流式液相芯片急性高原病脯氨酰羥化酶基因rs480902位點檢測試劑盒的制作方法
【技術領域】
[0001] 本發明涉及人類基因診斷試劑盒，采用流式熒光雜交法定性檢測急性高原病易感 基因中的SNP位點。適用于臨床急性高原病易感基因的預測診斷，還可用于高原適應人群 和AMS患者基因組檢測。
【背景技術】
[0002] 青藏高原地域遼闊、物產豐富，蘊含著巨大的經濟發展潛力；青藏高原地處祖國西 南邊睡，是重要的天然屏障，軍事地理位置重要。但高原自然生存環境惡劣，在海拔3000 米高原，大氣壓降至537mmHg，僅為海平面的70%，大氣氧分壓為103mmHg，肺泡氣氧分壓為 62mmHg，高原缺氧導致機體勞動能力明顯降低，在海拔4500米地區，人的體力只有平原的 60%。高原特殊的環境因素可導致高原病的發生，急性高原病（Acutemountainsiekness AMS)最為常見，危害也最大。流行病學調查顯示，AMS多發生于海拔2500米以上的高原，而 我國海拔3000米以上的高原就占國土面積的1/6,常住人口約6000多萬。目前AMS已經成 為我國高原地區的重大公共衛生問題，嚴重阻礙著當地經濟、社會及各項事業的發展。由于 AMS發展迅速，后果嚴重，目前又缺乏非常有效的治療措施，因此，尋找有效的預防措施顯得 尤為迫切。AMS是一種多基因疾病，是高原低氧的環境因素和許多微效致病基因共同作用的 結果。大量研究表明，誘導AMS形成的易感基因產物在AMS患者和高原習服人群之間的表 達存在顯著性差異。如果在進入高原之前，通過遺傳標記的檢測，將攜帶這種易感基因型的 個體篩檢出來，避免其暴露于高原低氧環境，就能有效預防AMS的發生。但現有的實驗室檢 測方法均不能進行易感基因型檢測。總之，研發急性高原病易感基因的預測診斷試劑盒仍 然是人們面對的挑戰之一。
[0003] 流式液相芯片技術又稱流式熒光技術或懸浮陣列流式熒光技術，其原理是將熒光 標記后的單細胞(或顆粒）懸液隨鞘液進入流動室，壓力迫使鞘液包裹的液滴包含單一細胞 或顆粒垂直通過檢測區。熒光標記的細胞或顆粒在激光激發下發出熒光，根據其本身標記 的熒光和激發后發出的熒光綜合分析進行檢測。其在小樣本、高通量、操作簡便、快速準確、 敏感度、特異度高等方面優于傳統的分析方法，而且其所有反應均在液相中進行，保持天然 構象，有利于探針和待測物充分反應，目前已廣泛用于各類核酸及蛋白檢測，如基因分型、 抗原/抗體檢測、感染性疾病診斷等，其中HPV檢測及分型試劑盒、呼吸道病毒檢測試劑盒、 細胞因子檢測試劑盒、腫瘤標志物檢測試劑盒等已經在美國和中國經FDA及SFDA批準用于 臨床檢測。
【發明內容】
[0004] 本發明的目的主要是提供一種高特異度、靈敏度，且具有同時檢測多個樣本、多個 指標能力的試劑盒。
[0005] 本發明通過下述技術方案實現： 流式液相芯片急性高原病脯氨酰羥化酶基因rs480902位點檢測試劑盒，該試劑盒包 含特異性熒光微球交聯探針微球雜交液、特異性PCR引物混合液、預混液、藻紅蛋白熒光標 記鏈霉親和素（SA-PE); 其中，特異性熒光微球交聯探針及特異性PCR引物和探針序列如下： E-F5-2 :5'-CAAGTGATCTCCCAGTGACTCTT-3' E-F6-2 :5'-CAAGTGATCTCCCAGTGACTCTC-3' ； E-R3 :5,-GCAAAGTCAGAAAGCGGTG-3，； E-P0707 :5'-GGACCTTAGACCAGCACTTCT-3' 。
[0006] 進一步地，所述預混液由 4XBuffer、dNTPs、TaqPolymerase組成。
[0007] 具體地，預混液的用量為：10μ1，特異性PCR引物混合液的用量為：2μ1。
[0008] 另外，所述試劑盒還包含ddH20。具體地，ddH20的用量為：6μ1。在進行檢測時， 待檢DNA的用量為：2μ1。
[0009] 此外，所述特異性熒光微球交聯探針微球雜交液是由探針Ε-Ρ0707與22號熒光微 球耦聯、ΤΕ緩沖液及四甲基氯化氨雜交緩沖液制備。
[0010] 上述試劑盒在實際使用過程中的PCR反應條件為：首先熱啟動95°ClOmin，然后進 入35個循環；94°C變性30s，64°C退火30s，72°C延伸30s;循環結束后72°C延伸lOmin。
[0011] 取PCR產物3μ1與22μ1微球雜交液混合，95 °C變性5min，48 °C雜交30min 后，加入SA-PE75μ1，48 °C溫育15min。使用Luminex200流式熒光分析儀檢測雜交產 物。
[0012] 本發明具有以下優點及有益效果： 本發明的試劑盒具有高特異度、靈敏度，而且具有同時檢測多個樣本、多個指標的能 力，可以用于臨床急性高原病（AMS)重點易感基因的檢測診斷，還可應用于應對批量需要急 進高原的人群，短時間內進行檢測并分型。
【附圖說明】
[0013] 圖1為1號標本EGLN1位點測序結果。
[0014] 圖2為2號標本EGLN1位點測序結果。
[0015] 圖3為3號標本EGLN1位點測序結果。
[0016] 圖4為4號標本EGLN1位點測序結果。
【具體實施方式】
[0017] 下面結合實施例對本發明做進一步的說明，但本發明的實施方式并不限于此。 實施例
[0018] 急性高原病（AMS)易感基因SNP位點的選擇： 使用NCBI核酸數據庫公開信息及文獻調研，篩選高原急性不適易感靶基因及位點，通 過生物信息學比對研究，篩選急性高原病（AMS)易感基因，對選取的AMS易感基因SNP位點 的序列號查詢和基因組序列下載。SNP位點的選擇原則：該位點盡量位于基因編碼區、調控 區等蛋白活性關系密切的區域，各SNP位點基因頻率分布資料均來自中國漢族人群。根據 SNP位點選擇原則，選定1個易感基因的1個SNP位點。所選SNP位點為：脯氨酰羥化酶 (EGLN1)基因：rs480902。
[0019] 通過對SNP位點的選擇，本申請研究出了以下試劑盒： 該試劑盒包含特異性熒光微球交聯探針微球雜交液、特異性PCR引物混合液、預混液、 藻紅蛋白熒光標記鏈霉親和素。
[0020] 所述預混液由4X Buffer、dNTPs、Taq Polymerase組成。該預混液可從市面上直 接購買。
[0021] 所述特異性熒光微球交聯探針微球雜交液是由探針（E-P0707號）與22號熒光微 球耦聯、TE緩沖液及170μ1四甲基氯化氨（TMAC)雜交緩沖液制備。其具體的制備方法 和采用的其他原料均是現有技術，本發明僅是采用了不同的探針和熒光微球，然后制備方 法是現有的。
[0022] 上述特異性熒光微球交聯探針及特異性PCR引物和探針序列如下： E-F5-2 :5'-CAAGTGATCTCCCAGTGACTCTT-3' E-F6-2:5'-CAAGTGATCTCCCAGTGACTCTC-3'； E-R3 :5,-GCAAAGTCAGAAAGCGGTG-3，； Ε-Ρ0707:5'-GGACCTTAGACCAGCACTTCT-3'。
[0023] 具體地，試劑盒中的預混液用量為：10μ1，特異性PCR引物混合液用量為：2μ1。
[0024] 另外，所述試劑盒還包含ddH20。具體地，ddH20的用量為：6μ1。在進行檢測時， 待檢DNA的用量為：2μ1。也就是說本申請試劑盒的PCR反應體系的總體積為20μ1。
[0025] 然而，PCR反應條件為：首先熱啟動95°ClOmin，然后進入35個循環；94°C變性 30s，64°C退火30s，72°C延伸30s;循環結束后72°C延伸lOmin。雜交反應條件為取PCR產 物3μL與22μL微球雜交液混合，95 °C變性5min，48 °C雜交30min后，加入SA-PE75 μ1，48 °C溫育 15min。
[0026] 本發明的試劑盒使用時，引物對為兩對：①E-F5-2\E-R3,②E-F6\E-R3。采用 Luminex200流式焚光檢測儀進行檢測。
[0027] 本發明的臨床驗證： 采集2015年1月西藏某醫院收治的3例臨床診斷為急性高原病的患者全血，提取DNA采用AMS易感基因流式液相芯片檢測并分型。通過擴增、雜交并用LumineX200流式熒光檢 測儀檢測，檢測結果如表1。
[0028] 表1急性高原病的患者流失液相芯片檢測結果
結果表明，如果只有引物對①或引物對②的產物雜交結果是陽性(MFI> 500)，則判定 為純合突變，SNP類型為引物對①或引物對②帶有的堿基類型。如果引物對①和引物對② 的產物雜交結果都呈陽性，則判定為雜合突變。
[0029] 檢測后將基因組DNA進行測序驗證結果(華大基因），測序結果見圖1~4。病例標 本編號為：1、2、3、4,測序結果與本發明檢測結果完全吻合。
[0030] 4例急性高原病的患者標本中，EGLN1 (rs480902)突變4例；其中編號1的病例 為雜合突變，編號2為純合突變C，編號3的病例為雜合突變，編號4的病例為純合C突變。 說明該方法與臨床診斷一致性非常好。
【主權項】
1. 流式液相芯片急性高原病脯氨酰羥化酶基因rs480902位點檢測試劑盒，其特征在 于，該試劑盒包含特異性熒光微球交聯探針微球雜交液、特異性PCR引物混合液、預混液、 澡紅蛋白9?光標記鏈霉未和素； 其中，特異性熒光微球交聯探針及特異性PCR引物和探針序列如下： E-F5-2 :5'-CAAGTGATCTCCCAGTGACTCTT-3' E-F6-2 :5'-CAAGTGATCTCCCAGTGACTCTC-3'； E-R3 :5,-GCAAAGTCAGAAAGCGGTG-3，； E-P0707:5'-GGACCTTAGACCAGCACTTCT-3' 。2. 根據權利要求1所述的流式液相芯片急性高原病脯氨酰羥化酶基因rs480902位點 檢測試劑盒，其特征在于，預混液的用量為：1〇μ1，特異性PCR引物混合液的用量為：2μ1。3. 根據權利要求1或2所述的流式液相芯片急性高原病脯氨酰羥化酶基因rs480902 位點檢測試劑盒，其特征在于，所述試劑盒還包含ddH20。4. 根據權利要求3所述的流式液相芯片急性高原病脯氨酰羥化酶基因rs480902位點 檢測試劑盒，其特征在于，ddH20的用量為：6μ1。5.根據權利要求1所述的流式液相芯片急性高原病脯氨酰羥化酶基因rs480902位點 檢測試劑盒，其特征在于，所述特異性熒光微球交聯探針微球雜交液是由探針E-P0707與 22號熒光微球耦聯、TE緩沖液及四甲基氯化氨雜交緩沖液制備。
【專利摘要】本發明公開了一種流式液相芯片急性高原病脯氨酰羥化酶基因rs480902位點檢測試劑盒，該試劑盒包含特異性熒光微球交聯探針微球雜交液、特異性PCR引物混合液、預混液、藻紅蛋白熒光標記鏈霉親和素。本發明的試劑盒具有高特異度、靈敏度，而且具有同時檢測多個樣本、多個指標的能力，可以用于臨床急性高原病（AMS）重點易感基因的檢測診斷，還可應用于應對批量需要急進高原的人群，短時間內進行檢測并分型。
【IPC分類】C12Q1/68
【公開號】CN105296631
【申請號】CN201510743104
【發明人】熊怡淞, 秦燕, 吳艾霖, 劉毓剛, 肖毅
【申請人】吳艾霖
【公開日】2016年2月3日
【申請日】2015年11月4日