磺酰脲-響應性的阻遏蛋白的制作方法

文檔序號：3566884閱讀：345來源：國知局

專利名稱：磺酰脲-響應性的阻遏蛋白的制作方法
技術領域：
本發明涉及分子生物學領域，更具體地，涉及基因表達的調節。
背景技術：
包含阻遏元件和操縱元件的四環素操縱子系統最初分離自細菌。該操縱子系統受到四環素存在的緊密控制，且自調節tetA和tei/P基因的表達水平。tetA的產物從細胞去除四環素。te沈的產物是阻遏蛋白，其在沒有四環素存在下，以約10 pM的Kd結合操縱元件，由此阻斷tetA和tetR的表達。已經改進該系統，以控制其它目標多核苷酸的表達，和/或用于其它生物體中，主要用于動物系統中。基于四環素操縱子的系統在植物中的應用受到限制，這至少部分地歸因于誘導物的問題，所述誘導物通常是抗生素化合物，且對光敏感。需要調節生物體中的目標序列的表達，提供了響應于磺酰脲化合物而緊密地調節表達的組合物和方法。

發明內容
提供了與磺酰脲-響應性的阻遏物的使用有關的組合物和方法。組合物包括特異性地結合操縱基因的多肽，其中所述特異性的結合受到磺酰脲化合物的調節。組合物也包括編碼所述多肽的多核苷酸、以及構建體、載體、原核和真核細胞和真核生物體，包括包含所述多核苷酸的植物和種子和/或通過所述方法生產的植物和種子。還提供了給細胞或生物體提供磺酰脲-響應性的阻遏物的方法，和調節細胞或生物體(包括植物或植物細胞)中的目標多核苷酸的表達的方法。

圖1.基于來自蛋白數據庫(PDB)的晶體結構1DU7，使四環素-Mg++和磺酰脲化合物Harmony (甲基噻吩磺隆；Ts)進入(Dock) D類TetR的結合袋中。圖2.示例性的基于大腸桿菌的tetR表達載體pVER7314的載體圖譜。復制子主鏈是基于PBR322的主鏈。編碼的TetR配體結合域(LBD)側接^icI和AscI位點。KMspl72 和KMspl73代表用于插入的tetR基因的DNA測序的引物的結合位點。rrnB Tl T2是強轉錄終止子，用于抑制關于轉錄的運行(run around transcription)和失調的tetR表達。圖3.對20 yg/ml甲基噻吩磺隆(Ts)的文庫1命中響應。將攜帶推定的tetR 命中Ll-I至L1-20或野生型tetR的大腸桿菌KM3細胞平板復制到M9試驗培養基(+/- 20 Ug/ml Ts)上，然后在30°C培養，直到出現藍色/白色菌落辨別。此時，給菌落照相，并基于菌落藍色的程度，測定相對的β -半乳糖苷酶活性。圖4. 45個推定的文庫L4命中相對于0、0. 2和1.0 ppm胺苯磺隆(Es)的相對半乳糖苷酶活性。使用5 μ 1穿孔的全細胞混合物，測量誘導的活性，并使用25 μ 穿
孔的細胞混合物，測量背景活性，使得可以在相同時幀中測量所有處理的可檢測的活性。為了使它們進入圖的顯示范圍，將背景活性值乘以10。圖的右手側含有對照，野生型TetR和第1輪命中L1-9。圖5.使用胺苯磺隆在L7命中中的β-半乳糖苷酶誘導。重新排列來自L7文庫的頂部命中(Top hit)，并以96-孔培養形式測試0.02 yg/ml和0.2 μ g/ml誘導物(Es) 的相對誘導以及在沒有誘導物時的背景活性。使用5 μ 1穿孔的細胞混合物，測定誘導的活性，而使用25 μ 細胞來檢測背景活性。這允許在相同時幀中測量所有處理的所有可檢測的活性。為了使它們進入圖的范圍，將背景活性值乘以10。圖的后部分顯示了對照第 2輪命中L4-89和L4-120和野生型TetR(B)，使用胺苯磺隆；和野生型iTetR,使用0. 4 μ M ate作為同源誘導物用于對比(具有斜條紋的條)。用傾斜文字指示的孔ID是指試驗重新排列的ID，而用水平文字在下面指示原始克隆的ID。圖6. 通過本氏煙草GVicoiiaft3力)葉子中的瞬時表達測得的兩種 EsR變體的胺苯磺隆劑量響應。黑色條代表野生型TetR，灰色條代表EsR命中All，白色條代表EsR命中D01。具有斜紋的條代表無阻遏物對照，其指示試驗中報告物表達的最大水平。圖7。在沒有或有配體存在下，DNA與tetOp的結合。在含有20mM Tris-HCl (pH8. 0)和IOmM EDTA的絡合緩沖液中，將5 pmol TetO或對照DNA與指示量的阻遏蛋白和誘導物相混合。圖8.示例性的登記的磺酰脲化合物的結構。圖9. 幾代磺酰脲阻遏物重排(shuffling)文庫的來源多樣性、文庫設計和命中多樣性和群體偏倚的總結。破折號(“_ “)指示在文庫的該位置沒有引入氨基酸多樣性。 X指示，文庫寡物被設計成在文庫的該位置引入完全的氨基酸多樣性(20種氨基酸中的任一種)。粗體殘基指示選擇過程中的偏倚，更大的字號指示在選定的群體中更大的偏倚程度。在括號中的殘基指示選擇的突變。種系發生多樣性集合源自34個四環素阻遏物序列的廣大家族。圖10.玉米愈傷組織(A)或植物(B)中的熒光報告物的磺酰脲抑制。圖11.胺苯磺隆對示例性的L13命中中的β-半乳糖苷酶誘導。詳細描述
已經證實，化學調節的表達工具對于研究許多生物系統中的基因功能和調節而言是有價值的。這些系統允許測試當轉基因不能被特異性地調節時，或由于負面后果而連續表達時，對培養系統或整個生物體中的任意目標基因的表達的影響。這些系統基本上提供了進行“脈沖”或“脈沖追蹤”基因表達測試的機會。化學開關-介導的表達系統允許測試在靶基因活化以后立即的基因組、蛋白質組和/或代謝物組響應。這些類型的實驗不能用組成型、發育型或組織-特異性的表達系統來完成。化學開關技術也可以為基因治療提供工具。化學開關系統可以在商業上應用，諸如用于農業生物技術中。對于農業目的，希望能夠控制轉基因在環境中的表達和/或遺傳流動，諸如除草劑抗性基因，特別是在存在目標作物的親緣雜草的情況下。另外，具有可行的化學開關機制的家族，能夠實現來自單個轉基因作物的特性存量管理(trait inventory management)，例如，可以使用一個生產系來根據客戶需要遞送選擇的特性(通過特異性的化學活化)。另外，通過使用雜種維持的化學控制，可以使雜種制種流線化。
在動物系統中廣泛使用的基于Tet阻遏物(TetR)的遺傳開關系統在植物遺傳系統中的應用受到限制，這部分地歸因于活化劑配體的問題。已經重新設計了 TetR，以識別商業上使用的磺酰脲化學試劑而不是四環素化合物，同時保留特異性地結合四環素操縱基因序列的能力。這如下實現使用合理的蛋白建模和DNA重排來修飾Tet阻遏物配體結合域，以識別商業上使用的磺酰脲化合物。使用靈敏的體內半乳糖苷酶測定法的最初TetR 重排和篩選，導致對生長培養基中的20 ppm的除草劑Harmony (甲基噻吩磺隆)的特異性識別，而沒有識別四環素。用其它磺酰脲化合物測試后，許多與Harmony 反應性的命中也對其它SU化合物有響應。在某些情況下，所述命中甚至具有對有關的除草劑氯磺隆和胺苯磺隆O ppm)更好的反應性。TetR衍生物的其它輪的重排和篩選，導致與0.2 ppm氯磺隆和0.02 ppm胺苯磺隆強烈反應的TetR變體，正如使用體內誘導試驗在大腸桿菌中測得的。為此，通過使用類似的誘導物濃度，胺苯磺隆響應性的SuR變體(EsRs)表現出與脫水四環素(ate)對野生型B類TetR誘導幾乎相等的誘導能力。這些SuR分子不具有與四環素的反應性，野生型TetR(B) (SEQ ID NO: 2)不具有與磺酰脲類的反應性。提供了與磺酰脲-響應性的阻遏物的使用有關的組合物和方法。磺酰脲-響應性的阻遏物(SuIO包括其與操縱基因序列的結合受到包含磺酰脲化合物的配體的控制的任意阻遏物多肽。在某些實施例中，所述阻遏物在沒有磺酰脲配體存在下特異性地結合操縱基因。在某些實施例中，所述阻遏物在有磺酰脲配體存在下特異性地結合操縱基因。在有配體存在下結合操縱基因的阻遏物有時稱作反阻遏物。在某些實施例中，組合物包括特異性地結合四環素操縱基因的SuR多肽，其中所述特異性的結合由磺酰脲化合物調節。在某些實施例中，組合物包括分離的磺酰脲阻遏物(SuR)多肽，其包含對野生型四環素阻遏蛋白配體結合域的至少一個氨基酸置換，其中所述SuR多肽或其多聚體特異性地結合包含操縱基因序列的多核苷酸，其中阻遏物-操縱基因結合由磺酰脲化合物的存在與否調節。在某些實施例中，組合物包括分離的磺酰脲阻遏物，其包含含有對野生型四環素阻遏蛋白配體結合域的至少一個氨基酸置換的配體結合域，所述配體結合域與異源操縱基因DNA結合域(其特異性地結合包含操縱基因序列或其衍生物的多核苷酸)融合，其中阻遏物-操縱基因結合由磺酰脲化合物的存在與否調節。可以使用任意的操縱基因DNA結合域，包括但不限于來自下述阻遏物的操縱基因DNA結合域包括tet、lac、trp、phd、arg、LexA、phiChl阻遏物、λ Cl和Cro阻遏物、噬菌體X阻遏物、MetJ、phirlt rro、phi434 Cl和Cro阻遏物、 RafR> gal、ebg、uxuR、exuR、ROS> SinR、PurR、FruR> P22 C2、TetC、AcrR、Betl、Bm3Rl、EnvR、 QacR、MtrR, TcmR, Ttk、YbiH, YhgD 和 mu Ner 或 hterpro 家族中的 DNA 結合域，包括但不限于 IPR001647、IPR010982 和 IPR011991。在某些實施例中，組合物包括分離的磺酰脲阻遏物(SuR)多肽，其包含對野生型四環素阻遏蛋白的至少一個氨基酸置換，其中所述SuR多肽或其多聚體特異性地結合包含四環素操縱基因序列的多核苷酸，其中阻遏物-操縱基因結合由磺酰脲化合物的存在與否調節。野生型阻遏物包括四環素々、8、(、03、6、!1、和2類阻遏物。在 ι1721轉座子上發現了 TetR(A)類的一個實例，且在GenBank登記號)(61307下保藏，在gi48198下與編碼的蛋白登記號CAA43639交叉參照，在gi48195和UniProt登記號Q56321下交叉參照。在 ιΙΟ轉座子上發現了 TetR(B)類的一個實例，且在GenBank登記號Χ00694下保藏，在gi43052下與編碼的蛋白登記號CAA25291交叉參照，在gi43052和UniProt登記號P04483 下交叉參照。在PSClOl質粒上發現了 TetR(C)類的一個實例，且在GenBank登記號M36272 下保藏，在gil50945下與編碼的蛋白登記號AAA25677交叉參照，在gil50946下交叉參照。在類1奈1沙/7盧中發現了 iTetRO))類的一個實例，且在(ienBank登記號)(65876下保藏，在gi49073下與編碼的蛋白登記號CAA46707交叉參照，在gi49075和UniProt登記號 P0ACT5和P09164下交叉參照。從大腸桿菌轉座子TnlO分離出了 TetR(E)類的一個實例，且在GenBank登記號M34933下保藏，在gi 155019下與編碼的蛋白登記號AAA98409交叉參照，在gil55020下交叉參照。從塵^"盧分離出了 TetR(G)類的一個實例，且在GenBank登記號S5M38下保藏，在下與編碼的蛋白登記號AAB24797交叉參照，在下交叉參照。在從多殺巴Jf/獸盧分離的質粒PMVlll上發現了 TetR(H)類的一個實例，且在 GenBank登記號U00792下保藏，在gi3^871下與編碼的蛋白登記號AAC43249交叉參照，在 gi392872下交叉參照。Jk奇異變形桿菌分萬了 iTetR (J)類的一個實例，且在GenBank登記號 AF038993下保藏，在gi4104704下與編碼的蛋白登記號AAD127M交叉參照，在gi4104706 下交叉參照。在從芬貪麼泰/f盧分離的質粒PAGI上發現了 TetR(Z)類的一個實例，且在 GenBank登記號AF121000下保藏，在gi4583389下與編碼的蛋白登記號AAD25064交叉參照，在gi4583390下交叉參照。在某些實施例中，所述野生型四環素阻遏物是B類四環素阻遏蛋白。在某些實施例中，所述野生型四環素阻遏物是D類四環素阻遏蛋白。在某些實施例中，磺酰脲阻遏物(SuR)多肽包含在野生型四環素阻遏蛋白的配體結合域中的氨基酸置換。在B和D類野生型TetR蛋白中，氨基酸殘基6-52代表DNA結合域。所述蛋白的剩余部分參與配體結合和以后的變構修飾。對于B類TetR，殘基53-207代表配體結合域，而殘基53-218包含D類TetR的配體結合域。在某些實施例中，所述SuR多肽包含野生型TetR(B)蛋白的配體結合域中的氨基酸置換。在某些實施例中，所述SuR多肽包含SEQ ID NO: 1的野生型TetR(B)蛋白的配體結合域中的氨基酸置換。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽包含與選自圖9所示的氨基酸多樣性的等效氨基酸位置相對應的一個氨基酸或氨基酸的任意組合，其中圖9所示的氨基酸殘基位置對應著野生型TetR(B)的氨基酸編號。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽包含配體結合域，所述配體結合域包含至少 10%、20%、30%、40%、50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、 70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、 89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 的圖 9 所示的氨基酸殘基，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述分離的 SuR 多肽包含至少 10%、20%、30%、40%、50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、 70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、 89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 的圖 9 所示的氨基酸殘基，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述野生型iTetR(B)是SEQ ID NO: 1。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽包含配體結合域，所述配體結合域包含在選自下述的殘基位置處的氨基酸置換:位置55、60、64、67、82、86、100、104、105、108、113、 116、134、135、138、139、147、151、170、173、174、177和它們的任意組合，其中所述氨基酸殘
基位置和置換對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽另外包含在選自下述的殘基位置處的氨基酸置換109、112、117、131、 137、140、164和它們的任意組合。在某些實施例中，所述野生型TetR(B)是SEQ ID NO: 1。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽包含配體結合域，所述配體結合域包含至少 10%、20%、30%、40%、50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、 76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、 95%、96%、97%、98%、99%或100%的選自下述的氨基酸殘基
(a)在氨基酸殘基位置55處的M或L ；
(b)在氨基酸殘基位置60處的A、L或M ；
(c)在氨基酸殘基位置64處的A、N、Q、L或H;
(d)在氨基酸殘基位置67處的M、I、L、V、F或Y;
(e)在氨基酸殘基位置82處的N、S或T ；
(f)在氨基酸殘基位置86處的F、M、W或Y;
(g)在氨基酸殘基位置100處的C、V、L、M、F、W或Y ；
(h)在氨基酸殘基位置104處的R、A或G
(i)在氨基酸殘基位置105處的A、I、V、F或W; (j) 在氨基酸殘基位置108處的Q或K ；
(k) 在氨基酸殘基位置113處的A、M、H、K、T、P或V;
(1) 在氨基酸殘基位置116處的1^、￥、1 、5、1 或0;
(m) 在氨基酸殘基位置134處的I、L、V、M、R、S或W;
(η) 在氨基酸殘基位置135處的R、S、N、Q、K或A;
(ο) 在氨基酸殘基位置138處的A、C、G、H、I、V、R或T ；
(P) 在氨基酸殘基位置139處的々、6、1、￥^、1、11 或11;
(q) 在氨基酸殘基位置147處的I、L、V、F、W、T、S或R;
(r) 在氨基酸殘基位置151處的M、L、W、Y、K、R或S ；
(s) 在氨基酸殘基位置170處的I、L、V或A ；
(t) 在氨基酸殘基位置173處的A、G或V ；
(u) 在氨基酸殘基位置174處的L、V、W、Y、H、R、K或S ；和，
(ν) 在氨基酸殘基位置177處的々、6、1^、1(、0或5，
其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽包含至少10%、20%、30%、40%、50%、55%、60%、65%、66%、 67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、 86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 的選自在上面
(a) - (ν)中列出的氨基酸殘基的氨基酸殘基，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型 TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述野生型TetR(B)是SEQ ID NO: 1。在某些實施例中，針對增強的對氯磺隆的活性所選擇的分離的SuR多肽包含配體結合域，所述配體結合域包含至少 10%、20%、30%、40%、50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、 70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、 89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 的選自下述的氨基酸殘基(a)在氨基酸殘基位置60處的M ；
(b)在氨基酸殘基位置64處的A或Q ；
(c)在氨基酸殘基位置67處的M、F、Y、I、V或L;
(d)在氨基酸殘基位置82處的N或T ；
(e)在氨基酸殘基位置86處的M ；
(f)在氨基酸殘基位置100處的C或W ；
(g)在氨基酸殘基位置105處的W ；
(h)在氨基酸殘基位置108處的Q或K ；
(i)在氨基酸殘基位置109處的M、Q、L或H; (j) 在氨基酸殘基位置112處的G、A、S或T ； (k) 在氨基酸殘基位置113處的A ；
(1) 在氨基酸殘基位置116處的M或Q ； (m) 在氨基酸殘基位置134處的M或V; (η) 在氨基酸殘基位置138處的G或R ； (ο) 在氨基酸殘基位置139處的N或V ； (P) 在氨基酸殘基位置147處的F ； (q) 在氨基酸殘基位置151處的S或L ； (r) 在氨基酸殘基位置164處的A ； (s) 在氨基酸殘基位置170處的A、L或V ； (t) 在氨基酸殘基位置173處的A、G或V ； (u) 在氨基酸殘基位置174處的L或W;和； (ν) 在氨基酸殘基位置177處的K，
其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽包含至少10%、20%、30%、40%、50%、55%、60%、65%、66%、 67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、 86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 的選自在上面
(a) - (ν)中列出的氨基酸殘基的氨基酸殘基，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型 TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述野生型TetR(B)是SEQ ID NO: 1。在某些實施例中，針對增強的對胺苯磺隆的活性所選擇的分離的SuR多肽包含配體結合域，所述配體結合域包含至少10%、20%、30%、40%、50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、 69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、 88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 的選自下述的氨基酸殘基
(a)在氨基酸殘基位置55處的M或L ；
(b)在氨基酸殘基位置64處的A ；
(c)在氨基酸殘基位置67處的M、Y、F、I、L或V;
(d)在氨基酸殘基位置86處的M ；
(e)在氨基酸殘基位置100處的C ；
(f)在氨基酸殘基位置104處的G ；(g)在氨基酸殘基位置105處的F ；
(h)在氨基酸殘基位置108處的Q或K ；
(i)在氨基酸殘基位置109處的Q、M、L或H; (j) 在氨基酸殘基位置112處的S、T、G或A ； (k) 在氨基酸殘基位置113處的A ；
(1) 在氨基酸殘基位置116處的S ； (m) 在氨基酸殘基位置117處的M或L ； (η) 在氨基酸殘基位置131處的M或L ； (ο) 在氨基酸殘基位置134處的M ； (P) 在氨基酸殘基位置135處的Q ； (q) 在氨基酸殘基位置137處的A或V ； (r) 在氨基酸殘基位置138處的C或G ； (s) 在氨基酸殘基位置139處的I ； (t) 在氨基酸殘基位置140處的F或Y ； (u) 在氨基酸殘基位置147處的L ； (ν) 在氨基酸殘基位置151處的L ； (w) 在氨基酸殘基位置164處的A ； (χ) 在氨基酸殘基位置170處的V、A或L ； (y) 在氨基酸殘基位置173處的G、A或V (ζ) 在氨基酸殘基位置174處的L ；和， (aa) 在氨基酸殘基位置177處的N或K，
其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽包含至少10%、20%、30%、40%、50%、55%、60%、65%、66%、 67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、 86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100% 的選自在上面
(a) - (aa)中列出的氨基酸殘基的氨基酸殘基，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述野生型TetR(B)是SEQ ID NO: 1。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽與SEQ ID NO: 1的氨基酸殘基53-207所例證的野生型TetR(B)的配體結合域具有至少約50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、 72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、 91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列同一性，其中使用總體比對方法，在配體結合域的全長上測定序列同一性。在某些實施例中，所述總體比對方法使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62 評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽與SEQ ID NO: 1例證的野生型TetR(B)具有至少約 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、 80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99%序列同一性，其中使用總體比對方法，在多肽的全長上測定序列同一性。在某些實施例中，所述總體比對方法使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。組合物包括分離的SuR 多肽，其與選自 SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、1228-1233 或1240-1M3的SuR多肽的配體結合域具有至少約50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、 71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列同一性，其中使用總體比對方法，在配
體結合域的全長上測定序列同一性。在某些實施例中，所述總體比對方法使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及 BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽與選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、 1228-1233 或 1240-1243 的 SuR 多肽具有至少約 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、 72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、 91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列同一性，其中使用總體比對方法，在多肽的全長上測定序列同一性。在某些實施例中，所述總體比對方法使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-1A04 (SEQ ID NO:220)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、350、375、400、425、 450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的 BLAST 比特評分(bit score)，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-1A04 (SEQ ID NO:220) 的多肽序列比對，以產生至少374的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-1A04 (SEQ ID NO:220)的多肽序列比對，以產生至少50%、60%、 65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、 84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-1A04 (SEQ ID NO:220)的多肽序列比對，以產生至少88%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-1A04 (SEQ ID NO:220)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、 500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、 970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、 1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述 BLAST 比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-1A04 (SEQ ID NO:220)的多肽序列比對，以產生至少 e-60, e-70, e_75, e_80, e_85, e_90, e_95, e-100, e-105, e-106, e-107, e-108, e-109, e-110, e-111, e-112, e-113, e-114, e-115, e-116, e-117, e-118, e-119, e-120,或e_125的BLAST e_值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述多肽選自SEQ ID NO: 3-401、 1206-1213,1228-1233 或 1240-1243。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L1-22 (SEQ ID NO: 7)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、350、375、400、425、 450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的 BLAST 比特評分，其中所述 BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-22 (SEQ ID NO: 7)的多肽序列比對，以產生至少387的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-22 (SEQ ID NO: 7)的多肽序列比對，以產生至少50%、60%、65%、66%、 67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、 86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-22 (SEQ ID NO: 7)的多肽序列比對，以產生至少92%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-22 (SEQ ID N0: 7)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、500、525、 550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、970、980、 990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、1130、 1140、1150、1160、1170、1180、1190或1200的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用 BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-22 (SEQ ID N0: 7)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e_75、e_80、e_85、e_90、e_95、e_100、e_105、e_106、e_107、e_108、e_109、 e-110、e-lll、e-112、e-113、e-114、e-115、e-116、e-117、e-118、e-119、e_120 或 e_125 的 BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述多肽選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、1228-1233或 1240-1243o在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-四 (SEQ ID N0: 10)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、350、375、400、425、 450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的 BLAST 比特評分，其中所述 BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-29 (SEQ ID N0: 10)的多肽序列比對，以產生至少393的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-四(SEQ ID NO: 10)的多肽序列比對，以產生至少50%、60%、65%、 66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、 85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-29 (SEQ ID NO: 10)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、 500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、 970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、 1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述 BLAST 比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR 多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-29 (SEQ ID NO: 10)的多肽序列比對，以產生至少1006的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-29 (SEQ ID NO: 10)的多肽序列比對，以產生至少e-60、e-70、e-75、e_80、 e-85、e-90、e_95、e_100、e_105、e_106、e_107、e_108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、 e-114、e-115、e_116、e_117、e_118、e_119、e_120 或 e_125 的 BLAST e_ 值評分，其中所述 BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述多肽選自:SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、12沘-1233 或 1240-1M3。
在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L1-02 (SEQ ID N0: 3)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、350、375、400、425、 450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的 BLAST 比特評分，其中所述 BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-02 (SEQ ID N0: 3)的多肽序列比對，以產生至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、 79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、 98%或99%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-02 (SEQ ID N0: 3)的多肽序列比對，以產生至少 400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、 920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、 1090、1100、1110、1120、1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-02 (SEQ ID N0: 3)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e_75、e_80、e-85, e-90, e_95、e_100、e_105、e-106、e-107、e_108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、e_114、e_115、e_116、e_117、 e-118、e-119、e-120 或 e_125 的 BLAST e-值評分，其中所述 BLAST 比對使用 BL0SUM62 矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-02 (SEQ ID NO: 3)的多肽序列比對，以產生至少e_112的 BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述多肽選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、1228-1233或 1240-1243o 在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L1-07 (SEQ ID NO: 4)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、350、375、400、425、 450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的 BLAST 比特評分，其中所述 BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID NO: 4)的多肽序列比對，以產生至少388的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID NO: 4)的多肽序列比對，以產生至少50%、60%、65%、 66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、 85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID N0: 4)的多肽序列比對，以產生至少93%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID N0: 4)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、 500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、 970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、 1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述 BLAST 比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR 多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID N0: 4)的多肽序列比對，以產生至少996的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID N0: 4)的多肽序列比對，以產生至少e_60、e_70、e_75、e_80、 e-85、e-90、e_95、e_100、e_105、e_106、e_107、e_108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、 e-114、e-115、e_116、e_117、e-118, e-119, e-120 或 e_125 的 BLAST e_ 值評分，其中所述 BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID N0: 4)的多肽序列比對，以產生至少e-111的BLAST e_值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述多肽選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213,1228-1233 或 1240-1243。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L1-20 (SEQ ID NO: 6)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、350、375、400、425、 450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的 BLAST 比特評分，其中所述 BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-20 (SEQ ID NO: 6)的多肽序列比對，以產生至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、 79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、 98%或99%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-20 (SEQ ID NO: 6)的多肽序列比對，以產生至少93%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-20 (SEQ ID NO: 6)的多肽序列比對，以產生至少 400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、 920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、 1090、1100、1110、1120、1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-20 (SEQ ID NO: 6)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e_75、e_80、e_85、e_90、e_95、e_100、e_105、 e-106、e-107、e_108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、e_114、e_115、e_116、e_117、 e-118、e-119、e-120 或 e_125 的 BLAST e-值評分，其中所述 BLAST 比對使用 BL0SUM62 矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-20 (SEQ ID N0: 6)的多肽序列比對，以產生至少e_lll的 BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述多肽選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、1228-1233或 1240-1243o在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L1-44 (SEQ ID N0: 13)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、350、375、400、425、 450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的 BLAST 比特評分，其中所述 BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-44 (SEQ ID N0: 13)的多肽序列比對，以產生至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、 78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、 97%,98%或99%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-44 (SEQ ID N0: 13)的多肽序列比對，以產生至少93%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-44 (SEQ ID NO: 1 的多肽序列比對，以產生至少 400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、 920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、 1090、1100、1110、1120、1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-44 (SEQ ID NO: 13)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e_75、e_80、e_85、e_90、e_95、e_100、e_105、 e-106、e-107、e_108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、e_114、e_115、e_116、e_117、 e-118、e-119、e-120 或 e_125 的 BLAST e-值評分，其中所述 BLAST 比對使用 BL0SUM62 矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述多肽選自SEQ ID NO: 3-401,1206-1213,1228-1233 或 1240-1243。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID NO: 1228)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、；350、375、400、 425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的 BLAST 比特評分，其中所述 BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID NO: 1228)的多肽序列比對，以產生至少381的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID N0: 1228)的多肽序列比對，以產生至少50%、60%、65%、 66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、 85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為 11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用 GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID N0: 1228)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、 500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、 970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、 1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述 BLAST 比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID N0: 1228)的多肽序列比對，以產生至少978的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID N0: 1228)的多肽序列比對，以產生至少e_60、e_70、e_75、 e-80、e-85、e_90、e_95、e_100、e_105、e_106、e_107、e_108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e-113、e-114、e-115、e-116、e-117、e-118、e-119、e_120 或 e_125 的 BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID NO: 1228)的多肽序列比對，以產生至少e-108的BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62 矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述多肽選自SEQ ID NO: 3-401,1206-1213,1228-1233 或 1240-1243。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3H02 (SEQ ID NO: 94)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、350、375、400、425、 450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的 BLAST 比特評分，其中所述 BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3H02 (SEQ ID NO: 94)的多肽序列比對，以產生至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、 76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、 95%、96%、97%、98%或99%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過 BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3H02 (SEQ ID NO: 94)的多肽序列比對，以產生至少90%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過 BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3H02 (SEQ ID N0: 94) 的多肽序列比對，以產生至少 400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、 750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、 1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與 L6-3H02 (SEQ ID N0: 94)的多肽序列比對，以產生至少 e_60、e_70、e_75、e_80、e_85、 e-90、e-95、e-100、e-105、e-106、e_107、e-108、e-109、e-110、e-lll、e-112、e_113、e-114、 e-115、e-116、e-117、e-118、e-119、e-120 或 e_125 的 BLAST e-值評分，其中所述 BLAST 比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述多肽選自=SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、1228-1233 或 1240-1243。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID N0: 1229)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、；350、375、400、 425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的 BLAST 比特評分，其中所述 BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID N0: 1229)的多肽序列比對，以產生至少368的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID N0: 1229)的多肽序列比對，以產生至少50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、 85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為 11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用 GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID NO: 1229)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、 500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、 970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、 1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述 BLAST 比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID NO: 1229)的多肽序列比對，以產生至少945的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID NO: 1229)的多肽序列比對，以產生至少e_60、e_70、e_75、 e-80、e-85、e_90、e_95、e_100、e_105、e_106、e_107、e_108、e_109、e_110、e_lll、e_112、 e-113、e-114、e-115、e-116、e-117、e-118、e-119、e_120 或 e_125 的 BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID NO: 1229)的多肽序列比對，以產生至少e-105的BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62 矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述多肽選自SEQ ID NO: 3-401,1206-1213,1228-1233 或 1240-1243。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與 L10-84(B12) (SEQ ID NO: 1230)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、 350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的 BLAST 比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為 1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L10-84 (B12) (SEQ ID N0: 1230)的多肽序列比對，以產生至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、 71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為 1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L10-84 (B12) (SEQ ID N0: 1230)的多肽序列比對，以產生至少86%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及 BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L10-84(B12) (SEQ ID NO: 1230)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、 500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、 1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述 BLAST 比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L10-84(B12) (SEQ ID NO: 1230)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e_75、e_80、e_85、e_90、e_95、e_100、e_105、e_106、e_107、 e-108、e-109、e-110、e-lll、e-112、e-113、e-114、e-115、e-116、e-117、e-118、e-119、e_120 或e-125的BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為 11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述多肽選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、 1228-1233 或 1240-1243。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID NO: 1231)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、350、375、400、 425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的 BLAST 比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID NO: 1幻1)的多肽序列比對，以產生至少320的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID NO: 1231)的多肽序列比對，以產生至少50%、60%、 65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、 84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID N0: 1231)的多肽序列比對，以產生至少86%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID N0: 1231)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、 500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、 970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、 1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述 BLAST 比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID N0: 1231)的多肽序列比對，以產生至少819的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID N0: 1231)的多肽序列比對，以產生至少e-60、e-70、e_75、 e-80、e-85、e_90、e_95、e_100、e_105、e_106、e_107、e_108、e_109、e_110、e_lll、e_112、 e-113、e-114、e_115、e_116、e_117、e_118、e_119、e_120 或 e_125 的 BLAST e_ 值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID N0: 1231)的多肽序列比對，以產生至少e-90的BLAST e_值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62 矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述多肽選自SEQ ID NO: 3-401,1206-1213,1228-1233 或 1240-1243。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽包含配體結合域，所述配體結合域來自選自 SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、1228-1233 或 1240-1243 的多肽。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽包含選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、12沘_1233或1240-1M3的氨基酸序列。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、 12觀-1233或1240-1243且磺酰脲化合物選自氯磺隆、胺苯磺隆、甲磺隆、嘧磺隆、苯磺隆、豆磺隆、煙嘧磺隆、砜嘧磺隆和噻吩磺隆。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽對于磺酰脲化合物具有大于0. 1 nM且小于 10 μ M的平衡結合常數。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽對于磺酰脲化合物具有至少 0.1 ηΜ、0·5 ηΜ、1 ηΜ、10 ηΜ、50 ηΜ、100 ηΜ、250 ηΜ、500 ηΜ、750 ηΜ、1 μΜ、5 μΜ、7 μ Μ、但是小于10 μΜ的平衡結合常數。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽對于磺酰脲化合物具有至少 0.1 nM、0. 5 nM、l nM、10 nM、50 nMUOO ηΜ、250 ηΜ、500 ηΜ、750 ηΜ、但是小于 1 μΜ的平衡結合常數。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽對于磺酰脲化合物具有大于 0 ηΜ、、但是小于 0.1 nM、0. 5 ηΜ、1 ηΜ、10 ηΜ、50 ηΜ、100 ηΜ、250 ηΜ、500 ηΜ、750 ηΜ、1 μΜ、5 μΜ、7 μΜ或10 μ M的平衡結合常數。在某些實施例中，磺酰脲化合物是氯磺隆、胺苯磺隆、甲磺隆、嘧磺隆、苯磺隆、豆磺隆、煙嘧磺隆、砜嘧磺隆和/或噻吩磺隆。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽對于操縱基因序列具有大于0. 1 ηΜ且小于 10 μ M的平衡結合常數。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽對于操縱基因序列具有至少 0.1 ηΜ、0·5 ηΜ、1 ηΜ、10 ηΜ、50 ηΜ、100 ηΜ、250 ηΜ、500 ηΜ、750 ηΜ、1 μΜ、5 μΜ、7 μ Μ、但是小于10 μΜ的平衡結合常數。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽對于操縱基因序列具有至少 0.1 nM、0. 5 nM、l nM、10 nM、50 nMUOO ηΜ、250 ηΜ、500 ηΜ、750 ηΜ、但是小于 1 μΜ的平衡結合常數。在某些實施例中，所述分離的SuR多肽對于操縱基因序列具有大于 0 ηΜ、但是小于0.1 ηΜ、0·5 ηΜ、1 ηΜ、10 ηΜ、50 ηΜ、100 ηΜ、250 ηΜ、500 ηΜ、750 ηΜ、1 μ Μ、 5 μΜ、7 μΜ或10 μ M的平衡結合常數。在某些實施例中，所述操縱基因序列是Tet操縱基因序列。在某些實施例中，所述Tet操縱基因序列是TetR(A)操縱基因序列、TetR(B)操縱基因序列、TetR(D)操縱基因序列、TetR(E)操縱基因序列、TetR(H)操縱基因序列或其功能衍生物。分離的SuR多肽特異性地結合磺酰脲化合物。磺酰脲分子包含磺酰脲部分 (-S(O)2NHC(O)NH(R)-)。在磺酰脲除草劑中，磺酰脲部分的磺酰基末端直接地或經由氧原子或最佳取代的氨基或亞甲基連接到通常取代的環狀或無環基團上。在磺酰脲橋的相對末端處，氨基(其可能具有取代氫的取代基，諸如甲基(R是CH3))連接到具有一個或兩個取代基的雜環基團(通常是對稱的嘧啶或三嗪環)上，所述取代基諸如甲基、乙基、三氟甲基、甲氧基、乙氧基、甲氨基、二甲氨基、乙氨基和鹵素。磺酰脲除草劑可以是游離酸或鹽的形式。在游離酸形式中，在橋上的磺酰胺氮沒有去質子化(皮/7，-S(O)2NHC(O) NH(R) _)，而在鹽形式中，在橋上的磺酰胺氮原子被去質子化(即，-S(O)2NC(O) NH(R) _)，且存在陽離子，通常是堿金屬或堿土金屬的陽離子，最通常是鈉或鉀的陽離子。磺酰脲化合物包括，例如，諸如嘧啶基磺酰脲化合物、三嗪基磺酰脲化合物、噻二唑基脲化合物等化合物類別、和諸如抗糖尿病藥等藥物、以及它們的鹽和其它衍生物。嘧啶基磺酰脲化合物的實例包括酰嘧磺隆、四唑嘧磺隆、芐嘧磺隆(bensulfuron)、芐嘧磺隆(bensulfuron-methyl)、豆磺隆、乙基豆磺隆，環胺磺隆，ethoxysulfuron，啶嘧磺 1 , ■口比石111 , flupyrsulfuron, flupyrsulfuron-methy 1, foramsulfuron, 口比口密磺隆(halosulfuron)，氯吡嘧磺隆(halosulfuron-methyl)，咪唑磺隆，甲磺胺磺隆 (mesosulfuron), 甲石黃胺石黃隆(mesosulfuron-methyl)，煙啼石黃隆，orthosulfamuron, oxasulfuron,氟啼磺隆(primisulfuron), 甲基氟啼磺隆(primisulfuron-methyl), 吡嘧磺隆(pyrazosulfuron)，乙基吡嘧磺隆(pyrazosulfuron-ethyl)，砜嘧磺隆，嘧磺隆(sulfometuron)，甲嘧磺隆(sulfometuron-methyl)，磺酰磺隆， trifloxysulfuron和它們的鹽和衍生物。三嗪基磺酰脲化合物的實例包括氯磺隆，醚磺隆，胺苯磺隆(ethametsulfuron)，甲基胺苯磺隆(ethametsulfuron-methyl)，碘磺隆(iodosulfuron), 碘甲磺隆(iodosulfuron—methyl), 甲磺隆(metsulfuron), 甲磺隆(metsulfuron-methyl)，氟磺隆，噻吩磺隆(thifensulfuron)，甲基噻吩磺隆(讓丨作118111偽1~011-1116讓71)，醚苯磺隆，苯磺隆(tribenuron)，甲基苯磺隆(tribenuron-methyl), 氟胺磺隆(trifulusulfuron), 甲基氟胺磺隆 (triflusulfuron-methyl), tritosulfuron和它們的鹽和衍生物。噻二唑基脲化合物的實例包括buthiuron，磺噻隆，丁噻隆，thiazafluron，噻苯隆和它們的鹽和衍生物。抗糖尿病藥的實例包括醋酸己脲、氯磺丙脲、甲苯磺丁脲、妥拉磺脲、格列吡嗪、格列齊特、優降糖(格列本脲)、格列喹酮、格列美脲和它們的鹽和衍生物。在某些實施例中，所述分離的 SuR多肽特異性地結合超過一種磺酰脲化合物。在某些實施例中，磺酰脲化合物選自氯磺隆、甲基胺苯磺隆、甲磺隆、甲基噻吩磺隆、甲基嘧磺隆、甲基苯磺隆、乙基豆磺隆、煙嘧磺隆和砜嘧磺隆。組合物也包括分離的多核苷酸，其編碼特異性地結合四環素操縱基因的SuR多肽，其中所述特異性的結合由磺酰脲化合物調節。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼磺酰脲阻遏物(SuR)多肽，所述多肽包含在野生型四環素阻遏蛋白的配體結合域中的氨基酸置換。在B和D類野生型TetR蛋白中，氨基酸殘基6-52代表DNA結合域。所述蛋白的剩余部分參與配體結合和以后的變構修飾。對于B類TetR，殘基53-207代表配體結合域，而殘基53-218包含D類TetR的配體結合域。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含在野生型TetR(B)蛋白的配體結合域中的氨基酸置換。在某些實施例中，所述多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含在SEQ ID NO: 1的野生型 TetR(B)蛋白的配體結合域中的氨基酸置換。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含選自圖9 所示的氨基酸多樣性的一個氨基酸或氨基酸的任意組合，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用SEQ ID NO: 1例證的野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含配體結合域，所述配體結合域包含至少 10%、20%、30%、40%、50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、 77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、 96%、97%、98%、99%或100%的圖9所示的氨基酸殘基，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述 SuR 多肽包含至少 10%、20%、30%、40%、50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、 71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的圖9所示的氨基酸殘基，其中所述
氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述野生型iTetR(B)是SEQ ID NO: 1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含配體結合域，所述配體結合域包含在選自下述的殘基位置處的氨基酸置換位置55、60、64、67、82、 86、100、104、105、108、113、116、134、135、138、139、147、151、170、173、174、177 和它們的任意組合，其中所述氨基酸殘基位置和置換對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽另外包含在選自下述的殘基位置處的氨基酸置換109、112、117、131、137、140、164和它們的任意組合。在某些實施例中，所述野生型TetR(B)多肽序列是SEQ ID NO: 1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼具有配體結合域的SuR多肽，所述配體結合域包含至少 10%、20%、30%、40%、50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、 73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、 92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的選自下述的氨基酸殘基
(a)在氨基酸殘基位置55處的M或L ；
(b)在氨基酸殘基位置60處的A、L或M ；
(c)在氨基酸殘基位置64處的A、N、Q、L或H;
(d)在氨基酸殘基位置67處的M、I、L、V、F或Y;
(e)在氨基酸殘基位置82處的N、S或T ；
(f)在氨基酸殘基位置86處的F、M、W或Y;
(g)在氨基酸殘基位置100處的C、V、L、M、F、W或Y ；
(h)在氨基酸殘基位置104處的R、A或G
(i)在氨基酸殘基位置105處的A、I、V、F或W; (j) 在氨基酸殘基位置108處的Q或K ；
(k) 在氨基酸殘基位置113處的A、M、H、K、T、P或V;
(1) 在氨基酸殘基位置116處的1^、￥、1 、5、1 或0;
(m) 在氨基酸殘基位置134處的I、L、V、M、R、S或W;
(η) 在氨基酸殘基位置135處的R、S、N、Q、K或A;
(ο) 在氨基酸殘基位置138處的A、C、G、H、I、V、R或T ；
(P) 在氨基酸殘基位置139處的々、6、1、￥^、1、11 或11;
(q) 在氨基酸殘基位置147處的I、L、V、F、W、T、S或R;
(r) 在氨基酸殘基位置151處的M、L、W、Y、K、R或S ；
(s) 在氨基酸殘基位置170處的I、L、V或A ；
(t) 在氨基酸殘基位置173處的A、G或V ；
(u) 在氨基酸殘基位置174處的L、V、W、Y、H、R、K或S ；和，
(ν) 在氨基酸殘基位置177處的々、6、1^、1(、0或5，
其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述分離的SuR多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含至少10%、20%、30%、 40%、50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、 80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、 99%或100%的選自在上面(a) - (ν)中列出的氨基酸殘基的氨基酸殘基，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述野生型 TetR(B)是 SEQ ID NO: 1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼針對增強的對氯磺隆的活性所選擇的SuR多肽，所述SuR多肽具有配體結合域，所述配體結合域包含至少10%、20%、30%、40%、 50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、 81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100%的選自下述的氨基酸殘基
(a)在氨基酸殘基位置60處的M ；
(b)在氨基酸殘基位置64處的A或Q ；
(c)在氨基酸殘基位置67處的M、F、Y、I、V或L;
(d)在氨基酸殘基位置82處的N或T ；
(e)在氨基酸殘基位置86處的M ；
(f)在氨基酸殘基位置100處的C或W ；
(g)在氨基酸殘基位置105處的W ；
(h)在氨基酸殘基位置108處的Q或K ；
(i)在氨基酸殘基位置109處的M、Q、L或H ； (j) 在氨基酸殘基位置112處的G、A、S或T ； (k) 在氨基酸殘基位置113處的A ；
(1) 在氨基酸殘基位置116處的M或Q ； (m) 在氨基酸殘基位置134處的M或V; (η) 在氨基酸殘基位置138處的G或R ； (ο) 在氨基酸殘基位置139處的N或V ； (P) 在氨基酸殘基位置147處的F ； (q) 在氨基酸殘基位置151處的S或L ； (r) 在氨基酸殘基位置164處的A ； (s) 在氨基酸殘基位置170處的A、L或V ； (t) 在氨基酸殘基位置173處的A、G或V ； (u) 在氨基酸殘基位置174處的L或W;和； (ν) 在氨基酸殘基位置177處的K，
其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述分離的SuR多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含至少10%、20%、30%、 40%、50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、 80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、 99%或100%的選自在上面(a) - (ν)中列出的氨基酸殘基的氨基酸殘基，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述野生型 iTetR(B)是 SEQ ID NO: 1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼針對增強的對胺苯磺隆的活性所選擇的SuR多肽，所述SuR多肽具有配體結合域，所述配體結合域包含至少10%、20%、30%、40%、 50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、 81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或 100%的選自下述的氨基酸殘基
(a)在氨基酸殘基位置55處的M或L ；
(b)在氨基酸殘基位置64處的A ；
(c)在氨基酸殘基位置67處的M、Y、F、I、L或V;
(d)在氨基酸殘基位置86處的M ；
(e)在氨基酸殘基位置100處的C ；
(f)在氨基酸殘基位置104處的G ；
(g)在氨基酸殘基位置105處的F ；
(h)在氨基酸殘基位置108處的Q或K ；
(i)在氨基酸殘基位置109處的Q、M、L或H; (j) 在氨基酸殘基位置112處的S、T、G或A ； (k) 在氨基酸殘基位置113處的A ；
(1) 在氨基酸殘基位置116處的S ； (m) 在氨基酸殘基位置117處的M或L ； (η) 在氨基酸殘基位置131處的M或L ； (ο) 在氨基酸殘基位置134處的M ； (P) 在氨基酸殘基位置135處的Q ； (q) 在氨基酸殘基位置137處的A或V ； (r) C或G氨基酸殘基138; (s) 在氨基酸殘基位置139處的I ； (t) 在氨基酸殘基位置140處的F或Y ； (u) 在氨基酸殘基位置147處的L ； (ν) 在氨基酸殘基位置151處的L ； (w) 在氨基酸殘基位置164處的A ； (χ) 在氨基酸殘基位置170處的V、A或L ； (y) 在氨基酸殘基位置173處的G、A或V ； (ζ) 在氨基酸殘基位置174處的L ；和， (aa) 在氨基酸殘基位置177處的N或K，
其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述分離的SuR多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含至少10%、20%、30%、 40%、50%、55%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、 80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、 99%或100%的選自在上面在(a) - (aa)中列出的氨基酸殘基的氨基酸殘基，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。在某些實施例中，所述野生型 TetR(B)是 SEQ ID NO: 1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽與顯示為SEQ ID NO: 1的氨基酸殘基53-207的配體結合域具有至少約50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、 70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、 89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列同一性，其中使用總體比對方法,
在配體結合域的全長上測定序列同一性。在某些實施例中，所述總體比對方法是GAP，其中缺省參數是氨基酸序列％同一性和％相似性，使用8的GAP權重和2的長度權重以及 BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽與SEQ ID NO: 1 具有至少約 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、 79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、 98%或99%序列同一性，其中使用總體比對方法，在多肽的全長上測定序列同一性。在某些實施例中，所述總體比對方法是GAP，其中缺省參數是氨基酸序列％同一性和％相似性，使用 8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包括核酸序列，其在嚴格雜交條件下特異性地雜交編碼SuR多肽的多核苷酸。特異性地雜交的多核苷酸是這樣的多核苷酸，其與非靶序列的雜交相比，與靶序列的結合水平是背景的至少2-倍。嚴格的條件是序列-依賴性的和條件-依賴性的。典型的嚴格的條件是這樣的，其中鹽濃度是約0.01至1.0 M、pH 7. 0-8. 3、30°C (對于短探針(例如，10至50個核苷酸))或約60°C (對于長探針(例如，大于50個核苷酸))。嚴格的條件可以包括甲酰胺或其它去穩定劑。示例性的中等嚴格條件包括在40-45%甲酰胺、1 M NaCl、l%SDS中在37°C雜交，并在0. 5X至IX SSC中在55_60°C 洗滌。示例性的高嚴格條件包括在50%甲酰胺、1 M NaCl、l%SDS中在37°C雜交，并在0. IX SSC中在60至65°C洗滌。特異性受到雜交后洗滌條件(通常通過離子強度和溫度)的影響。對于DNA-DNA雜合體，從Meinkoth 和 Wahl, (1984) Anal. Biochem. 138 267-284 的方程，可以估測 Tm: Tm =81. 5°C + 16. 6 (log Μ) + 0. 41 (%GC) - 0. 61 (%form) - 500/L ；其中 M是單價陽離子的摩爾濃度，%GC是DNA中的鳥苷和胞嘧啶核苷酸的百分比，%form是雜交溶液中甲酰胺的百分比，且L是以堿基對表示的雜合體的長度。關于核酸雜交的大量指導，可參見Ti jssen， Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular BiologyHybridization with Nucleic Xcit/ /7TO辦<95·，第 I 部分，第 2 章“Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid probe assays，，，Elsevier, New York (1993)；禾口 Cizrre/Pro toco Is in Molecular Biology,第 2章，Ausube 1，事yl 編，Greene Publishing and ffiley-Interscience, New York (1995)。在某些實施例中，編碼SuR多肽的分離的多核苷酸在中等嚴格的條件下或在高度嚴格的條件下特異性地雜交SEQ ID N0: 434-832、1214-1221、1234-1239 或 1244-1247 的多核苷酸。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-1A04 (SEQ ID N0: 220)的多肽序列比對，以產生至少200、 250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-1A04 (SEQ ID NO: 220)的多肽序列比對，以產生至少374的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-1A04 (SEQ ID NO:220)的多肽序列比對，以產生至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、 81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR 多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-1A04 (SEQ ID NO:220) 的多肽序列比對，以產生至少88%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-1A04 (SEQ ID NO:220)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、 500、525、550、575、600、625、650、675、600、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、 970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、 1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中 BLAST 比對使用 BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-1A04 (SEQ ID NO:220)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e-80、e-85、e-90、e-95、e-100、e_105、 e-106、e-107、e_108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、e_114、e_115、e_116、e_117、 e-118、e-119、e-120 或 e_125 的 BLAST e-值評分，其中 BLAST 比對使用 BL0SUM62 矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，分離的多核苷酸編碼選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、1228-1233或1240-1243的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含 SEQ ID NO: 4；34-832、1214-1221、12；34-1239 或 1244-1M7 的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-22 (SEQ ID NO: 7)的多肽序列比對，以產生至少200、250、 275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-22 (SEQ ID N0: 7)的多肽序列比對，以產生至少387的 BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-22 (SEQ ID N0: 7)的多肽序列比對，以產生至少50%、60%、 65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、 84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR 多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-22 (SEQ ID NO: 7)的多肽序列比對，以產生至少擬％序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定序列同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與 Ll-22 (SEQ ID NO: 7)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、500、525、550、575、 600、625、650、675、600、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、 1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、1130、1140、1150、 1160、1170、1180、1190或1200的BLAST相似性評分，其中BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-22 (SEQ ID NO: 7)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e_80、e_85、e_90、e_95、e_100、e_105、e_106、e_107、e_108、 e-109、e-110、e_lll、e_112、e_113、e_114、e_115、e_116、e_117、e_118、e_119、e_120 或 e-125的BLAST e-值評分，其中BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，分離的多核苷酸編碼選自SEQ ID NO: 3-401,1206-1213, 12觀-1233或1240-1M3的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含SEQ ID NO: 434-832、1214-1221、12；34-1239或1244-1M7的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。
在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-29 (SEQ ID N0: 10)的多肽序列比對，以產生至少200、250、 275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-29 (SEQ ID N0: 10)的多肽序列比對，以產生至少393 的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-29 (SEQ ID N0: 10)的多肽序列比對，以產生至少50%、 60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、 83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定序列同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼 SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-29 (SEQ ID N0: 10) 的多肽序列比對，以產生至少 400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、 750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、 1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或1200的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-29 (SEQ ID NO: 10)的多肽序列比對，以產生至少 1006的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-29 (SEQ ID NO: 10)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e_75、e_80、e_85、e_90、e_95、e_100、e_105、e_106、e_107、e_108、e_109、 e-110、e-111、e_112、e_113、e_114、e_115、e_116、e_117、e_118、e_119、e_120 或 e_125 的BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，分離的多核苷酸編碼選自SEQ ID NO: 3-401,1206-1213, 1228-1233或1240-1M3的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含SEQ ID NO: 434-832、1214-1221、12；34-1239或1244-1M7的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。
在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-02 (SEQ ID NO: 3)的多肽序列比對，以產生至少200、250、 275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-02 (SEQ ID N0: 3)的多肽序列比對，以產生至少50%、 60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、 83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定序列同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼 SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-02 (SEQ ID N0: 3) 的多肽序列比對，以產生至少 400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、 750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、 1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-02 (SEQ ID N0: 3)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e_75、e_80、e_85、e_90、e_95、e_100、e_105、e_106、e_107、e_108、e_109、 e-110、e-lll、e-112、e-113、e-114、e-115、e-116、e-117、e-118、e-119、e_120 或 e_125 的 BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-02 (SEQ ID N0: 3)的多肽序列比對，以產生至少e_112 的BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，分離的多核苷酸編碼選自SEQ ID NO: 3-401,1206-1213, 12觀-1233或1240-1M3的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含SEQ ID N0:434-832、1214-1221、12；34-1239或1244-1M7的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。
在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID NO: 4)的多肽序列比對，以產生至少200、250、 275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID NO: 4)的多肽序列比對，以產生至少388的 BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID NO: 4)的多肽序列比對，以產生至少50%、60%、 65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、 84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR 多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID NO: 4)的多肽序列比對，以產生至少93%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定序列同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與 Ll-07 (SEQ ID NO: 4)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、500、525、550、575、 600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、 1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、1130、1140、1150、 1160、1170、1180、1190或1200的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR 多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID N0: 4)的多肽序列比對，以產生至少996的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR 多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID N0: 4)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e_75、e_80、e_85、e_90、e_95、e_100、e_105、e_106、 e-107、e-108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、e_114、e_115、e_116、e_117、e_118、 e-119、e-120或e_125的BLAST e_值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-07 (SEQ ID N0: 4)的多肽序列比對，以產生至少e-111的BLAST e_值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，分離的多核苷酸編碼選自SEQ ID N0: 3-401、1206-1213、1228-1233或1240-1243的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含 SEQ ID N0: 4；34-832、1214-1221、12；34-1239 或 1244-1M7 的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。
在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-20 (SEQ ID NO: 6)的多肽序列比對，以產生至少200、250、 275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750 的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-20 (SEQ ID NO: 6)的多肽序列比對，以產生至少50%、 60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、 83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-20 (SEQ ID NO: 6)的多肽序列比對，以產生至少93%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST 比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定序列同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與 Ll-20 (SEQ ID NO: 6)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、500、525、550、575、 600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、 1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、1130、1140、1150、 1160、1170、1180、1190或1200的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR 多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-20 (SEQ ID NO: 6)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e_75、e_80、e_85、e_90、e_95、e_100、e_105、e_106、 e-107、e-108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、e_114、e_115、e_116、e_117、e_118、 e-119、e-120或e_125的BLAST e_值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-20 (SEQ ID N0: 6)的多肽序列比對，以產生至少e-111的BLAST e_值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，分離的多核苷酸編碼選自SEQ ID N0: 3-401、1206-1213、1228-1233或1240-1243的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含 SEQ ID N0: 4；34-832、1214-1221、12；34-1239 或 1244-1M7 的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-44 (SEQ ID N0: 13)的多肽序列比對，以產生至少200、 250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-44 (SEQ ID N0: 13)的多肽序列比對，以產生至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-44 (SEQ ID NO: 13)的多肽序列比對，以產生至少93%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定序列同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與Ll-44 (SEQ ID NO: 13)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、 500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、 970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、 1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述 BLAST 比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L1-44 (SEQ ID NO: 13)的多肽序列比對，以產生至少 e_60、e_70、e_75、e_80、e_85、e_90、e_95、 e-100、e-105、e_106、e_107、e_108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、e_114、e_115、 e-116、e-117、e-118、e-119、e-120 或 e-125 的 BLAST e_ 值評分，其中所述 BLAST 比對使用 BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，分離的多核苷酸編碼選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、12沘-1233或1240-1M3的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含 SEQ ID NO: 4；34-832、1214-1221、12；34-1239 或 1244-1247 的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID N0: 1228)的多肽序列比對，以產生至少200、 250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID N0: 1228)的多肽序列比對，以產生至少381的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID N0: 1228)的多肽序列比對，以產生至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、 81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定序列同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用 8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID N0: 1228)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1010、 1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、1130、1140、1150、1160、 1170、1180、1190或1200的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID NO: 1228)的多肽序列比對，以產生至少978的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID NO: 1228)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e-75、e-80、e-85、e-90、e-95、e-100、e-105、e-106、 e-107、e-108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、e_114、e_115、e_116、e_117、e_118、 e-119、e-120或e_125的BLAST e_值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3A09 (SEQ ID NO: 1228)的多肽序列比對，以產生至少e-108的BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，分離的多核苷酸編碼選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、1228-1233或1240-1243的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含 SEQ ID NO: 4；34-832、1214-1221、12；34-1239 或 1244-1M7 的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3H02 (SEQ ID N0: 94)的多肽序列比對，以產生至少200、 250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3H02 (SEQ ID N0: 94)的多肽序列比對，以產生至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、 82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3H02 (SEQ ID N0: 94)的多肽序列比對，以產生至少90%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定序列同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3H02 (SEQ ID N0: 94)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、 500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、 970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、 1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述 BLAST 比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L6-3H02 (SEQ ID NO: 94)的多肽序列比對，以產生至少 e_60、e_70、e_75、e_80、e_85、e_90、e_95、 e-100、e-105、e_106、e_107、e_108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、e_114、e_115、 e-116、e-117、e-118、e-119、e-120 或 e-125 的 BLAST e_ 值評分，其中所述 BLAST 比對使用 BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，分離的多核苷酸編碼選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、12沘-1233或1240-1M3的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含 SEQ ID NO: 4；34-832、1214-1221、12；34-1239 或 1244-1247 的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID NO: 1229)的多肽序列比對，以產生至少200、 250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID NO: 1229)的多肽序列比對，以產生至少368的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID N0: 1229)的多肽序列比對，以產生至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、 81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定序列同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用 8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID N0: 1229)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、 650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1010、 1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、1130、1140、1150、1160、 1170、1180、1190或1200的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID N0: 1229)的多肽序列比對，以產生至少945的BLAST相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID N0: 1229)的多肽序列比對，以產生至少 e-60、e-70、e-75、e-80、e-85、e-90、e-95、e-100、e-105、e-106、 e-107、e-108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、e_114、e_115、e_116、e_117、e_118、 e-119、e-120或e_125的BLAST e_值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L7-4E03 (SEQ ID N0: 1229)的多肽序列比對，以產生至少e-105的BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，分離的多核苷酸編碼選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、1228-1233或1240-1243的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含 SEQ ID NO: 4；34-832、1214-1221、12；34-1239 或 1244-1M7 的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L10-84(B12) (SEQ ID NO: 1230)的多肽序列比對，以產生至少 200、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、 700或750的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為 11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L10-84(B12) (SEQ ID NO: 1230)的多肽序列比對，以產生至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、 79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、 98%或99%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L10-84 (B12) (SEQ ID NO: 1230)的多肽序列比對，以產生至少86%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為 1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定序列同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62 評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L10-84(B12) (SEQ ID NO: 1230)的多肽序列比對，以產生至少 400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、 920、930、940、950、960、970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、 1090、1100、1110、1120、1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L10-84(B12) (SEQ ID NO: 1230)的多肽序列比對，以產生至少e_60、 e-70、e-75、e_80、e_85、e_90、e_95、e_100、e_105、e_106、e_107、e_108、e_109、e_110、 e-111、e-112、e_113、e_114、e_115、e_116、e_117、e_118、e_119、e_120 或 e_125 的 BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為 1。在某些實施例中，分離的多核苷酸編碼選自SEQ ID NO: 3-401、1206-1213、1228-1233 或1240-1M3的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含SEQ ID N0: 434-832、 1214-1221、1234-1239或1244-1M7的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID N0: 1231)的多肽序列比對，以產生至少200、 250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700 或 750的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID N0: 1231)的多肽序列比對，以產生至少320的BLAST比特評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID NO: 1231)的多肽序列比對，以產生至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、 81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR 多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID NO: 1231)的多肽序列比對，以產生至少86%序列同一性的序列同一性百分比，其中使用BL0SUM62矩陣，通過BLAST比對測定序列同一性，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，使用總體比對方法測定序列同一性百分比，其中使用GAP算法，使用氨基酸序列％同一性和％相似性的缺省參數，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID NO: 1231)的多肽序列比對，以產生至少400、425、450、475、 500、525、550、575、600、625、650、675、700、750、800、850、900、910、920、930、940、950、960、 970、980、990、1000、1010、1020、1030、1040、1050、1060、1070、1080、1090、1100、1110、1120、 1130、1140、1150、1160、1170、1180、1190 或 1200 的 BLAST 相似性評分，其中所述 BLAST 比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID NO: 1231)的多肽序列比對，以產生至少819的BLAST相似性評分，其中所述BLAST 比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID NO: 1231)的多肽序列比對，以產生至少e-60、e-70、e-75、e-80、e-85、e-90、e-95、 e-100、e-105、e_106、e_107、e_108、e_109、e_110、e_lll、e_112、e_113、e_114、e_115、 e-116、e-117、e-118、e-119、e-120 或 e-125 的 BLAST e_ 值評分，其中所述 BLAST 比對使用 BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與L13-46 (SEQ ID N0: 1231)的多肽序列比對，以產生至少e-90的BLAST e-值評分，其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。在某些實施例中，分離的多核苷酸編碼選自SEQ ID N0: 3-401、1206-1213、12沘-1233或1240-1M3的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含 SEQ ID N0: 4；34-832、1214-1221、12；34-1239 或 1244-1247 的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含配體結合域，所述配體結合域來自選自SEQ ID N0: 3-401、1206-1213、12沘-1233或1240-1243的多肽。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸編碼SuR多肽，所述SuR多肽包含選自SEQ ID N0: 3-401、1206-1213、1228-1233或1240-1243的氨基酸序列。在某些實施例中，所述編碼的 SuR多肽選自=SEQ ID N0: 3-401、1206-1213、12沘_1233 或 1240-1243，且磺酰脲化合物選自氯磺隆、甲基胺苯磺隆、甲磺隆、甲嘧磺隆和甲基噻吩磺隆。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含 SEQ ID N0: 4；34-832、1214-1221、12；34-1239 或 1244-1M7 的多核苷酸序列或其互補多核苷酸。在某些實施例中，所述分離的SuR多核苷酸編碼這樣的SuR多肽，其對于磺酰脲化合物具有大于0.1 nM且小于10 μΜ的平衡結合常數。在某些實施例中，所述編碼的SuR多肽對于磺酰脲化合物具有至少 0. 1 ηΜ、0. 5nM、l nM、10 nM、50 nMUOO ηΜ、250 ηΜ、500 ηΜ、 750 ηΜ、1 μΜ、5 μΜ、7 μΜ、但是小于10 μΜ的平衡結合常數。在某些實施例中，所述編碼的 SuR 多肽對于磺酰脲化合物具有至少 0. 1 ηΜ、0. 5nM、l nM、10 nM、50 nMUOO ηΜ、250 ηΜ、500 ηΜ、750 ηΜ、但是小于1 μΜ的平衡結合常數。在某些實施例中，所述編碼的SuR多肽對于磺酰脲化合物具有大于O ηΜ、但是小于0.1 ηΜ、0. 5nM、l nM、10 nM、50 nMUOO ηΜ、250 ηΜ、500 ηΜ、750 ηΜ、1 μΜ、5 μΜ、7 μΜ或10 μΜ的平衡結合常數。在某些實施例中，磺酰脲化合物是氯磺隆、胺苯磺隆、甲磺隆、嘧磺隆和/或噻吩磺隆化合物。在某些實施例中，所述分離的SuR多核苷酸編碼這樣的SuR多肽，其其對于操縱基因序列具有大于0.1 ηΜ且小于10 μΜ的平衡結合常數。在某些實施例中，所述編碼的 SuR多肽對于操縱基因序列具有至少 0. 1 ηΜ、0. 5ηΜ、1 ηΜ、10 ηΜ、50 ηΜ、100 ηΜ、250 ηΜ、500 ηΜ、750 ηΜ、1 μΜ、5 μΜ、7 μΜ、但是小于10 μ M的平衡結合常數。在某些實施例中，所述編碼的SuR多肽對于操縱基因序列具有至少0. 1 ηΜ、0·5ηΜ、1 ηΜ、10 ηΜ、50 ηΜ、100 ηΜ、 250 ηΜ、500 ηΜ、750 ηΜ、但是小于1 μ M的平衡結合常數。在某些實施例中，所述編碼的 SuR多肽對于操縱基因序列具有大于O ηΜ、但是小于0.1 ηΜ、0. 5ηΜ、1 ηΜ、10 ηΜ、50 ηΜ、100 ηΜ、250 ηΜ、500 ηΜ、750 ηΜ、1 μΜ、5 μΜ、7 μ M或10 μ M的平衡結合常數。在某些實施例中，所述操縱基因序列是Tet操縱基因序列。在某些實施例中，所述Tet操縱基因序列是 TetR(A)操縱基因序列、TetR(B)操縱基因序列、TetR(D)操縱基因序列、TetR(E)操縱基因序列、TetR(H)操縱基因序列或其功能衍生物。在某些實施例中，編碼SuR多肽的分離的多核苷酸包含特定宿主細胞或宿主細胞細胞器的密碼子偏好的代表性的密碼子組成特性。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含原核生物偏好的密碼子。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含細菌偏好的密碼子。在某些實施例中，所述細菌是大腸桿菌itir^/f—。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含質體偏好的密碼子。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含真核生物偏好的密碼子。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含細胞核偏好的密碼子。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含植物偏好的密碼子。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含單子葉植物偏好的密碼子。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含玉米、水稻、高粱、大麥、小麥、黑麥、柳枝稷、草坪草和/或燕麥偏好的密碼子。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含雙子葉植物偏好的密碼子。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含大豆、向日葵、紅花、油菜、苜蓿、擬南芥、煙草和/或棉花偏好的密碼子。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含酵母偏好的密碼子。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含哺乳動物偏好的密碼子。在某些實施例中，所述分離的多核苷酸包含昆蟲偏好的密碼子。組合物也包括與編碼SuR多肽的多核苷酸完全互補的分離的多核苷酸，包含編碼所述SuR多肽的多核苷酸和/或其互補物或衍生物的表達盒、復制子、載體、T-DNA、DNA文庫、宿主細胞、組織和/或生物體。在某些實施例中，提供了 DNA文庫，其包含編碼SuR多肽變體群體的多核苷酸群體。在某些實施例中，所述多核苷酸穩定地整合進宿主細胞、組織和 /或生物體的基因組中。在某些實施例中，所述宿主細胞是原核生物，包括大腸桿菌和土壤桿菌屬菌株。在某些實施例中，所述宿主是真核生物，包括例如酵母、昆蟲、植物和哺乳動物。另外提供了使用所述組合物的方法。在一個實施例中，提供了調節宿主細胞中目標多核苷酸的轉錄的方法，所述方法包括提供細胞，所述細胞包含可操作地連接到啟動子上的目標多核苷酸，所述啟動子包含至少一個四環素操縱基因序列；提供SuR多肽，和，提供磺酰脲化合物，由此調節目標多核苷酸的轉錄。可以使用任意宿主細胞，包括例如原核細胞(諸如細菌)和真核細胞(包括酵母、植物、昆蟲和哺乳動物細胞)。在某些實施例中，提供 SuR多肽包括，使所述細胞接觸表達盒，所述表達盒包含在所述細胞中起作用的啟動子，所述啟動子可操作地連接到編碼SuR多肽的多核苷酸上。還提供了生產和選擇多樣化文庫的方法，用于生產另外的SuR多核苷酸，包括編碼具有提高的和/或增強的特征的SuR多肽的多核苷酸，所述特征例如改變的對磺酰脲化合物和/或靶DNA操縱基因序列的結合常數和/或增加的穩定性，都基于為了新的或提高的活性而選擇文庫的多核苷酸組分。在某些實施例中，提供了至少一個寡核苷酸文庫或群體，其用于將序列修飾和/或多樣性導入野生型或修飾的TetR配體結合域多肽。在某些實施例中，所述文庫或群體用于將修飾和/或多樣性導入野生型或修飾的TetR多肽。在某些實施例中，所述文庫或群體導入至少一個在圖9中例證的修飾。在某些實施例中，所述文庫或群體包含至少10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、或更多個不同的寡核苷酸。在某些實施例中，所述文庫或群體包含選自下述的寡核苷酸在表2、9、12、13、15、17、19中的至少一個中顯示的寡核苷酸，或其組合。在某些實施例中，所述文庫或群體包含一個或更多個選自下述的寡核苷酸SEQ ID NO: 833-882、885-986、987-059、1060-1083、1084-1124、 1125-1154、1159-1205。在某些實施例中，磺酰脲化合物是胺苯磺隆。在某些實施例中，所述胺苯磺隆在約 0. 001,0. 002,0. 003,0. 004,0. 005,0. 006,0. 007,0. 008,0. 009,0. 01,0. 02,0. 03,0. 04、 0. 05、0· 06、0· 07、0· 08、0· 09、0· 10、0· 15、0· 2、0· 25、0· 3、0· 35、0· 4、0· 45、0· 5、0· 55、0· 6、 0. 65、0· 7、0· 75,0. 8、0· 85、0· 9、0· 95、1· 0、1· 5、2· 0、2· 5、3· 0、3· 5、4· 0、4· 5、5· 0、5· 5、6· 0、 6.5,7.0,7.5,8.0,8.5,9.0,9.5、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、 50、55、60、65、70、75、80、85、90、100、200 或 500 μ g/ml 的濃度提供。在某些實施例中，所述SuR多肽具有配體結合域，所述配體結合域與SEQ ID NO: 205-401、1206-1213或 1228-1233 的 SuR 多肽具有至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、 75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、 94%、95%、96%、97%、98%或99%序列同一性，其中使用總體比對方法，在多肽的全長上測定序列同一性。在某些實施例中，所述總體比對方法是GAP，其中缺省參數是用于氨基酸序列％同一性和％相似性，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述多肽具有配體結合域，所述配體結合域來自選自SEQ ID NO: 205-401、 1206-1213、1228-1233或1240-1243的SuR多肽。在某些實施例中，所述多肽選自:SEQ ID NO: 205-401、1206-1213、1228-1233 或 1240-1243。在某些實施例中，所述多肽由 SEQ ID NO: 636-832、1214-1221、1234-1239 或 1244-1247 的多核苷酸編碼。在某些實施例中，磺酰脲化合物是氯磺隆。在某些實施例中，所述氯磺隆在約 0. 0U0. 02,0. 03,0. 04,0. 05,0. 06,0. 07,0. 08,0. 09,0. 10,0. 15,0. 2、0· 25、0· 3、0· 35、0· 4、0. 45、0· 5、0· 55、0· 6、0· 65、0· 7、0· 75、0· 8、0· 85、0· 9、0· 95、1· 0、1· 5、2· 0、2· 5、3· 0、3· 5、 4. 0,4. 5,5. 0,5. 5,6. 0,6. 5,7. 0,7. 5,8. 0,8. 5,9. 0,9. 5、10、11、12、13、14、15、16、17、18、 19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、100、200 或 500 μ g/ml 的濃度提供。在某些實施例中，所述SuR多肽具有配體結合域，所述配體結合域與SEQ ID NO: 14-204 的 SuR 多肽具有至少 50%、60%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、 77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、 96%、97%、98%或99%序列同一性，其中使用總體比對方法，在多肽的全長上測定序列同一性。在某些實施例中，所述總體比對方法是GAP，其中缺省參數是用于氨基酸序列％同一性和％相似性，使用8的GAP權重和2的長度權重和BL0SUM62評分矩陣。在某些實施例中，所述多肽具有配體結合域，所述配體結合域來自選自SEQ ID NO: 14-204的SuR多肽。在某些實施例中，所述多肽選自SEQ ID NO: 14-204。在某些實施例中，所述多肽由SEQ ID NO: 445-635的多核苷酸編碼。獲取在不同的種子市場的價值的能力，需要用于控制工程化的特性分布的技術的發展。一個選項是使用化學調節的基因開關的特性滅活/活化系統。迄今為止，不存在這樣的系統，主要是因為缺少有關的化學試劑，例如農業相容的和/或基于藥物的化學試劑，其可以用作敏感的基因開關技術的配體。為了開發基于農業化學的配體基因開關，使用蛋白建模、DNA重排和高度靈敏的篩選機理修飾TetR，以生產特異性地識別磺酰脲化合物的阻遏物。對于農業用途，磺酰脲化合物是韌皮部活動的和可商業得到的，因此提供用作開關配體化學的良好基礎。在3輪建模和DNA重排后，已經產生了這樣的阻遏物，其幾乎象野生型TetR識別同源誘導物一樣好地識別SU化學試劑，且仍然對磺酰脲化學試劑是完全特異性的。這些多肽包含真實的磺酰脲阻遏物(SuR)，它們已經在植物原位(i/7 z^^te)獲得驗證，其中使用新開發的瞬時測定系統來證實SuR開關系統的功能性。盡管在農業背景下予以例證，這些方法和組合物可以用于多種其它場合和生物體。一般而言，最有用的是這樣的化學開關系統，其中使用的化學試劑快速穿透，且被生物體中的所有細胞類型感知，但是不會擾亂任何內源調節網絡。其它重要的方面必須處理傳感器組分的行為，例如在沒有或有誘導物存在下調節和應答的嚴格性。一般而言，優選的是這樣的開關系統，其在沒有誘導物存在下具有“關閉，，狀態的緊密調節，且在有誘導物存在下具有快速且強烈的應答。可逆地打開和關閉基因的能力，對于基因表達和功能的分析(尤其是對于其產物對細胞有毒性的那些基因)，具有巨大效用。在原核生物中的確定地表征的控制機理涉及結合操縱基因DNA來阻止轉錄起始的阻遏蛋白(Wray和Reznikoff (1983) J Bacterial 156:1188-1191)，且已經開發了用于控制在動物(Wirtz 和 Clayton (1995) Science 268:1179-1183; Deuschle ^A (1995) Mol Cell Biol 15:1097-1914; Furth ^A (1994) Proc Natl Acad Sci USA 91:9032-9306; Gossen 和 Bujard (1992) Proc Natl Acad Sci USA 89:5547-5551 和 Gossen(1995) Science 洸8:1766-1769)和植物 (Wilde (1992) EMBO J 11:1251-1259; Gatz(1992) Plant J 2:397-404; Roder 藥Λ (1994) Mol Gen Genet 243-32-38 和 Ulmasov 藥Λ (1997) Plant Mol Biol 35:417-424)中的表達的阻遏物-調節的系統。
2個主要的基于阻遏物的系統已經被成功地用于調節植物基因表達lac操縱基因-阻遏物系統(Ulmasov 藥Λ (1997) Plant Mol Biol 35:417-424; Wilde ^A (1992) EMBO J 11:1251-1259)和 tet 操縱基因-阻遏物系統(Wilde 藥Λ (1992) EMBO J 11:1251-1259; Gatz 藥Λ (1992) Plant J 2:397-404; Roder 藥Λ (1994) Mol Gen Genet 243:32-38; Ulmasov 藥Λ (1997) Plant Mol Biol ；35_417-424)。二者是基于阻遏物/操縱基因的系統，它們的關鍵元件源自它們的對應的原核操縱子，即大腸桿菌乳糖操縱子(對于lac)和轉座子TnlO四環素操縱子(對于tet)。通常，這些系統如下控制啟動子的活性通過將操縱基因序列放在基因的轉錄起始位點附近，使得在阻遏蛋白結合它的同源操縱基因序列以后，抑制來自操縱子的基因表達。但是，在有誘導劑存在下，阻遏物與它的操縱基因的結合受到抑制，從而活化啟動子，并實現基因表達。在Iac系統中，異丙基-B-D-硫代吡喃半乳糖苷(IPTG)是常用的誘導劑，而四環素和/或多西環素是tet系統的常用誘導劑。通過tet阻遏物與它的操縱基因序列的結合，調節TnlO-操縱子的表達(Beck 等 A (1982) J Bacteriol 150:633-642; Wray 和 Reznikoff (1983) J Bacteriol 156:1188-1191)。四環素阻遏物對tet操縱基因的高特異性、四環素和它的衍生物的誘導的高效率、誘導物的低毒性、以及四環素容易地穿透大多數細胞的能力，是tet系統用于來自動物(Wirtz 和 Clayton (1995) Science 268:1179-1183; Gossen 藥Λ (1995) Science 洸8 1766-1769)、人(Deuschle ^A (1995) Mol Cell Biol 15:1907-1914; Furth 藥Λ (1994) Proc Natl AcacI Sci USA 91:9302-9306; Gossen 和 Bujard (1992) Proc Natl AcacI Sci USA 89:5547-5551; Gossen 藥Λ (1995) Science 268:1766-1769) 和植物細胞培養物(Wilde 藥Λ (1992) EMBO J 11:1251-1259; Gatz 藥Λ (1992) Plant J 2:397-404; Roder 藥Λ (1994) Mol Gen Genet 243:32-28; Ulmasov 藥Λ (1997) Plant Mol Biol 35:417-424)的真核細胞的體基因調節的基礎。已經設計了四環素操縱基因/阻遏物系統的許多變化。例如，通過阻遏物與轉錄反式激活域的融合、諸如單純皰疹病毒VP16和tet阻遏物(tTA，Gossen和Bujard (1992) Proc Natl AcacI Sci USA 89 5547-5551)，開發了一個基于 tet 阻遏物向活化劑的轉化的系統。在該系統中，在沒有四環素存在下，通過tTA與tet操縱基因序列的結合，活化最小的啟動子，且四環素滅活反式活化劑并抑制轉錄。該系統已經用于植物(Weinmarm
(1994) Plant J 5 559-569)、大鼠心臟(Fishman(1994) J Clin Invest
93:1864-1868)和小鼠(Furth 藥Λ (1994) Proc Natl AcacI Sci USA 91:9302-9306)。但是，有證據表明，嵌合的tTA融合蛋白在有效基因調節所需的水平對細胞是有毒的(Bohl ^A (1996) Nat Med 3:299-305)。修飾成被四環素及其類似物調節的啟動子是已知的(Matzke(2003) Plant Mol Biol Rep 21:9-19; Padidam (2003) Curr Op Plant Biol 6:169-177; Gatz和Quail (1988) Proc Natl Acad Sci USA 85:1394-1397; Ulmasov 等人(1997) Plant Mol Biol 35:417-424; ffeinmann,藥Λ (1994) Plant J 5:559-569)。可以將一個或更多個 tet 操縱基因序列加入啟動子中，以便生成四環素誘導型啟動子。在某些實施例中，已經將最多7個tet操縱基因導入最小啟動子序列的上游，且反式應用的TetR: :VP16激活域融合僅在沒有誘導物存在下活化表達(Weinmann (1994) Plant J 5:559-569; Love箏A (2000) / ^ / 21:579-588)。開發了廣泛測試的四環素調節的植物表達系統，其使用 CaMV 35S啟動子(Gatz 藥Λ (1992) / ^ / 2 397-404)，具有 3個導入在TATA盒(3Χ0ρΤ 35S)附近的tet操縱基因。3X0pT 35S啟動子通常在煙草和馬鈴薯中起作用，但是也報道了在煙草和擬南芥屬中的毒性和差的植物表型(Gatz (1997) Ann Rev Plant Physiol Plant Mol Biol 48:89-108; Corlett 藥Λ (1996) Plant Cell Environ 19:447-454)。另一個因素是，四環素-有關的化學試劑在光下快速地被降解，這傾向于限制它的用途為在實驗室條件下測試。已經對TetR進行DNA重排，以將它的誘導物特異性從四環素修改成4_脫(二甲氨基)-6-脫氧-6-脫甲基-四環素(cmt3)，即一種有關的、但是非誘導性的化合物(kholz #U (2003) J Mol Biol 3四:217_227)，其缺少在4和6位的化學側基，因此比四環素更小。通過縮小配體結合袋，從而在空間上阻斷天然配體四環素，改變TetR的特異性。起始多肽是TetR(BD)嵌合體，其由來自TetR(B)的氨基酸1-50和來自TetR(D)的殘基51-208 組成。使用幾輪進化和選擇來將TetR特異性從四環素轉移至cmt3。非誘導物cmt3具有微小的起始活性，且被提高到四環素的水平，使活性提高數千倍，且四環素對突變型阻遏物幾乎不具有誘導活性。盡管TetR的特異性向cmt3配體轉移的能力是令人興奮的，必須牢記的是，cmt3與天然的四環素配體高度相關。基于這些實驗，難以看出，TetR可以用作形成對完全不同類型的化學配體的特異性的基礎。為了生成新的化學開關系統，我們重新設計了 TetR系統，以識別可用于農業的化學試劑。通過選擇登記的農業化學化合物，開始重新設計過程，所述化合物具有優良的植物攝入和分布性質，以及具有對于建模進野生型TetR配體結合袋中而言合理的大小和形狀。選擇的化合物甲基噻吩磺隆(Harmony )是商業上使用的磺酰脲類除草劑家族之一，其抑制支鏈氨基酸生物合成的關鍵植物酶乙酰乳酸合酶(ALS)。噻吩磺隆(Ts)和有關的除草劑在結構上不同于四環素，因此它們不可能具有TetR的任何起始活性。DNA重排是一種有力的技術，且可以提高對底物的親和力或底物周轉率數千倍，但是仍然不能從新(論novo) 建立起始活性。為了填補該進化途徑中的該間隙，尋找了計算機建模策略，其縮小了對重排有意義的氨基酸多樣性的搜索。最近開發的建模技術被用于再訓練(re-train)大腸桿菌周質結合蛋白，其通常結合糖類，以與完全不同的化合物集合(諸如血清素、L-乳酸鹽和三硝基甲苯)反應，并開始信號傳遞(Looger #U (2003) Nature 423:185-190)。使用與DNA重排偶聯的蛋白設計和非常靈敏的篩選系統，已經鑒別出對噻吩磺隆(Ts)和其它有關的SU化合物做出應答的 TetR蛋白變體。在幾輪DNA重排后，開發了這樣的TetR變體，其具有與SU配體(SuR)的遺傳開關能力，類似于TetR與四環素誘導物的遺傳開關能力。可以單獨地或組合地使用合理的蛋白設計的任意方法。例如，在蛋白序列家族內的種系發生多樣性，可以用于鑒別一級結構中具有氨基酸置換的位置、和已經發生的置換的類型、和它們對功能的影響。還可以比對并類似地檢查保守的域家族，以鑒別一級結構中具有氨基酸置換的位置、和已經發生的置換的類型、和對功能的影響。可以評價二級結構和功能結構域，并將不同的模型用于預測耐受性或氨基酸置換對結構和功能的影響。使用三級和/或四級結構和配體、底物和/或輔因子結合的建模，會提供對氨基酸置換的作用和/ 或替換配體、底物和/或輔因子與所述多肽的相互作用的進一步洞察。
為了檢查四環素阻遏物的種系發生多樣性，使用了廣家族的四環素阻遏蛋白以及密切有關的四環素阻遏物。鑒別和比對了 34種蛋白，以檢查在阻遏物家族的不同位置的氨基酸多樣性(SEQ ID NO: 1和402-43 。廣家族的四環素阻遏物包含TetR(D)突變體，其結構通過結晶PDB_1A6I (Orth藥Λ (1998) J Mol Biol 279:439-447)和公開的序列保存登記號 Α26948、ΑΑΑ98409、AAD12754、AAD25094、AAD25537、ΑΑΡ93923、AAR96033、AAW66496、 AAW83818、ΑΒ014708、ABS19067、CAA24908、CAC80726、CAC81917、ΕΑΥ62734、ΝΡ_387455、 ΝΡ_387462、ΝΡ_511232、ΝΡ_824556、Ρ51560、ΥΡ_001220607、ΥΡ_001370475、ΥΡ_368094、 ΥΡ_620166、ΥΡ_772551、ΖΡ_00132379、ΖΡ_01558383 和 ΖΡ_01567051 來確定。密切有關的四環素阻遏物包括 iTetR(A) Ρ03038、TetR(B) Ρ04483、TetR(D) P0ACT4、TetR(E) Ρ21337 和 TetR (H) Ρ51561。使用這些序列的比對來尋找總序列多樣性以及在DNA和配體結合域中的多樣性(參見，實施例1Η, SEQ ID NO: 1和402-433)。阻遏蛋白的模塊體系結構和螺旋-轉角-螺旋DNA結合域的共同特性 (commonality)允許建立具有改變的DNA結合特異性的SuR多肽。例如，通過將SuR配體結合域融合到替代DNA結合域上，可以改變DNA結合特異性。例如，可以將來自TetR D類的DNA結合域融合到SuR配體結合域上，以建立這樣的SuR多肽，其特異性地結合包含D 類四環素操縱基因的多核苷酸。在某些實施例中，可以使用DNA結合域變體或衍生物。例如，可以使用特異性地識別tetO-4C操縱基因或tet0-6C操縱基因的來自TetR變體的DNA 結合域(Helbl 和 Hillen (1998) J Mol Biol 276:313-318; Helbl 藥Λ (1998) J Mol Biol 276:319-324)。由2個亞基中的螺旋α 8和α 10形成的四螺旋束可以被取代，以確保當靶向相同細胞中的2個不同的操縱基因特異性的阻遏物變體時的二聚化特異性，從而防止異源二聚化(例如，Rossi 藥Λ (1998) Nat Genet 20:389-393; Berens 和 Hillen (2003) Eur J Biochem 270:3109-3121)。在另一個實施例中，來自LexA阻遏物的DNA結合域被融合至GAL4，其中該雜化蛋白在大腸桿菌和酵母中識別LexA操縱基因(Brent和 Ptashne (1985) Cell 43:729-736) 在另一個實施例中，434阻遏物的所有假定的DNA結合或DNA-識別R-基團被P22阻遏物的對應位置替換。在體內和在體外測試了雜合體阻遏物434R[ α 3 (P22R)]的操縱基因結合特異性，每個實驗證實，434的該靶向修飾將DNA 結合特異性從434操縱基因轉移至Ρ22操縱基因(Wharton和Ptashne (1985) Nature 316:601-605)。通過建立野生型434R和434R[ α 3 (P22R)]的異源二聚體，其特異性地識別嵌合的Ρ22/434操縱基因序列，進一步延伸了該工作(HollisiU (1988) Proc Natl Acad Sci USA 8558；34_5838)。在另一個實施例中，AraC蛋白的N-端一半被融合至LexA 阻遏物DNA結合域上。得到的AraC = LexA嵌合體二聚化，結合LexA操縱基因，并以阿拉伯糖-響應性的方式抑制LexA操縱基因半乳糖苷酶融合基因的表達(Bustos和 Schleif (1993) Proc Natl AcacI Sci USA 90:5638-5642)。編碼SuR多肽的分離的多核苷酸也可以用作產生多樣性的方法(包括突變、重組和遞歸重組反應)的底物，以生成具有希望的性質的另外的SuR多核苷酸和/或多肽變體。此外，所述SuR多核苷酸可以用于產生多樣性的方法，以生成與原料相比具有改變的特征 (例如結合不同的配體誘導物)的多核苷酸和/或多肽變體。所述產生多樣性的方法會生成序列變化，包括單核苷酸置換、多核苷酸置換和核酸序列區域的插入或缺失。可以單獨地和 /或組合地使用產生多樣性的方法，以產生一個或更多個SuR變體或變體集合以及編碼的蛋白的變體。單個地和共同地，這些方法會提供穩健的、廣泛適用的產生多樣化的多核苷酸和多肽以及多核苷酸和多肽集合(包括文庫)的途徑。這些變體和變體集合可用于具有新的和/或改良的特征的多核苷酸、蛋白、途徑、細胞和/或生物體的工程化或快速進化。可以針對改變的特征和/或性質(包括改變的配體結合、DNA結合的保留、和/或結合性質的定量)，選擇或篩選得到的多核苷酸和/或多肽變體。可以使用任意方法來為文庫提供序列多樣性。可得到許多產生多樣性的方法，包括多基因重排和用于產生修飾的核酸序列的方法，包括例如，Soong等人(2000) Nat Genet 25:436—39; Stemmer ^A (1999) Tumor Targeting 4:1—4; Ness ^A (1999) Nature Biotech 17:893-896; Chang 箏 A (1999) Nature Biotech 17:793-797; Minshull 和 Stemmer (1999) Curr Op Chem Biol 3:284-290; Christians 藥Λ (1999) Nature Biotech 17:259—264; Crameri ^A (1998) Nature 391:288—291; Crameri ^A (1997) Nature Biotech 15:436-438; Zhang ^A (1997) Proc Natl Acad Sci USA 94:4504-4509; Patten 藥Λ (1997) Curr Op Biotech 8:724-733; Crameri ^A (1996) Nature Med 2:100-103; Crameri ^A (1996) Nature Biotech 14:315-319; Gates 藥Λ (1996) J Mol Biol 255:373-386; Stemmer (1996)在 The Encyclopedia of Molecular Biology (VCH Publishers, New York)第 447-457 頁中的 ‘Sexual PCR and Assembly PCR“ ； Crameri 禾口 Stemmer (1995) BioTechniques 18:194-195； Stemmer ^A (1995) Gene 164:49-53; Stemmer (1995) Science 270:1510; Stemmer (1995) Bio/Technology 13:549—553; Stemmer (1994) Nature 370:389—391 和 Stemmer (1994) Proc Natl Acad Sci USA 91:10747-10751。產生多樣性的突變方法包括，例如，定點誘變 (Ling ^A (1997) Anal Biochem 254:157-178; Dale ^A (1996) Methods Mol Biol 57:369-374; Smith (1985) Ann Rev Genet 19:423-462; Botstein 和 Shortle (1985) Science 229:1193-1201; Carter (1986)召iocAe / 237:1-7 禾Π Kunkel (1987)在 Nucleic Acids and Molecular Biology (Eckstein 禾口 Lilley,編·，Springer Verlag, Berlin)中的"The efficiency of oligonucleotide directed mutagenesis，，。使用含有尿嘧啶的模板的誘變方法包括Kunkel (1985) Proc Natl AcacI Sci USA 82:488-492; Kunkel(1987) Methods Enzymol 154:367-382;和 Bass(1988) Science
242:240-245。寡核苷酸-指導的誘變方法包括 hller 和 Smith (1983) Methods Enzymol 100:468-500; Zoller和Smith (1982) Nucl Acids Res 10:6487-650(^P^)ller和Smith
(1987)Methods Enzymol 154:3四_350。硫代磷酸酯-修飾的DNA誘變方法包括Taylor ^A (1985) Nucl Acids Res 13:8749-8764; Taylor ^A (1985) Nucl Acids Res 13:8765-8787; Nakamaye 禾口 Eckstein (1986) Nucl Acids Res 14:9679—9698; Sayers ^A (1988) Nucl Acids Res 16:791-802 和 Sayers ^A (1988) Nucl Acids Res 16:803-814。使用缺口雙鏈體DNA的誘變方法包括(Kramer藥Λ (1984) Nucl Acids Res 12:9441-9456; Kramer 禾口 Fritz (1987) Methods Enzymol 154:350—367; Kramer ^A
(1988)Nucl Acids Res 16:7207;和Fritz 藥Λ (1988) Nucl Acids Res 16:6987-6999。其它合適的產生多樣性的方法包括點錯配修復(Kramer (1984) Cell 38:879-887)；使用修復缺陷型宿主菌株的誘變(Carter藥Λ (1985) Nucl Acids Res 13:4431-4443; 禾口 Carter (1987) Methods Enzymol 154:382-403);缺失誘變(Eghtedarzadeh 禾口Henikoff (1986) Nucl Acids Res 14: 5115)；限制-選擇和限制-純化(Wells 等 A (1986) Phil Trans R Soc LoncI A 317:415-423);全基因合成的誘變(Nambiar ^A (1984) Science 223:1299-1301; Sakamar 和 Khorana (1988) Nucl Acids Res 14:6361-6372; Wells 藥Λ (1985) Gene 34315-323 和 Grundstr5m 藥Λ (1985) Nucl Acids Res. 13:3305-3316)；雙鏈斷裂修復(Mandecki (1986) Proc Natl AcacI Sci USA 83:7177 - 7181;和 Arnold (1993) Curr Op Biotech 4:450-455)。通過任意的技術或技術的組合，可在體外重組核酸，所述技術包括，例如，用DNA 酶消化要重組的核酸，隨后連接和/或PCR重新裝配所述核酸。例如，可采用性PCR誘變，其中，使DNA分子片段化，然后根據序列相似性在具有不同但是相關的DNA序列的DNA分子之間進行體外重組，接著通過在聚合酶鏈式反應中延伸而進行交叉固定。類似地，可在體內遞歸地重組核酸，例如，使重組在細胞中的核酸之間發生。這樣的方式可任選地在目標核酸之間產生直接重組，或者在含有目標核酸的構建體、載體、病毒和/或質粒之間產生重組。也可采用全基因組重組方法，在該方法中，細胞或其它生物體的全基因組被重組，任選地包括給基因組重組混合物摻加所需的文庫組分。這些方法具有許多應用，包括在靶基因的身份未知的情況中。這些方法中的任一種可以單獨地或組合地使用，以產生編碼SuR多肽的多核苷酸。任意的產生多樣性的方法可以以反復的方式進行，其中使用如突變/重組一個或更多個循環，或者其它產生多樣性的方法，隨后任選地進行一種或更多種選擇方法，以產生其它重組核酸。為了方便和高處理量，常常需要在微生物(諸如細菌如大腸桿菌，或單細胞真核生物如酵母，說鎮釀酒酵母、裂殖酵母、巴氏畢赤酵母,或原生生物如衣滴蟲屬)中或在模型細胞系統(諸如SF9、Hela、CH0、BMS、BY2或其它細胞培養系統)中篩選/選擇的所需的修飾的核酸。在一些情況下，在植物細胞或植物中的篩選可能是希望的，包括植物細胞或外植體培養系統或模型植物系統，諸如擬南芥屬或煙草。在某些實施例中，通過篩選表達不同的修飾核酸(單獨的或作為基因融合構建體的一部分)的宿主細胞集合來增加通量。可對顯示出顯著活性的任何集合去褶合(deconvolute)，以鑒別表達所需活性的單一克隆。提供了這樣的重組構建體，其包含一個或更多個編碼SuR多肽的核酸序列。所述構建體包含諸如質粒、粘粒、噬菌體、病毒、細菌人工染色體(BAC)、酵母人工染色體(YAC) 等載體，其中已經插入了編碼SuR多肽的多核苷酸。在某些實施例中，所述構建體另外包含可操作地連接到該序列上的調節序列(包括，例如，啟動子)。合適的載體是眾所周知的，且包括染色體、非染色體和合成DNA序列，諸如SV40的衍生物；細菌質粒；復制子；噬菌體DNA;桿狀病毒；酵母質粒；源自質粒和噬菌體DNA的組合的載體、病毒DNA諸如牛痘、腺病毒、禽痘病毒、假性狂犬病、腺病毒、腺相關病毒、逆轉錄病毒、雙粒病毒組、TMV、PVX、其它植物病毒、Ti質粒、Ri質粒和許多其它。所述載體可以任選地含有一個或更多個選擇標記基因，以提供用于轉化的宿主細胞的選擇的表型特性。通常，選擇標記基因會編碼抗生素或除草劑抗性。合適的基因包括編碼抗生素大觀霉素或鏈霉素抗性的基因(例如，aadA基因)、編碼鏈霉素抗性的鏈霉素磷酸轉移酶(SPT)基因、編碼卡那霉素或遺傳霉素抗性的新霉素磷酸轉移酶(NPTII或NPTIII) 基因、編碼潮霉素抗性的潮霉素磷酸轉移酶(HPT)基因。其它選擇標記基因包括二氫葉酸還原酶或新霉素抗性(對于真核細胞培養)和四環素或氨芐西林抗性。編碼除草劑抗性的基因包括起抑制谷氨酰胺合酶的作用的基因，諸如草胺膦或basta (例如，bar基因)、EPSPS、 GOX或GAT (其提供對草甘膦的抗性)、突變型ALS (乙酰乳酸合酶)(其提供對磺酰脲類除草劑的抗性)或任意其它已知的基因。在細菌系統中，可得到許多表達載體。這樣的載體包括、但不限于多功能的大腸桿菌克隆和表達載體，諸如BLUESCRIPT (Stratagene) ； pIN載體(Van Heeke和 Schuster, (1989) J Biol Chem 264:5503-5509); pET 載體(Novagen, Madison Wis.) 等。類似地，在釀酒酵母中，許多含有組成型或誘導型啟動子(諸如α因子、醇氧化酶和 PGH)的載體可以用于多肽的生產。關于綜述，參見，Ausubel和Grant #U (1987) Meth Enzymol 153:516-544。多種表達系統可以用于哺乳動物宿主細胞中，包括基于病毒的系統，諸如腺病毒和rous肉瘤病毒(RSV)系統。可以使用任意數目的商業上或公開地可得到的表達系統或其衍生物。在植物細胞中，表達可以由整合進植物染色體或細胞器中的表達盒，或細胞質地由游離型或病毒的核酸，驅動。已經描述了許多植物衍生的調節序列，包括以組織特異性的方式指導表達的序列，例如，TobRB7、patatin B33、GRP基因啟動子、rbcS_3A啟動子等。或者，通過瞬時表達植物病毒載體的外源序列，例如，TMV、BMV、雙粒病毒組(包括WDV)等，可以實現高水平表達。可用于在高等植物中表達核酸的典型載體是已知的，包括Rogers等人(1987) Meth Enzymol 153:253-277所述的根癌農桿菌的誘導腫瘤的(Ti)質粒所衍生出的載體。示例性的根癌農桿菌載體包括Schardl ^A (1987) Gene 61 1_11和Berger等 A (1989) Proc Natl AcacI Sci USA 86 8402-8406 的質粒 pKYLX6 和 pKYLX7，以及可從 Clontech Laboratories, Inc. (Palo Alto, Calif.)得到的質粒 ρΒΙΟΙ. 2。許多已知的植物病毒可以用作載體，包括花椰菜花葉病毒(CaMV)、雙粒病毒組、雀麥花葉病毒和煙草花葉病毒。SuR可以用于控制目標多核苷酸的表達。目標多核苷酸可以是任意目標序列，包括但不限于編碼多肽的序列、編碼mRNA的序列、編碼RNAi前體的序列、編碼有活性的 RNAi試劑的序列、miRNA、反義多核苷酸、核酶、融合蛋白、復制載體、可篩選的標志物等。目標多核苷酸的表達可以用于誘導編碼RNA和/或多肽的表達，或相反地抑制編碼的RNA、RNA 靶序列和/或多肽的表達。在具體的實施例中，多核苷酸序列可以是這樣的多核苷酸，其編碼植物激素、植物防御蛋白、營養素運輸蛋白、生物素相關蛋白、希望的輸入特性、希望的輸出特性、抗逆基因、抗除草劑基因、疾病/病原體抗性基因、雄性不育、發育基因、調節基因、DNA修復基因、轉錄調節基因、或任意其它目標多核苷酸和/或多肽。許多啟動子可以用于所述組合物和方法中。例如，可以將編碼SuR多肽的多核苷酸可操作地連接到組成型啟動子、組織_偏愛型啟動子、誘導型啟動子、發育地、時間地和/ 或空間地受調節的或其它啟動子上，包括在植物細胞中起作用的來自植物病毒或其它病原體的啟動子。在 Potenza 藥乂 (2004) In Vitro Cell Dev Biol Plant 40:1-22 中，綜述了許多可用于植物中的啟動子。通過任意標準方法，可以得到任意多核苷酸，包括目標多核苷酸、編碼SuR的多核苷酸、調節區、內含子、啟動子和包含TetOp序列的啟動子，并測定它們的核苷酸序列。可以化學合成全長多核苷酸，或從化學合成的寡核苷酸裝配(Kutmeier #U (1994)BioTechniques 17:242)。從寡核苷酸裝配通常包括，合成重疊寡核苷酸，退火和連接這些寡核苷酸，和PCR擴增連接的產物。或者，可以從合適的來源(包括從組織或細胞產生的 cDNA文庫、基因組文庫)分離或產生多核苷酸，或通過PCR擴增(使用對序列的3’和5’末端特異性的引物)或通過克隆(使用對目標多核苷酸特異性的核苷酸探針)從宿主直接分離。然后可以使用標準的方法，將通過PCR產生的擴增的核酸分子克隆進可復制的克隆載體中。使用任意的標準方法，包括重組DNA技術、載體構建、誘變和PCR (參見，例如，Sambrook (1990) Molecular Cloning, A Laboratory Manual,第 2版，Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY; Ausubel ,編(1998) Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, NY)，可以進一步操縱多核苷酸。可以使用將序列導入細胞或生物體中的任意方法，只要所述多核苷酸或多肽可以接近至少一個細胞的內部。將序列導入植物中的方法是已知的，包括、但不限于穩定轉化、瞬時轉化、病毒_介導的方法、和有性繁殖。穩定整合指示，導入的多核苷酸整合進基因組中，且能被后代繼承。瞬時轉化指示，導入的序列沒有整合進基因組中，所以不可被后代從宿主繼承。可以使用任意方法來組合SuR和可操作地連接到啟動子(包含TetOp)上的目標多核苷酸，包括，例如，穩定轉化、瞬時遞送、細胞融合、有性雜交或它們的任意組合。轉化方案以及將多肽或多核苷酸序列導入植物的方案可根據目標轉化植物或植物細胞的類型而變化。將多肽和多核苷酸導入植物細胞的合適方法包括顯微注射 (Crossway(1986) Biotechniques 4:320-334 和美國專利號 6，300，543)、電穿孔 (Riggs 藥Λ (1986) Proc Natl AcacI Sci USA 835602-5606)、土壤桿菌屬-介導的轉化(美國專利號 5，563，055 和 5，981，840)、直接基因轉移(Paszkowski 藥Λ (1984) EMBO J 3:2717-2722)、生物射彈粒子加速(美國專利號 4，945，050，5，879，918，5，886，244 和 5，932，782; Tomes ^A (1995)見Plant Cell, Tissue and Organ Culture: Fundamental Methods, Gamborg 禾口 Phillips編(Springer-Verlag, Berlin)； McCabe 事 A (1988) Biotechnology 6:923-926)。也參見，Weissinger ^A (1988) Ann Rev Genet 22:421-477; Sanford ^ A (1987) Particulate Science 和 Technology 5:27-37; Christou ^A (1988) Plant Physiol 87:671-674; Finer 和 McMullen (1991) In Vitro Cell Dev Biol 27P: 175-182 (大豆)；Singh 藥Λ (1998) Theor Appl Genet 96:319-324; Datta ^A (1990) Biotechnology 8:736-740; Klein ^A (1988) Proc Natl Acad Sci USA 85:4305-4309; Klein ^A (1988) Biotechnology 6:559-563; 美國專利號 5，240，855，5，322，783 和 5，324，646; Klein 藥Λ (1988) Plant Physiol 91:440-444; Fromm ^A (1990) Biotechnology 8:833-839; Hooykaas-Van Slogteren ^A (1984) Nature 311:763-764;美國專利號 5，736，369; Bytebier ^A (1987) Proc Natl Acad Sci USA 84:5345-5349; De Wet 藥Λ (1985)見The Experimental Manipulation of Ovule Tissues, Chapman 編(Longman, New York),第 197-209頁； Kaeppler 藥Λ (1990) Plant Cell Rep 9:415-418; Kaeppler 藥Λ (1992) Theor Appl Genet 84:560-566; D' Halluin ^A (1992) Plant Cell 4:1495-1505; Li ^A (1993) Plant Cell Rep 12:250-255; Christou 和 Ford (1995) Ann Bot 75:407-413 和 Osjoda #U (1996) Nat Biotechnol 14:745-750。或者，通過使植物接觸病毒或病毒核酸，可以將多核苷酸導入植物中。通過病毒DNA或RNA分子將多核苷酸導入植物中的方法是已知的，參見，例如，美國專利號 5，889，191,5, 889，190,5, 866，785,5, 589，367,5, 316，931 和 Porta ^A (1996) Mol Biotech 5:209-221。術語“植物”包括植物細胞、植物原生質體、可以再生植物的植物細胞組織培養物、植物愈傷組織、植物塊和植物或植物部分中完整的植物細胞，例如胚、花粉、胚珠、種子、葉、花、枝、果實、核、穗、穗軸、殼、莖、根、根尖、花藥等。也包含再生植物的后代、變體和突變體。在某些實施例中，通過轉化質體，或通過指導SuR轉錄物或多肽進入質體中，可以將SuR導入質體中。可以使用任意的轉化方法(核或質體)，取決于希望的產物和/或用途。質體轉化會提供下述優點，包括高轉基因表達、轉基因表達的控制、表達多順反子信息的能力、通過同源重組實現的位點特異性整合、轉基因沉默和位置效應的缺失、通過單親質體基因繼承來控制轉基因傳遞、和表達的多肽在細胞器中的隔離(這可以避免可能的對胞質組分的不利影響)(例如，參見，綜述，包括Heifetz (2000) Biochimie 82:655-666; Daniell ^A (2002) Trends Plant Sci 7:84-91; Maliga (2002) Curr Op Plant Biol 5:164-172; Maliga (2004) Ann Rev Plant Biol 55-289-313; Daniell ^A (2005) Trends Biotechnol 23:238-245 和 Verma 和 Daniell (2007) Plant Physiol 145:1129-1143)。質體轉化的方法和組合物是眾所周知的，例如，轉化方法包括(Boynton箏 A (1988) Science 240:1534-1538; Svab ^A (1990) Proc Natl AcacI Sci USA 87:8526-8530; Svab ^A (1990) Plant Mol Biol 14:197-205; Svab ^A (1993) Proc Natl Acad Sci USA 90:913-917; Golds ^A (1993) Bio/Technology 11:95-97; 0' Neill ^A (1993) Plant J 3:729-738; Koop ^A (1996) Planta 199:193-201; Kofer 等 A (1998)7/ Vitro Plant 34:303-309; Knoblauch 等 A (1999) Nat Biotechnol 17:906-909)；以及質體轉化載體、元件和選擇(Newman ^A (1990) Genetics 126:875-888; Goldschmidt-Clermont, (1991) Nucl Acids Res 19:4083-4089; Carrer ^A (1993) Mol Gen Genet 241:49-56; Svab ^A (1993) Proc Natl Acad Sci USA 90:913-917; Verma和 Daniell (2007) Plant Physiol 145:1129-1143)。用于控制質體中的基因表達的方法和組合物是眾所周知的，包括(McBride箏 A (1994) Proc Natl AcacI Sci USA 91:7301-7305; L5ssl ^A (2005) Plant Cell Physiol 46:1462-1471; Heifetz (2000) Biochemie 82:655-666; Surzycki 等 Λ (2007) Proc Natl Acad Sci USA 104:17548-17553;美國專利號 5，576，198 和 5，925，806; WO 2005/0544478)，以及將多核苷酸和/或多肽輸入質體中的方法和組合物，包括與轉送肽的翻譯融合(例如，Comai藥Λ (1988) J Biol Chem 263:15104-15109)。SuR多核苷酸和多肽會提供用于調節質體基因表達的方法，這通過可容易地進入細胞的化學誘導物來實現。例如，使用葉綠體的Τ7表達系統(McBride #U (1994) Proc Natl Acad Sci USA 91 7301-7305)，SuR可以用于控制細胞核T7聚合酶表達。或者， SuR-調節的啟動子可以整合進質體基因組中，并可操作地連接到目標多核苷酸上，且SuR 從細胞核基因組表達和輸入，或整合進質體中。在所有情況下，磺酰脲化合物的應用是用于有效地調節目標多核苷酸。任意類型的細胞和/或生物體(原核或真核)可以與所述SuR方法和組合物一起使用。例如，可以用所述組合物轉化任意細菌細胞系統。例如，大腸桿菌、土壤桿菌屬和其它細菌細胞轉化、質粒制備和使用噬菌體的方法，詳述在例如，Current Protocols in Molecular Biology (Ausubel,,(編)(1994) Greene Publishing Associates,
Inc.和 John Wiley & Sons, Inc.聯合出版)。所述SuR系統可以與任意真核細胞系一起使用，包括酵母、原生生物、藻類、昆蟲細胞、禽類或哺乳動物細胞。例如，可以利用許多商業地和/或公開地可得到的釀酒酵母菌株，作為用于轉化這些細胞的質粒。例如，菌株可以從美國典型培養物保藏中心(ATCC， Manassas, VA)得到，且包括酵母遺傳原種中心儲存庫(Yeast Genetic Stock Center inventory)，其于1998年遷移至ATCC。也可利用其它酵母系，諸如裂殖酵母和巴氏畢赤酵母等。例如，酵母轉化、質粒制備的方法等詳述在例如，Current Protocols in Molecular Biology (Ausubel, ,(編)(1994) Greene Publishing Associates, Inc.禾口 John Wiley & Sons，Inc.聯合出版，具體參見第13單元)。酵母的轉化方法包括原生質球轉化、電穿孔和醋酸鋰方法。Gietz 和 Woods ((2002) Methods Enzymol 350:87-96)描述了酵母的一種通用的高效率轉化方法，其中使用醋酸鋰、PEG 3500和載體DNA。所述SuR可以用于哺乳動物細胞中，諸如CH0、HeLa, BALB/c、成纖維細胞、小鼠胚胎干細胞等。許多可商業得到的感受態細胞系和質粒是眾所周知的，且可從例如ATCC (Manassas, VA)容易地得到。用于轉化的分離的多核苷酸和哺乳動物細胞的轉化，可以通過本領域已知的任意方法來完成。例如，哺乳動物細胞和其它真核細胞轉化、質粒制備和使用病毒的方法，詳述在例如，Current Protocols in Molecular Biology (Ausubel, , (編)(1994) Greene Publishing Associates, Inc.禾口 John Wiley & Sons, Inc.聯合出版，具體參見第9單元)。例如，可利用許多方法，諸如磷酸鈣轉染、電穿孔、DEAE-葡聚糖轉染、脂質體_介導的轉染、顯微注射以及病毒技術。任意植物物種可以與所述SuR方法和組合物一起使用，包括，但不限于，單子葉植物和雙子葉植物。植物的實例包括，但不限于，玉米(Zm mays^,蕓苔屬物種(例如，歐洲油菜、芫菁、褐芥菜)，蓖麻，棕櫚，紫苜蓿(紫花苜蓿)，水稻Wryza sativa),黑麥(fecah cereale )，高梁(兩色高梁(Sorghum bicolor )、高梁(Sorghum vulgare ))，稷(例如，珍珠
iPennisetum glaucum)、寒 QPanicum mi liaceum) ^ ^ ^iSetaria i talica ) > ^fc JTl iEleusine coracana )),向日奏(.Helian thus annuus ),紅花(Car thamus tine torius ), /J、麥(普通力、麥(Triticum aestivum)),大豆(Glycine max),煙草QNicotiana tabacum), 馬鈴 M {Solanum tuberosum),花 f^LiArachis hypogaea),棉花(海島場(Mossypium barbadense)、陸地棉(Gossypium Airsuturn)),甘薯(Ipomoea batatus),木薯 iManihot esculen ta ),咖啡(咖啡屬物種(Coffea spp.))，椰子(Cbcos nucifera ),菠蘿 iAnaims comosus ),柑桔樹(柑桔屬物種(6 trus spp.)),可可(Theobroma cacao ),茶(Camellia sinensis )，香蕉(芭蕉屬物種(Musa spp.))，鱷梨 QPersea americana )，無花果 QFicus casica),番石媳 QPsidium guajava),芒 IiMangifera indica),橄欖(油橄欖(OZea europaea )),番木瓜(Ckrica papaya ),腰果(.AnacarcIium occiden tale ),澳洲堅果(全緣葉澳洲堅果(ifecat/afflia in tegrifolia ) ), Ji iPrunus amygdalus ), if^ iBe ta vulgaris ), 甘蔗(甘蔗屬物種)，擬南芥，燕麥(燕麥屬物種)，大麥(大麥屬物種)，豆科植物(諸如瓜爾豆、洋槐豆、胡蘆巴、菜豆、豇豆、綠豆、蠶豆、小扁豆和鷹嘴豆)，蔬菜，觀賞植物，草和針葉樹。蔬菜包括番爺 Hycopersicon esculentum)、厲官，Lactuca saiira)、四季豆(腎豆)、青豆(菜豆)、豌豆iPisium spp.、山黧豆屬)和黃瓜屬諸如黃瓜、C. sativas)、香瓜(C cantalupensis)和甜瓜(甜瓜(C melo))。觀賞植物包括杜鵑花(杜鵑花屬)、八仙 iMacrophylla hydrangea ) > {Hibiscus rosasanensis ) > ^lM iRosa spp.)、有P金香 (Tulipa spp. )、/JCyI山花(.Narcissus spp.)、牽牛花 iPe tunia hybrida )、康乃聲{Dian thus caryophyllus )、一品紅(Muphorbia puIcherrima )和菊花。松柏植物包括松樹，例如，火炬輪、Pinus taeda ) > Miftfev (.Pinus elIio tii ) > ^ H Hfev {Pinus ponderosa ) > /J^fffev (.Pinus con tort a )禾口福身寸豐公 iPinus radia ta )；花方萁豐公 iPseudo tsuga menziesii )；西部鐵杉(Tsuga canadensis )；白云杉(/"icea glauca )；紅杉sempervirens )；冷杉例如銀冷杉 {Abies amabilis )和香脂冷杉(Abies balsamea )；以及雪松例如美國西部側柏(Thuja plica ta )禾口阿拉斯力口黃檢(Chamaecyparis noo tka tensis )。使用常規方法(參見，例如，McCormick藥Λ (1986) Plant Cell Rep 5:81-84)，可以將已經轉化的植物細胞和/或組織培養成植物。然后可以使這些植物生長和自花授粉，回交，和/或異型雜交，并鑒別得到的具有希望的特征的后代。可以培養2代或更多代，以確保特征被穩定地維持和繼承，然后收獲種子。以此方式，提供了轉化的/轉基因的種子，其具有穩定地整合進它們的基因組中的包含目標多核苷酸和/或修飾的編碼SuR的多核苷酸的DNA構建體。可以進一步表征具有穩定地整合的DNA構建體的植物和/或種子的表達、農業學和拷貝數。可以使用序列同一性來對比2個多核苷酸或多肽序列的一級結構，描述第一個序列相對于第二個序列的一級結構，和/或描述序列關系諸如變體和類似物。序列同一性測量2個序列中相同的殘基(當針對最大對應進行比對時)。使用計算機-執行的算法，可以分析序列關系。通過計算序列的最佳比對，并評分比對中的匹配和間隙(這產生序列同一性百分比和序列相似性百分比)，可以確定2個或多個多核苷酸或2個或多個多肽之間的序列關系。基于各自編碼的多肽的對比，也可以描述多核苷酸關系。許多用于對比和分析序列的程序和算法是已知的。除非另有說明，本文提供的序列同一性/相似性值是指使用GAP第10 版(GCG，Accelrys, San Diego, CA)得到的值，其中使用下述參數對于核苷酸序列的％同一性和％相似性，使用50的GAP權重和3的長度權重以及nwsgapdna. cmp評分矩陣；對于氨基酸序列的％同一性和％相似性，使用8的GAP權重和2的長度權重以及BL0SUM62評分矩陣(Henikoff 和 Henikoff (1992) Proc Natl Acad Sci USA 89 10915-10919)。GAP 使用Needleman和Wunsch (1970) J Mol Biol 48:443-453的算法，以找到使匹配數目最大化和使間隙數目最小化的2個完整序列的比對。或者，使用其它序列工具，可以評價多核苷酸和/或多肽。例如，使用BLAST比對工具，可以評價多核苷酸和/或多肽。局部的比對間隙簡單地由一對序列區段組成，對比來自每個序列的區段。Smith-Waterman或Sellers算法的改進會找到不能通過延伸或修整來提高評分的所有區段對，稱作高評分區段對(HSPs)。BLAST比對的結果包括這樣的統計度量，其指示從單獨的偶然可以預見到BLAST評分的可能性。從與每個比對的序列有關的間隙和置換的數目計算出原始評分S，其中更高的相似性評分指示更顯著的比對。置換評分由查表 (參見PAM，BL0SUM)給出。間隙評分通常計算為G (間隙開口罰分)和L (間隙延伸罰分) 的總和。對于長度11的間隙，間隙成本是G+Ln。間隙成本G和L的選擇是根據經驗的，但是在習慣上為G選擇高值(10-15)和為L選擇低值(1-2)。比特評分S’是源自原始比對評分S，其中已經考慮了使用的評分系統的統計性質。相對于評分系統，標準化比特評分，因此它們可以用于對比來自不同搜索的比對評分。E-值或預期值描述了在數據庫中偶然發生具有類似評分的序列的可能性。它是預期在數據庫搜索中偶然發生具有等于或優于S的評分的不同比對的數目的預測。E-值越小，比對的顯著性越大。例如，具有e_117的E值的比對意味著，具有類似評分的序列非常不可能簡單地偶然發生。另外，用于比對氨基酸的隨機對的預期評分被要求是負的，否則長比對傾向于具有高評分，獨立于比對的區段是否相關。另外，BLAST算法使用適當的取代矩陣、核苷酸或氨基酸，且對于有間隙的比對，使用間隙產生和延伸罰分。例如，通常使用BL0SUM62矩陣來完成BLAST比對和多肽序列的對比，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。除非另有說明，使用BL0SUM62矩陣完成從BLAST分析報道的評分，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。 Un iProt蛋白序列數據庫是功能和結構蛋白數據的儲存庫，并提供了穩定的、綜合的、完全分類的、富集的和準確地注解的蛋白序列知識庫，具有科學界可自由接近的廣泛的交叉參考和查詢接口。UniProt站點具有工具UniRef，其提供了與來自數據庫的目標蛋白序列具有50%、90%或100%序列同一性的蛋白簇。例如，使用TetR(B) (UniProt參考號 P04483)會產生與P04483具有90%序列同一性的18蛋白簇
權利要求
1.一種分離的多肽，其包含磺酰脲-響應性的阻遏物，所述阻遏物特異性地結合包含操縱基因序列的多核苷酸，其中所述結合受到磺酰脲化合物的調節。
2.如權利要求1所述的分離的多肽，其包含對野生型四環素阻遏物配體結合域的氨基酸置換，其中所述多肽或其多聚體特異性地結合包含操縱基因序列的多核苷酸，其中所述特異性的結合受到磺酰脲化合物的調節。
3.如權利要求1或2所述的分離的多肽，其中所述氨基酸置換選自在氨基酸殘基位置 55、60、64、67、82、86、100、104、105、108、113、116、134、135、138、139、147、151、170、173、 174或177處的氨基酸置換，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用SEQ ID NO: 1的野生型 TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。
4.如權利要求1-3中任一項所述的分離的多肽，其中所述多肽包含這樣的氨基酸序列，其可以最佳地與下述多肽序列比對(a)SEQIDNO220，以產生至少374的BLAST比特評分；(b)SEQIDNO220，以產生至少88%的BLAST同一性百分比；(C)SEQIDNO7，以產生至少387的BLAST比特評分；(d)SEQIDNO7，以產生至少擬％的BLAST同一性百分比；(e)SEQIDNO10，以產生至少393的BLAST比特評分；(f)SEQIDNO10，以產生至少1006的BLAST相似性評分；(g)SEQIDNO3，以產生至少e-112的BLAST e_值;(h)SEQIDNO4，以產生至少388的BLAST比特評分；⑴SEQIDNO4，以產生至少93%的BLAST同一性百分比；(J)SEQIDNO4，以產生至少996的BLAST相似性評分；(k)SEQIDNO4，以產生至少e-111的BLAST e_值評分；⑴SEQIDNO6，以產生至少93%的BLAST同一性百分比；(m)SEQIDNO6，以產生至少e-111的BLAST e_值；(η)SEQIDNO13，以產生至少9%的BLAST同一性百分比；(O)SEQIDNO1228，以產生至少381的BLAST比特評分；(P)SEQIDNO1228，以產生至少978的BLAST相似性評分；(q)SEQIDNO1228，以產生至少e-108的BLAST e_值；(r)SEQIDNO94，以產生至少90%的BLAST同一性百分比；(S)SEQIDNO1229，以產生至少368的BLAST比特評分；(t)SEQIDNO1229，以產生至少945的BLAST相似性評分；(u)SEQIDNO1229，以產生至少e-105的BLAST e_值；(ν)SEQIDNO1230，以產生至少86%的BLAST同一性百分比；(w)SEQIDNO1231，以產生至少320的BLAST比特評分；(χ)SEQIDNO1231，以產生至少86%的BLAST同一性百分比；(y)SEQIDNO1231，以產生至少819的BLAST相似性評分；或，(ζ)SEQIDNO1231，以產生至少e-90的BLAST e_值；其中所述BLAST比對使用BL0SUM62矩陣，間隙存在罰分為11，間隙延伸罰分為1。
5.如權利要求4所述的分離的多肽，其中所述氨基酸置換選自(a)在氨基酸殘基位置55處的M；(b)在氨基酸殘基位置60處的A、L或M；(c)在氨基酸殘基位置64處的A、N、Q、L或H;(d)在氨基酸殘基位置67處的Y；(e)在氨基酸殘基位置82處的N、S或T；(f)在氨基酸殘基位置86處的F、M、W或Y;(g)在氨基酸殘基位置100處的C、V、L、M、F、W或Y；(h)在氨基酸殘基位置104處的R、A或G(i)在氨基酸殘基位置105處的A、I、V、F或W; (j)在氨基酸殘基位置108處的Q ；(k)在氨基酸殘基位置113處的A、M、H、K、T、P或V;(1)在氨基酸殘基位置116處的1^、￥、1 、5、1 或0;(m)在氨基酸殘基位置134處的I、L、V、M、R、S或W;(η)在氨基酸殘基位置135處的R、S、N、Q、K或A;(ο)在氨基酸殘基位置138處的A、C、G、H、I、V、R或T ；(P)在氨基酸殘基位置139處的々、6、1、￥^、1、11 或11;(q)在氨基酸殘基位置147處的I、L、V、F、W、T、S或R;(r)在氨基酸殘基位置151處的M、L、W、Y、K、R或S ；(s)在氨基酸殘基位置170處的I、L、V或A ；(t)在氨基酸殘基位置173處的A、G或V;(u)在氨基酸殘基位置174處的L、V、W、Y、H、R、K或S ；和，(ν)在氨基酸殘基位置177處的々、6、1^、1(、0或5，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用SEQ ID NO: 1的野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。
6.如權利要求1-5中任一項所述的分離的多肽，其中所述多肽與SEQID NO: 1的配體結合域具有至少80%序列同一性。
7.如權利要求1-4中任一項所述的分離的多肽，其包含至少50%的選自下述的氨基酸殘基(a)在氨基酸殘基位置55處的M或L；(b)在氨基酸殘基位置60處的A、L或M；(c)在氨基酸殘基位置64處的A、N、Q、L或H;(d)在氨基酸殘基位置67處的M、I、L、V、F或Y;(e)在氨基酸殘基位置82處的N、S或T；(f)在氨基酸殘基位置86處的F、M、W或Y;(g)在氨基酸殘基位置100處的C、V、L、M、FW或Y;(h)在氨基酸殘基位置104處的R、A或G(i)在氨基酸殘基位置105處的A、I、V、F或W; (j)在氨基酸殘基位置108處的Q或K;(k)在氨基酸殘基位置113處的A、M、H、K、T、P或V;(1)在氨基酸殘基位置116處的1^、￥、1 、5、1 或0;(m)在氨基酸殘基位置1；34處的I、L、V、M、R、S或W;(η)在氨基酸殘基位置135處的R、S、N、Q、K或A;(ο)在氨基酸殘基位置138處的A、C、G、H、I、V、R或T ；(P)在氨基酸殘基位置139處的々、6、1、￥^、1、11 或11;(q)在氨基酸殘基位置147處的I、L、V、F、W、T、S或R;(r)在氨基酸殘基位置151處的M、L、W、Y、K、R或S ；(s)在氨基酸殘基位置170處的I、L、V或A ；(t)在氨基酸殘基位置173處的A、G或V;(u)在氨基酸殘基位置174處的L、V、W、Y、H、R、K或S ；和，(ν)在氨基酸殘基位置177處的々、6、1^、1(、0或5，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用SEQ ID NO: 1的野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。
8.如權利要求1-4中任一項所述的分離的多肽，其包含至少50%的選自下述的氨基酸殘基(a)在氨基酸殘基位置60處的M；(b)在氨基酸殘基位置64處的A或Q；(c)在氨基酸殘基位置67處的M、F、Y、I、V或L;(d)在氨基酸殘基位置82處的N或T；(e)在氨基酸殘基位置86處的M；(f)在氨基酸殘基位置100處的C或W;(g)在氨基酸殘基位置105處的W；(h)在氨基酸殘基位置108處的Q或K;(i)在氨基酸殘基位置109處的M、Q、L或H; (j)在氨基酸殘基位置112處的G、A、S或Τ; (k)在氨基酸殘基位置113處的A;(1)在氨基酸殘基位置116處的M或Q ； (m)在氨基酸殘基位置134處的M或V; (η)在氨基酸殘基位置138處的G或R ； (ο)在氨基酸殘基位置139處的N或V; (P)在氨基酸殘基位置147處的F ； (q)在氨基酸殘基位置151處的S或L ； (r)在氨基酸殘基位置164處的A ； (s)在氨基酸殘基位置170處的A、L或V; (t)在氨基酸殘基位置173處的A、G或V; (u)在氨基酸殘基位置174處的L或W;和； (ν)在氨基酸殘基位置177處的K，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用SEQ ID NO: 1的野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。
9.如權利要求1-4中任一項所述的分離的多肽，其包含至少50%的選自下述的氨基酸殘基a)在氨基酉堯殘基位置55處的M或L ；b)在氨基酉堯殘基位置64處的A ；C)在氨基酉堯殘基位置67 處的 M、Y、F、I、L 或 Vd)在氨基酉堯殘基位置86處的M ；e)在氨基酉堯殘基位置100處的C ；f)在氨基酉堯殘基位置104處的G ；g)在氨基酉堯殘基位置105處的F ；h)在氨基酉堯殘基位置108處的Q或K ；i)在氨基酉堯殘基位置109 處的 Q、M、L 或H;j)在氨基酉堯殘基位置112 處的 S、T、G 或 A ；k)在氨基酉堯殘基位置113處的A ；1)在氨基酉堯殘基位置116處的S ；m)在氨基酉堯殘基位置117處的M或L ；η)在氨基酉堯殘基位置131處的M或L ；ο)在氨基酉堯殘基位置134處的M ；P)在氨基酉堯殘基位置135處的Q ；q)在氨基酉堯殘基位置137處的A或V;r)在氨基酉堯殘基位置138處的C或G ；s)在氨基酉堯殘基位置139處的I ；t)在氨基酉堯殘基位置140處的F或Y ；u)在氨基酉堯殘基位置147處的L ；ν)在氨基酉堯殘基位置151處的L ；W)在氨基酉堯殘基位置164處的A ；χ)在氨基酉堯殘基位置170處的V、A或L ；y)在氨基酉堯殘基位置173處的G、A或Vζ)在氨基酉堯殘基位置174處的L ；和，在氨基酸殘基位置177處的N或K，其中所述氨基酸殘基位置對應著使用SEQ ID NO: 1的野生型TetR(B)的氨基酸編號的等效位置。
10.如權利要求1-9中任一項所述的分離的多肽，其中所述多肽選自SEQID NO: 3-401、1206-1213、1228-1233 和 1240-1243。
11.如權利要求1-10中任一項所述的分離的多肽，其對磺酰脲化合物具有大于0nM且小于1 μ M的平衡結合常數。
12.如權利要求1-11中任一項所述的分離的多肽，其中在有磺酰脲化合物存在下，所述多肽特異性地從包含操縱基因序列的多核苷酸釋放出來。
13.如權利要求1-12中任一項所述的分離的多肽，其中在有磺酰脲化合物存在下，所述多肽特異性地結合包含操縱基因序列的多核苷酸。
14.如權利要求1-13中任一項所述的分離的多肽，其中所述磺酰脲化合物是嘧啶基磺酰脲化合物、三嗪基磺酰脲化合物或噻二唑基脲化合物。
15.如權利要求1-14中任一項所述的分離的多肽，其中所述磺酰脲化合物選自氯磺隆、甲磺隆、胺苯磺隆、噻吩磺隆、嘧磺隆、苯磺隆、豆磺隆、煙嘧磺隆和砜嘧磺隆。
16.如權利要求1-15中任一項所述的分離的多肽，其中所述磺酰脲化合物具有除草劑活性。
17.如權利要求15所述的分離的多肽，其中所述磺酰脲化合物是氯磺隆。
18.如權利要求17所述的分離的多肽，其中所述多肽選自SEQID NO: 14-204。
19.如權利要求15所述的分離的多肽，其中所述磺酰脲化合物是胺苯磺隆。
20.如權利要求19所述的分離的多肽，其中所述多肽選自SEQID NO: 205-401、 1206-1213、1228-1233 和 1240-1243。
21.一種分離的多肽，其包含胺苯磺隆-響應性的阻遏物，所述阻遏物特異性地結合包含操縱基因序列的多核苷酸，其中所述結合受到胺苯磺隆化合物的調節。
22.—種分離的多肽，其包含氯磺隆-響應性的阻遏物，所述阻遏物特異性地結合包含操縱基因序列的多核苷酸，其中所述結合受到氯磺隆化合物的調節。
23.一種分離的多核苷酸，其編碼如權利要求1-22中任一項所述的多肽。
24.權利要求23的分離的多核苷酸，其中所述多核苷酸選自SEQID NO: 434-832、 1214-1221、1222-1227、1234-1239 和 1244-1247。
25.一種非人宿主細胞，其包含穩定地整合進它的基因組中的如權利要求M所述的分離的多核苷酸。
26.如權利要求25所述的宿主細胞，其中所述多核苷酸可操作地連接到在宿主細胞中起作用的啟動子上。
27.如權利要求25或沈所述的宿主細胞，其中所述宿主細胞是原核細胞。
28.如權利要求27所述的宿主細胞，其中所述原核細胞是細菌。
29.如權利要求觀所述的宿主細胞，其中所述細菌是大腸桿菌或土壤桿菌屬。
30.如權利要求25或沈所述的宿主細胞，其中所述宿主細胞是真核細胞。
31.如權利要求30所述的宿主細胞，其中所述真核細胞是植物細胞。
32.如權利要求31所述的宿主細胞，其中所述植物細胞來自大豆、稻、玉米或煙草。
33.如權利要求32所述的宿主細胞，其中所述宿主細胞是在植物中。
34.一種調節目標多核苷酸在宿主細胞中的轉錄的方法，所述方法包括(a)提供宿主細胞，所述宿主細胞包含可操作地連接到啟動子上的目標多核苷酸，所述啟動子包含至少一個操縱基因序列；(b)提供權利要求1-22中任一項所述的多肽，其中所述多肽特異性地結合操縱基因序列；和，(c)提供磺酰脲化合物，其中所述磺酰脲結合所述多肽，形成復合物，所述復合物修飾所述多肽與操縱基因的結合性質。
35.如權利要求34所述的方法，其中在有磺酰脲化合物存在下，所述多肽從操縱基因序列特異性地釋放出來。
36.如權利要求34所述的方法，其中在沒有磺酰脲化合物存在下，所述多肽從操縱基因序列特異性地釋放出來。
37.如權利要求34-36中任一項所述的方法，其中所述宿主細胞是原核細胞。
38.如權利要求37所述的方法，其中所述原核細胞是細菌。
39.如權利要求38所述的方法，其中所述細菌是大腸桿菌。
40.如權利要求34-36中任一項所述的方法，其中所述宿主細胞是真核細胞。
41.如權利要求40所述的方法，其中所述真核細胞是植物細胞。
42.如權利要求41所述的方法，其中所述植物細胞是來自大豆、稻、玉米或煙草。
43.如權利要求34-42中任一項所述的方法，其中所述宿主細胞是磺酰脲耐受細胞。
44.如權利要求34-43中任一項所述的方法，其中所述磺酰脲化合物是嘧啶基磺酰脲化合物、三嗪基磺酰脲化合物或噻二唑基脲化合物。
45.如權利要求44所述的方法，其中所述磺酰脲化合物選自氯磺隆、胺苯磺隆、噻吩磺隆、甲磺隆、嘧磺隆、苯磺隆、豆磺隆、煙嘧磺隆和砜嘧磺隆。
46.如權利要求34-44中任一項所述的方法，其中所述磺酰脲化合物具有除草劑活性。
47.如權利要求34-46中任一項所述的方法，其中所述多肽選自SEQID NO: 3-401、 1206-1213、1228-1233 和 1240-1243。
48.如權利要求34-47中任一項所述的方法，其中提供所述多肽包括，使所述細胞接觸包含啟動子的表達盒，所述啟動子在所述細胞中有功能，且可操作地連接到編碼所述多肽的多核苷酸上。
49.如權利要求48所述的方法，其中所述多核苷酸選自SEQID NO: 434-832、 1214-1221、1222-1227、1234-1239 和 1244-1247。
50.如權利要求34-49中任一項所述的方法，其中所述磺酰脲化合物是胺苯磺隆。
51.如權利要求50所述的方法，其中在約0.02 μ g/ml至約20 μ g/ml的濃度提供胺苯磺隆。
52.如權利要求50或51所述的方法，其中所述多肽選自SEQID NO: 205-401、 1206-1213、1228-1233 和 1240-1243。
53.如權利要求34-49中任一項所述的方法，其中所述磺酰脲化合物是氯磺隆。
54.如權利要求53所述的方法，其中在約0.2μ g/ml至約20 μ g/ml的濃度提供氯磺隆。
55.如權利要求53或M所述的方法，其中所述多肽選自SEQID NO: 14-204。
全文摘要
提供了與磺酰脲-響應性的阻遏物的使用有關的組合物和方法。組合物包括特異性地結合操縱基因的多肽，其中所述特異性的結合受到磺酰脲化合物的調節。組合物也包括編碼所述多肽的多核苷酸、以及構建體、載體、原核和真核細胞和真核生物體，包括包含所述多核苷酸的植物和種子和/或通過所述方法生產的植物和種子。還提供了給細胞或生物體提供磺酰脲-響應性的阻遏物的方法，和調節細胞或生物體(包括植物或植物細胞)中的目標多核苷酸的表達的方法。
文檔編號C07K14/195GK102264758SQ200980152630
公開日2011年11月30日申請日期2009年10月22日優先權日2008年10月28日
發明者B.麥戈尼格爾, K.E.麥布里德, L.L.盧格爾, M.拉斯納申請人:先鋒國際良種公司, 納幕爾杜邦公司

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該技術已申請專利。僅供學習研究，如用于商業用途，請聯系技術所有人。
技術研發人員：Ｍ．拉斯納
技術所有人：先鋒國際良種公司
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