[0071 ] a)獲得來自個體的分離樣品。
[0072] b)測量選自下列基因的表達產物:FGF10，巧化11，0SM，GPNMB和SCF。
[0073] 可W同時測量所有基因的表達產物或測量任一基因（和/或蛋白質），或可W選擇 其任意組合。在另一個優選的實施例中，本發明的方法還包括：
[0074] C)比較在步驟(b)中獲得的所述量與參考量。
[0075] 在本發明的一個優選實施例中，上述方法的所述步驟(b)和/或(C)可W完全或部 分自動化，例如，將傳感器機器人設備用于步驟(b)中的量檢測或所述步驟(C)中計算機化 比較。
[0076] 本發明的該方面的一個優選實施例設及一種膜腺癌診斷方法，其包括本發明的第 一種方法的步驟(a) -(C)，且還包括：當所述步驟(a)的個體顯示出的基因 FGF-10，CX化11， OSM，GP醒B和SCF表達產物量高于所述參考量時，將所述對象劃分為膜腺癌患者個體組。可 能是。6。-10，〔乂化11，051，6?醒8和5〔。中任一基因或所有基因的表達產物量高于所述參考 量。
[0077] 在本發明的方法的一個優選的實施例中，步驟(a)的從個體分離的生物樣品是血 液樣品，且更優選為血清。
[0078] 本發明的方法的部分(C)所述的比較可W手動執行或計算機輔助執行。
[0079] 適當參考量可W通過本發明方法從參考樣本分析得到，例如，與試驗生物樣品一 起同時或相繼進行測定。因此，例如，但不限于，參考樣品可W是陰性對照，即通過本發明的 方法從未患病個體的樣品中檢測到的量。
[0080] 下面將描述作為評估對象的細胞因子的特征：
[0081 ] FGF-10基因，即成纖維細胞生長因子l(KKGF-2:角質細胞生長因子2)位于染色體5 (5P13-P12)。據記載，運一因素在器官發生初級階段中是形態發生啟動子，W及膜腺上皮干 細胞增殖的調節子(Bhushan et al. ,2001.Development 128,5109-5117) JGF10/FGFR2- ΠΙΒ信號通路和膜腺癌細胞的遷移和侵襲之間的聯系最近被發現，其是通過誘導I型膜基 質金屬蛋白酶并轉化作為間質上皮轉化的重要調節子的生長因子TGF-i31(Nomura et al.， 2008.Br.J.(Mincer 99,305-313)。
[0082] 在本發明中，FGF-10還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID NO: 8，的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0083] a)編碼包含SEQ ID N0:8,的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0084] b)其互補雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0085] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0086] d)包含與SEQ ID NO:8具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有FGF-10蛋白的活性和 結構特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO: 1。
[0087] 基因 CX化11，即趨化因子(c-x-c基序)配體11(CXC基序趨化因子丫干擾 素誘導蛋白9;干擾素誘導的Τ細胞趨化α化學引誘物;小誘導細胞因子Β11;小誘導細胞因子 子族Β(切S-X-切S)成員11;小誘導細胞因子亞科Β(切s-X-Cys)成員9Β;小誘導細胞因子 611，化74，1-了4(：，？1-9，1?9,5〔￥811，5〔￥898,8-1?1)位于4號染色體(4921.2)。〔乂化11是與受 體CXCR3相互特異作用的趨化因子。其刺激MAPK激酶途徑的憐酸化，導致增殖并預防調亡 (Miekus et al.,2010.Folia Histochem.切tobiol.48,104-111)。此外，其在若干癌癥腫 瘤發生中的作用亦有記載化0 et al. ,2010.Am.J.Pathol.176,2435-2446;化ruya et al. ,2011 .Gynecol .Oncol. 122,648-655)。我們在此首次報告將CX化11作為DACP患者的一 個可能生物標記物，但其最近也被作為前列腺腺癌的血清生物標記物提出化lee et al.， 2012. Clin. Toxicol.58，599-609)。
[0088] 在本發明中，CX化11還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID NO: 9，的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0089] a)編碼包含SEQ ID N0:9,的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0090] b)其互補雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0091] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0092] d)包含與SEQ ID NO:9具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有CX化11蛋白的活性和 結構特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO:2。
[0093] 基因 OMS，即抑癌蛋白M(CXC基序趨化因子丫干擾素誘導蛋白9;干擾素誘 導Τ細胞α化學引誘物;小誘導細胞因子Β11;小誘導細胞因子亞科Β(切S-X-切S)件11;小誘 導細胞因子亞科Β(半脫氨酸-X-半脫氨酸)成員9Β;小誘導細胞因子Β11，化74，I-TAC，PI-9， 1口9,5〔￥811，5〔￥898,8-31)包含在4號染色體(4921.2)中。抑癌蛋白1屬于白介素6同一家 族，并刺激參與傷口修復的若干功能。雖然最初描述為白血病細胞生長抑制劑(Zarling et al.，1986. Proc.化t. Acad. Sci . USA. 83，9739-43)，最近據發現，其可具有雙重作用，還可作 為促進細胞增殖，遷移和侵襲的啟動子(Fossey et al. 2011，BMC Cancer 11,125 ;Li et al.,2011.Int.J.Mol.Med.28,101-108;Winder et al.,2011.J.化thol.225,448-462; Tiffen et al. ,2008.Mol.Endocrinol.22,2677-2688)。一旦OMS與其受體結合，即可促進 Janus激酶家族通路(JAKVSTAT的相互憐酸化和激活。STAT3的一些轉錄目標是DACP生物學 的重要促進因素 （Corcoran et al.,2011.(Mincer Res.71,5020-5029)。
[0094] 在本發明中，OMS還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID NO: 10的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[00M] a)編碼包含SEQ ID NO: 10的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0096] b)其互補雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0097] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[009引 d)包含與SEQ ID NO: 10具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有0MS蛋白的活性和結 構特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO:3。
[0099] 基因 GPNMB，即糖蛋白（跨膜)nmb(UNQ1725/PR09925，HGFIN，NMB，糖蛋白NMB;糖蛋 白NMB樣蛋白質;骨活素;跨膜糖蛋白HGFIN;跨膜糖蛋白，NMB NQ1725/PR09925，HGFIN，NMB) 包含在7號染色體(7pl5)中。糖蛋白GPNMB，也稱為骨活素(0A)，DC-HIL或HGFIN，是I型跨膜 蛋白，其一開始被描述為W不可檢測的低水平存在于惡性細胞中（Weterman et al.， 1995.Int.J.化ncer 60,73-81)。但是，最近的研究已經記載了6?醒8/骨活素在一些癌癥如 黑色素瘤（Tomihari et al.,2010.Cancer Res 70,5778-5787;Tse et al., 2006.Clin.Cancer Res.12,1373-1382)、葡萄膜黑色素瘤（Williams et al.， 2010.Melanoma res.20,184-190)、神經膠質瘤化uan et al.,2006.Clin.(Mincer Res. 12, 1970-1982)、肝細胞癌（Onaga et al.，2003. J. Hepatol. 39，779-785)和乳腺癌中，可作為 轉移和侵襲的啟動子(Rose et al. ,2010.PLos One 5,12093)，其中其還被記載為可充當 預后復發指標（Rose et al.,2010.Clin.Cancer Res.16,2147-2156)。最近，還報告了 GPNMB在肌萎縮性側索硬化患者的骨髓中作為運動神經元變性誘導物的誘導作用(Tanaka et al.，2012.5(^.1^口.2,573)。在本發明中，6口醒8還定義為核巧酸或多核巧酸序列，形成 包含于SEQ ID NO: 11或SEQ ID NO: 12的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0100] a)編碼包含SEQ ID NO: 11或SEQ ID NO: 12的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0101] b)其互補雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0102] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0103] d)包含與沈Q ID NO: 11 或沈Q ID NO: 12具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的 一致性的氨基酸序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有 6口醒8蛋白的活性和結構特征。所述核酸分子包含序列569 10^):4或569 10顯:5。基因 SCF，旨化IT配體化ITLG，FPH2，化-1，Kitl，MGF，SCF，SF，S肥P7，c-Kit配體;家族性進行性色 素沉著2;kit配體;肥大細胞生長因子;青灰因子;干細胞因子)包含在12號染色體（12q22)。 SCF是酪氨酸激酶受體C-試劑盒化IT)的主配體。其結合支持細胞表達KIT中的增殖、分化和 存活，無論是在正常細胞和腫瘤細胞中，包括膜腺癌細胞（Y a S U d a e t a 1 .， 2006. Mol.Cancer 5,46)(通過激活（PI3K)/Akt通路）；MAPK和STAT(Yasuda et al.， 2007. Dig.Dis.Sci. 52,2292-2300) dW前的分析已經記載了結腸直腸癌血清和DACP中的高 水平干細胞因子（SCF)(Mroczko et al. ,2005. Clin. Toxicol 丄曰6. Med. 43,146-150; Mroczko et al.,2004. Cl in .Toxico1. Lab . Med .42,256-260；Mroczko et al., 2005.Int.J. Colorectal Dis.22,33-38)。
[0104] 在本發明中，SCF還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID NO: 13或SEQ ID NO: 14的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[01化]a)編碼包含SEQ ID NO: 13或SEQ ID NO: 14的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0106] b)其互補雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0107] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[010引 d)包含與沈Q ID NO: 13或沈Q ID NO: 14具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的 一致性的氨基酸序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有SCF 蛋白的活性和結構特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7。
[0109] 由于DACP展現出多種基因和表觀疾病，并牽設數種信號通路，CA 19-9和數種生物 標記物的組合可能代表了一種建立新的診斷標記物的新方法。本發明發明人選擇了 FGF- 10，〔乂化11，05]?，6?醒8和8〔。用于所述疾病的早期診斷。
[0110] 在另一個優選的實施例中，基因 FGF-10，CX化11，(^，6口醒8和8〔。中的任一種的表 達量的檢測通過免疫測定進行。
[0111] 在另一個優選的實施例中，免疫測定是酶聯免疫吸附測定化LISA)。所述化ISA是 基于W下假設:免疫試劑(抗原或抗體)可W固定在固體支持物中，然后令該系統與含有可 W與標記化合物結合的互補試劑的流體相接觸。有不同類型的化ISA:直接化ISA，間接 ELISA，或夾屯屯LISA:
[0112] 本發明的另一個方面，設及一種用于治療患有可通過本發明的方法來識別的膜腺 癌癥的個體的抗體(或可選地，一種抗體用于制備膜腺癌治療的藥物中的用途），其中所述 抗體選自抗FGF-10、抗CX化11、抗0SM、抗GP醒和抗SCF抗體，或其任意組合。優選地，使用上 述所有抗體的組合。
[0113] 本發明的另一個方面設及一種藥物組合物，其包含選自FGF-10，CXCL11，0SM; GPNMB和SCF基因中的至少一個的調節劑，W治療患有可通過本發明的方法來識別的膜腺癌 癥的個體(或可選地，使用包含選自FGF-10，CXCL11，0SM; GP醒B和SCF基因中的至少一個的 調節劑的藥物組合物用于制備膜腺癌的治療藥物的用途）。優選地，所述組合物同時包含調 節FGF-10，CX化11，0SM; GPNMB和SCF中所有基因的一種或多種試劑。更優選地，該藥物組合 物還包含另一種活性成分。在另一個優選的實施例中，所述調節劑選自抗FGF-10,抗 CX化11，抗OSM，抗GP醒和抗SCF抗體，或其任意組合。
[0114] 本發明的另一方面設及一種試劑盒或裝置，下文中稱為本發明的第一種試劑盒， 其包括測量FGF-10，CX化11，0SM;GPNMB和SCF的基因表達產物量的必要元件或其任意組合。
[0115] 在一個優選的實施例中，本發明的第一種試劑盒包含選自W下列表的抗體：抗 FGF-10，抗CX化11，抗0SM，抗GP醒和抗SCF抗體，或其任意組合。優選地，本發明的試劑盒同 時包括W下每種類型中的至少一種抗體:抗FGF-10，抗CX化11，抗0SM，抗GP醒和抗SCF抗體。
[0116] 在另一個優選的實施例中，本發明的第一種試劑盒包括二級抗體或陽性和/或陰 性對照。該試劑盒還可W包括，但不限于，緩沖劑、蛋白質提取液、用于防止污染的試劑、蛋 白降解抑制劑等。
[0117] 另一方面，所述試劑盒可W包括所有設置和優化所必需的容器。優選地，該試劑盒 還包含用于執行本發明的方法的說明。
[0118] 本發明的另一個方面設及一種固體支持物或蛋白質忍片，其包含抗FGF-10,抗 CX化11，抗0SM，抗GPM1和抗SCF抗體中的至少一種或其任意組合，用于執行本發明的任一方 法。本發明的另一個方面設及一種固體支持物或DNA忍片，其包括從FGF-10，CX化11，0SM， GPNMB和SCF基因的至少一種或其任意組合的已知序列或mRNA而設計的寡核巧酸或單通道 微陣列。優選地，其包括能夠檢測FGF-10，EG-VEGF，比-29，NRGl-βΙ和PD-ECGF中所有基因的 mRNA的寡核巧酸。
[0119] 因此，例如，使用光刻法W個核巧酸進行鏈延長，從而在忍片表面構建所述寡核巧 酸序列。
[0120] 因此，寡核巧酸通過核巧酸選擇性活化法于3'端錯定，W光透過光掩模的選擇性 入射，通過光不穩定試劑進行保護。光掩模可W是物理的或虛擬的。
[0121] 因此，寡核巧酸探針可W是從10至100個核巧酸，更優選地，20至70個核巧酸，更優 選24至30個核巧酸。為了測量基因表達，每個基因優選使用約40個寡核巧酸。
[0122] 固體支持物(例如，玻璃)上的原位合成，可W通過噴墨技術進行，運需要較長的探 針。支架可W是過濾器或NC或尼龍膜(帶電荷），涂布氨基硅烷、聚賴氨酸、醒或環氧樹脂的 顯微鏡用娃片或玻片。探針是每個忍片樣品。標祀是待分析樣品。信使RNA、總RNA、CRP片段 等。
[01U] 治療反應的生物標記物
[0124] 另一方面，本發明的發明人分析了經吉西他濱+厄洛替尼組合治療的DACP患者個 體的血清中的細胞因子家族的507種蛋白質。已經發現了可用于DACP個體預后的一些標記。 因此，本發明提供了一種用于獲得經吉西他濱+厄洛替尼組合治療的DACP患者個體的反應 預后的有用數據的方法，甚至是在其接受所述治療之前。
[0125] 因此，本發明的另一個方面設及使用基因 CD80，EG-VEGF，化-29，NRGl-m和PD- ECGF用于預測或預后個體對核巧類似物和表皮生長的反應因子受體抑制劑治療的反應的 用途，其中所述個體患有膜腺癌。
[0126] 在一個優選的實施例中，所述核巧類似物是吉西他濱。在另一個優選的實施例中， 所述表皮生長因子受體抑制劑是厄洛替尼。
[0127] 在另一個優選的實施例中，所述癌癥是膜腺導管腺癌(DACP)。
[0128] 本發明的另一個方面設及用于獲得對預測或預后對個體的膜臟癌治療的反應有 用的數據的方法，W下稱為本發明的第Ξ種方法，包括：
[0129] a)獲得來自個體的分離的樣品。
[0130] b)測量選自下列基因的表達產物:CD80，EG-VEGF，比-29，NRG1 -β 1和PD-ECGF。在另 一個優選的實施例中，本發明的第Ξ方法還包括：
[0131] C)使用W下公式，W步驟b)的細胞因子值得到預后指數(ΡΙ)值：
[0132] IPpdac = 4.351 X B7-1/CD80+0.003 XEG-VEGF/PK1+0.081 X IL-29+0.020
[0133] XNGRl-betal/HRGl-batal+0.264XPD-ECGF
[0134] 其中，PI〉17的個體具有疾病的預后不良。在運方面的一個優選實施例中，PI〉17的 個體的存活期小于五個月。
[0135] 在另一個優選的實施例中，PI含17的個體表現出更好的疾病預后。在該方面的另 一個優選的實施例中，PI含17的個體的存活期超過五個月的時間。
[0136] 在本發明的第Ξ種方法的一個優選實施例中，所述核巧類似物是吉西他濱。在另 一個優選的實施例中，所述表皮生長因子受體抑制劑是厄洛替尼。
[0137] 在另一個優選的實施例中，所述癌癥是膜腺導管腺癌(DACP)。
[0138] 在本發明的運一方面的另一優選實施例中，生物樣品(a)是血液樣品。
[0139] 所述步驟(b)和/或(C)可W是完全或部分自動的，例如，將傳感器機器人設備用于 步驟(b)中的量檢測或所述步驟(C)中計算機化比較。
[0140] 優選地，步驟(a)中的個體的分離生物樣品是血液樣品(血清）。
[0141] 本發明的方法的部分(C)所述的比較可W手動執行或計算機輔助執行。
[0142] 適當參考量可W通過本發明方法從參考樣本分析得到，例如，與試驗生物樣品一 起同時或相繼進行測定。
[0143] 下面將描述作為評估對象的細胞因子的特征：
[0144] 那些評價的對象描述如下的細胞因子的特征：
[0145] CD80(也稱為B7-1):B7系統是最重要的次級信號傳導機制之一，對于維持免疫能 力和自體免疫抑制之間的微妙平衡至關重要。B7-UCD80)和B7-2(CD86)是抗原呈遞細胞中 的配體，均負責C-刺激信號傳導，因其調節T細胞的生長、成熟和耐受性(Seliger et al.， 2012.(Mincer Immunol. Immunother.61,1327-1341)。了細胞與其受體結合后被激活，提高存 活（Chen et al .，1994. J.Exp.Med. 179，523-532)。另一方面，其還可W遞送抑制性受體的 共抑制信號并阻斷T細胞的反應。共刺激不足可能有助于腫瘤的進行性生長。B7-1和B7-H1 的組合已經被假定為DACP的一個預后因素。雖然B7-1的作用似乎是抗腫瘤，但在新的全局 視圖中，認為B7家族成員的異常或不平衡表達可能有助于逃避免疫控制(Wang et al.， 2012.PLoS One 7，e45491;Wang et al.,2010.World J.Su巧.34,1059-1065)。
[0146] 在本發明中，CD80還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID N0:24的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0147] a)編碼包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0148] b)其互補雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0149] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0150] d)包含與SEQ ID NO: 24具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有CD80蛋白的活性和結 構特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO: 15。
[0151] EG-VEGF(也稱為PKl):運種分子原理上描述為一種W組織特異性形式調節調節細 胞增殖和血管內皮分化的特異性分裂素的一個例子。雖然該蛋白未顯示出任何與VEDF家族 的結構同源性，其共有與增殖和遷移相關的不同調節功能化eCouter et al. ,2001.Na化re 412 ,877-884)。另據記載，EG-VEGF 與卵巢癌（Balu e t a 1 ., 2012.Rom.J.Morphol.Embryol.53,479-483)，結腸直腸癌（Nagano et al., 2007J.Surg.Oncol.96,605-610)，前列腺（Pasquali et al.,2006.Endocrinology 147, 4245-4251)，肝細胞化i et al. ,2006.J.Exp.Clin.Cancer Res.25,403-409)，膜腺（Jiang et al.,2009.Pancreatology 9, 165-172)和神經母細胞瘤（Ngan et al., 2007. Clin.Cancer Res. 13,868-875)相關。其也是胎盤血管生成的一個因素(Brouillet, S.,2012.Trends lindocrinol.Metab.23,501-508)。
[0152] 在本發明中，EG-VEGF還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID N0:25的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0153] a)編碼包含SEQ ID NO:25的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0154] b)其互補雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0155] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0156] d)包含與SEQ ID NO: 25具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有EG-VEGF蛋白的活性 和結構特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO: 16。
[0157] IL-29:亦稱為IFN-λΙ，屬于IFN家族III型。據記載，其可誘導生物活性，類似于同 一家族的I型。雖然兩者都可W在許多類型的細胞中誘導抗增殖反應，IFN-λ似乎更為受限。 由IFN-λ所產生的信號傳導觸發5了41'1，5了4了2,5了4了3和5了41'5路徑(分裂素(嫩?1〇活化的巧中 主要的激酶蛋白質級聯）的激活，并通過憐脂酷肌醇-3-激酶使得蛋白激酶B(Akt)憐酸化 (PI3K；Kotenko et al.,2011.Curr.Opin. Immunol.23,583-590；Maher et al., 2008. Cancer Biol.Ther.7,1109-1115;Donnelly et al.,2010.J.Inte;rfe;ron Cytokine Res. 30,555-564)。但是，IFN-λ觸發所述旁路的能力，可能特定存在于改變的細胞或癌細胞 中。其他研究表明，活化MAPK可誘導多發性骨髓瘤的人細胞生長（Novak et al.， 2008丄e址emia 22，2240-2246)。在癌癥的大背景下，尤其是在DACP的背景下，比-29在宿主 應答和免疫監控中的具體作用尚無定論。
[0158] 在本發明中，化-29還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID N0:26的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0159] a)編碼包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0160] b)其互補雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0161] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0162] d)包含與SEQ ID NO: 26具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有IL-29蛋白的活性和 結構特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO: 17。
[0163] NRGl-βΙ:即神經調節蛋白-1或調蛋白-1，是用于與受體化bB，ErbB3的和化bB4家 族成員結合的胞外蛋白的配體。與其受體相互作用后，會刺激若干生物事件，包括某些上皮 癌的誘導和進展。蛋白質NRGl/HRGl也在神經系統，屯、臟和乳腺中起到重要作用，并且設及 某些疾病的發展，包括精神分裂癥和乳腺癌(Fallsetal.，2003.E邱.Cell.Res.284，14- 30;Hayes et al.,2008.J.Mammaiy Gland.Biol.Neoplasia 13,205-214)〇NRG1/HRG1 對血 管生成因子VEGF的調節已有記載(Yen et al. ,2000.Oncogene 19,3460-3469)。其增殖作 用很可能是通過多種通路的聯合作用來實現的，包括在DACP細胞已有具體記載的PI3K， MAPK和P38MAPK通路（Stove et al. ,2004.Clin.Exp.Met自S化sis 21,665-684)。存活率較 低的DACP患者具有HRG-β的mRNA高表達。ErbB3在膜腺腫瘤發生中起著重要作用，因其促進 腫瘤細胞在體內和體外的增殖。近來，已經看到癌癥相關的成纖維細胞是如何發展配體 NRG1/HRG1，其通過化bB3/AKT調控的信號傳導激活DACP細胞，提高致癌作用。運可能與厄洛 替尼化GFR抑制劑）在與吉西他濱結合用于治療DACP患者時效果不充分有關化iles et al. ,2011.Br.J.(Mincer 105,523-533)。
[0164] 在本發明中，NRGl/HRGl還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID N0:27的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0165] a)編碼包含SEQ ID NO:27的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0166] b)其互補雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0167] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[016引 d)包含與SEQ ID NO: 27具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有NRG1/HRG1蛋白的活 性和結構特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO: 18。
[0169] PD-ECGF:又稱胸巧憐酸化酶。其在食道癌、胃癌、肺癌、膜腺癌和結腸癌中的活性 和表達顯著高于非惡性鄰近組織，且可能在運些實體瘤的增殖中發揮重要作用。PD-ECGF在 腫瘤細胞和相關腫瘤基質細胞中均有表達。在膀脫癌、結腸直腸癌、胃癌、腎癌和膜腺癌的 回歸分析中，PD-ECGF已被標記為不良結果的預后因子。
[0170] 在本發明中，PD-ECGF還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID N0:28、SEQ ID N0:29、沈Q ID N0:30、SEQ ID N0:31、沈Q ID N0:32的蛋白編碼序列，且可 W包括W下幾種變體：：
[0171] a)編碼包含沈Q ID N0:28、沈Q ID N0:29、SEQ ID N0:30、SEQ ID N0:31、沈Q ID N0:32的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0172] b)其互補雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0173] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0174] d)包含與SEQ ID N0:28、SEQ ID N0:29、SEQ ID N0:30、SEQ ID N0:31、SEQ ID NO: 32具有至少80%，90%，95%，98%或99%的一致性的氨基酸序列的多膚的編碼核酸分 子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有PD-ECGF蛋白的活性和結構特征。所述核酸分子 包含序列沈Q ID NO: 19、沈Q ID NO:20、沈Q ID NO:21、沈Q ID NO:22、沈Q ID NO:23。
[01巧]在另一個優選的實施例中，對基因 CD80，EG-VEGF，化-29，NRGl-m和PD-ECGF中的 任一個的表達量的檢測是通過免疫測定進行的。
[0176]在另一個優選的實施例中，所述免疫測定是酶聯免疫吸附測定化LISA)。所述 ELISA是基于W下假設:免疫試劑(抗原或抗體)可W固定在固體支持物中，然后令該系統與 含有可W與標記化合物結合的互補試劑的流體相接觸。有不同類型的化ISA:直接化ISA，間 接化ISA,或夾屯屯LISA:
[0177] 本發明的另一個方面，設及一種用于治療患有可通過本發明的方法來識別的膜腺 癌癥的個體的抗體，其中所述抗體選自抗CD80、抗EG-VEGF、抗化-29、抗NRG1 -β 1和抗PD- ECG巧亢體，或其任意組合。優選地，使用上述所有抗體的組合。
[0178] 本發明的另一個方面設及一種藥物組合物，其包含選自CD80，EG-VEGF，化-29， NRGl-βΙ和PD-ECGF基因中的至少一個的調節劑，W治療患有可通過本發明的方法來識別的 膜腺癌癥的個體(或可選地，使用包含選自CD80，EG-VEGF，比-29，NRGl-f3巧日PD-ECGF基因中 的至少一個的調節劑的藥物組合物用于制備膜腺癌的治療藥物的用途）。優選地，所述組合 物同時包含調節CD80，EG-VEGF，化-29，NRGl-m和PD-ECGF中所有基因的一種或多種試劑。 更優選地，該藥物組合物還包含另一種活性成分。在另一個優選的實施例中，所述調節劑選 自抗CD80，抗EG-VEGF，抗比-29，抗NRG1-化和抗PD-ECGF抗體，或其任意組合。
[0179] 本發明的另一方面設及一種試劑盒或裝置，下文中稱為本發明的第二種試劑盒， 其包括測量CD80，EG-VEGF，比-29，NRGl-f31和PD-ECGF的基因表達產物量的必要元件或其任 意組合。
[0180] 更優選地，本發明的第二種試劑盒包含包含選自W下列表的抗體:抗CD80,抗EG- VEGF，抗IL-29，抗NRG1 -β 1和抗PD-ECGF，或其任意組合。優選地，本發明的第二種試劑盒同 時包括W下每種類型中的至少一種抗體:抗CD80，抗EG-VEGF，抗IL29，抗NRGl-βΙ和抗PD- ECGF抗體。
[0181] 在另一個優選的實施例中，本發明的第二種試劑盒包括二級抗體或陽性和/或陰 性對照。該試劑盒還可W包括，但不限于，緩沖劑、蛋白質提取液、用于防止污染的試劑、蛋 白降解抑制劑等。
[0182] 另一方面，所述試劑盒可W包括所有設置和優化所必需的容器。優選地，該試劑盒 還包含用于執行本發明的方法的說明。
[0183] 在一個優選的實施例中，本發明的第二種試劑盒包含預后指數值和個體分類的分 配，由此:如果所述個體表現出的ΡΙ〉17,則其具有該疾病的不良預后，而如果個體顯示ΡΙ< 17,則其具有該疾病的較好預后。優選地，具有PI ^ 17的個體的存活時間超過5個月。在另一 個優選的實施例中，PI〉17的個體的存活時間短于5個月。
[0184] 本發明的另一個方面設及一種固體支持物或蛋白質忍片，其包含抗CD80,抗EG- VEGF，抗IL-29,抗NRGl-m和抗PD-ECGF抗體中的至少一種或其任意組合，用于執行本發明 的任一方法。
[01化]本發明的另一個方面設及一種固體支持物或DNA忍片，其包括從CD80，EG-VEGF， 比-29，NRGl-m和PD-ECGF基因的至少一種或其任意組合的已知序列或mRNA而設計的寡核 巧酸或單通道微陣列。優選地，其包括能夠檢測CD80，EG-VEGF，比-29，NRGl-m和PD-ECGF中 所有基因的mRNA的寡核巧酸。
[0186] 因此，例如，使用光刻法W個核巧酸進行鏈延長，從而在忍片表面構建所述寡核巧 酸序列。
[0187] 因此，寡核巧酸通過核巧酸選擇性活化法于3'端錯定，W光透過光掩模的選擇性 入射，通過光不穩定試劑進行保護。光掩模可W是物理的或虛擬的。
[0188] 因此，寡核巧酸探針可W是從10至100個核巧酸，更優選地，20至70個核巧酸，更優 選24至30個核巧酸。為了測量基因表達，每個基因優選使用約40個寡核巧酸。
[0189] 固體支持物(例如，玻璃)上的原位合成，可W通過噴墨技術進行，運需要較長的探 針。支架可W是過濾器或NC或尼龍膜(帶電荷），涂布氨基硅烷、聚賴氨酸、醒或環氧樹脂的 顯微鏡用娃片或玻片。探針是每個忍片樣品。標祀是待分析樣品。信使RNA、總RNA、CRP片段 等。
[0190] 本發明的方法實施
[0191] 本發明的另一個方面設及一種計算機可讀存儲介質，其包含可令計算機執行根據 本發明的任意方法的步驟的軟件指令。
[0192] 本發明的另一個方面設及一種可傳輸信號，其包括可令計算機執行根據本發明的 任意方法的步驟的軟件指令。
【附圖說明】
[0193] 圖1(A)所示為整個研究人群的針對特定疾病的Kaplan-Meier存活曲線。Kaplan- Meier存活曲線定義為指定時間段內的存活概率。每個時間段是兩個非同時終點事件之間 的時間。存活數據并未刪減，因為沒有丟失任何個體的存活時間信息。（B-H)所述圖表示每 個單獨的生物標記的Kaplan-Meier存活曲線，標記為顯著預后標記物：（B)臨床反應；（C)年 齡；（D)BDNF;化）HVEM/TNFRSF14; ;(F)化-24;(G)化-29;(H)瘦素受體；（I)LRP-6和（J) R0B04。為了進行二分，使用了最顯著的存活切點值。圖中展示了每個變量的對數秩檢驗P 值。
[0194] 圖2.Cox回歸模型。根據(A):單變量模型或(B):多變量模型在DACP患者中觀察(如 正方形、Ξ角形和菱形點所示)和計劃(如實線所示）的預后曲線。Cox回歸的目的在于，檢測 所研究的給定事件(死亡）的風險和一個或多個被檢測的自變量之間的任何關系。（B)所示 為對應于W3、4和5個細胞因子產生的模型的Ξ條曲線。正如預期，將預后曲線調整到對數 分布。用確定系數R2來表示擬合優度模型。作為系數，所述模型提供了有用的預測，最準確 的多變量模型為使用5個細胞因子的模型，達到92.6%。因此，我們的PI模型接近93%存活 變異度。
[01巧]圖3.PI Kaplan-Meier存活曲線。（A)所示為從涵蓋2個細胞因子的單變量模型分 析得到的PI存活曲線圖。選擇1.5作為切點值來劃分短存活時間短(巧個月）和長存活時間 (巧個月）的患者群體。（B)所示為從涵蓋5個細胞因子的度變量模型分析得到的PI存活曲線 圖。選擇17作為切點值來劃分短存活時間短(巧個月）和長存活時間。5個月）的患者群體。 圖中展示了每個比較的對數秩檢驗P值。
[0196]圖4五個血清細胞因子各自的R0C曲線分析證明，其在DACP患者中差異表達。R0C曲 線概括了 DACP患者預測中的細胞因子精度。曲線(ABC)下的面積是所述生物標記物的平均 靈敏度。非預測值的生物標記的AUC為0.5,而具有完美疾病預測能力的生物標記物的AUC為 1 dA所示為FGF-10的AUC值、切點值、靈敏度和特異性;B顯示了 I-CX化11的AUC值，切點值，靈 敏度和特異性;C顯示了 0SM的AUC值、切點值、靈敏度和特異性;D顯示了 GPNMB的AUC值、切點 值、靈敏度和特異性;E顯示了 SCF的AUC值、臨界值、敏感性和特異性;F顯示了五個細胞因子 結合的AUC值、切點值、靈敏度和特異性。所選擇的切點值(強度信號值)是具有最高的靈敏 度和特異性的值。
[0197] 發明實施例
[0198] 下面提供的實施例和附圖用于舉例說明，其目的并不在于限制本發明。
[0199] 所有數據分析和統計學分析用軟件IBM SPSS統計20或統計語言R進行。使用軟件R 中的工具包"Array如alityMetrics"來去除消除任何可能的非典型值，W提高分析質量。
[0200] 早期診斷的生物標記物 [0201 ]材料和方法
[0202] 39名病例參加了運項研究。設立了 Ξ個不同的群體：
[0203] 1) 12例健康患者，作為對照組。
[0204] 2) 14例未接受過治療的DACP患者(稱為預處理）。
[0205] 3)13例接收過2周吉西他濱+厄洛替尼的聯合治療的患者(稱為后處理）。
[0206] 所有患者在2008年至2011年間在Vi;rgen de las Nieves醫院(格拉納達，西班牙） 確診為DACP。所有患者信息，包括性別、年齡、病情程度和癥狀均被記錄下來。患者的平均年 齡為66歲（41 -79歲），男女比例為50:50。患者的膜腺腺癌臨床分類為:狀態虹（28 % )和狀態 IV(72%;表 1)。
[0207]
[020引表1.研究人群(n = 14)的臨床病理特性。信息收集自參與研究的所有DACP患者。
[0209] 樣品來源
[0210] 從相關倫理委員會同意批準并經患者簽署同意后，采集血樣。在2009至2011年間， 利用Virgen de las Nieves醫院(格拉納達，西班牙)腫瘤科的標準程序共收集39例血清樣 本。在研究開始時和治療(吉西他濱+厄洛替尼）2周后，從診斷患有DACP的患者W及健康個 體采集血液樣品。血液Wl500rpm在4°C下離屯、分離10分鐘后，得到血清。樣品的等分試樣儲 存在-80°C下。
[0211] 細胞因子抗體測定
[0212] 根據推薦的方法，用基于生物素標記的抗體陣列（人抗體L系列507陣列 (RayBiotech，No;rc;ross，GA，USA)，測定可溶于DACP患者血清的蛋白質。簡言之，將樣品生物 素化。將抗體固定在玻璃載片的指定位點上。培養生物樣品陣列，令細胞因子結合到其相關 抗體。使用標記鏈霉抗HRP及比色法查看信號。最終的強度測量為原始強度，除去背景。每個 個體結果相對于陽性對照進行歸一化。
[0213] 統計分析
[0214] 由于所有組中的細胞因子均為顯示正態分布，使用曼-惠特尼檢驗來表示組間的 差異(p<0.05)。此外，計算了倍數變化(FC)。測試了細胞因子的倍數變化值，W指示相對表 達值。組間的強度信號FC含1.5或FC > 1.5均認為不相關。計算了每個標記物的受體可操作 特征(R0C)的曲線下面積(AUC)，W評估其表示真陽性值率(靈敏度)與假陽性值率（1-特異 性）的診斷顯著性。此外，為此組合生成了標記組合指數，并繪制了 R0C曲線。選擇了切點值 來提高靈敏度和特異性。另外，使用箱形圖來表示后處理和預處理之間相比及預處理與對 照之間相比，對顯著變化的常見細胞因子表達的調控。
[0別引結果
[0216] DACP患者和健康組(對照組)的血清診斷生物標記物分析
[0217] 為了找尋有助于DACP早期檢測的標記物，進行了廣泛的篩查，其中使用了 507個人 細胞因子的抗體陣列，W鑒別在健康個體和DACP患者之間差異表達的細胞因子。DACP患者 的臨床病理特征總結于表1中。如表2中所示，與健康志愿者相比，未治療的DACP患者有5個 過度表達的細胞因子(P<〇.〇5)。細胞因子FGF-10，CX化11，05]?，6?醒8和8〔。可代表04〔口患者 改變的血清樣貌。
[021 引
[0219] 表2 5種細胞因子顯著過度表達。通過曼-惠特尼檢驗檢測差異(P<0.05)。通過相 應FC提供相對表達水平。組間的強度信號的每個FC。.5或FC> 1.5均認為不相關。
[0220] 用于DACP早期診斷的血清標記物的敏感性和特異性分析
[0221] 為了確定所述5種細胞因子是否可作為DACP早期檢測的標記物，評估每個生物標 記的單獨和組合的診斷價值（區分健康和疾病的能力）。使用的受體可操作特性(R0C)受體 的曲線下面積的方法，來分析每個生物標記物的敏感性和特異性。該曲線是基于健康者和 在治療前后的個體的細胞因子水平。每種候選的生物標記物獨立測定（圖4A-E)。所有可能 的新標記物的AUC值為從0.74到0.78之間，W區分DACP患者和健康人。細胞因子FGF-10， CX化11，05]?，6?醒8和8〔。的1?0(：曲線下面積分別為0.744,0.737,0.744，分別0.776和0.772。 骨活素脫穎而出，得到了 DACP預測的最高靈敏度。然后，為了確定是否所述5種細胞因子整 體可用作DACP生物標記物組，分析所述5個標記的組合來得到綜合的R0C曲線。所述細胞因 子的組合組，顯著提高了所有生物標記物分別單獨區分膜腺癌患者與健康對照組的能力， 所述的AUC值提高到0.841 (圖4F)。
[0222] 為了確定每個生物標記的敏感性和特異性，確定了提供更高靈敏度和更高特異性 之間的最佳放棄點（圖4)作為所述切點值，其均具有75%的特異性和69-77%的靈敏度范 圍。該組的5個細胞因子證明了血清樣本中DACP檢測的最佳產率，其靈敏度亦為77 %，但特 異性為83%，高于單獨的細胞因子。
[0223] 治療反應的生物標記物
[0224] 所有患者在2008年至2011年間在Vi;rgen de las Nieves醫院(格拉納達，西班牙） 確診為DACP。所有患者信息，包括性別、年齡、病情程度和癥狀均被記錄下來。患者的平均年 齡為66歲（41 -79歲），男女比例為50:50。患者的膜腺腺癌臨床分類為:狀態虹（28 % )和狀態 IV(72%;表3)dDACP患者的總存活期為12.6個月，并進行+厄洛替尼聯合治療。采集血樣一 旦被批準，從捐贈者的相關倫理委員會，并同意而獲得的。從相關倫理委員會同意批準并經 患者簽署同意后，采集血樣。在2009至2011年間，利用Virgen de las Nieves醫院(格拉納 達，西班牙)腫瘤科的標準程序共收集39例血清樣本。在研究開始時和治療(吉西他濱+厄洛 替尼）2周后，從診斷患有DACP的基線條件的患者W及健康個體采集血液樣品。血液W 150化pm在4°C下離屯、分離10分鐘后，得到血清。樣品的等分試樣儲存在-80°C下。
[0225]
[0226] 表3.研究人群的臨床病理特征(n = 14)。信息編自所有參與研究的DACP患者。
[0227] 細胞因子抗體測定
[022引根據推薦的方法，用基于生物素標記的抗體陣列（人抗體L系列507陣列 (RayBi0tech，NorcroSS，GA，USA)，測定可溶于DACP患者血清的蛋白質。將樣品生物素化。將 抗體固定在玻璃載片的特定位點上。培養生物樣品陣列，令細胞因子結合到其相關抗體。使 用標記鏈霉抗HRP及比色法查看信號。最終點的強度計算為原始強度除去背景。每個個體結 果相對于陽性對照進行歸一化。
[0229] 統計分析
[0230] 計算吉西他濱和厄洛替尼給藥后從開始治療到死亡的平均存活期，單位為月。總 存活(S)分析中，采用Kap 1 an-Me i er方法，使用該時間的患者存活百分比，來估計在給定時 間內的存活概率。使用了對數秩檢驗來確定組之間的存活差異。二分后，得到各個標記物的 Kaplan-Meier存活曲線。每個標記物的切點值是在兩組之間產生最顯著存活的值。為了確 定最顯著地促成0S的變量，使用讓步比Cox回歸模型進行單變量和多變量分析，W確定血清 細胞因子與癌癥相關死亡率之間的關聯。首先，每次考慮單一因素地分析了死亡和細胞因 子水平之間的關系。然后，采用逐步條件算法，基于所述概率速率，使用Cox讓步比多變量模 型。
[0231] 根據卡方檢驗，認為全局模型調整是顯著的(P<0.05)。此外，使用了 Wald指數來測 量每個變量在單變量和多變量全局模型的權重。在模型中輸入了 507個細胞因子水平作為 連續參數，并將結果表示為風險比或相對風險比。通過該變量的分析，得到預后指數(PI)， 其考慮到來自所有顯著因素的Cox模型的回歸系數。當p<0.05時認為存在顯著差異。
[0232] 下式定義了用于研究DACP患者存活的Cox回歸模型：
[0233] 公式 1
[0234] 其中h(t)是在時間t的風險比，hD(t)是基準風險比，且不依賴于時間的指數稱為 預后指數(PI)。針對特定病人的預后指數定義為：
[0235] 公式 2:
[0236]
[0237] 其中Pi j定義為特定患者i和細胞因子j的Cox回歸模型的計劃系數;xi j確定了患 者i和細胞因子j中測得的表達水平;且N表示包含在模型中的細胞因子的數量。
[023引結果
[0239] DACP患者存活分析
[0240] DACP患者的臨床特征總結于表1中。對于整個研究人群，0S率分別為6個月時 46.15%，12個月時23.08%，和24個月時7.69%。研究組隨訪的平均持續時間為12個月（1- 40個月），在此期間，100 %的DACP患者因該疾病而死亡。使用Kap lan-Me i er法計算出存活概 率。圖1A所示為整個患者群體的存活曲線。
[0241 ]細胞因子和存活之間的單變量分析
[0242]首先，在研究中使用單變量方法W確定相關、獨立且與DACP高死亡風險相關的可 測量診斷因素。分析細胞因子血清水平和臨床病理參數，如年齡，性別，狀態和臨床反應。根 據單變量分析，臨床病理參數，年齡和臨床反應(漸進性或非漸進性疾病)在預后中具有低 權重（分別為P = 0.030 和p = 0.013)。對于細胞因子，BDNF(p = 0.0：34，HR 1.005,95%CI (1.000-1.009));HVEM/TNFRSF14(p = 0.039，HR 0，924，95 % Cl(0.858-0，996));比-24(p = 0.023HR 1.041,95% Cl (1.006-1.078));化-29(p = 0.021，HR 1.012,95% Cl (1.002- 1.023))；Leptin R(p = 0.018,HR 1.008,95 % Cl (1.001-1.015))；LRP-6(p = 0.022HR1.027,95% Cl (1.004-1.051))和R0B04(p = 0.045HR 1.002,95% Cl (1.000- 1.004))表達水平的單變量分析在預后中有顯著影響。每種細胞因子的單變量分析結果和 預后因素的獨立單變量分析結果，及其0-系數，風險比化R，代表了每單位細胞因子表達增 加產生的風險變化），95%CI(具有0.05顯著水平的置信區間的上限和下限）和P值，示于表 4。
[0243]
[0244] 表4根據單變量分析中的DACP患者的存活顯著相關的單變量分析變量的預后因 素。其中所示為:選定變量的0系數、風險比、95%CI和P值。說明變量具有正β-系數代表著高 風險，因此預后更差。與此相反，負回歸系數說明該變量的值越高患者的預后越好。風險比 是用于比較兩個不同組的患者的存活時間的描述性量度。風險比表示的是，當變量增加一 個單位(對于細胞因子為一個表達單元，對于年齡變量和臨床反應的疾病進展為1年)時的 死亡風險變化。95%CI是風險比的置信區間。最上方表格中所示的Ρ值，表示說明存活的每 個單獨變量的顯著性。表格最下方示出該逐步模型，其中僅適用于了單變量分析的顯著細 胞因子。所示P值表示細胞因子在完整模型中的顯著性。
[0245] 為了確定在DACP患者中所述標記物各自的存活差異，采用切點值來產生Kaplan- Meier存活曲線，W得到提供組之間在存活方面的最顯著差異。圖l(B-J)所示為在預后中具 有顯著差異的個別標記的Kap lan-Me i er存活組。 隣]細胞因子和存活之間的多變量分析
[0247]雖然多變量分析中通常包含了單變量分析的統計學顯著變量，但一些在多變量分 析中不顯著的變量可能在單變量分析中變得顯著。此外，除了單變量分析中的預后相關統 計學顯著變量外，還包括了無影響的變量。根據多變量Cox風險比所選出的細胞因子的最佳 組合如表5所示。
[024引
[0249] 表5.基于多變量分析的預后因素;在多變量分析中與DACP患者的存活顯著相關的 細胞因子;列舉了 W下各項:e-系數(0)、風險比化R)。選定的細胞因子的95%CI和P值。P值 的最后一列表示細胞因子在完整模型中的顯著性。
[0250] 臨床病理參數中無一表現出總存活期降低的顯著趨勢(p〉0.05)的減少，未在全球 模型中加 W考慮。參照細胞因子并根據多變量分析，CD80(p = 0.043，HR 77,574,95%CI (1.138-5289.4)) ;EG-VEGF(p = 0.049，HR 1.003,95 %CI( 1.000-1.005))和化-29(p = 0.026，皿1.084，95%CI (1.010-1.164))的表達水平對預后有顯著影響。在單變量分析中 觀察到IL-29對存活顯著的影響，并在多變量分析中得到證實。選定的細胞因子的β-系數、 風險比化R)、95%CI和p值示于表3。雖然NRGl-m((p = 0.129)，HR 1.020;95%CI 0.994- 1.797))未作為獨立因素在預后中表現出顯著影響。
[0251] DACP患者中的細胞因子的預后指標：
[0252] 生物標記物的適當組合，可W為我們提供對預后的最準確信息；因此，使用基于讓 步比的條件回歸方法，尋找最準確的變量組。
[0253] 為了說明在單變量分析中注意到的巧巾標記物的0S中的相互關聯效果，使用Cox讓 步比選擇與存活共同相關的變量。作為分析結果，得到了僅含有IL-24(p = 0.026，HR 1.042，95%CI，（ 1.003-1.023))和比-29(P = 0.017，HR 1,014，95%CI( 1.005-1.081))的模 型。據證明，統計卡方檢驗中的全局調整擬合度是顯著的(P = 〇.0023)。為了建立預后指數， W確定DACP患者的總體存活，在下式中輸入細胞因子的β-系數，生成W下預后指數模型：
[0巧4] ΡΙ單疆=0.042 X IL-24+0.014 X IL-29
[02W]單變量ΡΙ代表從單變量分析的顯著標記組合得出的多變量模型。對于通過多變量 分析得到的細胞因子，建立了第二統計學顯著存活模型(Ρ = 〇.0003)，并生成W下ΡΙ模型：
[0 巧 6] ΡΙ^^=
[0巧7] 4.351X B7-1/CD80+0.003 X EG-VEGF/PK1+0.081XIL-29+0.020 X NGRl-ei/HRGl- 化+
[0 巧引 0.264XPD-ECGF
[0259] 所述多變量PI表示從使用507個細胞因子的多變量分析的所有可能組合中得出的 最佳多變量模型。
[0260] 通過回歸分析，評估PI是否能夠為該患者群體產生精確的存活模型。使用R2作為 擬合優度的指標。對單變量PI和提出多變量PI的結果進行計算、分類并與0S相聯系。正如預 期，兩種存活模型均證實有隨時間的對數趨勢。圖2表示所述模型中觀察到的PIW及計劃的 對數調整。根據多變量模型，5個細胞因子的全局模型具有統計學顯著性，雖然也用回歸分 析評估了含有3個和4個細胞因子的模型。對于具有3、4和5個細胞因子的單變量PI模型和多 變量PI模型，其R2分別為0.664，0.727，0.906和0.926。所有模型均得到了令人滿意的結果， 但CD80，EG-VEGF，比-29，NRG1 -化和PD-ECGF的多變量模型的結果最佳。
[0261] 本研究人群中，5個細胞因子的多變量模型的預后指數范圍在0至40之間。根據他 們的預測指標，將患者分為兩組:不良預后(PI〉17)和良好預后(PK17)。然后，比較運兩個 預后組之間的存活曲線（圖3A)。用于區分總體存活時間的建議分組為:低(巧月）和高(巧個 月）。所述組內的總存活期具有高統計學顯著性(P<〇.00056)。還展示了單變量分析的預后 指數，其范圍為0到5之間。根據該PI，再次將患者氛圍2組：不良預后(PI〉1.5)和良好預后 (PK1.5)。此外，在所述2個預后組之間比較存活曲線（圖3B)，并得到了總體存活的顯著相 關性，作為低存活率(巧月）和高存活率(巧個月）。與多變量PI相比，所述組別中的總存活期 的顯著性較低，但仍然顯著(P<0.004)。
[02創條款
[0263] 綜上所述，W下編號的各條款中描述了本發明的各方面：
[0264] 1. -CD80，EG-VEGF，比-29，NRGl-mand PD-ECGF同時聯用W 用于預測或預后個體 對包括核巧類似物和表皮生長因子受體抑制劑的治療的反應的用途，其中所述個體患有膜 腺癌。
[0265] 2.根據前一條款所述的用途，其中所述個體患有膜腺導管腺癌(DACP)。
[0266] 3.根據上述條款任一項所述的用途，其中所述治療包括核巧類似物吉西他濱和生 長因子受體抑制劑厄洛替尼。
[0267] 4.--種獲得有用的數據W預測或預后個體對包括核巧類似物和表皮生長因子受 體抑制劑的治療的反應的方法，其中所述個體患有膜腺癌，所述方法包括：
[0268] a)獲得來自個體的分離生物樣品。
[0269] b)測定基因的表達產物的量:CD80，EG-VEGF，化-29，NRGl-ei和PD-ECGFd5.根據前 一條款所述的方法，還包括：
[0270] C)使用W下公式，W步驟b)的細胞因子值得到預后指數(PI)值：
[0271 ] IPpdac = 4.351 X B7-1/CD80+0.003 X EF-VEGF/Pkl+0.081 X IL-29+0.020 X
[0272] NGRl-ei/HRGl-ei+0.264 X PD-ECGFC)
[0273] 6.-種對個體對包括核巧類似物和表皮生長因子受體抑制劑的治療的反應的預 測或預后方法，其中所述個體患有膜腺癌，包括根據條款4-5任一項所述的步驟(a)-(c)，且 還包括將PI〉17的個體劃分為具有所述疾病不良預后的個體組，優選為存活期短于5個月的 個體組。
[0274] 7 . -種對個體對包括核巧類似物和表皮生長因子受體抑制劑的治療的反應的預 測或預后方法，其中所述個體患有膜腺癌，包括根據條款4-5任一項所述的步驟(a)-(c)，且 還包括將PI含17的個體劃分為具有所述疾病較好預后的個體組，優選為存活期超過5個月 的個體組。
[0275] 8.根據條款4-7中任一項所述的方法，其中該核巧類似物是吉西他濱。
[0276] 9.-根據條款4-8中任一項所述的方法，其中所述表皮生長因子受體抑制劑是厄洛 替尼。
[0277] 10.根據條款4-9中任一項所述的方法，其中所述個體患有膜腺導管腺癌(DACP)。
[0278] 11.根據條款4-10中任一項所述的方法，，其中所述生物樣品是血液樣品(血清）。
[0279] 12.根據條款4-11中任一項所述的方法，其中步驟(b)和/或上述(C)描述的方法可 完全或部分自動化。
[0280] 13.根據條款4-12中任一項所述的方法，，其中所述測量是通過免疫測定法進行 的。
[0%1] 14.根據條款4-13中任一項所述的方法，其中所述免疫測定法是化ISA。
[0282] 15.使用抗體制備用于治療患有可根據條款4-14中任一項所述的方法來鑒別的膜 腺癌的個體的藥物的用途，其中所述抗體選自抗CD80、抗EG-VEGF、抗IL29、抗NRG1 -β 1和抗 PD-ECGF抗體或其任意組合。
[0283] 16. -種包含選自CD80、EG-VEGF、化-29、NRGl-m和PD-ECGF中的至少一種的調節 劑的藥物組合物，用于治療可根據條款4-14中任一項所述的方法來鑒別的膜腺癌的患者個 體。
[0284] 17. -種試劑盒或裝置，其包括用于測量選自CD80，EG-VEGF，比-29，NRGl-βΙ和PD- ECGF基因的表達量的必要元件。
[02化]18.根據前一條款所述的試劑盒或裝置，包括抗CD80、抗EG-VEGF、抗IL29、抗NRG1- 化和抗PD-ECGF抗體。
[0286] 19.根據條款17-18所述的試劑盒或裝置，還包括分配預后指數值和個體分類，如 條款5-6所述。
[0287] 20.-種固體載體或蛋白質忍片，其包含抗CD80、抗EG-VEGF、抗IL29、抗NRGl-βΙ和 抗PD-ECGF抗體中的至少一種或其任意組合，W用于執行根據條款4-14中的任一項所述的 方法。
[028引 21. -種固體載體或DNA忍片，其包括從CD80、EG-VEGF、比-29、NRGl-m和PD-ECGF 基因的至少一種或其任意組合的已知序列或mRNA而設計的寡核巧酸或單通道微陣列，用于 執行根據條款4-14中任一項所述的方法。
[0289] 22.-種計算機可讀存儲介質，其包含可令計算機執行根據條款4-14中任一項所 述的方法的軟件指令。
[0290] 23. -種可傳輸信號，其包括可能導致一個計算機根據條款4-14中任一項來執行 的方法的步驟的軟件指令。
【主權項】
1. 基因 FGF-10，CXCL11，OSM，GPNMB和SCF同時聯用以用于胰腺癌診斷的用途。2. 根據權利要求1所述的用途，其特征在于，所述胰腺癌是胰腺導管腺癌(DACP)。3. -種用于獲得對胰腺癌診斷有用的數據的方法，包括： a) 獲得來自個體的分離樣品； b) 測量基因 FGF 10，CXCL 11，OSM，GPNMB和SCF的表達產物的量。 4根據權利要求3所述的方法，其特征在于，還包括： c) 將步驟(b)中獲得的所述量與參考量進行比較。5. 根據權利要求3或4所述的方法，其特征在于，所述步驟(b)和/或(c)可以完全或部分 地自動化進行。6. --種用于胰腺癌的診斷方法，其包括根據權利要求3-5中任一項所述的步驟(a)_ (c)，且還包括：當所述步驟(a)的個體顯示出基因？6?-10,0乂(^11，03]\1，6?匪8和30?的表達 產物的量高于所述參考量時，將所述對象分配到胰腺癌患者個體組。7. 根據權利要求3-6中任一項所述的方法，其特征在于，所述胰腺癌是胰腺導管腺癌 (DACP)〇8. 根據權利要求3-7中任一項所述的方法，其特征在于，所述生物樣品是血液樣品，且 優選為血清。9. 根據權利要求3-8中任一項所述的方法，其特征在于，所述測量是通過免疫測定法進 行的。10. 抗體在制備用于治療可根據權利要求3-9中任一項所述的方法來識別的胰腺癌患 者個體的藥物中的用途，其中所述抗體選自抗FGF-10、抗CXCL11、抗0SM、抗GP匪和抗SCF抗 體。11. 一種包含選自基因 FGF-10，CXCL 11，OSM，GPNMB和SCF中的至少一個的調節劑的藥物 組合物，用于制備可根據權利要求3-9中任一項所述的方法來識別的胰腺癌患者個體的藥 物。12. --種試劑盒或裝置，其包括用于測量選自FGF-10，CXCL11，OSM，GP匪B和SCF的基因 的表達量的必要元件。13. 根據權利要求12所述的試劑盒或裝置，其特征在于，所述試劑盒或裝置包含抗FGF-10，抗CXCL11，抗0SM，抗 GPNM和抗 SCF抗體。14. 一種固體載體或蛋白質芯片，其包含抗FGF-10，抗CXCL11，抗0SM，抗GPNM和抗SCF抗 體中的至少一種或其任意組合，以用于執行根據權利要求3-9中任一項所述的方法。15. -種固體載體或DNA芯片，其包括從?6?-10,0乂(^11，05]\1，6?匪8和50?基因的至少一 種或其任意組合的已知序列或mRNA而設計的寡核苷酸或單通道微陣列，用于執行根據權利 要求3-9中任一項所述的方法。
【文檔編號】G01N33/574GK105829893SQ201480045186
【公開日】2016年8月3日
【申請日】2014年6月13日
【發明人】卡羅利納·托雷斯·佩拉萊斯, 索尼亞·佩拉萊斯·羅梅羅, 胡安·雷蒙·德爾加多·佩雷斯, 安東尼奧·伊里戈延·瑪蒂娜, 瑪麗亞·何塞·亞歷杭德羅·佩雷斯, 何塞·伊格萊西亞斯·戈麥斯, 羅杰利奧·帕洛米諾·莫拉萊斯, 奧克塔維奧·卡巴·佩雷斯, 何塞·卡洛斯·普拉杜斯·薩拉薩爾, 安東尼婭·阿拉內加·吉梅內斯, 安娜·利納雷斯·吉爾
【申請人】西班牙格拉納達大學, 安達盧西亞健康服務部, 哈恩大學