況是指RNA的質量或RNA的完整性。RNA的穩定性和質量可基于以下評估:mRNA靶的定 量RT-PCR擴增;28s: 18s核糖體RNA (rRNA)的比率,其折中(compromise)總細胞RNA的 量,和Agilent 2100 Bioanalyzer上的RIN分析。如所指出的,RNA質量作為28S與18S核 糖體RNA強度值的比率測定,其中該比率通過經由所提取rRNA的凝膠電泳接著溴化乙錠染 色獲得28S和18S rRNA的強度計算。高質量細胞RNA -般顯示大于1的28s: 18s rRNA比 率。此外,高質量細胞RNA支持低豐度和大(例如,大于1 kB) mRNA二者的有效擴增。為 方便起見,rRNA信號強度和28s: 18s rRNA的比率經常用于通過凝膠電泳快速篩查和鑒定 具有強健RNA儲存性質的樣品。
[0042] 如所指出的,在一個實施方案中,RNA質量經由所提取RNA的毛細管電泳通過生物 分析儀測定。照例,RNA質量作為RIN定量,其中RIN通過所提取RNA中存在的各種RNA的 量的算法評估計算。高質量的細胞RNA -般顯示接近10的RIN值。在一個或多個實施方 案中,從干燥基質提取的RNA具有至少4的RIN值。在一些實施方案中,所述基質提供生物 樣品的環境提取和穩定并且產生RIN值在4-10范圍內的完整、高質量的RNA,或在一個實施 方案中,RIN值在5-8的范圍內。
[0043]用于從樣品提取和儲存核酸的方法的一個實例包括以下步驟:將樣品提供至包含 蛋白變性劑和酸或酸-滴定的緩沖試劑的固體基質上,當用樣品或任何外部加入的液體水 化固體基質時產生酸性pH用于從樣品提取核酸,干燥包含所提取的核酸的基質,和在環境 溫度下以基本上干燥的狀態在基質上儲存提取的核酸。術語"提供樣品"的非限制性實例 包括,使用吸量管、導管、注射器或管道將樣品施用于提取基質上或將樣品布置在提取基質 上。樣品可請到在基質上。
[0044] 所述方法包括在環境溫度時以干燥狀態在基質上儲存提取的核酸。在一些實施方 案中,核酸可儲存超過一個月的時期。在一些實施方案中,核酸可儲存超過六個月的時期。 由于RNA -般易于降解,使用該基質提取和保存RNA是有用的并且可進一步用于各種下游 應用。
[0045] 所述方法的一個或多個實施方案包括通過固相提取技術從基質回收核酸。在一個 或多個實施方案中,通過在水溶液、緩沖劑或有機溶液中再水化基質從固體基質回收核酸, 并且其中所述核酸經受進一步的分析。可采用導致核酸,特別地RNA從樣品(例如,未純化 的生物樣品)提取的任何方法。上述方法可任選包括在從固體基質回收核酸用于進一步分 析之前洗滌基質的步驟。例如,基質可用合適的緩沖劑或水洗滌一次或多次,然后回收核 酸。可通過在水溶液、如上所定義的緩沖溶液或有機溶液中再水化固體基質(例如,纖維素 紙)回收核酸。在一些實施方案中,通過電洗脫從固體基質回收核酸。
[0046] 在一個實施方案中,用于提取和保存核酸(例如,RNA、DNA或其組合)的方法包括 以下步驟:提供固體基質,其中組合物包含以干燥形式摻入在固體基質中的至少一種蛋白 變性劑、酸或酸-滴定的緩沖試劑和任選自由基清除劑;將樣品(例如,生物樣品)施用于 固體基質以在酸性pH下提取核酸;干燥固體基質;和在環境溫度下以基本上干燥的狀態在 固體基質上儲存核酸。
[0047] 在所述方法的某些實施例中,基質允許在環境溫度下以干燥形式(例如,在固體 基質上)儲存核酸,特別地眾所周知對于儲存是不穩定生物分子的RNA。該方法中利用的樣 品包括,但不限于,生物樣品例如從任何生物體包括人獲得的血液、血清、組織和唾液。 實施例
[0048] 試劑:31_ETF來自 GE Healthcare。TCEP來自 Soltec Bio Science (Beverly ΜΑ, USA),MOPS 購自 Aldrich (MO, USA)。
[0049] 實施例1通討氣化TCEP制備TCEP-0 將TCEP氧化為TCEP-0以分析還原活性對干燥生物樣品中RNA保存的貢獻。將約1克 TCEP溶解在25mL 30%的過氧化氫中并使用氫氧化鈉將溶液pH調節至8. 0。孵育該反應混 合物3小時以完成氧化反應并在烘箱中干燥產物用于后續分析。P31 NMR證實了與TCEP參 考物相比反應產物中TCEP的喪失。在抗氧化劑THQ的存在下重復該氧化反應,結果相似。 結果在圖1中列出。
[0050] 實施例2涂漬TCEP-0的干燥基質卜.還原活件的喪失的確認 使用簡單浸涂過程在包含TCEP或TCEP-0的溶液中制備紙樣品。簡言之,如表1中所 述制備涂漬溶液。由于對照樣品,25-1,導致具有pH 3. 5的終溶液,用HC1將所有其它樣品 調節至pH 3. 5。將31-ETF纖維素紙浸泡在每種涂漬溶液中,并在完全飽和后,使紙通過乳 輥以去除過剩的溶液。然后在烘箱中干燥紙樣品,與干燥劑一起包裝在Mylar箱袋中,并在 4°C下儲存直至使用。
[0051] 表1包含TCEP或TCEP-0的紙樣品的制備
樣品制備之后,使用DTNB比色測定法分析紙的還原活性。從在水中的2.5 mM原液在 PBS中制備1 mM的DTNB工作液。從表1中所述的每種紙上挖去(cored)樣品沖孔(punch) (直徑3 mm),浸入5 mL DTNB工作液中,并搖動30分鐘。然后通過412 nm處的UV吸光度 測量所得溶液中的TNB (硫雙-(2-硝基苯甲酸),其在圖2中列出。包含TCEP-0的樣品 25-3和27-6顯示無 DTNB還原為TNB,表明還原力喪失。包含TCEP的樣品25-1和27-5通 過使用DTNB比色測定法將DTNB轉化為TNB顯示強還原活性。這些結果確認了先前實施例 1中的NMR分析。
[0052] 實施例3來自干燥血斑的疋財if廬分I 用全血在如表1中所述的實施例2的樣品上點斑,檢驗室溫下穩定RNA的能力。從檢驗 動物的尾靜脈收集50 μ L大鼠全血并在樣品25-1、25-3、27-5和27-6上點斑。將血斑空氣 干燥并在受控的濕度(~20% RH)下環境室溫儲存5天(25-1、25-3)或12天(27-5、27-6)。 RNA使用用β -疏基乙醇強化的RLT裂解緩沖劑(Qiagen)從7 mm的中心沖孔(center punch)提取,并使用常規二氧化娃-膜離心柱按照本領域已知的方案(例如Qiagen QIAamp RNA血液試劑盒)純化。用無核酸酶的水從離心柱洗脫純化的RNA,并使用RNA 6000 Pico Lab Chips在Agilent 2100 Bioanalyzer上測量每個樣品的RIN。按照慣例,RIN > 6指 示高質量的RNA并且為定量下游分析例如RT-PCR或微陣列應用所高度期需的。
[0053] 如所指出的,對于表1中列出的每種組合物使用RNA 6000 Pico Lab Chips通過 Agilent 2100 Bioanalyzer測定RIN值,數據在圖3中示出。出乎意料地包含TCEP-0的樣 品提供與包含TCEP的那些相當的RNA完整性。TCEP存在下(樣品25-U27-5)的RIN分值 僅輕微高于完全氧化的TCEP (樣品25-3、27-6)的RIN分值。該現象可能依賴于酸性pH,因 為所有樣品均從滴定至終pH為3. 5的涂漬溶液制備,以便復制包含TCEP-HC1的對照配方, 25-1,的天然pH終點。
[0054] 實施例\處于酸件或堿件?Η譜的備詵化學品的基質制備 設計實施例4以調查酸、抗氧化劑、離液鹽、去污劑和焦磷酸鹽或多磷酸鹽的不同混合 物在不同溶液pH時的作用。使用上述簡單浸涂過程制備紙樣品。簡言之,如表1I中所述 制備涂漬溶液。將31-ETF纖維素紙浸入各涂漬溶液中,完全飽和后使紙通過乳輥以去除過 剩的溶液。然后在烘箱中干燥紙樣品并與干燥劑一起包裝在Mylar箱袋中直至使用。
[0055] 表1I處于酸性或堿性pH譜的紙樣品的制備:廣
實施例5來自備詵化學品l·.的干燥_.斑的RNA穩定件分析 用全血在如表1I和表1II中所述的實施例4的樣品上點斑,檢驗在環境溫度下穩定 RNA的能力。從檢驗動物的尾靜脈收集50 μ L大鼠全血并直接在紙樣品上點斑。將血斑干 燥并在環境溫度但在受控的濕度(~20% RH)下儲存5、6或12天環境溫度。將RNA從7 _ 中心沖孔提取進入裂解緩沖液并通過二氧化硅-膜離心柱按照本領域已知的方案純化。純 化和洗脫后,使用 RNA 6000 Pico Lab Chips 在 Agilent 2100 Bioanalyzer 上測量 RIN〇 RIN > 6意味著高質量的RNA并且為定量下游分析例如RT-PCR或微陣列應用所期需