用于預測臨床毒性和結局的方法

用于預測臨床毒性和結局的方法
【專利摘要】本發明提供了一種用于確定患有癌癥的患者對受體酪氨酸激酶抑制劑療法的敏感性的方法。所述方法包括篩選核酸樣品以確定選自由rs1933437、rs1045642、rs1128503、rs2032582和rs2231142以及其任何組合組成的組的至少一種單核苷酸多態性(SNP)基因型的身份；和基于所述SNP基因型的所述身份來確定患有腎癌的患者對受體酪氨酸激酶抑制劑療法的敏感性。所述敏感性選自嗜中性白細胞減少癥、腹瀉、腫瘤應答、毒性迫使的提前治療終止、總體存活和無進展存活中的一種或多種。
【專利說明】
用于預測臨床毒性和結局的方法
技術領域
[0001] 本發明涉及干細胞。具體地說，本發明涉及用于培養和維持呈未分化狀態的多能 干細胞的方法。
【背景技術】
[0002] 癌癥療法包括手術、化學療法、靶向療法、免疫療法和放射療法。靶向療法是針對 腫瘤內的癌癥特異性分子和信號傳導途徑。因此，用于靶向療法中的藥物包括抑制血管發 生的藥物和誘導凋亡的藥物。用于靶向療法中的一類藥物的一個實例是酪氨酸激酶抑制劑 (TKI)〇
[0003] 然而，腫瘤應答和個體存活因患者而變化，因此ΤΚΙ的治療益處并不是普遍的，而 是個體化的。另外，雖然它在延長存活方面是有效的，但損害生活質量和潛在致命的毒性也 是常見的。這些包括腹瀉、手足綜合征、粘膜炎、高血壓、白細胞減少癥、嗜中性白細胞減少 癥和血小板減少癥。毒性導致劑量中斷、劑量減少并且阻礙患者從藥物中完全受益。毒性表 現和嚴重性，如存活，也不是普遍的，而是因患者而變化很大的。
[0004] 因此，需要提供用于確定患有癌癥的患者對ΤΚΙ療法的敏感性的方法并且需要提 供鑒別用于患者的最適當的ΤΚΙ療法方案的方法。還需要待用于此類方法中的試劑盒。

【發明內容】

[0005] 在第一方面，提供了用于確定患有癌癥的患者對受體酪氨酸激酶抑制劑療法的敏 感性的方法，其包括
[0006] a)從由所述患者獲得的生物樣品中分離核酸樣品；
[0007] b)篩選所述核酸樣品以確定選自由 rsl933437、rsl045642、rsll28503、rs2032582 和rs2231142以及其任何組合組成的組的至少一種單核苷酸多態性(SNP)基因型的身份;和
[0008] c)基于選自由『81933437、『81045642、『81128503、『82032582和『82231142以及其 任何組合組成的組的至少一種SNP基因型的所述身份來確定患有腎癌的患者對受體酪氨酸 激酶抑制劑療法的敏感性，
[0009] 其中所述敏感性選自嗜中性白細胞減少癥、腹瀉、腫瘤應答、毒性迫使的提前治療 終止（early toxicity-necessitated treatment termination)、總體存活和無進展存活 中的一種或多種。
[0010] 在第二方面，提供了如本文所述的方法用于鑒別用于患有腎癌的患者的最適當的 受體酪氨酸激酶抑制劑療法方案的用途。
[0011] 在第三方面，提供了用于根據如本文所述的方法使用的試劑盒，其包含用于篩選 所述核酸樣品以確定選自由 ^1933437、^1045642、^1128503、^2032582和^2231142以 及其任何組合組成的組的至少一種SNP基因型的身份的組分。
[0012] 定義
[0013] 本文所用的以下詞語和術語應當具有所指示的含義：
[0014] 術語受試者是指活的多細胞脊椎動物生物體，包括人和獸類受試者兩者的種類， 例如哺乳動物、鳥類和靈長類。
[0015] 術語核酸是指單鏈或雙鏈形式的脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸聚合物，并且除非 另有限制，否則涵蓋天然核苷酸的已知類似物，所述類似物以與天然存在的核苷酸類似的 方式與核酸雜交。
[0016] 術語多態性是指通常在群體中從一代傳到另一代的基因的序列變體。多態性可以 是盡管具有不同的核苷酸序列、但產生功能上等同的基因產物的那些變異(核苷酸序列差 異），如通常在個體、不同的族群(ethnic group)、地理位置之間發現的那些變異。術語多態 性還涵蓋產生具有改變的功能的基因產物的變異，即，導致功能上不等同的基因產物的基 因序列變體。該術語還涵蓋不產生基因產物、產生非活性基因產物、或增加的或增加活性的 基因產物的變異。
[0017] 多態性可以例如由以下來指代:變異所存在的核苷酸位置、由核苷酸變異引起的 氨基酸序列的變化、或與所述變異相關聯的核酸分子或蛋白質的某些其它特征的變化(例 如，二級結構如莖環的改變、或所述核酸對締合分子如聚合酶、RNA酶等等的結合親和力的 改變)。
[0018] 術語單核苷酸多態性(SNP)是指群體中個體間的DNA序列中的特定位置中的單個 堿基（核苷酸）差異。一個SNP亞組產生被編碼氨基酸序列的變化；這些被稱作編碼SNP或 cSNP〇
[0019] 本文所說明性地描述的本發明可在不存在本文未明確公開的任何一種或多種要 素、一種或多種限制的情況下被合適地實施。因此，例如，術語"包含"、"包括"、"含有"等應 當被可擴展地解讀并且沒有限制。另外，本文所采用的術語和表達是以描述而非限制的術 語被使用，并且在使用這些術語和表達時并不意在排除所顯示和描述的特征或其部分的任 何等同物，而應認識到可在所要求保護的本發明范圍內作出各種修改。因此，應當理解，雖 然已經通過優選實施方案和任選特征具體地公開了本發明，但本領域技術人員可采用本文 所公開的優選實施方案和任選特征中所體現的本發明的修改和變更，并且認為此類修改和 變更在本發明范圍內。
[0020] 本文已對本發明進行了寬泛的和一般性的描述。落入該一般公開的每個較窄類別 和次一般性分組也構成本發明的一部分。這包括以從該種類中去除任何主題為前提條件或 負面限制的對發明的一般性描述，而不管被除去的內容是否在本文中明確述及。
[0021] 其它實施方案在以下權利要求書和非限制性實施例內。另外，在用馬庫什組 (Markush group)描述本發明的特征或方面時，本領域技術人員將認識到，由此也是以馬庫 什組的任何單個成員或成員亞組來描述本發明。
【附圖說明】
[0022] 當結合非限制實施例和附圖考慮時，參考【具體實施方式】將更好地理解本發明，其 中：
[0023]圖 1 顯示(A)根據 ABCB1 3435(：/1'、1236(：/1'、26776/1'單倍型分組的患者;1'1'1'單倍型 的純合型攜帶者的中值無進展存活是2.4個月并且其它病例的中值無進展存活是8.4個月 (PzO.OODJB)根據 ABCB1 3435(：/1'、1236(：/1'、26776八4單倍型分組的患者；1'1'1'單倍型的 純合型攜帶者的中值總體存活是4.6個月并且其它病例的中值總體存活是19.6個月（P = 0.005)〇
【具體實施方式】
[0024] 在第一方面，提供了用于確定患有癌癥的患者對受體酪氨酸激酶抑制劑療法的敏 感性的方法。所述方法可以包括:從由所述患者獲得的生物樣品中分離核酸樣品；篩選所述 核酸樣品以確定選自由 ^1933437、^1045642、^1128503、^2032582和^2231142以及其 任何組合組成的組的至少一種單核苷酸多態性（SNP)基因型的身份；和基于選自由 『81933437、^1045642181128503182032582和^2231142以及其任何組合組成的組的至 少一種SNP基因型的所述身份來確定患有腎癌的患者對受體酪氨酸激酶抑制劑療法的敏感 性，其中所述敏感性選自嗜中性白細胞減少癥、腹瀉、腫瘤應答、毒性迫使的提前治療終止、 總體存活和無進展存活中的一種或多種。
[0025] 在一個實施方案中，癌癥可以選自由以下組成的組:腎癌、神經內分泌癌、乳腺癌、 前列腺癌、宮頸癌、卵巢癌、胃癌、結直腸癌、胰腺癌、肝癌、腦癌、肺癌、血液惡性腫瘤、黑色 素瘤和肉瘤。
[0026] 在另一個實施方案中，腎癌是轉移性腎細胞癌(mRCC)。在一些實施方案中，患者可 能摧患mRCC。或者，患者摧患mRCC并且經受受體酷氣酸激酶抑制劑治療。
[0027] 在一些實施方案中，生物樣品是從由以下組成的組中獲得:冷凍組織、組織活檢切 片、循環細胞、體液和臉頰拭子。
[0028] 生物樣品可以是非腫瘤性的或腫瘤性的。
[0029] 在一個實施方案中，體液可以選自由血液、唾液、腹水、滲出物和尿液組成的組。
[0030] 受體酪氨酸激酶抑制劑可以是受體酪氨酸激酶的多重激酶抑制劑，包括但不限于 舒尼替尼（sunitinib)、帕唑帕尼（pazopanib)、阿西替尼（axitinib)、索拉非尼 (sorafenib)、瑞格非尼(regorafenib)、替伏贊替尼(tivozantinib)或其組合。
[0031] 在一些實施方案中，患者是哺乳動物或人。人可以是亞洲人種或高加索人種或非 洲人種。
[0032]在另一個實施方案中，為了確定受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的腹瀉風險，所 述方法可以進一步包括：（a)篩選選自由rsll28503和rsl045642組成的組的至少一種SNP基 因型，和(b)基于步驟(a)中獲得的篩選結果來確定腹瀉風險。在一些實施方案中，在步驟 (b)中，關于rsll28503,相比于CT或TT基因型，CC基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間 的腹瀉風險可能更高。在一些實施方案中，在步驟(b)中，關于rsl045642,相比于CT或TT基 因型，CC基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的腹瀉風險可能更高。
[0033]在一些實施方案中，為了確定受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減 少癥風險，所述方法可以進一步包括：（a)篩選選自由rsl933437、rs2032582、rsl045642、 rsl 128503和rs2231142組成的組的至少一種SNP基因型，和(b)基于步驟(a)中獲得的篩選 結果來確定嗜中性白細胞減少癥風險。在步驟(b)中，關于rsl933437,相比于CC或CT基因 型，TT基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減少癥風險可能更高。在 步驟(b)中，關于rS2032582，相比于AT或GT或TT基因型，AA或AG或GG基因型在受體酪氨酸激 酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減少癥風險可能更高。在步驟(b)中，關于rsl045642,相 比于TT基因型，CC或CT基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減少癥風 險可能更高。在步驟(b)中，關于rsll28503,相比于TT基因型，CC或CT基因型在受體酪氨酸 激酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減少癥風險可能更高。在步驟(b)中，關于rs2231142， 相比于AA基因型，CC或AC基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減少癥 風險可能更高。在步驟(b)中，關于包括rsl045642、rs2032582和rsll28503的三種SNP，相比 于TTT/TTT基因型，在所有三個SNP位點處非為T等位基因純合性的等位基因組合在受體酪 氨酸激酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減少癥風險可能更高。
[0034]在一些實施方案中，為了確定受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的毒性迫使的提前 治療終止風險，所述方法可以進一步包括：（a)篩選rsll28503的SNP基因型，和(b)基于步驟 (a)中獲得的基因分型結果來確定毒性迫使的提前治療終止風險。
[0035] 在步驟(b)中，關于rsl 128503,相比于TT基因型，CC或CT基因型在受體酪氨酸激酶 抑制劑治療期間的毒性迫使的提如治療終止風險可能更尚。
[0036]在一些實施方案中，為了確定原發性腫瘤對受體酪氨酸激酶抑制劑治療的抗性的 風險，所述方法可以進一步包括：（a)篩選選自由rsl045642、rs2032582和rsll28503組成的 組的至少一種SNP基因型，和(b)基于步驟(a)中獲得的基因分型結果來確定原發性腫瘤對 受體酪氨酸激酶抑制劑治療的抗性的風險。
[0037] 在步驟(b)中，關于rs 1045642，相比于CC或CT基因型，TT基因型的原發性腫瘤對受 體酪氨酸激酶抑制劑治療的抗性的風險可能更高。
[0038] 在步驟(b)中，關于rS2032582，相比于AA或AG或GG或AT或GT基因型，TT基因型的原 發性腫瘤對受體酪氨酸激酶抑制劑治療的抗性的風險可能更高。
[0039] 在步驟（b)中，關于包括rsl045642、rs2032582和rsll28503的三種SNP，相比于在 所有三個SNP位點處非為T等位基因純合性的等位基因組合，TTT/TTT基因型的原發性腫瘤 對受體酪氨酸激酶抑制劑療法的抗性的風險可能更高。
[0040] 在一些實施方案中，為了確定受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的總體存活，所述 方法可以進一步包括：（a)篩選選自由rsl045642、rs2032582和rsll28503組成的組的至少 一種SNP基因型，和(b)基于步驟(a)中獲得的基因分型結果來確定總體存活。
[0041 ] 在步驟（b)中，關于包括rsl045642、rs2032582和rsll28503的三種SNP，相比于在 所有三種SNP處非為T等位基因純合性的等位基因組合，TTT/TTT基因型在受體酪氨酸激酶 抑制劑治療期間的總體存活可能更低。
[0042] 在一些實施方案中，為了確定受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的無進展存活，所 述方法可以進一步包括：（a)篩選選自由rsl045642、rs2032582和rsll28503組成的組的至 少一種SNP基因型，和(b)基于步驟(a)中獲得的基因分型結果來確定無進展存活。
[0043] 在步驟（b)中，關于這三種SNP基因型rsl045642、rs2032582和rsll28503,相比于 在所有三種SNP處非為T等位基因純合性的等位基因組合，TTT/TTT基因型在受體酪氨酸激 酶抑制劑治療期間的無進展存活可能更低。
[0044] 在另一方面，提供了如本文所述的方法用于鑒別用于患有腎癌的患者的最適當的 受體酪氨酸激酶抑制劑療法方案的用途。
[0045] 在另一方面，提供了用于根據如本文所述的方法使用的試劑盒，其包含用于篩選 所述核酸樣品以確定選自由 ^1933437、^1045642、^1128503、^2032582和^2231142以 及其任何組合組成的組的至少一種SNP基因型的身份的組分。
[0046] 實驗部分
[0047] 實施例1
[0048] 對用于在患有癌癥的患者中確定毒性、應答和存活的基因標記的評價
[0049] 材料和方法
[0050] 患者和治療
[0051 ] 在本回顧性研究中包括2006年到2014年于新加坡國立癌癥中心（National Cancer Centre Singapore)(NCCS)接受舒尼替尼的總共97名mRCC患者，該研究得到了機構 審查委員會（Institutional Review Board)(新加坡保健服務集團有限公司（Singapore Health Services))批準。大多數患者（79/97)接受每天37.5mg的開始劑量的舒尼替尼，持 續連續4周，之后是2周中斷。在以每天50mg起始時的舒尼替尼的早期使用中經常注意到嚴 重毒性到危及生命的毒性之后，NCCS將從每天50mg的藥物標簽推薦劑量的這一減量確定為 常規。本研究中的12名患者接受每天50mg的開始劑量。6名患者由于高齡或患者對預期毒性 的反感而以每天25mg開始。
[0052] 隨訪和數據收集
[0053] 由獨立的醫師在每個治療周期基于不良事件的通用術語標準（Common Terminology Criteria for Adverse Events) (CTCAE)3.0版和實體瘤應答評價標準 (Response Evaluation Criteria in Solid Tumors) (RECIST)標準 1.1版來評價舒尼替尼 毒性和腫瘤應答。在基線(在開始舒尼替尼之前）以及在每個周期中的以下兩個時間點進行 血清肌酸酐、總膽紅素、白蛋白、天冬氨酸轉氨酶、丙氨酸轉氨酶、血紅蛋白、白細胞和血小 板的實驗室評估以及粘膜炎、手足綜合征、疲勞和腹瀉的臨床檢查:在4周的每天舒尼替尼 之后以及在2周的無舒尼替尼停止之后(在開始下一個周期之前）。還收集患者特征，包括年 齡、性別、種族、體重和身高以及東部腫瘤協作組(Eastern Cooperative Oncology Group) (E⑶G)體能狀態。利用可用數據計算每名患者的紀念斯隆-凱特琳癌癥中心（Memorial Sloan-Kettering Cancer Center) (MSKCC)預后得分。在被用于統計學分析之前，所有收集 的數據均由第三方去識別化。隨訪期于2014年4月底結束。
[0054] 毒性定義
[0055] 分析的毒性包括白細胞減少癥、嗜中性白細胞減少癥、血小板減少癥、腹瀉、手足 綜合征和毒性迫使的提前治療終止。針對白細胞減少癥(<3000AiL)、嗜中性白細胞減少癥 (〈2000/^1^)、血小板減少癥(〈150000/^1^)、手足綜合征(記錄的身體檢查發現)和腹瀉(記錄 的患者陳述)評估來自電子醫療系統的血細胞計數和來自第一舒尼替尼周期的醫師筆記。 毒性迫使的提前治療終止被定義為基于在沒有進展性疾病的跡象的情況下的對無法忍受 的或危及生命的毒性的認識而中斷患者和醫師同意的第一或第二治療周期并且在患者隨 訪期間均無法重新開始治療。對于經歷2 2的任何毒性等級的患者來說，常常需要周期中 斷;在此類病例中，將出于安全和生活質量考慮施加有25%劑量降低的重新開始的治療。 [0056] 存活終點定義
[0057]無進展存活被定義為如果由于進展性疾病、毒性或死亡的放射跡象或臨床跡象而 終止舒尼替尼時從舒尼替尼起始日期到舒尼替尼終止日期的時間。總體存活被定義為被審 查病例的從舒尼替尼起始日期到死亡日期或到最后隨訪日期的時間。
[0058] 基因分型
[0059] 對4個基因中如表1中所列出的6種SNP進行基因分型:舒尼替尼靶標FLT3和VEGFR2 以及多藥外排體(multi-drug effluxer)ABCG2和ABCB1。基于在漢族中高于0.1的較小等位 基因頻率、先前報道的與舒尼替尼毒性的相關性(表2)以及在舒尼替尼藥物代謝動力學或 藥物效應動力學中的推測功能來選擇這些多態性。用于對SNP進行基因分型的引物和B頂缺 失提供于表3中。
[0060] 表1.經基因分型的多態性和等位基因頻率
[0061]
[0063]表2.對被選擇用于本研究的6種SNP的先前分析。
[0064]
[0066]表3.用于基因分型的引物
[0068]
[0069] 從外周血、來自腎切除術的良性腎的經福爾馬林固定的組織和永生化淋巴細胞獲 得種系DNA。在被用于DNA提取或細胞永生化之前，血液管和組織載片上的標簽由第三方去 識別化。通過對每個SNP的側翼區的PCR擴增，之后進行直接測序來進行基因分型。
[0070] 統計學分析
[0071 ] 首先使用單變量邏輯回歸（logistic regression)來分析基因型與毒性事件或應 答性腫瘤的相關性。使用多變量邏輯回歸進一步分析生成P〈〇. 20的基因型，包括作為共變 量的患者年齡、性別、基線EC0G狀態和開始劑量。借助于卡普蘭-梅爾(Kaplan-Meier)法來 估計無進展存活和總體存活，而使用雙尾對數秩檢驗來分析基因型和患者特征與PFS和0S 的相關性。然后使用多變量Cox回歸模型通過包括在單變量分析中P〈0.05的基因型和患者 特征來評價基因型對無進展存活和總體存活的影響。在無進展存活和總體存活分析中僅包 括舒尼替尼是用于mRCC的一線治療的那些患者。在所有分析中，除了用中值替代的基線 EC0G狀態以外，缺失數據均保持缺失。因為這被設計成對先前觀測到的相關性的驗證研究 而非探究性評價，所以不進行多重檢驗校正。
[0072] 結果
[0073] 患者特征和基因型頻率
[0074]本研究中所包括的97名患者的人口統計學和基線臨床特征列于表4中。6種SNP的 多態性頻率列于表1中。所有6種SNP均保持哈迪-溫伯格平衡（Hardy-Weinberg equi librium) (Ρ>0· 05)。在通過卡方檢驗確認ABCB13435C/T、ABCB1 1236C/T和ABCB1 2677G/TA的成對連鎖不平衡(在每對中，Ρ〈0.05)并且利用PLINK進行定相(phasing)后，單 倍型TTT是最常見的單倍型并且在51名患者中被發現，其中8名是純合型攜帶者。單倍型和 它們的頻率的完全列表提供于表5中。
[0075] 表4 ·患者人口統計學和基線特征(η = 97)
[0077]
[0078] 表5.在有假定相關性和無假定相關性的情況下估計的ABCB1單倍型頻率(n = 92)
[0079]
[0080] 基因型與毒性的相關性
[0081 ]針對遺傳標記與臨床結局之間的相關性的單變量和多變量邏輯回歸分析列于表6 中。值得注意的是，FLT3 738TT基因型與白細胞減少癥風險的8.0倍增加 (P = 0.03)和嗜中 性白細胞減少癥風險的2.7倍增加(？ = 0.04)相關<^8081 12361'等位基因與嗜中性白細胞 減少癥風險的3倍降低(P = 0.03)、腹瀉風險的25倍降低(P = 0.0005)和毒性迫使的提前治 療終止風險的10倍降低(P = 〇.〇4)相關。ABCB1 3435T等位基因與嗜中性白細胞減少癥風險 的10倍降低(P = 〇.〇l)和腹瀉風險的3倍降低(P = 0.02)相關。ABCB1 2677T等位基因與嗜中 性白細胞減少癥風險的3倍降低(P = 0.04)相關。ABCB13435、1236、2677TTT單倍型與嗜中性 白細胞減少癥風險的1 〇倍降低(P = 〇. 〇3)相關。ABCG2 421A等位基因與嗜中性白細胞減少 癥風險的3倍降低（P = 0.03)相關。沒有基因型與血小板減少癥或手足綜合征相關。 VEGFR21191C/T基因型與毒性終點不相關。
[0082]表6.與舒尼替尼的毒性相關的因素。僅列出了多變量0.05的那些。
[0086]
[0087] 基因型與腫瘤應答和患者存活的相關性
[0088] 被定義為作為觀測到的最佳應答的進展性疾病的基本舒尼替尼抗性在ABCB1 3435TT 基因型（P = 0.02)、ABCB1 2677TT 基因型（Ρ = 0·01)和 ABCB1 3435、1236、2677TTT 單 倍型(Ρ = 〇. 004)的攜帶者中更為常見(表7)。接受舒尼替尼作為一線療法的81名患者的中 值無進展存活是8.1個月并且中值總體存活是19.5個月。如表8中所示，在基于單變量？〈 0.05包含作為共變量的開始劑量后，ABCB1 3435、1236、2677ΤΤΤ單倍型與較低的無進展存 活(Ρ = 0.001)和總體存活(Ρ = 0.005)相關。描繪相關性的存活曲線提供于圖1中。
[0089] 表7.與舒尼替尼的臨床益處相關的因素（最佳應答是部分應答或穩定疾病）（η = 90)。僅列出了多變量PS 0.05的那些。
[0090]
[0091]
[0092] 表8.接受舒尼替尼作為一線治療的mRCC患者中的存活分析(n = 81)。僅列出了多 變量PS 0.05的那些。
[0093]
【主權項】
1. 一種用于確定患有癌癥的患者對受體酪氨酸激酶抑制劑療法的敏感性的方法，其包 括 a) 從自所述患者獲得的生物樣品中分離核酸樣品； b) 篩選所述核酸樣品以確定選自由^1933437、^1045642、^1128503、^2032582和 rs2231142以及其任何組合組成的組的至少一種單核苷酸多態性(SNP)基因型的身份;和 c) 基于所述選自由 ^1933437、^1045642、^1128503、^2032582和^2231142以及其 任何組合組成的組的至少一種SNP基因型的身份來確定患有腎癌的患者對受體酪氨酸激酶 抑制劑療法的敏感性， 其中所述敏感性選自嗜中性白細胞減少癥、腹瀉、腫瘤應答、毒性迫使的提前治療終 止、總體存活和無進展存活中的一種或多種。2. 根據權利要求1所述的方法，其中所述癌癥是腎癌、神經內分泌癌、乳腺癌、前列腺 癌、宮頸癌、卵巢癌、胃癌、結直腸癌、胰腺癌、肝癌、腦癌、肺癌、血液惡性腫瘤、黑色素瘤和 肉瘤。3. 根據權利要求2所述的方法，其中所述腎癌是轉移性腎細胞癌(mRCC)。4. 根據權利要求2所述的方法，其中所述患者罹患mRCC或其中所述患者罹患mRCC并且 經受受體酪氨酸激酶抑制劑治療。5. 根據權利要求1所述的方法，其中所述生物樣品從由以下組成的組中獲得:冷凍組 織、組織活檢切片、循環細胞、體液和臉頰拭子。6. 根據權利要求5所述的方法，其中所述生物樣品是非腫瘤性的。7. 根據權利要求5所述的方法，其中所述生物樣品是腫瘤性的。8. 根據權利要求4所述的方法，其中所述體液選自由血液、唾液、腹水、滲出物和尿液組 成的組。9. 根據權利要求1所述的方法，其中所述受體酪氨酸激酶抑制劑是受體酪氨酸激酶的 多重激酶抑制劑，包括但不限于舒尼替尼、帕唑帕尼、阿西替尼、索拉非尼、瑞格非尼、替伏 贊替尼或其組合。10. 根據權利要求1所述的方法，其中所述患者是哺乳動物或人。11. 根據權利要求10所述的方法，其中所述人是亞洲人種或高加索人種或非洲人種。12. 根據權利要求1所述的方法，為了確定受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的腹瀉風 險，所述方法進一步包括：（a)篩選選自由rsll28503和rsl045642組成的組的至少一種SNP 基因型，和(b)基于步驟(a)中獲得的篩選結果來確定腹瀉風險。13. 根據權利要求12所述的方法，其中在步驟(b)中，關于rsll28503,相比于CT或TT基 因型，CC基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的腹瀉風險更高。14. 根據權利要求12所述的方法，其中在步驟(b)中，關于rsl045642,相比于CT或TT基 因型，CC基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的腹瀉風險更高。15. 根據權利要求1所述的方法，為了確定受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的嗜中性白 細胞減少癥風險，所述方法進一步包括：（a)篩選選自由rsl933437、rs2032582、rsl045642、 rsl 128503和rs2231142組成的組的至少一種SNP基因型，和(b)基于步驟(a)中獲得的篩選 結果來確定嗜中性白細胞減少癥風險。16. 根據權利要求15所述的方法，其中在步驟(b)中，關于rsl933437,相比于CC或CT基 因型，TT基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減少癥風險更高。17. 根據權利要求15所述的方法，其中在步驟(b)中，關于rs2032582,相比于AT或GT或 TT基因型，AA或AG或GG基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減少癥風 險更尚。18. 根據權利要求15所述的方法，其中在步驟(b)中，關于rsl045642,相比于TT基因型， CC或CT基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減少癥風險更高。19. 根據權利要求15所述的方法，其中在步驟(b)中，關于rsll28503,相比于TT基因型， CC或CT基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減少癥風險更高。20. 根據權利要求15所述的方法，其中在步驟(b)中，關于rs2231142,相比于AA基因型， CC或AC基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減少癥風險更高。21. 根據權利要求15所述的方法，其中在步驟(b)中，關于包括rsl045642、rs2032582和 rsll28503的三種SNP，相比于TTT/TTT基因型，在所有三個SNP位點處非為T等位基因純合性 的等位基因組合在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的嗜中性白細胞減少癥風險更高。22. 根據權利要求1所述的方法，為了確定受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的毒性迫使 的提前治療終止風險，所述方法包括：（a)篩選rsll28503的SNP基因型，和(b)基于步驟(a) 中獲得的基因分型結果來確定毒性迫使的提前治療終止風險。23. 根據權利要求22所述的方法，其中在步驟(b)中，關于rsll28503,相比于TT基因型， CC或CT基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的毒性迫使的提前治療終止風險更高。24. 根據權利要求1所述的方法，為了確定原發性腫瘤對受體酪氨酸激酶抑制劑治療的 抗性的風險，所述方法包括：（a)篩選選自由rsl045642、rs2032582和rsll28503組成的組的 至少一種SNP基因型，和(b)基于步驟(a)中獲得的基因分型結果來確定原發性腫瘤對受體 酪氨酸激酶抑制劑治療的抗性的風險。25. 根據權利要求24所述的方法，其中在步驟(b)中，關于rsl045642,相比于CC或CT基 因型，TT基因型的原發性腫瘤對受體酪氨酸激酶抑制劑治療的抗性的風險更高。26. 根據權利要求24所述的方法，其中在步驟(b)中，關于rs2032582,相比于AA或AG或 GG或AT或GT基因型，TT基因型的原發性腫瘤對受體酪氨酸激酶抑制劑治療的抗性的風險更 尚。27. 根據權利要求24所述的方法，其中在步驟(b)中，關于包括rsl045642、rs2032582和 rsll28503的三種SNP，相比于在所有三個SNP位點處非為T等位基因純合性的等位基因組 合，TTT/TTT基因型的原發性腫瘤對受體酪氨酸激酶抑制劑療法的抗性的風險更高。28. 根據權利要求1所述的方法，為了確定受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的總體存 活，所述方法包括：（a)篩選選自由rsl045642、rs2032582和rsll28503組成的組的至少一種 SNP基因型，和(b)基于步驟(a)中獲得的基因分型結果來確定總體存活。29. 根據權利要求28所述的方法，其中在步驟(b)中，關于包括rsl045642、rs2032582和 rs 1128503的三種SNP，相比于在所有三種SNP處非為T等位基因純合性的等位基因組合， TTT/TTT基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的總體存活更低。30. 根據權利要求1所述的方法，為了確定受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的無進展存 活，所述方法包括：（a)篩選選自由rsl045642、rs2032582和rsll28503組成的組的至少一種 SNP基因型，和(b)基于步驟(a)中獲得的基因分型結果來確定無進展存活。31. 根據權利要求30所述的方法，其中在步驟(b)中，關于三種SNP基因型rsl045642、 rs2032582和rsl 128503,相比于在所有三種SNP處非為T等位基因純合性的等位基因組合， TTT/TTT基因型在受體酪氨酸激酶抑制劑治療期間的無進展存活更低。32. 根據權利要求1所述的方法用于鑒別用于患有腎癌的患者的最適當的受體酪氨酸 激酶抑制劑療法方案的用途。33. -種用于根據權利要求1所述的方法使用的試劑盒，其包含用于篩選所述核酸樣品 以確定選自由 ^1933437、^1045642、^1128503、^2032582和^2231142以及其任何組合 組成的組的至少一種SNP基因型的身份的組分。
【文檔編號】C12Q1/68GK105917000SQ201480066303
【公開日】2016年8月31日
【申請日】2014年10月3日
【發明人】陳民漢, 朱盈霞, 賴勁豪, 陳佩云
【申請人】新加坡科技研究局, 新加坡保健集團