專利名稱：用于肝細胞癌預后的單核苷酸多態性的制作方法
技術領域：
本發明涉及用于對肝細胞癌的預后(prognosis)進行預測的單核苷酸多態性(SNP)，其中，所述SNP表現出與轉移性腫瘤抗原I(MTAl)過表達的顯著相關性，所述MTAl是對肝細胞癌外科手術后的復發(recurrence)或低生存率(poor survival)進行預測的有用的預后因子；本發明還涉及利用所述SNP對肝細胞癌的預后進行預測的微陣列或測試試劑盒；以及篩選改善肝細胞癌預后的藥物的方法。
背景技術：
從癌癥發育和死亡的角度來看，在韓國，肝細胞癌(HCC)是所有惡性腫瘤中第三常見且嚴重的癌癥。肝細胞癌是最富血管性的腫瘤之一。 對HCC進行治療的最有效的方式是外科切除術或肝移植。然而，由于不能移除的腫瘤的大小和數量、肝功能不良、各種肝內轉移或肝外轉移等原因，只有10% -20%的肝細胞癌患者能進行手術。即使對于可進行手術的肝細胞癌患者來說，頻繁的術后復發也是長期生存率的主要限制因素。肝細胞癌的發育和快速發展涉及多種機制。其中，通過缺氧促進血管生成起了非常重要的作用。另外，在肝中的缺氧環境下，轉移性腫瘤抗原I(MTAl)通過在結構上使缺氧誘導因子I (HIFl)穩定來增強血管內皮生長因子(VEGF)的表達，從而有助于惡性腫瘤的血管生成(MoonEJ 等，2004 ；Moon EJ 等，2006)。本發明人從如下研究中發現MTAl與腫瘤大小、腫瘤的宏觀形狀(macroscopicshape)、腫瘤的組織分化以及對腫瘤周圍組織和微血管的侵襲密切相關針對總共506例進行根治性外科切除術后的患者進行研究，以證實上述MTAl表達與肝細胞癌的臨床性質之間的相關性。另外，發現隨著MTAl的強烈表達，根治性外科切除術后的再發(relapse)率高且生存率低。綜上所述，MTAl被認為在肝細胞癌的發育、發展、肝中再發和遠處轉移過程中起到非常重要的作用，并且還發現MTAl是可以預測肝細胞癌患者在根治性外科切除術后的復發和生存的有用的預后因子(RyuSH等，2007)。同時，在感染乙型肝炎病毒后，約有5% -10%變成慢性乙型肝炎，其中一些可能會發展成肝硬化、或者極少地發展成為肝細胞癌。像這樣，可以理解的是，感染乙型肝炎病毒后所表現出的各種臨床發展取決于每個個體的遺傳易感性(genetic predisposition)的差異和病毒自身的差異。遺傳易感性意味著在個體間的不同基因中存在細微差異。近年來，通過基因組研究報道了不同個體間的差異水平。在遺傳變異中，已知單核苷酸多態性(SNP)改變基因功能，并且迄今為止在人類基因組中已報道了約1100萬個SNP中的710，000個多態性(NCBI，dbSNP)。近年來，為了確定堿基序列中的細微變化是否確實影響對某些疾病的敏感性(susceptibilities)、以及為了發現對疾病易感的遺傳變異，正在積極地進行著大量研究(Ludwig JA 和 Weinstein JN,2005 ；Suh Y 和 Vijgj，2005 ;Chanock S，2001)。
發明內容
技術問題為解決傳統技術中的上述問題，本發明人設法鑒定了肝癌組織中MTAl表達與血管生成中的重要基因(如MTA1、VEGF、IGF2、HIF-Ia和FGF2)的SNP之間的關系，其中，MTAl為與血管生成有關的蛋白質，并被認為與肝細胞癌的復發或生存率以及經由肝細胞癌的腫瘤形成有關。另外，本發明人分析了血管生成基因的SNP對肝細胞癌患者在根治性外科切除術后的預后(如復發或生存率)的影響。由此，完成了本發明。因此，本發明的目的是提供表現出與MTAl過表達具有顯著相關性的單核苷酸多態性(SNP)，所述MTAl是對肝細胞癌手術后復發和低生存率進行預測的有用的預后因子。另外，本發明的另一目的是提供利用單核苷酸多態性(SNP)對肝細胞癌的預后進 行預測的微陣列。另外，本發明的又一目的是提供對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒。另外，本發明的又一目的是提供利用單核苷酸多態性(SNP)對肝細胞癌的預后進行預測的方法。另外，本發明的又一目的是提供利用單核苷酸多態性(SNP)篩選用于改善肝細胞癌預后的藥物的方法。技術方案為實現上述目的，本發明的示例性實施方式提供了用于對肝細胞癌的預后進行預測的單核苷酸多態性(SNP)，其中，所述SNP包括選自于由下列多核苷酸或者它們的互補核苷酸所組成的組中的至少一種多核苷酸=MTAl基因的IVS4-81(DL1002505) [SEQ ID NO. I]中的GA基因型或AA基因型；FGF2基因的24684C/G(rsll938826) [SEQ ID N0.2]中的GG基因型、-989C/G(rs308395) [SEQ ID NO. 3]中的 GG 基因型或 16578A/G (rs308428) [SEQ IDNO. 4]中的 GG 基因型；以及 IGF2 基因的-13021C/T(rs3741208) [SEQ ID NO. 5]中的 CC 基因型或CT基因型。另外，本發明的示例性實施方式提供了用于對肝細胞癌的預后進行預測的微陣列，其中，所述微陣列包含用于對肝細胞癌的預后進行預測的單核苷酸多態性(SNP)的多核苷酸、由該多核苷酸編碼的多肽或其cDNA。另外，本發明的示例性實施方式提供了用于對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒，所述試劑盒包含所述微陣列。另外，本發明的實施方式提供了用于對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒，所述試劑盒利用單堿基延伸(SBE)反應對SNP進行基因分型。對利用單堿基延伸反應來預測肝細胞癌的預后的測試試劑盒進行設計，以證實是否存在下述基因型MTAl基因的IVS4-81(DL1002505) [SEQ ID NO. I]中的GA基因型或AA基因型；以及 FGF2 基因的 24684C/G(rsl 1938826) [SEQ ID NO. 2]中的 GG 基因型、-989C/G(rs308395) [SEQID NO. 3]中的 GG 基因型或 16578A/G (rs308428) [SEQ ID NO. 4]中的 GG
基因型。本發明的實施方式提供了利用單堿基延伸反應對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒，所述試劑盒包含用于擴增FGF2基因的16578A/G(rs308428)區的正向引物、用于擴增FGF2基因的16578A/G(rs308428)區的反向引物、用于對FGF2基因的16578A/G(rs308428)區進行基因分型的引物；用于擴增MTAl基因的IVS4-81 (DL1002505)區的正向引物、用于擴增MTAl基因的IVS4-81(DL1002505)區的反向引物、用于對MTAl基因的IVS4-81(DL1002505)區進行基因分型的引物；用于擴增FGF2基因的-989C/G(rs308395)區的正向引物、用于擴增FGF2基因的-989C/G(rs308395)區的反向引物、用于對FGF2基因的-989C/G (rs308395)區進行基因分型的引物；用于擴增FGF2基因的24684C/G (rs11938826)區的正向引物、用于擴增FGF2基因的24684C/G (rs11938826)區的反向引物和用于對FGF2基因的24684C/G(rsl 1938826)區進行基因分型的引物。根據實施方式，在用于對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒中，用于擴增FGF2基因的16578A/G(rs308428)區的正向引物可為引物SEQID NO. 12 ;用于擴增FGF2基因的16578A/G(rs308428)區的反向引物可為引物SEQ ID NO. 13 ;用于對FGF2基因的16578A/G(rs308428)區進行基因分型的引物可為引物SEQ ID NO. 33 ;用于擴增MTAl基因的IVS4-81(DL1002505)區的正向引物可為引物SEQ ID NO. 21 ;用于擴增MTAl基因的IVS4-81(DL1002505)區的反向引物可為引物SEQ ID NO. 22 ;用于對MTAl基因的 IVS4-81(DL1002505)區進行基因分型的引物可為引物SEQ ID NO. 23 ;用于擴增FGF2基因的-989C/G (rs308395)區的正向引物可為引物SEQ ID NO. 34 ;用于擴增FGF2基因的-989C/G(rs308395)區的反向引物可為引物SEQ ID NO. 35 ;用于對FGF2基因的-989C/G(rs308395)區進行基因分型的引物可為引物SEQ ID NO. 36 ;用于擴增FGF2基因的24684C/G(rsll938826)區的正向引物可為引物SEQ ID NO. 37 ;用于擴增FGF2基因的24684C/G(rsll938826)區的反向引物可為引物SEQ ID NO. 38 ;以及用于對FGF2基因的24684C/G(rsl 1938826)區進行基因分型的引物可為引物SEQ ID NO. 39。另外，本發明提供了用于對肝細胞癌的預后進行預測的方法，所述方法包括從臨床樣本中獲得核酸樣品的步驟；以及測定選自于由下列多核苷酸或者它們的互補核苷酸所組成的組中的至少任何一種多核苷酸的多態性區的核苷酸序列的步驟=MTAl基因的IVS4-81(DL1002505)中的 GA 基因型或 AA 基因型；FGF2 基因的 24684C/G(rsl 1938826)中的GG基因型、-989C/G(rs308395)中的GG基因型或16578A/G(rs308428)中的GG基因型；以及IGF2基因的-13021C/T(rs3741208)中的CC基因型或CT基因型。測定多態性區的核苷酸序列的步驟可包括如下步驟使所述核酸樣品與固定有多核苷酸或其互補核苷酸的微陣列進行雜交的步驟；以及對由此得到的雜交結果進行檢測的步驟。另外，本發明提供了篩選用于改善肝細胞癌預后的藥物的方法，所述方法包括如下步驟使多肽與候選材料相接觸的步驟，所述多肽由對肝細胞癌的預后進行預測的單核苷酸多態性(SNP)的多核苷酸或其互補核苷酸編碼；以及對所述候選材料是否具有增強或抑制該多肽功能的活性進行測定的步驟。技術效果根據本發明，通過提供表現出與MTAl過表達具有顯著相關性的單核苷酸多態性(SNP)，可開發出利用SNP對肝細胞癌的預后進行預測的微陣列或測試試劑盒，所述MTAl為對肝細胞癌手術后的復發或低生存率進行預測的有用的預后因子；并且通過篩選用于改善肝細胞癌的預后的藥物，可改善肝細胞癌手術后的預后不良。
圖I示出了取決于MTAl表達水平的肝細胞癌累積復發率；圖2示出了取決于MTAl表達水平的肝細胞癌累積生存率；以及圖3-圖5示出了根據本發明的實施方式，使用對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒進行基因分型的結果。
具體實施例方式為實現上述目的，本發明提供了用于對肝細胞癌的預后進行預測的單核苷酸多 態性(SNP)，所述SNP包括選自于由下列多核苷酸或者它們的互補核苷酸所組成的組中的至少一種多核苷酸MTA1基因的IVS4-81(DL1002505) [SEQ ID N0.1]中的GA基因型或 AA 基因型；FGF2 基因的 24684C/G(rsll938826) [SEQ ID NO. 2]中的 GG 基因型、-989C/G(rs308395) [SEQ ID NO. 3]中的 GG 基因型或 16578A/G (rs308428) [SEQID NO. 4]中的 GG基因型；以及IGF2基因的-13021C/T(rs3741208) [SEQID NO. 5]中的CC基因型或CT基因型。所述單核苷酸多態性(SNP)表現出與轉移性腫瘤抗原I (MTAl)過表達的顯著相關性。另外，肝細胞癌的預后可能與用根治性外科切除術治療的肝細胞癌患者的預后相關，而且可能與選自肝細胞癌中的腫瘤發生率、復發風險率或生存率中的任何一個指標相關。另外，本發明提供了用于對肝細胞癌的預后進行預測的微陣列，所述微陣列包含用于對肝細胞癌的預后進行預測的單核苷酸多態性(SNP)的多核苷酸、由所述多核苷酸編碼的多肽或其cDNA。可通過本領域技術人員已知的通用方法制造用于對肝細胞癌的預后進行預測的微陣列，例如，可將包含于對肝細胞癌的預后進行預測的微陣列中的多核苷酸固定至包被有活性基團的基底上，所述活性基團選自于由氨基硅烷、聚-L-賴氨酸和醛所組成的組，并且所述基底可選自于由硅片、玻璃、石英、金屬和塑料所組成的組。將多核苷酸固定至基底的方法可包括采用壓電方式的微量移液方法、采用針式點樣器(spotter ofpin type)的方法等。另外，本發明提供了對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒，所述試劑盒包含所述微陣列。除包含本發明的微陣列外，本發明的測試試劑盒可進一步包含引物組，所述引物用于從臨床樣本中分離和擴增出包含相關SNP的DNA。參考本發明的序列，本領域普通技術人員可容易地設計出合適的引物組。另外，本發明的實施方式提供了對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒，所述試劑盒利用單堿基延伸(SBE)反應來對SNP進行基因分型。在這種情況下，應該為所述單堿基延伸(SBE)設計用于擴增(正向和反向)和延伸(基因分型)的引物。利用單堿基延伸反應對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒可為利用SNaPshot法對基因型進行分析的測試試劑盒。對利用單堿基延伸反應來預測肝細胞癌的預后的測試試劑盒進行設計，以證實是否存在如下基因型MTAl基因的IVS4-81(DL1002505) [SEQ ID NO. I]中的GA基因型或AA基因型；以及 FGF2 基因的 24684C/G(rsll938826) [SEQ ID NO. 2]中的 GG 基因型、-989C/G(rs308395) [SEQID NO. 3]中的 GG 基因型或 16578A/G (rs308428) [SEQ ID NO. 4]中的 GG 基因型。本發明的實施方式提供了用于對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒，所述試劑盒包含如下引物，并利用了單堿基延伸反應用于擴增FGF2基因的16578A/G(rs308428)區的正向引物、用于擴增FGF2基因的16578A/G (rs308428)區的反向引物、用于對FGF2基因的16578A/G(rs308428)區進行基因分型的引物；用于擴增MTAl基因的IVS4-81(DL1002505)區的正向引物、用于擴增MTAl基因的IVS4-81 (DL1002505)區的反向引物、用于對MTAl基因的IVS4-81(DL1002505)區進行基因分型的引物；用于擴增FGF2基因的-989C/G (rs308395)區的正向引物、用于擴增FGF2基因的-989C/G (rs308395)區的反向引物、用于對FGF2基因-989C/G(rs308395)區進行基因分型的引物；用于擴增FGF2基因的24684C/G (rs11938826)區的正向引物、用于擴增FGF2基因的24684C/G (rsl 1938826)區的反向引物和用于對FGF2基因的24684C/G(rsl 1938826)區進行基因分型的引物。根據實施方式，在用于對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒中，用于擴增FGF2基因的16578A/G(rs308428)區的正向引物可為引物SEQID NO. 12 ;用于擴增FGF2基因的16578A/G(rs308428)區的反向引物可為引物SEQ ID NO. 13 ;用于對FGF2基因的16578A/G(rs308428)區進行基因分型的引物可為引物SEQ ID NO. 33 ;用于擴增MTAl基因的IVS4-81(DL1002505)區的正向引物可為引物SEQ ID NO. 21 ;用于擴增MTAl基因的IVS4-81(DL1002505)區的反向引物可為引物SEQ ID NO. 22 ;用于對MTAl基因的IVS4-81(DL1002505)區進行基因分型的引物可為引物SEQ ID NO. 23 ;用于擴增FGF2基因的-989C/G (rs308395)區的正向引物可為引物SEQ ID NO. 34 ;用于擴增FGF2基因的-989C/G(rs308395)區的反向引物可為引物SEQ ID NO. 35 ;用于對FGF2基因的-989C/G(rs308395)區進行基因分型的引物可為引物SEQ ID NO. 36 ;用于擴增FGF2基因的24684C/G(rsll938826)區的正向引物可為引物SEQ ID NO. 37 ;用于擴增FGF2基因的24684C/G(rsll938826)區的反向引物可為引物SEQ ID NO. 38 ;以及用于對FGF2基因的24684C/G(rsl 1938826)區進行基因分型的引物可為引物SEQ ID NO. 39。另外，本發明提供了對肝細胞癌的預后進行預測的方法，所述方法包括從臨床樣本中得到核酸樣品的步驟；以及測定選自于由下列多核苷酸或它們的互補核苷酸所組成的組中的至少任何一種多核苷酸的多態性區的核苷酸序列的步驟:MTAl基因的IVS4-81(DL1002505)中的 GA 基因型或 AA 基因型；FGF2 基因的 24684C/G(rsl 1938826)中的GG基因型、-989C/G(rs308395)中的GG基因型或16578A/G(rs308428)中的GG基因型；以及IGF2基因的-13021C/T(rs3741208)中的CC基因型或CT基因型。所述核酸可包括DNA、mRNA 或從 mRNA 合成的 cDNA。測定多態性區的核苷酸序列的步驟可包括如下步驟使核酸樣品與固定有多核苷酸或其互補核苷酸的微陣列雜交的步驟；以及對由此得到的雜交結果進行檢測的步驟。例如，從對象的組織、體液或者細胞中分離DNA ;通過PCR進行擴增；然后對SNP進行分析。可通過使用已知的通用方法進行SNP分析。例如，可通過使用實時PCR系統或者通過用雙脫氧法直接測定核酸的核苷酸序列來進行SNP分析。或者，可通過測量含SNP區序列的探針或其互補探針與所述DNA雜交得到的雜交度來測定多態性區的核苷酸序列，從而進行SNP分析；或可通過使用等位基因特異性探針雜交、等位基因特異性擴增、測序、5’核酸酶消化、分子信標檢測法、寡核苷酸連接檢測法、大小分析(size analysis)、單鏈構象多態性等來進行SNP分析。此外，本發明提供了篩選用于改善肝細胞癌預后的藥物的方法，所述方法包括使多肽與候選材料相接觸的步驟，所述多肽由對肝細胞癌的預后進行預測的單核苷酸多態性(SNP)的多核苷酸或其互補核苷酸編碼；以及對所述候選材料是否具有改善或抑制該多肽功能的活性進行測定的步驟。在本發明的篩選方法中，可通過使用用于測定蛋白-蛋白之間的反應和蛋白-化合物之間的反應是否發生的通用方法對多肽與候選材料之間的反應進行測定。例如，可以采用測量蛋白與候選材料反應后的活性的方法；酵母雙雜交；結合至蛋白的噬菌體展示肽克隆的回收；使用天然物質、化學文庫等的高通量篩選(HTS);藥物命中高通量篩選(drug hitHTS);基于細胞的篩選或使用DNA陣列進行篩選的方法等。在本發明的篩選方法中，所述候選材料可為單獨的核酸、蛋白質、其它提取物、天然物質或化合物等，所述候選材料被認為具有成為用于肝細胞癌預后的診斷試劑的潛力或根據通用選擇方法被隨機選擇。實施例以下，將參考下列實施例對本發明進行更加詳細的描述。但是，本發明并不限于下列實施例。實施例ISNP選擇對包含在血管生成相關基因(S卩，VEGF、HIFla、IGF2、FGF2或MTA1) ±2kb中的雙等位SNP進行了研究。對于基因的SNP的位置，參考已知的基因信息(http://WWW. ncbi.nlm. nih. gov/project/SNP)對5’-非翻譯區、啟動子區、外顯子區和基因座位區進行選擇。進行研究的SNP的ID如下rs699947、rs25648> rs3025000> rs3025010> rs3025035> rs3025040> rsl0434>rs998584、rs45533131/rsl957757、rs2301113、rs2057482/rs2585、rs3802971、rs3213221、rs3741212、rs2239681、rs3741208、rsl004446、rs7924316、rs3842748、rs2070762/rs308395、rs308428、rsll938826、rsl7472986、rs308442、rs308379、rs308381、rs6534367、rsl04820U rs3747676/rs4983413 和 DL1002505。在上述SNP中，選擇單倍型(haplotype)頻率等于或高于5 %的SNP,并通過使用PHASE軟件v2. I對單倍型頻率進行分析。此外，通過使用Haploview programv3. 2 (http://www. broad, mit. edu/mpg/haploview/index, php)對連鎖不平衡進行分析。實施例2SNP基因型分析I. SNP基因型分析通過使用primer express軟件設計出可擴增含實施例I的SNP的區域的引物組和含SNP區的TaqMan探針。對于TaqMan探針,根據SNP的序列設計適用于野生型和突變型等位基因的各探針。
通過在TaqMan探針的一側加上熒光染料并在另一側加上能抑制該熒光染料顏色的淬滅劑來制造探針。在這種情況下，為野生型和突變型等位基因分別加上具有不同顏色的各熒光染料。
將在下表I中公開的三類引物混合在一起，然后通過使用經混合的引物進行PCR反應，從而根據Taq聚合酶的核酸外切酶活性性質區分出單核苷酸對的錯配。[表 I]
權利要求
1.一種對肝細胞癌的預后進行預測的單核苷酸多態性(SNP)，所述SNP包括選自于由下列多核苷酸或者它們的互補核苷酸所組成的組中的至少一種多核苷酸=MTAl基因的IVS4-81 (DL1002505)中的 GA 基因型或 AA 基因型；FGF2 基因的 24684C/G (rsll938826)中的GG基因型、-989C/G (rs308395)中的GG基因型或16578A/G (rs308428)中的GG基因型；和IGF2基因的-13021C/T (rs3741208)中的CC基因型或CT基因型。
2.根據權利要求I所述的對肝細胞癌的預后進行預測的單核苷酸多態性(SNP)，其中，所述單核苷酸多態性(SNP)與轉移性腫瘤抗原I (MTAl)的過表達具有顯著相關性。
3.根據權利要求I或2所述的對肝細胞癌的預后進行預測的單核苷酸多態性(SNP)，其中，所述肝細胞癌的預后與用肝細胞癌根治性外科切除術治療的患者的預后相關，并通過使用選自于肝細胞癌中的腫瘤發生率、復發風險率或生存率中的任何一個指標進行評價。
4.一種對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒，所述測試試劑盒利用了單堿基延伸反應，并包含以下引物 用于擴增FGF2基因的16578A/G (rs308428)區的正向引物； 用于擴增FGF2基因的16578A/G (rs308428)區的反向引物； 用于對FGF2基因的16578A/G (rs308428)區進行基因分型的引物； 用于擴增MTAl基因的IVS4-81 (DL1002505)區的正向引物； 用于擴增MTAl基因的IVS4-81 (DL1002505)區的反向引物； 用于對MTAl基因的IVS4-81 (DL1002505)區進行基因分型的引物； 用于擴增FGF2基因的-989C/G (rs308395)區的正向引物； 用于擴增FGF2基因的-989C/G (rs308395)區的反向引物； 用于對FGF2基因的-989C/G (rs308395)區進行基因分型的引物； 用于擴增FGF2基因的24684C/G (rsll938826)區的正向引物； 用于擴增FGF2基因的24684C/G (rsll938826)區的反向引物；和 用于對FGF2基因的24684C/G (rsll938826)區進行基因分型的引物。
5.根據權利要求4所述的對肝細胞癌的預后進行預測的測試試劑盒，其中， 用于擴增FGF2基因的16578A/G (rs308428)區的正向引物為引物SEQ ID NO. 12 ； 用于擴增FGF2基因的16578A/G (rs308428)區的反向引物為引物SEQ ID NO. 13 ；用于對FGF2基因的16578A/G (rs308428)區進行基因分型的引物為引物SEQ IDNO. 33 ； 用于擴增MTAl基因的IVS4-81 (DL1002505)區的正向引物為引物SEQ ID NO. 21 ； 用于擴增MTAl基因的IVS4-81 (DL1002505)區的反向引物為引物SEQ ID NO. 22 ；用于對MTAl基因的IVS4-81 (DL1002505)區進行基因分型的引物為引物SEQ IDNO. 23 ； 用于擴增FGF2基因的-989C/G (rs308395)區的正向引物為引物SEQID NO. 34 ； 用于擴增FGF2基因的-989C/G (rs308395)區的反向引物為引物SEQID NO. 35 ； 用于對FGF2基因的-989C/G(rs308395)區進行基因分型的引物為引物SEQ ID NO. 36 ； 用于擴增FGF2基因的24684C/G (rsll938826)區的正向引物為引物SEQ ID NO. 37 ； 用于擴增FGF2基因的24684C/G (rsll938826)區的反向引物為引物SEQ ID NO. 38 ；和 用于對FGF2基因的24684C/G (rsll938826)區進行基因分型的引物為引物SEQ IDNO. 39。
6.一種對肝細胞癌的預后進行預測的方法，所述方法包括 從臨床樣本中獲得核酸樣品的步驟；以及 測定選自于由下列多核苷酸或者它們的互補核苷酸所組成的組中的至少任何一種多核苷酸的多態性區的核苷酸序列的步驟=MTAl基因的IVS4-8UDL1002505)中的GA基因型或 AA 基因型；FGF2 基因的 24684C/G (rsll938826)中的 GG 基因型、-989C/G (rs308395)中的GG基因型或16578A/G (rs308428)中的GG基因型；以及IGF2基因的-13021C/T(rs3741208)中的CC基因型或CT基因型。
7.根據權利要求6所述的對肝細胞癌的預后進行預測的方法，其中，所述測定多態性區的核苷酸序列的步驟包括如下步驟使所述核酸樣品與固定有所述多核苷酸或者它們的互補核苷酸的微陣列進行雜交的步驟；以及對由此得到的雜交結果進行檢測的步驟。
8.一種篩選用于改善肝細胞癌預后的藥物的方法，所述方法包括如下步驟 使多肽與候選材料相接觸的步驟，所述多肽由權利要求I或2所述的對肝細胞癌的預后進行預測的單核苷酸多態性(SNP)的多核苷酸或其互補核苷酸編碼；以及 對所述候選材料是否具有增強或抑制所述多肽功能的活性進行測定的步驟。
全文摘要
本發明涉及用于肝細胞癌預后的單核苷酸多態性(SNP)，其中，所述SNP呈現出與MTA1過表達的顯著相關性，所述MTA1是對肝細胞癌外科手術后的復發或低生存率進行預測的有用的預后因子。因此，可將所述SNP用來開發用于肝細胞癌預后的微陣列或診斷試劑盒，并可用來篩選用于改善肝細胞癌預后的藥物，從而改善外科手術后肝細胞癌的預后不良。
文檔編號G01N33/15GK102906277SQ201180025466
公開日2013年1月30日 申請日期2011年3月22日 優先權日2010年3月22日
發明者鄭永化, 樸能和, 維銀實, 李榮柱, 金精我, 李丹畢, 李世煥, 李宗殷 申請人:蔚山大學校產學協力團