一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的SNP位點組合

本發明屬于生物檢測，公開了一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點組合。

背景技術：

1、在畜牧業領域，隨著消費者對高品質、特色化畜產品需求的增加，動物品種的準確鑒定成為了提升畜產品質量、保護地方種質資源及促進畜牧業可持續發展的重要環節。塔什庫爾干羊，作為新疆塔什庫爾干塔吉克自治縣獨有的地方優良品種，以其獨特的生長環境適應性、肉質鮮美及優良的遺傳特性而聞名，深受市場青睞。然而，傳統上依賴于形態特征、生產性能及血緣譜系的鑒定方法，不僅耗時費力，且易受主觀因素及環境因素干擾，難以實現快速、準確的品種鑒定。

2、近年來，隨著分子生物學技術的飛速發展，特別是單核苷酸多態性(snp)標記的發現與應用，為動物品種鑒定提供了一種高效、精確的新途徑。snp作為基因組中最常見的遺傳變異形式，具有數量多、分布廣、遺傳穩定性高等特點，通過特定snp位點的組合分析，可以實現對動物品種的快速、準確識別。針對塔什庫爾干羊這一珍稀品種，開發一套基于snp位點的快速鑒定體系，不僅能夠為塔什庫爾干羊的種質資源保護、遺傳育種研究及市場推廣提供有力支撐，還能有效避免品種混雜，保障養殖戶的合法權益，推動塔什庫爾干羊產業的健康發展。

3、因此，本發明旨在通過深入研究塔什庫爾干羊基因組中的snp變異，篩選并組合出一組具有高度特異性和準確性的snp位點，以此構建一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的方法，旨在解決現有鑒定技術中存在的不足，滿足畜牧業發展對高效、精準品種鑒定的迫切需求。

技術實現思路

1、為克服上述現有技術問題，本發明提供了一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點組合。相比于現有技術，本發明的優點在于提供了一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點組合，其用于塔什庫爾干羊快速鑒定時具有高度特異性和較高的預測準確率。

2、一方面，本發明涉及一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點組合，其特征在于，由位于綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0中的50個snp位點組成，分別編號為no.1～no.50，具體信息如下：

3、

4、另一方面，本發明涉及一種鑒定塔什庫爾干羊品種的方法，其包括：采集待檢測樣本的基因序列，檢測所述塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點組合的snp位點的突變情況，確定所述待檢測樣本的品種。

5、進一步地，在本發明提供的鑒定塔什庫爾干羊品種的方法中，根據所述snp位點的位置，在綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0上前后各延伸60bp，得到長度為121bp的堿基序列，將所述長度為121bp的堿基序列的反向互補序列作為所述snp位點的探針序列。

6、進一步地，在本發明提供的鑒定塔什庫爾干羊品種的方法中，根據所述突變情況進行基因分型。

7、進一步地，在本發明提供的鑒定塔什庫爾干羊品種的方法中，所述基因分型包括：提取所述待檢測樣本的基因組dna得到dna樣品，檢測dna樣品的質量，液相芯片檢測，對檢測獲得的原始數據進行質控、比對以及snp檢測得到所述基因分型的結果。

8、進一步地，在本發明提供的鑒定塔什庫爾干羊品種的方法中，所述質控采用fastp軟件，比對采用bwa軟件，snp檢測采用gatk軟件。

9、進一步地，在本發明提供的鑒定塔什庫爾干羊品種的方法中，根據所述基因分型的結果，基于分類器算法進行品種鑒定。

10、另一方面，本發明涉及所述塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點組合在區別綿羊品種中的應用，從多個綿羊基因組dna中區分塔什庫爾干羊品種。

11、另一方面，本發明涉及一種用于塔什庫爾干羊品種鑒定的基因芯片，其由檢測所述用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點組合的位點構成。

12、與現有技術相比，本發明提供的技術方案至少具備下述的有益效果或優點。

13、本發明基于綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0中所披露的第1～26染色體和第x染色體(或稱性染色體)，定位到于塔什庫爾干羊品種緊密相連的50個snp位點，本發明的snp位點組合應用于塔什庫爾干羊品種的品種鑒定時，其預測準確率為96.15％。

14、相對于傳統的固相芯片，本發明將塔什庫爾干羊的snp位點制作為液相芯片，靈活性較高，可以根據應用需要隨時添加標記位點。本發明的塔什庫爾干羊液相芯片基于靶向捕獲測序技術，不僅可以對目標位點進行分型，同時目標位點周圍一定范圍內的snp也可以被準確分型，可以得到比標記位點更多的snp分型信息。相比于全基因組重測序，本發明提供的塔什庫爾干羊液相芯片依托二代測序平臺，分型成本較低，具有明顯的價格優勢，可以進行塔什庫爾干羊的大規模分型，進而促進塔什庫爾干羊的育種工作。本發明的塔什庫爾干羊液相芯片可用于塔什庫爾干羊的品種鑒定、親緣關系鑒定以及種質資源改良。

技術特征：

1.一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點組合，其特征在于，由位于綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0中的50個snp位點組成，分別編號為no.1～no.50；

2.根據權利要求1所述的塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點組合，其特征在于，所述no.1的參考堿基為a，突變堿基為t；所述no.2的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.3的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.4的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.5的參考堿基為a，突變堿基為g；所述no.6的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.7的參考堿基為a，突變堿基為t；所述no.8的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.9的參考堿基為g，突變堿基為t；所述no.10的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.11的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.12的參考堿基為a，突變堿基為t；所述no.13的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.14的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.15的參考堿基為a，突變堿基為g；所述no.16的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.17的參考堿基為g，突變堿基為t；所述no.18的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.19的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.20的參考堿基為t，突變堿基為a；所述no.21的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.22的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.23的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.24的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.25的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.26的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.27的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.28的參考堿基為a，突變堿基為c；所述no.29的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.30的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.31的參考堿基為a，突變堿基為g；所述no.32的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.33的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.34的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.35的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.36的參考堿基為a，突變堿基為g；所述no.37的參考堿基為c，突變堿基為a；所述no.38的參考堿基為a，突變堿基為g；所述no.39的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.40的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.41的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.42的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.43的參考堿基為a，突變堿基為g；所述no.44的參考堿基為t，突變堿基為a；所述no.45的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.46的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.47的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.48的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.49的參考堿基為c，突變堿基為g；所述no.50的參考堿基為g，突變堿基為a。

3.一種鑒定塔什庫爾干羊品種的方法，其特征在于，包括：采集待檢測樣本的基因序列，檢測權利要求1～2任一項所述的塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點組合的snp位點的突變情況，確定所述待檢測樣本的品種。

4.根據權利要求3所述的塔什庫爾干羊品種的方法，其特征在于，根據所述snp位點的位置，在綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0上前后各延伸60bp，得到長度為121bp的堿基序列，將所述長度為121bp的堿基序列的反向互補序列作為所述snp位點的探針序列。

5.根據權利要求3所述的塔什庫爾干羊品種的方法，其特征在于，根據所述突變情況進行基因分型。

6.根據權利要求5所述的塔什庫爾干羊品種的方法，其特征在于，所述基因分型包括：提取所述待檢測樣本的基因組dna得到dna樣品，檢測dna樣品的質量，液相芯片檢測，對檢測獲得的原始數據進行質控、比對以及snp檢測得到所述基因分型的結果。

7.根據權利要求6所述的塔什庫爾干羊品種的方法，其特征在于，所述質控采用fastp軟件，比對采用bwa軟件，snp檢測采用gatk軟件。

8.根據權利要求6所述的塔什庫爾干羊品種的方法，其特征在于，根據所述基因分型的結果，基于分類器算法進行品種鑒定。

9.權利要求1～2任一項所述的塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點組合在區別綿羊品種中的應用，其特征在于，從多個綿羊基因組dna中區分塔什庫爾干羊品種。

10.一種用于塔什庫爾干羊品種鑒定的基因芯片，其特征在于，由檢測權利要求1～2任一項所述的用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點組合的位點構成。

技術總結
本發明屬于生物檢測技術領域，公開了一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的SNP位點組合。本發明提供了一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的SNP位點組合，該組合由50個SNP位點組成，具有高度特異性和較高的預測準確率，從而實現塔什庫爾干羊的品種鑒定。本發明通過使用分子標記技術和生物信息學技術實現了品種的特異性鑒定，操作簡單且結果可靠，可以為塔什庫爾干羊的遺傳資源保護利用提供科學依據和技術支持。

技術研發人員：吳偉偉,林長春,黃俊成,哈尼克孜·吐拉甫,宮平,李鵬飛,耿娟,薛正芬
受保護的技術使用者：新疆畜牧科學院畜牧研究所
技術研發日：
技術公布日：2024/11/4