新穎的化合物的制作方法

專利名稱：新穎的化合物的制作方法
技術領域：
本發明涉及多核苷酸(此處指BASB051多核苷酸、BASB057多核苷酸、BASB060多核苷酸、BASB061多核苷酸、BASB063多核苷酸、BASB065多核苷酸、BASB066多核苷酸和BASB071多核苷酸)、這些核苷酸編碼的多肽(此處指相應的BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066和BASB071，或相應的BASB051多肽、BASB057多肽、BASB060多肽、BASB061多肽、BASB063多肽、BASB065多肽、BASB066多肽和BASB071多肽)、重組物質以及生產這些物質的方法。另一方面，本發明涉及利用這些多肽和多核苷酸，包括疫苗，來預防細菌感染。進一步，本發明涉及診斷分析以檢測特定病原體的感染。
這些多糖疫苗現今正通過將他們化學結合到載體蛋白上的方法進行改進(Lieberman，J.M.，Chiu，S.S.，Wong，V.K.，et al.JAMA2751499-1503，1996)。
血清組B型疫苗尚未得到，因為發現B膠囊多糖是非免疫原性的，最有可能是歸因于它與宿主組成成分有結構相似性(Wyle，F.A.，Artenstein，M.S.，Brandt，M.L.et al.J.Infect.Dis.126514-522，1972Finne，J.M.，Leinonen，M.，Mkel，P.M.Lancetii.355-357，1983)。
經過多年的努力，已經發起和建立了基于腦膜炎奈瑟氏球菌外膜的疫苗(de Moraes，J.C.，Perkins，B.，Camargo，M.C.et al.Lancet 3401074-1078，1992Bjune，G.，Hoiby，E.A.Gronnesby，J.K.et al.3381093-1096，1991)。這些疫苗在大齡兒童(＞4歲)和青少年身上表現的功效為57％-85％。
在這些疫苗中含有多種細菌的外膜組分，例如PorA，PorB，Rmp，Opc，Opa，FrpB，這些組分對可見的防護作用的貢獻大小仍有待于進一步確定。通過利用與保護性免疫誘導有潛在關聯的動物或人抗體，如TbpB和NSpA，確定了其他細菌外膜組分(Martin，D.，Cadieux，N.，Hamel，J.，Brodeux，B.R.，J.Exp.Med.1851173-1183，1997Lissolo，L.， -Wilmotte，C.，Dumas，p.et al.，Inf.Immun.63884-890，1995)。保護性免疫的機制包括抗體介導的殺菌活性和opsonophagocytosis。
已經利用一種菌血癥動物模型來結合所有的抗體介導的作用機制(Saukkonen，K.，Leinonen，M.，Abdillahi，H.Poolman，J.T.Vaccine 7325-328，1989)。普遍接受的是晚期補體組分介導的殺菌機制在腦膜炎奈瑟氏球菌疾病預防中起關鍵作用(Ross，S.C.，Rosenthal P.J.，Berberic，H.M.，Densen，P.J.Infect.Dis.1551266-1275，1987)。
在過去的幾十年里，腦膜炎奈瑟氏球菌感染的頻率有戲劇性的的提高。這要歸因于復合抗生素抗性菌株的出現和具有削弱的免疫系統的人群的逐漸增加。分離對某種或所有標準抗生素具抗性的腦膜炎奈瑟氏球菌不再是罕見的事情了。這種現象導致了對醫療的需求，以及對新的抗微生物制劑、疫苗、藥物篩選方法和對這些生物的診斷檢測的需求。
通過閱讀下面的描述和已公開內容的其他部分，對于本領域中的技術人員來講，已公開的發明的精髓和在其范圍之內的變化和更改是顯而易見的。
本發明一方面提供了腦膜炎奈瑟氏球菌的多肽，此處指BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066和BASB071，及BASB051多肽、BASB057多肽、BASB060多肽、BASB061多肽、BASB063多肽、BASB065多肽、BASB066多肽和BASB071多肽，以及其在生物學上、診斷上、預防上、臨床上或治療上有效的變體和包含這些物質的組合物。
本發明進一步提供(a)一種分離的肽段，此肽段包含一個氨基酸序列，這個序列至少與SEQ ID NO2有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全同一性的序列。
(b)有一種分離的多核苷酸編碼的多肽，這種多核苷酸含有一個多核苷酸序列，這個序列就完全長度的SEQID NO1而言，與SEQID NO1至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全同一性的序列。
(c)由一種分離的多核苷酸編碼的多肽，編碼此多肽的多核苷酸含有一個多核苷酸序列，這個序列編碼一種多肽，此多肽與SEQ IDNO2的氨基酸序列至少有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
SEQ ID NO2中提供的BASB051多肽來自腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
另外，本發明還提供了BASB051多肽的免疫原性片段，也即BASB051多肽的連續部分，這一片段與含有SEQ ID NO2的氨基酸序列的多肽相同或基本相同的免疫原性。也就是說，(當與一種載體偶連時，如果必要)此片段就能引起識別BASB051多肽的免疫反應。這樣的片段可包括，例如缺少N-末端前導序列的BASB051多肽，和/或跨膜域，和/或C-末端錨定域。。按照本發明，一種優選的觀點是BASB051的免疫原性片段基本上包含了一種多肽的所有胞外域，這種多肽的序列就全部長度的SEQ ID NO2而言，與SEQ ID NO2有至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少有95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
本發明進一步提供了(a)一種分離的肽段，此肽段包含一個氨基酸序列，這個序列至少與SEQ ID NO4有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(b)有一種分離的多核苷酸編碼的多肽，這種多核苷酸含有一個核苷酸序列，這個序列就完全長度的SEQ ID NO3而言，與SEQ IDNO3至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(c)由一種分離的多核苷酸編碼的多肽，編碼此多肽的多核苷酸含有一個多核苷酸序列，這個序列編碼一種多肽，此多肽與SEQ IDNO4的氨基酸序列至少有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
SEQ ID NO4中提供的BASB057多肽來自腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
另外，本發明還提供了BASB057多肽的免疫原性片段，也即BASB057多肽的連續部分，這一片段與含有SEQ ID NO4的氨基酸序列的多肽相同或基本相同的免疫原性。也就是說，(當與一種載體偶連時，如果必要)此片段就能引起識別BASB057多肽的免疫反應。這樣的片段可包括，例如缺少N-末端前導序列的BASB057多肽，和/或跨膜域，和/或C-末端錨定域。按照本發明，一種優選的觀點是BASB057的免疫原性片段基本上包含了一種多肽的所有胞外域，這種多肽的序列就全部長度的SEQ ID NO4而言，與SEQ ID NO4至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
本發明進一步提供了(a)一種分離的肽段，此肽段包含一個氨基酸序列，這個序列至少與SEQ ID NO6有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(b)有一種分離的多核苷酸編碼的多肽，這種多核苷酸含有一個核苷酸序列，這個序列就完全長度的SEQ ID NO5而言，與SEQ IDNO5至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(c)由一種分離的多核苷酸編碼的多肽，編碼此多肽的多核苷酸含有一個多核苷酸序列，這個序列編碼一種多肽，此多肽與SEQ IDNO6的氨基酸序列至少有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
SEQ ID NO6中提供的BASB060多肽來自腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
另外，本發明還提供了BASB060多肽的免疫原性片段，也即BASB060多肽的連續部分，這一片段與含有SEQ ID NO6的氨基酸序列的多肽相同或基本相同的免疫原性。也就是說，(當與一種載體偶連時，如果必要)此片段就能引起識別BASB060多肽的免疫反應。這樣的片段可包括，例如缺少N-末端前導序列的BASB060多肽，和/或跨膜域，和/或C-末端錨定域。按照本發明，一種優選的觀點是BASB060的免疫原性片段基本上包含了一種多肽的所有胞外域，這種多肽的序列與全部長度的SEQ ID NO6而言，與SEQ ID NO6至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
本發明進一步提供了(a)一種分離的肽段，此肽段包含一個氨基酸序列，這個序列至少與SEQ ID NO8有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(b)有一種分離的多核苷酸編碼的多肽，這種多核苷酸含有一個核苷酸序列，這個序列就完全長度的SEQ ID NO7而言，與SEQ IDNO7至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(c)由一種分離的多核苷酸編碼的多肽，編碼此多肽的多核苷酸含有一個多核苷酸序列，這個序列編碼一種多肽，此多肽與SEQ IDNO8的氨基酸序列至少有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
SEQ ID NO8中提供的BASB061多肽來自腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
另外，本發明還提供了BASB061多肽的免疫原性片段，也即BASB061多肽的連續部分，這一片段與含有SEQ ID NO8的氨基酸序列的多肽相同或基本相同的免疫原性。也就是說，(當與一種載體偶連時，如果必要)此片段就能引起識別BASB061多肽的免疫反應。這樣的片段可包括，例如缺少N-末端前導序列的BASB061多肽，和/或跨膜域，和/或C-末端錨定域。按照本發明，一種優選的觀點是BASB061的免疫原性片段基本上包含了一種多肽的所有胞外域，這種多肽的序列與全部長度的SEQ ID NO8而言，與SEQ ID NO8至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
本發明進一步提供了(a)一種分離的肽段，此肽段包含一個氨基酸序列，這個序列至少與SEQ ID NO10有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(b)有一種分離的多核苷酸編碼的多肽，這種多核苷酸含有一個核苷酸序列，這個序列就完全長度的SEQ ID NO9而言，與SEQ IDNO9至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(c)由一種分離的多核苷酸編碼的多肽，編碼此多肽的多核苷酸含有一個多核苷酸序列，這個序列編碼一種多肽，此多肽與SEQ IDNO10的氨基酸序列至少有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
SEQ ID NO10中提供的BASB063多肽來自腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
另外，本發明還提供了BASB063多肽的免疫原性片段，也即BASB063多肽的連續部分，這一片段與含有SEQID NO10的氨基酸序列的多肽相同或基本相同的免疫原性。也就是說，(當與一種載體偶連時，如果必要)此片段就能引起識別BASB063多肽的免疫反應。這樣的片段可包括，例如缺少N-末端前導序列的BASB063多肽，和/或跨膜域，和/或C-末端錨定域。按照本發明，一種優選的觀點是BASB063的免疫原性片段基本上包含了一種多肽的所有胞外域，這種多肽的序列就全部長度的SEQ ID NO10而言，與SEQ ID NO10至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
本發明進一步提供了(a)一種分離的肽段，此肽段包含一個氨基酸序列，這個序列至少與SEQ ID NO12有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(b)有一種分離的多核苷酸編碼的多肽，這種多核苷酸含有一個核苷酸序列，這個序列就完全長度的SEQ ID NO11而言，與SEQ IDNO11至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(c)由一種分離的多核苷酸編碼的多肽，編碼此多肽的多核苷酸含有一個多核苷酸序列，這個序列編碼一種多肽，此多肽與SEQ IDNO12的氨基酸序列至少有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
SEQ ID NO12中提供的BASB065多肽來自腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
另外，本發明還提供了BASB065多肽的免疫原性片段，也即BASB065多肽的連續部分，這一片段與含有SEQ ID NO12的氨基酸序列的多肽相同或基本相同的免疫原性。也就是說，(當與一種載體偶連時，如果必要)此片段就能引起識別BASB065多肽的免疫反應。這樣的片段可包括，例如缺少N-末端前導序列的BASB065多肽，和/或跨膜域，和/或C-末端錨定域。按照本發明，一種優選的觀點是BASB065的免疫原性片段基本上包含了一種多肽的所有胞外域，這種多肽的序列與全部長度的SEQ ID NO12至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
本發明進一步提供了(a)一種分離的肽段，此肽段包含一個氨基酸序列，這個序列至少與SEQ ID NO14有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(b)有一種分離的多核苷酸編碼的多肽，這種多核苷酸含有一個核苷酸序列，這個序列就完全長度的SEQ ID NO13而言，與SEQ IDNO13至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(c)由一種分離的多核苷酸編碼的多肽，編碼此多肽的多核苷酸含有一個多核苷酸序列，這個序列編碼一種多肽，此多肽與SEQ IDNO14的氨基酸序列至少有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
SEQ ID NO14中提供的BASB066多肽來自腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
另外，本發明還提供了BASB066多肽的免疫原性片段，也即BASB066多肽的連續部分，這一片段與含有SEQ ID NO14的氨基酸序列的多肽相同或基本相同的免疫原性。也就是說，(當與一種載體偶連時，如果必要)此片段就能增強識別BASB066多肽的免疫反應。這樣的片段可包括，例如缺少N-末端前導序列的BASB066多肽，和/或跨膜域，和/或C-末端錨定域。按照本發明，一種優選的觀點是BASB066的免疫原性片段基本上包含了一種多肽的所有胞外域，這種多肽的序列就全部長度的SEQID NO14而言，與SEQ ID NO14至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
本發明進一步提供了(a)一種分離的肽段，此肽段包含一個氨基酸序列，這個序列至少與SEQ ID NO16有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(b)有一種分離的多核苷酸編碼的多肽，這種多核苷酸含有一個核苷酸序列，這個序列就完全長度的SEQ ID NO15而言，與SEQ IDNO15至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
(c)由一種分離的多核苷酸編碼的多肽，編碼此多肽的多核苷酸含有一個多核苷酸序列，這個序列編碼一種多肽，此多肽與SEQ IDNO16的氨基酸序列至少有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
SEQ ID NO16中提供的BASB07 1多肽來自腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
另外，本發明還提供了BASB071多肽的免疫原性片段，也即BASB071多肽的連續部分，這一片段與含有SEQ ID NO16的氨基酸序列的多肽相同或基本相同的免疫原性。也就是說，(當與一種載體偶連時，如果必要)此片段就能引起識別BASB071多肽的免疫反應。這樣的片段可包括，例如缺少N-末端前導序列的BASB071多肽，和/或跨膜域，和/或C-末端錨定域。按照本發明，一種優選的觀點是BASB071的免疫原性片段基本上包含了一種多肽的所有胞外域，這種多肽的序列就全部長度的SEQ ID NO16而言，與SEQ ID NO16至少有85％的同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，最優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
這些片段是一些多肽，這些多肽含有的氨基酸序列與本發明中多肽的部分氨基酸序列完全相同，而不是與本發明中多肽的所有氨基酸序列完全相同。當含有BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066和BASB071多肽時，這些片段是“游離狀態的”，或包含在形成一部分或區域的長肽段之中，最優選的是在分離的長肽段中作為分離的連續區域。
優選的肽段包括，如含有SEQ ID NO2，4，6，8，10，12，14，16或其變體的部分氨基酸序列的、縮短的多肽，例如含有一種氨基和/或羧基末端的氨基酸序列的連續的系列殘基。存在于宿主細胞內或由宿主細胞產生的本發明中的降解形式的多肽也是優選的。進一步優選的是一些片段，他們的特征在于結構和功能方面的特性，例如一些片段包括a-螺旋及α-螺旋形成的區域、β-折疊及β-折疊形成的區域、轉角及轉角形成的區域、卷曲螺旋及卷曲螺旋形成的區域、親水區、疏水區、α-兩性分子區、β-兩性分子區、柔性區、表面形成區、底物結合區和高抗原索引區。
進一步優選的片段包括一種分離肽段，它至少含有SEQ IDNO2，4，6，8，10，12，14，16的氨基酸序列中的15、20、30、40、50或100個鄰接氨基酸，或一種分離肽段，它至少含有對SEQ IDNO2，4，6，8，10，12，14，16的氨基酸序列缺失或縮短的15、20、30、40、50或100個鄰近氨基酸。
本發明中的多肽片段可用于通過肽段合成生產其相應全長的多肽；因此，這些肽段可用作生產本發明中全部長度的多肽的中間體。
尤其優選的是一些變體，他們中的幾個、5-10、1-5、1-3、1-2或1個氨基酸已經以任何組合形式替代、缺失或添加。
本發明中的多肽或免疫原性片段可以“成熟”蛋白形式或以大蛋白如前體或融合蛋白部分的形式存在。包含一些附加氨基酸序列往往是有益的，這些氨基酸序列包含分泌序列或前導序列、前序列、輔助純化的序列如多組氨酸殘基或在重組生產中與穩定性相關的附加序列。此外，對添加外源多肽或脂質尾或多核苷酸序列以增加最終分子的免疫原性潛能也做了考慮。
一方面，本發明涉及通過基因工程方法合成的可溶性融合蛋白，這些蛋白包括本發明中的多肽或其片段，以及各種免疫球蛋白亞類(IgG，IgM，IgA，IgE)的重鏈或輕鏈恒定區的不同部分。作為免疫球蛋白，優選的是人IgG，尤其是IgG1重鏈的恒定區，而融合反應是在IgG1的鉸鏈區進行的。在一特定的方案中，僅僅通過結合一種切割序列就能將Fc區去除掉，而通過血液凝固因子Xa就可將此切割序列切除。
此外，本發明涉及通過基因工程制備這些融合蛋白的方法，以及其在藥物篩查、診斷和治療上的應用。本發明進一步的方面也涉及到多核苷酸編碼如融合蛋白。融合蛋白工藝的示例可見國際專利申請號為No.WO94/29458和WO94/22914的專利中。
與非融合蛋白相比，在表達系統中這些蛋白可以是以化學結合的方式存在，或是表達為在表達系統中提高水平的重組融合蛋白形式。融合配偶體可輔助提供T協助抗原決定部位(免疫融合配偶體)，優選的是可被人識別的T協助抗原決定部位；或者輔助表達較原始重組蛋白有更高產量的蛋白(表達增強因子)。優選的融合配偶體不僅是免疫融合配偶體，而且是表達增強配偶體。
融合配偶體包括Haemophilus influemae的蛋白D和流感病毒NS1(紅血球凝集素)的非結構蛋白。另一種融合蛋白稱作LytA。優選應用的是這種分子的C-末端部分。LytA源自肺炎鏈球菌，此菌合成一種N-乙酰-L-丙氨酸酰胺酶，即酰胺酶LytA(由LytA基因{Gene，43(1986)page 265-272})編碼，這種酶是一種可特異降解肽聚糖骨架中特定鍵的自溶素。LytA蛋白的C-末端區域負責與膽堿或與膽堿類似物如DEAE結合。這一性質已經應用于大腸桿菌C-LytA表達質粒的生長，這種質粒在融合蛋白的表達中是有用的。在氨基末端包含C-LytA片段的雜種蛋白的純化方法已有描述{Biotechnology10，(1992)page 795-798}。有可能利用C-末端的LytA分子的重復部分，這些重復序列從178殘基起始，例如第188-305殘基。
本發明也包括前述多肽的變體，也即通過保守氨基酸置換而不同于其指示物的多肽，此處的置換是指用一種相同特性的氨基酸來替代另一種氨基酸。典型的置換發生在Ala，Val，Leu和lle間、Ser和Thr間、酸性殘基Asp和Glu間、Asn和Gln間、堿性殘基Lys和Arg間或芳香殘基Phe和Tyr間。
本發明中的多肽可用任一合適的方法制備。這樣的多肽包括天然存在的分離的多肽、通過重組制備的多肽、通過合成方法制備的多肽或通過利用上述方法的結合而制備的多肽。在本領域中，對這些多肽的制備方法已有很深的了解。
本發明中的多肽最優選的是取自腦膜炎奈瑟氏球菌，然而也可優選的從其同種的其他生物體中獲得。本發明中的多肽也可從，例如相同的科和目的生物體中獲得。多核苷酸本發明的一個目標是提供編碼BASB051多肽的多核苷酸，尤其是編碼此處所指的BASB051多肽的多核苷酸。
在本發明的一種尤其優選的實施方案中，此多核苷酸包含編碼BASB051多肽或其變體的區，此編碼區包含SEQ ID NO1中的一種序列，而此序列包含編碼BASB051多肽的全部長度的基因或其變種。
SEQ ID NO1中提供的BASB051多核苷酸是腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
進一步，本發明提供了編碼和/或表達BASB051多肽和多核苷酸，尤其是腦膜炎奈瑟氏球菌BASB051多肽和多核苷酸的分離的核酸分子，這些核酸分子包括，如未加工的RNA、核酶RNA、mRNA，cDNA，基因組DNA，B-和Z-DNA。本發明中進一步的實施方案包括生物學上、診斷上、預防上、臨床上或治療上有用的多核苷酸和多肽、及其變體、包含這些物質的組合物。
本發明的另一方面涉及分離的多核苷酸、與其有緊密關聯的多核苷酸及其變體，而這些分離的多核苷酸至少包括一種全部長度的、編碼BASB051多肽的基因，此多肽含有從SEQ ID NO2推導的氨基酸序列。
在本發明的另一優選實施方案中的多肽是BASB051多肽或其變體，此BASB051多肽取自腦膜炎奈瑟氏球菌，它包含SEQ ID NO2的一種氨基酸序列或由SEQ ID NO2的一種氨基酸序列組成。
利用此處提供的信息，如SEQ ID NO1中的多核苷酸序列，本發明中的一種編碼BASB051多肽的多核苷酸就可由標準的克隆和篩選方法，如那些以腦膜炎奈瑟氏球菌細胞為出發物質對細菌染色體DNA片段進行克隆和測序、進而得到全部長度克隆的方法，來獲得。例如，要想獲得本發明中的多核苷酸序列，如SEQ ID NO1中給定的多核苷酸序列，具代表性的是探查大腸桿菌或其他合適宿主的腦膜炎奈瑟氏球菌的染色體DNA克隆文庫，探針是衍生自一種部分序列、優選長度為17-mer或更長的放射性標記寡聚核苷酸。利用嚴格的雜交條件就可將攜帶與探針相同DNA的克隆區分開。通過與由原始多肽或多核苷酸設計的測序引物對每個由雜交而鑒定的克隆進行測序，有可能將此多核苷酸從兩個方向進行延伸，從而確定全部長度的基因序列。較方便的是這樣的測序可通過，如利用從質粒克隆制備的變性雙鏈DNA，來進行。適當的技術在Manistis，T.，Fritsch，E.F.和Sambrook等的MOLECULAR CLONING.A LABORATORYMAMIAL，2nd Ed.；ColdSpring Harbor Labocatory pnss，Cold Spring Harbor，New York(1989)中有敘述.(見in particular.Screening By Hybridization1.90 and Sequencing Denatured Double-Stranded DNA Templates13.70)。直接的基因組DNA測序也可通過獲取一種全部長度的基因序列來進行。本發明的說明性的例子中，SEQ ID NO1中的每一種多核苷酸都可在源自腦膜炎奈瑟氏球菌的DNA文庫中發現。
此外，腦膜炎奈瑟氏球菌中的DNA序列含有一種開放閱讀框架，此開放閱讀框架可編碼一種蛋白質，這種蛋白質含有的氨基酸數目大約與SEQ ID NO2之中的氨基酸相同，其分子量可通過本領域中的技術人員熟知的氨基酸殘基分子量評估法來計算。
SEQ ID NO1中，在第一個核苷酸處的密碼子與從第802個核苷酸開始的終了密碼子間的多核苷酸，編碼SEQ ID NO2的多肽。
進一方面，本發明提供了由下列序列組成或包含下列序列的分離多核苷酸。
(a)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO1全部長度而言至少與SEQ ID NO1有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列，或(b)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO2全部長度而言至少與SEQ ID NO2有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
編碼本發明中的多肽的一種多核苷酸，包含其在腦膜炎奈瑟氏球菌之外的種中的同源基因和直向同源基因，可由一種方法制得。這種方法包括在嚴格的雜交條件下(例如，所需溫度在45-60℃之間，SDS濃度為0.1-1％)，利用含有SEQ ID NO1序列或其片段、或由SEQ IDNO1序列或其片段組成的探針來篩選一種合適的文庫，并且分離包含該多核苷酸序列的全部長度的基因或基因組克隆等步驟。
本發明提供一種就其全長而言，與SEQ ID NO1中的編碼序列(開放閱讀框架)完全相同的多核苷酸。本發明也提供了一種成熟多肽或其片段的編碼序列，以此多核苷酸序列自身以及閱讀框架中的一種成熟蛋白或其片段的編碼序列的形式存在，此閱讀框架又含有另一種編碼序列，例如編碼一種引導或分泌序列、前-蛋白序列、原蛋白序列、前蛋白原序列的序列。本發明中的多核苷酸至少含有一種非編碼序列，例如這些非編碼序列包括如，但并不局限于至少一種5′和3′非編碼序列，例如轉錄但非翻譯序列、終止信號(如依賴ρ-因子和不依賴ρ-因子的終止信號)、核糖體結合位點、Kozak序列、穩定mRNA的序列、內含子和聚腺苷酰化信號。這些多核苷酸序列也可包含編碼附加氨基酸的附加序列。例如，可編碼能促進對融合多肽的純化的標記物序列。在本發明的某一特定實施方案中，標準物序列是一種六組胺酸肽段，如pQE載體(Qiagen，Inc.)提供的、在Gentz et al.，Proc.Natl.Acad Sci.，USA 86821-824(1989)中有描述的六組胺酸肽段，或一種HA肽段標記(Wilson et al.，Cell 3～767(1984)，這兩種序列在分離與他們相融合的多肽序列時有用的。本發明中的多核苷酸還包括，但并不局限于，含有結構基因和其控制基因表達的自然相關聯的序列。
編碼SEQ ID NO2的BASB051多肽的序列可與包含在SEQ ID NO1的第1-801個核苷酸的多肽編碼序列相同。另一種情況，作為基因編碼冗余(退化)的結果，此多核苷酸序列也編碼SEQ ID NO2的多肽。此處的“多核苷酸編碼多肽”包含那些包括編碼本發明中的多肽，尤其是細菌多肽，更尤其是含有SEQ ID NO2氨基酸序列的腦膜炎奈瑟氏球菌BASB051多肽的多核苷酸。“多核苷酸編碼多肽”這個名詞也包含那些包括編碼與附加區相連的多肽(如被整合噬菌體間斷的多核苷酸、整合的插入序列、整合的載體序列、整合的轉座子序列或引起RNA編輯或基因組DNA改組的序列)的連續區或不連續區的多核苷酸，而附加區也可包含編碼和/或非編碼序列。
本發明進一步涉及此處所述的多核苷酸的變體，這些多核苷酸變體編碼含有SEQ ID NO2的推導氨基酸序列的多肽的變體。本發明中的多核苷酸片段可用于，如合成本發明中全部長度的多核苷酸。
進一步優選的實施方案是編碼BASB051變體的多核苷酸，這些BASB051變體具有SEQ ID NO2的BASB051多肽的氨基酸序列，而在其序列中，幾個、一些、5-10、1-5、1-3、第2、第1個氨基酸殘基或0個氨基酸殘基已以替代、修飾、缺失和/或添加的任意組合方式進行處理過。其中尤其優選的是沉默的替代、添加或缺失，因為他們不改變BASB057多肽的活性或特性。
本發明進一步優選的實施方案是就其全長而言與編碼含有SEQID NO2氨基酸序列的BASB051多肽至少85％同一性的多核苷酸，以及與此多核苷酸互補的多核苷酸。在這一點上，至少有90％到100％同一性的多核苷酸是尤其優選的，并且在這些優選的多核苷酸中，那些至少95％同一性的是尤其優選的。進一步來講，在至少有95％同一性的多核苷酸中，那些至少97％同一性的是非常優選的，至少98％和99％同一性的是尤其非常優選的，至少99％同一性的是更加非常優選的。
優選的實施方案是那些編碼基本上保留有與SEQ ID NO1的DNA所編碼的成熟多肽相同的生物活性或功能的多核苷酸。
相應于本發明中的特定優選實施方案，本發明提供了與BASB051多核苷酸，如SEQ ID NO1的那些多核苷酸，尤其是在嚴格的條件下，進行雜交的多核苷酸。
本發明進一步提供了與此處提供的多核苷酸序列雜交的多核苷酸。在這一點上，本發明尤其涉及那些在嚴格條件下與此處所述的多核苷酸雜交的多核苷酸。此處所用的名詞“嚴格的條件”和“嚴格的雜交條件”指只有序列間有至少95％、優選至少97％同一性時才能進行雜交。嚴格雜交條件的一個例子就是在一種溶液中42℃培育過夜，隨后在65℃下洗滌0.1×SSC中的雜交支撐物，此處的溶液含有50％甲醛，5×SSC(150mM NaCI，15mM檸檬酸三鈉)，50mM磷酸鈉(pH7.6)，5×Denhardt’s溶液，10％硫酸右旋糖苷，和20微克/ml已剪切的鮭魚精子的變性DNA。雜交和洗滌條件是眾所周知的，并且在Sambrook等的 Molecular CloningA LaboratoryManual，Second Edition，Cold Spring Harbor，N.Y.，(1989)中，尤其是其第11章中有示例。雜交溶液也可與本發明提供的多核苷酸序列共用。
本發明也提供了一種有一多核苷酸序列組成或包含此多核苷酸序列的多核苷酸，此多核苷酸序列是在嚴格的雜交條件下，以含有SEQ ID NO1中的該多核苷酸序列或其片段為探針，篩選包含SEQ IDNO1中一種多核苷酸序列的完整基因的適當文庫，并且將該多核苷酸序列進行分離的方法獲得的。對獲得此多核苷酸有益的片段包括，例如本發明的其他部分詳細敘述的探針和引物。
關于多核苷酸檢測，本發明的其他部分有討論，例如本發明中的多核苷酸可用作RNA、cDNA和基因組DNA的探針，以此分離編碼BASB051的全部長度的cDNAs和基因組克隆，并且也可以此分離與BASB051高同一性，尤其是高序列同一性的其他基因的cDNA和基因組克隆。一般來講，這樣的探針至少含有15個核苷酸殘基或堿基對。優選的至少含有30個核苷酸殘基或堿基對的探針或至少含有50個核苷酸殘基或堿基對的探針。尤其優選的是至少含有20個核苷酸殘基或堿基對、但有少于30個核苷酸殘基或堿基對的探針。
通過利用SEQ ID NO1提供的DNA序列來合成的寡核苷酸探針進行篩選的方法，可以分離到BASB051基因的編碼區。然后，利用含有與本發明中的基因序列互補的序列的標記寡核苷酸篩選cDNA，基因組DNA或文庫mRNA，進而以此來確定與探針進行雜交的文庫的成員。
本發明的一個目標是提供編碼BASB057多肽的多核苷酸，尤其是編碼此處所指的BASB057多肽的多核苷酸。
在本發明的一種尤其優選的實施方案中，此多核苷酸包含編碼BASB057多肽或其變體的區，此編碼區包含SEQ ID NO3中的一種序列，而此序列包含編碼BASB057多肽的全部長度的基因或其變體。
SEQ ID NO3中提供的BASB057多核苷酸是腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
進一步，本發明提供了編碼和/或表達BASB057多肽和多核苷酸，尤其是腦膜炎奈瑟氏球菌BASB057多肽和多核苷酸的分離的核酸分子，這些核酸分子包括，如未加工的RNA、核酶RNA、mRNA，cDNA，基因組DNA，B-和Z-DNA。本發明中進一步的實施方案包括生物學上、診斷上、預防上、臨床上或治療上有益的多核苷酸和多肽、及其變體、包含這些物質的組合物。
本發明的另一方面涉及分離的多核苷酸、與其有緊密關聯的多核苷酸及其變體，而這些分離的多核苷酸至少包括一種全部長度的、編碼BASB057多肽的基因，此多肽含有從SEQ ID NO4推導的氨基酸序列。
在本發明的另一尤其優選實施方案中的多肽是BASB057多肽或其變體，此BASB057多肽取自包括腦膜炎奈瑟氏球菌，它包含SEQ IDNO4的一種氨基酸序列或由SEQ ID NO4的一種氨基酸序列組成。
利用此處提供的信息，如SEQ ID NO3中的多核苷酸序列，本發明中的一種編碼BASB057多肽的多核苷酸就可由標準的克隆和篩選方法，如那些以腦膜炎奈瑟氏球菌細胞為出發物質，對細菌染色體DNA片段進行克隆和測序進而得到全部長度克隆的方法，來獲得。例如，要想獲得本發明中的多核苷酸序列，如SEQ ID NO3中給定的多核苷酸序列，具代表性的是探查大腸桿菌或其他合適的宿主的腦膜炎奈瑟氏球菌的染色體DNA克隆文庫，探針是衍生自一種部分序列、優選長度為17-mer或更長的放射性標記寡聚核苷酸。利用嚴格的雜交條件就可將攜帶與探針相同DNA的克隆區分開。通過與由原始多肽或多核苷酸設計的測序引物對每個由雜交而鑒定的克隆進行測序，有可能將此多核苷酸從兩個方向進行延伸，從而確定全部長度的基因序列。較方便的是這樣的測序可通過，如利用從質粒克隆制備的變性雙鏈DNA，來進行。適當的技術在Manistis，T.，Fritsch，E.F.和Sambrook等的MOLECULAR CLONING.A LABORATORYMAMIAL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Labocatory pnss，Cold Spring Harbor，NewYork(1989)中有敘述。(見in particular.Screening ByHybridization 1.90 and Sequencing Denatured Double-StrandedDNA Templates 13.70)。直接的基因組DNA測序也可通過獲取一種全部長度的基因序列來進行。本發明的說明性的例子中，SEQ ID NO3中的每一種多核苷酸都可在源自腦膜炎奈瑟氏球菌的DNA文庫中發現。
此外，腦膜炎奈瑟氏球菌的DNA序列含有一種開放閱讀框架，此開放閱讀框架可編碼一種蛋白質，這種蛋白質含有的氨基酸數目大約與SEQ ID NO4之中的氨基酸相同，其分子量可通過本領域中的技術人員熟知的氨基酸殘基分子量評估法來計算。
在SEQ ID NO3中，第一個核苷酸處的密碼子與從第1402個核苷酸開始的終了密碼子間的多核苷酸編碼SEQ ID NO4的多肽。
進一方面，本發明提供了由下列序列組成或包含下列序列的分離多核苷酸(a)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO3全長而言，至少與SEQ ID NO3有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列，或(b)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO4全長而言，至少與SEQ ID NO4有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
編碼本發明中的多肽的一種多核苷酸，包含其在腦膜炎奈瑟氏球菌之外的種中的同源基因和直向同源基因，可由一種方法制得。這種方法包括在嚴格的雜交條件下(例如，所需溫度在45-60℃之間，SDS濃度為0.1-1％)，利用含有SEQ ID NO3的序列或其片段、或由SEQID NO3序列或其片段組成的探針來篩選一種合適的文庫，并且分離包含該多核苷酸序列的全部長度的基因或基因組克隆等步驟。
本發明提供了一種就全長而言，與SEQ ID NO3中的一種與全部長度的編碼序列(開放閱讀框架)完全相同的多核苷酸。本發明也提供了一種成熟多肽或其片段的編碼序列，以此多核苷酸序列自身以及閱讀框架中的一種成熟蛋白或其片段的編碼序列的形式存在，此閱讀框架又含有另一種編碼序列，例如編碼一種引導或分泌序列、前蛋白序列、原蛋白序列、前蛋白原序列的序列。本發明中的多核苷酸至少含有一種非編碼序列，例如這些非編碼序列包括如，但并不局限于至少一種5′和3′非編碼序列，例如轉錄但非翻譯序列、終止信號(如依賴ρ-因子和不依賴ρ-因子的終止信號)、核糖體結合位點、Kozak序列、穩定mRNA的序列、內含子和聚腺苷酰化信號。這些多核苷酸序列也可包含編碼附加氨基酸的附加序列。例如，可編碼能促進對融合多肽的純化的標記物序列。在本發明的某一特定實施方案中，標準物序列是一種六組胺酸肽段，如pQE載體(Qiagen，Inc.)提供的、在Gentz等.，Proc.Natl.Acad Sci.，USA 86821-824(1989)中有描述的六組胺酸肽段，或一種HA肽段標記(Wilson et al.，Cell 3～767(1984)，這兩種序列在分離與他們相融合的多肽序列時是有益的。本發明中的多核苷酸還包括，但并不局限于，含有結構基因和其控制基因表達的、與其自然相關聯的序列。
編碼SEQ ID NO4的BASB057多肽的序列可與包含在SEQ ID NO3的第1-1401個核苷酸的多肽編碼序列相同。另一種情況，作為基因編碼冗余(退化)的結果，此多核苷酸序列也編碼SEQ ID NO4的多肽。此處的“多核苷酸編碼多肽”包含那些包括編碼本發明中的多肽，尤其是細菌多肽，更尤其是含有SEQ ID NO4氨基酸序列的腦膜炎奈瑟氏球菌BASB057多肽的多核苷酸。“多核苷酸編碼多肽”這個名詞也包含那些包括編碼與附加區相連的多肽(如被整合噬菌體間斷的多核苷酸、整合的插入序列、整合的載體序列、整合的轉座子序列或引起RNA編輯或基因組DNA改組的序列)的連續區或不連續區的多核苷酸，而附加區也可包含編碼和/或非編碼序列。
本發明進一步涉及此處所述的多核苷酸的變體，這些多核苷酸變體編碼含有SEQ ID NO4的推導氨基酸序列的多肽變體。本發明中的多核苷酸片段可用于，如合成本發明中全部長度的多核苷酸。
進一步尤其優選的實施方案是編碼BASB057變體的多核苷酸，這些BASB057變體具有SEQ ID NO4的BASB057多肽的氨基酸序列，而在其序列中，幾個、一些、5-10、1-5、1-3、第2、第1個氨基酸殘基或0個氨基酸殘基已以替代、修飾、缺失和/或添加及他們的任意組合方式進行處理過。其中尤其優選的是沉默的替代、添加或缺失，因為他們不改變BASB057多肽的活性或特性。
本發明進一步優選的實施方案是就其全長而言，與編碼含有SEQID NO4的氨基酸序列的BASB057多肽至少有85％相同的多核苷酸，以及與此多核苷酸互補的多核苷酸。在這一點上，至少有90％到100％同一性的多核苷酸是尤其優選的，并且在這些優選的多核苷酸中，那些至少95％同一性的是尤其優選的。進一步來講，在至少有95％同一性的多核苷酸中，那些至少97％同一性的是非常優選的，至少98％和99％同一性的是尤其非常優選的，至少99％同一性的是更加非常優選的。
優選的實施方案是那些編碼基本上保持有與SEQ ID NO3的DNA所編碼的成熟多肽相同的生物活性或功能的多核苷酸。
按照本發明中的特定優選實施方案，本發明提供了與BASB057多核苷酸，如SEQ ID NO3的那些多核苷酸，尤其是在嚴格的條件下，進行雜交的多核苷酸。
本發明進一步提供了與此處提供的多核苷酸序列雜交的多核苷酸。在這一點上，本發明尤其涉及那些在嚴格條件下與此處所述的多核苷酸進行雜交的多核苷酸。此處所用的名詞“嚴格的條件”和“嚴格的雜交條件”指只有在序列間有至少95％、優選的是至少97％同一性時才能進行雜交。嚴格雜交條件的一個例子就是在一種溶液中42℃培育過夜，隨后在65℃下洗滌0.1×SSC中的雜交支撐物，此處的溶液含有50％甲醛，5×SSC(150mM NaCI，15mM檸檬酸三鈉)，50 mM磷酸鈉(pH7.6)，5× Denhardt’s溶液，10％硫酸右旋糖苷，和20微克/ml已剪切的鮭魚精子的變性DNA。另外雜交和洗滌條件是眾所周知的，并且在Sambrook等的Molecular CloningALaboratory Manual，Second Edition，Cold Spring Harbor，N.Y.，(1989)中，尤其是其第11章中有示例。雜交溶液也可與本發明提供的多核苷酸序列共用。
本發明也提供了一種由一種多核苷酸序列組成或包含此多核苷酸序列的多核苷酸。此多核苷酸序列是在嚴格的雜交條件下，以含有SEQ ID NO3中的該多核苷酸序列或其片段為探針，篩選包含SEQ IDNO3中一種多核苷酸序列的完整基因的適當文庫，并且將該多核苷酸序列進行分離這一系列方法獲得的。有益于獲得此多核苷酸的片段包括，例如本發明其他部分詳細敘述的探針和引物。
關于多核苷酸的檢測，本發明的其他部分有討論，例如本發明中的多核苷酸可用作RNA、cDNA和基因組DNA的探針，以此分離編碼BASB057的全部長度的cDNA和基因組克隆，并且也可以此分離與BASB057具有高同一性，尤其是高序列同一性的其他基因的cDNA和基因組克隆。一般來講，這樣的探針至少含有15個核苷酸殘基或堿基對。優選的是至少含有30個核苷酸殘基或堿基對的探針、或至少含有50個核苷酸殘基或堿基對的探針。尤其優選的是至少含有20個核苷酸殘基或堿基對、但又少于30個核苷酸殘基或堿基對的探針。
通過利用SEQ ID NO3提供的DNA序列合成的寡核苷酸探針進行的篩選方法，可以分離到BASB057基因的編碼區。然后，利用含有與本發明中的基因序列互補的序列的標記寡核苷酸篩選cDNA、基因組DNA或mRNA文庫，進而來確定與探針進行雜交的文庫的成員。
本發明的一個目標是提供編碼BASB060多肽的多核苷酸，尤其是編碼此處所指的BASB060多肽的多核苷酸。
在本發明的一種尤其優選的實施方案中，此多核苷酸包含編碼BASB060多肽或其變體的區，此編碼區包含SEQ ID NO5中的一序列，而此序列包含編碼BASB060多肽的全部長度的基因或其變體。
SEQ ID NO5中提供的BASB060多核苷酸是腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
進一步，本發明提供了編碼和/或表達BASB060多肽和多核苷酸，尤其是腦膜炎奈瑟氏球菌BASB060多肽和多核苷酸的分離的核酸分子，這些核酸分子包括，如未加工的RNA、核酶RNA、mRNA，cDNA，基因組DNA，B-和Z-DNA。本發明中進一步的實施方案包括生物學上、診斷上、預防上、臨床上或治療上有益的多核苷酸和多肽、及其變體、包含這些物質的組合物。
本發明的另一方面涉及分離的多核苷酸、與其有緊密關聯的多核苷酸及其變體，而這些分離的多核苷酸至少包括一種全部長度的、編碼BASB060多肽的基因，此多肽含有從SEQ ID NO6推導的氨基酸序列。
在本發明的另一尤其優選實施方案中的多肽是BASB060多肽或其變體，此BASB060多肽取自腦膜炎奈瑟氏球菌，它包含SEQ ID NO6的一種氨基酸序列或由SEQ ID NO6的一種氨基酸序列組成。
利用此處提供的信息，如SEQ ID NO5中的多核苷酸序列，本發明中的一種編碼BASB060多肽的多核苷酸就可由標準的克隆和篩選方法，如那些以腦膜炎奈瑟氏球菌細胞為出發物質，對細菌染色體DNA片段進行克隆和測序進而得到全部長度克隆的方法，來獲得。例如，要想獲得本發明中的多核苷酸序列，如SEQ ID NO5中給定的多核苷酸序列，具代表性的是探查大腸桿菌或其他合適的宿主的腦膜炎奈瑟氏球菌的染色體DNA克隆文庫，探針是衍生自一種部分序列、優選長度為17-mer或更長的放射性標記寡聚核苷酸。利用嚴格的雜交條件就可將攜帶與探針相同DNA的克隆區分開。通過與由原始多肽或多核苷酸設計的測序引物對每個由雜交而鑒定的克隆進行測序，有可能將此多核苷酸從兩個方向進行延伸，從而確定全部長度的基因序列。較方便的是這樣的測序可通過，如利用從質粒克隆制備的變性雙鏈DNA，來進行。適當的技術在Manistis，T.，Fritsch，E.F.和Sambrook等的MOLECULAR CLONING.A LABORATORYMAMIAL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Labocatory pnss，Cold Spring Harbor，NewYork(1989)中有敘述(見in particular.Screening ByHybridization 1.90 and Sequencing Denatured Double-StrandedDNA Templates 13.70)。直接的基因組DNA測序也可通過獲取一種全部長度的基因序列來進行。本發明的說明性的例子中，SEQ ID NO5中的每一種多核苷酸都可在源自腦膜炎奈瑟氏球菌的DNA文庫中發現。
此外，腦膜炎奈瑟氏球菌中的DNA序列含有一種開放閱讀框架，此開放閱讀框架可編碼一種蛋白質，這種蛋白質含有的氨基酸數目大約與SEQ ID NO6之中的氨基酸相同，其分子量可通過本領域中的技術人員熟知的氨基酸殘基分子量評估法來計算。
在SEQ ID NO5中，第一個核苷酸處的密碼子與從第418個核苷酸開始的終了密碼子間的多核苷酸編碼SEQ ID NO6的多肽。
進一方面，本發明提供了由下列序列組成或包含下列序列的分離多核苷酸(a)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO5全長而言，至少與SEQ ID NO5有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列，或(b)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO6全長而言，至少與SEQ ID NO6有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
編碼本發明中的多肽的一種多核苷酸，包含其在腦膜炎奈瑟氏球菌之外的種中的同源基因和直向同源基因，可由一種方法制得。這種方法包括在嚴格的雜交條件下(例如，所需溫度在45-60℃之間，SDS濃度為0.1-1％)，利用含有SEQ ID NO5的序列或其片段、或由SEQID NO5序列或其片段組成的探針來篩選一種合適的文庫，并且分離包含該多核苷酸序列的全部長度的基因或基因組克隆等步驟。
本發明提供了一種就其全長而言，與SEQ ID NO5中的編碼序列(開放閱讀框架)完全相同的多核苷酸。本發明也提供了一種成熟多肽或其片段的編碼序列，以此多核苷酸序列自身以及閱讀框架中的一種成熟蛋白或其片段的編碼序列的形式存在，此閱讀框架又含有另一種編碼序列，例如編碼一種引導或分泌序列、前蛋白序列、原蛋白序列、前蛋白原序列的序列。本發明中的多核苷酸至少含有一種非編碼序列，例如這些非編碼序列包括如，但并不局限于至少一種5′和3′非編碼序列，例如轉錄但非翻譯序列、終止信號(如依賴ρ-因子和不依賴p-因子的終止信號)、核糖體結合位點、Kozak序列、穩定mRNA的序列、內含子和聚腺苷酰化信號。這些多核苷酸序列也可包含編碼附加氨基酸的附加序列。例如，可編碼能促進對融合多肽的純化的標記物序列。在本發明的某一特定實施方案中，標準物序列是一種六組胺酸肽段，如pQE載體(Qiagen，Inc.)提供的、在Gentz等.，Proc.Natl.Acad Sci.，USA 86821-824(1989)中有描述的六組胺酸肽段，或一種HA肽段標記(Wilson et al.，Cell 3～767(1984)，這兩種序列在分離與他們相融合的多肽序列時是有益的。本發明中的多核苷酸還包括，但并不局限于，含有結構基因和其控制基因表達的、與其自然相關聯的序列。
編碼SEQ ID NO6的BASB060多肽的序列可與包含在SEQ ID NO6的第1-417個核苷酸的多肽編碼序列相同。另一種情況，作為基因編碼冗余(退化)的結果，此多核苷酸序列也編碼SEQ ID NO6的多肽。此處的“多核苷酸編碼多肽”包含那些包括編碼本發明中的多肽，尤其是細菌多肽，更尤其是含有SEQ ID NO6氨基酸序列的腦膜炎奈瑟氏球菌BASB060多肽的多核苷酸。“多核苷酸編碼多肽”這個名詞也包含那些包括編碼與附加區相連的多肽(如被整合噬菌體間斷的多核苷酸、整合的插入序列、整合的載體序列、整合的轉座子序列或引起RNA編輯或基因組DNA改組的序列)的連續區或不連續區的多核苷酸，而附加區也可包含編碼和/或非編碼序列。
本發明進一步涉及此處所述的多核苷酸的變體，這些多核苷酸變體編碼含有SEQ ID NO6的推導氨基酸序列的多肽變體。本發明中的多核苷酸片段可用于，如合成本發明中全部長度的多核苷酸。
進一步尤其優選的實施方案是編碼BASB060變體的多核苷酸，這些BASB060變體具有SEQ ID NO6的BASB060多肽的氨基酸序列，而在其序列中，幾個、一些、5-10、1-5、1-3、第2、第1個氨基酸殘基或0個氨基酸殘基已以替代、修飾、缺失和/或添加及他們的任意組合方式進行處理過。其中尤其優選的是沉默的替代、添加或缺失，因為他們不改變BASB060多肽的活性或特性。
本發明進一步優選的實施方案是就其全長而言與編碼含有SEQID NO6的氨基酸序列的BASB060多肽至少有85％相同的多核苷酸，以及與此多核苷酸互補的多核苷酸。在這一點上，至少有90％到100％同一性的多核苷酸是尤其優選的，并且在這些優選的多核苷酸中，那些至少95％同一性的是尤其優選的。進一步來講，在至少有95％同一性的多核苷酸中，那些至少97％同一性的是非常優選的，至少98％和99％同一性的是尤其非常優選的，至少99％同一性的是更加非常優選的。
優選的實施方案是那些編碼基本上保持有與SEQ ID NO5的DNA所編碼的成熟多肽同一性的生物活性或功能的多核苷酸。
按照本發明中的特定優選實施方案，本發明提供了與BASB060多核苷酸，如SEQ ID NO5的那些多核苷酸，尤其是在嚴格的條件下，進行雜交的多核苷酸。
本發明進一步提供了與此處提供的多核苷酸序列雜交的多核苷酸。在這一點上，本發明尤其涉及那些在嚴格條件下與此處所述的多核苷酸進行雜交的多核苷酸。此處所用的名詞“嚴格的條件”和“嚴格的雜交條件”指只有在序列間有至少95％、優選的是至少97％同一性時才能進行雜交。嚴格雜交條件的一個例子就是在一種溶液中42℃培育過夜，隨后在65℃下洗滌0.1×SSC中的雜交支撐物，此處的溶液含有50％甲醛，5×SSC(150mM NaCI，15mM檸檬酸三鈉)，50mM磷酸鈉(pH7.6)，5×Denhardt’s溶液，10％硫酸右旋糖苷，和20微克/ml已剪切的鮭魚精子的變性DNA。另外雜交和洗滌條件是眾所周知的，并且在Sambrook等的Molecular CloningALaboratory Manual，Second Edition，Cold Spring Harbor，N.Y.，(1989)中，尤其是其第11章中有示例。雜交溶液也可與本發明提供的多核苷酸序列共用。
本發明也提供了一種由一種多核苷酸序列組成或包含此多核苷酸序列的多核苷酸。此多核苷酸序列是在嚴格的雜交條件下，以含有SEQ ID NO5中的該多核苷酸序列或其片段為探針，篩選包含SEQ IDNO5中一種多核苷酸序列的完整基因的適當文庫，并且將該多核苷酸序列進行分離這一系列方法獲得的。有益于獲得此多核苷酸的片段包括，例如本發明其他部分詳細敘述的探針和引物。
關于多核苷酸的檢測，本發明的其他部分有討論，例如本發明中的多核苷酸可用作RNA、cDNA和基因組DNA的探針，以此分離編碼BASB060的全部長度的cDNA和基因組克隆，并且也可以此分離與BASB060具有高同一性，尤其是高序列同一性的其他基因的cDNA和基因組克隆。一般來講，這樣的探針至少含有15個核苷酸殘基或堿基對。優選的是至少含有30個核苷酸殘基或堿基對的探針、或至少含有50個核苷酸殘基或堿基對的探針。尤其優選的是至少含有20個核苷酸殘基或堿基對、但又少于30個核苷酸殘基或堿基對的探針。
通過利用SEQ ID NO5提供的DNA序列合成的寡核苷酸探針進行的篩選方法，可以分離到BASB060基因的編碼區。然后，利用含有與本發明中的基因序列互補的序列的標記寡核苷酸篩選cDNA、基因組DNA或mRNA文庫，進而來確定與探針進行雜交的文庫的成員。
本發明的一個目標是提供編碼BASB061多肽的多核苷酸，尤其是編碼此處所指的BASB061多肽的多核苷酸。
在本發明的一種尤其優選的實施方案中，此多核苷酸包含編碼BASB061多肽或其變體的區，此編碼區包含SEQ ID NO7中的一序列，而此序列包含編碼BASB061多肽的全部長度的基因或其變體。
SEQ ID NO7中提供的BASB061多核苷酸是腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
進一步，本發明提供了編碼和/或表達BASB061多肽和多核苷酸，尤其是腦膜炎奈瑟氏球菌BASB061多肽和多核苷酸的分離的核酸分子，這些核酸分子包括，如未加工的RNA、核酶RNA、mRNA，cDNA，基因組DNA，B-和Z-DNA。本發明中進一步的實施方案包括生物學上、診斷上、預防上、臨床上或治療上有益的多核苷酸和多肽、及其變體、包含這些物質的組合物。
本發明的另一方面涉及分離的多核苷酸、與其有緊密關聯的多核苷酸及其變體，而這些分離的多核苷酸至少包括一種全部長度的、編碼BASB061多肽的基因，此多肽含有從SEQ ID NO8推導的氨基酸序列。
在本發明的另一尤其優選實施方案中的多肽是BASB061多肽或其變體，此BASB061多肽取自腦膜炎奈瑟氏球菌，它包含SEQ ID NO8的一種氨基酸序列或由SEQ ID NO8的一種氨基酸序列組成。
利用此處提供的信息，如SEQ ID NO7中的多核苷酸序列，本發明中的一種編碼BASB061多肽的多核苷酸就可由標準的克隆和篩選方法，如那些以腦膜炎奈瑟氏球菌細胞為出發物質，對細菌染色體DNA片段進行克隆和測序進而得到全部長度克隆的方法，來獲得。例如，要想獲得本發明中的多核苷酸序列，如SEQ ID NO7中給定的多核苷酸序列，具代表性的是探查大腸桿菌或其他合適的宿主的腦膜炎奈瑟氏球菌的染色體DNA克隆文庫，探針是衍生自一種部分序列、優選長度為17-mer或更長的放射性標記寡聚核苷酸。利用嚴格的雜交條件就可將攜帶與探針相同DNA的克隆區分開。通過與由原始多肽或多核苷酸設計的測序引物對每個由雜交而鑒定的克隆進行測序，有可能將此多核苷酸從兩個方向進行延伸，從而確定全部長度的基因序列。較方便的是這樣的測序可通過，如利用從質粒克隆制備的變性雙鏈DNA，來進行。適當的技術在Manistis，T.，Fritsch，E.F.和Sambrook等的MOLECULAR CLONING.A LABORATORYMAMIAL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Labocatory pnss，Cold Spring Harbor，NewYork(1989)中有敘述(見in particular.Screening ByHybridization 1.90 and Sequencing Denatured Double-StrandedDNA Templates 13.70)。直接的基因組DNA測序也可通過獲取一種全部長度的基因序列來進行。本發明的說明性的例子中，SEQ ID NO7中的每一種多核苷酸都可在源自腦膜炎奈瑟氏球菌的DNA文庫中發現。
此外，腦膜炎奈瑟氏球菌中的DNA序列含有一種開放閱讀框架，此開放閱讀框架可編碼一種蛋白質，這種蛋白質含有的氨基酸數目大約與SEQ ID NO8之中的氨基酸相同，其分子量可通過本領域中的技術人員熟知的氨基酸殘基分子量評估法來計算。
在SEQ ID NO7中，第一個核苷酸處的密碼子與從第514個核苷酸開始的終了密碼子間的多核苷酸編碼SEQ ID NO8的多肽。
進一方面，本發明提供了由下列序列組成或包含下列序列的分離多核苷酸(a)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO7而言，至少與SEQ ID NO7有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列，或(b)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO8全長而言，至少與全部長度的SEQ ID NO8有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
編碼本發明中的多肽的一種多核苷酸，包含其在腦膜炎奈瑟氏球菌之外的種中的同源基因和直向同源基因，可由一種方法制得。這種方法包括在嚴格的雜交條件下(例如，所需溫度在45-60℃之間，SDS濃度為0.1-1％)，利用含有SEQ ID NO7的序列或其片段、或由SEQID NO7序列或其片段組成的探針來篩選一種合適的文庫，并且分離包含該多核苷酸序列的全部長度的基因或基因組克隆等步驟。
本發明提供了一種就其全長而言，與SEQ ID NO7中的一種與全部長度的編碼序列(開放閱讀框架)完全相同的多核苷酸。本發明也提供了一種成熟多肽或其片段的編碼序列，以此多核苷酸序列自身以及閱讀框架中的一種成熟蛋白或其片段的編碼序列的形式存在，此閱讀框架又含有另一種編碼序列，例如編碼一種引導或分泌序列、前蛋白序列、原蛋白序列、前蛋白原序列的序列。本發明中的多核苷酸至少含有一種非編碼序列，例如這些非編碼序列包括如，但并不局限于至少一種5′和3′非編碼序列，例如轉錄但非翻譯序列、終止信號(如依賴ρ-因子和不依賴ρ-因子的終止信號)、核糖體結合位點、Kozak序列、穩定mRNA的序列、內含子和聚腺苷酰化信號。這些多核苷酸序列也可包含編碼附加氨基酸的附加序列。例如，可編碼能促進對融合多肽的純化的標記物序列。在本發明的某一特定實施方案中，標準物序列是一種六組胺酸肽段，如pQE載體(Qiagen，Inc.)提供的、在Gentz等.，Proc.Natl.Acad Sci.，USA 86821-824(1989)中有描述的六組胺酸肽段，或一種HA肽段標記(Wilson et al.，Cell 3～767(1984)，這兩種序列在分離與他們相融合的多肽序列時是有益的。本發明中的多核苷酸還包括，但并不局限于，含有結構基因和其控制基因表達的、與其自然相關聯的序列。
編碼SEQ ID NO8的BASB061多肽的序列可與包含在SEQ ID NO8的第1-513個核苷酸的多肽編碼序列相同。另一種情況，作為基因編碼冗余(退化)的結果，此多核苷酸序列也編碼SEQ ID NO8的多肽。此處的“多核苷酸編碼多肽”包含那些包括編碼本發明中的多肽，尤其是細菌多肽，更尤其是含有SEQ ID NO8氨基酸序列的Neisseriameningitides BASB061多肽的多核苷酸。“多核苷酸編碼多肽”這個名詞也包含那些包括編碼與附加區相連的多肽(如被整合噬菌體間斷的多核苷酸、整合的插入序列、整合的載體序列、整合的轉座子序列或引起RNA編輯或基因組DNA改組的序列)的連續區或不連續區的多核苷酸，而附加區也可包含編碼和/或非編碼序列。
本發明進一步涉及此處所述的多核苷酸的變體，這些多核苷酸變體編碼含有SEQ ID NO8的推導氨基酸序列的多肽變體。本發明中的多核苷酸片段可用于，如合成本發明中全部長度的多核苷酸。
進一步尤其優選的實施方案是編碼BASB060變體的多核苷酸，這些BASB061變體具有SEQ ID NO8的BASB061多肽的氨基酸序列，而在其序列中，幾個、一些、5-10、1-5、1-3、第2、第1個氨基酸殘基或0個氨基酸殘基已以替代、修飾、缺失和/或添加及他們的任意組合方式進行處理過。其中尤其優選的是沉默的替代、添加或缺失，因為他們不改變BASB061多肽的活性或特性。
本發明進一步優選的實施方案是就其全長而言，與編碼含有SEQID NO8的氨基酸序列的BASB061多肽至少有85％相同的多核苷酸，以及與此多核苷酸互補的多核苷酸。在這一點上，至少有90％到100％同一性的多核苷酸是尤其優選的，并且在這些優選的多核苷酸中，那些至少95％同一性的是尤其優選的。進一步來講，在至少有95％同一性的多核苷酸中，那些至少97％同一性的是非常優選的，至少98％和99％同一性的是尤其非常優選的，至少99％同一性的是更加非常優選的。
優選的實施方案是那些編碼基本上保持有與SEQ ID NO7的DNA所編碼的成熟多肽相同的生物活性或功能的多核苷酸。
按照本發明中的特定優選實施方案，本發明提供了與BASB061多核苷酸，如SEQ ID NO7的那些多核苷酸，尤其是在嚴格的條件下，進行雜交的多核苷酸。
本發明進一步提供了與此處提供的多核苷酸序列雜交的多核苷酸。在這一點上，本發明尤其涉及那些在嚴格條件下與此處所述的多核苷酸進行雜交的多核苷酸。此處所用的名詞“嚴格的條件”和“嚴格的雜交條件”指只有在序列間有至少95％、優選的是至少97％同一性時才能進行雜交。嚴格雜交條件的一個例子就是在一種溶液中42℃培育過夜，隨后在65℃下洗滌0.1×SSC中的雜交支撐物，此處的溶液含有50％甲醛，5×SSC(150mM NaCI，15mM檸檬酸三鈉)，50 mM磷酸鈉(pH7.6)，5×Denhardt’s溶液，10％硫酸右旋糖苷，和20微克/ml已剪切的鮭魚精子的變性DNA。另外雜交和洗滌條件是眾所周知的，并且在Sambrook等的Molecular CloningALaboratory Manual，Second Edition，Cold Spring Harbor，N.Y.，(1989)中，尤其是其第11章中有示例。雜交溶液也可與本發明提供的多核苷酸序列共用。
本發明也提供了一種由一種多核苷酸序列組成或包含此多核苷酸序列的多核苷酸。此多核苷酸序列是在嚴格的雜交條件下，以含有SEQ ID NO7中的該多核苷酸序列或其片段為探針，篩選包含SEQ IDNO7中一種多核苷酸序列的完整基因的適當文庫，并且將該多核苷酸序列進行分離這一系列方法獲得的。有益于獲得此多核苷酸的片段包括，例如本發明其他部分詳細敘述的探針和引物。
關于多核苷酸的檢測，本發明的其他部分有討論，例如本發明中的多核苷酸可用作RNA、cDNA和基因組DNA的探針，以此分離編碼BASB061的全部長度的cDNA和基因組克隆，并且也可以此分離與BASB061具有高同一性，尤其是高序列同一性的其他基因的cDNA和基因組克隆。一般來講，這樣的探針至少含有15個核苷酸殘基或堿基對。優選的是至少含有30個核苷酸殘基或堿基對的探針、或至少含有50個核苷酸殘基或堿基對的探針。尤其優選的是至少含有20個核苷酸殘基或堿基對、但又少于30個核苷酸殘基或堿基對的探針。
通過利用SEQ ID NO7提供的DNA序列合成的寡核苷酸探針進行的篩選方法，可以分離到BASB061基因的編碼區。然后，利用含有與本發明中的基因序列互補的序列的標記寡核苷酸篩選cDNA、基因組DNA或mRNA文庫，進而來確定與探針進行雜交的文庫的成員。
本發明的一個目標是提供編碼BASB063多肽的多核苷酸，尤其是編碼此處所指的BASB063多肽的多核苷酸。
在本發明的一種尤其優選的實施方案中，此多核苷酸包含編碼BASB063多肽或其變體的區，此編碼區包含SEQ ID NO9中的一序列，而此序列包含編碼BASB063多肽的全部長度的基因或其變體。
SEQ ID NO9中提供的BASB063多核苷酸是腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
進一步，本發明提供了編碼和/或表達BASB063多肽和多核苷酸，尤其是腦膜炎奈瑟氏球菌BASB063多肽和多核苷酸的分離的核酸分子，這些核酸分子包括，如未加工的RNA、核酶RNA、mRNA，cDNA，基因組DNA，B-和Z-DNA。本發明中進一步的實施方案包括生物學上、診斷上、預防上、臨床上或治療上有益的多核苷酸和多肽、及其變體、包含這些物質的組合物。
本發明的另一方面涉及分離的多核苷酸、與其有緊密關聯的多核苷酸及其變體，而這些分離的多核苷酸至少包括一種全部長度的、編碼BASB063多肽的基因，此多肽含有從SEQ ID NO10推導的氨基酸序列。
在本發明的另一尤其優選實施方案中的多肽是BASB063多肽或其變體，此BASB063多肽取自腦膜炎奈瑟氏球菌，它包含SEQ ID NO10的一種氨基酸序列或由SEQ ID NO10的一種氨基酸序列組成。
利用此處提供的信息，如SEQ ID NO9中的多核苷酸序列，本發明中的一種編碼BASB063多肽的多核苷酸就可由標準的克隆和篩選方法，如那些以腦膜炎奈瑟氏球菌細胞為出發物質，對細菌染色體DNA片段進行克隆和測序進而得到全部長度克隆的方法，來獲得。例如，要想獲得本發明中的多核苷酸序列，如SEQ ID NO9中給定的多核苷酸序列，具代表性的是探查大腸桿菌或其他合適的宿主的腦膜炎奈瑟氏球菌的染色體DNA克隆文庫，與衍生自一種部分序列、優選長度為17-mer或更長的放射性標記寡聚核苷酸。利用嚴格的雜交條件就可將攜帶與探針相同DNA的克隆區分開。通過與由原始多肽或多核苷酸設計的測序引物對每個由雜交而獲得的克隆進行測序，有可能將此多核苷酸從兩個方向進行延伸，從而確定全部長度的基因序列。較方便的是這樣的測序可通過，如利用從質粒克隆制備的變性雙鏈DNA，來進行。適當的技術在Manistis，T.，Fritsch，E.F.和Sambrook等的MOLECULAR CLONING.A LABORATORYMAMIAL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Labocatory pnss，Cold Spring Harbor，NewYork(1989)中有敘述(見in particular.Screening ByHybridization 1.90 and Sequencing Denatured Double-StrandedDNA Templates 13.70)。直接的基因組DNA測序也可通過獲取一種全部長度的基因序列來進行。本發明的說明性的例子中，SEQ ID NO9中的每一種多核苷酸都可在源自腦膜炎奈瑟氏球菌的DNA文庫中發現。
此外，腦膜炎奈瑟氏球菌中的DNA序列含有一種開放閱讀框架，此開放閱讀框架可編碼一種蛋白質，這種蛋白質含有的氨基酸數目大約與SEQ ID NO10之中的氨基酸相同，其分子量可通過本領域中的技術人員熟知的氨基酸殘基分子量評估法來計算。
在SEQ ID NO9中，第一個核苷酸處的密碼子與從第814個核苷酸開始的終了密碼子間的多核苷酸編碼SEQ ID NO10的多肽。
進一方面，本發明提供了由下列序列組成或包含下列序列的分離多核苷酸(a)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO9全長而言，至少與SEQ ID NO9有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列，或(b)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO10全長而言，至少與SEQ ID NO10有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
編碼本發明中的多肽的一種多核苷酸，包含其在腦膜炎奈瑟氏球菌之外的種中的同源基因和直向同源基因，可由一種方法制得。這種方法包括在嚴格的雜交條件下(例如，所需溫度在45-60℃之間，SDS濃度為0.1-1％)，利用含有SEQ ID NO9的序列或其片段、或由SEQID NO9序列或其片段組成的探針來篩選一種合適的文庫，并且分離包含該多核苷酸序列的全部長度的基因或基因組克隆等步驟。
本發明提供了一種就其全長而言，與SEQ ID NO9中的一種與編碼序列(開放閱讀框架)完全同一性的多核苷酸。本發明也提供了一種成熟多肽或其片段的編碼序列，而此多核苷酸序列自身以及閱讀框架中的一種成熟蛋白或其片段的編碼序列的形式存在，此閱讀框架又含有另一種編碼序列，例如編碼一種引導或分泌序列、前蛋白序列、原蛋白序列、前蛋白原序列的序列。本發明中的多核苷酸至少含有一種非編碼序列，例如這些非編碼序列包括如，但并不局限于至少一種5′和3′非編碼序列，例如轉錄但非翻譯序列、終止信號(如依賴ρ-因子和不依賴ρ-因子的終止信號)、核糖體結合位點、Kozak序列、穩定mRNA的序列、內含子和聚腺苷酰化信號。這些多核苷酸序列也可包含編碼附加氨基酸的附加序列。例如，可編碼能促進對融合多肽的純化的標記物序列。在本發明的某一特定實施方案中，標準物序列是一種六組胺酸肽段，如pQE載體(Qiagen，Inc.)提供的、在Gentz等.，Proc.Natl.Acad Sci.，USA 86821-824(1989)中有描述的六組胺酸肽段，或一種HA肽段標記(Wilson et al.，Cell 3～767(1984)，這兩種序列在分離與他們相融合的多肽序列時是有益的。本發明中的多核苷酸還包括，但并不局限于，含有結構基因和其控制基因表達的、與其自然相關聯的序列。
編碼SEQ ID NO10的BASB063多肽的序列可與包含在SEQ IDNO10的第1-813個核苷酸的多肽編碼序列同一性。另一種情況，作為基因編碼冗余(退化)的結果，此多核苷酸序列也編碼SEQ ID NO10的多肽。此處的“多核苷酸編碼多肽”包含那些包括編碼本發明中的多肽，尤其是細菌多肽，更尤其是含有SEQ ID NO10氨基酸序列的Neisseria meningitides BASB063多肽的多核苷酸。“多核苷酸編碼多肽”這個名詞也包含那些包括編碼與附加區相連的多肽(如被整合噬菌體間斷的多核苷酸、整合的插入序列、整合的載體序列、整合的轉座子序列或引起RNA編輯或基因組DNA改組的序列)的連續區或不連續區的多核苷酸，而附加區也可包含編碼和/或非編碼序列。
本發明進一步涉及此處所述的多核苷酸的變體，這些多核苷酸變體編碼含有SEQ ID NO10的推導氨基酸序列的多肽變體。本發明中的多核苷酸片段可用于，如合成本發明中全部長度的多核苷酸。
進一步尤其優選的實施方案是編碼BASB063變體的多核苷酸，這些BASB063變體具有SEQ ID NO10的BASB063多肽的氨基酸序列，而在其序列中，幾個、一些、5-10、1-5、1-3、第2、第1個氨基酸殘基或0個氨基酸殘基已以替代、修飾、缺失和/或添加及他們的任意組合方式進行處理過。其中尤其優選的是沉默的替代、添加或缺失，因為他們不改變BASB063多肽的活性或特性。
本發明進一步優選的實施方案是就其全長而言與編碼含有SEQID NO10的氨基酸序列的BASB063多肽至少有85％同一性的多核苷酸，以及與此多核苷酸互補的多核苷酸。在這一點上，至少有90％到100％同一性的多核苷酸是尤其優選的，并且在這些優選的多核苷酸中，那些至少95％同一性的是尤其優選的。進一步來講，在至少有95％同一性的多核苷酸中，那些至少97％同一性的是非常優選的，至少98％和99％同一性的是尤其非常優選的，至少99％同一性的是更加非常優選的。
優選的實施方案是那些編碼基本上保持有與SEQ ID NO9的DNA所編碼的成熟多肽相同的生物活性或功能的多核苷酸。
按照本發明中的特定優選實施方案，本發明提供了與BASB063多核苷酸，如SEQ ID NO9的那些多核苷酸，尤其是在嚴格的條件下，進行雜交的多核苷酸。
本發明進一步提供了與此處提供的多核苷酸序列雜交的多核苷酸。在這一點上，本發明尤其涉及那些在嚴格條件下與此處所述的多核苷酸進行雜交的多核苷酸。此處所用的名詞“嚴格的條件”和“嚴格的雜交條件”指只有在序列間有至少95％、優選的是至少97％同一性時才能進行雜交。嚴格雜交條件的一個例子就是在一種溶液中42℃培育過夜，隨后在65℃下洗滌0.1×SSC中的雜交支撐物，此處的溶液含有50％甲醛，5×SSC(150mM NaCI，15mM檸檬酸三鈉)，50mM磷酸鈉(pH7.6)，5×Denhardt’s溶液，10％硫酸右旋糖苷，和20微克/ml已粉碎的鮭魚精子的變性DNA。另外雜交和洗滌條件是眾所周知的，并且在Sambrook等的Molecular CloningALaboratory Manual，Second Edition，Cold Spring Harbor，N.Y.，(1989)中，尤其是其第11章中有示例。雜交溶液也可與本發明提供的多核苷酸序列共用。
本發明也提供了一種由一種多核苷酸序列組成或包含此多核苷酸序列的多核苷酸。此多核苷酸序列是在嚴格的雜交條件下，以含有SEQ ID NO9中的該多核苷酸序列或其片段為探針，篩選包含SEQ IDNO9中一種多核苷酸序列的完整基因的適當文庫，并且將該多核苷酸序列進行分離這一系列方法獲得的。有益于獲得此多核苷酸的片段包括，例如本發明其他部分詳細敘述的探針和引物。
關于多核苷酸的檢測，本發明的其他部分有討論，例如本發明中的多核苷酸可用作RNA、cDNA和基因組DNA的探針，以此分離編碼BASB063的全部長度的cDNA和基因組克隆，并且也可以此分離與BASB063具有高同一性，尤其是高序列同一性的其他基因的cDNA和基因組克隆。一般來講，這樣的探針至少含有15個核苷酸殘基或堿基對。優選的是至少含有30個核苷酸殘基或堿基對的探針、或至少含有50個核苷酸殘基或堿基對的探針。尤其優選的是至少含有20個核苷酸殘基或堿基對、但又少于30個核苷酸殘基或堿基對的探針。
通過利用SEQ ID NO9提供的DNA序列合成的寡核苷酸探針進行的篩選方法，可以分離到BASB063基因的編碼區。然后，利用含有與本發明中的基因序列互補的序列的標記寡核苷酸篩選cDNA、基因組DNA或mRNA文庫，進而來確定與探針進行雜交的文庫的成員。
本發明的一個目標是提供編碼BASB065多肽的多核苷酸，尤其是編碼此處所指的BASB065多肽的多核苷酸。
在本發明的一種尤其優選的實施方案中，此多核苷酸包含編碼BASB065多肽或其變體的區，此編碼區包含SEQ ID NO11中的一序列，而此序列包含編碼BASB065多肽的全部長度的基因或其變體。
SEQ ID NO11中提供的BASB065多核苷酸是腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
進一步，本發明提供了編碼和/或表達BASB065多肽和多核苷酸，尤其是腦膜炎奈瑟氏球菌BASB065多肽和多核苷酸的分離的核酸分子，這些核酸分子包括，如未加工的RNA、核酶RNA、mRNA，cDNA，基因組DNA，B-和Z-DNA。本發明中進一步的實施方案包括生物學上、診斷上、預防上、臨床上或治療上有益的多核苷酸和多肽、及其變體、包含這些物質的組合物。
本發明的另一方面涉及分離的多核苷酸、與其有緊密關聯的多核苷酸及其變體，而這些分離的多核苷酸至少包括一種全部長度的、編碼BASB065多肽的基因，此多肽含有從SEQ ID NO12推導的氨基酸序列。
在本發明的另一尤其優選實施方案中的多肽是BASB065多肽或其變體，此BASB065多肽取自Neisseria meningitiilis，它包含SEQ ID NO12的一種氨基酸序列或由SEQ ID NO12的一種氨基酸序列組成。
利用此處提供的信息，如SEQ ID NO11中的多核苷酸序列，本發明中的一種編碼BASB065多肽的多核苷酸就可由標準的克隆和篩選方法，如那些以腦膜炎奈瑟氏球菌細胞為出發物質，對細菌染色體DNA片段進行克隆和測序進而得到全部長度克隆的方法，來獲得。例如，要想獲得本發明中的多核苷酸序列，如SEQ ID NO11中給定的多核苷酸序列，具代表性的是探查大腸桿菌或其他合適的宿主的腦膜炎奈瑟氏球菌的染色體DNA克隆文庫，探針是衍生自一種部分序列、優選長度為17-mer或更長的放射性標記寡聚核苷酸。利用嚴格的雜交條件就可將攜帶與探針相同DNA的克隆區分開。通過與由原始多肽或多核苷酸設計的測序引物對每個由雜交而鑒定的克隆進行測序，有可能將此多核苷酸從兩個方向進行延伸，從而確定全部長度的基因序列。較方便的是這樣的測序可通過，如利用從質粒克隆制備的變性雙鏈DNA，來進行。適當的技術在Manistis，T.，Fritsch，E.F.和Sambrook等的MOLECULAR CLONING.A LABORATORYMAMIAL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Labocatory pnss，Cold Spring Harbor，NewYork(1989)中有敘述(見in particular.Screening ByHybridization 1.90 and Sequencing Denatured Double-StrandedDNA Templates 13.70)。直接的基因組DNA測序也可通過獲取一種全部長度的基因序列來進行。本發明的說明性的例子中，SEQ ID NO11中的每一種多核苷酸都可在源自腦膜炎奈瑟氏球菌的DNA文庫中發現。
此外，腦膜炎奈瑟氏球菌中的DNA序列含有一種開放閱讀框架，此開放閱讀框架可編碼一種蛋白質，這種蛋白質含有的氨基酸數目大約與SEQ ID NO12之中的氨基酸相同，其分子量可通過本領域中的技術人員熟知的氨基酸殘基分子量評估法來計算。
在SEQ ID NO11中，第一個核苷酸處的密碼子與從第715個核苷酸開始的終了密碼子間的多核苷酸編碼SEQ ID NO12的多肽。
進一方面，本發明提供了由下列序列組成或包含下列序列的分離多核苷酸(a)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO11全長而言，至少與SEQ ID NO11有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列，或(b)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO12全長而言，至少與SEQ ID NO12有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
編碼本發明中的多肽的一種多核苷酸，包含其在腦膜炎奈瑟氏球菌之外的種中的同源基因和直向同源基因，可由一種方法制得。這種方法包括在嚴格的雜交條件下(例如，所需溫度在45-60℃之間，SDS濃度為0.1-1％)，利用含有SEQ ID NO11的序列或其片段、或由SEQ ID NO11序列或其片段組成的探針來篩選一種合適的文庫，并且分離包含該多核苷酸序列的全部長度的基因或基因組克隆等步驟。
本發明提供了一種就其全長而言，與SEQ ID NO11中的一種與全部長度的編碼序列(開放閱讀框架)完全相同的多核苷酸。本發明也提供了一種成熟多肽或其片段的編碼序列，以此多核苷酸序列自身以及閱讀框架中的一種成熟蛋白或其片段的編碼序列形式存在，此閱讀框架又含有另一種編碼序列，例如編碼一種引導或分泌序列、前蛋白序列、原蛋白序列、前蛋白原序列的序列。本發明中的多核苷酸至少含有一種非編碼序列，例如這些非編碼序列包括如，但并不局限于至少一種5′和3′非編碼序列，例如轉錄但非翻譯序列、終止信號(如依賴ρ-因子和不依賴ρ-因子的終止信號)、核糖體結合位點、Kozak序列、穩定mRNA的序列、內含子和聚腺苷酰化信號。這些多核苷酸序列也可包含編碼附加氨基酸的附加序列。例如，可編碼能促進對融合多肽的純化的標記物序列。在本發明的某一特定實施方案中，標準物序列是一種六組胺酸肽段，如pQE載體(Qiagen，Inc.)提供的、在Gentz等.，Proc.Natl.Acad Sci.，USA 86821-824(1989)中有描述的六組胺酸肽段，或一種HA肽段標記(Wilson et al.，Cell 3～767(1984)，這兩種序列在分離與他們相融合的多肽序列時是有益的。本發明中的多核苷酸還包括，但并不局限于，含有結構基因和其控制基因表達的、與其自然相關聯的序列。
編碼SEQ ID NO12的BASB065多肽的序列可與編碼包含在SEQ IDNO12的第1-714個核苷酸的多肽編碼序列相同。另一種情況，作為基因編碼冗余(退化)的結果，此多核苷酸序列也編碼SEQ ID NO12的多肽。此處的“多核苷酸編碼多肽”包含那些包括編碼本發明中的多肽，尤其是細菌多肽，更尤其是含有SEQ ID NO12氨基酸序列的腦膜炎奈瑟氏球菌BASB065多肽的多核苷酸。“多核苷酸編碼多肽”這個名詞也包含那些包括編碼與附加區相連的多肽(如被整合噬菌體間斷的多核苷酸、整合的插入序列、整合的載體序列、整合的轉座子序列或引起RNA編輯或基因組DNA改組的序列)的連續區或不連續區的多核苷酸，而附加區也可包含編碼和/或非編碼序列。
本發明進一步涉及此處所述的多核苷酸的變體，這些多核苷酸變體編碼含有SEQ ID NO12的推導氨基酸序列的多肽變體。本發明中的多核苷酸片段可用于，如合成本發明中全部長度的多核苷酸。
進一步尤其優選的實施方案是編碼BASB065變體的多核苷酸，這些BASB065變體具有SEQ ID NO12的BASB065多肽的氨基酸序列，而在其序列中，幾個、一些、5-10、1-5、1-3、第2、第1個氨基酸殘基或0個氨基酸殘基已以替代、修飾、缺失和/或添加及他們的任意組合方式進行處理過。其中尤其優選的是沉默的替代、添加或缺失，因為他們不改變BASB065多肽的活性或特性。
本發明進一步優選的實施方案是就其全長而言，與編碼含有SEQID NO12的氨基酸序列的BASB065多肽至少有85％相同的多核苷酸，以及與此多核苷酸互補的多核苷酸。在這一點上，至少有90％到100％同一性的多核苷酸是尤其優選的，并且在這些優選的多核苷酸中，那些至少95％同一性的是尤其優選的。進一步來講，在至少有95％同一性的多核苷酸中，那些至少97％同一性的是非常優選的，至少98％和99％同一性的是尤其非常優選的，至少99％同一性的是更加非常優選的。
優選的實施方案是那些編碼基本上保持有與SEQ ID NO11的DNA所編碼的成熟多肽相同的生物活性或功能的多核苷酸。
按照本發明中的特定優選實施方案，本發明提供了與BASB065多核苷酸，如SEQ ID NO11的那些多核苷酸，尤其是在嚴格的條件下，進行雜交的多核苷酸。
本發明進一步提供了與此處提供的多核苷酸序列雜交的多核苷酸。在這一點上，本發明尤其涉及那些在嚴格條件下與此處所述的多核苷酸進行雜交的多核苷酸。此處所用的名詞“嚴格的條件”和“嚴格的雜交條件”指只有在序列間有至少95％、優選的是至少97％同一性時才能進行雜交。嚴格雜交條件的一個例子就是在一種溶液中42℃培育過夜，隨后在65℃下洗滌0.1×SSC中的雜交支撐物，此處的溶液含有50％甲醛，5×SSC(150mM NaCI，15mM檸檬酸三鈉)，50mM磷酸鈉(pH7.6)，5×Denhardt’s溶液，10％硫酸右旋糖苷，和20微克/ml已剪切鮭魚精子的變性DNA。另外雜交和洗滌條件是眾所周知的，并且在Sambrook等的 Molecular CloningALaboratory Manual，Second Edition，Cold Spring Harbor，N.Y.，(1989)中，尤其是其第11章中有示例。雜交溶液也可與本發明提供的多核苷酸序列共用。
本發明也提供了一種由一種多核苷酸序列組成或包含此多核苷酸序列的多核苷酸。此多核苷酸序列是在嚴格的雜交條件下，以含有SEQ ID NO11中的該多核苷酸序列或其片段為探針，篩選包含SEQ IDNO11中多核苷酸一種序列的完整基因的適當文庫，并且將該多核苷酸序列進行分離這一系列方法獲得的。有益于獲得此多核苷酸的片段包括，例如本發明其他部分詳細敘述的探針和引物。
關于多核苷酸的檢測，本發明的其他部分有討論，例如本發明中的多核苷酸可用作RNA、cDNA和基因組DNA的探針，以此分離編碼BASB065的全部長度的cDNA和基因組克隆，并且也可以此分離與BASB065具有高同一性，尤其是高序列同一性的其他基因的cDNA和基因組克隆。一般來講，這樣的探針至少含有15個核苷酸殘基或堿基對。優選的是至少含有30個核苷酸殘基或堿基對的探針、或至少含有50個核苷酸殘基或堿基對的探針。尤其優選的是至少含有20個核苷酸殘基或堿基對、但又少于30個核苷酸殘基或堿基對的探針。
通過利用SEQ ID NO11提供的DNA序列合成的寡核苷酸探針進行的篩選方法，可以分離到BASB065基因的編碼區。然后，利用含有與本發明中的基因序列互補的序列的標記寡核苷酸篩選cDNA、基因組DNA或mRNA文庫，進而來確定與探針進行雜交的文庫的組成。
本發明的一個目標是提供編碼BASB066多肽的多核苷酸，尤其是編碼此處所指的BASB066多肽的多核苷酸。
在本發明的一種尤其優選的實施方案中，此多核苷酸包含編碼BASB066多肽或其變體的區，此編碼區包含SEQ ID NO13中的一序列，而此序列包含編碼BASB066多肽的全部長度的基因或其變體。
SEQ ID NO13中提供的BASB066多核苷酸是腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
進一步，本發明提供了編碼和/或表達BASB066多肽和多核苷酸，尤其是腦膜炎奈瑟氏球菌BASB066多肽和多核苷酸的分離的核酸分子，這些核酸分子包括，如未加工的RNA、核酶RNA、mRNA，cDNA，基因組DNA，B-和Z-DNA。本發明中進一步的實施方案包括生物學上、診斷上、預防上、臨床上或治療上有益的多核苷酸和多肽、及其變體、包含這些物質的組合物。
本發明的另一方面涉及分離的多核苷酸、與其有緊密關聯的多核苷酸及其變體，而這些分離的多核苷酸至少包括一種全部長度的、編碼BASB066多肽的基因，此多肽含有從SEQ ID NO14推導的氨基酸序列。
在本發明的另一尤其優選實施方案中的多肽是BASB066多肽或其變體，此BASB066多肽取自腦膜炎奈瑟氏球菌，它包含SEQ ID NO14的一種氨基酸序列或由SEQ ID NO14的一種氨基酸序列組成。
利用此處提供的信息，如SEQ ID NO13中的多核苷酸序列，本發明中的一種編碼BASB066多肽的多核苷酸就可由標準的克隆和篩選方法，如那些以腦膜炎奈瑟氏球菌細胞為出發物質，對細菌染色體DNA片段進行克隆和測序進而得到全部長度克隆的方法，來獲得。例如，要想獲得本發明中的多核苷酸序列，如SEQ ID NO13中給定的多核苷酸序列，具代表性的是探查大腸桿菌或其他合適的宿主的腦膜炎奈瑟氏球菌的染色體DNA克隆文庫，探針是衍生自一種部分序列、優選長度為17-mer或更長的放射性標記寡聚核苷酸。利用嚴格的雜交條件就可將攜帶與探針相同DNA的克隆區分開。通過與由原始多肽或多核苷酸設計的測序引物對每個由雜交而鑒定克隆進行測序，有可能將此多核苷酸從兩個方向進行延伸，從而確定全部長度的基因序列。較方便的是這樣的測序可通過，如利用從質粒克隆制備的變性雙鏈DNA，來進行。適當的技術在Manistis，T.，Fritsch，E.F.和Sambrook等的MOLECULAR CLONING.A LABORATORYMAMIAL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Labocatory pnss，Cold Spring Harbor，NewYork(1989)中有敘述(見in particular.Screening ByHybridization 1.90 and Sequencing Denatured Double-StrandedDNA Templates 13.70)。直接的基因組DNA測序也可通過獲取一種全部長度的基因序列來進行。本發明的說明性的例子中，SEQ ID NO13中的每一種多核苷酸都可在源自腦膜炎奈瑟氏球菌的DNA文庫中發現。
此外，腦膜炎奈瑟氏球菌中的DNA序列含有一種開放閱讀框架，此開放閱讀框架可編碼一種蛋白質，這種蛋白質含有的氨基酸數目大約與SEQ ID NO14之中的氨基酸相同，其分子量可通過本領域中的技術人員熟知的氨基酸殘基分子量評估法來計算。
在SEQ ID NO13中，第一個核苷酸處的密碼子與從第1174個核苷酸開始的終了密碼子間的多核苷酸編碼SEQ ID NO14的多肽。
進一方面，本發明提供了由下列序列組成或包含下列序列的分離多核苷酸(a)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO13全長而言，至少與SEQ ID NO13有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列，或(b)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO14全長而言，至少與SEQ ID NO14有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
編碼本發明中的多肽的一種多核苷酸，包含其在腦膜炎奈瑟氏球菌之外的種中的同源基因和直向同源基因，可由一種方法制得。這種方法包括在嚴格的雜交條件下(例如，所需溫度在45-60℃之間，SDS濃度為0.1-1％)，利用含有SEQ ID NO13的序列或其片段、或由SEQ ID NO13序列或其片段組成的探針來篩選一種合適的文庫，并且分離包含該多核苷酸序列的全部長度的基因或基因組克隆等步驟。
本發明提供了一種就其全長而言，與SEQ ID NO13中的一種與編碼序列(開放閱讀框架)完全相同的多核苷酸。本發明也提供了一種成熟多肽或其片段的編碼序列，以此多核苷酸序列自身以及閱讀框架中的一種成熟蛋白或其片段的編碼序列的形式存在，此閱讀框架又含有另一種編碼序列，例如編碼一種引導或分泌序列、前蛋白序列、原蛋白序列、前蛋白原序列的序列。本發明中的多核苷酸至少含有一種非編碼序列，例如這些非編碼序列包括如，但并不局限于至少一種5′和3′非編碼序列，例如轉錄但非翻譯序列、終止信號(如依賴ρ-因子和不依賴ρ-因子的終止信號)、核糖體結合位點、Kozak序列、穩定mRNA的序列、內含子和聚腺苷酰化信號。這些多核苷酸序列也可包含編碼附加氨基酸的附加序列。例如，可編碼能促進對融合多肽的純化的標記物序列。在本發明的某一特定實施方案中，標準物序列是一種六組胺酸肽段，如pQE載體(Qiagen，Inc.)提供的、在Gentz等.，Proc.Natl.Acad Sci.，USA 86821-824(1989)中有描述的六組胺酸肽段，或一種HA肽段標記(Wilson et al.，Cell 3～767(1984)，這兩種序列在分離與他們相融合的多肽序列時是有益的。本發明中的多核苷酸還包括，但并不局限于，含有結構基因和其控制基因表達的、與其自然相關聯的序列。
編碼SEQ ID NO14的BASB060多肽的序列可與包含SEQ ID NO14的第1-1173個核苷酸的多肽編碼序列相同。另一種情況，作為基因編碼冗余(退化)的結果，此多核苷酸序列也編碼SEQ ID NO14的多肽。此處的“多核苷酸編碼多肽”包含那些包括編碼本發明中的多肽，尤其是細菌多肽，更尤其是含有SEQ ID NO14氨基酸序列的Neisseria meningitides BASB066多肽的多核苷酸。“多核苷酸編碼多肽”這個名詞也包含那些包括編碼與附加區相連的多肽(如被整合噬菌體間斷的多核苷酸、整合的插入序列、整合的載體序列、整合的轉座子序列或引起RNA編輯或基因組DNA改組的序列)的連續區或不連續區的多核苷酸，而附加區也可包含編碼和/或非編碼序列。
本發明進一步涉及此處所述的多核苷酸的變體，這些多核苷酸變體編碼含有SEQ ID NO14的推導氨基酸序列的多肽變體。本發明中的多核苷酸片段可用于，如合成本發明中全部長度的多核苷酸。
進一步尤其優選的實施方案是編碼BASB066變體的多核苷酸，這些BASB066變體具有SEQ ID NO14的BASB066多肽的氨基酸序列，而在其序列中，幾個、一些、5-10、1-5、1-3、第2、第1個氨基酸殘基或0個氨基酸殘基已以替代、修飾、缺失和/或添加及他們的任意組合方式進行處理過。其中尤其優選的是沉默的替代、添加或缺失，因為他們不改變BASB066多肽的活性或特性。
本發明進一步優選的實施方案是就其全長而言，與編碼含有SEQID NO14的氨基酸序列的BASB066多肽至少有85％全部長度相同的多核苷酸，以及與此多核苷酸互補的多核苷酸。在這一點上，至少有90％到100％同一性的多核苷酸是尤其優選的，并且在這些優選的多核苷酸中，那些至少95％同一性的是尤其優選的。進一步來講，在至少有95％同一性的多核苷酸中，那些至少97％同一性的是非常優選的，至少98％和99％同一性的是尤其非常優選的，至少99％同一性的是更加非常優選的。
優選的實施方案是那些編碼基本上保持有與SEQ ID NO13的DNA所編碼的成熟多肽相同的生物活性或功能的多核苷酸。
按照本發明中的特定優選實施方案，本發明提供了與BASB066多核苷酸，如SEQ ID NO13的那些多核苷酸，尤其是在嚴格的條件下，進行雜交的多核苷酸。
本發明進一步提供了與此處提供的多核苷酸序列雜交的多核苷酸。在這一點上，本發明尤其涉及那些在嚴格條件下與此處所述的多核苷酸進行雜交的多核苷酸。此處所用的名詞“嚴格的條件”和“嚴格的雜交條件”指只有在序列間有至少95％、優選的是至少97％同一性時才能進行雜交。嚴格雜交條件的一個例子就是在一種溶液中42℃培育過夜，隨后在65℃下洗滌0.1×SSC中的雜交支撐物，此處的溶液含有50％甲醛，5×SSC(150mM NaCI，15mM檸檬酸三鈉)，50mM磷酸鈉(pH7.6)，5×Denhardt’s溶液，10％硫酸右旋糖苷，和20微克/ml已剪切鮭魚精子的變性DNA。另外雜交和洗滌條件是眾所周知的，并且在Sambrook等的Molecular CloningALaboratory Manual，Second Edition，Cold Spring Harbor，N.Y.，(1989)中，尤其是其第11章中有示例。雜交溶液也可與本發明提供的多核苷酸序列共用。
本發明也提供了一種由一種多核苷酸序列組成或包含此多核苷酸序列的多核苷酸。此多核苷酸序列是在嚴格的雜交條件下，以含有SEQ ID NO13中的該多核苷酸序列或其片段為探針，篩選包含SEQ IDNO13中一種多核苷酸序列的完整基因的適當文庫，并且將該多核苷酸序列進行分離這一系列方法獲得的。有益于獲得此多核苷酸的片段包括，例如本發明其他部分詳細敘述的探針和引物。
關于多核苷酸的檢測，本發明的其他部分有討論，例如本發明中的多核苷酸可用作RNA、cDNA和基因組DNA的探針，以此分離編碼BASB066的全部長度的cDNA和基因組克隆，并且也可以此分離與BASB066具有高同一性，尤其是高序列同一性的其他基因的cDNA和基因組克隆。一般來講，這樣的探針至少含有15個核苷酸殘基或堿基對。優選的是至少含有30個核苷酸殘基或堿基對的探針、或至少含有50個核苷酸殘基或堿基對的探針。尤其優選的是至少含有20個核苷酸殘基或堿基對、但又少于30個核苷酸殘基或堿基對的探針。
通過利用SEQ ID NO13提供的DNA序列合成的寡核苷酸探針進行的篩選方法，可以分離到BASB066基因的編碼區。然后，利用含有與本發明中的基因序列互補的序列的標記寡核苷酸篩選cDNA、基因組DNA或mRNA文庫，進而來確定與探針進行雜交的文庫的成員。
本發明的一個目標是提供編碼BASB071多肽的多核苷酸，尤其是編碼此處所指的BASB071多肽的多核苷酸。
在本發明的一種尤其優選的實施方案中，此多核苷酸包含編碼BASB071多肽或其變體的區，此編碼區包含SEQ ID NO15中的一序列，而此序列包含編碼BASB071多肽的全部長度的基因或其變體。
SEQ ID NO15中提供的BASB071多核苷酸是腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090。
進一步，本發明提供了編碼和/或表達BASB071多肽和多核苷酸，尤其是腦膜炎奈瑟氏球菌BASB071多肽和多核苷酸的分離的核酸分子，這些核酸分子包括，如未加工的RNA、核酶RNA、mRNA，cDNA，基因組DNA，B-和Z-DNA。本發明中進一步的實施方案包括生物學上、診斷上、預防上、臨床上或治療上有益的多核苷酸和多肽、及其變體、包含這些物質的組合物。
本發明的另一方面涉及分離的多核苷酸、與其有緊密關聯的多核苷酸及其變體，而這些分離的多核苷酸至少包括一種全部長度的、編碼BASB060多肽的基因，此多肽含有從SEQ ID NO16推導的氨基酸序列。
在本發明的另一尤其優選實施方案中的多肽是BASB071多肽或其變體，此BASB071多肽取自腦膜炎奈瑟氏球菌，它包含SEQ ID NO16的一種氨基酸序列或由SEQ ID NO16的一種氨基酸序列組成。
利用此處提供的信息，如SEQ ID NO15中的多核苷酸序列，本發明中的一種編碼BASB071多肽的多核苷酸就可由標準的克隆和篩選方法，如那些以腦膜炎奈瑟氏球菌細胞為出發物質，對細菌染色體DNA片段進行克隆和測序進而得到全部長度克隆的方法，來獲得。例如，要想獲得本發明中的多核苷酸序列，如SEQ ID NO15中給定的多核苷酸序列，具代表性的是探查大腸桿菌或其他合適的宿主的腦膜炎奈瑟氏球菌的染色體DNA克隆文庫，探針是衍生自一種部分序列、優選長度為17-mer或更長的放射性標記寡聚核苷酸。利用嚴格的雜交條件就可將攜帶與探針相同DNA的克隆區分開。通過與由原始多肽或多核苷酸設計的測序引物對每個由雜交而鑒定的克隆進行測序，有可能將此多核苷酸從兩個方向進行延伸，從而確定全部長度的基因序列。較方便的是這樣的測序可通過，如利用從質粒克隆制備的變性雙鏈DNA，來進行。適當的技術在Manistis，T.，Fritsch，E.F.和Sambrook等的MOLECULAR CLONING.A LABORATORYMAMIAL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Labocatory pnss，Cold Spring Harbor，NewYork(1989)中有敘述(見in particular.Screening ByHybridization 1.90 and Sequencing Denatured Double-StrandedDNA Templates 13.70)。直接的基因組DNA測序也可通過獲取一種全部長度的基因序列來進行。本發明的說明性的例子中，SEQ ID NO15中的每一種多核苷酸都可在源自腦膜炎奈瑟氏球菌的DNA文庫中發現。
此外，腦膜炎奈瑟氏球菌中的DNA序列含有一種開放閱讀框架，此開放閱讀框架可編碼一種蛋白質，這種蛋白質含有的氨基酸數目大約與SEQ ID NO16之中的氨基酸相同，其分子量可通過本領域中的技術人員熟知的氨基酸殘基分子量評估法來計算。
在SEQ ID NO15中，第一個核苷酸處的密碼子與從第805個核苷酸開始的終了密碼子間的多核苷酸編碼SEQ ID NO16的多肽。
進一方面，本發明提供了由下列序列組成或包含下列序列的分離多核苷酸(a)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO15全長而言，至少與SEQ ID NO15有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列，或(b)一種多核苷酸序列，這個序列就SEQ ID NO16全長而言，至少與SEQ ID NO16有85％同一性，優選的是與其至少有90％同一性的序列，然而更優選的是與其至少95％同一性的序列，甚至更優選的是與其至少97-99％同一性或完全相同的序列。
編碼本發明中的多肽的一種多核苷酸，包含其在腦膜炎奈瑟氏球菌之外的種中的同源基因和直向同源基因，可由一種方法制得。這種方法包括在嚴格的雜交條件下(例如，所需溫度在45-60℃之間，SDS濃度為0.1-1％)，利用含有SEQ ID NO15的序列或其片段、或由SEQ ID NO15序列或其片段組成的探針來篩選一種合適的文庫，并且分離包含該多核苷酸序列的全部長度的基因或基因組克隆等步驟。
本發明提供了一種就其全長而言，與SEQ ID NO15中的編碼序列(開放閱讀框架)完全相同的多核苷酸。本發明也提供了一種成熟多肽或其片段的編碼序列，以此多核苷酸序列自身以及閱讀框架中的一種成熟蛋白或其片段的編碼序列的形式存在，此閱讀框架又含有另一種編碼序列，例如編碼一種引導或分泌序列、前蛋白序列、原蛋白序列、前蛋白原序列的序列。本發明中的多核苷酸至少含有一種非編碼序列，例如這些非編碼序列包括如，但并不局限于至少一種5′和3′非編碼序列，例如轉錄但非翻譯序列、終止信號(如依賴ρ-因子和不依賴ρ-因子的終止信號)、核糖體結合位點、Kozak序列、穩定mRNA的序列、內含子和聚腺苷酰化信號。這些多核苷酸序列也可包含編碼附加氨基酸的附加序列。例如，可編碼能促進對融合多肽的純化的標記物序列。在本發明的某一特定實施方案中，標準物序列是一種六組胺酸肽段，如pQE載體(Qiagen，Inc.)提供的、在Gentz等.，Proc.Natl.Acad Sci.，USA 86821-824(1989)中有描述的六組胺酸肽段，或一種HA肽段標記(Wilson et al.，Cell 3～767(1984)，這兩種序列在分離與他們相融合的多肽序列時是有益的。本發明中的多核苷酸還包括，但并不局限于，含有結構基因和其控制基因表達的、與其自然相關聯的序列。
編碼SEQ ID NO16的BASB071多肽的序列可與包含在SEQ IDNO16的第1-804個核苷酸的多肽編碼序列相同。另一種情況，作為基因編碼冗余(退化)的結果，此多核苷酸序列也編碼SEQ ID NO16的多肽。此處的“多核苷酸編碼多肽”包含那些包括編碼本發明中的多肽，尤其是細菌多肽，更尤其是含有SEQ ID NO16氨基酸序列的Neisseria meningitides BASB071多肽的多核苷酸。“多核苷酸編碼多肽”這個名詞也包含那些包括編碼與附加區相連的多肽(如被整合噬菌體間斷的多核苷酸、整合的插入序列、整合的載體序列、整合的轉座子序列或引起RNA編輯或基因組DNA改組的序列)的連續區或不連續區的多核苷酸，而附加區也可包含編碼和/或非編碼序列。
本發明進一步涉及此處所述的多核苷酸的變體，這些多核苷酸變體編碼含有SEQ ID NO16的推導氨基酸序列的多肽變體。本發明中的多核苷酸片段可用于，如合成本發明中全部長度的多核苷酸。
進一步尤其優選的實施方案是編碼BASB071變體的多核苷酸，這些BASB071變體具有SEQ ID NO16的BASB071多肽的氨基酸序列，而在其序列中，幾個、一些、5-10、1-5、1-3、第2、第1個氨基酸殘基或0個氨基酸殘基已以替代、修飾、缺失和/或添加及他們的任意組合方式進行處理過。其中尤其優選的是沉默的替代、添加或缺失，因為他們不改變BASB071多肽的活性或特性。
本發明進一步優選的實施方案是就其全長而言，與編碼含有SEQID NO16的氨基酸序列的BASB071多肽至少有85％相同的多核苷酸，以及與此多核苷酸互補的多核苷酸。在這一點上，至少有90％到100％同一性的多核苷酸是尤其優選的，并且在這些優選的多核苷酸中，那些至少95％同一性的是尤其優選的。進一步來講，在至少有95％同一性的多核苷酸中，那些至少97％同一性的是非常優選的，至少98％和99％同一性的是尤其非常優選的，至少99％同一性的是更加非常優選的。
優選的實施方案是那些編碼基本上保持有與SEQ ID NO15的DNA所編碼的成熟多肽相同的生物活性或功能的多核苷酸。
按照本發明中的特定優選實施方案，本發明提供了與BASB071多核苷酸，如SEQ ID NO15的那些多核苷酸，尤其是在嚴格的條件下，進行雜交的多核苷酸。
本發明進一步提供了與此處提供的多核苷酸序列雜交的多核苷酸。在這一點上，本發明尤其涉及那些在嚴格條件下與此處所述的多核苷酸進行雜交的多核苷酸。此處所用的名詞“嚴格的條件”和“嚴格的雜交條件”指只有在序列間有至少95％、優選的是至少97％同一性時才能進行雜交。嚴格雜交條件的一個例子就是在一種溶液中42℃培育過夜，隨后在65℃下洗滌0.1×SSC中的雜交支撐物，此處的溶液含有50％甲醛，5×SSC(150mM NaCI，15mM檸檬酸三鈉)，50mM磷酸鈉(pH7.6)，5×Denhardt’s溶液，10％硫酸右旋糖苷，和20微克/ml已剪切的鮭魚精子的變性DNA。另外雜交和洗滌條件是眾所周知的，并且在Sambrook等的Molecular CloningALaboratory Manual，Second Edition，Cold Spring Harbor，N.Y.，(1989)中，尤其是其第11章中有示例。雜交溶液也可與本發明提供的多核苷酸序列共用。
本發明也提供了一種由一種多核苷酸序列組成或包含此多核苷酸序列的多核苷酸。此多核苷酸序列是在嚴格的雜交條件下，以含有SEQ ID NO15中的該多核苷酸序列或其片段為探針，篩選包含SEQ IDNO15中一種多核苷酸序列的完整基因的適當文庫，并且將該多核苷酸序列進行分離這一系列方法獲得的。有益于獲得此多核苷酸的片段包括，例如本發明其他部分詳細敘述的探針和引物。
關于多核苷酸的檢測，本發明的其他部分有討論，例如本發明中的多核苷酸可用作RNA、cDNA和基因組DNA的探針，以此分離編碼BASB060的全部長度的cDNA和基因組克隆，并且也可以此分離與BASB071具有高同一性，尤其是高序列同一性的其他基因的cDNA和基因組克隆。一般來講，這樣的探針至少含有15個核苷酸殘基或堿基對。優選的是至少含有30個核苷酸殘基或堿基對的探針、或至少含有50個核苷酸殘基或堿基對的探針。尤其優選的是至少含有20個核苷酸殘基或堿基對、但又少于30個核苷酸殘基或堿基對的探針。
通過利用SEQ ID NO15提供的DNA序列合成的寡核苷酸探針進行的篩選方法，可以分離到BASB071基因的編碼區。然后，利用含有與本發明中的基因序列互補的序列的標記寡核苷酸篩選cDNA、基因組DNA或mRNA文庫，進而來確定與探針進行雜交的文庫的成員。
可利用多種本領域中的技術人員熟知的方法，如那些基于cDNA末端快速擴增(RACE)方法(見，如Frohman，et al.，PNAS IlSA858998-9002，1988)之上的方法，來獲得全長的DNA或延伸短鏈的DNA。最近對這些技術的修改，如MarathonTMtechnology所做的示例(Clontech Laboratories Inc.)，已經顯著簡化了對長鏈DNA的尋找。在MarathonTMtechnology中是從選擇的組織中提取RNA，然后在兩端分別連接上‘接受體’序列，從而制備cDNA。結合利用基因特異的和接合體特異的寡核苷酸引物，通過核酸擴增(PCR)技術來擴增DNA缺失的5′末端。然后利用嵌套的引物，即設計來對擴增產物退火的引物(典型的是增進接合體序列的3′末端退火的、接合體特異的引物和增進選擇的基因序列5′末端退火的、基因特異的引物)，來重復這一PCR擴增反應。通過DNA測序對此反應產物進行分析，而此全長DNA是通過將產物直接連接到現有的DNA中以產生一種完全序列，或利用用于設計5′引物的新序列信息來進行分離全長PCR的方法來構建的。
本發明中的多核苷酸和多肽可用作，如研究用試劑和進行疾病診斷和治療方法的發現的物質，這些疾病尤其指人類的疾病，這些在涉及多核苷酸檢測的部分有進一步的討論。
本發明中的多核苷酸是衍生自SEQ ID NO1-16的序列的寡核苷酸，他們可用于已描述的方法，但優選的是PCR，從而確定此處所鑒別的多核苷酸是否在感染組織的細菌中進行了部分或全部的轉錄。已經驗證，這些肽段也將應用在感染階段的診斷和病原體引起的感染類型的診斷上。
本發明也提供了一些編碼多肽的多核苷酸，這些多肽是包含有附加的氨基或羧基末端氨基酸、或成熟多肽內部的氨基酸(例如當此多肽成熟形式含有多于一種多肽鏈時)的成熟蛋白。這樣的序列可能在蛋白從前體到成熟形式的加工中起著重要的作用，可在其他物質中允許進行遞送，可延長或縮短蛋白的半壽期或可促進蛋白檢驗或生產等操作。在體內，利用細胞酶可將附加氨基酸從成熟蛋白中處理掉。
對本發明中的每一個和所有多核苷酸來講，本發明也提供了與其互補的多核苷酸。優選的是這些互補多核苷酸與與之互補的每一多核苷酸互補。
前體蛋白可以是多肽的非活性形式，含有融合到一種或多種前序列上的成熟形式多肽。但前序列去除掉后，這些失活的前體一般會變為其活性形式。一些或所有的前序列可在活化前去除掉。一般說來，這些前體被稱為前蛋白(proprotein)。
在標準的代表核苷的A、G、C、T/U外，“N”也可用作描述本發明中的某一多核苷酸。N是四種DNA或RNA核苷中的任一種都可出現在這種DNA或RNA的指定位置，只要與相鄰核苷酸部位相組合、在正確的閱讀框架中閱讀時，優選的N不是在此閱讀框架中產生早熟的終止密碼子的核苷酸。
總的來說，本發明中的多核苷酸可編碼成熟蛋白、帶有前導序列的成熟蛋白(可認為是前蛋白)、含有一種或多種非前蛋白前導序列的前序列成熟蛋白前體、或前蛋白原，而前蛋白原是前蛋白的前體，他含有一種前導序列和一或多種前序列，這些前序列一般在進行加工以獲得有活性且成熟的多肽形式的過程中就去除掉了。
按照本發明的一個方面，本發明提供了本發明中的多核苷酸在治療或預防，尤其是基因免疫方面的應用。
本發明的多核苷酸在基因免疫上的應用上優選應用合適的遞送方法，例如直接注射質粒DNA到肌肉中(Wolff et al.，Hum Mol Genet(1992)1363，Manthorpe et al.，Hum.Gene Ther.(1983)4419)遞送、與特異的蛋白載體復合的DNA(Wu et al.，J Biol Chem.(1989)36416985)、與磷酸鈣共沉淀(Benvenisty & Reshef，PNAS USA，(1986)839551)、通過脂質體進行的多種形式的DNA包被(Kanedaet al.，Science(1989)243375)、粒子轟擊(Tang et al.，Nature(1992)356152，Eisenbraun et al.，DNA Cell Biol(1993)12791)和通過克隆的反轉錄病毒載體進行的體內感染(Seeger et al.，PNAS USA(1984)815849)。載體，宿主細胞，表達體系本發明涉及的載體包含本發明中的一種或多種多核苷酸，涉及的宿主細胞是利用重組技術對本發明的載體和本發明的多肽產物進行了基因工程設計的。應用源自本發明的DNA構建物的RNA、無細胞翻譯體系可制備這樣的蛋白質。
利用本領域中的技術人員熟知的技術，本發明中的重組多肽可從基因工程設計的、含有表達體系的宿主細胞來制備。進一步，本發明相應的涉及包含本發明中一種或多種多核苷酸的表達體系，也涉及含有這樣的表達體系的、進行基因工程設計過的宿主細胞，也涉及本發明中通過重組技術制備的產物。
為了重組生產本發明中的多肽，就要對宿主細胞進行基因工程改造，使其結合表達體系或表達體系的一部分或本發明的多核苷酸。利用許多標準的實驗室手冊如Davis等的BASIC METHODS INMOLECULAR BIOLOGY，(1986)和Sambrook等的MOLECULARCLONINGA LABORATORY MANUAL，2nd Ed.，Cold Spring HarborLaboratory Press，Cold Spring Harbor，N.Y.(1989)中描述的方法，如磷酸鈣轉染、DEAE-右旋糖苷介導的轉染、轉位、顯微注射、陽離子脂質介導的轉染、電穿孔、轉導、擦傷加載、沖擊式引入和感染，將多核苷酸有效的引入宿主細胞。
適當的代表性宿主包括細菌細胞如鏈球菌細胞、葡萄球菌、腸道球菌、大腸桿菌細胞、鏈霉菌細胞、藍細菌、枯草桿菌、粘膜炎莫拉菌(Moraxella catarrhalis)、流感嗜血桿菌和腦膜炎奈瑟氏球菌；真菌細胞如酵母細胞、克魯維酵母菌、酵母屬細胞(Saccharomyces)、擔子菌類細胞、白色念珠菌和曲霉屬細胞；昆蟲細胞如果蠅屬S2細胞和草地貪夜蛾Sf9；動物細胞如CHO，COS，HeLa，C127，3T3，BHK，293，CV-1和Bowes黑素瘤細胞；以及植物細胞裸子植物細胞或被子植物細胞。
有多種表達體系可用于制備本發明中的多肽。在其他的表達體系中，這些載體包括染色體起源的、游離起源的、和病毒起源的載體，例如衍生自病毒質粒、細菌噬菌體、轉座子、酵母游離體、插入元件、酵母染色體元件的載體，及衍生自病毒如桿狀病毒、乳多空病毒如SV40、牛痘病毒、腺病毒、家禽痘病毒、假狂犬病病毒、小核糖體核酸病毒、反轉錄病毒和甲病毒屬病毒的載體，以及衍生自這些病毒的結合體如衍生自質粒和細菌噬菌體基因元件的結合體、如粘粒和噬菌粒的結合體的載體。表達體系的構成包括調節和產生表達的控制區。在這一點上，一般來講，任何適于在宿主中維持、繁殖或表達多種多核苷酸和/或一種多核苷酸的體系可用于表達本發明中的多肽。利用多種眾所周知的、程序性的技術中的任一種技術，如Sambrook等的MOLECULAR CLONING.A LABORATORY MANUAL(見上文)，就可將適當的DNA序列插入到表達體系中。
在真核細胞的重組表達體系中，為了將翻譯的蛋白分泌到內質網內腔、周質空間或胞外環境中，就需要將適當的分泌信號引入表達的多肽中。這些信號可以是多肽的內源或外源信號。
利用包括硫酸銨或乙醇沉淀、酸提取、陽離子或陰離子交換層析、磷酸纖維素層析、疏水相互作用層析、親和層析、羥磷灰石層析和外源凝集素層析等眾所周知的方法，可從重組細胞培養物中回收和純化本發明中的多肽。最優選的是利用離子金屬層析(IMAC)來純化多肽。當多肽在細胞內合成、分離和/或純化的過程中變性時，眾所周知的蛋白重折疊技術可用于重新產生其活性形式。
表達體系也可是重組的活體微生物，如病毒或細菌。有益的基因可插入到活體重組病毒或細菌的基因組中。接種或體內感染這種活體載體就會導致在體內表達這種抗原和誘導免疫反應。用于這種操作的病毒和細菌包括如痘病毒(如牛痘、家禽痘、金絲雀痘)、甲病毒屬病毒(Sindbis病毒，Semliki Forest病毒，Venezuelian EquineEncephalitis病毒)、腺病毒、腺相關病毒，小RNA病毒(脊髓灰質炎病毒、鼻病毒)、皰疹病毒(水痘帶狀疹子病毒等)、李斯特菌屬、Salmonella、志賀菌屬、奈瑟菌屬、BCG。這些病毒和細菌可以是致命的，也可通過多種方法減毒以制備活體疫苗。這些活體疫苗也是本發明中的一部分。診斷檢測，預測檢測，血清型檢測和突變檢測本發明也涉及BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066和BASB071多核苷酸和多肽在作為診斷試劑方面的應用。對真核生物，特別是哺乳動物，尤其是人的BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066和BASB071多核苷酸和/或多肽的檢測將提供一種疾病診斷、疾病階段劃分或在感染微生物對藥物的反應方面的診斷方法。真核生物，特別是哺乳動物，尤其是人，特別是那些已感染或易于感染含有BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066和BASB071基因或蛋白的生物體的人，可利用多種眾所周知的和本發明提供的技術在核酸或氨基酸水平上進行檢查。
用于預防、診斷或其他分析的多核苷酸和多肽可由假定已感染/和/或已感染的個體的身體材料中獲得。這種來源的多核苷酸，尤其是DNA或RNA，可直接用于檢測，也可在用于分析之前通過PCR或其他擴增技術進行酶促擴增。RNA，尤其是mRNA、cDNA和基因組DNA也可具有相同的應用。
利用擴增技術，通過分析從生物體中選定的多核苷酸的基因型，就可以獲得這些或感染性或常駐生物體的種和株的特性。通過擴增產物的長度的改變，在與選擇的相關生物體，優選的是同一屬的不同種生物或同一種的不同菌株的參考序列的基因型對比后，就能檢測到插入和缺失現象。將擴增的DNA與標記的BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066和BASB071多核苷酸序列雜交就能檢測到點突變。通過利用Dnase或Rnase對DNA或RNA分別進行消化，或通過檢測熔解溫度或復性動力學的差別，就可將完美的或顯著匹配的序列與不完美的或更加錯配的雙螺旋區分開。在與參考序列的電泳遷移率相比的情況下，通過凝膠中多核苷酸片段的電泳遷移率改變就可檢測到多核苷酸序列間的差別。這種檢測在有變性劑存在或無變性劑的情況下都能進行。通過直接的DNA或RNA測序也可檢測到多核苷酸間的差別。見如Myers等.，Science，1301242(1985)。通過核酶保護檢測法如RNase，V1 and S1保護檢測法、或通過化學切割法也可檢測到特異位點的序列變化。見如Cotton等，Proc.Natl.Acad Sci.，USA，854397-4401(1985)。
在另一實施方案中，可構建包含BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066和BASB071核苷酸序列或其片段的一系列寡核苷酸探針，從而進行有效的篩選，如基因突變、血清型、分類學上的分類或鑒別。這一系列的技術方法是眾所周知的，并且他們具有一般的適用性，他們可用于解決分子基因學中包括基因表達、基因聯鎖和基因變異性在內的多種問題((見如Chee等，Science，17～610(1996))。
因此，在另一方面，本發明涉及的診斷試劑盒包含(a)本發明中的多核苷酸，優選的是SEQ ID NO1，3，5，7，9，11，13，15的核苷酸序列或其片段；(b)與(a)互補的多核苷酸序列；(c)本發明中的多肽，優選的是SEQ ID NO2，4，6，8，10，12，14，16的核苷酸序列或其片段；或(d)本發明中的多肽的抗體，優選的是SEQ ID NO2，4，6，8，10，12，14，16的多肽的抗體。
應當認為任一試劑盒的(a)、(b)、(c)或(d)都含有基本的組分。在上述試劑盒中，這些試劑盒將用于疾病診斷或對疾病的易感性的診斷。
本發明也涉及將本發明中的多核苷酸作為診斷試劑的應用。對本發明的多核苷酸的突變形式，優選的是與疾病或致病性相關聯的SEQID NO1，3，5，7，9，11，13，15多核苷酸，的檢測，將會提供一種診斷工具，他可輔助或定義疾病的診斷方法、疾病進程的預測、疾病階段的確定或疾病的感染性，而這些疾病是由于多核苷酸的表達不足、過度表達或表達改變產生的。利用多種技術，如本發明中其他部分描述的技術，則可將生物體，尤其是已感染的生物體，所攜帶的這些多核苷酸的突變在多核苷酸水平上檢測到。
通過多種技術，如慮及按血清型進行分類，在多核苷酸水平上，可將攜帶本發明中的多核苷酸和/或多肽上的突變或多態現象(等位基因變異)的生物體細胞檢測出來。例如，RT-PCR可用于檢測RNA的突變。尤其優選的是利用與自動檢測體系如GeneScan，相結合的RT-PCR。RNA、cDNA或基因組DNA也可用于同樣的目的-PCR。例如，與編碼BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066和BASB071多肽的多核苷酸互補的PCR引物能用于鑒別和分析一些突變。
本發明進一步提供了一些從5′和/或3′末端去掉1、2、3或4個核苷酸的引物。這些引物可用于擴增BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071 DNA和/或RNA，這些DNA和/或RNA是從源自一個體，如身體的物質的樣品中分離出來的。引物可用于擴增從感染個體中分離到的多核苷酸，然后利用多種技術來解釋此多核苷酸。這樣就可檢測到多核苷酸序列中的突變，也可將此突變應用于診斷和/或預測疾病感染或感染的階段或感染的過程，或用于確定易感染物血清型和/或對其進行分類。
本發明進一步提供了診斷疾病，優選的是細菌感染，更優選的是由腦膜炎奈瑟氏球菌引起的感染的方法，這些方法包括確定含有SEQID NO1，3，5，7，9，11，13，15序列的多核苷酸增強的表達，而此多核苷酸是從源自一個體，如身體的物質的樣品中分離出來的。利用任意一種本領域中的技術人員熟知的、對多核苷酸定量的方法，例如擴增、PCR，、RT-PCR、RNase保護、，Northern印記、光譜測定法和其他的雜交方法，來測定BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多核苷酸表達的增強或減少。
此外，按照本發明，通過與正常的對照組織標本相對比從而可對BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽的過度表達進行檢測，此診斷方法也可用于檢測，如是否有感染存在。對本領域中的技術人員來講，這些可用于確定BA5B051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽水平的檢測方法是眾所周知的，這些BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽是從源自一宿主，如身體的材料的樣品中分離出來的。這樣的檢測方法包括放射性免疫測定、競爭性結合測定、Westem印記分析、抗體三夾板測定、抗體檢測和ELISA測定。
本發明中的多核苷酸可作為多核苷酸陣列，優選的是高密度多核苷酸陣列(array)或多核苷酸柵格(grid)的組分。這些高密度陣列對疾病的診斷和預測尤其有益。例如，一組點，每一個都包含一種不同的基因，并且含有本發明中的一種多核苷酸或多種多核苷酸，可用于探查，這種探查是利用由雜交或核酸擴增、利用從體樣品中衍生的、或利用從體樣品中獲得的探針來確定個體中的特異多核苷酸序列或相關序列的存在的方法進行的。這樣的特異多核苷酸序列的存在表明病菌，尤其是腦膜炎奈瑟氏球菌的存在，并可有效的用于疾病或疾病過程的診斷和/或預防。含有大量SEQ IDNO1，3，5，7，9，11，13，15的多核苷酸序列變體柵格是優選的。含有大量編碼SEQ ID NO2，4，6，8，10，12，14，16的多肽序列的多核苷酸序列變體柵格也是優選的。抗體本發明中的多肽和多核苷酸或其變體或其表達細胞可作為免疫原，利用此免疫原可產生分別對多肽或多核苷酸特異性免疫的抗體。
在本發明的某些優選實施方案提供了抗BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽或多核苷酸的抗體。
按照常規規程，將本發明中的多肽和/或多核苷酸或二者或其中之一的含有抗原決定簇的片段、二者或其中之一的相似物、表達二者或其中之一的細胞對動物，優選非人類的動物給藥，就能獲得抗本發明的多肽或多核苷酸的抗體。本領域中的技術人員熟知的、用來由連續細胞系制備抗體的任一方法都可用于制備單克隆抗體。這樣的例子包括多種技術，如在Kohler，G.和Milstein，C.，Nature 156495-497(1975)中、Kozbor等的Immunology Today 472(1983)中、Cole等.，pg 77-96 in MONOCLONAL ANTIBODIESAND CANCERTHERAPY，Alan R.Liss，Inc.(1985)中的技術。
制備單鏈抗體的技術(U.S.Patent No.4，946，778)可用于制備對本發明中的多核苷酸或多肽有抗性的單鏈抗體。此外，轉基因小鼠或其他生物體或動物，如除小鼠外的哺乳動物，可用于表達對本發明中的多肽或多核苷酸具特異性免疫的、人源化抗體。
另一方面，利用噬菌體展示技術，可以從淋巴細胞v-基因PCR擴增物或首次用于實驗的文庫(McCafferty，et al.，(1990)，Nature 348，552-554；Marks，et al.，(1992)Biotechnology 10，779-783)中選擇對本發明的多肽有結合活性的抗體基因，而這些淋巴細胞v基因PCR擴增物是從通過抗-BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071處理篩選的人得到的。通過如鏈改組(Clackson et al.，(1991)Nature 352628)也能改進這些抗體的親和性。
上述的抗體可用于分離和鑒定能表達本發明的多肽或多核苷酸的克隆，進而通過如親和層析來純化這些多肽或多核苷酸。
因此，抗BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽或多核苷酸的抗體可用于治療感染，尤其是細菌感染。
包括抗原等價變體、抗原決定簇等價變體或免疫等價變體在內的變體也是本發明特別的一方面。
優選的是經修飾過的、對個體產生較少免疫原性的抗體或其變體。例如，如果此個體是人，則此抗體便是“人源化的”，此處已將互補性決定區或雜交瘤衍生的抗體區移植入人單克隆抗體中，見Jones等(1986)，Nature 321，522-525或Tempest et al.，(1991)Biotechnology 9，266-273.的描述。拮抗劑和激動劑檢測及其各種分子本發明的多肽或多核苷酸也可評估小分子底物和配基在如細胞、無細胞制劑、化學藥品庫、和天然產物混合物中的結合。這些底物和配基可以是天然的底物和配基或其結構或功能類似物。見如Coligan等，Current Protocols in Immunology I(2)Chapter 5(1991)。
利用直接或間接與侯選化合物相連的標記物，則篩選方法就可輕而易舉的檢測到侯選化合物與多肽或多核苷酸、或與含有多肽或多核苷酸的細胞或膜、或與多肽的融合蛋白的結合。另外，此篩選方法包括與已標記的競爭物相競爭。進一步，利用適合于含有多肽或多核苷酸的細胞的檢測體系，這些篩選方法可對多肽或多核苷酸的活化作用或抑制作用能否使侯選化合物產生信號進行檢測。一般是在已知激動劑的存在下對活化作用的抑制劑進行檢測，并且在侯選化合物存在的情況下就可觀察到激動劑對活化作用產生的影響。在沒有激動劑或拮抗劑存在的條件下，通過檢測侯選化合物是否對多肽或多核苷酸的活化作用產生抑制，組成性的活性多肽和/或組成性的已表達的多肽和多核苷酸就可用于逆轉激動劑或拮抗劑的作用的篩選方法中。而侯選化合物是有可能對多肽或多核苷酸的活化作用產生抑制的。進一步，這些篩選方法包括將侯選化合物與含有本發明的多肽或多核苷酸的溶液混合、形成一種混合物、檢測混合物中BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽和/或多核苷酸的活性以及將混合物中的BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽和或多核苷酸的活性與標準進行比較等步驟。融合蛋白，如從本文前述的Fc部分和BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽制備的融合蛋白，也能用于高通量檢測法，以此來鑒定本發明中的多肽的拮抗劑，也可用來鑒定與其在系統發生和/或功能上相關的多肽(見D.Bennett er al.，J MolRecognition，852-58(1995)；及K.Johanson er al.，J BiolChem，270(16)9459-9471(1995))。
與本發明中的多肽相連接或與其相互作用的多核苷酸、多肽和抗體也可用于形成新的篩選方法，以此來檢測加入的化合物對細胞中的mRNA和/或多肽產量的影響。例如，通過本領域中熟知的標準方法，就可利用單克隆抗體和多克隆抗體構建一種旨在檢測與分泌或細胞相關聯的多肽水平的ELISA檢測法。這種方法能用于發現那些抑制或增強從經過合適的操作的細胞或組織中產生多肽的物質(也相應的叫做拮抗劑或抑制劑)。
本發明也提供了一種篩選化合物、鑒定那些能增強(激動劑)或抑制(拮抗劑)BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽或多核苷酸作用的化合物，尤其是那些能殺菌或抑菌的化合物的方法。這些篩選方法可包括高通量的技術。例如，為了篩選激動劑或拮抗劑，對一種合成的混合物，一種細胞區室，如含有BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽和這些多肽的標記底物或配體的膜、細胞外膜或細胞壁、或他們的任一制劑，在存在侯選分子或不存在侯選分子的條件下進行培育，這些侯選分子可含有BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071拮抗劑或激動劑。這些侯選分子增強或拮抗BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽的能力反映在標記配體結合的降低或從底物所得產物產量的降低。那些進行義務結合，也即不誘導BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽作用的結合的分子最有可能是良好的拮抗劑。看情況，那些結合良好，并且能增加從底物得到的產物的產率、增加信號轉導或增加化學通道活性的分子是激動劑。看情況，通過利用一種報道體系可增加對從底物得到的產物的、信號轉導的或化學通道活性速率或水平的檢測。在這一點上，報道體系是有益的，他包括，但并不局限于比色的、標記的底物轉化為產物以及本領域中已知的結合檢測法，這些產物是對BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多核苷酸或多肽活性變化作出響應的報道基因。
BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071激動劑檢測法的另一例子是競爭性檢測法，競爭性檢測法是指在競爭性抑制檢測的合適條件下，將BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071和一種潛在的激動劑與BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071結合分子、天然底物或配體、或底物或配體模擬物相結合。可對BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071進行標記，例如通過放射性或比色化合物進行的標記，因此能精確的確定與結合分子相結合的BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071分子或轉化為產物的BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071分子數目，從而對此潛在拮抗物的效力進行評估。
潛在拮抗物包括那些結合到本發明中的多核苷酸和/或多肽上，從而抑制或完全清除他們的活性或表達的小有機分子、肽段、多肽和抗體。潛在拮抗物也可以是小有機分子、肽段、多肽如緊密相關的蛋白質，或在結合分子上有相同結合位點的抗體，例如這些結合分子不誘發BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071誘導的活性的結合分子，通過排除BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽和/或多核苷酸的結合，從而他們就能防止BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽和/或多核苷酸的作用或表達。
潛在拮抗物包括一些小分子，這些小分子結合并占據多肽的結合位點，從而防止他們與細胞結合分子相結合，因而也就防止了正常的生物活性。小分子的例子包括，但并不局限于小有機分子、肽段或多肽相似物分子。其他的潛在拮抗物包括反義分子(見0kano，J.Neurochem.16560(1991)；OLIGODEOXYNUCLEOTIDESASANTISENSEINHIB1TORS OF GENE EXPRESSION，CRC Press，Boca Raton，FL(1988)，對這些分子所做的描述)。優選的潛在拮抗物包括與BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071相關聯的化合物和BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071的變體。
進一步，本發明涉及含有本發明的一種多肽或其片段的、由基因工程設計的可溶性蛋白，以及多種亞類的免疫球蛋白(IgG，IgM，IgA，IgE)的重鏈或輕鏈中恒定區的不同部分。對免疫球蛋白來講，優選的是人IgG，尤其是IgG1重鏈的恒定區，而融合反應就發生在IgG的鉸鏈區。在一特別的實施方案中，僅僅通過引入切割序列就可將Fc部分切割掉，而此切割序列可通過血液凝固因子Xa切割掉。此外，本發明也涉及利用基因工程制備那些融合蛋白的方法，并且可將這些方法用于藥物篩選、疾病診斷和治療。本發明進一步設計編碼這些融合蛋白的多核苷酸。融合蛋白技術的例子可在國際專利申請序號為WO94/29458和WO94/22914的專利申請中發現。
本發明提供的每一種多核苷酸序列可用于發現或開發抗菌化合物。在表達時，編碼蛋白可用作抗菌藥物篩選的靶物質。此外，這些多核苷酸序列可用于構建控制感興趣的編碼序列表達的反義序列，而這些多核苷酸序列是可以編碼編碼蛋白氨基末端區、或Shine-Delgarno、或其他相應RNA的翻譯促進序列的。
本發明也提供了本發明中的多肽、多核苷酸、激動劑或拮抗劑在干涉一或多種病原菌與負有感染后遺癥的真核宿主，優選在哺乳動物宿主間的起始生理反應方面的應用。本發明中的分子尤其可用于防止細菌，尤其是革蘭氏陽性和/或革蘭氏陰性細菌與埋藏設備上的真核生物，優選哺乳動物的胞外基質蛋白間的粘附，或與傷口胞外基質蛋白間的粘附；和/或抑制真核生物，優選哺乳動物胞外基質蛋白與介導組織損傷的細菌BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071蛋白間的粘附；抑制由植入埋藏設備或其他外科手術引起的感染的正常發病。
根據本發明的一個方面，本發明提供了BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071激動劑和拮抗劑，優選抑菌或殺菌的激動劑和拮抗劑。
本發明中的拮抗劑和激動劑可用于，如防止、抑制和/或治療疾病。
進一方面，本發明涉及本發明中的多肽的擬位(mimotope)。擬位就是一種肽段序列，他與天然肽段非常相似(在序列組成或結構上)，而此肽段序列是能被可識別天然肽段的抗體所識別的，或者當此肽段與合適的載體相偶聯時，他就能產生可識別天然肽段的抗體。
通過添加、缺失或替代選擇的氨基酸，就可將肽段擬位設計用于特定的目的。因此，就可將肽段做一些修飾，從而使其與蛋白載體的結合作用易于進行。例如，理想的是包含末端半胱胺酸的一些化學結合方法。此外，肽段與蛋白載體結合，以在肽的結合末端的遠端包含疏水末端也是理想的，因此肽段游離的未結合末端仍然與載體蛋白表面相連。從而將此肽段處于與整個天然肽段分子環境下的肽段最相似的構象狀態。例如，可將肽段修飾成為含有N-末端半胱胺酸和C-末端疏水酰胺尾的肽段。另一方面，通過添加或替代一種或多種氨基酸的D-立體異構體就可產生有益的衍生物，例如能提高肽段穩定性的衍生物。
另一方面，利用一些技術如噬菌體展示技術(EP 0 552 267 B1)，就可通過抗體來鑒定肽段擬位，因為這些抗體本身就能與本發明中的多肽結合。利用這種技術產生了大量的肽段序列，這些序列與天然肽段的結構類似，因而他們能夠結合到抗天然肽段抗體上，但他們本身不一定含有與天然肽段同源的大部分序列。疫苗本發明的另一方面涉及誘導個體，尤其是哺乳動物，優選人類產生免疫應答的方法，這些方法包括對個體接種以足夠劑量、能產生抗體和/或T-細胞免疫應答的BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多核苷酸和/或多肽，或其片段或變體，而這些免疫應答能保護該個體免予遭受感染，尤其是細菌感染，最尤其是腦膜炎奈瑟氏球菌感染。也提供了一些方法，借助于其中的免疫應答可減緩細菌的復制。
本發明的另一方面涉及誘導免疫應答的方法，這些方法包括體內運送核酸載體、序列或核酶至這些個體以指導BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多核苷酸和/或多肽的表達，因為這些BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多核苷酸和/或多肽，或其片段或變體在體內的表達就能誘導產生免疫應答，如產生抗體和/或T細胞免疫應答，這些T細胞包括產生細胞因子T細胞或細胞毒素T細胞，他們可保護該個體，優選人類個體，免受疾病，不管該疾病在體內已經存在與否。對這種基因給藥的一個例子是通過將其加速進入目的細胞中，這種基因就可做為顆粒或其他物質的包衣。這樣的核酸載體包括DNA、RNA、核酶、修飾過的核酸、DNA/RNA雜種、DNA-蛋白復合體或RNA-蛋白復合體。
本發明的進一方面涉及免疫組合物，當將這些組合物引入能在體內誘導產生免疫應答的某一個體，優選人個體，他們就能誘導產生對BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多核苷酸和/或這些多核苷酸編碼的多肽的免疫應答，此處的組合物包含重組BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多核苷酸和/或這些多核苷酸編碼的多肽，和/或編碼并表達該BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多核苷酸、及由這些多核苷酸編碼的多肽的抗原，或本發明中的其他多肽。這些免疫應答可用于疾病的預防或治療，他們也可以抗體免疫和/或細胞免疫，如由CTL或CD4+T細胞引起的細胞免疫的形式存在。
BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽或其片段可與輔助蛋白或化學半體相融合，這些輔助蛋白或化學半體本身能或不能產生抗體，但他們能穩定第一蛋白，并產生融合的或修飾過的、具有抗原的或免疫原的特性，尤其是保護特性的蛋白。因此，進一步優選的已融合的重組蛋白優選包含抗原輔助蛋白，例如，從流感嗜血桿菌獲得的脂蛋白D、谷胱苷肽-S-轉移酶(GST)或β-半乳糖苷酶、或那些相對較大的、能增溶蛋白并加速其制備和純化的蛋白。此外，這些蛋白都會使接受他們的生物體的免疫系統產生一般的刺激，從這一點上來講，輔助蛋白有可能作為佐劑。輔助蛋白可結合到第一蛋白的氨基或羧基末端。
根據本發明的疫苗組合物中，BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽或多核苷酸、或其片段、或其擬位、或其變體可存在于載體中，例如上述的活體重組載體，如活體細菌載體。
其他適合于BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽的載體是非活體載體，例如細菌外膜小泡或“小泡(blebs)”。OM小泡是從革蘭氏陰性細菌雙層膜的外膜中獲得的，并且已經證明他們也存在于包含C.trachomatis和C.psittaci在內的許多革蘭氏陰性細菌中((Zhou，L et al.1998.FEMS Microbiol.Lett.163223-228)。一個已經報道的、但并不詳盡的能產生小泡的細菌病原體名單包括百日咳桿菌、布氏疏螺旋體、馬爾他布魯菌、羊布魯菌、大腸桿菌、流感嗜血桿菌，嗜肺性軍團桿菌、淋病奈瑟菌、腦膜炎奈瑟氏球菌、綠膿假單胞菌和小腸結腸炎耶爾森菌。
天然構象中小泡的優點是能提供外膜蛋白，因而對于疫苗來講它尤其有用。對細菌進行一些設計，改變一種或多種外膜分子的表達，就能對用于疫苗的小泡做一些改進。這樣，例如所要的外膜免疫原性蛋白，如BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽的表達就能引入或受到增量調節(例如通過改變啟動子)。作為替代的方法或附加的方法，不相關的外膜分子(例如非保護性抗原或免疫顯性但可變的蛋白)或有害的外膜分子(如有毒分子如LPS或自體免疫應答的潛在誘導物)的表達受到負調節。這些方法在下文有更詳細的討論。
BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071基因的非編碼側翼區含有在基因表達中較重要的調節元件。這些調節在轉錄和翻譯水平上進行。通過DNA測序就能得到基因開放閱讀框架的上游或下游區的序列。這些序列信息允許確定潛在的調節基序，如不同的啟動子元件、終止子序列、可誘導的序列元件、阻遏物、負責階段變異的元件、shine-dalgarno序列、以及那些含有與調節相關的潛在二級結構和與其他多種調節基序或序列相關的區。
這些序列信息允許BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071基因的自然表達的調節。通過修飾啟動子、shine-dalgamo序列、潛在阻遏物或操縱基因元件、或其他相關的元件就能對基因表達進行正調節。同樣，通過進行相似的修飾就可以完成對他們的負調節。另一方面，通過改變階段變異序列就可將基因的表達置于階段變異序列的控制之下，或可使其不再受到調節。利用另一種方法，可將基因的表達置于一或多種允許受調節的表達的誘導元件之下。這些調節包括，但并不局限于溫度變化誘導、添加誘導底物如選擇的碳水化合物或他們的衍生物、痕量元素、維生素、輔助因子、金屬離子等。
上述修飾可通過多種不同的方式引入。通過隨機誘變，可在體內完成對涉及基因表達的序列的修飾，隨后挑選需要的顯型。另一方法包括分離有益的區，并且通過隨機誘變、定點誘變、插入誘變或缺失誘變對他進行修飾。然后，通過同源重組就可將修飾過的區重新引入細菌基因組中，并且也可評估他們對基因表達的影響。在另一方法中，這些有益區的序列信息可用于替代或缺失所有或部分的天然調節序列。既然這樣就對靶定的調節區進行分離和修飾，使其含有來自另一基因、不同基因的調節元件的組合、合成的調節區、或其他調節區的調節元件，或使其缺失野生型調節序列的選定部分。然后經由同源重組將修飾過的序列重新引入細菌基因組中。優選的那些可用于基因表達正調節的啟動子的名單包括腦膜炎奈瑟氏球菌或淋病萘瑟氏菌的porA，porB，lbpB，tbpB，pl10，lst，hpuAB；ompCD，copB，lbpB，ompE，UspA1；UspA2；M.Catarrhalis的TbpB；流感嗜血桿菌H.influenzae的p1，p2，p4，p5，p6，lpD，tbpB，D15，Hia，Hmw1，Hmw2。
在一個例子中，通過將基因的啟動子與一個較強的啟動子進行互換(分離此基因的上游序列，然后對此序列進行修飾，隨后通過同源重組將此序列重新導入基因組中)來調節基因的表達。從這兩種細菌中可獲得受正調節的表達，也可從由細菌制備的或由細菌釋放的外膜小泡中獲得。
在另一例子中，利用上述方法可生產重組細菌菌株，這些菌株具有已改良的、可用做疫苗的特性。這些菌株可包括，但并不局限于減毒株、能增加表達選擇的抗原的菌株、已經剔除干涉免疫應答的基因或可降低干涉免疫應答的基因表達的菌株、具有免疫顯性蛋白調節的表達的菌株、具有外膜小泡調節釋放的菌株。
因而，本發明也提供了BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071基因經修飾過的上游區，這個修飾過的上游區含有一種異源調節元件，此調節元件可改變位于外膜的BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071蛋白的表達水平。按照本發明，此上游區包括BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071基因的上游序列。這個上游區從BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071基因緊接的上游開始，進一步延續至距ATG起始密碼子不超過1000bp處。在這一基因位于多順反子(操縱子)序列的情況下，上游區可以從緊接此基因最前端處起始、或在操縱子的第一個基因前起始。按照本發明，優選的是一種已經修飾過的上游區，此上游區含有在ATG上游500-700bp處的外源啟動子。
因而，本發明提供了存在于經修飾過的細菌小泡中的BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽。本發明進一步提供了修飾過的宿主細胞，這些宿主細胞能產生基于非活體膜基的小泡載體。本發明進一步提供了含有BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071基因的核酸載體，這些基因含有包含外源調節元件的、已經修飾的上游區。
本發明進一步提供制備本發明中的宿主細胞和細菌小泡的方法。
本發明也提供了一些組合物，尤其是疫苗組合物，以及包括本發明中的多肽和/或多核苷酸、在Sato，Y.et al.Science 273352(1996)中所述的免疫刺激性DNA序列的方法。
本發明也提供了一些方法，這些方法利用那些已經證明可編碼細菌表面蛋白不變區的上述多核苷酸或其特殊片段，而這些多核苷酸或其特殊片段存在于多核苷酸構建物中，而這些構建物可用于在腦膜炎奈瑟氏球菌的動物感染模型中進行的基因免疫實驗。這些免疫實驗對鑒別那些可引起預防或治療性免疫應答的蛋白的抗原決定簇尤其有用。我們相信，這種方法使隨后的那些具有特殊價值的單克隆抗體制劑的制備成為可能，這些單克隆抗體源于那些對于開發對哺乳動物，尤其是人的感染，尤其是腦膜炎奈瑟氏球菌感染的預防或治療的藥物，從而成功抵抗或清除感染所必須的器官。
本發明還包括一種疫苗制劑，包括與合適的載體，如藥劑上可接受的載體，相結合的本發明的免疫原性重組多肽或多核苷酸。由于多肽和多核苷酸在胃中能夠降解，因而他們須進行腸胃外給藥，包括，如皮下給藥、肌肉給藥、靜脈給藥、或皮內給藥。適于腸胃外給藥的劑型包括含有抗氧化劑、緩沖液、抑菌化合物以及使制劑與體液優選血液等張的溶液的水性或非水性無菌注射溶液；以及可含有懸浮因子或增稠因子的水合或非水合懸浮物。這些劑型可以分裝于單位劑量或多劑量容器中，如密封的安瓿瓶或小瓶中，也可貯存在冷凍干燥的條件下，對此僅需在使用前添加無菌液體載體。
本發明中的疫苗劑型也可包括用于提高劑型的免疫原性的助劑體系。優選的助劑體系可優選的引起TH1型應答。
一種免疫應答可廣義的區分為兩種最終的類型，即體液或細胞介導的免疫應答(傳統上他們的特征在于分別是抗體和保護的細胞效應物機制)。這兩種免疫應答類型又叫作TH1型免疫應答(細胞介導的應答)和TH2型免疫應答(體液介導的應答)極端的TH1型免疫應答特征于其抗原特異性的產生、單元型限制的細胞毒素的T淋巴細胞的產生，以及天然殺傷細胞應答的產生。鼠TH1型應答特征常常在于IgG2a亞型抗體的產生，而在人體中相應的是產生IgGI型抗體。TH2型免疫應答特征于產生眾多的同型免疫球蛋白，包括鼠IgGI、IgA和IgM。
可以認為發展這兩種免疫應答的驅動力是細胞因子。高水平的TH1型細胞因子傾向于誘導給定抗原的細胞介導的免疫應答，而高水平的TH2型細胞因子傾向于誘導給定抗原的體液介導的免疫應答。
TH1型和TH2型免疫應答的區別并不是絕對的。事實上，一個個體將要支持一種免疫應答，其中是TH1型或TH2型占優勢。然而，便利的是按照Mosmann和Coffman在鼠CD4+ve T細胞克隆中所述的來考慮各家族的細胞因子(Mosmann，T.R.and Coffman，R.L.(1989)TH1 and TH2 cellsdifferernt patterns of lymphokine secretionlead to different funcitional properties.Annual Review ofImmunology，7，p145-173)。傳統上來講，TH1型免疫應答是與通過T淋巴細胞來產生的INF-γ和IL-2細胞因子相聯系的。其他直接與TH1型免疫應答的誘導相聯系細胞因子不是由T細胞，如IL-12產生的。相反，TH2型免疫應答是與IL-4、IL-5、IL-6和IL-13的分泌相聯系的。
已知某些特定疫苗助劑尤其適于刺激產生TH1或TH2型細胞因子的應答。在疫苗接種或感染中，傳統上免疫應答的TH1TH2平衡最好的指示劑包括在重刺激抗原后，通過直接測定體內T淋巴細胞TH1或TH2的產量，和/或測定抗原特異性抗體反應的IgGIIgG2a比率。
因而，TH1型助劑是當體內有重刺激抗原時能優選刺激分離的T細胞群以產生高水平的TH1型細胞因子，以及促進與同型TH1型相聯系的CD8+細胞毒T淋巴細胞和抗原特異性免疫球蛋白反應的物質。
那些能夠優選刺激TH1細胞應答的助劑在國際專利申請NO.WO94/00153和WO95/17209中有描述。
3-脫氧-酰基單磷酰基脂質A(3D-MPL)就是一種這樣的助劑。這可由GB 2220211(Ribi)中知道。從化學上來講，它是含有3、4、5、或6酰化鏈的3-脫氧-酰基單磷酰基脂質A的混合物，是由RibiImmunochem，Montana制備的。3-脫氧-酰基單磷酰脂質A的一種優選形式在歐洲專利0 689 454 B1(SmithKline Beecham BiologicalsSA)中已公開。
優選的是足夠小的、可無菌濾過0.22微米濾膜的3D-MPL顆粒(歐洲專利號0 689 454)。每一制劑中3D-MPL的量是10μg-100μg，優選25-50μg，而其中的抗原典型的是2-50μg/劑。
另一種優選的助劑包括QS21，它是一種源于QuillajaSaponaria Molina樹皮、經高效液相色譜純化的無毒片段。它可任意的與3-脫氧-酰基單磷酰基脂質A(3D-MPL)混合，也可任意的與載體混合。
QS21的制備方法在美國專利NO.5,057,540中有公開的敘述。
含有QS21的非反應原性助劑劑型在前面已有敘述(WO96/33739)。當與一種抗原共同制備成制劑時，含有QS21和膽固醇的制劑已經證明是有效的TH1刺激助劑。
進一步的可作為TH1細胞應答優選刺激物的助劑包括免疫調制寡核苷酸，例如WO 96/02555中公開的未甲基化的CpG序列。
不同TH1刺激助劑的結合物，如上述助劑的結合物，也被認為可提供助劑，而此助劑是TH1細胞應答的優選刺激物。例如，QS21可與3D-MPL來共同植制備制劑。QS21與3D-MPL的典型的比例是1∶10-10∶1，優選1∶5-5∶1，經常基本上為1∶1。最佳協同作用的優選范圍是3D-MPL∶QS21為2.5；1-1∶1。
按照本發明，優選的一種載體也存在于疫苗組合物中。此載體可以是水包油乳劑，或鋁鹽，如磷酸鋁或氫氧化鋁。
一種優選的水包油乳劑包含一種可代謝的油，如鯊烯、α-生育酚、及吐溫80。按照本發明，在一優選方面，疫苗組合物中抗原是在這樣的乳劑中與3D-MPL和QS21結合的。此外，水包油乳劑可含有span 85和/或卵磷脂和/或三辛酰甘油酯。
典型的、可用于對人給藥的QS21和3D-MPL在疫苗中的計量范圍為1μg-200μg，如10-100μg，優選10μg-50μg/劑。典型的水包油乳劑包含2-10％鯊烯、2-10％α-生育酚和0.3-3％吐溫80。優選的鯊烯α-生育酚比率等于或小于1，因為這樣可提供更穩定的乳劑。span 85也可為1％的水平。在一些情況下，本發明中的疫苗進一步含有穩定劑將是有益的。
非毒性的水包油乳劑優選的含有非毒性油，如存在于水性載體中的鯊烷(squalane)和鯊烯、乳化劑如吐溫80。這些水性載體可以是，如磷酸緩沖鹽溶液。
一種尤其有效的助劑劑型包括WO95/17210中所述的水包油乳劑中的QS21、3D-MPL和生育酚。
本發明也提供了一種多價疫苗組合物，他含有本發明中與其他抗原，尤其是可用于有效治療癌癥、自身免疫疾病及相關疾病相結合的疫苗制劑。這樣的多價疫苗組合物可包括，如前述的TH1誘導性助劑。雖然本發明對特定的BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066和BASB071多肽和多核苷酸已有描述，我們應該理解為他包括了天然產生的多肽或多核苷酸的片段，以及進行基本上不影響重組多肽或多核苷酸的免疫原特性的添加、缺失或替代操作的相似多肽或多核苷酸。
抗原也能以整個細菌(死的或活的)的形式、以及亞細胞片段的形式進行傳送，這些可能的傳送形式確實也包括腦膜炎奈瑟氏球菌本身。組合物、試劑盒和給藥本發明的進一方面提供了一些組合物，這些組合物含有可用于對細胞給藥或對多細胞生物體給藥的BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多核苷酸和/或BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066或BASB071多肽。
本發明也涉及此處討論的、含有多核苷酸或多肽的以及他們的激動劑與拮抗劑組合物。本發明中的多肽和多核苷酸可與非無菌的或無菌載體或對細胞、組織或有機體有用的載體，如適于對個體給藥的藥物載體，結合應用。這樣的組合物包括，例如媒介添加劑或本發明中的、治療上有效劑量的多肽和/或多核苷酸，以及藥物可接受的載體或賦形劑。這些載體可包括，但并不局限于鹽、緩沖鹽、右旋糖、水、甘油、乙醇和他們的結合物。劑型應該與給藥方式相適。本發明進一步涉及診斷和藥物包及試劑盒，他們含有裝有一或多種前述的、本發明中的組合物成分的一或多種容器。本發明中的多肽、多核苷酸和其他化合物可分離應用，或與其他化合物，如治療性化合物，結合使用。
治療性的組合物可以任何有效且方便的方式給藥，這些方式包括，例如通過局部、口、肛門、陰道、靜脈內、腹膜內、肌肉、皮下、鼻內或皮內給藥等。
在治療或預防上，活性藥劑可以可注射的組合物的形式對個體給藥，例如無菌水合分散物，優選等張的無菌水合分散物。
進一方面，本發明提供了一些藥物組合物，他們包括藥物可接受的載體或與賦形劑相結合的、治療上有效劑量的多肽和/或多核苷酸，例如本發明中的多肽和/或多核苷酸的可溶形式、與藥物可接受的載體或賦形劑相結合的激動劑或拮抗劑肽段、或小分子化合物。這些載體可包括，但并不局限于鹽水、緩沖鹽水、右旋糖、水、甘油、乙醇和他們的組合物。本發明進一步涉及診斷和藥物包及試劑盒，他們含有裝有一或多種前述的、本發明中的組合物成分的一或多種容器。本發明中的多肽、多核苷酸和其他化合物可分離應用，或與其他化合物，如治療性化合物結合使用。
這些組合物要適合于給藥途徑，如通過系統或口服給藥。優選的系統給藥方式包括注射，典型的是通過靜脈內注射。其他的注射途徑，如皮下注射、肌肉注射或腹膜內注射也可。另外的系統給藥方式包括利用滲透劑，如膽鹽或梭鏈孢酸或其他去污劑進行的跨粘膜的或經皮膚的給藥。此外，如果本發明中的多肽或其他化合物可制備成腸溶的或膠囊制劑，就可能進行口服給藥。對這些化合物的給藥也可是局部的和/或局部化的，其形式可以是藥膏、糊劑、凝膠、溶液、粉或其他。
對哺乳動物，尤其對人給藥，預期的活性藥物日劑量水平是0.01mg/kg-10mg/kg，一般是在1mg/kg左右。醫生在具體情況下可決定實際劑量，這些劑量要與個體相適合，并且隨年齡、體重及特定個體的反應不同而變化。上述劑量是一般情況下的例子。當然，有的個體可以給藥以較高或較低的劑量范圍，這也在本發明的范圍之內。
要求的劑量范圍依賴于肽段的選擇、給藥途徑、制劑特性、受藥者的情況的類型、以及醫生的診斷。然而，對受藥者來講，合適的劑量是0.1-100μg/kg受藥者體重。
疫苗組合物以可注射形式是方便的。傳統的助劑可用于提高免疫應答。疫苗接種的合適劑量是0.5-5微克/kg抗原，并且這樣的劑量要優選給藥1-3次，間隔為1-3周。在給定的劑量范圍內，沒有觀察到本發明中的化合物產生毒理學上的副作用，而毒理學上的副作用的產生將排除他可以對合適的個體的給藥。
然而，考慮到可得的化合物類型及不同給藥途徑的效率不同，所需劑量的較寬變化是在預期之中的。例如，口服就要求有比靜脈注射較高的劑量。劑量水平的變化可利用用于優化的標準經驗方法來調整，這種調整方法在本領域中已有很好的了解。序列數據庫、在可知的媒介(tangible medium)中的序列及運算方法多肽和多核苷酸序列形成了極具價值的信息資源，通過這些信息就可確定他們的2-或3-維結構，以及可進一步鑒別相似的同源物的序列。最容易推動這些方法的做法是將序列存儲在計算機可讀的媒介中，然后利用在已知的大分子結構中已儲存的信息或利用眾所周知的搜索工具，如GCG程序包來搜索序列數據庫。
本發明還提供了分析特征序列或序列串，尤其是基因序列或他們編碼的蛋白序列的方法。優選的序列分析方法包括，例如序列同源物分析方法，如同一性和相似性分析；DNA、RNA和蛋白質結構分析；序列組裝；分支分析；序列基元分析；開放閱讀框架確定；核酸堿基清點；密碼子使用分析；核酸堿基修飾；以及序列色譜峰分析。
提供了一種基于計算機的方法來對同源性進行鑒別。這種方法包括以下步驟在計算機可讀媒介中提供含有本發明中的多核苷酸序列的第一多核苷酸序列；將該第一多核苷酸序列與至少一種第二多核苷酸或多肽序列進行對比，以鑒別同源性。
本發明還提供了一種基于計算機的方法來對同源物進行鑒別。這種方法包括以下步驟在計算機可讀媒介中提供含有本發明中的多肽序列的第一多肽序列；將該第一多肽序列與至少一種第二多核苷酸或多肽序列進行對比，以鑒別同源性。
所有的出版物和參考文獻，包括但并不局限于專利和專利申請，在本說明書中全部引用，就象明確的、個別的指出每一分離出版物或參考文獻在本文中全部引用以作參考一樣。任何作為本專利申請的優先權的專利申請也在此處全文引用以作參考，方式同上。定義如本領域中已知的，“同一性”是兩或多種多肽序列或兩或多種多核苷酸序列間的關系，可對序列進行對比來確定他們之間的關系。在本領域中，“同一性”也可指多肽或多核苷酸序列間的相關程度，可以通過對序列串進行對比來確定他們本來的相關程度。通過已有的方法可將同一性很容易的計算出來，這些方法包括，但并不局限于那些在(Computational Molecular Biology，Lesk，A.M.，ed.，OxfordUniversity Press，New York，1988；BiocomputingInformaticsand Genome Projects，Smith，D.W.，ed.，Academic Press，NewYork，1993；Computer Analysis of Sequence Data，Part I，Griffin，A.M.，and Griffn，H.G.，eds.，Humana press，NewJergey，1994；Sequence Analysis in Molecular Biology，vonHeine，G.，Academic Press，1987；及Sequence Analysis Primer，Gribskov，M.and Devereux，J.，eds.，M Stockton Press，NewYork，1991；及Cacillo，H.，and Lipman，D.，SIAM J.AppliedMath，.481073(1988)中有描述的方法。用于確定同一性的方法是設計來提供待測序列間最大匹配的方法。此外，確定同一性的方法已經編篡在可公開購買的計算機程序中。確定兩序列間同一性的計算機程序法包括，但并不局限于GCG程序包中的GAP程序(Devereux，J.，et al.，Nucleic Acids Research 12(1)387(1984))、BLASTP、BLASTN(Altschul，S.F.et al.，J.Mol.Biol.215403-410(1990))、及FAFSTA(Pearson and Lipman Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85；2444-2448(1988))。BLAST族程序可從NCBI或其他渠道公開購買(BLAST Manual，Alt schul，S.，et al.，NCBI NLM NIHBethesda，MD 20894；Altschul，S.，et al.，J.Mol.Biol.215406-410(1990))。眾所周知的Smith Waterman運算方法也可用于確定同一性。
多肽序列對比的參數包括運算方法Needleman and Wunsch，J.Mol Biol.48443-453(1970)對比基質BLOSSUM62 from Henikoff and Henikoff，Proc.Natl.Acad.Sci.USA.8910915-10919(1992)缺口罰值(penalty)8缺口長度罰值(penalty)2帶有這些參數的有效程序可以公開購買到，如從GeneticsComputer Group，Madison WI處可購買“缺口”程序。前述參數是肽段對比的默認參數(末端缺口沒有罰值(penalty))。
多核苷酸序列對比的參數包括運算方法Needleman and Wunsch，J.Mol Biol.48443-453(1970)對比罰值匹配的＝+10，不匹配的＝0缺口罰值50缺口長度損失3來自從Genetics Computer Group，Madison WI購買的“缺口”程序。這些參數是核酸對比的默認參數(末端缺口沒有罰值)。
看情況，對多核苷酸和多肽來講，“同一性”優選的意義可見下列(1)和(2)。
(1)多核苷酸實施方案進一步包括分離的多核苷酸，他含有與SEQ ID NO1參考序列至少有50、60、70、80、85、90、95、97或100％同一性的多核苷酸序列，其中該多核苷酸序列可與SEQ ID NO1參考序列完全相同或含有同參考序列對比有特定整數個核苷酸變更的多核苷酸序列；其中該變更是從由至少一種核苷酸缺失、替代，包括轉換和顛換、或插入組成的組中挑選的；以及其中該變更可發生在參考核苷酸序列的5′或3′末端，或發生在這兩個末端之間的任何位置，他們可以個別的散布在參考序列的核苷酸中，或以一個或多個鄰接的群體散布在參考序列中；并且其中該核苷變更數目是通過將SEQID NO1的核苷酸總數乘以已除以100的定義百分比同一性的整數，然后從該SEQ ID NO1的核苷酸總數中減去此乘積得到的，或Nn≤Xn-(Xn·y)，其中，Nn是核苷酸變更數；Xn是SEQ ID NO1的核苷酸總數；y的0.50指50％、0.60指60％、0.70指70％、0.80指80％、0.85指85％、0.90指90％、0.95指95％、0.97指97％、1.00指100％；·代表乘號；其中非整數的Xn和y在從Xn中減去之前就將其近似為最相近的整數。編碼SEQ ID NO2的多肽的多核苷酸序列的變更可在此編碼序列中產生無義突變、錯義突變或移碼突變，從而改變經過這些變更之后的多核苷酸編碼的多肽。
由示例可知，本發明中的多核苷酸序列可與SEQ ID NO1的參考序列完全相同，也即100％同一性，或者他可包括與參考序列相比有特定整數的核酸發生變更，因而同一性百分數就低于100％。其中該變更是從由至少一種核苷酸缺失、替代，包括轉換和顛換、或插入組成的組中挑選的；以及其中該變更可發生在參考核苷酸序列的5′或3′末端，或發生在這兩個末端之間的任何位置，他們可以個別的，或以一個或多個鄰接的群體散布在參考序列的核苷酸中，或散布；并且其中該核苷酸變更數目是通過將SEQ ID NO1的核苷酸總數乘以已除以100的定義百分比同一性的整數，然后從該SEQ ID NO1的核苷酸總數中減去此乘積得到的，或Nn≤Xn-(Xn·y)，其中，Nn是核苷變更數；Xn是SEQ ID NO1的核苷總數；y的0.50指50％、0.60指60％、0.70指70％、0.80指80％、0.85指85％、0.90指90％、0.95指95％、0.97指97％、1.00指100％；·代表乘號；其中非整數的Xn和y在從Xn中減去之前就將其近似為最相近的整數。
(2)多核苷酸實施方案進一步包括分離的多肽，他含有與SEQ IDNO2參考序列至少有50、60、70、80、85、90、95、97或100％同一性的多肽序列，其中該多肽序列可與SEQ ID NO2參考序列完全相同或含有同參考序列對比有特定整數個氨基酸變更的多肽序列；其中該變更是從由至少一種氨基酸缺失、替代，包括保守替代和非保守替代、或插入等組成的組中挑選的；以及其中該變更可發生在參考序列的氨基或羧基末端，或發生在這兩個末端之間的任何位置，他們可以個別的或以一個或多個鄰接的群體散布在參考序列的氨基酸中；并且其中該氨基酸變更數目是通過將SEQ ID NO2的氨基酸總數乘以已除以100的定義百分比同一性的整數，然后從該SEQ ID NO2的氨基酸總數中減去此乘積得到的，或Na≤Xa-(Xa·y)，其中，Na是氨基酸變更數；Xa是SEQ ID NO2的氨基酸總數；y的0.50指50％、0.60指60％、0.70指70％、0.80指80％、0.85指85％、0.90指90％、0.95指95％、0.97指97％、1.00指100％；·代表乘號；其中非整數的Xa和y在從Xa中減去之前就將其近似為最相近的整數。
作為舉例，本發明中的多肽序列可與SEQ ID NO2的參考序列完全相同，也即100％同一性，或者他可包括與參考序列相比有特定整數的氨基酸發生變更，因而同一性百分數就低于100％。其中該變更是從由至少一種氨基酸缺失、替代，包括保守替換和非保守替換、或插入等組成的組中挑選的；以及其中該變更可發生在參考多肽序列的氨基或羧基末端，或發生在這兩個末端之間的任何位置，他們可以個別的，或以一個或多個鄰接的群體散布在參考序列的氨基酸中；并且其中該特定的同一性％的氨基酸變更數目是通過將SEQID NO2的氨基酸總數乘以已除以100的定義百分比同一性的整數，然后從該SEQ ID NO2的氨基酸總數中減去此乘積得到的，或Na≤Xa-(Xa·y)，其中，Na是氨基酸變更數；Xa是SEQ ID NO2的氨基酸總數；y的0.50指50％、0.60指60％、0.70指70％、0.80指80％、0.85指85％、0.90指90％、0.95指95％、0.97指97％、1.00指100％；·代表乘號；其中非整數的Xa和y在從Xa中減去之前就將其近似為最相近的整數。
“個體”，當在本發明中提及時指代一種生物體，意即多細胞真核生物，包括但并不局限于后生動物、哺乳動物、OVID、牛科動物、猿、靈長類動物和人。
“分離的”意味著從原始狀態經“人手”改變過，也即如果他出現在自然界，那他就是已經從其最初環境中改變或已經與最初環境無關，或二者兼具。例如，自然存在于活的生物體中的多核苷酸或多肽不是“分離的”，而從其天然狀態下的共存物中分離到的相同多核苷酸或多肽就是“分離的”，本文中這個名詞就指此意。此外，通過轉化作用、基因操作或其他任何重組方法導入生物體的多核苷酸或多肽是“分離的”，甚至如果他們仍然存在于該生物體中，而該生物體可以是或的或非活體的。
“多核苷酸”一般指多聚核糖核苷酸或多聚脫氧核糖核苷酸，這些多聚核糖核苷酸或多聚脫氧核糖核苷酸可以是未經修飾的RNA或DNA或經過修飾的RNA或包含單鏈和雙鏈區的DNA。
“變體”指與參考多核苷酸或多肽不同，但又保留有基本特性的多核苷酸或多肽。多核苷酸的典型變體的核苷酸序列與另一變體及參考多核苷酸的核苷酸序列不同。變體核苷酸序列的改變有可能改變或不改變參考序列編碼的多肽的氨基酸序列。核苷酸變化可以導致參考序列編碼的多肽的氨基酸發生替代、添加、缺失、融合與縮短，在下文對此有討論。多肽的典型變體的氨基酸序列與另一變體及參考多肽的氨基酸序列不同。一般來講，區別是有限的，因此參考多肽與變體序列整體上非常相似，并且有些區是完全相同的。變體和參考序列可由于一或多種任意結合的替代作用、添加作用、缺失作用而在氨基酸序列上有所不同。替代的或插入的氨基酸殘基可以是由基因密碼子編碼或不由基因密碼子編碼。多核苷酸變體可以是天然存在的，如等位基因變體，也可以是天然未知的變體。非天然發生的多核苷酸或多肽變體可由變異發生技術制得或直接通過合成制備。
“疾病”指細菌感染引起或與細菌感染有關的疾病，包括，如上呼吸道感染、侵入性細菌疾病如菌血癥和腦膜炎。示例下述示例是按照標準方法進行的，對于本領域中的技術人員來講是眾所周知的、程式化的，然而那些詳細敘述的除外。這些示例是說明性的，但他們并不限制本發明。示例1腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB051基因腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB051基因在SEQ IDNO1中有示。BASB051多核苷酸序列的翻譯后序列見SEQ ID NO2中所示，他表明此BASB051多肽與淋病奈瑟氏球菌ComL脂蛋白有顯著的相似性。BASB051多肽含有一種前導序列，其特征在于一脂蛋白信號序列。示例2腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB057基因腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB057基因在SEQ IDNO3中有示。BASB057多核苷酸序列的翻譯后序列見SEQ ID NO4中所示，他表明此BASB057多肽與淋病奈瑟氏菌MtrE外膜脂蛋白有顯著的相似性。BASB057多肽含有一種前導序列，其特征在于一脂蛋白信號序列。示例3腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB060基因腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB060基因在SEQ IDNO5中有示。BASB060多核苷酸序列的翻譯后序列見SEQ ID NO6中所示，他表明此BASB060多肽與已知的蛋白沒有顯著的相似性。BASB060多肽含有一種前導序列，其特征在于一脂蛋白信號序列，并且含有外膜脂蛋白的特點。示例4腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB061基因腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB061基因在SEQ IDNO7中有示。BASB061多核苷酸序列的翻譯后序列見SEQ ID NO8中所示，他表明此BASB061多肽與腦膜炎奈瑟氏球菌mlp基因的產物有顯著的相似性。BASB061多肽含有一種前導序列，其特征在于一脂蛋白信號序列，并且含有外膜脂蛋白的特點。示例5腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB063基因腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB063基因在SEQ IDNO9中有示。BASB063多核苷酸序列的翻譯后序列見SEQ ID NO10中所示，他表明此BASB063多肽與已知的蛋白有顯著的相似性。BASB063多肽含有一種前導序列，其特征在于一脂蛋白信號序列，并且含有外膜脂蛋白的特點。示例6腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB065基因腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB065基因在SEQ IDNO11中有示。BASB065多核苷酸序列的翻譯后序列見SEQ ID NO12中所示，他表明此BASB065多肽與已知的蛋白有顯著的相似性。BASB065多肽含有一種前導序列，其特征在于一脂蛋白信號序列，并且含有外膜脂蛋白的特點。示例7腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB066基因腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB066基因在SEQ IDNO13中有示。BASB066多核苷酸序列的翻譯后序列見SEQ ID NO14中所示，他表明此BASB066多肽與腦膜炎奈瑟氏菌CtrA蛋白有顯著的相似性。BASB066多肽含有一種前導序列，其特征在于一脂蛋白信號序列，并且含有位于外膜上的蛋白的特點。示例8腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB071基因腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC 13090中的BASB071基因在SEQ IDNO15中有示。BASB071多核苷酸序列的翻譯后序列見SEQ ID NO16中所示，他表明此BASB071多肽與淋病奈瑟氏菌HisJ蛋白有顯著的相似性。BASB071多肽含有一種前導序列，其特征在于一脂蛋白信號序列，并且含有外膜脂蛋白的特點。
多核苷酸和多肽序列SEQ ID NO1腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB051多核苷酸序列ATGAAAAAAATTCTTTTAACGGTTTCATTAGGTTTGGCACTGAGTGCCTGTGCCACTCAAGGTACGGTCGATAAAGATGCTCAGATTACCCAAGATTGGAGTGTGGAGAAGCTCTATGCCGAAGCCCAGGACGAATTGAACAGCAGCAATTATACGCGGGCTGTCAAGTTATACGAAATCTTGGAATCGCGCTTCCCCACCAGCCGCCATGCCCGGCAATCCCAACTGGATACCGCATACGCCTATTATAAAGACGATGAAAAAGACAAGGCTCTGGCGGCAATCGAACGCTTCCGCCGCCTCCATCCGCAGCATCCGAATATGGATTACGCGCTGTATCTGCGCGGCTTGGTGCTGTTCAACGAAGACCAGTCCTTCTTGAACAAACTGGCCTCGCAAGACTGGTCCCACCGCGACCCGAAAGCCAACCGCGAAGTAACCCAGGCGTTTGCGGAACTCGTCCAACGCTTCCCCAACAGCAAATACGCCGCCGATGCGACCGCACGCATGGTCAAACTGGTCGATGCACTGGGCGGCAATGAAATGTCGGTGGCGCGCTACTACATGAAACGCGGCGCATATATCGCCGCCGCCAACCGCGCCCAAAAAATTATCGGCAGCTACCAAAATACACGCTATGTCGAAGAATCGCTCGCCATCTTGGAACTTGCCTACCAAAAACTCGGCAAACCACAGCTTGCCGCCGATACGCGCCGCGTGTTGGAAACCAACTTCCCGAAAAGCCCGTTTTTGACGCACGCTTGGCAGCCCGACGATATGCCTTGGTGGCGTTACTGGCATTAASEQ ID NO2腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的、從SEQ ID NO1多核苷酸序列推導的BASB051多肽序列MKKILLTVSLGLALSACATQGTVDKDAQITQDWSVEKLYAEAQDELNSSNYTRAVKLYEILESRFPTSRHARQSQLDTAYAYYKDDEKDKALAAIERFRRLHPQHPNMDYALYLRGLVLFNEDQSFLNKLASQDWSDRDPKANREVTQAFAELVQRFPNSKYAADATARMVKLVDALGGNEMSVARYYMKRGAYIAAANRAQKIIGSYQNTRYVEESLAILELAYQKLGKPQLAADTRRVLETNFPKSPFLTHAWQPDDMPWWRYWHSEQ ID NO3腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB057多核苷酸序列ATGGATACTACATTGAAAACCACCTTGACTTCTGTTGCAGCAGCCTTCGCATTATCCGCCTGCACCATGATTCCCCAATACGAGCAGCCCAAAGTCGAAGTTGCCGAAACGTTTAAAAACGATACCGCCGACAGCGGCATCCGTGCGGTCGATTTAGGTTGGCATGACTATTTTGCCGACCCGCGCCTGCAAAAGCTGATCGACATCGCACTCGAGCGCAATACCAGTTTGCGTACCGCCGTATTGAACAGCGAAATCTACCGCAAACAATACATGATTGAGCGCAACAACCTCCTGCCCACGCTTGCCGCCAATGCGAACGGCTCGCGCCAAGGCAGCTTGAGCGGCGGCAATGTCAGCAGCAGCTACAATGTCGGACTGGGTGCGGCATCTTACGAACTCGACCTGTTCGGACGCGTCCGCAGCAGCAGCGAAGCAGCACTGCAAGGCTATTTTGCAAGTGTCGCCAACCGCGATGCGGCACATTTGAGCCTGATTGCCACCGTTGCCAAAGCCTATTTCAACGAACGTTATGCCGAAGAAGCGATGTCTTTGGCGCAGCGTGTTTTGAAAACGCGCGAGGAAACCTACAAGCTGTCCGAATTACGTTACAAGGCAGGCGTGATTTCCGCCGTCGCCCTACGTCAGCAGGAAGCCCTGATCGAATCTGCCAAAGCCGATTATGCCCATGCCGCGCGCAGCCGCGAACAGGCGCGCAATGCCTTGGCAACCTTGATTAACCAACCGATACCCGAAGACCTGCCTGCCGGTTTGCCGCTGGACAAGCAGTTTTTTGTTGAAAAACTGCCGGCCGGTTTGAGTTCCGAAGTATTGCTCGACCGTCCCGATATCCGTGCTGCCGAACACGCGCTCAAACAGGCAAACGCCAATATCGGTGCGGCACGCGCCGCCTTTTTCCCATCCATCCGCCTGACCGGAACCGTCGGTACGGGTTCTGCCGAATTGGGTGGGTTGTTCAAAAGCGGCACGGGCGTTTGGTCGTTCGCGCCGTCTATTACCCTGCCGATTTTTACCTGGGGTACGAACAAAGCCAACCTTGATGTAGCCAAGCTGCGCCAACAGGCACAAATCGTTGCCTATGAAGCCGCCGTCCAATCCGCATTTCAAGACGTGGCAAACGCATTGGCGGCGCGCGAGCAGCTGGATAAAGCCTATGACGCTTTAAGCAAACAAAGCCGCGCCTCTAAAGAGGCGTTGCGCTTGGTCGGCCTGCGTTACAAGCACGGCGTATCCGGCGCGCTCGACTTGCTCGATGCGGAACGCAGCAGCTATGCGGCGGAGGGTGCGGCTTTGTCGGCACAACTGACCCGCGCCGAAAACCTTGCCGATTTGTACAAGGCACTCGGCGGCGGATTGAAACGGGATACCCAAACCGACAAATAASEQ ID NO4從SEQ ID NO3多核苷酸序列推導的腦膜炎奈瑟氏球菌菌株BASB057多肽序列MDTTLKTTLTSVAAAFALSACTMIPQYEQPKVEVAETFKNDTADSGIRAVDLGWHDYFADPRLQKLIDIALERNTSLRTAVLNSEIYRKQYMIERNNLLPTLAANANGSRQGSLSGGNVSSSYNVGLGAASYELDLFGRVRSSSEAALQGYFASVANRDAAHLSLIATVAKAYFNERYAEEAMSLAQRVLKTREETYKLSELRYKAGVISAVALRQQEALIESAKADYAHAARSREQARNALATLINQPIPEDLPAGLPLDKQFFVEKLPAGLSSEVLLDRPDIRAAEHALKOANANIGAARAAFFPSIRLTGTVGTGSAELGGLFKSGTGVWSFAPSITLPIFTWGTNKANLDVAKLRQQAQIVAYEAAVQSAFQDVANALAAREQLDKAYDALSKQSRASKEALRLVGLRYKHGVSGALDLLDAERSSYAAEGAALSAQLTRAENLADLYKALGGGLKRDTQTDKSEQ ID NO5腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB060多核苷酸序列ATGAAAAAACTTCTAATGATAACCCTCACCGGTATGCTTGCAGCTTGTGCAACAGGTGTCAATGTCGGCCGGTTGATGGTTGAAATGCCGCAGGGAGAACGTTCTGTCGTTGTGCAGGTTCCCGCGACAAATAACCCGCTTTCCGATACGGTAGCTGTCGGAATGATTAAAACATCCGGTTCGCCTTCGGCATCAAATATGATTGAAATGCTCGGCGCGGACAATATCAACGTCGGCGTGGTGGGAAGCAGCCAAATGCTTAATAAGGCGACCGCACTTTATTCCTTAAACCATGCAAAGAAAGTCGGAAATAATGTCAGTGTTTATATGATGGGCGACAGCGAAAGTGACAAGGCCGATTTGGAAAACGCGGCAAATGCCAAAAATATCAAATTGCATTATTTCTTTAACCAAAAATAASEQ ID NO6從SEQ ID NO5多核苷酸序列推導的腦膜炎奈瑟氏球菌菌株BASB060多肽序列MKKLLMITLTGMLAACATGVNVGRLMVEMPQGERSVVVQVPATNNPLSDTVAVGMIKTSGSPSASNMIEMLGADNINVGVVGSSQMLNKATALYSLNHAKKVGNNVSVYMMGDSESDKADLENAANAKNIKLHYFFNQKSEQ ID NO7腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB061多核苷酸序列ATGAAAATCAAACAAATCGTCAAACCGGGCTTGGCAGTATTGGCGGCGGGCGTTCTGTCTGCCTGCGCAACCAAAAGCAACGTCAAAGCCGACGGAACGACCGACAATCCGGTTTTCCCGAAACCCTATTCCGTAACGCTCGACAACAATCGCGGTACATTCCCGACCTATGACGAATTGGACTTGATGCGTCCCGGTCTGACCAAAGACGACATCTACAAAATCCTGGGTCGTCCGCATTACGACGAAGGTATGTACGGCGTGCGCGAATGGGATTATCTGTTCCACTTCCACACCCCGGGCGTAGGCATCGACCCTGAAAACACTTCCGGCGTAGAAGGCATTACCACCTGTCAATACAAAATTATTTTCGATAAAGACAAATTTGCCCGCAGCTTCTACTGGAACCCCGTCTTCCCGAAAGATGCCGCCTGTCCGCCGCCCGCACCCAAAGCCGAGCCGCAAgTCATCATCCGCGAAATCGTGCCCGCCAAAcCCAAACGCATCCGCCAATAASEQ ID NO8從SEQ ID NO7多核苷酸序列推導的腦膜炎奈瑟氏球菌菌株BASB061多肽序列MKIKQIVKPGLAVLAAGVLSACATKSNVKADGTTDNPVFPKPYSVTLDNNRGTFPTYDELDLMRPGLTKDDIYKILGRPHYDEGMYGVREWDYLFHFHTPGVGIDPENTSGVEGITTCQYKIIFDKDKFARSFYWNPVFPKDAACPPPAPKAEPQVIIREIVPAKPKRIRQSEQ ID NO9腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB063多核苷酸序列ATGAGACCATATGCTACTACCATTTATCAACTTTTTATTTTGTTTATTGGGAGTGTTTTTACTATGACCTCATGTGAACCTGTGAATGAAAAGACAGATCAAAAAGCAGTAAGTGCGCAACAGGCTAAAGAACAAACCAGTTTCAACAATCCCGAGCCAATGACAGGATTTGAACATACGGTTACATTTGATTTTCAGGGCACCAAAATGGTTATCCCCTATGGCTATCTTGCACGGTATACGCAAGACAATGCCACAAAATGGCTTTCCGACACGCCCGGGCAGGATGCTTACTCCATTAATTTGATAGAGATTAGCGTCTATTACAAAAAAACCGACCAAGGCTGGGTTCTTGAGCCATACAACCAGCAAAACAAAGCACACTTTATCCAATTTCTACGCGACGGTTTGGATAGCGTGGACGATATTGTTATCCGAAAAGATGCGTGTAGTTTAAGTACGACTATGGGAGAAAGATTGCTTACTTACGGGGTTAAAAAAATGCCATCTGCCTATCCTGAATACGAGGCTTATGAAGATAAAAGACATATTCCTGAAAATCCATATTTTCATGAATTTTACTATATTAAAAAAGGAGAAAATCCGGCGATTATTACTCATCGGAATAATCGAATAAACCAAACTGAAGAAGATAGTTATAGCACTAGCGTAGGTTCCTGTATTAACGGTTTCACGGTACAGTATTACCCGTTTATTCGGGAAAAGCAGCAGCTCACACAGCAGGAGTTGGTAGGTTATCACCAACAAGTAGAGCAATTGGTACAGAGTTTTGTAAACAATTCAAATAAAAAATAASEQ ID NO10從SEQ ID NO9多核苷酸序列推導的腦膜炎奈瑟氏球菌菌株BASB063多肽序列MRPYATTIYQLFILFIGSVFTMTSCEPVNEKTDQKAVSAQQAKEQTSFNNPEPMTGFEHTVTFDFQGTKMVIPYGYLARYTQDNATKWLSDTPGQDAYSINLIEISVYYKKTDQGWVLEPYNQQNKAHFIQFLRDGLDSVDDIVIRKDACSLSTTMGERLLTYGVKKMPSAYPEYEAYEDKRHIPENPYFHEFTYIKKGENPAIITHRNNRINQTEEDSYSTSVGSCINGFTVQYYPFIREKQQLTQQELVGYHQQVEQLVQSFVNNSNKKSEQ ID NO11腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB065多核苷酸序列ATGAAGACCAAATTACCGCTTTTTATCATTTGGCTGTCCGTATCCGCCGCCTGTTCTTCCCCTGTTTCCCGCAATATTCAGGATATGCGGCCCGAACCGCAGGCAGAGGCAGGTAGTTCGGACGCTATTCCCTATCCCGTTCCCACTCTGCAAGACCGTTTGGATTATCTGGAAGGCACACTCGTCCGCCTGTCGAACGAAGTGGAAACCTTAAACGGCAAAGTCAAAGCACTGGAGCATGCGAAAACACACCCTTCCGGTAGGGCATACGTCCAAAAACTCGACGACCGCAAGTTGAAAGAGCATTACCTCAATACCGAAGGCGGCAGCGCATCCGCACATACCGTCGAAACCGCACAAAACCTCTACAATCAGGCACTCAAACACTATAAAAGCGGCAGGTTTTCTGCCGCAGCCGCCCTGTTGAAAGGCGCGGACGGAGGCGACGGCGGCAGCATCGCGCAACGCAGTATGTACCTGTTGCTGCAAAGCAGGGCGCGTATGGGCAACTGCGAATCCGTCATCGAAATCGGAGGGCGTTACGCCAACCGTTTCAAAGACAGCCCAACCGCGCCCGAAGCCATGTTCAAAATCGGCGAATGCCAATACAGGTTGCAGCAGAAAGACATTGCAAGGGCAACTTGGCGCAGCCTGATACAGGCTTACCCGAGCAGCCCGGCGGCAAAACGCGCCGCCGCAGCCGTACGCAAACGATAGSEQ ID NO12從SEQ ID NO11多核苷酸序列推導的腦膜炎奈瑟氏球菌菌株BASB065多肽序列MKTKLPLFIIWLSVSAACSSPVSRNIQDMRPEPQAEASSSDAIPYPVPTLQDRLDYLEGTLVRLSNEVETLNGKVKALEHAKTHPSGRAYVQKLDDRKLKEHYLNTEGGSASAHTVETAQNLYNQALKHYKSGRFSAAAALLKGADGGDGGSIAQRSMYLLLQSRARMGNCESVIEIGGRYANRFKDSPTAPEAMFKIGECQYRLQQKDIARATWRSLIQAYPSSPAAKRAAAAVRKRSEQ ID NO13腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB066多核苷酸序列GTGTTTAAAGTGAAATTTTATATTCGTCACGCAGTATTATTATTGTGTGGAAGTTTAATTGTAGGATGCTCTGCGATTCCTTCATCAGGCCCCAGCGCAAAAAAAATTGTCTCTTTAGGGCAACAATCTGAAGTTCAAATTCCTGAAGTGGAGCTGATTGATGTGAATCATACGGTTGCTCAGTTATTATATAAGGCTCAGATAAATCAGTCATTCACTCAGTTTGGCGATGGTTATGCTTCGGCTGGTACGCTAAATATTGGTGATGTATTGGATATTATGATTTGGGAAGCGCCGCCGGCAGTATTGTTTGGTGGTGGCCTTTCTTCGATGGGCTCGGGTAGTGCGCATCAAACTAAGTTGCCAGAGCAGTTGGTCACGGCACGTGGTACGGTTTCTGTGCCGTTTGTTGGCGATATTTCGGTGGTCGGTAAAACGCCTGGTCAGGTTCAGGAAATTATTAAAGGCCGCCTGAAAAAAATGGCCAATCAGCCACAAGTGATGGTGCGTTTGGTGCAGAATAATGCGGCGAATGTGTCGGTGATTCGTGCTGGGAATAGTGTGCGTATGCCGCTGACGGCAGCCGGTGAGCGTGTGTTGGATGCGGTGGCTGCGGTAGGTGGTTCAACGGCAAATGTGCAGGATACGAATGTGCAGCTGACACGTGGCAATGTAGTACGAACTGTTGCCTTGGAAGATTTAGTTGCAAATCCGCGACAAAATATTTTGCTGCGTCGCGGTGATGTGGTTACCATGATTACCAATCCCTATACCTTTACGTCTATGGGTGCGGTGGGGAGAACACAAGAAATCGGTTTTTCAGCCAGAGGCTTATCGCTTTCTGAAGCCATTGGCCGTATGGGCGGTTTGCAAGATCGCCGTTCTGATGCGCGTGGTGTGTTTGTGTTCCGCTATACGCCATTGGTGGAATTGCCGGCAGAACGTCAGGATAAATGGATTGCTCAAGGTTATGGCAGTGAGGCAGAGATTCCAACGGTATATCGTGTGAATATGGCTGATGCGCATTCGCTATTTTCTATGCAGCGCTTTCCTGTGAAGAATAAAGATGTATTGTATGTGTCGAATGCGCCGTTGGCTGAAGTGCAGAAATTCTTGTCGTTTGTGTTCTCGCCGGTTACCAGTGGCGCGAACAGTATTAATAATTTAACTAATTAASEQ ID NO14從SEQ ID NO13多核苷酸序列推導的腦膜炎奈瑟氏球菌菌株BASB066多肽序列MFKVKFYIRHAVLLLCGSLIVGCSAIPSSGPSAKKIVSLGQQSEVQIPEVELIDVNHTVAQLLYKAQINQSFTQFGDGYASAGTLNIGDVLDIMIWEAPPAVLFGGGLSSMGSGSAHQTKLPEQLVTARGTVSVPFVGDISVVGKTPGQVQEIIKGRLKKMANQPQVMVRLVQNNAANVSVIRAGNSVRMPLTAAGERVLDAVAAVGGSTANVQDTNVQLTRGNVVRTVALEDLVANPRQNILLRRGDVVTMITNPYTFTSMGAVGRTQEIGFSARGLSLSEAIGRMGGLQDRRSDARGVFVFRYTPLVELPAERQDKWIAQGYGSEAEIPTVYRVNMADAHSLFSMQRFPVKNKDVLYVSNAPLAEVQKFLSFVFSPVTSGANSINNLTNSEQ ID NO15腦膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB071多核苷酸序列ATGAATATGAAAAAATGGATTGCCGCCGCCCTTGCCTGTTCCGCGCTCGCGCTCTCTGCCTGCGGCGGTCAGGGCAAAGATGCCGCCGCGCCCGCCGCAAACCCCGACAAAGTGTACCGCGTGGCTTCCAACGCCGAGTTTGCCCCCTTTGAATCTTTAGACTCGAAAGGCAATGTTGAAGGTTTCGATGTGGATTTGATGAACGCGATGGCGAAGGCGGGCAATTTTAAAATCGAATTCAAACACCAGCCGTGGGACAGCCTTTTCCCCGCCTTGAACAACGGCGATGCGGACGTTGTGATGTCGGGCGTAACCATTACCGACGACCGCAAACAGTCTATGGACTTCAGCGACCCGTATTTTGAAATCACCCAAGTCGTCCTCGTTCCGAAAGGCAAAAAAATATCTTCTTCCGAAGATTTGAAAAACATGAACAAAGTCGGCGTGGTAACCGGCTACACGGGCGATTTCTCCGTATCCAAACTCTTGGGCAACGACAACCCGAAAATCGCGCGCTTTGAAAACGTTCCCCTGATTATCAAAGAACTGGAAAACGGCGGCTTGGATTCCGTGGTCAGCGACAGCGCAGTCATCGCCAATTATGTGAAAAACAATCCGACCAAAGGGATGGACTTCGTTACCCTGCCCGACTTCACCACCGAACACTACGGCATCGCGGTACGCAAAGGCGACGAAGCAACCGTCAAAATGCTGAACGATGCGTTGAAAAAAGTACGCGAAAGCGGCGAATACGACAAAATCTACGCCAAATATTTTGCAAAAGAAGACGGACAGGCCGCAAAATAASEQ ID NO16從SEQ ID NO15多核苷酸序列推導的腦膜炎奈瑟氏球菌菌株BASB071多肽序列MNMKKWIAAALACSALALSACGGQGKDAAAPAANPDKVYRVASNAEFAPFESLDSKGNVEGFDVDLMNAMAKAGNFKIEFKHQPWDSLFPALNNGDADVVMSGVTITDDRKQSMDFSDPYFEITQVVLVPKGKKISSSEDLKNMNKVGVVTGYTGDFSVSKLLGNDNPKIARFENVPLIIKELENGGLDSVVSDSAVIANYVKNNPTKGMDFVTLPDFTTEHYGIAVRKGDEATVKMLNDALKKVRESGEYDKIYAKYFAKEDGQAAK保藏材料含有腦膜炎奈瑟氏球菌的B血清型菌株已于1997年6月22日在American Type Culture Collection(也即″ATCC″)存儲，存儲號為13090。存儲物是登記為腦膜炎奈瑟氏球菌(Albrecht和Ghon)，他是經冷凍干燥過的、1.5-2.9kb長的插入文庫，他是從腦膜炎奈瑟氏球菌分離物中構建的。此存儲物在Int.Bull.Bacteriol.Nomencl.Taxon.81-15(1958).中有描述。
腦膜炎奈瑟氏球菌菌株存儲物在此處指“存儲菌株”或“存儲菌株的DNA“。
存儲菌株含有全部長度的BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066和BASB071基因。如果發生與此處所描述的序列相沖突的情況，以存儲菌株中含有的多核苷酸序列及其編碼的多肽的氨基酸序列為主。
此存儲菌株的存儲是按照Budapest Treaty中關于應用于專利程序的、國際認可的、微生物存儲的條款來進行的。當專利一發布，此菌株將不能撤回，可不加限制和附加條件的流入特定人群。存儲菌株僅僅是為本領域中的技術人員提供方便，并不是授予權利所要求，如35U.S.C.§112的要求，的進行菌株存儲。
序列表<110>SmithKline Beecham Biologicals S.A.
<120>新化合物<130>BM45348<160>16<170>FastSEQ for Windows Version 3.0<210>1<211>804<212>DNA<213>Neisseria meningitidis<214>腦膜炎奈瑟氏球菌<400>1atgaaaaaaa ttcttttaac ggtttcatta ggtttggcac tgagtgcctg tgccactcaa 60ggtacggtcg ataaagatgc tcagattacc caagattgga gtgtggagaa gctctatgcc120gaagcccagg acgaattgaa cagcagcaat tatacgcggg ctgtcaagtt atacgaaatc180ttggaatcgc gcttccccac cagccgccat gcccggcaat cccaactgga taccgcatac240gcctattata aagacgatga aaaagacaag gctctggcgg caatcgaacg cttccgccgc300ctccatccgc agcatccgaa tatggattac gcgctgtatc tgcgcggctt ggtgctgttc360aacgaagacc agtccttctt gaacaaactg gcctcgcaag actggtccga ccgcgacccg420aaagccaacc gcgaagtaac ccaggcgttt gcggaactcg tccaacgctt ccccaacagc480aaatacgccg ccgatgcgac cgcacgcatg gtcaaactgg tcgatgcact gggcggcaat540gaaatgtcgg tggcgcgcta ctacatgaaa cgcggcgcat atatcgccgc cgccaaccgc600gcccaaaaaa ttatcggcag ctaccaaaat acacgctatg tcgaagaatc gctcgccatc660ttggaacttg cctaccaaaa actcggcaaa ccacagcttg ccgccgatac gcgccgcgtg720ttggaaacca acttcccgaa aagcccgttt ttgacgcacg cttggcagcc cgacgatatg780ccttggtggc gttactggca ttaa 804<210>2<211>267<212>PRT<213>Neisseria meningitidis<214>腦膜炎奈瑟氏球菌<400>2Met Lys Lys Ile Leu Leu Thr Val Ser Leu Gly Leu Ala Leu Ser Ala1 5 10 15Cys Ala Thr Gln Gly Thr Val Asp Lys Asp Ala Gln Ile Thr Gln Asp20 25 30Trp Ser Val Glu Lys Leu Tyr Ala Glu Ala Gln Asp Glu Leu Asn Ser
35 40 45Ser Asn Tyr Thr Arg Ala Val Lys Leu Tyr Glu Ile Leu Glu Ser Arg50 55 60Phe Pro Thr Ser Arg His Ala Arg Gln Ser Gln Leu Asp Thr Ala Tyr65 70 75 80Ala Tyr Tyr Lys Asp Asp Glu Lys Asp Lys Ala Leu Ala Ala Ile Glu85 90 95Arg Phe Arg Arg Leu His Pro Gln His Pro Asn Met Asp Tyr Ala Leu100 105 110Tyr Leu Arg Gly Leu Val Leu Phe Asn Glu Asp Gln Ser Phe Leu Asn115 120 125Lys Leu Ala Ser Gln Asp Trp Ser Asp Arg Asp Pro Lys Ala Asn Arg130 135 140Glu Val Thr Gln Ala Phe Ala Glu Leu Val Gln Arg Phe Pro Asn Ser145 150 155 160Lys Tyr Ala Ala Asp Ala Thr Ala Arg Met Val Lys Leu Val Asp Ala165 170 175Leu Gly Gly Asn Glu Met Ser Val Ala Arg Tyr Tyr Met Lys Arg Gly180 185 190Ala Tyr Ile Ala Ala Ala Asn Arg Ala Gln Lys Ile Ile Gly Ser Tyr195 200 205Gln Asn Thr Arg Tyr Val Glu Glu Ser Leu Ala Ile Leu Glu Leu Ala210 215 220Tyr Gln Lys Leu Gly Lys Pro Gln Leu Ala Ala Asp Thr Arg Arg Val225 230 235 240Leu Glu Thr Asn Phe Pro Lys Ser Pro Phe Leu Thr His Ala Trp Gln245 250 255Pro Asp Asp Met Pro Trp Trp Arg Tyr Trp His260 265<210>3<211>1404<212>DNA<213>Neisseria meningitidis<214>腦膜炎奈瑟氏球菌<400>3atggatacta cattgaaaac caccttgact tctgttgcag cagccttcgc attatccgcc 60tgcaccatga ttccccaata cgagcagccc aaagtcgaag ttgccgaaac gtttaaaaac120gataccgccg acagcggcat ccgtgcggtc gatttaggtt ggcatgacta ttttgccgac180ccgcgcctgc aaaagctgat cgacatcgca ctcgagcgca ataccagttt gcgtaccgcc240gtattgaaca gcgaaatcta ccgcaaacaa tacatgattg agcgcaacaa cctcctgccc300acgcttgccg ccaatgcgaa cggctcgcgc caaggcagct tgagcggcgg caatgtcagc360agcagctaca atgtcggact gggtgcggca tcttacgaac tcgacctgtt cggacgcgtc420cgcagcagca gcgaagcagc actgcaaggc tattttgcaa gtgtcgccaa ccgcgatgcg480gcacatttga gcctgattgc caccgttgcc aaagcctatt tcaacgaacg ttatgccgaa540gaagcgatgt ctttggcgca gcgtgttttg aaaacgcgcg aggaaaccta caagctgtcc600gaattacgtt acaaggcagg cgtgatttcc gccgtcgccc tacgtcagca ggaagccctg660atcgaatctg ccaaagccga ttatgcccat gccgcgcgca gccgcgaaca ggcgcgcaat 720gccttggcaa ccttgattaa ccaaccgata cccgaagacc tgcctgccgg tttgccgctg 780gacaagcagt tttttgttga aaaactgccg gccggtttga gttccgaagt attgctcgac 840cgtcccgata tccgtgctgc cgaacacgcg ctcaaacagg caaacgccaa tatcggtgcg 900gcacgcgccg cctttttccc atccatccgc ctgaccggaa ccgtcggtac gggttctgcc 960gaattgggtg ggttgttcaa aagcggcacg ggcgtttggt cgttcgcgcc gtctattacc1020ctgccgattt ttacctgggg tacgaacaaa gccaaccttg atgtagccaa gctgcgccaa1080caggcacaaa tcgttgccta tgaagccgcc gtccaatccg catttcaaga cgtggcaaac1140gcattggcgg cgcgcgagca gctggataaa gcctatgacg ctttaagcaa acaaagccgc1200gcctctaaag aggcgttgcg cttggtcggc ctgcgttaca agcacggcgt atccggcgcg1260ctcgacttgc tcgatgcgga acgcagcagc tatgcggcgg agggtgcggc tttgtcggca1320caactgaccc gcgccgaaaa ccttgccgat ttgtacaagg cactcggcgg cggattgaaa1380cgggataccc aaaccgacaa ataa 1404<210>4<211>467<212>PRT<213>Neisseria meningitidis<214>腦膜炎奈瑟氏球菌<400>4Met Asp Thr Thr Leu Lys Thr Thr Leu Thr Ser Val Ala Ala Ala Phe1 5 10 15Ala Leu Ser Ala Cys Thr Met Ile Pro Gln Tyr Glu Gln Pro Lys Val20 25 30Glu Val Ala Glu Thr Phe Lys Asn Asp Thr Ala Asp Ser Gly Ile Arg35 40 45Ala Val Asp Leu Gly Trp His Asp Tyr Phe Ala Asp Pro Arg Leu Gln50 55 60Lys Leu Ile Asp Ile Ala Leu Glu Arg Asn Thr Ser Leu Arg Thr Ala65 70 75 80Val Leu Asn Ser Glu Ile Tyr Arg Lys Gln Tyr Met Ile Glu Arg Asn85 90 95Asn Leu Leu Pro Thr Leu Ala Ala Asn Ala Asn Gly Ser Arg Gln Gly100 105 110Ser Leu Ser Gly Gly Asn Val Ser Ser Ser Tyr Asn Val Gly Leu Gly115 120 125Ala Ala Ser Tyr Glu Leu Asp Leu Phe Gly Arg Val Arg Ser Ser Ser130 135 140Glu Ala Ala Leu Gln Gly Tyr Phe Ala Ser Val Ala Asn Arg Asp Ala145 150 155 160Ala His Leu Ser Leu Ile Ala Thr Val Ala Lys Ala Tyr Phe Asn Glu165 170 175Arg Tyr Ala Glu Glu Ala Met Ser Leu Ala Gln Arg Val Leu Lys Thr180 185 190Arg Glu Glu Thr Tyr Lys Leu Ser Glu Leu Arg Tyr Lys Ala Gly Val195 200 205Ile Ser Ala Val Ala Leu Arg Gln Gln Glu Ala Leu Ile Glu Ser Ala
210 215 220Lys Ala Asp Tyr Ala His Ala Ala Arg Ser Arg Glu Gln Ala Arg Asn225 230 235 240Ala Leu Ala Thr Leu Ile Asn Gln Pro Ile Pro Glu Asp Leu Pro Ala245 250 255Gly Leu Pro Leu Asp Lys Gln Phe Phe Val Glu Lys Leu Pro Ala Gly260 265 270Leu Ser Ser Glu Val Leu Leu Asp Arg Pro Asp Ile Arg Ala Ala Glu275 280 285His Ala Leu Lys Gln Ala Asn Ala Asn Ile Gly Ala Ala Arg Ala Ala290 295 300phe Phe Pro Ser Ile Arg Leu Thr Gly Thr Val Gly Thr Gly Ser Ala305 310 315 320Glu Leu Gly Gly Leu Phe Lys Ser Gly Thr Gly Val Trp Ser Phe Ala325 330 335Pro Ser Ile Thr Leu Pro Ile phe Thr Trp Gly Thr Asn Lys Ala Asn340 345 350Leu Asp Val Ala Lys Leu Arg Gln Gln Ala Gln Ile Val Ala Tyr Glu355 360 365Ala Ala Val Gln Ser Ala Phe Gln Asp Val Ala Asn Ala Leu Ala Ala370 375 380Arg Glu Gln Leu Asp Lys Ala Tyr Asp Ala Leu Ser Lys Gln Ser Arg385 390 395 400Ala Ser Lys Glu Ala Leu Arg Leu Val Gly Leu Arg Tyr Lys His Gly405 410 415Val Ser Gly Ala Leu Asp Leu Leu Asp Ala Glu Arg Ser Ser Tyr Ala420 425 430Ala Glu Gly Ala Ala Leu Ser Ala Gln Leu Thr Arg Ala Glu Asn Leu435 440 445Ala Asp Leu Tyr Lys Ala Leu Gly Gly Gly Leu Lys Arg Asp Thr Gln450 455 460Thr Asp Lys465<210>5<211>420<212>DNA<213>Neisseria meningitidis<214>腦膜炎奈瑟氏球菌<400>5atgaaaaaac ttctaatgat aaccctcacc ggtatgcttg cagcttgtgc aacaggtgtc 60aatgtcggcc ggttgatggt tgaaatgccg cagggagaac gttctgtcgt tgtgcaggtt120cccgcgacaa ataacccgct ttccgatacg gtagctgtcg gaatgattaa aacatccggt180tcgccttcgg catcaaatat gattgaaatg ctcggcgcgg acaatatcaa cgtcggcgtg240gtgggaagca gccaaatgct taataaggcg accgcacttt attccttaaa ccatgcaaag300aaagtcggaa ataatgtcag tgtttatatg atgggcgaca gcgaaagtga caaggccgat360ttggaaaacg cggcaaatgc caaaaatatc aaattgcatt atttctttaa ccaaaaataa420
<210>6<211>139<212>PRT<213>Neisseria meningitidis<214>腦膜炎奈瑟氏球菌<400>6Met Lys Lys Leu Leu Met Ile Thr Leu Thr Gly Met Leu Ala Ala Cys1 5 10 15Ala Thr Gly Val Asn Val Gly Arg Leu Met Val Glu Met Pro Gln Gly20 25 30Glu Arg Ser Val Val Val Gln Val Pro Ala Thr Asn Asn Pro Leu Ser35 40 45Asp Thr Val Ala Val Gly Met Ile Lys Thr Ser Gly Ser Pro Ser Ala50 55 60Ser Asn Met Ile Glu Met Leu Gly Ala Asp Asn Ile Asn Val Gly Val65 70 75 80Val Gly Ser Ser Gln Met Leu Asn Lys Ala Thr Ala Leu Tyr Ser Leu85 90 95Asn His Ala Lys Lys Val Gly Asn Asn Val Ser Val Tyr Met Met Gly100 105 110Asp Ser Glu Ser Asp Lys Ala Asp Leu Glu Asn Ala Ala Asn Ala Lys115 120 125Asn Ile Lys Leu His Tyr Phe Phe Asn Gln Lys130 135<210>7<211>516<212>DNA<213>Neisseria meningitidis<214>腦膜炎奈瑟氏球菌<400>7atgaaaatca aacaaatcgt caaaccgggc ttggcagtat tggcggcggg cgttctgtct 60gcctgcgcaa ccaaaagcaa cgtcaaagcc gacggaacga ccgacaatcc ggttttcccg120aaaccctatt ccgtaacgct cgacaacaat cgcggtacat tcccgaccta tgacgaattg180gacttgatgc gtcccggtct gaccaaagac gacatctaca aaatcctggg tcgtccgcat240tacgacgaag gtatgtacgg cgtgcgcgaa tgggattatc tgttccactt ccacaccccg300ggcgtaggca tcgaccctga aaacacttcc ggcgtagaag gcattaccac ctgtcaatac360aaaattattt tcgataaaga caaatttgcc cgcagcttct actggaaccc cgtcttcccg420aaagatgccg cctgtccgcc gcccgcaccc aaagccgagc cgcaagtcat catccgcgaa480atcgtgcccg ccaaacccaa acgcatccgc caataa 516<210>8<21l>17L<212>PRT<213>Neisseria meningitidis<214>腦膜炎奈瑟氏球菌
<400>8Met Lys Ile Lys Gln Ile Val Lys Pro Gly Leu Ala Val Leu Ala Ala1 5 10 15Gly Val Leu Ser Ala Cys Ala Thr Lys Ser Asn Val Lys Ala Asp Gly20 25 30Thr Thr Asp Asn Pro Val Phe Pro Lys Pro Tyr Ser Val Thr Leu Asp35 40 45Asn Asn Arg Gly Thr Phe Pro Thr Tyr Asp Glu Leu Asp Leu Met Arg50 55 60Pro Gly Leu Thr Lys Asp Asp Ile Tyr Lys Ile Leu Gly Arg Pro His65 70 75 80Tyr Asp Glu Gly Met Tyr Gly Val Arg Glu Trp Asp Tyr Leu Phe His85 90 95Phe His Thr Pro Gly Val Gly Ile Asp Pro Glu Asn Thr Ser Gly Val100 105 110Glu Gly Ile Thr Thr Cys Gln Tyr Lys Ile Ile Phe Asp Lys Asp Lys115 120 125Phe Ala Arg Ser Phe Tyr Trp Asn Pro Val Phe Pro Lys Asp Ala Ala130 135 140Cys Pro Pro Pro Ala Pro Lys Ala Glu Pro Gln Val Ile Ile Arg Glu145 150 155 160Ile Val Pro Ala Lys Pro Lys Arg Ile Arg Gln165 170<210>9<211>816<212>DNA<213>Neisseria meningitidis<214>腦膜炎奈瑟氏球菌<400>9atgagaccat atgctactac catttatcaa ctttttattt tgtttattgg gagtgttttt 60actatgacct catgtgaacc tgtgaatgaa aagacagatc aaaaagcagt aagtgcgcaa120caggctaaag aacaaaccag tttcaacaat cccgagccaa tgacaggatt tgaacatacg180gttacatttg attttcaggg caccaaaatg gttatcccct atggctatct tgcacggtat240acgcaagaca atgccacaaa atggctttcc gacacgcccg ggcaggatgc ttactccatt300aatttgatag agattagcgt ctattacaaa aaaaccgacc aaggctgggt tcttgagcca360tacaaccagc aaaacaaagc acactttatc caatttctac gcgacggttt ggatagcgtg420gacgatattg ttatccgaaa agatgcgtgt agtttaagta cgactatggg agaaagattg480cttacttacg gggttaaaaa aatgccatct gcctatcctg aatacgaggc ttatgaagat540aaaagacata ttcctgaaaa cccatatttt catgaatttt actatattaa aaaaggagaa600aatccggcga ttattactca tcggaataat cgaataaacc aaactgaaga agatagttat660agcactagcg taggttcctg tattaacggt ttcacggtac agtattaccc gtttattcgg720gaaaagcagc agctcacaca gcaggagttg gtaggttatc accaacaagt agagcaattg780gtacagagtt ttgtaaacaa ttcaaataaa aaataa 816<210>10<211>271
<212>PRT<213>Neisseria meningitidis<214>腦膜炎奈瑟氏球菌<400>10Met Arg Pro Tyr Ala Thr Thr Ile Tyr Gln Leu Phe Ile Leu Phe Ile1 5 10 15Gly Ser Val Phe Thr Met Thr Ser Cys Glu Pro Val Asn Glu Lys Thr20 25 30Asp Gln Lys Ala Val Ser Ala Gln Gln Ala Lys Glu Gln Thr Ser Phe35 40 45Asn Asn Pro Glu Pro Met Thr Gly Phe Glu His Thr Val Thr Phe Asp50 55 60Phe Gln Gly Thr Lys Met Val Ile Pro Tyr Gly Tyr Leu Ala Arg Tyr65 70 75 80Thr Gln Asp Asn Ala Thr Lys Trp Leu Ser Asp Thr Pro Gly Gln Asp85 90 95Ala Tyr Ser Ile Asn Leu Ile Glu Ile Ser Val Tyr Tyr Lys Lys Thr100 105 110Asp Gln Gly Trp Val Leu Glu Pro Tyr Asn Gln Gln Asn Lys Ala His115 120 125Phe Ile Gln Phe Leu Arg Asp Gly Leu Asp Ser Val Asp Asp Ile Val130 135 140Ile Arg Lys Asp Ala Cys Ser Leu Ser Thr Thr Met Gly Glu Arg Leu145 150 155 160Leu Thr Tyr Gly Val Lys Lys Met Pro Ser Ala Tyr Pro Glu Tyr Glu165 170 175Ala Tyr Glu Asp Lys Arg His Ile Pro Glu Asn Pro Tyr Phe His Glu180 185 190Phe Tyr Tyr Ile Lys Lys Gly Glu Asn Pro Ala Ile Ile Thr His Arg195 200 205Asn Asn Arg Ile Asn Gln Thr Glu Glu Asp Ser Tyr Ser Thr Ser Val210 215 220Gly Ser Cys Ile Asn Gly Phe Thr Val Gln Tyr Tyr Pro Phe Ile Arg225 230 235 240Glu Lys Gln Gln Leu Thr Gln Gln Glu Leu Val Gly Tyr His Gln Gln245 250 255Val Glu Gln Leu Val Gln Ser Phe Val Asn Asn Ser Asn Lys Lys260 265 270<210>11<211>717<212>DNA<213>Neisseria meningitidis<214>腦膜炎奈瑟氏球菌<400>11atgaagacca aattaccgct ttttatcatt tggctgtccg tatccgccgc ctgttcttcc 60cctgtttccc gcaatattca ggatatgcgg cccgaaccgc aggcagaggc aggtagttcg120gacgctattc cctatcccgt tcccactctg caagaccgtt tggattatct ggaaggcaca180ctcgtccgcc tgtcgaacga agtggaaacc ttaaacggca aagtcaaagc actggagcat240gcgaaaacac acccttccgg tagggcatac gtccaaaaac tcgacgaccg caagttgaaa300gagcattacc tcaataccga aggcggcagc gcatccgcac ataccgtcga aaccgcacaa360aacctctaca atcaggcact caaacactat aaaagcggca ggttttctgc cgcagccgcc420ctgttgaaag gcgcggacgg aggcgacggc ggcagcatcg cgcaacgcag tatgtacctg480ttgctgcaaa gcagggcgcg tatgggcaac tgcgaatccg tcatcgaaat cggagggcgt540tacgccaacc gtttcaaaga cagcccaacc gcgcccgaag ccatgttcaa aatcggcgaa600tgccaataca ggttgcagca gaaagacatt gcaagggcaa cttggcgcag cctgatacag660gcttacccga gcagcccggc ggcaaaacgc gccgccgcag ccgtacgcaa acgatag 717<210>12<211>238<212>PRT<213>Neisseria meningitidis<214>腦膜炎奈瑟氏球菌<400>12Met Lys Thr Lys Leu Pro Leu Phe Ile Ile Trp Leu Ser Val Ser Ala1 5 10 15Ala Cys Ser Ser Pro Val Ser Arg Asn Ile Gln Asp Met Arg Pro Glu20 25 30Pro Gln Ala Glu Ala Gly Ser Ser Asp Ala Ile Pro Tyr Pro Val Pro35 40 45Thr Leu Gln Asp Arg Leu Asp Tyr Leu Glu Gly Thr Leu Val Arg Leu50 55 60Ser Asn Glu Val Glu Thr Leu Asn Gly Lys Val Lys Ala Leu Glu His65 70 75 80Ala Lys Thr His Pro Ser Gly Arg Ala Tyr Val Gln Lys Leu Asp Asp85 90 95Arg Lys Leu Lys Glu His Tyr Leu Asn Thr Glu Gly Gly Ser Ala Ser100 105 110Ala His Thr Val Glu Thr Ala Gln Asn Leu Tyr Asn Gln Ala Leu Lys115 120 125His Tyr Lys Ser Gly Arg Phe Ser Ala Ala Ala Ala Leu Leu Lys Gly130 135 140Ala Asp Gly Gly Asp Gly Gly Ser Ile Ala Gln Arg Ser Met Tyr Leu145 150 155 160Leu Leu Gln Ser Arg Ala Arg Met Gly Asn Cys Glu Ser Val Ile Glu165 170 175Ile Gly Gly Arg Tyr Ala Asn Arg Phe Lys Asp Ser Pro Thr Ala Pro180 185 190Glu Ala Met Phe Lys Ile Gly Glu Cys Gln Tyr Arg Leu Gln Gln Lys195 200 205Asp Ile Ala Arg Ala Thr Trp Arg Ser Leu Ile Gln Ala Tyr Pro Ser210 215 220Ser Pro Ala Ala Lys Arg Ala Ala Ala Ala Val Arg Lys Arg225 230 235
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1.含有一種氨基酸序列的分離多肽，此氨基酸序列與選自由SEQID NO2、SEQ ID NO4、SEQ ID NO6、SEQ ID NO8、SEQ ID NO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO14、SEQ ID NO16組成的序列組中的氨基酸序列至少有85％的同一性。
2.權利要求1中的分離多肽，其氨基酸序列與選自由SEQ IDNO2、SEQ ID NO4、SEQ ID NO6、SEQ ID NO8、SEQ ID NO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO14、SEQ ID NO16組成的序列組中的氨基酸序列至少有95％的同一性。
3.權利要求1中的多肽，它含有選自由SEQ ID NO2、SEQ IDNO4、SEQ ID NO6、SEQ ID NO8、SEQ ID NO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO14、SEQ ID NO16組成的序列組中的氨基酸序列。
4.SEQ ID NO2、SEQ ID NO4、SEQ ID NO6、SEQ ID NO8、SEQ ID NO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO14、SEQ ID NO16的分離多肽。
5.權利要求1-4中多肽的免疫原性片段，該免疫原性片段的免疫原活性基本上與SEQ ID NO2、SEQ ID NO4、SEQ ID NO6、SEQ ID NO8、SEQ ID NO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO14、SEQ ID NO16的多肽相同。
6.含有編碼一種多肽的核苷酸序列的分離多核苷酸，此核苷酸序列編碼的多肽就全部長度的SEQ ID NO2、4、6、8、10、12、14或16而言，與SEQ ID NO2，SEQ ID NO4，SEQ ID NO6，SEQ IDNO8，SEQ ID NO10，SEQ ID NO12，SEQ ID NO14，SEQ ID NO16，的氨基酸序列至少有85％的同一性，或與該分離多核苷酸序列互補的核苷酸序列。
7.含有一種核苷酸序列的分離多核苷酸，此核苷酸序列與編碼SEQ ID NO2、4、6、8、10、12、14或16的多肽在全部長度的編碼區有至少85％的同一性；或與該分離多核苷酸互補的多核苷酸。
8.含有一種核苷酸序列的分離多核苷酸，此核苷酸序列就全長的SEQ ID NO1，3，5，7，9，11，13與SEQ ID NO1、3、5、7、9、11、13或15至少有85％的同一性；或與該多核苷酸序列互補的多核苷酸序列。
9.權利要求6-8中與SEQ ID NO1、3、5、7、9、11、13或15至少有95％同一性的分離多核苷酸。
10.含有編碼SEQ ID NO2、SEQ ID NO4、SEQID NO6、SEQ ID NO8、SEQ ID NO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO14或SEQ ID NO16的多肽的核苷酸序列的分離多核苷酸。
11.含有SEQ ID NO1、SEQ ID NO3、SEQ ID NO5、SEQ IDNO7、SEQ ID NO9、SEQ ID NO11、SEQ ID NO13或SEQ ID NO15的多核苷酸的分離多核苷酸。
12.含有編碼SEQ ID NO2、SEQ ID NO4、SEQ ID NO6、SEQ ID NO8、SEQ ID NO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO14或SEQ ID NO16的多肽的核苷酸序列的分離多核苷酸，他可以通過利用含有SEQ ID NO1、SEQ ID NO3、SEQ ID NO5、SEQ ID NO7、SEQ ID NO9、SEQ ID NO11、SEQ ID NO13或SEQ ID NO15序列或其片段的探針，在嚴格的雜交條件下，通過篩選合適的文庫在獲得。
13.含有相應于權利要求6-12的分離多核苷酸的表達載體或重組活體微生物體。
14.含有權利要求13的表達載體的宿主細胞或亞細胞片段或該宿主細胞的一種膜，可表達一種分離的多肽，此多肽含有的氨基酸序列與由SEQ ID NO2、SEQ ID NO4、SEQID NO6、SEQ ID NO8、SEQ ID NO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO14、EQ ID NO16組成的組中挑選的氨基酸序列至少有85％的同一性。
15.制備含有一種氨基酸序列的多肽的方法，此氨基酸序列與由SEQ ID NO2、SEQ ID NO4、SEQ ID NO6、SEQ ID NO8、SEQID NO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO14或SEQ ID NO16組成的組中挑選的氨基酸序列至少有85％的同一性，此方法也包括在可充分制備該多肽的條件下培養權利要求14的宿主細胞，以及從培養基中回收該多肽。
16.表達權利要求6-12中的多核苷酸的方法，包括利用含有至少一種該多核苷酸的載體轉化宿主細胞，以及在可充分表達該多核苷酸的條件下培養該宿主細胞。
17.含有權利要求1-5中的、有效劑量的多肽及藥物上可接受的載體的疫苗組合物。
18.含有權利要求6-12中的、有效劑量的多肽及藥物上可接受的載體的疫苗組合物。
19.權利要求17或18的疫苗組合物，其中該組合物含有至少一種另外的腦膜炎奈瑟氏球菌抗原。
20.對權利要求1-5中的多肽或免疫學片段具有免疫特異性的抗體。
21.診斷腦膜炎奈瑟氏球菌感染的方法，包括在從懷疑感染這種感染的動物中取得的生物學標本中鑒別權利要求1-5中的多肽，或該多肽特異性免疫的抗體的存在。
22.含有免疫學上有效劑量的權利要求1-5中多肽的組合物，在制備用于在動物體內產生免疫應答的藥物制劑中的應用。
23.含有免疫學上有效劑量的權利要求6-12中核苷酸的組合物在制備用于可在動物體內產生免疫應答的藥物制劑中的應用。
24.可有效治療人腦膜炎奈瑟氏球菌疾病的治療性組合物，該組合物至少含有直接抗權利要求1-5中的多肽的抗體以及合適的載體。
全文摘要
本發明提供了BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB065、BASB066和BASB071多肽及編碼BASB051、BASB057、BASB060、BASB061、BASB063、BASB06、BASB066和BASB071多肽的多核苷酸，以及通過重組技術來生產這些多肽的方法。本文也提供了這些多肽在疾病診斷、預防和治療上的應用。
文檔編號C07K16/12GK1420930SQ00805164
公開日2003年5月28日 申請日期2000年1月10日 優先權日1999年1月15日
發明者J·L·呂勒, J·通納德 申請人:史密絲克萊恩比徹姆生物有限公司