專利名稱：用于鑒定、評價、預防和治療卵巢癌的核酸分子和蛋白質的制作方法
用于鑒定、評價、預防和治療卵巢癌的核酸分子和蛋白質
本申請是申請日為2004年10月07日，申請號為200480033173. 8，發明名稱為“用于鑒定、評價、預防和治療卵巢癌的核酸分子和蛋白質”的發明專利申請的分案申請。
相關申請
本申請要求于2003年10月7日提交的美國臨時申請系列號60/509，171 (其完整內容在此引作參考)的優先權。發明領域
本發明的領域為卵巢癌，包括卵巢癌的診斷、表征、處理和治療。
發明背景
卵巢癌在全世界人群中引起顯著的發病率和死亡率。卵巢癌根據臨床和病理學特征分為三類，即上皮卵巢癌(E0C ；占西方國家中卵巢癌的90%以上)，生殖細胞瘤(占卵巢癌的大約2-3% )，和間質卵巢癌(占卵巢癌的大約5% ；Ozols et al.，1997，Cancer Principles and Practice of Oncology, 5th ed.，Devita et al.，Eds. pp. 1502)。與 EOC 相比，生殖細胞瘤和間質卵巢癌更容易早期檢測和治療，也即患有這兩類卵巢癌的患者有較高/較好的生存率。
有許多類型的卵巢腫瘤，其中一些是良性的，另一些是惡性的。治療(包括非治療)選擇和對患者后果的預測取決于卵巢癌的準確分類。卵巢癌根據癌癥起源細胞的類型以及卵巢癌是良性的還是惡性的來命名。公認的組織學腫瘤類型包括，例如，漿液性、粘液性、子宮內膜樣和透明細胞腫瘤。另外，卵巢癌也根據公認的分級和分期標準來分類。
在I級中，腫瘤組織分化良好。在II級中，腫瘤組織分化中度良好。在III級中， 腫瘤組織分化差。該級比I級和II級的預后較差。I期通常限于圍繞一側(IA期)或兩側 (IB期)卵巢的囊內，盡管在某些I期(即IC期)癌癥中，在腹水、腹膜漂洗液或卵巢表面可以檢測到惡性細胞。II期涉及腫瘤從一側或兩側卵巢向其他骨盆結構擴散或轉移。在 IIA期中，腫瘤擴散或轉移到子宮、輸卵管或這兩者中。IIB期涉及腫瘤向骨盆的擴散。IIC 期是IIA期或IIB期，其中在腹水、腹膜漂洗液或卵巢表面可以檢測到惡性細胞。在III期中，腫瘤包括至少一個向小腸或網膜的惡性擴散，形成顯微鏡下可見(IIIA期)或肉眼可見 (直徑<2厘米，IIIB期；直徑>2厘米，IIIC期)大小的骨盆外腹膜植入物，或者已經轉移到腹膜后或腹股溝淋巴結(IIIC期的另一個指征)。在IV期中，能夠檢測到遠端(即非腹膜)腫瘤轉移。
卵巢癌各期的持續時間目前還不知道，但是一般認為各為至少約一年(Richart et al.，1969，Am. J. Obstet. Gynecol. 105 :386)。隨著分期提高，預后變差。例如，診斷為 I、II、III、IV期卵巢癌的患者的5年存活率分別為80%、57%、25%和8%。
盡管卵巢癌是第三大普遍的婦科癌癥，但卻是婦科癌癥中排第一位的死亡原因。 卵巢癌的這種不成比例的死亡率是由于早期卵巢癌患者基本上沒有癥狀，并且難以早期診斷卵巢癌。卵巢癌患者最常有非特異性的主訴，如異常陰道出血、胃腸道癥狀、尿道癥狀、下腹痛和廣泛腹脹。這些患者極少表現副腫瘤性癥狀或清楚表明其患病的癥狀。目前，不到約40%的卵巢癌患者表現為I期或II期。當治療更普遍有效時，如果卵巢癌能夠早期檢測，該病的處置將顯著改善。
通過從患者獲得常規病史，并對患者進行體檢、X線檢查及化學和血液學研究，可以部分地診斷卵巢癌。可以指示患者中卵巢癌的血液學檢驗包括被稱為CA125和DF3的蛋白質的血清水平和溶血磷脂酸(LPA)血漿水平的分析。卵巢觸診和超聲波技術(尤其包括陰道內超聲波和彩色多普勒流動超聲波技術)能夠幫助檢測卵巢腫瘤和從良性卵巢囊腫向卵巢癌的分化。但是，卵巢癌的確診一般需要對患者行剖腹探查術。
可能的卵巢癌檢測實驗(例如篩查、反射或監測)可以通過大量因素來表征。試驗的“靈敏性”是指該試驗在卵巢癌患病個體中產生陽性結果的概率。試驗的“特異性”是指該試驗在未患卵巢癌個體中產生陰性結果的概率。試驗的“陽性預測值”(PPV)是真陽性結果(即卵巢癌患者的陽性測定結果)與所有陽性結果(即卵巢癌患者的陽性測定結果+未患卵巢癌的患者的陽性測定結果)的比值。已經估計到，為了使一個試驗成為適當人群范圍的卵巢癌篩查工具，該試驗必須具有至少約為10%的PPV (Rosenthal et al. , 1998, Sem. Oncol. 25 :315-325)。因此對于檢測患者卵巢癌的篩查試驗，具有高靈敏性和高PPV是理想的。監測和反射試驗也需要適當的說明。
由于已知卵巢癌檢測方法的成本、有限的靈敏性和有限的特異性，當前不對普遍人群進行篩查。另外，為了診斷篩查卵巢癌指征陽性患者的卵巢癌而需要行剖腹術限制了普遍人群篩查的需求，因此高于10%的PPV是理想的。
現在使用血清CA125水平作為卵巢癌的診斷標志表明該方法的特異性不足以用作普遍篩查方法。使用精細算法來說明從患者中獲得的系列回顧標本中的CA125水平提高了該方法的特異性，而沒有將卵巢癌檢測移至較早階段(Skakes，1995，Cancer 76:2004)。 為了檢測包括卵巢癌在內的婦科癌癥而篩查LPA顯示大約96%的靈敏性和大約89%的特異性。但是，基于CA125的篩查方法和基于LPA的篩查方法分別受到卵巢癌以外疾病患者血清中存在CA125和LPA的影響。例如，已知血清CA125水平與月經、妊娠、胃腸道疾病和肝病如結腸炎和肝硬化、心包炎、腎病和各種非卵巢惡性腫瘤有關。已知血清LPA受到例如存在非卵巢婦科惡性腫瘤的影響。比當前對CA125和LPA的篩查方法具有更高特異性的卵巢癌篩查方法能夠提供對早期卵巢癌的廣泛人群的篩查。
當前患者中診斷的約60%以上的卵巢癌為III期或IV期癌癥。該階段的治療主要限于細胞減積術(可行時)和化療，這兩種治療的目的都在于減慢轉移癌的擴散和發展。 實際上所有晚期卵巢癌患者現在都進行聯合化療作為主要的治療，通常是鉬類化合物與紫杉類藥物聯合。反應性患者的中位存活率約為一年。相對于單藥治療，使用諸如阿霉素、環磷酰胺、順鉬、六甲密胺、紫杉醇和氨甲喋呤等藥物的聯合化療可以提高這些組的存活率。 當前開發的各種化療劑和治療方案也已經證明可用于治療晚期卵巢癌。例如，使用拓撲異構酶I抑制劑topectan，使用氨磷汀使化療的副作用最小化，以及對具有腹膜植入腫瘤的患者使用腹膜內化療，已經證明至少有有限的效用。但是，目前III期卵巢癌患者的5年存活率為25%，IV期卵巢癌患者的存活率為8%。
總之，檢測卵巢癌越早，治療性干預的侵入性和治療性干預的副作用就越小。更重要的是，檢測癌癥越早，卵巢癌患者的存活率和生活質量就越高。因此，迫切需要盡早檢測卵巢癌的方法。也需要檢測卵巢癌復發的方法，以及預測和監測治療的效果的方法。進而需要治療卵巢癌的新治療方法。本發明滿足了這些需要。 發明內容
本發明涉及癌癥標志(下文稱為“標志”或“本發明標志”)，它們在表1中列出。 本發明提供該標志編碼的或相對應的核酸和蛋白質(下文分別稱為“標志核酸”和“標志蛋白”)。本發明還提供與這些蛋白質和/或蛋白質片段特異性結合的抗體、抗體衍生物和抗體片段。
一方面，本發明涉及各種與卵巢癌檢測和治療有關的診斷、監測、檢驗和其他方法。在一個實施方案中，本發明提供一種評估患者是否患有卵巢癌或者其發展為卵巢癌的危險是否高于正常的診斷方法，該方法包括如下步驟將本發明標志在患者標本中的表達水平與該標志在對照(例如來自未患卵巢癌的患者的標本)中的正常表達水平進行比較。 該標志在患者標本中的表達水平顯著高于正常水平，是該患者患有卵巢癌或者發展為卵巢癌的危險高于正常的指示。
在該診斷方法的一個優選實施方案中，在至少約20%的I期卵巢癌患者、II期卵巢癌患者、III期卵巢癌患者、IV期卵巢癌患者、I級卵巢癌患者、II級卵巢癌患者、III級卵巢癌患者、上皮卵巢癌患者、間質卵巢癌患者、生殖細胞卵巢癌患者、惡性卵巢癌患者、良性卵巢癌患者、漿液腫瘤卵巢癌患者、粘液腫瘤卵巢癌患者、子宮內膜樣腫瘤卵巢癌患者和 /或透明細胞腫瘤卵巢癌患者中，該標志過量表達至少2倍。
本發明的診斷方法尤其可用于具有確定的與卵巢癌有關的骨盆腔腫瘤或癥狀的患者。本發明的方法也能夠特別用于發展卵巢癌危險升高的患者(例如具有卵巢癌家族史的患者，鑒定具有突變癌基因的患者，和至少約50歲的患者)。
在評估患者是否患有卵巢癌的一個優選診斷方法(例如新的檢測(“篩查”)，復發的檢測，反射測定)中，該方法包括將本發明標志在患者標本中的表達水平與該標志在對照非卵巢癌標本中的正常表達水平進行比較。該標志在患者標本中的表達水平顯著高于正常水平表明該患者患有卵巢癌。
本發明也提供用于評估一種療法抑制患者卵巢癌的療效的診斷方法。該方法包括將對患者提供至少一部分治療之前從患者中獲得的第一標本中本發明標志的表達與實施該部分治療后從患者中獲得的第二標本中該標志的表達進行比較。該標志在第二標本中的表達水平顯著低于在第一標本中的表達水平表明該療法對于抑制患者卵巢癌是有效的。
應當理解，在這些方法中，“療法”可以是治療卵巢癌的任何療法，包括但不限于化療、放療、手術切除腫瘤組織、基因治療和生物治療，如施用抗體和趨化因子。因此，本發明的方法可以用于在治療之前、期間及之后評價患者，例如評價腫瘤負荷的減少。
在一個優選實施方案中，本發明的診斷方法是針對采用化學劑或生物劑的治療。 這些方法包括將從患者中獲得并在化學劑或生物劑存在下保存的第一標本中本發明標志的表達與從患者中獲得并在不含上述藥劑條件下保存的第二標本中該標志的表達進行比較。該標志在第一標本中的表達水平顯著低于在第二標本中的表達水平表明該藥劑在抑制患者卵巢癌上有效。在一個實施方案中，第一和第二標本可以是從患者中獲得的一種標本的部分，或者是從患者中獲得的合并標本的部分。
本發明另外還提供一種用于評估患者中卵巢癌進展的監測方法，該方法包括檢測第一時間點的患者標本中本發明標志的表達；在后一時間點及時重復這種檢測；比較檢測的表達水平，由此監測患者中卵巢癌的進展。該標志在后一時間點標本中的表達水平顯著高于在第一時間點標本中的表達水平表明卵巢癌已經進展，而表達水平顯著較低則表明卵巢癌已經消退。
本發明進一步提供一種用于確定卵巢癌是否已經轉移或者是否有可能在以后轉移的診斷方法，該方法包括將本發明標志在患者標本中的表達水平與該標志在對照標本中的正常表達水平(或未轉移水平)進行比較。在患者標本中的表達水平顯著高于正常水平 (或未轉移水平)表明卵巢癌已經轉移或者在以后有可能轉移。
本發明還提供一種選擇用于抑制患者卵巢癌的組合物/化合物的試驗方法。該方法包括從患者中獲得含癌細胞的標本；在多種試驗組合物/化合物存在下分開保存該標本的等份；比較本發明標志在各等份中的表達；然后選擇一種試驗組合物/化合物，相對于該標志在其他試驗組合物/化合物存在下的表達水平，所選試驗組合物/化合物顯著降低該標志在含該試驗組合物/化合物的等份中的表達水平。
本發明另外提供一種評估化合物的致卵巢癌能力的試驗方法。該方法包括在存在及不存在該化合物的條件下分開保存卵巢細胞等份；比較本發明標志在各等份中的表達。在該化合物存在下保存的等份中該標志的表達水平顯著高于在不含該化合物條件下保存的等份中的表達水平表明該化合物具有致卵巢癌能力。
另外，本發明進一步提供一種抑制患者卵巢癌的方法。該方法包括從患者中獲得含癌細胞的標本；在多種組合物/化合物存在下分開保存該標本等份；然后比較本發明標志在各等份中的表達；最后對患者施用其中至少一種組合物/化合物，相對于該標志在其他組合物/化合物存在下的表達水平，該組合物/化合物顯著降低該標志在含該組合物/ 化合物的等份中的表達水平。
在上述方法中，標本或患者標本包含從患者中獲得的細胞。該細胞可存在于例如通過卵巢組織活檢或組織切片采集的卵巢組織標本中。在一個實施方案中，患者標本是卵巢相關體液。該體液包括，例如，血液、淋巴、腹水、婦科液、囊液、尿和通過腹膜漂洗采集的液體。在另一實施方案中，該標本包含從患者中獲得的細胞。在該實施方案中，細胞可存在于選自通過腹膜漂洗采集的液體、通過子宮漂洗采集的液體、子宮液、子宮滲出液、胸水和卵巢滲出液的液體中。在另一實施方案中，患者標本是體內標本。
根據本發明，本發明標志在標本中的表達水平例如可以通過檢測標本中是否存在下列物質來評估
相應的標志蛋白(例如具有如下序列之一的蛋白質=SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :4、 SEQ ID NO 6,SEQ ID NO :8、SEQ ID NO :10、SEQ ID NO 12,SEQ ID NO 14,SEQ ID NO :16、 SEQ ID NO18,SEQ ID NO20,SEQ ID NO 22,SEQ ID NO24,SEQ ID NO26,SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ ID NO :36、SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :40、SEQ ID NO 42或SEQ ID NO 44)或蛋白質片段(例如通過使用特異性結合該蛋白質或蛋白質片段的試劑，例如抗體、抗體衍生物、抗體片段或單鏈抗體)；相應的標志核酸 (例如具有如下序列之一的核酸SEQ ID NO =USEQ ID NO :3、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO :7、 SEQ ID NO :9、SEQ ID NO :11、SEQ ID NO :13、SEQ ID NO :15、SEQ ID NO :17、SEQ ID NO 19、SEQ ID NO :21、SEQ ID NO :23、SEQ ID NO :25、SEQ ID NO :27、SEQ ID NO :29、SEQ ID8N0:31、SEQ ID NO :33、SEQ ID NO :35、SEQ ID NO :37、SEQ ID NO :39、SEQ ID NO :41 或 SEQ ID NO 43)或核酸片段(例如通過將從標本中獲得的轉錄多核苷酸與一種基質相接觸，該基質上附著有一種或多種具有完整的該序列或序列片段或其互補序列的核酸)；或
相應標志蛋白直接(即催化)或間接產生的代謝物。
根據本發明，上述任何方法都可以使用多種(例如2、3、5或10種或更多)卵巢癌標志進行，包括本領域公知的卵巢癌標志。在該方法中，將標本中多種標志(其中至少一個是本發明的標志)各自的表達水平與從未患卵巢癌的對照人體中獲得的同類標本中所述多種標志各自的正常或對照表達水平進行比較。一種或多種本發明標志或其一定組合在標本中的表達水平相對于該標志的相應正常水平顯著改變(即升高或降低，如使用一種標記的上述方法所說明的)，表明該患者患有卵巢癌。對于所有上述方法，優選選擇標志，使該方法的陽性預測值至少約為10%。
另一方面，本發明提供了與標志蛋白(例如具有如下任一序列的蛋白質SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO :8、SEQ ID NO :10、SEQ ID NO :12、SEQ ID NO :14、SEQ ID NO :16、SEQ ID NO :18、SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ ID NO :36、 SEQ ID NO 38,SEQ ID NO 40、SEQ ID NO 42 或 SEQ ID NO 44)或該蛋白質的片段特異性結合的抗體、抗體衍生物或抗體片段。本發明也提供制備這些抗體、抗體衍生物和抗體片段的方法。這些方法可包括用包含標志蛋白的全部或10個或10個以上或更多氨基酸的片段的蛋白質或肽免疫哺乳動物，其中該蛋白質或肽可以從細胞獲得或者可以通過化學合成獲得。本發明的方法也包括制備單克隆或單鏈抗體，進一步包括從免疫的哺乳動物中分離脾細胞，將分離的脾細胞與永生細胞系相融合，形成雜交瘤，篩選雜交瘤，選擇產生與標志蛋白(例如具有如下任一序列的蛋白質:SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO 8,SEQ ID NO 10,SEQ ID NO 12,SEQ ID NO 14、SEQ ID NO 16,SEQ ID NO 18,SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO 32,SEQ ID NO 34、SEQ ID NO 36、SEQ ID NO 38, SEQ ID NO 40,SEQ ID NO :42 或 SEQ ID NO 44)或該蛋白質的片段特異性結合的抗體的雜交瘤。
另一方面，本發明涉及多種診斷和檢測試劑盒。在一個實施方案中，本發明提供一種評估患者是否患有卵巢癌的試劑盒。該試劑盒包括用于評估本發明標志的表達的試劑。 在另一實施方案中，本發明提供一種評估化學劑或生物劑是否適于抑制患者卵巢癌的試劑盒。該試劑盒包括用于評估本發明標志的表達的試劑，也可以包括一種或多種這樣的化學劑或生物劑。在另一實施方案中，本發明提供用于評估卵巢癌細胞是否存在或者用于治療卵巢癌的試劑盒。該試劑盒包括與標志蛋白或蛋白質片段特異性結合的抗體、抗體衍生物或抗體片段。該試劑盒也可包括多種抗體、抗體衍生物或抗體片段，其中所述多種抗體物質與標志蛋白或其片段特異性結合。
在另一實施方案中，本發明也提供用于評估卵巢癌細胞是否存在的試劑盒，其中該試劑盒包括與標志核酸或其片段特異性結合的核酸探針。該試劑盒也可包括多種探針， 其中各種探針都與標志核酸或其片段特異性結合。
另一方面，本發明涉及治療卵巢癌患者或具有發展卵巢癌危險的患者的方法。該方法可以包括減少本發明標志的表達和/或干擾其生物學功能。在一個實施方案中，該方法包括對患者提供與標志核酸互補的反義寡核苷酸或多核苷酸或其片段。例如，可以通過給予表達標志核酸或其片段的反義多核苷酸的載體而對患者提供反義多核苷酸。在另一實施方案中，該方法包括對患者提供與標志蛋白或其片段特異性結合的抗體、抗體衍生物或抗體片段。在一個優選實施方案中，抗體、抗體衍生物或抗體片段與具有表1所列任一標志序列的蛋白質或該蛋白質的片段特異性結合。
應當理解，本發明的方法和試劑盒也可以包括已知的癌癥標志，包括已知的卵巢癌標志。應當進一步理解，該方法和試劑盒可以用于鑒定除卵巢癌以外的癌癥。
另一方面，本發明表征了編碼標志蛋白或標志多肽例如標志蛋白的生物活性部分的核酸分子。在一個優選實施方案中，分離的核酸分子編碼具有如下氨基酸序列的標志多肽-.SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO :8、SEQ ID NO :10、SEQ ID NO 12、SEQ ID NO :14、SEQ ID NO :16、SEQ ID NO :18、SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ ID NO 36,SEQ ID NO 38、SEQ ID NO 40、SEQ ID NO 42 或 SEQ ID NO :44。在其他一些實施方案中，本發明提供分離的具有如下所示核苷酸序列的標志核酸分子SEQ ID NO=USEQ ID NO :3、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO :7、SEQ ID NO :9、SEQ ID NO :11、SEQ ID NO :13、SEQ ID NO :15、SEQ ID NO :17、SEQ ID NO :19、SEQ ID NO :21、SEQ ID NO :23、SEQ ID NO :25、 SEQ ID NO 27,SEQ ID NO29,SEQ ID N0:31、SEQ ID NO 33,SEQ ID NO35,SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO :39, SEQ ID NO :41或SEQ ID NO :43。在另外其他一些實施方案中，本發明提供與如下所示核苷酸序列基本上相同(例如天然發生的等位基因變體)的核酸分子SEQ ID NO =USEQ ID N0:3、SEQ ID N0:5、SEQ ID N0:7、SEQ ID N0:9、SEQ ID NO =IUSEQ ID NO :13,SEQ ID NO :15,SEQ ID NO : 17、SEQ ID NO :19,SEQ ID N0:21、SEQ ID NO :23、SEQ ID NO :25, SEQ ID NO :27、SEQ ID NO :29、SEQ ID NO :31、SEQ ID NO :33、SEQ ID NO :35、 SEQ ID NO :37, SEQ ID NO :39, SEQ ID NO :41 或 SEQ ID NO :43。在其他實施方案中，本發明提供在如本文所述的嚴格雜交條件下與包含下列核苷酸序列的核酸分子雜交的核酸分子SEQ ID N0:1、SEQ ID NO :3、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO :7、SEQ ID NO :9、SEQ ID N0:11、 SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO :21、SEQ ID NO:23、SEQID NO :25、SEQ ID NO :27、SEQ ID NO :29、SEQ ID NO :31、SEQ ID NO :33、SEQ ID NO :35,SEQ ID NO :37、SEQ ID NO :39,SEQ ID NO :41 或 SEQ ID NO :43，其中所述核酸編碼全長標志蛋白或其活性片段。
在一個相關方案中，本發明進一步提供包含本文所述標志核酸分子的核酸構建體。在某些實施方案中，本發明的核酸分子與天然或異源調節序列可操作地連接。還包括含有本發明標志核酸分子的載體和宿主細胞，例如適于產生多肽的載體和宿主細胞。
在另一相關方案中，本發明提供適合作為用于檢測標志編碼核酸的引物或雜交探針的核酸片段。
在另一相關方案中，提供與標志編碼核酸分子反義的分離的核酸分子。
在其他實施方案中，本發明提供標志多肽，例如具有如下氨基酸序列的標志多肽 SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、SEQ ID NO :8、SEQ ID NO :10、SEQ ID NO :12、 SEQ ID NO 14, SEQ ID N0:16、SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID N0:24、SEQID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ IDNO :36,SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :40、SEQ ID NO :42 或 SEQ ID NO :44 所示的氨基酸序列； 與如下所示氨基酸序列基本相同的氨基酸序列=SEQ ID NO 2,SEQ ID NO :4、SEQ ID NO :6、 SEQ ID NO :8、SEQ ID NO :10、SEQ ID NO :12、SEQ ID NO :14、SEQ ID NO :16、SEQ ID NO 18、SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ ID NO :36、SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :40、SEQ ID N0:42或SEQ ID NO :44 ；或者由具有如下核苷酸序列的核酸分子編碼的氨基酸序列，該核酸分子在本文所述的嚴格雜交條件下與包含SEQ ID N0:(nts)核苷酸序列的核酸分子雜交，其中該核酸編碼全長標志蛋白或基活性片段。
在一個相關的方案中，本發明進一步提供包含本文所述標志核酸分子的核酸構建體。
在一個相關的方案中，本發明提供與非標志多肽可操作連接從而形成融合蛋白的標志多肽或片段。
另一方面，本發明表征了與標志多肽反應，更優選地，特異性或選擇性結合的抗體及其抗原結合片段。
本發明特別涉及以下方案
1. 一種評估患者是否患有卵巢癌的方法，該方法包括如下步驟
a)測定患者標本中一種標志的表達水平，其中該標志選自表1中所列的標志；
b)測定該標志在未患卵巢癌或未患卵巢腫瘤的對照者標本中的表達水平；和
c)比較該標志在患者標本中與對照者標本中的表達水平，
其中該標志在患者標本與對照者標本中的表達水平的顯著性差異是該患者患有乳腺癌的指示。
2.第1項的方法，其中由所述顯示非癌癥的患者的卵巢細胞確定對照者的表達水平。
3.第1項的方法，其中利用非卵巢癌人群的平均表達水平預先確定對照者的表達水平。
4.第1項的方法，其中所述標志對應于一種分泌的蛋白質。
5.第1項的方法，其中所述標志對應于一種轉錄的多核苷酸或其部分，其中該多核苷酸含有該標志。
6.第1項的方法，其中所述標本包括從患者獲得的細胞。
7.第6項的方法，其中所述細胞存在于選自下組的液體中血液、淋巴、腹水、婦科液體、囊液、尿以及通過腹膜漂洗收集的液體。
8.第1項的方法，其中標本中所述標志的表達水平通過檢測標本中對應于該標志的蛋白質的存在來評定。
9.第8項的方法，其中所述蛋白質的存在用特異性結合該蛋白質的試劑來檢測。
10.第9項的方法，其中所述試劑選自抗體、抗體衍生物和抗體片段。
11.第1項的方法，其中標本中所述標志的表達水平通過檢測標本中轉錄多核苷酸或其部分的存在來估計，其中該轉錄多核苷酸包含該標志。
12.第11項的方法，其中所述轉錄多核苷酸是mRNA或cDNA。
13.第11項的方法，其中所述檢測步驟進一步包括擴增所述轉錄多核苷酸。
14.第1項的方法，其中標本中所述標志的表達水平通過檢測標本中轉錄多核苷酸的存在來評定，該轉錄多核苷酸在嚴格雜交條件下與該標志退火或者與包含該標志的多核苷酸的一部分退火。
15.第1項的方法，其中標本中所述標志的表達水平與未患卵巢癌者中該標志的正常表達水平相差至少大約2倍。
16.第1項的方法，其中標本中所述標志的表達水平與未患卵巢癌者中該標志的正常表達水平相差至少大約5倍。
17. 一種評估患者是否患有卵巢癌的方法，該方法包括如下步驟
a)測定標本中多個標志各自的表達水平，這些標志獨立地選自表1中所列的標志；
b)測定未患卵巢癌的對照者標本中所述多個標志各自的表達水平；和
c)比較該標志在患者標本中與對照者標本中的表達水平；
其中一種以上的標志的表達水平相對于該標志的相應對照表達水平顯著改變，是該患者患有卵巢癌的指示。
18.第17項的方法，其中由所述顯示非癌癥的患者的卵巢細胞確定對照者的表達水平。
19.第17項的方法，其中利用非卵巢癌人群的平均表達水平預先確定對照者的表達水平。
20.第17項的方法，其中所述多種標志包括至少三種標志。
21.第17項的方法，其中所述多種標志包括至少五種標志。
22. 一種確定患者是否患有已經轉移的或者可能轉移的卵巢癌的方法，該方法包括比較
a)表1所列一種標志在該患者標本中的表達水平，和
b)該標志在患未轉移卵巢癌或未患卵巢癌的對照者標本中的表達水平，
c)其中，患者標本中的表達水平顯著高于對照者標本中的水平，是卵巢癌已經轉移或者可能轉移的指示。
23. 一種評估試驗化合物抑制患者卵巢癌效果的方法，該方法包括比較
a)從該患者中獲得并且暴露于試驗化合物的第一標本中一種標志的表達，其中該標志選自表1中所列的標志，和
b)從該患者中獲得的第二標本中該標志的表達，其中該標本未暴露于該試驗化合物，
c)其中，第一標本中該標志的表達水平顯著低于第二標本，是該試驗化合物對抑制患者卵巢癌有效的指示。
24.第23項的方法，其中所述第一和第二標本是從患者中獲得的一個標本的一部分。
25.第23項的方法，其中所述第一和第二標本是從患者中獲得的合并標本的一部分。
26. 一種評估治療方法抑制患者卵巢癌的效果的方法，該方法包括比較
a)在對患者施以至少一部分治療之前從患者中獲得的第一標本中一種標志的表12達，其中該標志選自表1中所列的標志，和
b)施行該部分治療后從患者中獲得的第二標本中該標志的表達，
c)其中，第二標本中該標志的表達水平顯著低于第一標本，是該治療方法對抑制患者卵巢癌有效的指示。
27. 一種篩選用于抑制患者卵巢癌的組合物/化合物的方法，該方法包括
a)從患者中獲得包括癌細胞的標本；
b)在多種試驗組合物/化合物的存在下分別暴露該標本的各等份；
c)比較各等份中一種標志的表達，其中該標志選自表1中所列的標志；和
d)選擇至少一種試驗組合物/化合物，與其他試驗組合物/化合物相比，該試驗組合物/化合物在含有該試驗組合物/化合物的等份中誘導該標志較低水平的表達。
28. 一種抑制患者卵巢癌的方法，該方法包括
a)從患者中獲得包括癌細胞的標本；
b)在多種試驗組合物/化合物的存在下分別保存該標本的各等份；
c)比較各等份中一種標志的表達，其中該標志選自表1中所列的標志；和
向患者施用至少一種試驗組合物/化合物，與其它試驗組合物/化合物相比，該試驗組合物/化合物在含有該試驗組合物/化合物的等份中誘導該標志較低水平的表達。
29. 一種評估試驗組合物/化合物的致卵巢細胞癌能力的方法，該方法包括
a)在存在及不存在試驗組合物/化合物的情況下保存卵巢癌細胞的不同等份；和
b)比較各等份中一種標志的表達，其中該標志選自表1中所列的標志，
其中在試驗組合物/化合物存在下保存的等份中該標志的表達水平顯著提高是該試驗組合物/化合物具有致人卵巢細胞癌能力的指示。
30. 一種用于評價患者是否患有卵巢癌的試劑盒，該試劑盒包含用于評價選自表 1所列標志的多種標志表達的試劑。
31. 一種用于評價是否存在卵巢癌細胞的試劑盒，該試劑盒包含多種核酸探針，其中該探針與對應于選自表1所列標志的多種標志的轉錄多核苷酸特異性結合。
32. 一種用于評價是否存在卵巢癌細胞的試劑盒，該試劑盒包含多種抗體，其中該抗體與對應于選自表1所列標志的多種標志的蛋白質特異性結合。
33. 一種用于評價多種化合物各自是否適于抑制患者卵巢癌的試劑盒，該試劑盒包含多種化合物；和用于評價一種標志表達的試劑，該標志選自表1中所列的標志。
34. 一種在具有發展卵巢癌危險的患者中抑制卵巢癌的方法，該方法包括抑制對應于一種標志的基因的表達，該標志選自表1中所列的標志。
35. 一種分離的核酸分子，其包含 SEQ ID NO :7、SEQ ID NO :9、SEQ ID NO :17、SEQ ID NO :31、SEQ ID NO :39 或 SEQ ID NO :41 的核苷酸序列。
36. 一種分離的多肽，其包含 SEQ ID NO 10,SEQ ID NO 32、SEQ ID NO 40 或 SEQ ID NO 42的氨基酸序列。
37. 一種選擇性結合第36項的多肽的抗體。
本發明涉及新發現的與卵巢細胞的癌性狀態有關的標志，其在表1中列出。現發現，任何該標志或該標志組合的表達水平高于正常，與患者存在卵巢癌有關。提供了檢測標本中卵巢癌的存在、標本中卵巢癌不存在、卵巢癌分期、評估乳腺癌是否已經轉移、預測乳腺癌患者可能的臨床結果的方法，以及利用與患者卵巢癌預防、診斷、表征和治療有關的卵巢癌其他特性的方法。也提供了治療卵巢癌的方法。
表1列出了全部本發明的標志，與正常(即非癌)卵巢細胞相比，它們在卵巢癌細胞中過量表達。在該表中，所述標志用名稱(“標志”)、適當時公知的基因名稱(“基因名稱”)、標志編碼或相對應的核苷酸轉錄物cDNA序列的序列表編號(“SEQ ID NO (nts) ”)、 核苷酸轉錄物編碼的蛋白質氨基酸序列的序列表編號(“SEQ ID NO(AAs) ”)和蛋白質編碼序列在cDNA序列中的位置(“CDS，，)來區別。
表1.卵巢癌標志
權利要求
1.一種評估患者是否患有卵巢癌的方法，該方法包括如下步驟a)測定患者標本中WAP四-二硫化物核心域2(WFDC2)標志的表達水平；b)測定WFDC2標志在對照標本中的表達水平；和c)比較WFDC2標志在患者標本中的表達水平與WFDC2標志在對照標本中的表達水平，其中WFDC2標志在患者標本中的表達水平高于WFDC2標志在對照標本中的表達水平，是該患者患有卵巢癌的指示。
2.權利要求1的方法，其中由非癌癥的患者的卵巢細胞確定WFDC2標志在對照標本中的表達水平。
3.權利要求1的方法，其中利用來自未患卵巢癌的受試者群的幾個對照標本的平均表達水平預先確定WFDC2標志在對照標本中的表達水平。
4.權利要求1的方法，其中所述標志對應于轉錄的多核苷酸，其中該多核苷酸含有該標志ο
5.權利要求1的方法，其中所述患者標本包括從患者獲得的細胞。
6.權利要求5的方法，其中所述細胞存在于選自下組的液體中血液、淋巴、腹水、婦科液體、囊液、尿以及通過腹膜漂洗收集的液體。
7.權利要求1的方法，其中患者標本中所述標志的表達水平通過檢測患者標本中對應于該標志的蛋白質的存在來評定。
8.權利要求7的方法，其中所述蛋白質的存在用特異性結合該蛋白質的試劑來檢測。
9.權利要求8的方法，其中所述試劑選自抗體、抗體衍生物和抗體片段。
10.權利要求1的方法，其中患者標本中所述標志的表達水平通過檢測患者標本中轉錄多核苷酸的存在來估計，其中該轉錄多核苷酸包含該標志。
11.權利要求10的方法，其中所述轉錄多核苷酸是mRNA或cDNA。
12.權利要求10的方法，其中檢測步驟進一步包括擴增所述轉錄多核苷酸。
13.權利要求1的方法，其中患者標本中所述標志的表達水平通過檢測患者標本中轉錄多核苷酸的存在來評定，該轉錄多核苷酸在嚴格雜交條件下與該標志退火或者與包含該標志的多核苷酸的一部分退火。
14.權利要求1的方法，其中患者標本中所述標志的表達水平與對照標本中該標志的表達水平相差至少2倍。
15.權利要求1的方法，其中患者標本中所述標志的表達水平與對照標本中該標志的表達水平相差至少5倍。
16.權利要求1的方法，該方法進一步包括如下步驟a)測定患者標本中至少一個另外的標志的表達水平，這些標志獨立地選自表1中所列的標志；b)測定對照標本中該至少一個另外的標志的表達水平；和c)比較該至少一個另外的標志在患者標本中與對照標本中的表達水平；其中該至少一個另外的標志在患者標本中的表達水平高于該至少一個另外的標志在對照標本中的表達水平，是該患者患有卵巢癌的指示。
17.權利要求16的方法，其中由非癌癥的患者的卵巢細胞確定對照標本的表達水平。
18.權利要求16的方法，其中利用來自未患卵巢癌的受試者群的幾個對照標本的平均表達水平預先確定對照標本的表達水平。
19.權利要求16的方法，其中所述至少一個另外的標志包括表1所列的至少三種標志。
20.權利要求16的方法，其中所述至少一個另外的標志包括表1所列的至少五種標志。
21.一種確定患者是否患有已經轉移的或者可能轉移的卵巢癌的方法，該方法包括比較a)WFDC2標志在患者標本中的表達水平，和b)WFDC2標志在對照標本中的表達水平，c)其中WFDC2標志在患者標本中的表達水平高于WFDC2標志在對照標本中的表達水平，是卵巢癌已經轉移或者可能轉移的指示。
22.—種評估試驗化合物抑制患者卵巢癌效果的方法，該方法包括比較a)從該患者中獲得并且暴露于試驗化合物的第一標本中WFDC2標志的表達，和b)從該患者中獲得的第二標本中WFDC2標志的表達，其中該標本未暴露于該試驗化合物，c)其中WFDC2標志在第一標本中的表達水平低于WFDC2標志在第二標本中的表達水平，是該試驗化合物對抑制患者卵巢癌有效的指示。
23.權利要求22的方法，其中所述第一和第二標本是從患者中獲得的一個標本的一部分。
24.權利要求22的方法，其中所述第一和第二標本是從患者中獲得的合并標本的一部分。
25.一種評估治療方法抑制患者卵巢癌的效果的方法，該方法包括比較a)在對患者施以至少一部分治療之前從患者中獲得的第一標本中WFDC2標志的表達，和b)施行該部分治療后從患者中獲得的第二標本中WFDC2標志的表達，c)其中第二標本中WFDC2標志的表達水平低于第一標本，是該治療方法對抑制患者卵巢癌有效的指示。
26.—種篩選用于抑制患者卵巢癌的組合物的方法，該方法包括a)從患者中獲得包括癌細胞的標本；b)在多種試驗組合物的存在下分別暴露該標本的各等份；c)比較各等份中WFDC2標志的表達水平；和d)選擇至少一種試驗組合物，與其他試驗組合物相比，該試驗組合物在含有該試驗組合物的等份中誘導WFDC2標志較低水平的表達。
27.—種抑制患者卵巢癌的方法，該方法包括a)從患者中獲得包括癌細胞的標本；b)在多種試驗組合物的存在下分別保存該標本的各等份；c)比較各等份中WFDC2標志的表達；和向患者施用至少一種試驗組合物，與其它試驗組合物相比，該試驗組合物在含有該試驗組合物的等份中誘導WFDC2標志較低水平的表達。
28.一種評估試驗組合物的致卵巢細胞癌能力的方法，該方法包括a)在存在及不存在試驗組合物的情況下保存卵巢癌細胞的不同等份；和b)比較各等份中WFDC2標志的表達水平，其中在試驗組合物存在下保存的等份中WFDC2標志的表達水平提高是該試驗組合物具有致人卵巢細胞癌能力的指示。
29.一種用于評價患者是否患有卵巢癌的試劑盒，該試劑盒包含用于評價WFDC2標志的表達的試劑。
30.一種用于評價是否存在卵巢癌細胞的試劑盒，該試劑盒包含一種或多種核酸探針， 其中該探針與對應于WFDC2標志的轉錄多核苷酸特異性結合。
31.一種用于評價是否存在卵巢癌細胞的試劑盒，該試劑盒包含一種或多種抗體，其中該抗體與對應于WFDC2標志的蛋白質特異性結合。
32.一種用于評價多種化合物各自是否適于抑制患者卵巢癌的試劑盒，該試劑盒包括 多種化合物；和用于評價WFDC2標志的表達的試劑。
33.一種在具有發展卵巢癌危險的患者中抑制卵巢癌的方法，該方法包括抑制對應于 WFDC2標志的基因的表達。
34.一種分離的核酸分子，其包含SEQ ID N0:39或SEQ ID NO 41的核苷酸序列。
35.一種分離的多肽，其包含SEQ ID N0:40或SEQ ID NO :42的氨基酸序列。
36.一種選擇性結合權利要求35的多肽的抗體。
37.權利要求1、21、25-觀和33中任一項的方法或權利要求四_32中任一項的試劑盒， 其中所述WFDC2標志是選自WFDC2變體1 (M716)或WFDC2變體2 (M717)的標志。
38.權利要求1、21、22、25-觀和33中任一項的方法或權利要求四_32中任一項的試劑盒，其中所述WFDC2標志是與SEQ ID N0:39或SEQ ID NO :41的完整序列至少95%相同的標志或與SEQ ID NO 40或SEQ ID NO 42的完整序列至少95%相同的標志。
39.權利要求7的方法，其中患者標本中所述標志的表達水平通過檢測患者標本中對應于SEQ ID NO 40或SEQ ID NO 42的蛋白質的存在來評定。
40.權利要求8的方法，其中所述試劑是標記的。
41.權利要求40的方法，其中所述標記物選自放射性標記、生物素標記、生色團標記、 熒光團標記和酶標記。
42.權利要求9的方法，其中所述抗體、抗體衍生物和抗體片段是單克隆抗體或多克隆抗體。
43.權利要求7的方法，其中患者標本中所述標志的表達水平通過檢測患者標本中包含SEQ ID NO 39或SEQ ID NO 41的多核苷酸序列的相應RNA序列的mRNA分子的存在來評定。
44.權利要求21的方法，其中所述對照標本來自患有未轉移的卵巢癌或不患有卵巢癌的對照受試者。
全文摘要
用于鑒定、評價、預防和治療卵巢癌的核酸分子和蛋白質。本發明涉及新發現的與卵巢癌有關的核酸分子和蛋白質。提供了用于檢測、表征、預防和治療人類卵巢癌的組合物、試劑盒和方法。
文檔編號G01N33/50GK102517381SQ20111035628
公開日2012年6月27日 申請日期2004年10月7日 優先權日2003年10月7日
發明者X·趙, Y·徐, 卡倫·格拉特, 唐娜·福特, 塞巴斯蒂安·赫爾施, 威爾遜·O·恩迪格, 曼朱拉·甘納瓦拉普, 約翰·E·莫納漢, 羅伯特·施萊格爾, 舒布漢吉·卡馬特卡 申請人:千年藥品公司