本發明涉及分子遺傳學領域,特別是涉及一種與和田黑雞體重相關的分子標記及其應用。
背景技術:
1、家禽是畜禽遺傳資源基因庫中必不可少的組成部分,也是最重要的分支之一。中國家禽業自8000多年前的新石器時代早期發展以來,經過漫長的進化以及各地對家禽的選擇和利用,形成了表型特征豐富、用途廣泛的家禽遺傳資源,尤其是在體重上表現出不同的變異模式,映射到基因組信息上即為基因組上留下的選擇信號,通過對選擇特征的研究可更好地理解雞體重表型背后的遺傳機制以及鑒定特定種群的優勢基因。
2、雞體重性狀是一種受多基因調控的典型復雜數量性狀,在實踐生產以及選育過程中根據需求不同會出現體重大小差異較大的種群。按照活重,將成年公雞體重大于3000g,成年母雞體重在2000-3000g之間的種群分為大體重種群;成年公雞體重小于2000g,成年母雞體重小于1500g的種群分為小體重種群,中體重種群介于大體重和小體重種群之間。近些年已經有許多與體重相關的qtls被鑒定。
3、和田黑雞屬我國禽類品種中的一個優良地方品種,具有耐粗飼、抗病力強、遺傳性穩定等特點,經濟利用價值較高。2008年由新疆維吾爾自治區畜牧廳測得和田黑雞成年公雞體重為1930±200g,成年母雞體重1720±120g,上述數據表明和田黑雞在當時屬于體型較小的雞種。隨著時間的變化,其體重也因當地居民的選育以及自身的進化而增大,2023年測得成年公雞體重3675±184g,成年母雞體重2633±270g。為了進一步檢測在定向選擇過程中留下來的基因組足跡,本研究運用比較基因組學和選擇信號分析,比較lbw(和田黑雞)與sbw(藏雞、元寶雞)的全基因組數據,鑒定體重表型性狀的遺傳選擇特征,為和田黑雞的品種資源保護以及遺傳選育提供信息,并為進一步研究體重性狀的調控機制提供理論依據。
技術實現思路
1、本發明的目的是提供一種與和田黑雞體重相關的分子標記及其應用,以解決上述現有技術存在的問題,通過篩選得到與和田黑雞體重相關的thsd4基因,該基因可以作為分子標記篩選和田黑雞體重性狀。
2、為實現上述目的,本發明提供了如下方案:
3、本發明提供一種與和田黑雞體重相關的分子標記,所述分子標記為雞基因組10號染色體上的thsd4基因,所述thsd4基因在ncbi上的登錄號為nc_006097.5:6,758,530-7,068,486,所述thsd4基因中存在3個snps,位點信息如下所示:
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6、優選的是,所述snp2為純合子時,利用所述分子標記即能從和田黑雞、藏雞和元寶雞中鑒定區分出大體重的和田黑雞。
7、本發明還提供所述的分子標記在篩選和田黑雞體重性狀中的應用。
8、本發明還提供所述的分子標記在區分不同體重雞品種中的應用,所述不同體重雞品種為和田黑雞、藏雞和元寶雞。
9、優選的是,所述和田黑雞中snp1、snp2和snp3的堿基突變頻率顯著大于元寶雞和藏雞,且snp2為純合子時,即為體重較大的和田黑雞。
10、本發明還提供一種區分不同雞品種體重性狀的方法,包括以下步驟:
11、提取待測雞全基因組dna,測序,根據測序結果區分具有不同體重雞品種;
12、其中,所述不同雞品種為和田黑雞、藏雞和元寶雞。
13、優選的是,當所述待測雞全基因組dna的snp1、snp2和snp3的堿基突變頻率顯著大于元寶雞和藏雞,且snp2為純合子時,所述待測雞為體重較大的和田黑雞。
14、本發明公開了以下技術效果:
15、本發明采用比較群體基因組學方法,基于3個品種(和田黑雞、藏雞和元寶雞)的74個全基因組,對和田黑雞體型大的遺傳基礎進行了研究,結果表明,thsd4基因是與和田黑雞體重性狀強相關的選擇信號。這一結果闡明了和田黑雞體重性狀基于人工選育和自然選擇的基因足跡,并為地方雞的品種資源保護以及遺傳選育提供指導。
1.一種與和田黑雞體重相關的分子標記,其特征在于,所述分子標記為雞基因組10號染色體上的thsd4基因,所述thsd4基因在ncbi上的登錄號為nc_006097.5:6,758,530-7,068,486,所述thsd4基因中存在的3個snps,位點信息如下所示:
2.如權利要求1所述的與和田黑雞體重相關的分子標記,其特征在于,所述snp2為純合子時,利用所述分子標記即能從和田黑雞、藏雞和元寶雞中鑒定區分出大體重的和田黑雞。
3.如權利要求1或2所述的分子標記在篩選和田黑雞體重性狀中的應用。
4.如權利要求1或2所述的分子標記在區分不同體重雞品種中的應用,其特征在于,所述不同體重雞品種為和田黑雞、藏雞和元寶雞。
5.如權利要求4所述的應用,其特征在于,所述和田黑雞中snp1、snp2和snp3的堿基突變頻率顯著大于元寶雞和藏雞,且snp2為純合子時,即為體重較大的和田黑雞。
6.一種區分不同雞品種體重性狀的方法,其特征在于,包括以下步驟:
7.如權利要求6所述的方法,其特征在于,當所述待測雞全基因組dna的snp1、snp2和snp3的堿基突變頻率顯著大于元寶雞和藏雞,且snp2為純合子時,所述待測雞為體重較大的和田黑雞。