用于小鼠近交系鑒定的snp標記、引物對及其應用
【技術領域】
[0001] 本發明涉及利用全基因組生物信息分析技術優勢，并用PCR擴增及sanger測序驗 證SNP標記，并采用質譜技術和SNP標記對生產單位小鼠近交系進行檢測鑒定的應用，特別 涉及用于小鼠近交系鑒定的SNP標記、引物對及其應用。
【背景技術】
[0002] 目前國內生物醫藥產業迅猛發展，實驗動物作為生物醫藥產業的重要支撐條件及 生命科學研宄的重要材料，其質量直接關系到實驗結果的可靠性和真實性。實驗動物的遺 傳質量是實驗動物質量好壞的重要因素之一，只有應用遺傳特性穩定的實驗動物才能保證 生物醫學研宄結果具有可比性及實驗結果的可靠性。因此，實驗動物質量標準化，尤其遺傳 質量的標準化將直接影響生物醫藥的研發水平。但由于缺乏統一的、標準化的遺傳質量控 制標準，實驗動物的遺傳質量監控也漸漸成為其生產應用中較突出的問題。就目前情況而 言，篩查到國內外廣泛認可的有效遺傳標記是實現實驗動物遺傳質量監測技術突破的有途 徑之一。
[0003] 目前，我國實驗動物遺傳監測主要推行國家標準（GB 14923-2010)，主要采取形態 學（毛色基因測試法）、數量遺傳學（下頒骨測定法）、免疫標記基因檢測法（皮膚移植法） 以及生化標記基因檢測法等。這些方法各有優勢，而且在實驗動物的繁殖生產和日常監測 管理工作中仍有至關重要的使用價值，但隨著實驗動物科學和分子生物學的飛速發展，傳 統的檢測方法包括國標力推的生化標記基因檢測法、皮膚移植法和免疫學檢測法已不能完 全適應多種品系實驗動物的遺傳監測工作。
[0004] 隨著DNA指紋技術、隨機擴增多態性（RAPD)、微衛星和單核苷酸多態性（SNP)等一 系列分子遺傳標記的發現，微衛星和SNP脫穎而出已經大量應用于實驗動物的遺傳檢測。 SNP標記是繼生化標記和RAPD遺傳標記之后的第三代DNA分子標記。具有以下顯著的優 點：1)相對于生化法和免疫學方法能夠鑒別那些本身很難鑒別的一些同基因型和同源品 系；2) SNP檢測方法比生化法方便的重要優點是不需處死動物，所有基因純度在其生產下 一代之前就得到了保證；3) SNP檢測法可達到高通量、低成本及自動化，能夠滿足大規模的 檢測需求。因此，實驗動物SNP標記在國內擁有較大的研宄潛質和應用價值。
[0005] 2002年，國際小鼠基因組測序聯盟完成了經典的實驗室品系C57BL/6J(B6)的全 測序。同年，Celera公司也完成了另外三個近交系的全序列草圖。由于SNP與微衛星數量 龐大，高通量的基因分型能降低成本，故著名的實驗動物公司都已使用SNP進行遺傳檢測。 對于遺傳質量檢測并沒有統一的標準，其位點組合和數量是根據需要和各公司的實際情況 決定的。國際上知名實驗動物供應商，Jackson Laboratory (JAX)，提供2000個SNP評估芯 片，并采用28個SNP位點對幾十種小鼠近交系進行遺傳檢測。
【發明內容】
[0006] 為了克服現有技術的缺點與不足，本發明的目的在于提供一種用于小鼠近交系鑒 定的SNP標記。檢測SNP位點多則成本高，并且國內常用小鼠品系大約10來種，因此，本發 明旨在利用已有近交系小鼠 SNP數據庫篩出少數幾個能分離鑒定國內常用小鼠近交系的 SNP標記，以達到快速初篩和降低檢測成本的目的。
[0007] 本發明的另一目的在于提供用于小鼠近交系鑒定的引物對。提供的引物對共7 對；且每對引物擴增出的序列都含有一個特定的SNP標記。引物的應用可達到快速初篩和 降低檢測成本的目的，從而促進近交系小鼠遺傳質量監測標準化進程。
[0008] 本發明的另一目的在于提供所述的SNP標記的應用。
[0009] 本發明的再一目的在于提供所述的引物對的應用。
[0010] 本發明的目的通過下述技術方案實現：
[0011] 本發明首先對NCBI小鼠近交系SNP數據庫進行篩查，篩出7個SNP位點，并設計 引物，用設計的7對引物PCR擴增129、C3H、BALB、C57BL、CBA、DBA、FVB和ICR這8個小鼠 近交系的基因組序列，然后sanger測序，得到DNA片段序列，并驗證7個SNP位點，最后采 用質譜的方法對國內常用的小鼠近交系這7個位點進行檢測，確定7個SNP的可應用性。
[0012] 所述的 7 個 SNP 位點為 SNPI、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6 和 SNP7。
[0013] 所述的SNPl表示該SNP位點位于SEQ ID NO : 15所示的核苷酸序列的第91位，并 且該位置處核苷酸序列為簡并堿基K (G/T);
[0014] 所述的SNP2表示該SNP位點位于SEQ ID NO : 16所示的核苷酸序列的第196位， 并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基M(A/C);
[0015] 所述的SNP3表示該SNP位點位于SEQ ID NO :17所示的核苷酸序列的第112位， 并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基R(A/G);
[0016] 所述的SNP4表示該SNP位點位于SEQ ID NO :18所示的核苷酸序列的第294位， 并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基Y (C/T);
[0017] 所述的SNP5表示該SNP位點位于SEQ ID NO : 19所示的核苷酸序列的第188位， 并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基R(A/G);
[0018] 所述的SNP6表示該SNP位點位于SEQ ID NO :20所示的核苷酸序列的第244位， 并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基Y (C/T);
[0019] 所述的SNP7表示該SNP位點位于SEQ ID NO :21所示的核苷酸序列的第217位， 并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基Y (C/T);
[0020] 所述的引物對共7對，序列如SEQ ID NO :1~SEQ ID NO :14所示。
[0021] 所述的DNA片段，序列如SEQ ID NO : 15~SEQ ID NO :21所示。
[0022] 所述的7個SNP位點可應用于國內常用小鼠近交系的鑒定。
[0023] 所述的引物對可應用于國內常用小鼠近交系的鑒定。
[0024] 所述的7個SNP位點在制備試劑盒或檢測方法中的應用；所述試劑盒或檢測方法 的用途為小鼠近交系鑒定或物種鑒定。
[0025] 所述的引物對在制備試劑盒或檢測方法中的應用；所述試劑盒或檢測方法的用途 為小鼠近交系鑒定或物種鑒定。
[0026] 所述的DNA片段在輔助進行小鼠近交系或物種鑒定中的應用。
[0027] 本發明相對于現有技術，具有如下的優點及效果：
[0028] (1)本發明采用生物信息技術優勢開發出少數幾個能用于國內常用近交系小鼠鑒 定SNP標記，SNP標記的應用可大大降低近交系小鼠鑒定的成本和簡化操作，促進近交系小 鼠遺傳質量監測標準化和進程化。
[0029] (2)本發明提供的7對引物對，每對引物擴增出的序列都含有一個特定的SNP標 記；引物的應用可達到快速初篩和降低檢測成本的目的，從而促進近交系小鼠遺傳質量監 測標準化進程。
【具體實施方式】
[0030] 下面結合實施例對本發明作進一步詳細的描述，但本發明的實施方式不限于此。
[0031] 實施例1
[0032] 1、實驗動物樣本
[0033] 小鼠近交系：129、C3H、BALB、C57BL、CBA、DBA、FVB、ICR。
[0034] 2、動物組織來源：廣東省實驗動物監測所、暨南大學和南方醫科大學等。
[0035] 3、目標SNP的篩選
[0036] 利用 https://www. ncbi. nlm. nih. gov/snp/ ? term = mouse 數據庫結合相關文 獻報道，篩出7個SNP位點。詳細見表1。
[0037] 表1 SNP標記及在每個小鼠近交系中的基因型
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[0039] 4、引物設計
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