專利名稱：：區分結腸直腸腺瘤和腺癌的方法和工具的制作方法
技術領域：
：本發明涉及用于腫瘤診斷，更具體是用于診斷結腸直腸腺瘤和腺癌的方法。本發明進一步提供了用于進行這些方法的標記基因、探針和陣列。
背景技術：
：胃腸道的結腸直腸部分的癌癥是一種常見病癥。在第一階段，發生良性腫瘤(腺瘤)，其可以轉變為惡性癌癥(腺癌)。不是所有的腺瘤都進展為腺癌。實際上，這種向腺癌的進展僅僅發生在小的腫瘤亞群中。基因組不穩定性的起始是關鍵步驟，并且在結腸直腸癌中以兩種方式發生(Lengaueretal.(1998)Nature,396，643-649)。已經最廣泛研究了導致微衛星不穩定性(縮寫為MIS或MIN)的DNA錯配修復缺陷(diPietroetal.(2005)Gastroenterology,129，1047-1059)，但僅僅解釋了約15%的腺瘤進展為腺癌。在結腸直腸腺瘤進展為腺癌的其他85%的情況下，基因組不穩定在染色體水平(CIN)發生，產生非整倍性。盡管在長時間中，這些染色體異常被認為是繼發于癌癥發展的隨機噪音，已經充分確立了這些DNA拷貝數改變以特定模式發生，并且與不同的臨床行為相關(Hermsenetal.(2002).Gastroenterology123,1109-1119)。在結腸直腸癌中經常報道的染色體異常是7pq，8q，13q，20q獲得和4pq，5q，8p，15q，17p，18q缺失。已經顯示了8q，13q和20q獲得以及8p，15q，17p和18q缺失與結腸直腸腺瘤進展為腺癌相關(Hermsenetal.(2002)citedabove)。染色體臂20q的獲得是在結腸直腸癌中觀察到的最常見的獲得，在65%以上的情況下改變(Meijeretal.(1998)J.Clin.Pathol.51,901-909)。20q上的獲得，特別是20ql2-ql3區上的獲得，也通常在其他類型的實體瘤中描述，并且與胃和結腸直腸癌的不良結局相關。臨床上最重要的是盡量早期鑒定上述腺瘤向腺癌的進展，使得能夠早期治療癌，同時避免對腺瘤的不必要的手術干預。理想地，腺癌可以在惡性的細胞存在通過經典顯微鏡分析還不能檢測的階段時就被鑒定出來。不同的研究參照了單個或有限組的基因，與腺癌相比，它們在腺瘤中顯示不同的表達水平，大多數情況下與作為基礎的染色體不穩定性不相關(Habermannetal.(2007)GenesChromosomesCancer.46，10-26，US20040258761)。發明概述本發明基于以下觀察結果，S卩，當與結腸直腸腺瘤細胞的基因表達模式相比時，在結腸直腸腺癌細胞中的基因表達模式中存在顯著差異，并且這些差異與腺癌中的染色體異常的存在相關。因此，可以根據染色體異常對腺癌分類，并且已經鑒定了這些染色體異常的標記基因。在本分析中調查的大量樣品得到了用于所有存在的染色體異常的一個標記基因隹A朱no因此，本發明涉及用于癌癥診斷的方法和工具，更特別是用于區分結腸和/或直腸中的腺瘤和癌的方法和工具。更具體地，本發明涉及檢測腺瘤向腺癌的進展。本發明的方法的優點是它們允許在非常早的階段，即在能夠通過回波描記術、放射照相術或MRI(核磁共振成像)檢測到腺癌細胞的存在之前，就能夠檢測到腺癌細胞的存在。本發明基于以下發現，S卩，結腸直腸腺瘤進展為腺癌，通常是由腺瘤細胞中的染色體獲得或缺失的出現而導致的。因此，本發明提供了通過間接分析方法檢測染色體獲得或缺失而檢測腺癌的方法和工具。根據本發明，與從結腸直腸腺瘤進展為腺癌相關的染色體獲得或缺失是通過檢測染色體獲得或缺失的標記基因的改變的表達水平而間接檢測的。可以將表達與染色體獲得或缺失相關的標記基因分為兩類。第一類基因是位于獲得或缺失的染色體區域中的那些基因。盡管位于缺失的染色體區域中的基因將不被表達，但細胞中的調節機制可以上調其他完整染色體上的相應基因的表達。與可以預期的相反，并不是位于染色體獲得區域上的所有基因都超量表達。因此，僅僅了解染色體獲得或缺失區域內的基因的位置還不足以預測基因的表達是否受影響，并且如果受影響，還不足以預測是如何受影響的。第二類基因是這樣的基因，即自身不位于染色體獲得或缺失的區域中，但其表達受到位于染色體異常上的一個或多個基因的影響。本發明提供了標記基因的組合，其允許可靠檢測樣品中腺癌細胞的存在。—方面，本發明公開了標記基因，其以前沒有被鑒定為結腸直腸腺瘤細胞進展為癌細胞的標記基因(表17)。因此，本發明提供了用于檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括以下步驟(a)在該患者的受試樣品中檢測一種或多種標記基因的表達水平，所述標記基因選自表17中所列的組，和(b)比較用于步驟(a)中的這一種或多種標記基因的表達水平與對照的表達水平。與對照樣品相比，受試樣品中標記基因表達水平的升高或降低，表明患者中結腸直腸腺癌細胞的存在。根據一個特定的實施方案，本發明的方法包括檢測選自表17中所列的組的一種或多種標記基因的表達水平，其中標記基因是以下這樣的基因與腺瘤細胞相比，其表達在腺癌細胞中上調。另一方面，本發明提供了廣泛的標記基因列表，使得可以用有代表性的數目的標記基因可靠地確定結腸直腸腺瘤細胞進展為腺癌細胞(表1)。因此，本發明提供了用于檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括以下步驟(a)在所述患者的受試樣品中檢測至少12種標記基因的表達水平，所述標記基因選自表l所列的組，和(b)比較用于步驟a)中的標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平。與對照樣品相比，受試樣品中這些標記基因表達水平的升高或降低，表明患者中結腸直腸腺癌細胞的存在。另一方面，本發明公開了標記基因，其表達水平與結腸直腸腺瘤細胞中特定類型的染色體異常的存在相關(表2-9)。因此，本發明提供了基于標記基因的檢測而檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，所述標記基因的表達與染色體異常的存在相關。更具體地，本發明這方面的方法包括以下步驟(a)在該患者的受試樣品中檢測一種或多種標記基因的表達水平，所述標記基因的表達在存在染色體異常時改變，和(b)比較用于步驟(a)中的一種或多種標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平。與對照樣品相比，受試樣品中所述一種或多種標記基因表達水平的升高或降低，表明患者中腺癌細胞的存在。在本發明這方面的特定實施方案中，所述一種或多種標記基因包括-選自表2中描述的標記基因的兩種或更多種標記基因，其表達水平由于染色體-種或多種標記基因，其表達水平由于染色體Sq8p上的染色體缺失而改變，和/或，_選自表3中描述的標記基因的上的染色體獲得而改變，和/或，_選自表4中描述的標記基因的3種或更多種標記基因，其表達水平由于染色體13q上的染色體獲得而改變，和/或，_選自表5中描述的標記基因的一種或多種標記基因，其表達水平由于染色體15q上的染色體缺失而改變，和/或，_選自表6中描述的標記基因的一種或多種標記基因，其表達水平由于染色體17p上的染色體缺失而改變，和/或，_選自表7中描述的標記基因的3種或更多種標記基因，其表達水平由于染色體18q上的染色體缺失而改變，和/或，_選自表8中描述的標記基因的9種或更多種標記基因，其表達水平由于染色體20q上的染色體獲得而改變，和/或，_選自表9中描述的標記基因的兩種或更多種標記基因，其表達水平由于染色體20q上的染色體獲得而改變。另一方面，本發明公開了代表與結腸直腸腺癌相關的不同染色體異常的標記基因集合。已知這些異常發生在所有存在的結腸直腸腺癌的至少85%中，由此代表了用于檢測腺癌的可靠的篩選測定。因此，本發明提供了檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括以下步驟(a)在該患者的受試樣品中檢測多種標記基因的表達水平，所述標記基因代表與結腸直腸腺癌相關的染色體異常的存在，和(b)比較用于步驟a)中的多種標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平。與對照樣品相比，受試樣品中所述多種標記基因的表達水平的升高或降低，表明患者中腺癌細胞的存在。更具體地，所述多種標記基因包括-選自表2中描述的標記基因的至少一種標記基因，其表達水平受到染色體8p上的染色體缺失的影響，禾口-選自表3中描述的標記基因的至少的染色體獲得而改變，禾口_選自表4中描述的標記基因的至少-的染色體獲得而改變，禾口_選自表5中描述的標記基因的至少-的染色體缺失而改變，禾口_選自表6中描述的標記基因的至少-的染色體缺失而改變，禾口_選自表7中描述的標記基因的至少-的染色體缺失而改變，禾口_選自表8或表9中描述的標記基因的至少一種標記基因，其表達水平由于染色體20q上的染色體獲得而改變。另一方面，本發明公開了標記基因，其表達水平在結腸直腸腺瘤中存在特定類型的染色體異常時改變，并且其位于該染色體異常內(表10-16)。4中標記基因，其表達水平由于染色體8q上-種標記基因，其表達水平由于染色體13q上-種標記基因，其表達水平由于染色體15q上-種標記基因，其表達水平由于染色體17p上-種標記基因，其表達水平由于染色體18q上因此，本發明提供了檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括以下步驟(a)在該患者的受試樣品中檢測多種標記基因的表達水平，所述標記基因代表與結腸直腸腺癌相關的染色體異常的存在，和(b)比較用于步驟a)中的多種標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平。與對照樣品相比，受試樣品中所述多種標記基因表達水平的升高或降低，表明患者中腺癌細胞的存在。更具體地，所述多種標記基因包括-選自表10中描述的標記基因的至少-標記基因，禾口-選自表11中描述的標記基因的至少-,禾口-選自表12中描述的標記基因的至少-t示記基因，-t示記基因，-t示記基因，-t示記基因，-t示記基因，-和選自表13中描述的標記基因的至少和選自表14中描述的標記基因的至少和選自表15中描述的標記基因的至少和選自表16中描述的標記基因的至少-種位于染色體8p上的染色體缺失區中的-種位于染色體8q上的染色體獲得區中的4中位于染色體13q上的染色體獲得區中的4中位于染色體15q上的染色體缺失區中的4中位于染色體17p上的染色體缺失區中的4中位于染色體18q上的染色體缺失區中的^種位于染色體20q上的染色體獲得區中的t示記基因。在本發明的上述方法的特定實施方案中，選擇使用的標記基因，使得-表達水平由于染色體8p上的染色體缺失而改變或位于染色體8p上的染色體缺失區中的所述一種或多種標記基因選自表10中描述的NM_020749、NM_004315、NM_003747、NM_016353、NM_152415、NM_006197、NM_000662、NM_000015、D31887、NM_017884、NM_004462、NM_006765、NM_001715、NM_012331、NM_139167、NM_013354和NM_005144組成的一組標記基因，和/或-表達水平由于染色體8q上的染色體獲得而改變或位于染色體8q上的染色體獲得區中的所述一種或多種標記基因選自表11中描述的NM_138455、NM_032611、NM_032862、AL713790、BC030520、NM_024035、NM_017767、NM_002346、AF289596、NM_012162和AB051475組成的一組標記基因，和/或-表達水平由于染色體13q上的染色體獲得而改變或位于染色體13q上的染色體獲得區中的所述一種或多種標記基因選自表12中描述的NM_145293、NM_005358、U50531、NM_012158、NM_017817、NM_003899、NM_003903、NM_018386、BC008975、NM_023011、NM_001260、NM_006646、U50524、NM_033111、NM_024808、NM_014832、NM_006002、NM_015057、NM_024546、BC026126、NM_006493、NM_018210和NM_017664組成的一組標記基因，和/或-表達水平由于染色體15q上的染色體缺失而改變或位于染色體15q上的染色體缺失區中的所述一種或多種標記基因選自表13中描述的NM_030574、NM_004255、NM_002573、AB033025、NM_033240、NM_000126、NM_015079、NM_015969和NM_016073組成的一組標記基因，和/或-表達水平由于染色體17p上的染色體缺失而改變或位于染色體17p上的染色體缺失區中的所述一種或多種標記基因選自表14中描述的NM_130766、NM_015721和NM_031430組成的一組標記基因，和/或-表達水平由于染色體18q上的染色體缺失而改變或位于染色體18q上的染色體缺失區中的所述一種或多種標記基因選自表15中描述的NM_004715、NM_006701和NM_014913組成的一組標記基因，和/或-表達水平由于染色體20q上的染色體獲得而改變或位于染色體20q上的染色體獲得區中的所述一種或多種標記基因選自表16中描述的NM_016397、NM_018270、NM_006602、NM_080476、NM_017896、NM_006097、NM_021809、NM_018840、NM_003600、NM_017495、NM_007002、NM_016354、NM_014071、NM_002212、NM_003185、NM_152255、NM_022082、NM_018244、NM_014902、NM_032013、NM_020182、NM_006886、NM_020673、BC003122、NM_012325、NM_014183、NM_021100、NM_004738、NM_016045、NM_014054、NM_022105、NM_015666、NM_032527、BC025345、NM_033405、NM_006892、NM_005225、NM_000687、BC035639、NM_018677、NM_006047、NM_016436、NM_015511、NM_016082、NM_007238、NM_003908、NM_003610、NM_153360、NM_080425、NM_000114、NM_001853、NM_144498、NM_017798和NM_012384組成的一組標記基因，更特別選自。權利要求3或4的方法，其中表達水平由于染色體20q上的染色體獲得而改變的標記基因選自表16中描述的NM_016397、NM_018270、NM_006602、NM_080476、NM_017896、NM_006097、NM_021809、NM_018840、NM_003600、NM_017495、NM_007002、NM_016354、NM_014071、NM_002212、NM_003185、NM_152255、NM_022082、NM_018244、NM_014902、NM_032013、NM_020182、NM_006886、NM_020673、BC003122、NM_012325、NM_014183、NM_021100、NM_004738、NM_016045、NM_014054、NM_022105、NM_015666、NM_032527、BC025345和NM_033405組成的一組標記基因。本發明進一步公開了一個標記基因集合，其表達水平的差異與3種、4種或甚至5種不同的染色體異常相關(表18)。因此，本發明提供了用于檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括以下步驟(a)在所述患者的受試樣品中檢測選自表18中描述的標記基因的一種或多種標記基因的表達水平，和(b)比較用于步驟(a)中的這些標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平。與對照樣品相比，受試樣品中這一種或多種標記基因的表達水平的升高或降低，表明患者中腺癌細胞的存在。上文描述的本發明的方法的特定實施方案涉及這樣的方法，S卩，其中基于標記基因的P值或FDR值進一步選擇標記基因。更特別地，如表1-9指出的，標記基因具有小于0.05，更特別是小于0.01的p或FDR值。上文描述的本發明的方法的進一步特定實施方案涉及這樣的方法，即，基于腺癌和腺瘤細胞之間的表達差異的大小，進一步選擇標記基因。更特別地，選擇這樣的標記基因，即根據表2-9，表示為表達水平的差異為至少'2'，更特別為至少'4'。典型地，在本發明的體外方法中，受試樣品是包含或懷疑包含結腸直腸病變的細胞的樣品。在一個實施方案中，受試樣品是來自結腸直腸病變的活檢或切除術的樣品。或者，受試樣品選自尿、血液、唾液、汗液和糞便的樣品。在本發明方法的特定實施方案中，對照樣品是包含結腸直腸腺瘤細胞(而不是結腸直腸癌細胞)的患者的相同組織的樣品。在一個替代實施方案中，對照樣品是腺瘤標準物。在一個特別優選的實施方案中，本發明涉及用于檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括以下步驟a)在所述患者的受試樣品中檢測至少表8、9或16的標記基因NM_017495和NM_006602的表達水平，禾口b)比較用于步驟a)中的所述標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平，其中與所述對照樣品相比，所述受試樣品中所述至少兩種標記基因表達水平的升高，表明所述患者中結腸直腸腺癌細胞的存在。本發明的這種優選方面的進一步的闡述涉及權利要求1的體外方法，包括以下步驟a)在所述患者的受試樣品中檢測至少表8、9或16的標記基因NM_017495、NM_006602、NM_018840、NM_003600、NM_018270、NM_007002和NM_016397的表達水平，和b)比較用于步驟a)中的所述標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平，其中與所述對照樣品相比，所述受試樣品中所述至少7種標記基因表達水平的升高，表明所述患者中結腸直腸腺癌細胞的存在。所述方法使得能夠在檢查的至少85%，優選至少88%的病例中正確分類和區分腺瘤與腺癌。在本發明的體外方法的特定實施方案中，在DNA或RNA水平確定表達水平。替代實施方案包括在蛋白水平確定標記基因表達。本發明的方法特別適于診斷結腸直腸腺瘤進展為結腸直腸腺癌。本發明的另一方面提供了用于檢測結腸直腸腺癌細胞的試劑盒，其中包含用于特異性檢測標記基因的試劑，所述標記基因的表達表明腺癌細胞的存在。所述試劑任選用標記物官能化，所述標記物例如選自下組的標記物放射性標記物、磁性標記物、MRI造影標記物、發色標記物和超聲標記物。在一個特定實施方案中，試劑盒包含用于特異性檢測表1中描述的標記基因中的至少12種標記基因的表達的試劑。或者，提供了用于檢測結腸直腸腺癌細胞的試劑盒，其中包含用于特異性檢測表17中描述的標記基因中的至少一種標記基因的表達的試劑。本發明的特定實施方案涉及用于檢測結腸直腸腺癌細胞的試劑盒，其中包含用于特異性檢測一種或多種標記基因的表達的試劑，所述試劑盒包含-用于特異性檢測選自表2中描述的標記基因的3種或更多種標記基因的試劑，和/或，_用于特異性檢測選自表3中描述的標記基因的一種或多種標記基因的試劑，和/或，-用于特異性檢測選自表4中描述的標記基因的兩種或更多種標記基因的試劑，和/或，-用于特異性檢測選自表5中描述的標記基因的一種或多種標記基因的試劑，和/或，-用于特異性檢測選自表e中描述的標記基因的一種或多種標記基因的試劑，和/或，-用于特異性檢測選自表7中描述的標記基因的3種或更多種標記基因的試劑，和/或，-用于特異性檢測選自表8中描述的標記基因的7種或更多種標記基因的試劑，和/或，_用于特異性檢測選自表9中描述的標記基因的7種或更多種標記基因的試劑。本發明的試劑盒的進一步的實施方案涉及用于檢測結腸直腸腺癌細胞的試劑盒，其中包含用于特異性檢測下組中每一組中至少一種標記基因的表達的試劑的集合表2中描述的標記基因、表3中描述的標記基因、表4中描述的標記基因、表5中描述的標記基因、表6中描述的標記基因、表7中描述的標記基因、表8中描述的標記基因和表9中描述的標記基因。上文描述的本發明的試劑盒的其他特定實施方案提供了用于特異性檢測標記基因的試劑，其中根據表1-9，所述標記基因具有小于0.05，更特別是小于0.01的p或FDR值。上文描述的本發明的試劑盒的其他特定實施方案提供了用于特異性檢測標記基因的試劑，其中根據表2-9或17，所述標記基因在腺瘤和腺癌細胞之間的表達水平差異是至少'2'，更特別是至少'4'。在本文描述的試劑盒的其他特定實施方案中，所述試劑是寡核苷酸或抗體。寡核苷酸任選排列在支持物上。本文描述的試劑盒的其他特定實施方案涉及包含抗體的試劑盒，其中所述抗體結合于標記基因編碼的蛋白。在一個特定實施方案中，抗體結合于標記基因編碼的蛋白，從而所述蛋白是分泌的蛋白或細胞表面上的蛋白。本發明的另一方面涉及用于檢測患者的結腸直腸組織中的腺癌細胞的體內方法。更具體地，本發明提供了用于檢測結腸直腸病變中的腺癌細胞的體內方法，所述方法包括以下步驟使結腸直腸病變與標記的試劑接觸，所述試劑能夠與選自表17中描述的基因的標記基因表達的蛋白特異性結合或相互作用，和(b)檢測該試劑與所述結腸直腸病變的結合或相互作用。檢測到結腸直腸病變的病灶內所述試劑的結合或相互作用的差異，表明病變中腺癌細胞的存在。在特定實施方案中，用于本發明的體內方法中的標記基因是編碼位于細胞膜上的蛋白、分泌的蛋白或酶的基因。因此，本發明提供了與表17或18中描述的標記基因特異性結合或相互作用的試劑，用作檢測結腸直腸腺瘤組織中腺癌細胞的存在的體內診斷劑。因此，本發明也涉及與表17或18中描述的標記基因特異性結合或相互作用的試劑在制備診斷劑中的用途，所述診斷劑用于檢測結腸直腸腫瘤組織中腺癌細胞的存在。從下文的詳細描述，可以明確本發明的上述和其他特征、特性和優點。這種描述僅僅是出于舉例的目的，而不限制本發明的范圍。發明詳述將參照特定實施方案并參照某些附圖描述本發明，但本發明不限于此，而僅僅由權利要求限定。權利要求中的任何參照標記不應該解釋為限制范圍。描述的附圖僅僅是示意性的，不是限制性的。在附圖中，出于示意的目的，可以擴大某些元素的大小，并不是按比例尺繪制的。當術語"包含"用于本說明書和權利要求中時，它并不排除其他元素或步驟。當使用不確定或確定物體時在提到單數名詞如"一個"或"一種"、"該"時，這包括該名詞的復數，除非特別指出了其他含義。此外，說明書和權利要求中的術語"第一、第二和第三"等是用于區分相似元素，不一定是描述順序或年代次序。要理解的是，如此使用的術語在合適的環境下是可互換的，并且本文描述的發明的實施方案能夠以本文描述或說明的順序之外的順序操作。提供以下術語或定義，僅僅是為了幫助理解本發明。這些定義不應該解釋為具有小于本領域普通技術人員理解的范圍。定義本文用到的術語"腫瘤"或"贅生物"是指通過比正常情況更迅速的細胞增殖而生長，并且在起始新的生長的剌激停止后繼續生長的異常組織。術語"病變"通常是指由于任何疾病或任何損傷導致的累及任何組織或器官的異常，其在本文中也用于表示贅生物。腫瘤、贅生物或病變可以是良性或惡性的。"癌癥"是表示任何類型的惡性贅生物的常用術語。本文用到的"腺瘤"(或未進展的腺瘤)涉及良性上皮贅生物。腺瘤通常是分界清楚的，它們可以是扁平或息肉樣的，并且贅生細胞不浸潤或侵入鄰近組織。本文用到的"腺癌"是指上皮細胞的惡性贅生物。最常見的癌的形式是腺體或腺體樣模式。同義詞是"腺癌(glandularcancer)，，禾口"腺癌(glandularcarcinoma)，，。惡性細胞的特征通常在于進行性和不受控制的生長。它們可以局部傳播或通過血流和淋巴系統傳播到身體的其他部分。"進展的腺瘤"是指具有癌病灶的腺瘤。這也稱作"惡性息肉"。結腸直腸腺瘤在老年群體中是常見的，但這些惡性前腫瘤中僅僅一小部分(估計大約5%)進展到惡性腫瘤(即結腸直腸腺癌)。"結腸直腸"是指結腸和/或直腸，即整個大腸。本文用到的"染色體異常"是指染色體缺失或獲得，即，染色體中缺失或重復的區域。本文用到的"標記基因"是這樣一種基因，S卩，其表達在腺瘤和腺癌細胞之間不同(減少或增加)，并且因此其可以用于區分腺瘤和腺癌細胞。"表達概況"是指細胞或樣品中一些標記基因的表達水平。本發明提供了用于區分惡性和良性結腸直腸病變和用于診斷受試者中結腸直腸癌的存在的診斷方法和工具。本發明的診斷方法使得能夠可靠檢測非常早期的結腸直腸癌。本發明的一方面涉及用于檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括在所述患者的受試樣品中檢測一種或多種標記基因的表達水平。將標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平進行比較，其中與對照樣品中的表達水平相比，受試樣品中標記基因表達水平的差異，表明患者中結腸直腸腺癌細胞的存在。—般地，用于本發明的方法中的標記基因在腺瘤和癌細胞之間是差異表達的。可以基于差異的大小，即，腺癌樣品中發生的標記基因上調或下調的程度(如2倍、4倍或8倍，或甚至更多)進行進一步的選擇。表達水平在表中的"作用"標題下表示為1og-2值。因此，等于1的值表示與腺瘤相比，腺癌中的基因表達高2倍，等于2的指是指高4倍的表達，等于3的值是指高8倍的表達，等等。類似地，等于-1的值表示與腺瘤相比，腺癌中的基因表達低2倍，等于-2的指是指低4倍的表達，等于-3的值是指低8倍的表達，等等。或者，也可以基于腺瘤和癌細胞中標記基因的差異表達的統計學顯著性的計算(用p-值或FDR(假發現率)值)而進行標記基因的進一步選擇。在特定實施方案中，采用這兩種選擇標準。在本發明的一個實施方案中，通過確定一種或多種標記基因的表達而鑒定患者中腺癌細胞的存在，其中在比較腺瘤和腺癌細胞時，所述標記基因的表達改變(增加或減少)超過2倍、4倍或8倍，和/或所述標記基因在腺瘤或腺癌細胞的標記基因表達和存在之間的關聯的P-值小于0.01(是統計學顯著的)。可以通過任何臨床上可接受的方式采集用于本發明的體外方法中的檢測的樣品，但是采集的方式使得保留核酸(特別是RNA)或蛋白。根據本發明分析的樣品通常是結腸直腸活檢物或切除物。來自腫瘤組織的完整細胞或裂解的細胞也可以在不干預的情況下從結腸分離，并且將終止于糞便中。因此，糞便樣品也認為是用于分離RNA的合適來源。此外，結腸直腸腺癌細胞可以遷移到其他組織中。因此，也可以使用血液和其他類型的樣品。由于目的在于盡早檢測結腸直腸腺瘤進展為腺癌，活檢物或切除物可能含有大量腺瘤細胞和僅僅少量腺癌細胞。為了增加信號/背景比，可以將切除物在分析之前分為不同的子樣品。即使活檢物或切除物中的癌細胞總數是有限的，可以預期，至少子樣品之一中將含有升高的腺癌與腺瘤細胞的比例。在本發明的體外方法中，在患者的樣品中在RNA或蛋白水平確定一種或多種標記基因的表達，并且與對照樣品中這些基因的表達進行比較。對照樣品可以是來自相同患者的腺瘤樣品。或者，對照樣品是獲自其他個體或獲自來自一個或多個其他個體的結腸直腸腺瘤的合并樣品的腺瘤樣品。也可以通過合并核酸或蛋白的集合而模擬結腸直腸腺瘤組織的RNA/蛋白含量，從而人工制備對照。在第一個實施方案中，特征在于與對照如結腸直腸腺瘤細胞相比，在結腸直腸腺癌細胞中上調或下調的標記基因選自表1。盡管表1列出的任何標記基因都適用于本發明的用于鑒定樣品中結腸直腸腺癌細胞的存在的方法中，本發明的一個重要的優點是提供了合適標記物的廣泛列表，從而使得檢測的可靠性增加。因此，本發明的特定實施方案涉及使用表1的標記基因中的至少2種、至少5種、至少10、12或15種、至少20種、至少50種、至少100種、至少200種、至少500種或全部。在一個特定實施方案中，使用表1的標記基因的一個子集，即表1中P值小于0.01的標記基因。在另一實施方案中，特征在于與對照如結腸直腸腺瘤細胞相比，在結腸直腸腺癌細胞中上調或下調的標記基因選自表1。表17的標記基因以前都沒有被鑒定為結腸直腸腺癌的標記基因，并且表17的每種標記基因都適用于本發明的用于鑒定樣品中結腸直腸腺癌細胞的存在的方法中。在特定實施方案中，在患者樣品中確定表17鑒定的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多種基因的表達，并且與對照進行比較，以鑒定患者中腺癌細胞的存在。根據本發明方法的另外的實施方案，使用表1的標記基因的子集，其表達水平與結腸直腸腫瘤細胞中的特定染色體異常直接相關。在一個實施方案中，本發明提供了一個標記基因集合，當結腸直腸腺瘤細胞中染色體8p上發生染色體缺失時，所述標記基因的表達水平改變。這些標記基因列于表2。因此表2中列出的任何標記基因都可以用于本發明的用于鑒定結腸直腸腺癌細胞的方法和工具中。在本發明的方法和工具中，使用表2的標記基因中的至少1種、至少2種、至少3種、至少5種、至少10種、至少20種、至少50種、至少100種、至少200種或全部。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表2的子集，即表2中FDR(假發現率)值小于0.05或更特別小于0.01的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表2的子集，所述子集相應于與腺癌細胞相比，在腺癌細胞中的表達水平增加的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表2的子集，所述子集相應于在腺瘤和腺癌細胞中的表達水平相差至少因數2、至少因數4或至少因數8的那些標記基因。同樣，可以建立標記基因的子集，所述標記基因在腺瘤和腺癌之間的表達水平的差異(增加或減少)至少是因數2、4或8，并且其FDR值小于0.05或小于O.Ol。在另一實施方案中，本發明提供了一個標記基因集合，當結腸直腸腺瘤細胞中染色體8q上發生染色體獲得時，所述標記基因的表達水平改變。這些標記基因列于表3。因此表3中列出的任何標記基因都可以用于本發明的用于鑒定結腸直腸腺癌細胞的方法和工具中。在本發明的方法和工具中，使用表3的標記基因中的至少l種、至少2種、至少3種、至少5種、至少10種、至少20種或全部。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表3的子集，即表3中FDR(假發現率)值小于0.05或更特別小于0.01的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表3的子集，所述子集相應于與腺癌細胞相比，在腺癌細胞中的表達水平增加的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表3的子集，所述子集相應于在腺瘤和腺癌細胞中的表達水平相差至少因數2、至少因數4或至少因數8的那些標記基因。同樣，可以從表3建立標記基因的子集，所述標記基因在腺瘤和腺癌之間的表達水平的差異(增加或減少)至少是因數2、4或8，并且其FDR值小于0.05或小于0.01。在另一實施方案中，本發明提供了一個標記基因集合，當結腸直腸腺瘤細胞中染色體13q上發生染色體獲得時，所述標記基因的表達水平改變。這些標記基因列于表4。因此表4中列出的任何標記基因都可以用于本發明的用于鑒定結腸直腸腺癌細胞的方法和工具中。在本發明的方法和工具的一個實施方案中，使用表4的標記基因中的至少l種、至少2種、至少3種、至少5種、至少10種、至少20種、至少50種、至少100種或全部。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表4的子集，即表4中FDR(假發現率)值小于0.05或更特別小于0.01的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表4的子集，所述子集相應于與腺癌細胞相比，在腺癌細胞中的表達水平增加的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表4的子集，所述子集相應于在腺瘤和腺癌細胞中的表達水平相差至少因數2、至少因數4或至少因數8的那些標記基因。同樣，可以從表4建立標記基因的子集，所述標記基因在腺瘤和腺癌之間的表達水平的差異(增加或減少)至少是因數2、4或8，并且其FDR值小于0.05或小于0.01。在另一實施方案中，本發明提供了一個標記基因集合，當結腸直腸腺瘤細胞中染色體15q上發生染色體缺失時，所述標記基因的表達水平改變。這些標記基因列于表5。因此表5中列出的任何標記基因都可以用于本發明的用于鑒定結腸直腸腺癌細胞的方法和工具中。在本發明的方法和工具的特定實施方案中，使用表5的標記基因中的至少l種、至少2種、至少3種、至少5種、至少10種、至少20種、至少30種或全部。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表5的子集，即表5中FDR(假發現率)值小于O.05或更特別小于O.Ol的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表5的子集，所述子集相應于與腺瘤細胞相比，在腺癌細胞中的表達水平增加的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表5的子集，所述子集相應于在腺瘤和腺癌細胞中的表達水平相差至少因數2、至少因數4或至少因數8的那些標記基因。同樣，可以從表5建立標記基因的子集，所述標記基因在腺瘤和腺癌之間的表達水平的差異(增加或減少)至少是因數2、4或8，并且其FDR值小于0.05或小于0.01。在另一實施方案中，本發明提供了一個標記基因集合，當結腸直腸腺瘤細胞中染色體17p上發生染色體缺失時，所述標記基因的表達水平改變。這些標記基因列于表6。因此表6中列出的任何標記基因都可以用于本發明的用于鑒定結腸直腸腺癌細胞的方法和工具中。在本發明的方法和工具的特定實施方案中，使用表6的標記基因中的至少l種、至少2種、至少3種、至少4種、至少6種或全部。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表6的子集，即表6中FDR(假發現率)值小于0.1的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表6的子集，所述子集相應于與腺瘤細胞相比，在腺癌細胞中的表達水平增加的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表6的子集，所述子集相應于在腺瘤和腺癌細胞中的表達水平相差至少因數2、至少因數4或至少因數8的那些標記基因。同樣，可以從表6建立標記基因的子集，所述標記基因在腺瘤和腺癌之間的表達水平的差異(增加或減少)至少是因數2、4或8，并且其FDR值小于O.1。在另一實施方案中，本發明提供了一個標記基因集合，當結腸直腸腺瘤細胞中染色體18q上發生染色體缺失時，所述標記基因的表達水平改變。這些標記基因列于表7。因此表7中列出的任何標記基因都可以用于本發明的用于鑒定結腸直腸腺癌細胞的方法和工具中。在本發明的方法和工具的特定實施方案中，使用表7的標記基因中的至少l種、至少2種、至少3種、至少5種、至少10種、至少20種、至少50種、至少100種、至少200種或全部。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表7的子集，即表7中FDR(假發現率)值小于0.05或更特別小于0.01的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表7的子集，所述子集相應于與腺瘤細胞相比，在腺癌細胞中的表達水平增加的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表7的子集，所述子集相應于在腺瘤和腺癌細胞中的表達水平相差至少因數2、至少因數4或至少因數8的那些標記基因。同樣，可以從表7建立標記基因的子集，所述標記基因在腺瘤和腺癌之間的表達水平的差異(增加或減少)至少是因數2、4或8，并且其FDR值小于0.05或小于0.01。在另一實施方案中，本發明提供了一個標記基因集合，當結腸直腸腺瘤細胞中染色體20q上發生染色體獲得時，所述標記基因的表達水平改變。這些標記基因列于表8和9，其中表8的數據來自單變量分析，表9的數據來自多變量分析。因此表8或9中列出的任何標記基因都可以用于本發明的用于鑒定結腸直腸腺癌細胞的方法和工具中。在本發明的方法和工具的特定實施方案中，使用表8或9的標記基因中的至少1種、至少2種、至少4種、至少6種、至少8種、至少10種、至少15種、至少20種、至少25種、至少50種、至少100種、至少200種、至少400種、至少600種或全部。額外或替代地，使用的標記基因選自表8或9的子集，即表8或9中FDR值小于0.05或更特別小于0.01的那些標記基因。額外或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表8或9的子集，所述子集相應于與腺瘤細胞相比，在腺癌細胞中的表達水平增加的那些標記基因。額外或替代地，標記基因選自表8或9的子集，所述子集相應于在腺瘤和腺癌細胞中的表達水平相差至少因數2、至少因數4或至少因數8的那些標記基因。同樣，可以從表8或9建立標記基因的子集，其中所述標記基因在腺瘤和腺癌之間的表達水平的差異(增加或減少)至少是因數2、4或8，并且其FDR值小于O.05或小于O.01。在一個特別優選的實施方案中，本發明涉及用于檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括以下步驟a)在所述患者的受試樣品中至少檢測表8、9或16的標記基因NM_017495和NM_006602的表達水平，禾口b)比較用于步驟a)中的所述標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平，其中與所述對照樣品相比，所述受試樣品中所述至少兩種標記基因表達水平的升高，表明所述患者中結腸直腸腺癌細胞的存在。本發明的這種優選方面的進一步的細節涉及權利要求1的體外方法，包括以下步驟a)在所述患者的受試樣品中至少檢測表8、9或16的標記基因NM_017495、NM_006602、NM_018840、NM_003600、NM_018270、NM_007002和NM_016397的表達水平，和b)比較用于步驟a)中的所述標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平，其中與所述對照樣品相比，所述受試樣品中所述至少7種標記基因表達水平的升高，表明所述患者中結腸直腸腺癌細胞的存在。在超過50%或甚至超過60%的病例中可以在結腸直腸腺瘤細胞中觀察到染色體臂20q的獲得。對于所述染色體臂20q的獲得，發現與腺瘤相比，上述表8、9或16的標記基因NM_017495、NM_006602、NM_018840、NM_003600、NM_018270、NM_007002和NM_016397在腺癌中超量表達，使得能夠在至少85%，優選至少88%檢查的病例中區分腺瘤與腺癌。上述列于表2-9中的標記基因集合包括與特定類型的染色體異常相關的標記基因。但是，也可能某些基因受到不同染色體異常的上調。因此，表2-9顯示了某種程度的冗余。在表2-9中出現1次以上的標記基因特別適用于本發明的方法中，因為它們是"一種"染色體異常的存在的更普遍的特征。表達水平由3、4或5種不同的染色體異常而改變的標記基因列于表18。因此，本發明的方法的特定實施方案涉及使用表18的標記基因中的至少1種、至少2種、至少4種、至少6種、至少8種、至少10種、至少15種、至少20種、至少25種、至少50種、至少100種、至少200種、至少400種、至少600種或全部，用于鑒定患者中的結腸直腸腺癌細胞。額外地或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自表18的子集，其相應于與腺瘤細胞相比，表達水平在腺癌細胞中升高的那些標記基因。本發明不僅提供了在結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間差異表達的標記基因，也進一步將這種差異表達與染色體異常的存在進行關聯。這使得能夠用代表每種染色體異常的標記基因集合來開發診斷工具。因此，進一步的特定實施方案涉及標記基因集合，其包括表明每種染色體異常的標記基因。更特別地，所述標記基因集合包括-至少1種、至少2種、至少5種、至少10種或更多種選自表2的標記基因(與8p缺失相關的標記基因)和-至少1種、至少2種、至少5種、至少10種或更多種選自表2的標記基因(與8q獲得相關的標記基因)和_至少1種、至少2種、至少5種、至少10種或更多種選自表4的標記基因(與13q獲得相關的標記基因)和_至少l種、至少2種、至少5種、至少10種或更多種選自表5的標記基因(與15q缺失相關的標記基因)和-至少1種、至少2種、至少5種、10種或更多種選自表6的標記基因(與17p缺失相關的標記基因)和_至少l種、至少2種、至少5種、至少10種或更多種選自表7的標記基因(與18q缺失相關的標記基因)和_至少1種、至少2種、至少5種、至少10種或更多種選自表8或9的標記基因(與20q獲得相關的標記基因)。額外地或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自上文列出的標記基因集合的子集，其相應于與腺瘤細胞相比，表達水平在結腸直腸腺癌細胞中升高的那些標記基因。在本發明的其他實施方案中，用于本發明的方法和工具中的、表明每種染色體異常的標記基因的集合包含位于自身獲得或缺失的染色體區內的基因。因此，標記基因的集合包括-表10中列出的與8p上的染色體缺失相關的基因中的至少1種、至少2種、至少5種、至少10種或全部。更特別地，一種或多種標記基因選自NM_020749和NM_004315和/或NM_003747、NM_016353、NM_152415、NM_006197、NM_000662、NM_000015和D31887,和_表11中列出的與8(1上的染色體獲得相關的基因中的至少1種、至少2種、至少5種、至少IO種或全部。更特別地，一種或多種基因選自NM_138455、NM_032611、NM_032862，和-表12中列出的與13q上的染色體獲得相關的基因中的至少l種、至少2種、至少5種、至少10種或全部，特別是NM_145293和/或NM_005358。更特別地，一種或多種基因選自U50531、NM_012158、NM_017817、NM_003899、NM_003903、NM_018386、BC008975和NM—023011，和_表13中列出的與15(1上的染色體缺失相關的基因中的至少1種、至少2種、至少5種、至少IO種或全部。更特別是NM030574，或一種或多種基因選自NM_004255、NM_002573和AB033025。-表14中列出的與17p上的染色體缺失相關的基因中的至少l種、至少2種、至少5種、至少IO種或全部。更特別地，一種或多種基因選自NM_130766、NM_015721和NM—031430，和-表15中列出的與18q上的染色體缺失相關的基因中的至少l種、至少2種、至少5種、至少10種或全部。更特別地，一種或多種標記基因選自NM_004715、NM_006701和NM—014913，和-表16中列出的與20q上的染色體獲得相關的基因中的至少1種、至少2種、至少5種、至少10種、至少25種、至少50種、至少100種或全部。更特別地，一種或多種標記基因選自NM_016397和NM_018270和NM_006602。其他特定的標記基因是NM_080476和NMJ)17896之一或這兩者。其他特定的標記基因是選自NM_006097、NM_021809、NM_018840、NM_003600、NM_017495、NM_007002和NM_016354的一種或多種。其他特定的標記基因是選自NM_014071、NM_002212、NM_003185、NM_152255和NM_022082的一種或多種。其他特定的標記基因是選自NM_018244、NM_014902、NM_032013、NM_020182、NM_006886、NM_020673和BC003122的一種或多種。額外地或替代地，用于本發明的方法中的標記基因選自上文列出的基因的子集，其相應于與腺瘤細胞相比，表達水平在結腸直腸腺癌細胞中升高的那些標記基因。—般地，上文描述的標記基因在用于檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法中使用，該方法包括以下步驟在該患者的受試樣品中檢測上文的集合和子集中定義的一種或多種標記基因的表達水平，比較使用的標記基因的表達水平與對照樣品(如結腸直腸腺瘤細胞)的表達水平。與對照樣品相比，受試樣品中使用的標記基因表達水平的升高或降低，表明患者中結腸直腸腺癌細胞的存在。本發明的標記基因用于基于DNA、RNA或蛋白的表達分析中。本發明的標記基因的顯著優點是它們適用于客觀的定量診斷中。基于現有技術中鑒定的標記的方法是有限的，因為它們依賴于少量包含癌細胞的組織學樣品的檢查。在一個特定的實施方案中，標記基因用于基于DNA或RNA的表達分析中，所述分析提供了靈敏度提高的優點，這是基于DNA或RNA的診斷學的典型特點。本發明的方法和標記基因使得能夠在致癌過程的非常早的階段區分結腸直腸腺瘤與腺癌細胞。可以通過本領域已知的方法實現患者樣品中標記基因表達水平的確定。例如，可以通過以下步驟評估各種標記基因的表達分離獲自瓊脂糖或聚丙烯酰胺凝膠的核酸分子(如RNA或cDNA)，然后與標記基因特異性寡核苷酸探針雜交。或者，可以通過以下步驟確定表達水平的差異標記獲自樣品的核酸，然后在測序凝膠上分離。將核酸樣品置于凝膠上，使得患者和對照或標準核酸位于相鄰泳道上。肉眼或通過密度計的方式實現表達水平的比較。在一個特定實施方案中，通過與DNA陣列(也稱作"微陣列"或"DNA芯片")雜交，同時評估用于陣列中的所有標記基因的表達。例如，可以通過〃微陣列生物芯片技術〃(SchenaM.，EatonPublishing,2000)中公開的方法進行基于微陣列的表達概況分析。DNA陣列包含固定的高密度探針，用于檢測一些基因。陣列上的探針與標記基因的序列的一個或多個部分互補，或與標記基因的整個編碼區互補。在本發明中，任何類型的多核苷酸都可以用作用于DNA陣列的探針。典型地，cDNAs、PCR產物和寡核苷酸都可以用作探針。因此，可以通過單輪分析，同時評估多個基因的表達水平。基于DNA陣列的檢測方法通常包括以下步驟1)從樣品分離mRNA，任選將mRNA轉化為cDNA，隨后標記該RNA或cDNA。用于分離RNA、將其轉化為cDNA以及用于標記核酸的方法描述于微陣列技術手冊中。2)使來自步驟l的核酸與標記基因的探針雜交。可以用染料，如熒光染料Cy3(紅色)或Cy5(藍色)對來自樣品的核酸進行標記。通常，對照樣品用不同的染料進行標記。3)檢測來自樣品的核酸與探針的雜交，并且至少定性，更特別是定量確定研究的不同標記基因的樣品中mRNA的量。可以基于信號強度的差異，評估樣品和對照之間的表達水平的差異。這些可以通過合適的軟件測量和分析，例如但不限于例如Affymetrix提供的軟件。在一個特定實施方案中，可以例如根據與特定類型的染色體異常相關的標記基因來排列陣列上的探針。或者，可以開發不同的陣列，每個陣列攜帶用于檢測特定類型的染色體異常的探針。對相應于點樣在DNA陣列上的標記基因的探針數目沒有限制。例如，可以選擇本發明的任何標記基因集合中的1%或更多，5%或更多，20%或更多，50%或更多，70%或更多。同樣，標記基因可以由與基因的不同部分雜交的兩種或多種探針代表。為每種選擇的標記基因設計探針。所述探針典型地是包含5-50個核苷酸殘基的寡核苷酸。可以通過PCR或化學合成更長的DNAs。用于合成所述寡核苷酸，并且將其用于基質上的方法是微陣列領域公知的。除了標記基因之外的基因也可以點樣在DNA陣列上。例如，可以將表達水平不顯著改變的基因的探針點樣在DNA陣列上，從而使測定結果標準化，或比較多個陣列或不同測定的測定結果。在本發明的方法的特定實施方案中，通過確定代表性的標記基因表達的蛋白量，評估特定標記基因的表達水平。對于蛋白水平的分析，原則上可以使用本發明描述的每種標記基因，但一些蛋白可能較不適用，這是因為諸如有限的溶解度、非常高或小的分子量或極端等電點等因素。例如可以通過以下步驟實現蛋白水平的標記基因表達水平的確定在聚丙烯酰胺凝膠上從樣品分離蛋白，然后在蛋白印跡中用抗體鑒定特異性標記基因得到的蛋白。或者，可以通過二維凝膠電泳系統分離蛋白。二維凝膠電泳是本領域公知的，并且典型地包括沿第一維等電聚焦，隨后是沿第二維SDS-PAGE電泳。可以通過確定凝膠上蛋白點的強度進行2DSDS-PAGE凝膠的分析，或可以用免疫檢測進行。在其他實施方案中，通過質譜分析蛋白樣品。用于體外測定中的樣品通常是結腸直腸活檢物或切除物，更特別是腺瘤樣息肉活檢物或切除物。對于體外蛋白表達分析，可以使用活檢物或切除物的細胞或細胞裂解物。因此，細胞中蛋白的定位或要分析的蛋白的功能對于分析不重要。預期患者中腺癌細胞的存在由腺癌細胞分泌的某些蛋白水平升高或降低的存在而反映。所述蛋白可以存在于身體的血液、尿、汗和其他部分中。同樣，腺癌細胞將蛋白釋放到結腸腔中。此外，完整的腺癌細胞或它們的裂解的內容物可以釋放到腸道中，并且將存在于糞便中，其可以用作體外蛋白分析的來源。但是，與核酸相反，蛋白不能被擴增。因此，預期在特定實施方案中，本發明的方法包括富集步驟，特別是腺癌材料的富集。例如，樣品可以與例如用磁性顆粒官能化的腺瘤和腺癌細胞的細胞膜或細胞器的特異性配體接觸。通過磁性顆粒濃縮的材料隨后可以進行分析，用于檢測標記蛋白。在本發明的另一方面，本發明的標記基因用于體內分析中的結腸直腸腺瘤和腺癌的區別檢測。因此，本發明提供了用于在結腸直腸腺瘤組織中檢測腺癌細胞的體內方法，所述方法包括以下步驟-使能夠與標記基因表達的蛋白特異性結合或相互作用的經標記的試劑與結腸直腸病變接觸，禾口-檢測所述經標記的試劑與病變中的細胞的結合或相互作用；其中檢測到病變中特征在于經標記的試劑的結合或相互作用的差異的病灶，表明結腸直腸腺瘤中腺癌細胞的存在。本發明提供了標記基因集合，其以前沒有鑒定為結腸直腸腺癌的標記物，并且可以用于本發明的體內方法中(在表17中顯示)。這些標記中的任何一種都適用于本發明的體內診斷方法。本發明的一個特定實施方案提供了標記基因的集合，其選自表17的子集；相應于與腺瘤細胞相比，表達水平在結腸直腸腺癌細胞中升高的那些標記基因。在本發明的方法的一個特定實施方案中，分析了標記基因的集合，從而增加檢測的可靠性。更特別地，根據一個特定實施方案，使用試劑的集合，從而每種試劑檢測與不同類型的染色體異常相關的標記物，所述染色體異常與結腸直腸腺癌相關。因此，根據一個實施方案，一個標記基因集合用于體內鑒定癌細胞的存在，該標記基因集合包括表明每種染色體異常的標記基因。更特別地，該標記基因集合包括-—種或多種選自表2的基因(與8p缺失相關的標記基因)和-—種或多種選自表3的基因(與8q缺失相關的標記基因)和_—種或多種選自表4的基因(與13q獲得相關的標記基因)和-—種或多種選自表5的基因(與15q缺失相關的標記基因)和-—種或多種選自表6的基因(與17p缺失相關的標記基因)和-—種或多種選自表7的基因(與18q缺失相關的標記基因)和_—種或多種選自表8或9的基因(與20q獲得相關的標記基因)。額外地或替代地，提供了用于本發明的體內方法中的標記基因的集合，其選自上文描述的標記基因集合，相應于與腺瘤細胞相比，表達水平在結腸直腸腺癌細胞中升高的那些標記基因。在本發明的體內診斷方法的其他實施方案中，表明每種染色體異常的標記基因集合包含位于獲得或缺失的染色體區自身內的基因。因此，標記基因的集合包括-選自表IO列出的標記基因的一種或多種基因。更特別地，一種或多種標記基因選自NM_020749和NM_004315和/或選自NM_003747、NM_016353、NM_152415、NM_006197、NM_000662、NM_000015和D31887,和-選自表11列出的標記基因的一種或多種基因。更特別地，一種或多種基因選自NM_138455、NM_032611、NM_032862，和-選自表12列出的標記基因的一種或多種基因，特別是NMj45293和/或NM_005358。更特別地，一種或多種基因選自U50531、NM_012158、NM_017817、NM_003899、NM_003903、NM_018386、BC008975和NMJ)23011，和_選自表13列出的標記基因的一種或多種基因。更特別是NM030574，或一種或多種基因選自NM_004255、NM_002573和AB033025。-選自表14列出的標記基因的一種或多種基因。更特別地，一種或多種基因選自NM_130766、NM_015721和NM_031430，和-選自表15列出的標記基因的一種或多種基因。更特別地，一種或多種標記基因選自NM_004715、NM_006701和NMJ)14913，和22-選自表16列出的標記基因的一種或多種基因。更特別地，一種或多種標記基因選自NM_016397和NM_018270和NM_006602。其他特定的標記基因是NM_080476和NMJ)17896之一或這兩者。其他特定的標記基因是選自NM_006097、NM_021809、NM_018840、NM_003600、NM_017495、NM_007002和NM_016354的一種或多種。其他特定的標記基因是選自NM_014071、NM_002212、NM_003185、NM_152255和NM_022082的一種或多種。其他特定的標記基因是選自NM_018244、NM_014902、NM_032013、NM_020182、NM_006886、NM_020673和BC003122的一種或多種。額外地或替代地，提供了用于本發明的體內方法中的標記基因集合，其選自上文描述的標記基因集合，相應于與腺瘤細胞相比，表達水平在結腸直腸腺癌細胞中升高的那些標記基因。本發明的數據分析顯示通過不同的染色體異常，可以導致一種標記基因的表達改變。表18顯示了由于3種、4種或甚至5種不同異常而改變的標記基因。根據一個特定實施方案，用選自表18列出的標記基因的一種或多種標記基因實施本發明的體內方法。額外地或替代地，用選自表18列出的標記基因的一種或多種標記基因實施本發明的體內方法，所述標記基因相應于與腺瘤細胞相比，表達水平在結腸直腸腺癌細胞中升高的那些標記基因。消化道很容易接觸患者中診斷化合物的施用。此外，可以用結腸鏡檢測經標記的化合物。體內診斷技術進一步允許分析不同的息肉，而不需要采集個體的活檢物。特別適用于體內成像的標記基因是編碼位于細胞表面或被分泌的蛋白的標記基因。或者，預期由標記基因編碼的蛋白的檢測是針對保留在細胞質或細胞核中的蛋白。可以通過抗體、結合肽/蛋白(如受體配體或其部分)檢測蛋白，如果合適，通過代謝物、酶底物、底物類似物和酶抑制劑檢測蛋白。可以用通過細胞內化的化合物，如摻入細胞內的酶底物或類似物、酶抑制劑或某些代謝物間接檢測位于細胞內的許多蛋白。因此，通過檢測與腺瘤細胞相比，由標記基因編碼的蛋白表達或活性的減少或增加，可以體內鑒定腺癌細胞。用發色劑、MRI標記物、用于超聲檢測的標記物、放射性化合物或促進體內成像的其他工具，可以對任何上文描述的適用于體內檢測蛋白的化合物進行進一步官能化。本發明的另一方面涉及用于進行本發明的體內和/或體外檢測方法的試劑盒。典型地，本發明的試劑盒含有一種或多種使得能夠特異性檢測本文公開的一種或多種標記基因的試劑。在一個特定實施方案中，試劑盒包含試劑集合，其允許檢測本文描述的標記基因集合。通過試劑盒所適用的檢測方法，確定試劑的性質。當意欲用于在DNA/RNA方法中的檢測時，試劑典型地是標記物特異性的引物或探針，它們是任選標記的。當檢測是在蛋白水平時，試劑典型是含有抗體的抗原結合片段的抗體或化合物。但是，如上文描述的，可以用其他化合物檢測蛋白表達，所述其他化合物與感興趣的標記物特異性相互作用，所述標記物如特異性底物(在酶的情況下)或配體(用于受體)。在特定實施方案中，根據本發明的方法，本發明的試劑盒也包含對照樣品。在所附獨立和從屬權利要求中闡述了本發明的特定和優選方面。從屬權利要求的特征可以與獨立權利要求的特征以及合適的其他獨立權利要求的特征組合，并且不僅僅是權利要求中特意闡述的那些。實施本發明的其他系統和方法的安排對于本領域技術人員是顯而易見的。23應該理解，盡管本文討論了用于本發明的裝置的優選實施方案、特定構造和構型，但可以進行形式和細節的各種改變或修飾，而不背離本發明的范圍和精神。實施例實施例1:在微陣列中確定差異表達的基因選擇腫瘤樣品在荷蘭阿姆斯特丹的VU-大學醫學中心(VUmc)前瞻性采集73個快速冷凍的結腸直腸腫瘤(37個未進展的腺瘤和36個癌)。所有樣品都根據倫理委員會的規定使用。所述73個冷凍標本相應于65個患者(31個女性和34個男性)。在這些患者中，6個患者具有多發性腫瘤4個患者具有多發性腺瘤，2個患者具有一個或多個相鄰于癌的腺瘤。患者的平均年齡是69歲(范圍是47-89歲)。在冷凍設備上進行陣列-CGH和表達微陣列。RNA分離按照供應商的說明書，用TRIzol試劑(Invitrogen，Breda，NL)從快速冷凍的組織分離RNA。在NanodropND-1000分光光度計(Isogen，IJsselstein，NL)中測量RNA和DNA濃度和純度，在用溴化乙錠染色的1%瓊脂糖凝膠中評估完整度。表達微陣列a)陣列平臺從Sigma-Genosys(Zwijndrecht，荷蘭)獲得Compugen(SanJose，CA，USA)設計的HumanRelease2.0寡核苷酸文庫，其中含有代表28830種獨特基因的60聚體寡核苷酸。以10mM濃度將寡核苷酸溶解于50mM磷酸鈉緩沖液pH8.5中，并且采用裝備了SMP3針(TeleChemlnternational，Sunnyvale,CA，USA)的OmniGrid100微陣列(GenomicSolutions，AnnArbor，MI，USA)，單個點樣到Codelink載玻片(AmershamBiosciences,Roosendaal，NL)上。印刷后，根據制造商的方案(Codelinkslides;AmershamBiosciences,Roosendaal,NL)，處理載玻片。b)標記和雜交首先，以寡-dT為引物(Isogen，IJsselstein,NL)，用SuperScriptTMII逆轉錄酶(Invitrogen，Breda，NL)將30yg信使RNA逆轉錄為cDNA。在具有有限量的RNA的樣品中，較少量用作起始材料，但至少15yg。將cDNA偶聯于FluorolinkCy3和Cy5單官能染料5_包(AmershamBioSciences，Rosendaal，NL)。混合Cy3標記的月中瘤cDNA禾口Cy5標記的參照cDNA，通過加入0.1體積的3M乙酸鈉(pH5.2)和2.5體積的冰冷的100%乙醇，用12ligpd(A)40—60(AmershamBiosciences,Rosendaal，NL)，60ligtRNA(Sigma-Aldrich，Zwijndrecht，NL)和24iig人Cot-IDNA(Invitrogen,Breda，NL)共沉淀。通過4。C下以14，000rpm離心10分鐘而收集沉淀物。在空氣中干燥后，將沉淀物溶解于與終濃度為50%的甲酰胺，2xSCC，10%硫酸葡聚糖和4%SDS的126.7y1雜交混合物中。將cDNA樣品在73t:下變性10分鐘，然后37t:下溫育60分鐘，以使得Cot-IDNA能夠封閉重復序列。用變性和封閉的雜交混合物將陣列在雜交站(HybArrayl2TM-PerkinElmerLifeSciences，Zaventem，BE)中37。C下溫育14小時。雜交后，45。C下在含有50%甲酰胺，2xSCC，pH7的溶液中將載玻片洗滌3分鐘，然后在室溫下用PN緩沖液(PN:0.1M磷酸鈉，0.1%nonidet24P40，pH8)，0.2xSSC，O.lxSCC和0.01xSCC中洗滌1分鐘。通過室溫下以lOOOrpm離心3分鐘而干燥載玻片。c)圖像采集、特征提取和標準化通過掃描(AgilentDNA微陣列掃描儀-Agilenttechnologies,PaloAlto，USA)獲得陣列的圖像，并且用Imagene5.6軟件(BiodiscoveryLtd,MarinadelRey，California)進行自動特征提取(兩個通道Cy3和Cy5的每個斑點的信號和背景強度的斑點分段和定量)。使用了不良質量斑點的標記的默認設置。用microsoftExcel表格從受試cDNA和參照cDNA的信號中值強度扣除局部背景。進行原始數據的強度的MA作圖，以判斷總體質量，并且排除不良質量實驗。標準化是采用使用"loess"校正的TIGRMidas或采用"Median"標準化進行的，并且在maNorm函數(marrayRbioconductor軟件包)中執行，具有相同結果。為了簇集的目的，也進行了陣列間標準化。由50的強度值代替低強度值。從進一步的分析中排除所有腫瘤中超過20%缺失值的基因。數據分析用軟件TIGRmultiexperimentviewer(TMev)進行未監督的簇分析。應用完全連鎖和歐幾里德距離。由于所有的雜交都是針對共同參照進行的，所有比較在不同組的結腸直腸贅生物之間都是相關的，認為與正常結腸直腸粘膜相比沒有差異。用Wilcoxon秩檢驗和考慮亞群的新方法進行腺癌和腺瘤之間表達比較的有監督的分析。結果表1中提供了通過微陣列鑒定出在腺瘤和腺癌之間差異表達的基因。實施例2:表達數據的集成和CGH分析為了調查結腸直腸腺瘤向腺癌進展過程中染色體不穩定性對基因表達的影響，在一系列114個結腸直腸腫瘤(37個未進展的腺瘤，41個進展的腺瘤(惡性息肉)和36個癌)上通過陣列-CGH分析了全基因組拷貝數目改變。這里針對20q上的染色體獲取區，詳細描述了本發明公開的SR0s的確定。對于41個進展的腺瘤，分析了腺瘤和腺癌成分的DNA拷貝數目改變。在>20%的病例中觀察到了lp，4，8p，14q，15q，17p和18的缺失和lq，6p，7，8q，13q，17q，19p，20q和22q的獲得，其中8p和18缺失以及13q和20q獲得是最頻繁的，發生在超過35X的病例中。單獨的染色體20的獲得發生在超過60%的病例中。在基因組范圍，在進展的腺瘤中，拷貝數目改變的模式在腺瘤和腺癌成分之間沒有差異，B卩，腺癌成分中發現的異常已經存在于腺瘤成分上，盡管頻率或廣度較低。隨后，分析了37個未進展的腺瘤和36個癌的拷貝數目改變。在73個腫瘤中，67個(34個腺瘤和33個癌)顯示了高質量的基因組概況(相應于8%退出)。在腺瘤中，異常的頻率明顯非常低。相反，腺癌顯示了頻繁的(>20%的病例)lp，4，8p，14q，15q，17p和18缺失，以及lq，6p，7，8q，13q，17q，19p，20q和22q獲得，其中8p和18缺失以及13q和20q獲得存在于35%以上的病例中(如同在進展的腺瘤中)。染色體20獲得存在于少于15%的腺瘤中，但在超過60%的癌中，大多數影響整個染色體或長臂，如同在進展的腺瘤中。這67個腫瘤(未進展的腺瘤和癌)在DNA拷貝數概況上的等級簇集分析顯示了癌和腺瘤明顯區分為兩個不同的簇，即分別是簇1和簇2，乂2檢驗。<0.001。在對未進展的腺瘤和腺癌之間有顯著差異(p<0.05)的DNA拷貝數改變進行的檢索中，我們觀察到了4q，8p，8q，13q，15q，18和20是相關區域，其中20q上的基因座差異最顯著(p<0.00001)。為了確定具有在結腸直腸癌進展中起作用的推定的癌基因的最相關區域，將STAC應用于石蠟包埋的惡性息肉(n=41)和冷凍的癌(n=33)的合并的集合。對于20q，這些樣品的分析發現3個具有異常拷貝獲得的相關區域，一個跨4Mb(32-36Mb)，一個跨3Mb(56-59Mb)，第三個跨2Mb(61_64Mb)。這三個區域(最小重疊區-SROs)仍然分別含有80、35和94種基因。對于與腺癌相關的染色體異常的其他區域進行了相似的分析，對于這些區域的每一個，鑒定了SROs。在能獲得快速冷凍材料的37個未進展的腺瘤和36個癌中進行了微陣列表達分析。在68個病例(37個腺瘤和31個腺癌，7%退出)中獲得了高質量表達數據。陣列-CGH數據在基因組范圍內與微陣列表達數據相關，不依賴于腺瘤或腺癌狀況。為了比較具有某些染色體異常的腫瘤與缺乏所述異常的腫瘤之間的表達，為了公開表達受到染色體異常的影響的基因，開發了統計學算法(R環境)(deWiel，未發表的數據)。對于染色體異常的每個區域，獲得了一系列基因，其基因劑量影響表達水平(表2-9)。鑒定了基因，其作圖在染色體異常區內，并且顯示了結腸直腸腺瘤和具有相關染色體異常的腺癌細胞之間的差異表達(表10-16)。下文對于20q上的染色體獲得區更詳細描述了這個過程。以兩種不同的方式進行了目的在于鑒定20q上的推定癌基因的表達數據的有監督的分析。首先，研究了癌和腺瘤之間的基因差異表達(表1)，其次，具有20q獲得的腫瘤中的基因表達與沒有20q獲得的腫瘤比較(表8)，以確定哪些基因中的表達水平受到20q獲得的存在的影響。第一種方法發現了與腺瘤相比，在腺癌中的基因組范圍的122種上調的基因和219種下調的基因(Wilcoxon檢驗p-值〈le-5或Thas評分〉10.47)。在122種上調的基因中，14種作圖在染色體20q上。對于第二種方法，僅僅使用了可以獲得陣列-CGH數據和表達數據的腫瘤(腺瘤和腺癌)(n=64)。最為預選，使用在第一種方法中獲得的在癌和腺瘤之間的表達值差異表達(上調和下調)的基因(截止p-值<0.05)，以便集中于參與從腺瘤進展到癌的20q上的基因。采用這種分析，在基因組范圍鑒定了127種基因，其表達水平是由于20q獲得的存在。當我們比較兩種方法之間共同的、作圖在20q上的基因，即由于該染色體臂的獲得而在癌中上調的基因時，發現了9種基因，S卩，TPX2，c20orf24，AURKA(STK6)，RNPC1，TH1L，ADRM1，C20orf20，TCFL5和C20orfl1。對于與結腸直腸腺癌相關的染色體缺失或獲得的其他區域，進行了相似的分析。表1:在結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間差異表達的人基因。(數據按p值排序)26基因ID說明(表1)才交正的p^f直NM—000963前列腺內過氧化物合酶2(前列腺G/H合酶和環加氧酶)0(PTGS2),mRNA.BC017卯6克隆IMAGE:4273917,mRNA.0NM—031285假定蛋白PP1057(PP1057),mRNA.0A兩6401全長插入cDNA克隆ZD75H06.0AI546979PN2.1—12—B02.rmynormcDNA5',mRNA序列.0NM—000439前蛋白轉化酶枯草蛋白酶/kexin型l(PCSKl),mRNA.0NM—032827假定蛋白FLJ14708(FLJ14708),mRNA.0AK024180cDNAFU14118fis,克隆MAMMA1001848.0AK001058cDNAFLJ10196fis,克隆HEMBA1004776.0麗—145341程序性細胞死亡4(贅生轉化抑制物)(PDCD4),轉錄變0體2,mRNA.NM—016651肝細胞癌新基因3(DAPPER1),mRNA.0NM—013943細胞內氯通道4(CLIC4),mRNA.0NM—006922鈉通道，電壓門控的，III型，a多肽(SCN3A),mRNA.0NM—005424具有免疫球蛋白和表皮生長因子同源性結構域的酪氨酸0激酶(TIE),mRNA.U80770EST克隆251800mariner轉座子Hsmarl序列.0BC039491克隆IMAGE:5547271,mRNA.0NM—145274LOC147184(LOC147184),mRNA.0AF056437克隆HEA2Cri-du-chat關鍵區mRNA.0AB033100KIAA1274蛋白的mRNA,部分cds.0NM—002731蛋白激酶，cAMP-依賴性，催化的，P(PRKACB)，mRNA.0NM—152621假定蛋白MGC26963(MGC26963),mRNA.0NM—006396千燥綜合征/硬皮病自身抗原1(SSSCAl)，mRNA.0BC009558克隆IMAGE:3899550，mRNA，部分cds.0NM—005101a千擾素誘導型蛋白(克隆IFI-15K)(G1P2),mRNA.0NM一O18484溶質載體家族22(有機陰離子/陽離子轉運蛋白)，成員110(SLC22A11),mRNA.NM—006944分泌的磷蛋白2,24kDa(SPP2),mRNA.0BF683837602140129F1NIH—MGC—46cDNA克隆0IMAGE:43012875',mRNA序列.27<table>tableseeoriginaldocumentpage28</column></row><table>基因ID說明(表1)校正的p4直AK074150FLJ00223蛋白的mRNA.0AL833463mRNA,cDNADKFZp686P07116(來自克隆0DKFZp686P07116).NM—024505NADPH氧化酶，EF手鈣結合域5(NOX5),mRNA.0BC033540RA調節的核基質相關蛋白，克隆MGC:426570IMAGE:4826434,mRNA,完整cds.AF339788克隆IMAGE:208561，mRNA序列.0BG186690RST5665AthersysRAGE文庫cDNA,mRNA序列.0剛一O18662在精神分裂癥中破壞的1(DISCI),mRNA.0NM—001546DNA結合的抑制劑4，顯性失活的螺旋-壞-螺旋蛋白0(ID4),mRNA,AK091130cDNAFLJ33811fis，克隆CTONG2002095.0NM—006030鈣通道，電壓依賴性的，a2/5亞基2(CACNA2D2),0mRNA.NM—016569T-盒3(尺骨乳腺綜合征)(TBX3)，轉錄變體2,mRNA.0NM—152315假定蛋白MGC342卯(MGC342卯)，mRNA.0麗一006602轉錄因子樣5(基本螺旋-環-螺旋)(TCFL5),mRNA.0AK095147cDNAFLJ37828fis,克隆BRSSN2006575.0NM—019000假定蛋白FLJ20152(FLJ20152),mRNA.0NM—024533假定蛋白FLJ22167(FLJ22167),mRNA.0NM—080661類似于RIKENcDNA0610008P16基因(MGC15937)，0mRNA.NM—014729胸腺高遷移性基團盒蛋白TOX(TOX),mRNA.0NM—032579結腸和小腸特異性的富含半胱氨酸的蛋白前體0(HXCP2),mRNA.NM—002928G-蛋白信號傳遞的調節物16(RGS16>,mRNA.0醒一014310RASD家族，成員2(RASD2),mRNA.0NM—001249胞外核香三磷酸二磷酸水解酶5(ENTPD5),mRNA.0BC015962克隆IMAGE:4081125,mRNA,部分cds.0NM—016938含EGF的纖蛋白樣細胞外基質蛋白2(EFEMP2)，mRNA.0AF085835全長插入cDNA克隆YI41B09.0AK096002cDNAFLJ38683fis,克隆KIDNE2000777.0BM545871AGENCOURT—6500358NIH—MGC—125cDNA克隆0IMAGE:55882285'，mRNA序列.AW975332EST387440MAGE重新排序，MAGNcDNA,mRNA序0基因ID說明^表I)校正的g-值列.NM—138455含膠原三螺旋重復1(CTHRC1),mRNA.NMJH4176類似于遍在蛋白綴合酶的HSPC150蛋白(HSPC150)，mRNA.NM—019012磷酸肌醇3-磷酸結合蛋白-2(PEPP2)，mRNA.NM—006809線粒體外膜的移位酶34(TOMM34),mRNA.BC035027克隆IMAGE:4828469,mRNA.NM_001072UDP糖基轉移酶1家族，多肽A6(UGT1A6),mRNANM—007283單酰甘油脂酶(MGLL),mRNA.NM—003655chromobox同源物4(Pc類同源物，果蠅)(CBX4),mRNA.0AK000245cDNAFLJ20238fis,克隆COLF58卯.0BC029775假定基因LOC127421,克隆MGC:353940IMAGE:5186268,mRNA,完整cds.NM—001888晶體蛋白，mu(CRYM),mRNA.0NM—018414GalNAca-2,6-唾液酸轉移酶I,長形(ST6GalNAcI),0mRNA.AL355711EST來自克隆208499，完整插入片段.0NM—018270染色體20可讀框20(C20orf20)，mRNA.0NM—033225CUB和Sushi多結構域1(CSMD1),mRNA.0AK025017cDNA:FU21364fis'克隆COL02989.0AF147324全長插入cDNA克隆YB22D01.0AK025522cDNA:FLJ21869fis,克隆HEP02442.0NM—033262溶質栽體家族8(鈉4丐交換物)，成員3(SLC8A3)，轉錄0變體a,mRNA.NM—0055183-羥基-3-甲基戊二酰-輔酶A合酶2(線粒體)O(HMGCS2),mRNA.BC008502克隆MGC:14841IMAGE:4295121,mRNA,完整cds.0NMJH4326死亡相關蛋白激酶2(DAPK2),mRNA.0AF086094全長插入cDNA克隆YZ87H06.0AB037842KIAA1421蛋白的mRNA,部分cds.0NM—025087假定蛋白FLJ21511(FLJ21511),mRNA.0NM—003682激活MAP的死亡結構域(MADD)，轉錄變體4,mRNA.0NM_003657乳腺癌擴增的序列1(BCASl)，mRNA.0NMJ)05卯4MAD,母體抗decapentaplegic同源物7(果蠅)(MADH7),0mRNA.30基因IDNM—004417麗_014766A腿6378BC034757NM—005172NM—012254NM—133367薩—012413AL548449NM—003289NM—153751NM一O16308NM_005375U01O38畫—032951驅—003882畫—033126BC033971麗—004221畫—002346NM020360說明沐1)雙特異性磷酸酶1(DUSP1),mRNA.KIAA0193基因產物(KIAA0193),mRNA.cDNA:FLJ22725fis，克隆HSI14917.校正的p,值000印度刺猬同源物(果蠅)，克隆MGC:348150IMAGE:5182642,mRNA,完整cds.無調同源物1(果蠅)(AT0H1),mRNA.0溶質栽體家族27(月旨肪酸轉運蛋白)，成員5(SLC27A5),0mRNA.染色體6可讀框33(C6orf33)，mRNA.0谷氨酰胺酰-肽環轉移酶(谷氨酰胺酰環化酶)(QPCT),0mRNA.AL548449LTI—NFL006—PL2cDNA克隆0CS0DI014YH213prime,mRNA序列.原肌球蛋白2((3)(TPM2),mRNA.0染色體21可讀框82(C21orf82)，mRNA.0UMP-CMP激酶(UMP-CMPK),mRNA.0v-myb成髓細胞瘤病毒(myeloblastosisviral)癌基因同0源物(禽類)(MYB)，mRNA.pLKmRNA,完整cds.0WilliamsBeuren綜合征染色體區14(WBSCR14),轉錄變0體1，mRNA.WNTl誘導型信號傳遞途徑蛋白1(WISP1),轉錄變體1，0mRNA.絲氨酸/蘇氨酸激酶PSKH2(PSKH2)，mRNA.0克隆IMAGE:5288527,mRNA.0天然殺傷細胞轉錄物4(NK4),mRNA.0淋巴細胞抗原6復合物，基因座E(LY6E),mRNA.0磷脂爬行酶(phospholipidscramblase)3(PLSCR3),0mRNA.NM—002167DNA結合的抑制物3,顯性失活的螺旋-環-螺旋蛋白0(ID3)，mRNA.NM—003839腫瘤壞死因子受體超家族，成員11a,NFKB的激活物0(TNFRSF11A),mRNA.NMJH2326微管相關蛋白，RP/EB家族，成員3(MAPRE3),mRNA.0NM—001761細胞周期蛋白F(CCNF)，mRNA.031基因id說明，i)......................NM—002345腔蛋白聚糖(LUM),mRNA.0NM—009590含銅的胺氧化酶2(視網膜特異性的)(AOC2)，轉錄變體02,mRNA.NM_005480滋養蛋白相關蛋白(滋養蛋白輔助蛋白)(TROAP),0mRNA.NM—014465磺基轉移酶家族，胞質溶膠，IB,成員1(SULT1B1),0mRNA.BC031648,KIAA1324蛋白，克隆MGC:35166IMAGE:5169952,0mRNA,完整cds.NM一020980水通道蛋白9(AQP9),mRNA.0NM_003890IgG結合蛋白的Fc片段(FCGBP)，mRNA.0NM_014631可能是小鼠5個SH3結構域的直向同源物(FISH),0mRNA.NM—022卯9著絲粒蛋白H(CENPH),mRNA.0NM—001715B淋巴細胞激酶激酶(BLK)，mRNA.0NMJ45235類似于RIKENcDNA1700007B22(LOC92565),mRNA.0NM—006259蛋白激酶，cGMP依賴性，II型(PRKG2),mRNA.0NM—032229假定蛋白FLJ22774(FLJ22774),mRNA.0NMJKB118分泌的蛋白，酸性，富含半胱氨酸(骨粘連蛋白)O(SPARC),mRNANM_006615鈣激活中性蛋白酶9(nCL-4)(CAPN9),mRNA.0NM_023028成纖維細胞生長因子受體2(細菌表達的激酶，角質形成O細胞生長因子受體，顱面骨發育不全1,Crouzon綜合征，Pfeiffer綜合征，Jackson-Weiss綜合征)(FGFR2),轉錄變體10,mRNA.NM—138706)B-1,3-N-乙酰葡糖胺轉移酶蛋白(IMAGE:4卯7098),0,0012662mRNA.NM—001343傷殘同源物2,促分裂原反應性磷蛋白(果蠅)(DAB2),0,00127427mRNA.NM—014276無毛的重組結合蛋白抑制物(果蠅)樣(RBPSUHL),0,00128244mRNA.NM_005476UDP-N-乙酰葡糖胺-2-差向異構酶/N-乙酰甘露糖胺激酶0,00129071(GNE)，mRNA.ALII7475mRNA,cDNADKFZp727C211(來自克隆0,00181782DKFZp727C211).32基因ID說明(表1)校正的p-值BC040548類似于假定蛋白MGC38960,克隆IMAGE:5288206,0,0018289mRNA.畫_133柳溶質栽體家族26,成員10(SLC26A10),mRNA.0,00184012醒—009587凝集素，結合半乳糖苷，可溶的，9(半乳凝集素9)0,00185148(LGALS9)，長轉錄變體，mRNA.AK055091cDNAFU30529fis,克隆BRAWH2001052.0,00186298AK001669cDNAFLJ10807fis，克隆NT2RP4000865，中度類似于0,00187463鋅指蛋白ZFP-36.BC036237克隆IMAGE:5297125,mRNA.0.00188642NM_006306SMC1染色體結構維持1樣1(酵母)(SMCILI),mRNA.0,00238874NM—016397TH1樣(果蠅)(THIL)，mRNA.0,00240313NM—000442血小板/內皮細胞粘附分子(CD31抗原)(PECAMl)，0,00298155mRNA.NM—017898假定蛋白FLJ20605(FU20605),mRNA,0,00344759NM—153025假定蛋白FLJ31606(FLJ31606),mRNA,0,00346751NM_018840推定的Rab5相互作用蛋白(RIP5)，mRNA.0,00348767NM—0(34315N-酰基鞘氨醇酰胺水解酶(酸性神經酰胺酶)10,00350807(AS腦)，mRNA.NM—014353RAB26,成員RAS癌基因家族(RAB26),mRNA.0,00352871BQ425855AGENCOURT_7894797NIH—MGC—72cDNA克隆0,00354959IMAGE',61583905'，mRNA序列.NM—014052GW128蛋白(GW128),mRNA.0,00367821NM—003186轉凝蛋白(TAGLN),mRNA.0,00369767AK092226cDNAFLJ34907fis，克隆NT2RI2003392.0,00371734NM—007069HRAS樣抑制物3(HRASLS3),mRNA.0,00373722NM—144646免疫球蛋白J多肽，免疫球蛋白a和p多肽的接頭蛋白0,00375731(IGJ)，mRNA.NM_003977酰基烴受體相互作用蛋白(AIP)，mRNA.0,00377762NM—002216a間(球蛋白)抑制劑，H2多肽(ITIH2)，mRNA.0,00379815AK075365cDNAPSEC0052fis,克隆NT2RP2000279,弱類似于0,00381891AQUALYSfNIPRECURSOR(EC3.4.21,).NM—002915復制因子C(激活物1)3,38kDa(RFC3),mRNA.0,00383989NM_006946血影蛋白，P,非紅細胞2(SPTBN2),mRNA.0,00386111畫_003%6sema結構域，7個血小板反應蛋白重復(l型和1型樣)，0,00388256跨膜域(TM)和短胞質域，(腦信號蛋白)5A(SEMA5A),33基因id說明(表i).........................................................................................H，e:.色國mRNA.NM—005398蛋白磷酸酶l,調節性(抑制物)亞基3C(PPP1R3C),0,00390425mRNA.BC040302克隆IMAGE:4837012，mRNA.0,00392618NM_004915ATP-結合盒，亞家族G(WHITE),成員1(ABCGl),轉0,00394836錄變體1,mRNA.AF086547全長插入cDNA克隆ZE12B03.0,0039708AK095226cDNAFU37卯7fis,克隆COLON2009337.0,00399349ALS32060mRNA,cDNADKFZp313L1514(來自克隆0,00414943DKFZp313L1514).AF075039全長插入cDNAYN6IC04.NM—032711假定蛋白MGC130卯(MGC13O卯)，mRNA.NM—016014CGI-67蛋白(CGI-67),mRNA.AK023616cDNAFLJ13554fis,克隆PLACE1007478.U32597前B細胞Ig重鏈mRNA,第三互補決定區PBUF-DE14,部分cds.NM—002899視黃醇結合蛋白1,細胞(RBPl)，mRNA.NM_001432epiregulin(EREG),mRNA.NM—024933假定蛋白FLJ12056(FLJ12056),mRNA.AW842526MR2-CN0035-170300-201-a06CN0035cDNA，mRNA序0,00596896列.BC002877類似于假定蛋白FUI1585,克隆MGC:112580,005985981MAGE:3942160,mRNA，完整cds.NM_022061線粒體核糖體蛋白L17(MRPL17),核基因編碼線粒體蛋0,0059988白，mRNA.NM—002102血型糖蛋白E(GYPE),mRNA.0,00601167NM_003173彩斑3-9同源物的抑制物1(果蠅)(SUV39H1),mRNA.0,00602895NM—032130假定蛋白DKFZp434J0113(DKFZP434J0113),mRNA.0,00603759BC037944克隆IMAGE:5285703，mRNA.0,00605939NM一O04385硫酸軟骨素蛋白聚糖2(多功能蛋白聚糖)(CSPG2),0,00606372mRNA.NM—024513含FYVE和巻曲的巻曲結構域1(FYCOl)，mRNA.0,00609009AL834283mRNA,cDNADKFZp547N0315(來自克隆0,00609015DKFZp547N0315).NM—005144無毛(HR),轉錄變體l,mRNA.0,006116680,004171040,004192880,004638250,00509592克隆0,005122050,005910150,005939410,0059605134基因ID說明(表1)校正的p-值醒一001920飾膠蛋白聚糖(DCN),轉錄變體Al,mRNA.0,00614351NMJH86卯栽脂蛋白B48受體(APOB48R),mRNA.0,00617057AK000932cDNAFL層70fis，克隆HEMBA腿581.0,00619788薩—003645溶質栽體家族27(脂肪酸轉運蛋白)，成員2(SLC27A2)，0,00622542mRNA.BC000712類似于驅動蛋白家族成員Cl,克隆MGC:12020,00625321IMAGE:3506669，mRNA,完整cds.AF085969全長插入cDNA克隆YT85B06.0,00628126NM—133646含不育a基序和亮氨酸拉鏈的激酶AZK(ZAK),mRNA.0,00630955麗一002135核受體亞家族4，A組，成員1(NR4A1),mRNA.0,0063381醒—021969核受體亞家族O,B組，成員2(NR0B2),mRNA.0,00636637BC033139克隆IMAGE:3844353,mRNA.0,00636691畫—006874E74樣因子2(ets結構域轉錄因子)(ELF2)，mRNA.0，00639598麗_001822嵌合蛋白1(CHN1),mRNA.0,00642532薩—006097肌球蛋白調節性輕鏈2，平滑肌同種型(MYRL2),mRNA.0,00645493AK098571cDNAFLJ25705fis,克隆TST04816,0,00648481AL832272mRNA,cDNADKFZp667P1917(來自克隆0,00651498DKFZp667P1917).畫—032746假定蛋白MGC12538(MGC12538)，mRNA.0,00654542畫_138639BCL2樣12(富含脯氨酸)(BCL2L12),轉錄變體1,0,00657615mRNA.NM—006361同源框B13(H0XB13),mRNA.0,00660717BQ230145AGENCOURT—7592688NIH—MGC—72cDNA克隆0,00663848IMAGE:60503635',mRNA序列.NM—006150僅LIM結構域6(LM06)，mRNA:0,00666117AK023718cDNAFLJ13656fis，克隆PLACE1011520.0,00667009BC025345類似于LOC149651,克隆MGC:39393IMAGE:4862156,0,00668卯4mRNA,完整cds.NM—012162F盒和富含亮氨酸的重復蛋白6(FBXL6),轉錄變體1,0,00670201mRNA.畫—0017U二聚糖(BGN),mRNA.0,00671714BC041362克隆IMAGE:5273088,mRNA.0,00673423畫J)01155聯膜蛋白A6(ANXA6),轉錄變體l,mRNA.0,00674549NM一001809著絲粒蛋白A,17kDa(CENPA),mRNA.0,00676676NM一O16341;岸脂酶C,sl(PLCE)，mRNA.0,0067740735基因ID說明(表1)校正的p-f直薩—017678假定蛋白FLJ20127(FLJ20127),mRNA.0,00679961BC022357克隆MGC:23866IMAGE:429707,mRNA,完整cds.0,00683278AK058066cDNAFLJ25337fis,克隆TST00714.0,00694147NM—003128血影蛋白，(3,非紅細胞1(SPTBNl)，mRNA.0，006%992AB019210PMMLP的BM32AmRNA,完整cds.0,0069986AL359603mRNA,cDNADKFZp547E096(來自克隆0,00702752DKFZp547E096).NM—172127鈣/鈣調蛋白依賴性蛋白激酶(CaM激酶)II50,00747488(CAMK2D),轉錄變體l，mRNA.AK022350cDNAFU12288fis,克隆MAMMA1001783.0,00750443A腿簡cDNAFLJ簡lfis,克隆PLACE1004405.0,00753421NM—138764BCL2相關X蛋白(BAX),轉錄變體s,mRNA.0,00756422AK075287cDNAFLJ卯806fis,克隆Y79AA1000750.0,00759448NM—032242假定蛋白DKFZp564A176(DKFZp564A176),mRNA.0,00762498BC015413克隆MGC:21964IMAGE:4394326,mRNA，完整cds.0,00765573NM—002318賴氨酰氧化酶樣2(LOXL2),mRNA.0,00768672NM_017843乳腺癌擴增的序列4(BCAS4)，mRNA.0,00771797NM_000196羥基類固醇(11-P)脫氫酶2(HSD11B2),mRNA.0,00774753NM—018685胞環蛋白，肌動蛋白結合蛋白(scraps同源物，果蠅)0,00777622(ANLN),mRNA.NM—001218碳酸酐酶XII(CA12),mRNA.0,00780513應一O17495含RNA結合區(RNPl,RRM)ll(RNPC1)，mRNA.0,00783425AL833091mRNA,cDNADKFZp451M0319(來自克隆0,0078636DKFZp45腦319).NM—033339胱天蛋白酶7，凋亡相關半胱氨酸蛋白酶(CASP7),轉0,00789316錄變體丫，mRNA.NM—004202胸腺素，p4，Y染色體(TMSB4Y),mRNA.0,00792294NM—000835谷氨酸受體，離子型，N-甲基D-天冬氨酸2C(GRIN2C),0,00795296mRNA.雇—004453電子轉移黃素蛋白脫氫酶(ETFDH)，核基因編碼線粒體0,00798319蛋白，mRNA.NM—000633B細胞CLL/淋巴瘤2(BCL2)，核基因編碼線粒體蛋白，0,00801366轉錄變體a,mRNA.AL832848mRNA,cDNADKFZp667H0525(來自克隆0,00804437DKFZp667H0525).基因id說明(表i).......................................NM—138478假定蛋白BC010734(LOC147632),mRNA.0,00807531NM—017卯2缺氧誘導型因子l,a亞基抑制劑(HIF1AN)，mRNA,O，OOSO8294NM_006699甘露糖苷酶，a,1A類，成員2(MAN1A2),mRNA.0,00810649NM—025067假定蛋白FLJ14106(FLJ14106),mRNA.0,00813791NMJ39248脂肪酶，成員H(LIPH)，mRNA.0,00816957NM_018259假定蛋白FLJ10890(FLJ10890),mRNA.0,00820148NM—000629干擾素(a，P和co)受體1(IFNAR1),mRNA.0,00823365NM—018354染色體20可讀框46(C20orf46),mRNA.0,00842689NM_007002粘附調節分子1(ADRMl)，mRNA.0,00872553AY006312克隆09叩a41T細胞受體|3鏈mRNA,部分cds.0,00875737NM—016353鋅指，含DHHC結構域2(ZDHHC2),mRNA.0,0089552NM—012112染色體20可讀框1(C20orfl),mRNA.0,00898741AF353674BTB結構域蛋白(BDPL)mRNA,部分cds.0,00901986NM—002659血纖蛋白溶酶原激活物，尿激酶受體(PLAUR),mRNA.0，00卯5254NM—020859Shroom相關蛋白(ShrmL),mRNA.0,00928743AL833307mRNA,cDNADKFZp4510249(來自克隆0,00950514DKFZp4510249).NM—052889僅CARD蛋白(COP),mRNA.0,00953873AK095I39cDNAFU37820fis,克隆BRSSN2004142.0,00957255NM—014444y微管蛋白環復合物蛋白(76p基因)(76P)，mRNA.0,00%0662AY101175胞外硫酸酯酶SULF-1mRNA,完整cds.0,00971681NM_003987匹配框基因2(PAX2),轉錄變體a，mRNA.0,00975066BC018995克隆MGC:205791MAGE:4300679，mRNA,完整cds.0,00978476BC036258克隆IMAGE:5270538,mRNA.0,00981909NM—001855膠原，XV型，a1(COL15A1),mRNA.0,01000145NM—001405肝配蛋白-A2(EFNA2),mRNA.0,01003606NM_032385染色體5可讀框4(C5orf4),mRNA.0,01020204BC034571類似于磷脂酶A2，IVB組(胞質溶膠)，克隆MGC:351200,01023686IMAGE:5167964，mRNA，完整cds.NMJ52777染色體14可讀框48(C14orf48)，mRNA.0,01027192NM—025244睪丸特異性，10(TSGA10),mRNA.0,01030722NM—015973甘丙肽相關蛋白(LOC51083),mRNA.0,01036579BI791911ie歸4.xlHR85胰島cDNA克隆IMAGE:50864713'，0,01040057mRNA序列.NM—000435Notch同源物3(果蠅)(NOTCH3)，mRNA.0,01043559基因IDi兌明(表I)NM—024817假定蛋白FU13710(FLJ13710),mRNA.AK022362cDNAFLJ2300fis,克隆MAMMA1001854.AK026367cDNA:FLJ22714fis,克隆HSI13646.AK095808cDNAFLJ38489fis,克隆FEBRA2023550,弱類似于P3蛋白.AK093557cDNAFLJ36238fis,克隆THYMU2001422.NM—006416溶質載體家族35(CMP-唾液酸轉運蛋白)，成員1(SLC35A1),mRNA.AB002339KIAA0341基因的mRNA,部分cds,NM一017590遍在的舍tetratricopcptidc的蛋白RoXaN(RoXaN),mRNA.NM—018590假定蛋白MGC40204(MGC40204),mRNA.AK055120cDNAFLJ30558fis,克隆BRAWH2004044.NM—006410HIV-lTat相互作用蛋白2，30kDa(HTATIP2),mRNA.NM_001752過氧化氫酶(CAT),mRNA.NM—000027天冬氨酰氨基葡糖苦酶(AGA),mRNA.AK023072cDNAFLJ13010fis,克隆NT2RP3000542.NM—018182假定蛋白FIJI0700(FLJ10700),mRNA.NM—0I6062CGI-128蛋白(CGI-128),mRNA.NM_021738監理蛋白(super絨毛蛋白)(SVIL),轉錄變體2,mRNA.AK023713cDNAFLJ13651fis，克隆PLACE1011452.BG109597602280715F1NIH—MGC—86cDNA克隆IMAGE:43'685545',mRNA序列.NM—002691聚合酶(定向于DNA),51,催化亞基125kDa(POLD1),mRNA.NM—0056185樣1(果蠅)(DLLl)，mRNA.NM_018453染色體14可讀框11(C14orfl1)，mRNA.NM_005538抑制素，pC(INHBC),mRNA.NM—018244染色體20可讀框44(C20orf44),mRNA.Z83936mRNA,克隆CD36.躍—014302Sec61y(SEC61G),mRNA.NM_0003%組織蛋白酶K(致密性成骨不全癥)(CTSK)，mRNA.BC006270克隆MGC:112911MAGE:3946683,mRNA,完整cds.NM_000698花生四烯酸5-脂加氧酶(ALOX5),mRNA.BC040672克隆IMAGE:4816952,mRNA.校正的p.-值0,010470850,010506340,010860420,010895220,010930260,010961260,010965520,0109978O，Ol匪0,011036720,011072670,011108860,011142320,011145280,011175980,011181940,011209850,011218850,011243920,011255990,01127820,011283010,011307290,011312690,011318490,011341050,011347390,01135420,0113750,0113823138基因ID說明(表1)校正的p^f直NM—014142nudix(二磷酸核苷連接的部分X)-型基序5(NUDT5)，0,01139013mRNA.AK056937cDNAFLJ32375fis,克隆SALGL1000065,弱類似于多0,01140916同源異型-近端染色質蛋白.BC040599克隆IMAGE:5270494,mRNA.0,01141744NM—018180死亡/H(Asp-Glu陽Ala-Asp/His)框多肽32(DDX32),0,01142629mRNA.NM—003155司腺《丐蛋白l(STCl),mRNA0,01143466AK094846cDNAFLJ37527fis,克隆BRCAN2011946.0,01145279NM—003359UDP-葡萄糖脫氫酶(UGDH)，mRNA.0,01146268NM—002840蛋白酪氨酸磷酸酶，受體型，F(PTPRF),轉錄變體l，0,01146829mRNA.NM—020299醛-酮還原酶家族1,成員BIO(醛還原酶)(AKRIBIO),0,01148835mRNA.NM—000107損傷特異性DNA結合蛋白2,48kDa(DDB2),mRNA.0,01150212畫一002250鉀中間體/小電導鉤激活的通道，亞家族N,成員40,01152414(KCNN4),mRNA.AK0卯685cDNAFU33366fis,克隆BRACE2005556.0,01153615NM一030574含START結構域5(STARD5),mRNA.0,01156016NM—138784假定蛋白BC014341(LOC116123),mRNA.0,01157039醒—005164ATP-結合框，亞家族D(ALD)，成員2(ABCD2)，mRNA.0,01195099AK000899cDNAFLJ10037fis，克隆HEMBA1000968.0,01198594NM—024068假定蛋白MGC2731(MGC2731),mRNA.0,01220686AK093573cDNAFLJ36254fis,克隆THYMU2002157.0,01246125NM_017682卵黃樣黃斑萎縮2樣蛋白1(VMD2L1),mRNA.0,01249753NM—005585MAD,母體抗decapentaplegic同源物6(果蠅)(MADH6),0,01253313mRNA.NM—007055聚合酶(RNA)III(定向于DNA)(155kD)(RPC155),0,01256894mRNA.NM—024312MGC4170蛋白(MGC4170),mRNA.0,01260496NM—016305染色體18上的滑膜肉瘤異位基因樣2(SS18L2),mRNA.0,01264118BC030750克隆IMAGE:4795773,mRNA.0,01267761NM_006067C0X4的近鄰(N0C4),mRNA.0,01270932AF506819URBmRNA,完整cds.0,01271425雨一l52299假定蛋白384D8_6(384D8-2)，mRNA.0,0127453339基因IDNM—005570AB032983NM—016614AK097377AL122071AK095100NM—002225麗一030790NM—001145NM—0I4548NM—014747畫—012477U05597NM—016400NM—024855AL833742NM—033118NM—003283AL832954NM一08643NM_016073AF130090AK000777NM—004407BC039263CA314483畫053286說明(表l)凝集素，甘露糖結合，1(LMAN1),mRNA.KIAA1157蛋白的mRNA,部分cds.TRAF和TNF受體相關蛋白(TTRAP)，mRNA.cDNAFLJ40058fis,克隆TCOLN1000180.校正的j3-值0,012882550,012918740.012955130,01298086mRNA，cDNADKFZp434H1235(來自克隆0,01301681DKFZp434H1235)cDNAFLJ37781fis，克隆BRHIP2027054.0,01305297異戊酰輔酶A脫氫酶(IVD),核基因編碼線粒體蛋白，0,01308933mRNA.T-細胞免疫調節蛋白(CDA08),mRNA.0,01312589血管生成素，核糖核酸酶，RNA酶A家族，5(ANG),0,0134382mRNA.原肌球調節蛋白2(神經元的)(TMOD2),mRNA.0,01345882KIAA0237基因產物(KIAA0237)，mRNA.0,01347442WW結構域結合蛋白1(WBP1),mRNA.0，0134959陰離子交換蛋白3心臟同工型(cAE3)mRNA,部分cds.0,01351084Huntingtin相互作用蛋白K(HYPK),mRNA.0,01354745假定蛋白FLJ12785(FLJ12785),mRNA.0,01358427mRNA,cDNADKFZp666E186(來自克隆0,01362128DKFZp666E186).肌球蛋白輕鏈激酶2,骨骼肌(MYLK2),mRNA.0,01363364肌鈣蛋白T1，骨骼的，慢(TNNT1),mRNA.0,0136585mRNA,cDNADKFZp666M1310(來自克隆0,01367019DKFZp666M1310).骨髓細胞上表達的觸發受體1(TREM1),mRNA.0,01369592可能是小鼠肝細胞瘤衍生的生長因子的直向同源物，相0,01386387關蛋白(HDGFRP3),mRNA.克隆FLB9530PRO2574mRNA,完整cds.0,01405557cDNAFLJ20770fis,克隆COL06509.0,01409295牙本質基質酸性磷蛋白(DMPl)，mRNA.0,0140964類似于谷氨酸受體，離子型，S1克隆MGC:338690,0141333IMAGE:5273869,mRNA,完整cds.UI-CF-FN0-afh-g-23-O-UI.slUI-CF-FNOcDNA克隆0,01417039UI-CF-FN0-afh-g-23-0-Ul3',mRNA序列.水通道蛋白6，腎特異性(AQP6)，轉錄變體2,mRNA.0,01420768<table>tableseeoriginaldocumentpage41</column></row><table>基因ID說明(表1.)校正的|>值mRNA.輸入蛋白9(FLJ10402),mRNA.0,01517769GTP結合蛋白5(推定的)(GTPBP5),mRNA.0,01519306PM0-HT0339-081199-001-aOlHT0339cDNA,mRNA序0，01521435列.含Rho相關的BTB結構域3(RHOBTB3),mRNA.0,01523039染色體10可讀框2(C10orf2),mRNA.0,01525119含三分基序29(TRIM29),轉錄變體1，mRMA.0,01526791朊病毒蛋白(p27-30)(Creutzfeld-Jakob病，0,01527138Gerstmann-Strausler-Scheinker綜合征，致死性家族性失眠癥)(PRNP),mRNA.多聚免疫球蛋白受體(PIGR),mRNA.0，0152882鋅指蛋白223(ZNF223),mRNA.0,0153254克隆IMAGE:3621749,mRNA,部分cds.0,01532715氯通道，輛激活的,家族成員1(CLCA1),mRNA.0,01536278MR0-ST0019-290999-002-fl)3ST0019cDNA，mRNA序0,01536338列.cDNAFLJ13457fis,克隆PLACE1003343.0,01539979假定蛋白FLJ20174(FU20174),mRNA,0,01540034nephroncjphthisis4(NPHP4)'mRNA.0,01543637硫酸乙酰肝素6-0-磺基轉移酶2(HS6ST2),轉錄變體S,0,01545358mRNA.EST382215MAGE重新排序，MAGKcDNA，mRNA序0,01547312列.nudix(二磷酸核苷連接的部分X)-型基序1(NUDTl),0,01548986mRNA.過氡化物酶體生物發生因子7(PEX7),mRNA.0,01552631溶質載體家族21(有機陰離子轉運蛋白)，成員120,01611827(SLC21A12),mRNA.類似于假定蛋白FLJ20897(LOC196549)，mRNA.0,01620044KIAA1764蛋白，克隆MGC:26917IMAGE:4837403,0,01623803mRNA,完整cds.克隆IMAGE:5302158，mRNA.0,01627579FEV蛋白(HSRNAFEV),mRNA.0,01628117asporin(l類LRR)(ASPN),mRNA.0,01631373醒一O18085NM—015666AW382764畫一O14899NM—021830NM—01210醒000311NM—002644畫一O13361BC002782NM—001285AW386993AK023519NM_017699畫_015102NM—147175AW970134NM—002452麗一000288NM_016354訓—145293BC030701BC039414NM_017521畫017680基因id說明，q...AA195192zr34g08.rlSoares—NhHMPu—S1cDNA克隆0,0163186IMAGE:6653425',mRNA序列.AK098553cDNAFLJ25687fis，克隆TST04292.0,01632327NM_000773細胞色素P450,亞家族IIE(乙醇誘導型)，多肽10,0163562(CYP2E1),mRNA.NM—139033促分裂原激活的蛋白激酶7(MAPK7),轉錄變體1,0,01636036mRNA.NM—031472假定蛋白MGCU134(MGC11134),mRNA.0,01639397AK025758cDNA:FU22105fls,克隆HEP17660,0,01639763AF131834克隆24841mRNA序列.0,01643507NM_025194肌醇1,4,5-三褲酸3-激酶C(ITPKC),mRNA.0,01647268NM—144971假定蛋白MGC26641(MGC26641),mRNA.0,0711367BQ921112AGENCOURT一8926187NIH—MGCJ01cDNA克隆0,0171523IMAGE:64630135',mRNA序列.AK024356cDNAFLJ14294fis,克隆PLACE1008181.0,01719111NM—152340假定蛋白FLJ3卯75(FLJ3卯75),mRNA.0,01726114BC036419克隆IMAGE:4797520,mRNA.0,01729993AF257167腸粘蛋白2.1(MUC2)mRNA,部分cds.0,01736846NM—004172溶質載體家族1(神經膠質高親和力谷氨酸轉運蛋白)，成0,01740723員3(SLC1A3)，核基因編碼線粒體蛋白，mRNA.AL833444mRNA,cDNADKFZp313M0542(來自克隆0,01744617DKFZp313M0542).NM—152760假定蛋白FLJ30934(FLJ30934),mRNA.0,01755202NM—138573神經調節蛋白4(LOC145957),mRNA,0,01768205BG107100602291004F1NIH_MGC—85cDNA克隆0,01772074IMAGE:43857125',mRNA序列.畫—032833蛋白磷酸酶1,調節性(抑制物)亞基15B(PPP1R15B)，0,01775961mRNA.NM—002497NIMA(從不出現在有絲分裂中的基因A)相關的激酶20,01779864(NEK2),mRNA.NM—005651色氨酸2,3匿雙加氧酶(TD02),mRNA.0,0178225NM—000669醇脫氫酶1C(I類)，y多肽(ADHlC)，mRNA.0,01783784NM—02519S轉錄終止因子樣蛋白(LOC80298)，mRNA.0,01786133BC039527克隆IMAGE:5742065,mRNA.0,01787722BC022423克隆IMAGE:4247831,mRNA.0,01791677430,01795650,017983560,018000760，018022150,01804308隆0,01806090，018081470,01809983基因id說明(表i)....................然正e.E:iLNMJH3443CMP-NeuAC鄰)-N-乙酰氨基半乳糖苷(a)2，6-唾液酸轉0,01794513移酶成員VI(ST6GALNAC6),mRNA.AK091117cDNAFLD37兆fis,克隆CTONG2000063.NM—144676假定蛋白MGC23911(MGC239U)，mRNA.NM_022914假定蛋白24432(24432),mRNA.NM—003847過氣化物酶體生物發生因子11A(PEX11A)，mRNA.AK025703cDNA:FLJ22050fis，克隆HEP09454.BG822407602725454F1NIH—MGC—15cDNA克IMAGE:48650535',mRNA序列.NM—145284類似于假定蛋白MGC17347(LOC15卯90)，mRNA.U44954NMDA受體谷氨酸結合鏈(hnrgw)mRNA,部分cds.AL832540mRNA,cDNADKFZp547A0117(來自克隆0,01812002DKFZp547A0117).BC040627克隆IMAGE:5745252,mRNA.0,01813892AK094649cDNAFLJ37330fis,克隆BRAMY2019509.0,01817818AB053318ALS2CR16mRNA,完整cds.0,01821672NM—000310棕櫚軌-蛋白疏酯酶I(蠟樣脂-脂褐質沉積癥，神經元，0,01827366嬰兒的)(PPTl),mRNA.AF327347DnaJ蛋白SB73mRNA,完整cds.NM—019006與PRK1相關的蛋白(AWP1),mRNA.NM—138340含abhydrolase結構域3(ABHD3),mRNA.NM—025098假定蛋白FLJ22644(FLJ22644),mRNA.NMJ52583假定蛋白MGC40053(MGC40053),mRNA.AK075564cDNAPSEC0264fis，克隆NT2RP3002337.NM—016013CGI-65蛋白(CIA30),mRNA.BC040卯1克隆IMAGE:5743779'mRNA.NM—032744假定蛋白MGC12335(MGC12335),mRNA.NM—015446ELYS轉錄因子樣蛋白TMBS62(elys)，mRNA.NM—006850白介素24(IL24),mRNA.NM—152460假定蛋白FLJ31882(FLJ318S2),mRNA.NM_004657血清剝奪反應(磷脂酰絲氨酸結合蛋白)(SDPR),mRNA.NMJB2848假定蛋白FLJ14827(FLJ14827),mRNA.NM_002759蛋白激酶，千擾素請導型雙鏈RNA依賴性(PRKR),0,01995569mRNA.0,018312130,018350760,018389560,018746250,018785390,018824690,018864150,019417580,019457790,019498150,019538690,019583730,019749140.0199138644基因ID說明，1.)然.正的丄:且NM—000322視網膜變性，慢(色素性視網膜炎7)(RDS)，mRNA.0,019996NM—033280類似于信號肽酶復合物(18kD)(LOC卯701)'mRNA.0,02003648NM—030W2含三分基序8(TRIM8),mRNA.0,02003691NM—002896RNA結合基序蛋白4(RBM4),mRNA.0,02007712BI005815MR4-HN0058-250401-002-cOSiHN0058cDNA,mRNA序0,02007797列.AF055007克隆24707mRNA序列.0,02011793AK022434cDNAFLJ12372fis,克隆MAMMA1002446.0,0201589NM一012332可能是小鼠酰基輔酶A硫酯酶2的直向同源物，線粒0,02020004體(ACATE2),mRNA.NM—020404腫瘤內皮標記物1前體(TEMl)，mRNA,0,02023169AL080129mRNA，cDNADKFZp434D193(來自克隆0,02023645DKFZp434D193)NM一014950KIAA0997蛋白(KIAA0997),mRNA.0,02027152NM—014420dickkopf同源物4(非洲爪蟾)(DKK4),mRNA.0,02027709NM—000901核受體亞家族3，C組，成員2(NR3C2),mRNA.0,0203115AK024101cDNAFU14039fis,克隆HEMBA1005472.0,02031789BC041405克隆IMAGE:5284125，mRNA.0,02035164NM—013368RPA結合反式激活物(RBTl)，mRNA.0,02039194NM—004112成纖維細胞生長因子11(FGF11),mRNA.0,02039592NM—002839蛋白酪氨酸磷酸酶，受體型，D(PTPRD)，轉錄變體1,0,0204324mRNA.AW178737IL5-H丁0118-070999-001-H09HTO118cDNA，mRNA序0,02047302列.AB067497KIAA1910蛋白的mRNA,部分cds.0,02051381NMJ53498CamKI樣蛋白激酶(CKLiK)，轉錄變體2，mRNA.0,02055475NM_024522假定蛋白FLJ12650(FLJ12650),mRNA.0,02095733NM—014376細胞質的FMR1相互作用蛋白2(CYFIP2)，mRNA,0,02099771NM一052904KIAAI900蛋白(KIAAI卯O),mRNA.0,02103824AB033O5OKIAA1224蛋白的mRNA,部分cds.0,02107894NM_000425LI細胞粘附分子(腦積水，Sylvius1導致的導水管狹窄，0,02111979MASA(智力遲鈍，失語癥，拖曳步態和拇指內翻)綜合征，痙攣性截癱l)(UCAM),轉錄變體l，mRNA.NMJ52613假定蛋白MGC26816(MGC26816),mRNA.0,0211608NM—016552睪丸特異性錨蛋白樣蛋白1(LOC51281),mRNA.0,0211722445基因ID說明(表1)校正的直NM—004368鈣調理蛋白2(CNN2)，mRNA.0,02120197畫一O14047HSPC023蛋白(HSPC023),mRNA.0,02124329AK027183cDNA:FU23530fis,克隆LNG06055.0,02128479NM—003594轉錄終止因子，RNA聚合酶ll(TTF2),mRNA.0,02130092NM_003061裂縫同源物1(果蠅)(裂縫1)，mRNA.0,02132644NM—002267核周蛋白a3(輸入蛋白a4)(KPNA3),mRNA.0,0216432NM_005637滑膜肉瘤異位，染色體1S(SS18),mRNA.0,02194216NM—024050假定蛋白MGC2594(MGC2594)，mRNA.0,02198411NM—138933apobec-1互補因子(ACF),轉錄變體3，mRNA.0,02204884剛—002435磷酸甘露糖異構酶(MPI),mRNA.0，0220卯84BQ014489UI-H-EDl-axt-o-07-0-UI,slNCI—CGAP—EDIcDNA克隆0,02215466IMAGE:58335663'，mRNA序列.畫—005161血管緊張素II受體樣l(AGTRLl),mRNA.0,0221967NM一000983核糖體蛋白L22(RPL22),mRNA.0，02225%8NM_021910含離子轉運調節物的FXYD結構域3(FXYD3)，轉錄變0,02230176體2,mRNA.AK022111cDNAFLJ12049fis，克隆HEMBB10019%.0,02240608NM—004219垂體腫瘤轉化1(PTTG1),mRNA.0,0233409NM—006868RAB31,成員RAS癌基因家族(RAB31),mRNA.0,02335983BC033667克隆IMAGE:510701,mlWA.0:02337195NM—015198K1AA0633蛋白(COBL),mRNA.0,02338389AK096389cDNAFLJ3卯70fis,克隆NT2RP7015676.0,02340358AK075059cDNAFL簡78fis,克隆OVARC1002178.0,02341539NM—000135范可尼貧血，互補A組(FANCA),mRNA.0,02342703NM_000221已酮糖激酶(杲糖激酶)(KHK),轉錄變體a,mRNA.0,02344749BC037864克隆IMAGE:5272804，mRNA.0,02345899BQ900993AGENCOURT—8585098L叩ski—交感神經干cDNA克隆0,02347033IMAGE:61924095',mRNA序列.AK000930cDNAFLJ濯68fis,克隆HEMBA1001533.0，023楊56麗—015512DKFZP434A236蛋白(DKFZP434A236),mRNA.0,02349156NM一153338假定蛋白FLJ90165(FLJ90165),mRNA.0,02350276BC012852類似于RIKENcDNA4930433D19基因，克隆MGC:98110,0235138IMAGE:3860705,mRNA,完整cds.NM—006229胰脂肪酶相關的蛋白1(PNLIPRP1),mRNA.0,02362165BF332972MR1-BT0796-160600-001-c02BT0796cDNA,mRNA序0,02430956基因ID說明^表1)_...校正的p^直列.NM—013438u遍在蛋白1(UBQLN1),轉錄變體l,mRNA.0,02444768CA426336UI-H-DF0-bek-n-06-0-UI.slNCI—CGAP_DF0cDNA克0,02454055隆UI-H-DFO-bek-n-06-0-UI3'，mRNA序列.NM—02U27佛波醇-12-豆蔻酸-13-乙酸誘導的蛋白1(PMAIPl),0,02454381mRNA.AK023734cDNAFU13672fis,克隆PLACE1011749.AK056150cDNAFLJ31588fis,克隆NT2RI2002252.Z34278(JER58)MUC5AC粘蛋白的mRNA(部分).NM一021101密蛋白1(CLDNl)，mRNA.NM—052965染色體1可讀框19(Clorfl9)，mRNA.BC028630類似于推定的，克隆MGC:33835IMAGE:5262164mRNA,完整cds.AF147791粘蛋白11(MUCll)mRNA,部分cds.AK001130cDNAFLJ10268fis，克隆HEMBB訓觀,弱類似于神0,02512964經元的線狀蛋白AD7c-NTPmRNA.AK093095cDNAFU35776fis，克隆TEST12005326.0,02521857NM—015438中間絲樣MGC:2625(DKFZP586I2223),轉錄變體1,0,02548512mRNA.BC039385克隆IMAGE:5298460，mRNA.0,02553063NM_004156蛋白磷酸酶2(formerly2A),催化亞基，卩同工型0,02561765(PPP2CB),mRNA.NM—003731千燥綜合征細胞核自身抗原1(SSNA1),mRNA.0,02574443AL122070mRNA,cDNADKFZp434E0535(來自克隆0,02578991DKFZp434E0535)NM—0246U類似于NMDA受體調節的基因2(小鼠)(FLJ11896),0,02582963mRNA.NM一022754sideroflexin1(SFXN1),mRNA.0,02583556NM—014902KIAA0964蛋白(KIAA0964),mRNA.0,02587511BQ312908PM4-BN0143-0106OO-0O3-hO3BN0143cDNA,mRNA序0,02588137列.NM一015469DKFZp564D177蛋白(DKFZp564D177),mRNA.0,02592734NM—005415溶質栽體家族20(磷酸轉運蛋白)，成員1(SLC20A1),0,0259597mRNA.NM一006271S100鈣結合蛋白Al(S100A1)，mRNA.0，026043760,024585250,024588190,024632740,024677440,024679770,024994980,0250846147基因ID說明(表I).................................然￡^..二！BC041626克隆MGC:523941MAGE:4554923,mRNA,完整cds.0,02608937NM—016646間質千細胞蛋白DSCD28(LOC51336),mRNA.0,02617278J05581多形性上皮粘蛋白(PEM)mRNA,完整cds.0,02629234AB033070KIAA1244蛋白的mRNA,部分cds.0,02630134BC015977克隆IMAGE:4042121,mRNA,部分cds.0,0263379NM_004869空泡蛋白分選4B(酵母)(VPS4B),mRNA.0,02638363NM_0044%叉頭框Al(FOXA1),mRNA.0,02641959NM_025042Williams-Beuren綜合征染色體區23(WBSCR23),mRNA.0,02642951NMJ45691ATP合酶線粒體Fl復合物組裝因子2(ATPAF2),核基0,02650478因編碼線粒體蛋白，mRNA.NM一005451emgma(LIM結構域蛋白)(ENIGMA),mRNA.0,02652531NM—030763核小體結合蛋白1(NSBP1),mRNA.0,0265464AJ292079MUC5AC蛋白的部分mRNA(粘蛋白基因，MUC5AC).0,02654933NM—152369假定蛋白MGC45474(MGC45474),mRNA.0,02657049BC03卯98類似于橋粒芯蛋白3(尋常性天皰瘡抗原)，克隆0，026581321MAGE:4822945,mRNA,部分cds—NM—139279神經千細胞衍生的神經元存活蛋白(SDNSF),mRNA.0,02658331NM—005154遍在蛋白特異性蛋白酶8(USP8)，mRNA.0,02659402NM—080476CDC91細胞分裂周期91樣1(啤酒糖酵母)(CDC91L1),0,02661584mRNA.NM—006812在骨肉瘤中擴增的(OS-9),mRNA.0,02662699AL833081mRNA,cDNADKFZp451J1719(來自克隆0,02662784DKFZp451J1719).NM—012280FtsJ同源物1(大腸桿菌)(FTSJ1),mRNA.0,02663887NM—025137假定蛋白FIJ21439(FLJ21439),mRNA.0,02666133NM—004929鈣結合蛋白1,28kDa(CALB1),mRNA.0,02667282NM一000177凝溶膠蛋白(淀粉樣變性，Finnish型)(GSN)，mRNA.0,02668387AF074988全長插入cDNAYH78H07.0,02670699BC036321克隆IMAGE:4837485,mRNA.0，02672%2NM一005362黑素瘤抗原,家族A,3(MAGEA3),mRNA.0,02677432NM—004056碳酸酐酶VIII(CA8),mRNA.0,02681978NM—003091小的細胞核核糖核蛋白多肽B和Bl(SNRPB),mRNA.0,02687277BC039324克隆IMAGE:5267076'mRNA.0,02698134麗004252溶質栽體家族9(鈉/氫交換蛋白)，同工型(SLC9A3R1),mRNA.調節因子10,0269946<table>tableseeoriginaldocumentpage49</column></row><table>基因IDNM—012483BF998244NM—000662NM—022444NM一031284AK0555卯NM—007243NM—032828BC004287NM_001062NM—001609畫_152313AB051475畫—018473NM一021158NM—015541AF289596BC041376NM000295NM—007019NM—015141AK025765NM—153246畫_004369NM—002257AK025311說明〖表i)，..生正.的,p:li.顆粒溶素(granulysin)(GNLY)，轉錄變體519,mKNA.0,0297409MR2-GN0158-101100-004-c01GN0158cDNA,mRNA序0,02977459列.N-乙酰轉移酶1(芳基胺N-乙酰轉移酶)(NAT1)，mRNA.0,02982133溶質栽體家族13(鈉/硫酸鹽共運輸蛋白(sodium/sulfate0,0298378symporters)),成員I(SLC13A1)，mRNA.假定蛋白DKFZp434B195(DKFZP434B195),mRNA.0,0298402cDNAFLJ31028fis，克隆HLUNG2000570:弱類似于40S0,02985185核糖體蛋白S10.nurim(核包膜蛋白)(NRM),mRNA.0,02985406遍在蛋白UBF-fl(UBF-fl),mRNA.0,02986822克隆IMAGE:3618365,mRNA.0,02988449鈷胺傳遞蛋白I(維生素B12結合蛋白，R結合物家族)0，02988618(TCN1),mRNA.酰基輔酶A脫氬酶，短/分支鏈(ACADSB),核基因編0,029卯056碼線粒體蛋白，mRNA.假定蛋白FLJ38932(FU38932),mRNA,KIAA1688蛋白的mRNA,部分cds.未表征的下丘腦蛋白HT012(HT012),mRNA.染色體20可讀框97(C20orf97)，mRNA.富含亮氨酸的重復序列和免疫球蛋白樣結構域10,02996245(UUG1),mRNA.克隆pp7882未知mRNA.0,02996294類似于假定蛋白5830442F04,克隆MGC:438950,02997856IMAGE:5274634,mRNA,完整cds.絲氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制劑，進化枝A(a-1抗0,03002497蛋白酶，抗胰蛋白酶)，成員1(絲氨酸蛋白酶抑制蛋白Al),mRNA.遍在蛋白綴合酶E2C(UBE2C),mRNA.KIAA0089蛋白(KIAA0089),mRNA.cDNA:FU22112fis,克隆HEP18319.假定蛋白MGC45491(MGC45491),mRNA.膠原，VI型，a3(COL6A3)，轉錄變體l,mRNA.激肽釋放酶1，腎/胰腺/唾液(KLK1),mRNA.cDNA:FLJ21658fis，克隆COL08688.0,029915260,029916480,02993230,029947210,030070340,030101490,030116320:030162440:030205450,03020870,0302511550基因id說明(表i)然.f.的P.:llNM—020139氧化還原酶UCPA(LOC56898),mRNA.0,03028312NM一138818假定蛋白BC01卯95(LOC158471),mRNA.0,03029699NM—024725假定蛋白FLJ23518(FLJ23518),mRNA.0,03031068Z34281(MARIO)MUC5AC粘蛋白的mRNA(部分).0,03032928NM一016641RGS16的膜相互作用蛋白(MIR16),mRNA.0,03034296NM一016479scotin(SCOTIN),mRNA.0,03038卯7NM—005011核呼吸因子1(NRF1),mRNA.0,03092476NM一000410血色病(HFE),轉錄變體l，mRNA.0,03097126NM—002097通用轉錄因子HIA(GTF3A),mRNA.0,03101791NM—006930S期激酶相關蛋白1A(pl9A)(SKP1A),轉錄變體1,0,03102828mRNA.NM一021095溶質栽體家族5(鈉依賴性維生素轉運蛋白)，成員60,03113148(SLC5A6),mRNA.BC008I15,克隆MGC:16981IMAGE:2卯0378,mRNA,完整cds.0,03138386BC017428,克隆IMAGE:4703783,mRNA.0,03169009AK056929cDNAFLJ32367fis.克隆PUAEN1000239.0,03173732NM—152535假定蛋白FLJ31131(FLJ31131),mRNA.0,03178469NM一032316,lml(NICNl),n個A.0,03194013NM一032287假定蛋白DKFZp761017121(DKFZp761017121),0,03243796mRNA.NM—004760絲氨酸/蘇氨酸激酶17a(誘導凋亡)(STK17A),mRNA.0,03283367AF339814克隆1MAGE:32106,mRNA序列.0,0331792N23022yx65el2.slSoares黑素細胞2NbHMcDNA克隆0,03322821IMAGE:2666383',mRNA序列，BC029776類似于CG12393基因產物，克隆IMAGE:5188623，0,03327757mRNA,部分cds.BC032716克隆MGC:45425IMAGE:5518697,mRNA，完整cds.0,03327802NMJ)01453叉頭框C1(F0XC1),mRNA.0,03332667NMJM)5060RAR相關的孤獨受體C(RORC),mRNA.0,03337546AW510657hc89b09.xlSoares—NFL—T_GBC_S1cDNA克隆0,03337569IMAGE:29071613',mRNA序列.NM—006733FSH主要反應(LRPR1，大鼠)同源物1(FSHPRH1)，0,0334244mRNA.NM_004037—磷酸腺普脫氨酶2(同工型L)(AMPD2)，mRNA.0,03347092NMJ52705假定蛋白MGC9850(MGC9850)，mRNA.0,0334734851基因ID說明，1)校正^.p-值NMJ52320假定蛋白FU31295(FLJ31295),mRNA.0,03351929AK001604cDNAFLJ10742fis,克隆NT2RP3001629.0,0335678U55105分離的HR035T細胞受體V-(3互補決定區3mRNA,部0,03361397分cds.AL833538mRNA,cDNADKFZp686DI23(來自克隆0,03361645DKF2p686D123).NM—0227卯基質金屬蛋白酶19(MMP19)，轉錄變體rasi-3，mRNA.0,03361773NM_000433中性粒細胞胞質溶膠因子2(65kDa,慢性肉芽腫病，常染0,03366233色體2)(NCF2),mRNA.NM—018211假定蛋白FL]10770(KIAA1579),mRNA.0,03366524NM—003940遍在蛋白特異性蛋白酶13(異肽酶T-3)(USP13),mRNA.0,03366674AK094894cDNAFLJ37575fis，克隆BRCOC2003125,中度類似于0,03370917丙糖磷酸異構酶(EC5.3丄1).NM—033542染色體20可讀框169(C20orfl69),mRNA.0,03371084NM一002165DNA結合的抑制物1,顯性失活的螺旋-環-螺旋蛋白0,03371417(ID1),mRNA.BG192666RST11783AthersysRAGE文庫cDNA,mRNA序列.0,03380414NM—012421重排的L-myc融合序列(RLF)，mRNA.0,0343279BF242982601877758F1NIH—MGC—55cDNA克隆0,03446119IMAGE:41060555',mRNA序列.NM一000183羥基酰基輔酶A脫氫酶/3-酮脂酰-輔酶A<6充解酶/烯酰輔0,03446605酶A水合酶(三功能蛋白)，P亞基(HADHB),mRNA.NM—000682腎上腺素能，a-2B-，受體(ADRA2B),mRNA.0,034505UNM—003022結合SH3結構域的富含谷氨酸的蛋白樣(SH3BGRL),0,03451014mRNA.AK056047cDNAFLJ31485fis，克隆NT2NE2001698.0,03451522NM—020188DC13蛋白(DC13),mRNA.0,03454365NM—052947心臟a-激酶(HAK)，mRNA.0,03455398NMJ44704假定蛋白FLJ30473(FLJ30473)，mRNA.0,03455923AK024933cDNA:FLJ21280fis,克隆COL01884.0,03456453AK027I07cDNA:FLJ23454fis,克隆HSI06959,0,03459224BF0562457k03b03.xlNCI—CGAP—GC6cDNA克隆0,03459761IMAGE:34432603'，mRNA序列.NM—014241蛋白酪氨酸磷酸酶樣(脯氨酸代替催化性精氨酸)，成員0,03463541a(PTPLA),mRNA.基因ID說明.(表1>.............NM—000577白介素1受體拮抗劑(IL1RN),mRNA,0,03464096AB006909A型小眼相關轉錄因子的mRNA,完整cds.0,03468982NM—005622SA高血壓相關同源物(大鼠)(SAH)，mRNA.0,03500699BC033549克隆1MAGE:4826963,mRNA.0,03545883AK094613cDNAFIJ37294fis,克隆BRAMY2015211.0,03549913BC030557克隆MGC:40430IMAGE:5218944,mRNA,完整cds.0,03550822BG460041RST42470AthersysRAGE文庫cDNA,mRNA序列.0,03551739NM—005981肉瘤擴增的序列(SAS),mRNA.0,03554843NM—004819symplekin,Huntingtin相互作用蛋白I(SPK),mRNA.0,03555774AK074657cDNAFLJ90176fis,克隆MAMMA1000528.0,0356074NM—017423UDP-N-乙酰-a-D-半乳糖胺多肽N-乙酖氨基半乳糖基0,03613069轉移酶7(GalNAc-T7)(GALNT7),mRNA.NM—153446卩1,4N-乙酰氨基半乳糖基轉移酶(B4GALT),mRNA.0,03618059NM_018043假定蛋白FLJ10261(FLJ10261),mRNA.0,03621866NM—145059L-巖藻糖激酶(FUK),mRNA.0,03628082BC030133類似于黏結蛋白聚糖2(硫酸乙酰肝素蛋白聚糖1，細胞0，0367413表面相關的，纖維聚糖)，克隆IMAGE:4138627,mRNA.NM—004237甲狀腺素受體相互作用物13(TRIP13),mRNA.0,03675532NM—016063CG1-130蛋白(CGI-130),mRNA.0,03679156BC039474克隆IMAGE:5528009,mRNA.0,03684196AK056395cDNAFLJ31833fis,克隆NT2RP6000130.0,03685644NM—080658天冬氨酸酰基轉移酶-3(ACY-3),mRNA.0,03696394NM—031413貓眼綜合征染色體區，候選物2(CECR2)，mRNA.0,03703465NM—004613轉谷氨酰胺酶2(C多肽，蛋白-谷氨酰胺卞谷氨酰胺酰轉0,03708497移酶)(TGM2)，mRNA.BC039181，類似于二酰基甘油O-酰基轉移酶2,克隆0,03711993IMAGE:4746146,mRNA.NM—006732FBJ鼠骨肉瘤病毒癌基因同源物B(FOSB),mRNA.0,03713543NM—013248NTF2樣輸出因子1(NXT1),mRNA.0,03718602NM—033664鈣扭著蛋白11,2型，OB-鈣黏著蛋白(成骨細胞)0,0373403(CDH11),轉錄變體2，mRNA.AK026195cDNA:FLJ22542fis,克隆HSI00，96.0,0374925AK094771cDNAFLJ37452fis,克隆BRAWH2010618.0,03750938NM一015367BCL2樣13(凋亡促進物)(BCL2L13),核基因編碼線粒0,03752564體蛋白，mRNA.<table>tableseeoriginaldocumentpage54</column></row><table>基因ID說明^表1〗.............................生正的P-JLHOMEOBOX蛋白MEIS3.NM—021809TGFB誘導的因子2(TALE家族同源框)(TGIF2),mRNA.0,03883093NM_022082染色體20可讀框59(C20orf59),mRNA.0,03885233NM_001979環氧化物水解酶2，細胞質的(EPHX2),mRNA.0,0388811NM_02408，跨膜'Y-羧基谷氨酸蛋白4(TMG4),mRNA.0,03卯3858AF147359全長插入cDNA克隆YB62B07.0,03卯447AK093330cDNAFLJ36011fis,克隆TESTI2015947.0，03卯6672NM—130847血管動蛋白樣1(AMOTL1),mRNA.0,03909476NM—144641假定蛋白FLJ32332(FLJ32332),mRNA.0,039117NMJM5079KIAA1055蛋白(KIAA1055),mRNA.0,03914494NM—016291哺乳動物肌醇hexakisphosphate激酶2(IP6K2)，mRNA.0,03950616NM—004872染色體1可讀框8(Clorf8),mRNA.0,03960992NM—001647栽脂蛋白D(APOD),mRNA.0,03966045NM—006630鋅指蛋白234(2NF234),mRNA.0,03971INM—013330NME7(NME7)，mRNA.0,03983976NM—005940基質金屬蛋白酶11(溶基質蛋白酶3)(MMPll)，mRNA.0,03986544NM—025卯KIAA1641蛋白(KIAA1641),mRNA.0,03989038BM927308AGENCOURT—66885%NIH—MGC—121cDNA克隆0,03991597IMAGE:57683005',mRNA序列.NM—033405過氧化物酶體增殖或激活的受體A相互作用復合物2850,03994113(PRIC285),mRNA.Y14488含SHMT同源性的推定的14kD蛋白的mRNA,克隆0,04006785pUS215.NM_020240非激酶Cdc42效應蛋白SPEC2(SPEC2)，mRNA.0:04018803NM—032709假定蛋白MGC13047(MGC13047),mRNA.0,04023734NM_0022%核纖層蛋白B受體(LBR),mRNA.0,04028677Y1673HIV相關的非何杰金淋巴瘤的mRNA(克隆hll-5).0,04033632NM—014684KIAA0373基因產物(KIAA0373),mRNA.0,040386BE501771hw35a01.xlNCI—CGAP_Kidl1cDNA克隆0,04039597IMAGE:31848723',mRNA序列.NM—006833COP9亞基6(MOV34同源物，34kD)(COPS6),mRNA.0,0404358NM—016042外來體成分Rrp40(RRP40),mRNA.0,04048572AI652393wb20fD2.xlNCI—CGAP—GC6cDNA克隆0,04053576IMAGE:23062353',mRNA序列.NM—017702假定蛋白FLJ20186(FLJ20186),mRNA.0,0405859355基因ID說明(表1)校正的p-值BM918075AGENCOURT_6611357NIH_MGC_106cDNA克隆0,04059716IMAGE:54854425',mRNA序列.BC037917,克隆IMAGE:5277954,mRNA.0,04062836BU957874AGENCOURT—10625720NIH_MGC—141cDNA克隆0,04063622IMAGE:67319865',mRNA序列.NM—144660假定蛋白FLJ25082(FLJ25082),mRNA.0,04068664NM—004403聾，常染色體顯性5(DFNA5),mRNA.0,04073718麗—003859多辟醇磷酸甘露糖基轉移酶多肽1,催化亞基(DPMl)，0,04074186mRNA.NM—031966細胞周期蛋白Bl(CCNBI)，mRNA.0,04078785AF210651NAG18(NAG18)mRNA,完整cds.0,04079285AL832390mRNA，cDNADKFZp667H2012(來自克隆0,04083864DKFZp667H2012).AK096306cDNAFLJ38987fis,克隆NT2R12005818.0,04084397BU509077AGENCOURTJ0100056NIH—MGC—71cDNA克隆0,04088956IMAGE:65036215'，mRNA序列.麗—032387蛋白激酶，賴氨酸缺陷4(PRKWNK4),mRNA.0,04089522AB046786KIAA1566蛋白的mRNA,部分cds.0,04092379AK091592cDNAFLJ34273fis,克隆FEBRA2003181.0,04094061麗一O18593溶質我體家族16(單羧酸轉運蛋白)，成員100,0409466(SLC16A10),mRNA.NM—006392核仁蛋白5A(56kDa，具有KKE/D重復)(NOL5A),0,0409981mRNA.AF161414HSPC296mRNA,部分cds.0,04106758AJ489592糖基化依賴性細胞粘附分子1的mRNA(GLYCAM1基0,04211612因)，分離的KHcl5.NM—018293假定蛋白FLJ0997(FLJ10997),mRNA.0,04220568NM—005877剪接因子3a，亞基l，120kDa(SF3Al),mRNA.0,04225709NM—014172磷酸組氨酸磷酸酶(PHP14),mRNA.0,04230862NM—031299可能是富含小鼠基因的簇的直向同源物，C8基因0,04255496(GRCC8),mRNA.BU737015UI-E-DW0-agh-g-01-0-UI.s2UI-E-DW0cDNA克隆0,04260648UI-E-DWO-agh-g-01-0-UI3',mRNA序列.NM—002158T細胞淋巴瘤病毒增強因子(HTLF),mRNA.0,04264032NM—002192抑制素，(BA(激活素A,激活素ABa多肽)(INHBA),0,04265812基因id說明(表i)mRNA.NM—025263CAT56蛋白(CAT56)，mRNA.0,04270989NMJ52429假定蛋白MGC39320(MGC39320),mRNA.0,04310732NM—006293TYR03蛋白酪氨酸激酶(TYR03),mRNA.0,04312389BC033243克隆IMAGE:5433475,mRNA.0,04314042NM—006283轉化，含酸性巻曲的-巻曲蛋白1(TACC1),mRNA.0,04317591AK021616cDNAFLJ1554fis'克隆HEMBA1003037.0,04319234AK094421cDNAFLJ37102fis,克隆BRACE2019258.0,04320864AF191020E2IG5(E2IG5)mRNA,完整cds.0,0432767NM—004853突觸融合蛋白8(STX8)，mRNA.0,04335626NM—001461含黃素的單加氧酶5(FM05)，mRNA.0,0433605NM_025212Dvl結合蛋白IDAX(Dvl和軸蛋白復合物的抑制)0,04339205(IDAX),mRNA.Z34280(JUL32)MUC5AC粘蛋白的mRNA(部分).0,04340769BQ310594MRO-BT3002-230701-205-d09BT3002cDNA,mRNA序0,04341237列.NM—018710假定蛋白DKFZp762O076(DKFZp7620076),mRNA.0,0434437NM—014262可能是富含小鼠基因的簇的直向同源物，B基因0,04345924(GRCB)'mRNA.NM—020831成巨核細胞白血病(異位)1(MKL1),mRNA.0,04346436NM_016429外被體蛋白復合物,亞基？2(COPZ2),mRNA.0,04349548BC000885克隆MGC:5619IMAGE:3462332,mRNA,完整cds.0,04354739AF183570未知mRNA.0,04365991NMJ44589假定蛋白FU23841(FIJ23841),mRNA.0,04372647NM—001100肌動蛋白，al,骨骼肌(ACTAl)，mRNA.0,04391093NM—004486高爾基體自身抗原，高爾基體蛋白亞家族a,20,04439631(GOLGA2),mRNA.NMJ38802假定蛋白BC018415(LOC130617),mRNA.0,04444867NM—012469染色體20可讀框14(C20orfl4),mRNA.0,04481457NM—001957內皮縮血管肽受體型A(EDNRA)，mRNA.0,04499689NM_020233x006蛋白(MDS006),mRNA.0,04508445NM_152332染色體14可讀框47(C14orf47),mRNA.0,04513718BF919368CMO-NT0131-311000-644-g09NT0131cDNA,mRNA序0,0451卯04列.NM033332CDC14細胞分裂周期14同源物B(啤酒糖酵母)0,04523724基因ID說明(表1)校正6，p-值(CDC14B),轉錄變體3,mRNA.pa濯，卩(PARVB),mRNA.克隆IMAGE:4589300,mRNA,部分cds.真核翻譯延伸因子1a1,克隆MGC:25051IMAGE:4478650,mKNA,完整cds.腦特異性蛋白p25a(p25)，mRNA.泛醇-細胞色素c還原酶(6.4kD)亞基(UQCR),mRNA.Tho2mKNA，完整cds,X-盒結合蛋白1(XBPl)，mRNA.在卵巢癌中下調1(DOC1),mRNA.UI-E-DXl-agw-c-13-0-UI.slUI-E-DX1cDNA克隆UI-E-DX卜agw-c-13-0-UI3'，mRNA序列.mRNA,cDNADKFZp667A182(來自克隆0,04537199DKFZp667A182).a-2-糖蛋白1,鋅(AZGPl),mRNA.0,04538183WW結構域結合蛋白4(形成素結合蛋白21)(WBP4)，0,04538262mRNA.具有血小板反應蛋白1型基序的解聯蛋白樣和基質金屬0,04539255蛋白酶(reprolysin型)，2(ADAMTS2),轉錄變體1,mRNA.mRNA，cDNADKFZp76100117(來自克隆0,04539323DKFZp76100117).C6orf37mRNA,完整cds.0,04541387BCL2-相關的抗死亡基因5(BAG5),mRNA.0,04542444溶質栽體家族16(單羧酸轉運蛋白)，成員7(SLC16A7),0,04544546mRNA.謝—013327BC033186BC019669函—007030畫—006830AF441770NM—005080畫一014890BM669556AL832858麗_001185醒—007187麗014244AL831866AF350451NM一004873畫0047310,045243010,045287110,045289120,045296120,045319650,045330390,045339770,045341110,04536131NM一—001379DNA(胞嗜咬-5-)-曱基轉移酶1(DNMT1)，mRNA.0,04546656NM-—005631平滑的同源物(果蠅)(SMOH),mRNA.0,04559088AK096208cDNAFLJ38889fis，克隆NB9N42000314.0,04564304NM-—004633白介素l受體，II型(IL1R2)，mRNA.0,04572464AK091332cDNAFLJ34013fis,克隆FCBBF2002111.0,04577672畫——004616跨膜4亞家族成員3(TM4SF3),mRNA.0,04578628畫——015442假定蛋白FLJ128卯(FU12890),mRNA.0,04582892畫--004742BAI1相關蛋白1(BAIAP1)，mRNA.0,04588123畫_—002662磷脂酶Dl,磷脂酰膽堿特異性(PLD1),mRNA.0,0459612958<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table>基因ID說明(表1)校正的p-值畫—152629假定蛋白MGC33662(MGC33662),mRNA.0'047卯25AK021691cDNAFL川629fis,克隆HEMBA1004241.0,04795072畫—145654RAD52B(RAD52B),mRNA.0,04800364AK000839cDNAFU20832fis，克隆ADKA03033.0,04806942AK093454cDNAFLJ36135fis,克隆TESTI2024718.0,04823598AF088032全長插入cDNA克隆ZC24D06.0,04846192剛—003266toll樣受體4(TLR4),轉錄變體3,mRNA.0,04851167NM—032251假定蛋白DKFZp434G0920(DKFZp434G0920)，mRNA.0,04851489畫—014035SBBI31蛋白(SBBI31)，mRNA.0,04856797AF086365全長插入cDNA克隆ZD66D02.0,04862714AK098031cDNAFLJ40712fis，克隆THYMU2027249.0,04868307畫—003134信號識別顆粒14kDa(同源AluRNA結合蛋白)(SRP14),0,04879975mRNA.NM—152904精子抗原HCMOGT-l(HCMOGT-l)，mRNA.0,04884769NM一138414假定蛋白BC011981(LOC112869),mRNA.0,04885262NM一152374假定蛋白FLJ38984(FLJ38984)，mRNA.0,04890326AK024457FLJ00049蛋白的mRNA，部分cds.0,04890561BC012476克隆IMAGE:4537124,mRNA,部分cds.0,04895871A譜0949cDNAFLJ33630fis,克隆BRAMY2022525.0,04939551AK055934cDNAFU31372fis,克隆NB9N42000281.0,04966748NM—005358僅LIM結構域7(LM07),轉錄變體1，mRNA.0，04%6817AK024118cDNAFU14056fis,克隆HEMBB1000335.0,04966888BI256572602976939F1NIH—MGC—12cDNA克隆0,04972095IMAGE:51162335',mRNA序列.AK091169cDNAFU33850fis,克隆CTONG2005615.0,04972152NM—005416富含脯氨酸的小蛋白3(SPRR3),mRNA.0,04972211M57423磷酸核糖基焦磷酸合成酶亞基IIImRNA,3'末端.0,04977453A腿2101cDNAFU12039fis，克隆HEMBB1001930.0,04982822AF297014RGS8mRNA,部分序列.0,04988203NM—005173ATP酶，Ca+十轉運，遍在的(ATP2A3),mRNA.0,04993655剛—014141接觸蛋白相關蛋白樣2(CNTNAP2),mRNA.0,04999表2:具有8p上的染色體缺失的、在結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間差異表達的人基因(單變量分析)。數據按FDR值排序60基因ID說明(8p缺失，表2)FDR效果NM—018388CHCR(CHCR),mRNA.0，005045-0,54868AK054799cDNAFLJ30237fis,克隆BRACE2002034.0,005971-0，3鄉1NM—016397TH1樣(果蠅)(THIL),mRNA.0,0067250,298588蘭—000637谷胱甘肽還原酶(GSR)，mRNA.0,006725-0,33537D31887KIAA0062基因的mRNA,部分cds.0,006725-0,49409NM—006602轉錄因子樣5(基本螺旋-環-螺旋)(TCFL5),mRNA.0,0067250,638295AK026883cDNA:FLJ23230fis,克隆CAE07143.0,0067250,426682NM—018270染色體20可讀框20(C20orf20),mRNA.0,0067250,23481觀—004901溶酶體腺苷三磷酸雙磷酸酶樣1(LYSAL1),0,006725-0,23079mRNA.NM—021928假定蛋白FLJ22649類似于信號肽酶SPC22/230,007549隱0，22392(FU22649),mRNA.NM—003747錨端聚合酶，TRFl-相互作用錨蛋白相關的ADP-0,011251-0,39827核糖聚合酶(TNKS),mRNA.NM—030579細胞色素b5線粒體外膜前體(CYB5-M)，mRNA.0,0128080,247417NM—002609血小板衍生的生長因子受體，卩多狀(PDGFRB)，0,0204830,51344mRNA.NM—033126絲氨酸/蘇氨酸激酶PSKH2(PSKH2)，mRNA.0,0204830,472905NM—003014分泌的巻曲相關蛋白4(SFRP4)，mRNA.0,0211770,842529NM—020749AT2受體-相互作用蛋白1(ATIP1),mRNA.0,021177-0,36043畫—007002粘附調節分子1(ADRMl)，mRNA.0,0211770,285899NM—057093晶體蛋白，)3A2(CRYBA2),轉錄變體2,mRNA.0,023543-0,41107NM—172250A型曱基丙二酸尿癥(MMAA),mRNA.0,023543-0,34183BC015412克隆IMAGE:4393471,mRNA.0,0235430,397184NM_002640絲氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制劑,進化枝B(卯0,023543-0，崔71白蛋白)，成員8(絲氨酸蛋白酶抑制蛋白B8)，mRNA.NM—031285假定蛋白PP1057(PP1057),mRNA.0,0244460,44688NM—001696ATP酶，H+轉運，溶酶體31kDa,V1亞基E同工0,0244460,186487型1(ATP6V1E1),mRNA.AK094784cDNAFLJ37465fis,克隆BRAWH2011823,高度類0,0249350,506101基因ID說明FDR效果^e缺失'表2)似于骨形態發生蛋白7前體.NM—018710假定蛋白DKFZp7620076(DKFZp7620076),0,0274240,387812mRNA.NM—006809線粒體外膜的移位酶34(TOMM34),mRNA.0,0290010,404823BM476468AGENCOURT_6476297麗—MGC一85cDNA克0,0304440,429324隆IMAGE:55533955',mRNA序列.NMJ52332染色體14可讀框47(C14orf47),mRNA.0,030466-0,3124AW977106EST389215MAGE重新排序，MAGOcDNA，0,0316020,317498mRNA序列.NM_000238鉀電壓門控的通道，亞家族H(eag相關的)，成員0,0316460,4407762(KCNH2),轉錄變體l,mRNA.NMJH2155棘皮動物微管相關蛋白樣2(EML2),mRNA.0,033412-0，45142AK097647cDNAFLJ40328fis,克隆TEST12031356.0,0334120,296624BC004890克隆IMAGE:3937917，mRNA.0,033412-0,44593NM_006493蠟樣脂-脂褐質沉積癥，神經元的5(CLN5),0,033965-0,31853mRNA.BC032316克隆IMAGE:5219499,mRNA.0,035205-0,38849NM_003118分泌的蛋白，酸性，富含半胱氨酸(骨粘連蛋白)0,0352050,443985(SPARC)'mRNA.AK090998cDNAFLJ33679fis,克隆BRAWH2002352.0,036982-0，53683NM—022062PBX/有節的1同源框2(PKNOX2),mRNA.0,037750,266646NMJH7872假定蛋白FLJ20546(FLJ20546),mRNA.0,038899-0,24664NM_003186轉凝蛋白(TAGLN),mRNA.0,0388990,363435BC025370克隆1MAGE:3945331，mRNA.0,0391110，486875BC013389克隆IMAGE:3932143,mRNA.0,0391110,437633NM_006251蛋白激酶，AMP激活的，a1催化亞基(PRKAAl),0,039111-0,32277mRNA.BQ921U2AGENCOURT_8926187NIH_MGC—101cDNA克0,0391110,492923隆IMAGE:64630135',mRNA序列.AK024156cDNAFLJ14094fis，克隆MAMMA1000372.0,039111-0,42942NM_021095溶質栽體家族5(鈉依賴性維生素轉運蛋白)，成員O,(BWll0,3787%6(SLC5A6),mRNA.NMJ)04704U3snoRNP相關55-kDa蛋白(U3-55K),mRNA.0,0391110,27622NM001933二氬脂酰胺S-琥珀酰轉移酶(2-氧代-戊二酸復合0,039111-0,2567762基因ID說明(8p缺失，表2>FDR效果醒—020169AK023018寵_000285BC01I877AK026367NM—025138NM—020650NM—006197NM—000698AK021812AW296028NM—017933NM—138784麗_080476NMJB2242畫一003276剛—002562NM—007236NM一152745謝_003804AL137279BM561501NM—018203畫0217240,0403790,0403790,040711克隆0,0416680.0416680,0435720，0451780,0451780.045178物的E2成分)(DLST),mRNA.latexin蛋白(LXN)，mRNA.cDNAFLJ12956fis'克隆NT2RP2005501.肽酶D(PEPD),mRNA.類似于胞質分裂的貢獻物1,IMAGE:3347029'mRNA.cDNA:FLJ22714fis，克隆HSI13646.假定蛋白FLJ12661(FLJ12661),轉錄變體1,0,042841mRNA假定蛋白LOC57333(LOC57333),mRNA.中心粒旁物質1(PCM1),mRNA.花生四烯酸5-脂加氧酶(AL0X5),mRNAcDNAFU11750fis,克隆HEMBA1005568UI-H-BW0-aiu-d-04-0-UI.slNCI—CGAP—Sub60,045452cDNA克隆IMAGE:27306543'，mRNA序列.假定蛋白FLJ20701(FLJ20701),mRNA.0,048261假定蛋白BC014341(LOC116123),mRNA.0,048697CDC91細胞分裂周期91樣1(啤酒糖酵母)0,048697(CDC91L1)，mRNA.假定蛋白DKFZp564A176(DKFZp564A176),0,052079mRNA.胸腺生成素(TMPO),mRNA.嘌呤能受體P2X,配體門控的離子通道，(P2RX7),mRNA.鈣結合蛋白P22(CHP),mRNA.隨rexophilin1(NXPH1),mRNA.受體(TNFRSF)-相互作用絲氨酸-蘇氨酸激酶(RIPK1),mRNA.mRNA,cDNADKFZp43401214(來自克隆0,061202DKFZp43401214).AGENCOURT_6567312NIH_MGC_88cDNA克0,061202隆IMAGE:57397155',mRNA序列.布i定蛋白FIJI0748(FLJ10748),mRNA.0,061202核受體亞家族l,D組，成員1(NR1D1),mRNA.0，0612020,05347170,0564260,0573010,05868310,059712-0,224130,3062790,263666-0,332480,3883520,2665030,474606-0,27764-0,44187-0,355450,340944-0,35263-0,366720,2764570，249169-0,271810,295663-0,20633-0,30813-0,306490,3639350,411812-0,383930,392836<table>tableseeoriginaldocumentpage64</column></row><table>基因ID說明(8p缺失，表2)FDR效果NM—001008NM—0178%NM—000367NM—007011NM—002305AF001892NMJK35877AB033070BC034374濯—032125NM—004403NM—020806NM—005959NM—005469AL713790BI520375剛—000119AB002339剛一004139NMJH2331麗—018422畫—00195NM—018043BC002877NM—015721BQ230145核糖體蛋白S4,Y連鎖的(RPS4Y),mRNA.0,065715染色體20可讀框11(C20orfl1)，mRNA.0,067243硫噪呤S-甲基轉移酶(TPMT)，mRNA.0,067243含abhydrolase結構域2(ABHD2),轉錄變體l,0,067243mRNA.凝集素，結合半乳糖苷,可溶的，1(半乳凝集素1)0,069165(LGALS1),mRNA.MEN1區克隆s/卩mRNA,5'片段.0,069489剪接因子3a，亞基l，120kDa(SF3Al)，mRNA.0,06978KIAA1244蛋白的mRNA,部分cds.0,06978類似于FKSG76,克隆MGC:353900,069786IMAGE:5185621,mRNA，完整cds.假定蛋白DKFZp564D0478(DKFZP564D0478),0,069786mRNA.0.0697860，0697860，069786mRNA.0,069786自克隆0,069786克隆0.069786-0,2411聾，常染色體顯性5(DFNA5),mRNA.gephyrin(GPHN),niRNA.褪黑激素受體1B(MTNR1B)，mRNA,過氧化物酶體酰基輔酶A硫酯酶(PTE1)mRNA,cDNADKFZp564F賜2(來DKFZp564F1062).603071853F1麗—MGC—119cDNAIMAGE:51637565',mRNA序列.紅細胞膜蛋白帶4.2(EPB42),mRMA.KIAA0341基因的mRNA，部分cds.脂多糖結合蛋白(LBP),mRNA.甲硫氨酸亞砜還原酶A(MSRA),mRNA.假定蛋白DKFZp761K1423(DKFZp76IK1423),0,070503mRNA.E2F轉錄因子5，p130結合(E2F5),mRNA.0,070596假定蛋白FLJ10261(FLJ10261),mRNA.0,070596類似于假定蛋白FL川585，克隆MGC:112580,070596IMAGE:3942160,mRNA,完整cds.gem(核細胞器)相關蛋白4(GEMIN4)，mRNA.0,070946AGENCOURT7592688NIHMGC72cDNA克0,072458-0,853660,227182-0,32273-0,336850,454091-0,58133-0,23195-0,352610,239690,2123840,283821-0,19149匿0'315530,293167-0'255920,0697860,0697860,0697860,069786-0,24152-0,268110,18535-0,22314-0,443710,274336-0,50301-0,203510,2284490,31021665<table>tableseeoriginaldocumentpage66</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage67</column></row><table>[0271]<table>tableseeoriginaldocumentpage67</column></row><table>基因ID說明(8p缺失，表2)FDR效果AK001130cDNAFLJ10268fis,克隆HEMBB1001058,弱類0,083270,318442似于神經元的線狀蛋白AD7c-NTPtnRNA.BC014441類似于RIKENcDNA2810405F18基因，克隆0,083328-0，23912MGC:22960IMAGE:4865283,mRNA,完整cds,BC038852克隆IMAGE:5168364,mRNA.0,083328-0,57493NM—019846趨化因子(C-C基序)配體28(CCL28)，轉錄變體0,083402-0,409811,mRNA.NMJ303298核受體亞家族2,C組，成員2(NR2C2),tnRNA.0，085307-0,20389AK022976cDNAFLJ12914fis,克隆NT2RP2004523.0,0853490,348863AL831875mRNA,cDNADKFZp547E1510(來自克隆0,0855490,206302DKFZp547E1510).AK056573cDNAFLJ32011fis,克隆NT2RP7009507.0,085549-0,25456AK022947cDNAFLJ12885fis，克隆NT2RP2003988.0,0855490,273694NM—024513含FYVE和巻曲的巻曲結構域1(FYC01),mRNA.0,085549-0,21209AB033107KIAA1281蛋白的mRNA,部分cds.0,0867680,231675AF087970全長插入cDNA克隆YU75B05.0,086768-0,26453NM—005276甘油-3-磷酸脫氬酶1(可溶的)(GPDl),mRNA.0,08722-0,23882NM—004315N-酰基鞘氨醇酰胺水解酶(酸性神經酰胺酶)10,08747-0,26787(ASAH1),mRNA.NM—006752飲食過度5(SURF5)，轉錄變體a,mRNA.0,087470,233567NM—003185TAF4RNA聚合酶II,TATA樞結合蛋白(TBP)相關0,087470,255894因子，135kDa(TAF4),mRNA.AB002314KIAA03，6蛋白的mRNA,部分cds.0,08747-0,322AB037842KIAA1421蛋白的mRNA,部分cds.0,08747-0,32792NM—002979固醇栽體蛋白2(SCP2)，mRNA.0,08865-0,19443BC021575克隆IMAGE:36966,mRNA.0.08S650，36964AK022745cDNAFLJ12683fis，克隆NT2RM4002457.0,088650,379521NM—025209polycombH.log的增強子1,(果蠅)(EPC1),mRNA.0,088650,132535CA314430UI-CF-FN0-afm-n-08-0-UI.slUI-CF-FNOcDNA克0,08865-0,23737隆UI-CF-FN0國afhi-n-08-0-UI3',mRNA序列.NM_020673RAB22A,成員RAS癌基因家族(RAB22A),0,088650,229513mRNA.BQ220757AGENCOURT—7589763顧一MGC—92cDNA克0,088650,288766隆IMAGE:60676965',mRNA序列.68基因ID說明(8p缺失，表2)雇一025047假定蛋白FLJ22595(FLJ22595),mRNA.NM—152415假定蛋白FLJ32642(FLJ32642),mRNA.NM—016569T-框3(尺骨乳腺綜合征)(TBX3),轉錄變體2,mRNA.AK075564cDNAPSEC0264fis,克隆NT2RP3002337.NMJ)02586前B細胞白血病轉錄因子2(PBX2),mRNA.AF070620克隆24694mRNA序列.BM674956Ul-E-EJ0-ahn-c-06-0-UI.slUI-E-EJOcDNA克隆UI-E-EJ0-ahn-c-06-0-UI3'，mRNA序列.NM—005104含布羅莫結構域2(BRD2),mRNA.AK092106cDNAFLJ34787fis，克隆NT2NE2004740.NMJ53246j艮定蛋白MGC45491(MGC45491),mRNA.NM—013974二曱基精氨酸二曱基氨基水解酶2(DDAH2),mRNA.NMJ)05415溶質栽體家族20(磷酸轉運蛋白)，成員1(SLC20A1)，mRNA.NM—031299可能是富含小鼠基因的簇的直向同源物，C8基因(GRCC8),mRNA.BC002782克隆IMAGE:362]749,mKNA，部分cds.NMJ38284白介素17D(IL17D),mRNA.NM—004776UDP-Gal:(3GlcNAc(31,4-半乳糖基轉移酶,多肽5(B4GALT5),mRNA.NM—020750核輸出蛋白5(XP05),mRNA.AK096002cDNAFLD8683fis,克隆KIDNE2000777.NM—005313葡萄糖調節的蛋白，58kDa(GRP58),mRNA.NM—030763核小體結合蛋白1(NSBP1),mRNA.NM—006644熱激105kD(HSP105B),mRNA.AF304443B淋巴細胞激活相關蛋白BC-2048mRNA，完整cds.NM_005015氧化酶(細胞色素c)組裝1樣(0XA1L),mRNA.NM一005339huntingtin相互作用蛋白2(HIP2),mRNA.AL833655mRNA,cDNADKFZp66700320(來自克隆DKFZp66700320).AK094651cDNAFLJ37332fis,克隆BRAMY2019710.FDR效果0,088650,088650,088650,088650,088650,088650,088650，08%90,089690,08969-0,24253-0,17664-0，41763-0,604260,29,10,1卯677-0,26423-0,16248-0,33180,5203450,2111150,08%90,2588460,089690,3374480,0910530,0910530,0915320,0919340,0934780，093,0,0943270,0943270,0943270,0943270,0943270,0943270,3142130,5097440,1604360,216215-0,89719-0,29814-0，316280,321667-0,7255-0,15643-0,31967-0,347520,094327-0,20019基因ID說明(8p缺失，表2)NM—000088膠原，I型，al(COLlAl),mRNA.NM_000135范可尼貧血，互補A組(FANCA),mRNA.BC016795克隆IMAGE:4067166,mRNA.AB006卯9A型小眼相關轉錄因子的mRNA,完整cds.NM—000073CD3G抗原，y多肽(TiT3復合物)(CD3G),mRNA.NM—020182跨膜，前列腺雄激素誘導的RNA(TMEPAI),mRNA,BI769135603053727F1NIH—MGC—122cDNA克隆IMAGE:52032075'，mRNA序列.NM_005080X-盒結合蛋白1(XBP1),mRNA.AB007875KIAA0415mRNA,完整cds.AK024940cDNA:FU21287fis,克隆COL01918.AK056609cDNAFLJ32047fis,克隆NTONG2001137.NM—018246假定蛋白FLJ10853(FLJ10853),mRNA.NM—001829氯通道3(CLCN3),mRNA.NM—015666GTP結合蛋白5(推定的)(GTPBP5)'mRNA.NM—009590含銅的胺氧化酶2(視網膜特異性的)(AOC2)，轉錄變體2,mRNA.NM—014052GW128蛋白(GW128),mRNA.NM—144641假定蛋白FU32332(FLJ32332),mRNA.NM—024035假定蛋白MGC3113(MGC3113),mRNA.畫_002398Meisl,骨髓親嗜性病毒整合位點1H.log(小鼠)(MEISl)，mRNA.NMJM7417UDP-N-乙酖-a-D-半乳糖胺多肽N-乙酰氨基半乳糖基轉移酶8(GalNAc-T8)(GALNT8)，mRNA.AL137326mRNA,cDNADKFZp434B0650(來自克隆DKFZp434B0650).NM_002894成視網膜細胞瘤結合蛋白8(RBBP8),mRNA.NM_003359UDP-葡萄糖脫氫酶(UGDH),mRNA.NM_022461假定蛋白FLJ21939類似于5-氮胞嘧啶誘導的基因2(FLJ21939)，mRNA.NMJ52437假定蛋白DKFZp761B128(DKFZp761B128),mRNA.AK056178cDNAFU31616fis，克隆NT2RI2003019.FDR效果0,0943270,0943270,0943270,0943270,0943270,0943270，5100850,192872-0,460230,3539370，2326730,3905290,0943270,2847320,0943270,0943270,0943270，0943270,0943270,0943270，0943270,0943270'0943270,0954340,0954340,095862-0,249260,299914-0,45615-0,26822-0,19685-0，282270,2615540,4589480,2549870,2520080,2878960.51%0，095888-0，408330,0965910,4160070,0973490,097690,09769-0,15438-0,328150,1676860,097690,4009120,0980670,31336670基因ID說明FDR效果(8p缺失，表2)BC020895克隆IMAGE:4704474，mRNA.0,099308-0,31829NM—000862羥基-5-5-類固醇脫氫酶，3|3-和類固醇5-異構酶10,0993310,199437(HSD3B1),mRNA.NM—004657血清剝奪反應(磷脂酰絲氨酸結合蛋白)(SDPR),0,0993310,247845mRNA.NM—020962可能是PuncEll的小鼠相鄰物的直向同源物0,0997370,320891(NOPE),mRNA.NM—000574補體的腐解加速因子(CD55,Cromer血型系統)0,099737-0,39095(DAF)，mRNA.表3:具有8q上的染色體獲得的、在結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間差異表達的人基因(單變量分析)。數據按FDR值排序。基因ID說明(8q獲得，表3)FDR效果畫-—001951E2F轉錄因子5，p130結合(E2F5),mRNA.0,0003210,37466BM921036AGENCOURT—66331%NIH—MGC一115cDNA克0,0020750,387272隆IMAGE:57523555',mRNA序列.麗-_016308UMP-CMP激酶(UMP-CMPK),mRNA.0,002075-0,25卯9NM-匿000285肽酶D(PEPD)，mRNA.0,0062910,293134NM——145293類似于假定蛋白FLJ20897(LOC196549)，mRNA.0,0231610,187785NM一-004232細胞因子信號傳遞的抑制物4(S0CS4),mRNA.0,041674-0,30051NM—_022I30高爾基體磷蛋白3(包膜蛋白)(GOLPH3),mRNA.0,041674-0,30666AB033100KIAA1274蛋白的mRNA,部分cds.0,0416740,523579麗-—003014分泌的巻曲相關蛋白4(SFRP4),mRNA.0,0416740,764632NM一—004891線粒體核糖體蛋白L33(MRPL33),核基因編碼線0,0416740,175935粒體蛋白，轉錄變體l,mRNA.畫-—032862tigger可轉座元件衍生的5(TIGD5),mRNA.0,0416740，319249NM——033126絲氨酸/蘇氨酸激酶PSKH2(PSKH2)，mRNA.0,0416740,432724NM-—144660假定蛋白FLJ25082(FU25082),mRNA.0,0505050,302561NM——015127Mid-l相關的氯通道1(MCLC)，mRNA.0,050505-0，25616NM——031920ARG99蛋白(ARG99),mRNA.0,0505050,208365NM——007055聚合酶(RNA)III(定向于DNA)(155kD)0,0505050,14563(RPC155),mRNA.麗—024491plO結合蛋白(BITE),mRNA.0,050505-0,26034畫—畫006U7過氧化物酶體D3,D2-烯酰-輔酶A異構酶0,050505-0,36647(PECI),mRNA.畫-—033120棵角質層H,log2(果蠅)(NKD2),mRNA.0,0505050，693186AF161353HSPC090mRNA，部分cds.0,0535870,234453麗_畫0簡6假定蛋白FLJ20261(FLJ20261),mRNA.0,054369-0,28294NM——024522假定蛋白FLJ12650(FLJ12650),mRNA.0,0543690,220378NM——013354CCR4-NOT轉錄復合物，亞基7(CNOT7),轉錄變0,054537-0,19074體1,mRNA.NM——031472假定蛋白MGC11134(MGC11134),mRNA.0,060975-0,26471NM——138425假定蛋白BC009925(LOC13246)，mRNA.0,060975-0,27155NM_—003186轉凝蛋白(TAGLN),mRNA,0,0784910,33003772<table>tableseeoriginaldocumentpage73</column></row><table>表4:具有13q上的染色體獲得的、在結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間差異表達的人基因(單變量分析)。數據按FDR值排序。<table>tableseeoriginaldocumentpage74</column></row><table>基因ID說明(13q獲得,表4)FDR效果麗一032229假定蛋白FLJ22774(FLJ22774),mRNA.0,016631-0,76877固—004445EphB6(EPHB6),mRNA.0'0171860,337104NM—0022%核纖層蛋白B受體(LBR),mRNA.0,0187440,219703AW972072EST384056MAGE重新排序，MAGLcDNA,0,0203410,31753mRNA序列.畫—012449前列腺的6次跨膜上皮抗原(STEAP)，mRNA.0,020473-0,32771NM_005870sin3相關多肽，18kDa(SAP18),mRNA.0,0206910,219704畫—018386假定蛋白FU11305(FLJI1305),mRNA.0,0222160,248688AF075082全長插入cDNAYQ80H06,0,022216-0,29092AL09727mRNA全長插入cDNA克隆EUROIMAGE0,022702-0,18078200247,AK055卯3cDNAFLJ31341fis,克隆MESAN1000050.0,023674-0,44115NMJH4177HSPC154蛋白(HSPC154),tnRNA.0,02626-0,1951NM一006825細胞骨架相關蛋白4(CKAP4),mRNA.0,02765-0,1768L3828230amRNA片段.0,0283210,468719NMJ325187假定蛋白FU12076(FLJ12076),mRNA.0,0283210，19899NM一021945假定蛋白FLJ22174(FLJ22174),mRNA.0,039902-0,41007NM—139167sarcoglycan;(SGCZ)，mRNA.0,0399020,228483畫—006022轉化生長因子p刺激的蛋白TSC-22(TSC22),0,041160,203489mRNA.NM—006215絲氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制劑，進化枝A(a-l0,0421740,444696抗蛋白酶，抗胰蛋白酶)，成員4(絲氨酸蛋白酶抑制蛋白A4),mRNA.畫—018559脂多糖特異性反應-7蛋白(LSR7)，mRNA.0,0421740，270419AK024254cDNAFLJ1492fis,克隆NT2RP3000584.0,0421740,224429NM—005358僅LIM結構域7(LM07),轉錄變體1,mRNA.0,0421740,251855NM一032827假定蛋白FLJ14708(FLJ1470S)，mRNA.0,047016-0,48154BC018758類似于RIKENcDNA1110032022基因，克隆0,051706-0,23603MGC:31967IMAGE:4907976,mRNA,完整cds.廳—030579細胞色素b5線粒體外膜前體(CYB5-M),mRNA.0,0517060,176881AF085893全長插入cDNA克隆YP95A10.。'0517060,217617NM一152322假定蛋白FLJ33957(FLJ33957)，mRNA.0,0517310,373213薩—152707假定蛋白MGC39851(MGC39851),mRNA.0,0536980,195109BC001092類似于假定蛋白FU20378,克隆1MAGE:3506144,0,056537-0,24494基因ID說明FDR效果(13j，表力mRNA.NM—002389膜輔因子蛋白(CD46,滋養層-淋巴細胞交叉反應性0,0566480,241236抗原)(MCP),轉錄變體a，mRNA.AF086417全長插入cDNA克隆ZD78A02.0,0566480,538334NM—]53751染色體21可讀框82(C2IorfS2)，mRNA.0,057336-0,30873NM_003731干燥綜合征細胞核自身抗原1(SSNA1),mRNA.0,0580990,218273AL8323卯mRNA,cDNADKFZp667H2012(來自克隆0,063252-0,30417DKFZp667H2012).NM—012158F框和富含亮氨酸的重復蛋白3A(FBXL3A),0,0632520,264664mRNA.NM—005374膜蛋白，棕櫚酰化的2(MAGUKp55超家族成員0,063252-0,1742)(MPP2),mRNA.NM_002097通用轉錄因子IHA(GTF3A),mRNA.0,0632520,268556W02242za57b04.rlSoares胎肝脾1NFLScDNA克隆0,0632520,244961IMAGE:2966235',mRNA序列.NM—004255細胞色素c氧化酶亞基Va(COX5A)，核基因編碼0,063252-0,1947線粒體蛋白，mRNA.AF350451C6orf37mRNA,完整cds.0,064674-0,32683BC028119類似于推定的，克隆MGC:40181IMAGE:5172473，0,065315-0,31424mRNA，完整cds.NM—016594FK506結合蛋白11,19kDa(FKBPU),mRNA.0,066266-0,23327NMJH4849突觸泡糖蛋白2(SV2),mRNA.0,0662660,151549NMJB2352假定蛋白MGC11296(MGC11296),mRNA.0,0662660,132448NM_078467細胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑lA(p21,Cipl)0,0662660,196894(CDKN1A),轉錄變體2,mRNA.NM一007342核孔蛋白樣蛋白1(NLPJ),mRNA.0,0666710,137201AK057085cDNAFLJ32523fis,克隆SMINT2000032.0,068720,393846AF085955全長插入cDNA克隆YR86G04.0,068720,220771NM_144736假定蛋白PR01853(PR01853),轉錄變體1,mRNA.0,068720,165416NM一007035角膜蛋白聚糖(KERA),mRNA.0,068720,345311NM_152255蛋白酶體(前體，macr叩ain)亞基，a型，7(PSMA7),0,068720,141922轉錄變體2，mRNA.U50531BRCA2區，mRNA序列CG030.0,068720,305838NM一004128通用轉錄因子IIF，多肽2(30kD亞基)(GTF2F2),0,068720,20089276<table>tableseeoriginaldocumentpage77</column></row><table>0,0781880'078〗880,0790850,0803380,085964基因ID說明FDR〖13g然H42.................................................................................................mRNA,NM一144778肌盲(muscleblind)樣蛋白MBLL39(MBLL39)轉錄變體1，mRNA.NM—015070KIAA0853蛋白(KIAA0853)，mRNA.NMJ)02212整聯蛋白(34結合蛋白(ITGB4BP),mRNA.NM一021258白介素22受體(IL22R),mRNA.NM—014887來自BCRA2區的假定蛋白(CG005),mRNA.NM一004755核糖體蛋白S6激酶，卯kDa,多肽5(RPS6KA5).mRNA.NMJ)31266異源細胞核核糖核苷酸蛋白A/B(HNRPAB),轉錄0,085964變體1，mRNA.NM—018147Fas凋亡抑制分子(FAIM),mRNA.0,085964NM—002431menageatrois1(CAK組裝因子)(廳ATl)'mRNA.0,087716NM—031472假定蛋白MGC1U34(MGC11134),mRNA.0,087716BC0092I0類似于中胚層發育候選物2,克隆MGC:161850,087717IMAGE:3637449,mRNA,完整cds.NMJX32915復制因子C(激活物1)3,38kDa(RFC3)，mRNA.0,089927AF514992核蛋白p30mRNA,部分cds.0,090807NMJ313974二曱基精氨酸二曱基氨基水解酶2(DDAH2),0,090807mRNA.BC008502克隆MGC:14841IMAGE:4295121,mRNA,完整0,090807cds.BF967668602287374T1NIH_MGC_96cDNA克隆0,092551IMAGE:43744993'，mRNA序列.AK092490cDNAFLJ35171fis,克隆PLACE6013220，弱類似0,092847于毛透明蛋白.AL390178mRNA,cDNADKFZp547N064(來自克隆0,092928DKFZp54測64).NM—024618假定蛋白FLJ2M78(FLJ21478),轉錄變體1,0,093324mRNA.AK097101cDNAFU39782fis,克隆SPLEN2002175.0,093866AK024933cDNA:FU21280fis,克隆COL01884.0,093866NM—004545NADH脫氫酶(泛醌)1(3亞復合物，1,7kDa0,093866(NDUFB1),mRNA,效果0,0781880,2182340,1967960,1853170，431%0,233766-0,18116-0，1542-0,34657-O,顧-0,20932-0,15%10，196477-0,165370,17908-0,286090,241666-0,204270:259092-0,231440,323348-0,36332-0,1751278<table>tableseeoriginaldocumentpage79</column></row><table>表5:具有15q上的染色體缺失的、在結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間差異表達的人基因(單變量分析)。數據按FDR值排序。基因ID說明FDR效果(15g缺失，表5)AK057085cDNAFU32523fis,克隆SMINT2000032.BC010701克隆MGC:16795IMAGE:3855397，mRNA,完整cds.NM—016397TH1樣(果蠅)(TH1L)，mRNA.NM—006809線粒體外膜的移位酶34(TOMM34),mRNA.AF156166推定的腫瘤抑制物mRNA.NM—004653SmcyH.log,Y染色體(小鼠)(SMCY),mRNA.NM—003880WNTl誘導型信號傳遞途徑蛋白3(WISP3),轉錄變體1,mRNA.NM—002755促分裂原激活的蛋白激酶激酶1(MAP2K1)，mRNA.NM一002267核周蛋白a3(輸入蛋白a4)(KPNA3),mRNA.0,0428570,213699NM—006726LPS-反應性液泡交通，含岸和錨(LRBA)，mRNA.0,04717-0,17132NM—004323BCL2-相關的抗死亡基因(BAG1),mRNA.0,048517-0，3164NM—003411鋅指蛋白，Y連鎖的(ZFY),mRNA.0,050424哩0，82401BC035268克隆IMAGE:4779288,mRNA.0,050424-0,25257AK075564cDNAPSEC0264fis，克隆NT2RP3002337.0,057755-0,77583AF085861全長插入cDNA克隆YN67C05.0,057755-0,37833NM—144726假定蛋白FU31951(FLJ31951),mRNA.0,057755-0,27891NM—014786Rho-特異性鳥。票呤-核苷酸交換因子164kDa0,0662750,223783(P164RHOGEF),mRNA.AL713719mRNA,cDNADKFZp667K1916(來自克隆0,0662750,488787DKFZp667K1916).BC038852克隆IMAGE:5168364,mRNA.0,066417-0,70334NM—003121Spi-B轉錄因子(Spi-l/PU.l相關的)(SPIB),mRNA.0,066417-0,33326Z24725促分裂原誘導型基因mig-2,完整cds.0,066417-0,22419NM—014885細胞分裂后期促進復合物10(APCIO)，mRNA.0,0664170,240729NM—016646間質干細胞蛋白DSCD28(LOC51336),mRNA.0,0664170,267465NM—0022%核纖層蛋白B受體(LBR),mRNA.0,0664170,270704NM一017895死亡/H(Asp-Glu-Ala-Asp/His)框多肽270,0664170,283457(DDX27),mRNA0,0230840，0285430,038230,038230,042210,0428570,0428570,663367-0,400070,3122990,466704-0,34763-0,44454-0,317890,042857-0'2糊380<table>tableseeoriginaldocumentpage81</column></row><table>表6:具有17p上的染色體缺失的、在結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間差異表達的人基因(單變量分析)。數據按FDR值排序。<table>tableseeoriginaldocumentpage82</column></row><table>表7:具有18q上的染色體缺失的、在結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間差異表達的人基因(單變量分析)。數據按FDR值排序。基因ID說明FDR效果(18q缺失，表7)NM一O16397TH1樣(果蠅)(TH1L)，mRNA.0,0008240，282卯8腹_004715CTD(羧基末端結構域，RNA聚合酶II,多肽A)0,000824-0,19524磷酸酶,亞基1(CTDP1),轉錄變體FCPla,mRNA.NM—004539天冬酰胺酰-tRNA合成酶(NARS),mRNA.0,000944-0,24154NM—002894成視網膜細胞瘤結合蛋白8(RBBP8),mRNA.0,001559-0,19184畫—021809TGFB誘導的因子2(TALE家族同源框)(TGIF2),0,0015590,364009mRNA.NM—002915復制因子C(激活物1)3,38kDa(RFC3)，mRNA.0,0017920,277825NM—016646間質千細胞蛋白DSCD28(LOC51336),mRNA.0,0035260,246432NM—013451fer-1樣3，myoferlin(秀麗新桿線蟲)(FER1L3),0,003816-0,26834轉錄變體1，mRNA.NM—005469過氧化物酶體酖基輔酶A硫酯酶(PTE1),mRNA.0,0038160,317782NM—024522假定蛋白FLJ12650(FLJ12650),mRNA,0,0038160,234068NM—002212整聯蛋白(34結合蛋白(ITGB4BP),mRNA.0,0038160,24754BC033940克隆IMAGE:5272723，mRNA，部分cds.0,0045420,320051畫—014177HSPC154蛋白(HSPC154),mRNA.0,004542-0,22578BC038852克隆IMAGE:5168364,mRNA.0,006043-0,63205189477UI-E-EJl-aka-c-13-0-UI.rlUI-E-EJ1cDNA克隆0,006686-0,57215UI-E-EJI-aka-c-13-0-UI5',mRNA序列.NM—018439假定蛋白IMPACT(IMPACT),mRNA.0,007012-0,31578腹—08270染色體20可讀框20(C20orf20),mRNA.0,0077490，脂34蘭—138425假定蛋白BC009925(LOCI13246),mRNA.0,009635-0,27373畫—002296核纖層蛋白B受體(LBR),mRNA.0,0096350,236768觀_006602轉錄因子樣5(基本螺旋-環-螺旋)(TCFL5),mRNA.0'0098S60,501186NM—152777染色體14可讀框48(C14orf48)，mRNA.0,0107080,318223Z34281(MARIO)MUC5AC粘蛋白的mRNA(部分).0,011328-1,33357BQ921112AGENCOURT—8926187NIH—MGC—101cDNA克0,0120330,451489隆IMAGE:64630135'，mRNA序列.AK024563cDNA:FLJ20910fis，克隆ADSE00492.0,0120330,349917觀一032611蛋白酪氨酸磷酸酶IVA型，成員3(PTP4A3)，轉0,015390,370319錄變體1,mRNA.83<table>tableseeoriginaldocumentpage84</column></row><table>基因ID說明(18q缺失，表7)FDR效果NM—_006097肌球蛋白調節性輕鏈2，平滑肌同種型(MYRL2)，0,0279240,308449mRNA.畫_一003118分泌的蛋白，酸性，富含半胱氨酸(骨粘連蛋白)0,0279240,371898(SPARC),mRNA.NM——138340含abhydrolase結構域3(ABHD3)，mRNA.0,028702-0,34834NM——173168SPCX(SPCX),mRNA.0,0287020,2卯214薩-—000238鉀電壓門控的通道，亞家族H(eag相關的)，成員0,0287020,3623182(KCNH2)，轉錄變體l,mRNA.畫——016569T-框3(尺骨乳腺綜合征)(TBX3),轉錄變體2，0，028702-0,40908mRNA.顧一—006809線粒體外膜的移位酶34(TOMM34),mRNA.0,0287020,327919NM——138573神經調節蛋白4(LOCI45957),mRNA.0,028702-0,33061BC016864克隆1MAGE:3847536,mRNA.0,0287020,335912K00629kpni重復mrna(cdna克隆pcd-kpni-4)，3'末端.0,0289490,200056麗_—005877剪接因子3a,亞基1,120kDa(SF3Al》mRNA.0,028949-0,21253NM——006615鈣激活中性蛋白酶9(nCL-4)(CAPN9),mRNA.0,028949-0,56754NM——024426Wilms腫瘤1(WT1)，轉錄變體D，mRNA.0,029630,688737麗——025138假定蛋白FLJ12661(FU12661)，轉錄變體1,0,029630,226221mRNA.AK074657cDNAFLJ90176fis,克隆MAMMA1000528.0,02963-0,3027BM921036AGENCOURT_66331%麵—MGC一115cDNA克0,02%30,279055隆IMAGE:57523555'，mRNA序列.雇一—003121Spi-B轉錄因子(Spi-l/PUl相關的)(SPIB)，mRNA.0,02963-0,256%BC031244雙特異性酪氨酸-(Y)-磷酸化調節的激酶4,克隆0,02963-0,31347MGC:39640IMAGE:5266287，mRNA，完整cds.AF088051全長插入cDNA克隆ZD63G05.0,02%3-0,22944NM—030815染色體20可讀框126(C20orfl26),mRNA.0,029630,252626NM—014729胸腺高遷移性基團框蛋白TOX(TOX),mRNA.0,029713-0,38597.NM—021945假定蛋白FLJ22174(FLJ22174),mRNA.0，031107-0,41574畫_000439前蛋白轉化酶枯草蛋白酶/kcxin型1(PCSK1),0,033688-1,05921mRNA.NM_006644熱激.105kD(HSP105B),mRNA.0,0336880,312619BC034812類似于HSPC182蛋白，克隆IMAGE:4825606,0,0336880,229524mRNA.85基因ID說明(18q缺失，表7)FDR效果U44954NMDA受體谷氨酸結合鏈(hnrgw)mRNA,部分0,0336880,235122cds.NM一002885RAP1，GTP酶激活蛋白1(RAP1GA1),mRNA.0,033688-0,17827NM—002573血小板激活因子乙酰水解酶，同工型lb,y亞基0,0336880,17697829kDa(PAFAHlB3)，mRNA.NM—002097通用轉錄因子IHA(GTF3A)，mRNA.0,0336880,283916NM—025067假定蛋白FLJ14106(FLJ14106),mRNA.0,0347740,136761NM_130785TPTE和PTENH.logous肌醇脂質磷酸酶(TPIP)，0,034774-0，20841mRNA.NMJ)121卯甲酰四氫葉酸脫氫酶(FTHFD),轉錄變體l,mRNA.0,034774-0,4416NM_080476CDC91細胞分裂周期91樣1(啤酒糖酵母)0,0361260，23289(CDC91L1),mRNA.NM—016626假定蛋白LOC51320(LOC51320),mRNA.0，036126-0,22033AK096306cDNAFLJ38987fis,克隆NT2RJ200588.0,0361260,295329AF339772克隆IMAGE:128781,mRNA序列.0,0368250，386798NM—025047假定蛋白FLJ22595(FLJ22595),mRNA.0,036825-0,22813NM—021246淋巴細胞抗原6復合物，基因座G6D(LY6G6D)，0,0368250,781552mRNA.NM—006839內膜蛋白，線粒體(mitofilin)(IMMT)，mRNA.0,036825-0,32053NM—004786硫氧還蛋白樣，32kDa(TXNL),mRNA.0,036825-0,19712NM_030789組織特異性(次要)13(HM13)，mRNA.0,0379280,173847AF304443B淋巴細胞激活相關蛋白BC-2048mRNA,完整0,038975-0，6卯41cds.NMJH6400Hurrtingtin相互作用蛋白K(HYPK),mRNA.0，038975-0，23071NM—153751染色體21可讀框82(C21orf82)，mRNA.0,038975-0,31597AF086021全長插入cDNA克隆YW21D11.0,038975-0,40572NM_002156熱激60kDa蛋白1(陪伴蛋白)(HSPDl)，mRNA.0,039770,174064AJ292079MUC5AC蛋白的部分mRNA(粘蛋白基因，0,043301-1，2742MUC5AC).NM—053055C末端調節蛋白(CTMP),mRNA.0,043301-0,18836NM—004669細胞內氯通道3(CLIC3),mRNA.0,043458-0,63156NM—014066HT002蛋白，高血壓相關的鈣調節的基因0,0434580,183686(HT002),mRNA.NM一002267核周蛋白a3(輸入蛋白ct4)(KPNA3),mRNA.0，0434580,1463186<table>tableseeoriginaldocumentpage87</column></row><table>基因ID說明FDR效果(18q缺失，表7)NM—004588鈉通道，電壓門控的，II型，(3多肽(SCN2B),0,057233-0,19156mRNA.NM—020749AT2受體-相互作用蛋白l(ATIPl),mRNA.0,057233-0,2583AK095147cDNAFU37828fis,克隆BRSSN2006575.0,057233-0,79158NM—004925水通道蛋白3(AQP3),mRNA.0,057233-0,42326BQ055725AGENCOURT—6796360NIH_MGC—99cDNA克0,057233-0,32696隆IMAGE:58079465',mRNA序列.NM—002345腔蛋白聚糖(LUM)，mRNA.0,0572330,385281雨—002102血型糖蛋白E(GYPE),mRNA.0,057233-0,22666NM—133170蛋白酪氨酸磷酸酶，受體型，T(PTPRT),轉錄變0,057233-0,35159體1,mRNA.BM669556UI-E-DXl-agw-c-13-0-UI.slUI-E-DX1cDNA克隆0,0578940,211554UI-E-DXl-agw-c-13-0-UI3'，mRNA序列.NM—002225異戊酰輔酶A脫氫酶(IVD)，核基因編碼線粒體蛋0，058226-0,193白，mRNA.NM—152400假定蛋白FU39370(FLJ39370),mRNA.0,058226-0,22856麗_006796AFG3ATP酶家族基因3樣2(酵母)(AFG3L2),核0,058226-0,20738基因編碼線粒體蛋白，mRNA.NM—033111CG016(LOC88523),mRNA,0,0589450,425126NM—004599固醇調節元件結合轉錄因子2(SREBF2)，mRNA.0,059015-0，24卯2雨_020169latexin蛋白(LXN),mRNA.0，059328-0,1734NM—018414GalNAca-2,6-唾液酸轉移酶I，長形0,059328-0,49984(ST6GalNAcI),mRNA.AB033100KIAA1274蛋白的mRNA,部分cds.0,0596160,406927AK056609cDNAFLJ32047fis,克隆NTONG2001137.0,060288-0,24176NM—014052GW128蛋白(GW128)，mRNA.0,0608980,229394AK057045cDNAFLJ32483fis,克隆SKNMC2001503,弱類0,061898-0,38993似于P-SE凝集素糖蛋白配體1前體.NM_017895死亡/H(Asp-Gu-Ala-Asp/His)框多肽270,0619860,201229(DDX27)，mRNA.雨_030579細胞色素b5線粒體外膜前體(CYB5-M)，mRNA.0,0619860，168765NM—007019遍在蛋白綴合酶E2C(UBE2C),mRNA.0,0619980,236312畫—007039蛋白酪氨酸磷酸酶，非受體型21(PTPN21)，0,061998-0,24194mRNA.88基因ID說明(18q缺失，表7)FDR效果0,253210,224102-0,53126-0,134120,1683970,2533430,288058完整0,064346-0，33008NMJM8360X染色體可讀框15(CXorf5),mRNA.0,061998NM—003185TAF4RNA聚合酶II,TATA框結合蛋白(TBP)相關0,062237因子，135kDa(TAF4)，mRNA.AK075564cDNAPSEC0264fis,克隆NT2RP3002337.0,062237NM—000177凝溶膠蛋白(淀粉樣變性，Finnish型)(GSN),0,062237mRNA.NMJ)16299可能是小鼠熱激蛋白的直向同源物，70kDa40,062237(HSP70-4),mRNA.BC014362克隆IMAGE:3932221,mRNA.0,063385BC009447克隆MGC:I5887IMAGE:3530481,mRNA,完整0,06351cds.BC041626克隆MGC:52394IMAGE:4554923'mRNA,cds.NM—032709假定蛋白MGC13047(MGC13047),mRNA.AL713719mRNA,cDNADKFZp667K1916(來自DKFZp667K1916).NM—030877聯蛋白，|3樣1(CTNNBL1),mRNA.NM—024725假定蛋白FLJ23518(FU23518),mRNA.■NM_014657KIAA0406基因產物(KIAA0406),mRNA.NM—032827假定蛋白FLJ14708(FLJ14708),mRNA.NM_145284類似于假定蛋白MGC17347(LOC15卯卯)，mRNA.0,067336NM_015832甲基-CpG結合結構域蛋白2(MBD2)，轉錄變體睪0,067336丸特異性，mRNA.NM—000901核受體亞家族3，C組，成員2(NR3C2)，mRNA.0，067336NM—032633假定蛋白MGC5457(MGC5457),mRNA.0,067336NM—032527假定蛋白FLJ14972(KIAA1847),mRNA.0,067336NM_001316CSE1染色體分離1樣(酵母)(CSEIL),mRNA.0,067336AK095808cDNAFLJ38489fis,克隆FEBRA2023550,弱類似0,067336于P3蛋白.NM—001933二氫脂酰胺S-琥珀酰轉移酶(2-氧代-戊二酸復合0,067336物的E2成分)(DLST)，mRNA.BC030750克隆IMAGE:4795773，mRNA.0,067391NM_004453電子轉移黃素蛋白脫氫酶(ETFDH),核基因編碼線0,06卯33粒體蛋白，mRNA.0,0651%克隆0,06530,0665660,0665660,0673360,067336-0,354490,336830,248269-0,228280,273531-0,448020,250469-0,17895-0,563380,1718880,1533760,212579-0,25346-0,19324-0,3297-0,2040589<table>tableseeoriginaldocumentpage90</column></row><table>基因ID說明FDR效果!(18g缺失，表7)BQ646410AGENCOURT—8511770MH_MGC—100cDNA克0,0800450,706676隆IMAGE:62969495',mRNA序列.NM—003359UDP-葡萄糖脫氬酶(UGDH),mRNA.0,080045-0,28442BC018995克隆MGC:20579IMAGE:4300679,mRNA,完整0,0800450,489487cds.BC033250克隆IMAGE:5441027,mRNA,部分cds.0,0800450,215003NM—001830氯通道4(CLCN4),mRNA.0,0800450,159316NM—003014分泌的巻曲相關蛋白4(SFRP4),mRNA.0,0800450,569245AL833742mRNA,cDNADKFZp666E186(來自克隆0,080045-0,39501DKFZp666E186).NM—015512DKFZP434A236蛋白(DKFZP434A236),mRNA.0,0800450,200372AL834121mRNA,cDNADKFZp761D2121(來自克隆0,080045-0,30573DKFZp761D2121).NM—006833C0P9亞基6(MOV34H.log'34kD)(COPS6)，0,0800450,151558mRNA.NM_013390跨膜蛋白2(TMEM2),mRNA.0,080045-0,24358AK093557cDNAFLJ36238fis,克隆THYMU2001422.0,0800450,236266NM—032044IV型再生基因(REG-IV),mRNA.0,080045-0,79212NM_0I7495含RNA結合區(RNPl,RRM)ll(RNPCl),mRNA.0,0800450,265594NM—152621假定蛋白MGC26963(MGC26963),mRNA.0'080739-0,39756AK092074cDNAFLJ34755fis,克隆NHNPC1000034.0,080739-0,31291NM_003615溶質栽體家族4,碳酸氫鈉共轉運蛋白，成員70,0807390,18244(SLC4A7),mRNA.NM_152586假定蛋白FLJ37318(FLJ37318),mRNA.0,080739-0,22746NM—002466v-myb成髓細胞瘤病毒癌基因H.log(禽類)樣20,0807390,425478(MYBL2),mRNA.BC028376克隆IMAGE:4838541,mRNA.0,080739-0,22249BC011242克隆IMAGE:453763,mRNA.0,0807390,366334AL831862mRNA，cDNADKFZp76112317(來自克隆0,081827-0,16968DKFZp76112317).BC036876克隆IMAGE:5245135,mRNA.0,0821970,275752NMJB3339胱天蛋白酶7，凋亡相關半胱氨酸蛋白酶0,08233-0，22092(CASP7)，轉錄變體Y,mRNA.NM—000373—磷酸尿苷合成酶(乳清酸磷酸核糖基轉移酶和乳0,082580，2964591<table>tableseeoriginaldocumentpage92</column></row><table>基因ID說明(18q缺失，表7)FDR效果NM—014593CpG結合蛋白(CGBP)，mRNA.0,089567NM—001920飾膠蛋白聚糖(DCN),轉錄變體A1，mRNA.0,089651NM—015338KIAA0978蛋白(KIAA0978),mRNA.0,089651AL080280mRNA全長插入cDNA克隆EUROIMAGE85卯5.0,089798NM_001249胞外核苦三磷酸二磷酸水解酶5(ENTPD5),0,091582mRNA.NM—032857內酰胺酶，(3(LACTB),轉錄變體l,核基因編碼0,092221線粒體蛋白，mRNA.Z36818(xsl66)mRNA，400bp.0,092641BU594226AGENCOURT—8843927NIH—MGC—142cDNA克0,092641隆IMAGE:64496445',mRNA序列.NM_031453假定蛋白MGC11034(MGC11034),mRNA.0,092641NM—003859多碎醇磷酸甘露糖基轉移酶多肽1,催化亞基0，092641(DPMI),mRNA.NM—001500GDP-甘露糖4，6-脫水酶(GMDS),mRNA.0,09289NM—016014CGI-67蛋白(CGI-67),mRNA.0,09289NM—016332含礎蛋白質X,1(SEPX1),mRNA.0,09289U32248具有TGG重復的mRNA,克隆83.0,093518AK056401cDNAFLJ31839fis,克隆NT2RP7000086.0,093844NM—033126絲氨酸/蘇氦酸激酶PSKH2(PSKH2),mRNA.0,093844NM—014071核受體共激活物6(NCOA6)，mRNA.0,094529NM_003526H2B組蛋白家族，成員L(H2BFL),mRNA.0,094617NMJB0582膠原，XV型III,a1(COL18A1),轉錄變體1,0,094767mRNA.AK002162cDNAFU11300fis,克隆PLACE1009886.0,094934NM—005944由單克隆抗體MRCOX-2鑒定的抗原(MOX2),0，094934mRNA.NM—138432可能是小鼠絲氨酸脫水酶相關序列的直向同源物10,094934(SDS-RS1),mRNA.BC003122克隆IMAGE:3357127，mRNA,部分cds.0,094934NMJB2813假定蛋白FUI4624(FU14624),mRNA.0,094934NM—007345鋅指蛋白236(ZNF236),mRNA.0,094934NM_004891線粒體核糖體蛋白L33(MRPL33),核基因編碼線0,094934粒體蛋白，轉錄變體l,mRNA.-0,165440,3422270,250409-0,40611-0，222710,202657-0,20224-0,307360,25132-0,233-0,242490,201764-0,302750,3755090,307430,2169090,1952150,319311-0,269-0,20733-0,170050,2745030,189731-0,170850,12568693<table>tableseeoriginaldocumentpage94</column></row><table>表8:具有20q上的染色體獲得的、在結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間差異表達的人基因(單變量分析)。數據按FDR值排序。基因ID說明FDR效果(20q獲得,表8)NM—003859多萜醇磷酸甘露糖基轉移酶多肽1,催化亞基9，74E-070,418628(DPMI),mRNA.畫一021809TGFB誘導的因子2(TALE家族同源框)(TGIF2),7,16E-060,394353mRNA.NM—024522假定蛋白FLJ12650(FLJ12650),mRNA.l,06E-050,261245畫一O18840推定的Rab5相互作用蛋白(RIP5),mRNA.l,15E-050,317908NM—030815染色體20可讀框126(C20orfl26),mRNA.0,0000790,315633濯一0剛2GW128蛋白(GW128),mRNA.0,0000790,31413AK024563cDNA:FLJ20910fis，克隆ADSE00492.0,0000790，400716畫一O17896染色體20可讀框11(C20orfl1),mRNA.0,0001110,253047雨—032527假定蛋白FU14972(KIAA1847),mRNA.0,0001110,210606NM一033342含三分基序7(TRIM7)，mRNA.0,000111-0,46251雇一l52777染色體14可讀框48(C14orf48)，mRIMA.0,0001480,349834BC033940克隆IMAGE:5272723,mRNA,部分cds.0,0002190,328968NM一016397TH1樣(果蠅)(TH1L),mRNA.0,0002770,256703麗一006602轉錄因子樣5(基本螺旋-環-螺旋)(TCFL5),0,0002770,535295mRNA.NM一O16646間質干細胞蛋白DSCD28(LOC51336),mRNA.0,0002830,243076NM一002436膜蛋白，棕櫚酰化的l,55kDa(MPPl),mRNA.0,0003520,425174畫—024115假定蛋白MGC4309(MGC4309),mRNA.0,0003690,217642NM一012105(3位點APP切割酶2(BACE2),轉錄變體a，mRNA.0,000392-0,24343AB033070KIAA1244蛋白的mRNA,部分cds.0,000485-0,3724NM一0121卯甲酰四氫葉酸脫氫酶(FTHFD),轉錄變體1，0,000485-0,52114mRNA.NM一002296核纖層蛋白B受體(LBR)，mRNA.0,0006320,242622AL832390mRNA,cDNADKFZp667H2012(來自克隆0,000691-0,37264DKFZp667H2012).畫一024898假定蛋白FU22757(FLJ22757),mRNA.0,000704-0,21365畫—024592假定蛋白FU13352(FLJ13352)，mRNA.0，000704-0,28523Y11166U71b小核仁RNA基因.0,0012020,582884畫—030789組織特異性(次要)13(HM13),mRNA.0,0012220,19987295基因ID說明FDR效果(20c)獲得，表8)NM—018270染色體20可讀框20(C20orf20),mRNA.0,0012230,186523NM—022105死亡相關轉錄因子1(DATF1),轉錄變體1,mRNA.0,00)430,272385NM—005077裂縫的轉導蛋白樣增強子1(E(spl)H,log,果蠅)0,001704-0,33036(TLEl),mRNA.AY069977前梯度蛋白3mRNA，完整cds.0,001712-0,70293NM—018439假定蛋白IMPACT(IMPACT),mRNA.0，00]712-0,30337NM_018710假定蛋白DKFZp7620076(DKFZp7620076),0,007120,338698mRNA.NM—003839肺瘤壞死因子受體超家族，成員lla，NFKB的激0,001802-0,425775活物(TNFRSF11A),mRNA.7NM—005710聚谷氨酰胺結合蛋白1(PQBP1),mRNA.0,0022470,146744NM一030877聯蛋白，p樣1(CTNNBL1),mRNA.0，0022470,296816NM—014593CpG結合蛋白(CGBP),mRNA.0,002247-0,20906NM—007039蛋白酪氨酸磷酸酶，非受體型21(PTPN21),0,002254-0,28594mRNA.BQ189477UI-E-EJl-aka-c-13-0-UI.rlUI-E國EJ1cDNA克隆0,00229-0，53703UI-E-EJ卜aka-c-13-0-UI5',mRNA序列.NM—002915復制因子C(激活物1)3,38kDa(RFC3),mRNA.0,002290,24125NM—018414GalNAca-2,6-唾液酸轉移酶I,長形0,00229-0,5849(ST6GalNAcI)'mRNA.NM—024792在上皮樣肺腺癌中表達的膜蛋白(CT120)，0,002393-0,223mRNA.NM一015338KIAA0978蛋白(KIAA0978),mRNA.0,003090,310714NM—018569假定蛋白PRO0971(PRO0971),mRNA.0,0033340,250694NM—014214肌醇(myo或4)-單磷酸酶2(IMPA2),mRNA.0,00338-0,27004AF085835全長插入cDNA克隆YI41B09.0,003380,554618NM—001432epiregulin(EREG),mRNA.0,003380,72949NM一017495含RNA結合區(RNPI'RRM)ll(RNPC1),mRNA.0,003380,318526NM一002212整聯蛋白p4結合蛋白(ITGB4BP)，mRNA.0,003380,219412NM一033120棵角質層H.log2(果蠅)(NKD2),mRNA.0,003380'635327BC002877類似于假定蛋白FIJ11585,克隆MGC:l12580，003386-0,19597IMAGE:3942160,mRNA,完整cds.BC038852克隆IMAGE:5168364,mRNA.0,003386-0,5747AK057624cDNAFLJ33062fis,克隆TRACH200OO32.0,0034850,27666396基因ID說明FDR效果(20c)獲得'表8)....................................................................................................NM—014657KIAA0406基因產物(KIAA0406),mRNA.0,0036250,31674NM—020673RAB22A,成員RAS癌基因家族(RAB22A),0,0038320,230507mRNA.NM—006886ATP合酶，H+轉運，線粒體Fl復合物，￡亞基0,0038320,227079(ATP5E),核基因編碼線粒體蛋白，mRNA.NMJB2872NADPH氧化酶相關的，含C2結構域的蛋白0，003846-0,30115(JTC1),mRNA.AK056292cDNAFLJ31730fis,克隆NT2RI2006838.0,0038460,480505NM—006839內膜蛋白，線粒體(tnitofilm)(IMMT),mRNA.0,003卯1-0,34137NM—006714酸性鞘磷脂酶樣磷酸二酷酶(ASM3A),mRNA.0,004209-0,39427NM—002267核周蛋白a3(輸入蛋白a4)(KPNA3),mRNA.0,0042090,57742NM—006746中足上的性梳樣1(果蠅)(SCMLl)，mRNA.0,0044990,305508NM—016839RNA結合基序，單鏈相互作用蛋白1(RBMSl)'0,0046290,264982轉錄變體MSSP-2,mRNA.AK094894cDNAFLJ37575fis,克隆BRCOC2003125,中度0，0051140,195457類似于丙糖磷酸異構酶(EC5.3丄1),NM—03204V型再生基因(REG-IV),mRNA.0,005114-0,9253NM_021945假定蛋白FLJ22174(FLJ22174),mRNA.0,005173-0,4256BC029775假定基因LOC127421,克隆MGC:353940,005173-0，48807IMAGE:51S6268，mRNA,完整cds.BC014971類似于樣i管蛋白，p,2,克隆IMAGE:4873024,0,0051730,243047mRNA.BC040672克隆IMAGE:4816952，mRNA.0,005206-0,33858NM—003185TAF4RNA聚合酶II，TATA框結合蛋白(TBP)相0,0053090,249808關因子，135kDa(TAF4),mRNA.NM—38425假定蛋白BC009925(LOCI13246),mRNA.0,005406-0,24799NM_080476CDC91細胞分裂周期91樣1(啤酒糖酵母)0,0054740,241093(CDC91L1),mRNA.NM—053286水通道蛋白6,腎特異性(AQP6),轉錄變體2,0,005474-0,47621n洲A.NM—000030丙氨酸-乙醛酸氨基轉移酶(草酸鹽沉著癥I高草0,0065880,231166酸尿INM—024868假定蛋白FLJ14124(FIJ14124),mRNA.0,006588-0,36372AF441770Tho2mRNA,完整cds.0,0065880,21043697<table>tableseeoriginaldocumentpage98</column></row><table>基因ID說明FDR效果(20ci獲得，表8)....................................................................NM—000273眼白化病1(Nettleship-Falls)(OAl),mRNA.0,0085620,388237AK093418cDNAFU36099fis,克隆TESTI2021057,弱類似0,0088520,400544于視網膜結合蛋白.NMJ)01062鈷胺傳遞蛋白1(維生素B12結合蛋白，R結合物0,008928-0,58802家族)(TCN1),mRNA.BM669556UI-E-DX卜agw-c-13-0-UI.slUI-E-DX1cDNA克0,0089280,222546隆UI-E-DXl-agw-c-13-0-UI3'，mRNA序列.NM一032633假定蛋白MGC5457(MGC5457),mRNA.0,0092720,184803NM—012461TERF1(TRFl)-相互作用核因子2(TINF2)，0,009331-0,16965mRNA.NM一030672假定蛋白FU10312(FUJ0312),mRNA.0,0093310,348971NMJ)14622雜合性缺失，11,染色體區2,基因A0,00952-0,30272(LOH11CR2A),mRNA.NM—021114絲氨酸蛋白酶抑制劑，Kazal型,2(頂體蛋白-胰0,009691-0,30382蛋白酶抑制劑)(SPINK2)，mRNA.NM一014177HSPC154蛋白(HSPC154),mRNA.0,00984隱0，186UNM—001316CSEl染色體分離1樣(酵母)(CSEIL),mRNA.0，0101390,227071NM一020315假定蛋白dJ37EI6.5(DJ37E16.5),mRNA.0,0102030,194366NM—130785TPTE和PTENH.logous肌醇脂質磷酸酶(TPIP),0,010213-0,2038mRNA.NMJ)14054染色體20可讀框40(C20orf40)，mRNA.0,0102130,208409jihjjj-'、'j，v"i，jiv、i、叫、乂tji主u，uivy厶jfv/，^tJ0H7ZDKFZp686P07116).NM一007002粘附調節分子1(ADRM1),mRNA.0,010370,211848AK021916cDNAFLJ11854fis，克隆HEMBA1006767.0,0109870,231398NM—004715CTD(羧基末端結構域，RNA聚合酶II,多肽A)0,010995-0,14281磷酸酶,亞基1(CTDP1)，轉錄變體FCPla,mRNA.NM一004902含RNA結合區(RNP1,RRM)12(RNPC2),mRNA.0,0111730,2082%NM—006615鈣激活中性蛋白酶9(nCL-4)(CAPN9),mRNA.0,011265-0,53614NM—006644熱激105kD(HSP105B),mRNA.0,0113170,301377BC039527克隆IMAGE:5742065,mRNA.0,0114820,263524BC016864克隆IMAGE:3847536,mRNA.0,0114820'3158%NM—003404酪氨酸3-單加氧酶/色氨酸5-單加氧酶激活蛋白，0,0116250,23437(3多肽(YWHAB),轉錄變體l,mRNA.99基因ID說明FDR效果(20cj獲得，表8)NM—0246094艮定蛋白FLJ21841(FLJ21841)，mRNA.0，0116250,411411BC008975克隆MGC:16774IMAGE:4215274'mRNA,完整0,0116250,275597cds.AB033045mRNAforKIAA1219蛋白，部分cds.0,0117630，196977AY057051推定的整合膜蛋白mRNA,完整cds.0,0117630,3S4158NM—001151溶質栽體家族25(線粒體栽體腺苷酸異位體)，成0,011763-0,18736員4(SLC25A4),核基因編碼線粒體蛋白，mRNA.AK093522cDNAFLJ36203fis,克隆TEST12028426，弱類似0,011763-0,39299于HISTONEH2BF.NM一024861假定蛋白FLJ22671(FLJ22671),mRNA.0,0117630,457049NM—030579細胞色素b5線粒體外膜前體(CYB5-M),mRNA.0,0120530,174642AJ227898部分mRNAIDEE2-8E.0,0121850,280683NM—013390跨膜蛋白2(TMEM2),mRNA,0,012188-0,263NM—014399跨膜4超家族成員tetraspanNET-6(NET-6),0,012449-0,24464mRNA.BC024318克隆IMAGE:3915414,mRNA.0,0126690,257688BC035561克隆MGC:40554IMAGE:5211583,mRNA,完整0,012687-0,27115cds.NM—032950基質金屬蛋白酶28(MMP28),轉錄變體2,mRNA.0,012705-0,38736NMJK)2899視黃醇結合蛋白1,細胞(RBP1)，mKNA.0,0134370,415611NM—031407上游調節元件結合蛋白1(UREB1),mRNA.0,0135270,203237CA447552UI-H-EI0醫aye-j-13-0-UI.slNCI一CGAP一EIOcDNA0,0135270'242779克隆UI-H-E10-aye-j-13-0-UI3'，mRNA序列.AF086417全長插入cDNA克隆ZD78A02.0,0141210,530657NM—019610假定蛋白669(LOC56267).mRNA.0，0]42440,20125NM—001363先天性角化不良1，角化不良蛋白(DKC1),0,0142930,166155mRNA.BC031648KIAA1324蛋白，克隆MGC:351660,014293-0,53032IMAGE:569952,mRNA,完整cds.BC011242克隆1MAGE:4153763,mRNA.0,0142930,391582NM—024533假定蛋白FLJ22167(FLJ22167),mRNA.0,014448-0,38164NMJ44676假定蛋白MGC23911(MGC239n)，mRNA.0.014448-0,13111AL122070mRNA,cDNADKFZp434E0535(來自克隆0'0]444S-0,29939DKFZp434E0535)100<table>tableseeoriginaldocumentpage101</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage102</column></row><table>基因ID說明FDR效果(20g獲得，表8)NM一003808腫瘤壞死因子(配體)超家族，成員13(TNFSF13),0,021611-0,33387轉錄變體a,mRNA.NM_015932假定蛋白HSPC014(HSPC014)，mRNA.0,021680,181839NM—021998鋅指蛋白6(CMPX1)(ZNF6)，mRNA.0,021680,229833AF085893全長插入cDNA克隆YP95AI0.0,021680,202777NM一003118分泌的蛋白，酸性，富含半胱氨酸(骨粘連蛋白)0,021680,325687(SPARC),mRNA.NM—013451fer-1樣3，myofcrlin(秀麗新桿線蟲)(FER1L3),0,022435-0,20185轉錄變體1，mRNA.NM—006074含三分基序22(TRIM22),mRNA.0,022435-0,26807NM—001324切割刺激因子，3'前RNA,亞基1,50kDa(CSTFl),0,0224350,189653mRNA.NM—015362HSPC002蛋白(HSPC002),mRNA.0,022743-0，24258BC027604類似于CG14I82基因產物，克隆MGC:267820,0227430,164779IMAGE:4838212，mRNA,完整cds.NM_015352蛋白O-巖藻糖基轉移酶1(POFUTl),轉錄變體1，0,0227430,305394mRNA.NM—152429假定蛋白MGC39320(MGC39320),mRNA,0,022749-0,26023NM—018282paraspeckle蛋白1(PSP1),mRNA.0,0227490,278469NM—007032Tara樣蛋白(HRIHFB2122),轉錄變體1，mRNA.0,022749-0,23412BC033196克隆MGC:45840IMAGE:4849453,mRNA,完整0,022749-0,32489cds.NM—032229假定蛋白FLJ22774(FLJ22774),mRNA.0,022749-0,64794AK0卯928cDNAFU33609fis,克隆BRAMY2015890.0,022860>219169NM—023011類似于酵母Up。,變體A(UPF3A),轉錄變體l,0,022860,156934mRNA.AF339772克隆IMAGE:128781,mRNA序列.0,0233420,350884NM_OM353RAB26,成員RAS癌基因家族(RAB26),mRNA.0,023342-0,36521ALI22043mRNA,cDNADKFZp566G1424(來自克隆0,0233420>282538DKFZp566G1424).NM—021724核受體亞家族l,D組，成員1(NR1D1),mRNA.0,0233420,306694NM_OO0532丙酰輔酶A羧化酶，卩多肽(PCCB),核基因編碼0,023342-0,19244線粒體蛋白，mRNA.NM—013974二甲基精氨酸二甲基氨基水解酶2(DDAH2),0,0233420,1809810,0233420，223I72基因ID說明FDR效果(20g獲得，表8)mRNA.HSPC296mRNA，部分cds.0,023342-0,21477通用轉錄因子UIA(GTF3A),mRNA.0,0233420，254443cDNA:FLJ22030fis,克隆HEP08669.0,0233420,478539假定蛋白FU21478(FLJ21478),轉錄變體1，0,023342-0,23549mRNA.類似于RIKENcDNA4921536K2I，克隆IMAGE:4827637,mRNA.核受體亞家族2,c組，成員2(NR2C2),mRNA.剪接因子3a,亞基l，120kDa(SF3Al),mRNA.cDNA:FLJ21245fis，克隆COL01184.鉀電壓門控的通道，亞家族H(eag相關的)，成員2(KCNH2)，轉錄變體l,mRNA.克隆1MAGE:4866059，mRNA.ct間(球蛋白)抑制劑，H2多肽(ITIH2),mRNA.激肽釋放酶l,腎/胰腺/唾液(KLK1),mRNA.假定蛋白FLJ23231(F1J23231),mRNA.鉬輔因子合成3(MOCS3)，mRNA.絲氨酸/蘇氨酸激酶PSKH2(PSKH2),mRNA.類似于假定蛋白F33H2,2-秀麗新桿線蟲，克隆MGC:40403IMAGE:5180533，mRNA，完整cds.cDNAFU20845fis，克隆ADKA01901.602690864F1N[H—MGC—97cDNA克隆IMAGE:48232955',mRNA序列.假定蛋白FLJ14564(FLJ14564),mRNA.CDC10細胞分裂周期10H.log(啤酒糖酵母)(CDCIO)，mRJSIA.真核翻譯起始因子2,亞基2p,38kDa(EIF2S2),mRNA.合酶，H+轉運，線粒體FO復合物，亞基c(亞基9),同工型2(ATP5G2),mRNA.含START結構域5(STARD5)，mRNA.0,026933-0,19682-假定蛋白MGC33338(MGC33338),mRNA.0,027461-0,18439克隆IMAGE:5262734,mRNA.0,0274750,250234AF161414NM一002097AK025683廳—()24618BC031973NM—003298畫—005877AK024898顧—000238BC0157卯固—002216薩—002257NM—025079顧—014484醒—033126BC03O520AK000852BG723246剛—032550畫一001788NM—003，畫—005176NM—030574NM—152366BC0385120,0233420,0235220,0236150,0240920,0245640,0245640,0247570,0247570,0249120,0252330,0259450,0259450,0259450,0261210,026931-0'17191-0,1859-0,443290,314197-0,466440,394375-0,45029-0,277680,3682810,3175750,1911890,163988-0,48691-0,396330,1794530,0269310.1818610,0269310,240383104基因ID說明(20q獲得，表S)FDR效果AK093993cDNAFLJ36674fis,克隆UTERU2004197.0,027475-0,28392NM_004738VAMP(液泡相關膜蛋白)相關蛋白B和C(VAPB),0,0275840,288854mRNA.BC04I376類似于假定蛋白5830442F04,克隆MGC:438950,027584-0,34671IMAGE:5274634，mRNA,完整cds.NM—012469染色體20可讀框14(C20orfl4)，mRNA.0,0275840.228577NM—017423UDP-N-乙酰-a-D-半乳糖胺多肽N-乙酰氨基半0,02807-0,22549乳糖基轉移酶7(GalNAc-T7)(GALNT7),mRNA.AK096918cDNAFLJ39599fis,克隆SKNSH2003174.0,0281370,396244AB054MK1AA1708蛋白的mRNA,部分cds.0,0283490,118787NM—000456亞硫酸鹽氧化酶(SUOX),核基因編碼線粒體蛋0,028349-0,15531白，mRNA.NM—002905視黃醇脫氫酶5(ll-順式和9-順式)(RDH5),0,02848-0,18593mRNA.NM—003358UDP-葡萄糖神經酰胺葡糖基轉移酶(UGCG),0,0285790,137583mRNA.AL833275mRNA,cDNADKFZp451C]18(來自克隆0,0288620,284558DKFZp451C118).NM—015392神經增生，分化和控制，l(NPDCl),mRNA.0,028862-0,29974NM—080672Q9H4T4樣(HI7739),mRNA.0,028862-0,52739AF118079PR01854mRNA，完整cds.0,0288780,231825NM_000835谷氨酸受體，離子型，N-曱基D-天冬氨酸2C0,0288780,218899(GRIN2C),mRNA.AB033100KIAA1274蛋白的mRNA,部分cds.0,0291540,382182AL831866mRNA,cDNADKFZp76100117(來自克隆0,029154-0,30015DKFZp76100117).NM—001888晶體蛋白，n(CRYM),mRNA.0,029406-0,35197BC040628克隆IMAGE:5745274,mRNA.0,029491-0,3608〗NM_0I8283假定蛋白FLJ10956(FLJ10956),mRNA.0,0297740,120587NM—000537腎素(REN),mRNA.0,029788-0:22482BM476468AGENCOURT—6476297NIH—MGC—85cDNA克0,0301740,296564隆IMAGE:55533955',mRNA序列.AF084362硫辛酸-蛋白連接酶BmRNA，部分cds.0,030307-0,20895AL8342mRNA,cDNADKFZp761D221(來自克隆0，030486-0,299105<table>tableseeoriginaldocumentpage106</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage107</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage108</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage109</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage110</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage111</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage112</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage113</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage114</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage115</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage116</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage117</column></row><table>基因ID說明FDR效果(20cj獲得，表8)隆1MAGE:64630135'，mRNA序列.BC029776類似于CG12393基因產物，克隆IMAGE:5188623,0,07184-0,2622mRNA,部分cds.AB037842KIAA1421蛋白的mRNA,部分cds.0,072155-0,23954NM—014587SRY(性別決定區Y)-框8(SOX8),mRNA.0,07260,345598BC034459克隆IMAGE:5185460,mRNA.0,072826-0,21496NM_006721腺香激酶(ADK)'轉錄變體ADK-long,mRNA.0,0729190,106291NM—016463假定蛋白HSPC195(HSPC195),mRNA.0,0730540,175255AK096306cDNAFU38987fis，克隆NT2RI2005818.0,0730910,228787NM—145293類似于假定蛋白FLJ20897(LOC196549),mRNA,0,0731140,114053NM—018360X染色體可讀框15(CXorfl5),mRNA.0,0732750,210295NM一025206fer-1樣4(秀麗新桿線蟲)(FERL4),mKNA.0,073390,195812NM_013279染色體11可讀框9(Cllorf9),mRNA.0,073526-0,25629AK021733cDNAFLJ11671fis,克隆HEMBA1004730.0,0737450,233873BU567822AGENCOURTJ0398839NIH_MGC—82cDNA克0,074029-0,25351隆IMAGE:66145245'，mRNA序列.NM_006668細胞色素P450,亞家族46(膽固醇24-鞋化酶)0，074029-0,23363(CYP46),mRNA.NM—025051假定蛋白FLJ23022(FU23022),mRNA.0,074384-0,26598NM—0I47I4KIAA05卯基因產物(KIAA0590),mRNA.0,07479-0,17485NM_018206空泡蛋白分選35(酵母)(VPS35)，mRNA.0,074790,104322NM—022101假定蛋白FU22965(FU22965),mRNA.0,0750060,130346BC035372克隆MGC:35266IMAGE:5174235,mRNA,完整0,075061-0,2973cds.NM—001910組織蛋白酶E(CTSE),轉錄變體1,mRNA.0,075061-0,45924BC038767克隆IMAGE:5270478,mRNA.0,075213-0,36496NM—057158雙特異性磷酸酶4(DUSP4)，轉錄變體2,mRNA.0,075244-0,22098BC020844克隆MGC:23971IMAGE:4714217，mRNA,完整0,075708-0，17112cds.濯一—133373類似于,脂酶C,S(LOC113026),mRNA.0,076165-0,21763畫——005128染色體21可讀框5(C21orf5),mRNA.0,076313-0,22382畫_—004394死亡相關蛋白(DAP)，mRNA.0,076313-0,15565NM-—080752染色體20可讀框164(C20orfl64),mRNA.0,0763880,203084AF088051全長插入cDNA克隆ZD63G05.0,0767-0,17243118基因ID說明(20q獲得，表8)FDR效果AK026418固—014489BC020896NM—016183NM—005944NM—004403NM—033292AF147436NM一O12401麵_簡10薩_144658NM001085畫J)18043AK058068NM—022045NM_030925NM—024556AK025793NM—024123NM—024426NM—00〗313NM—005900NM—022445AB013384BC040982BC035660畫014080cDNA:FLJ22765fis,克隆KAIA1180.FGF受體激活蛋白1(FRAG1)，mRNA.克隆IMAGE:47]0650,mRNA.染色體1可讀框33(Clorf33),mRNA.0,0769540,0774470,0776060,077697由單克隆抗體MRCOX-2鑒定的抗原(MOX2),0,078387mRNA.聾，常染色體顯性5(DFNA5),mRNA.0,078387胱天蛋白酶l,凋亡相關半胱氨酸蛋白酶(白介素0,0783871，p，轉化酶)(CASP1)，轉錄變體a,mRNA.全長插入cDNA克隆YP87B10.0，078387叢蛋白B2(PLXNB2),mRNA.0,078387EKN1(EKN1),mRNA.0,078387假定蛋白FLJ32122(FLJ32122),mRNA.0,078859絲氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制劑，進化技A0,078863(a-l抗蛋白酶，抗胰蛋白酶)，成員3(絲氨酸蛋白酶抑制蛋白A3)，mRNA.假定蛋白FLJ10261(FLJ10261),mRNA.0,078863cDNAFLJ25339fis,克隆TST00959.0,078863Mdm2,轉化的3T3細胞雙微體2,p53結合蛋白(小0,079107鼠)結合蛋白，104kDa(MTBP),mRNA.假定蛋白FLJ12577(FLJ12577),mRNA.0,079318假定蛋白FLJ21103(FU21103),mRNA.0,080434cDNA:FLJ22140fis,克隆HEP20977,0,080434淋巴細胞抗原6復合物，基因座G6E(LY6G6E),0,080698mRNA.Wilms肺瘤1(WT1),轉錄變體D，mRNA.0,08101瓦解蛋白反應調節蛋白1(CRMP1),mRNA.0，08105MAD,母體抗decapeirtaplegicH.log1(果蠅)0,081105(MADH1),mRNA.磁胺素焦磷酸激酶1(TPKl)，mRNA.0,081334HIPlR的mRNA,完整cds.0,081334克隆1MAGE:4798675，mRNA.0,08137克隆IMAGE:5721900，mRNA.0,081442雙氧化酶2(DUOX2),mRNA.0,0814420,259588-0,14138-0,552740,104503-0,184310,193986-0,34641-0,22072-0,13448-0,316010,153119-0，3944I-0,345720,2152920,2514060,347034-0,1579-0,281280,215830,5111740,52517-0,17975-0,2798-0,17225-0,17380,420216-0,49211119基因ID說明FDR效果(20cj獲得，表8)NM—004092烯酰輔酶A水合酶，短鏈，1,線粒體(ECHS1),0,081442-0,13245核基因編碼線粒體蛋白，mRNA.NMJKJ2874RAD23H.logB(啤酒糖酵母)(RAD23B),mRNA,0,0814420,115098NM—001800細胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑2D(pl9,抑制0,0814420,175601CDK4)(CDKN2D),轉錄變體l,mRNA.BI789172ie52h09.xlMelton標準化的人胰島4N4-HIS10,081442-0,25886cDNA克隆IMAGE:56707613',mRNA序列.AF264629未表征的胃蛋白Z.A43PmRNA,部分cds.0,0814420,222508NM—024卯8假定蛋白FLJ12973(FLJ2973),mRNA.0，08442-0，24063NM一016084RAS，地塞米松譯導的1(RASD1),mRNA.0,081443-0,30879NM—005263生長因子依賴性1(GFI1),mRNA.0,08166-0,21716AK024346cDNAFIJ14284fis,克隆PLACE1005898.0'08192-0,27611NM—000274鳥氨酸氨基轉移酶(螺旋狀萎縮)(OAT),核基因編0,0824010,275897碼線粒體蛋白，mRNA.M64247心臟肌鈣蛋白ImRNA，完整cds.0,0824010,314683NM—004925水通道蛋白3(AQP3)'mRNA.0,082401-0,33953NM—015926推定的分泌的蛋白ZSIG1(ZSIG11),mRNA.0,082401-0,16468AL137442mRNA,cDNADKFZp566C114(來自克隆0,0826040,274811DKFZp566C114)部分cds.AFU6695PR0222mRNA，完整cds.0,0827350,302746AK096129cDNAFLJ38810fis，克隆LIVER2006251.0,0828770,208516AL834283mRNA,cDNADKFZp547N0315(來自克隆0,0830160,181979DKFZp547N0315).NM—006825細胞骨架相關蛋白4(CKAP4)，mRNA.0,08318-0,1303BC038356克隆IMAGE:4825207,mRNA.0,08334-0,21392NM—003850琥珀酸-輔酶A連接酶，ADP-形成素g,(3亞基0,083340,134511(SUCLA2)，mRNA.NM—032661假定蛋白MGC5139(MGC5139),mRNA.0,08334-0,15739BC014162克隆IMAGE:4547814,mRNA.0,083340,318786BG107100602291004F1NIH—MGC_85cDNA克隆0,083340,224361IMAGE:4385725',mRNA序列.AK093715cDNAFU36396fis,克隆THYMU2009526.0,08334-0,1926NM—006259蛋白激酶，cGMP依賴性，II型(PRKG2)，mRNA.0,08334-0,22058AK0219I3cDNAFUl1851fis,克隆HEMBA1006744.0,08334-0,1134120<table>tableseeoriginaldocumentpage121</column></row><table>基因ID說明FDR效果(20q獲得，表8)NM—005618S樣l(果蠅)(DLLl),mRNA.0,087756-0,1卯63NM—020182跨膜，前列腺雄激素誘導的RNA(TMEPAI)，0,0877560,281365mRNA.畫_152400假定蛋白FLJ39370(FLJ39370),mRNA.0,087756-0,18205AK055903cDNAFLJ3341fis,克隆MESAN1000050.0,087756-0,31828NM—032483HTPAP蛋白(HTPAP),mRNA.0,087963-0,15815AK090706cDNAFLJ33387fis,克隆BRACE2006636.0,087963-0,29997AF130090克隆FLB9530PRO2574mRNA,完整cds.0,0879630,404278BC036799克隆IMAGE:55卯162,mRNA.0,087963-0,20596AK091562cDNAFLJ34243fis,克隆FCBBF3028593,高度0,0879670,170231類似于鋅指蛋白ZFP-l.NM—007048嗜乳脂蛋白，亞家族3,成員Al(BTN3Al)，mRNA.0,087967-0,19681NM—003496轉化/轉錄結構域相關蛋白(TRRAP)，mRNA.0,088048-0,17804函—022658同源框C8(HOXC8)，mRNA.0,0882440,177866NM—002023纖調蛋白(FMOD)，mRNA.0,088474-0,27322NM—020865死亡/H(Asp-Glu-Ala-Asp/His)框多肽360,0888310,130167(DDX36)，mRNA.翻一014350TNF誘導的蛋白(GG2-1),mRNA.0，08卯78-0,17898AF086476全長插入cDNA克隆ZD88F12.0'08卯780,27836NM—003155司腺鈣蛋白1(STC1),mRNA.0'08卯780,280653NM—002389膜輔因子蛋白(CD46,滋養層-淋巴細胞交又反應性0,0892480,18632抗原)(MCP)，轉錄變體a,mRNA.畫_003635N-脫乙酰酶/N-磺基轉移酶(肝素葡糖胺基)20,0896460,149154(NDST2),mRNA.AF344194克隆活性轉錄的Alu序列.0,089652-0,15984AJ292079MUC5AC蛋白的部分mRNA(粘蛋白基因，0,089795-0,97009MUC5AC).腹_014747KIAA0237基因產物(KIAA0237)，mRNA,0,089874-0,22134畫—002447巨噬細胞刺激1受體(c-met相關的駱氨酸激酶)0,089948-0,20784(MST1R),mRNA.畫—013261過氧化物酶體增殖激活的受體，y,共激活物10,08999-0,18143(PPARGC1),mRNA.AK098381cDNAFLJ25515fis,克隆CBR06479.0,0卯079-0,10508NM一016129COP9組成型光形態形成H.log亞基4(擬南齊)0,0卯079-0,09671122<table>tableseeoriginaldocumentpage123</column></row><table>基因ID說明(20q獲得，表8)FDR效果NM—007283單酰甘油脂酶(MGLL),mRNA.0,094536-0,18844畫—OOJ920飾膠蛋白聚糖(DCN)，轉錄變體Al,mRNA.0,0945360,289786BM804045AGENCOURT—6460684NIH—MGCJ8cDNA克0,0948890,238679隆IMAGE:55612405',mRNA序列.AL833743mRNA，cDNADKFZp666E036(來自克隆0,0951970,279238DKFZp666E036).麗_000607血清類黏蛋白1(ORM1),mRNA.0，0951970,515915謝—032857內酰胺酶，卩(LACTB)，轉錄變體l,核基因編碼0,095306-0,18893線粒體蛋白，mRNA.NM—005卯8甘露糖苷酶，pA,溶酶體(MANBA),mRNA,0,095306-0,17218畫一l52368假定蛋白MGC9629(MGC9629),mRNA.0,095560,158407AK097081cDNAFLJ39762fis,克隆SPLEN1000156.0,0955750,229516AK000671cDNAFLJ20664fis,克隆KAIA795.0,095575-0,28289LI0404表面活性劑蛋白B結合蛋白mRNA,完整cds.0,095672-0,23267NM—015446ELYS轉錄因子樣蛋白TMBS62(elys),mRNA.0,0956720,133758雇—018662在精神分裂癥中破壞的1(DISCI),mRNA.0,095672-0,34094BG774620602662836F1N1H—MGC—21cDNA克隆0,0957390,104531IMAGE:481簡5',mRNA序列.NM—019067假定蛋白FLJ10613(FLJ10613),mRNA.0,0961010,132872AF058簡克隆G4-10-3粘蛋白4(MUC4)mRNA,部分cds.0,09618-0,4132NM—021182次要組織特異性抗原HB-1(HB-1),mRNA.0,0967940,224357NM—020233x006蛋白(MDS006),mRNA.0,097063-0，2374NM_016940染色體21可讀框6(C21orf6),mRNA.0,097245-0,15326AK092373cDNAFLJ35054fis,克隆OCBBF2018380.0,097265-0,16439NM—001550干擾素相關的發育調節物1(IFRD1),mRNA.0,0974850,12646NM_030792假定蛋白PP1665(PP1665),mRNA.0,097860,20522AK024511cDNA:FLJ20858fis，克隆ADKA01561.0,09786-0,23219NM_032313假定蛋白MGC3232(MGC3232),mRNA.0,09786-0,16NM—005141纖維蛋白原，B(3多肽(FGB),mRNA.0,097942-0,57243AB062438OK/SW-CL.30的mRNA,完整cds.0,0979420,495277NM—005759abl-相互作用物2(ABI-2),mRNA.0,0979420,14493NM—053012假定蛋白LOC114137(LOC114137),mRNA.0,097942-0,18464NM_002511神經調節肽B受體(NMBR),mRNA.0，097942-0,16282NM—004479巖藻糖基轉移酶7(a(1,3)巖藻糖基轉移酶)0,097942-0,23954124<table>tableseeoriginaldocumentpage125</column></row><table>基因ID說明FDR效果(20cj獲得，表8)NM—014060MCT-1蛋白(MCT-1),mRNA.0,0999170,1335NM—152703假定蛋白FLJ39885(FLJ39885)，mRNA.0,099917-0,24777NM—003049溶質載體家族10(鈉/膽酸共轉運蛋白家族)，成員0,099917-0,317541(SLC10A1)，mRNA.表9:具有8q上的染色體獲得的、在結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間差異表達的人基因(多變量分析)。126<table>tableseeoriginaldocumentpage127</column></row><table>基因ID說明(20q獲得，表9)FDR效果26BC029775假定基因LOC127421,克隆MGC:353940,015926-2,59845IMAGE:5186268,mRNA,完整cds.27畫一O18690栽脂蛋白B48受體(APOB48R)，mRNA.0,016058-2,6173828畫一0219U"氨基丁酸(GABA)A受體,p2(GABRB2),轉錄0.019169-6,04422變體1，mRNA.29畫一O16646間質千細胞蛋白DSCD28(LOC51336),mRNA.0,0218021，43%6630BC0楊72克隆IMAGE:4816952,mRNA.0,023629-1,5883931NM—138409假定蛋白BC010003(L0C112609),mRNA.0,023629-1,7331732NM一005877剪接因子3a,亞基I，120kDa(SF3Al),mRNA.0,023629-1,4930433NM一012190曱酰四氮葉酸脫氫酶(FTHFD)，轉錄變體1,0,023629-2,42935mRNA.34NM一003600絲氨酸/蘇氨酸激酶6(STK6),mRNA.0,0245892,38859735畫一018414GalNAca-2，6-唾液酸轉移酶I,長形0,024589-3'79484(ST6Ga歸cI),mRNA.36NM一002759蛋白激酶，干擾素誘導型雙鏈RNA依賴性0,0245891,141759(PRKR),mRNA.37NM一080476CDC91細胞分裂周期91樣1(啤酒糖酵母)0,0246861,600234(CDC91L1),mRNA.38雇一000311肌病毒蛋白(p27-30)(Creutzfeld-Jakob病，0,0246861,773454Gerstmann-Strausler-Scheinker綜合4正，致死性家族性失眠癥MPRNP),mRNA.39畫一002296核纖層蛋白B受體(LBR)，mRNA.0,025051,54549140NM一053286水通道蛋白6,腎特異性(AQP6),轉錄變體2,0,029067-2,35392tnRNA.41畫—006602轉錄因子樣5(基本螺旋-環-螺旋)(TCFL5)，0,0329592,252188mRNA.42BM669556UI-E-DXl-agw-c-13-0-UI.slUI-E-DX1cDNA克0,0329591,420023隆UI-E-DXl-agw-c-I3-0-Ul3',mRNA序列.43NM一030789組織特異性(次要)13(HM13),mRNA.0,0329591,3381]544則一012"2染色體20可讀框1(C20orfl),mRNA.0,0331632,15101745AF258564PP3781mRNA,完整cds.0,0334293,6322846NMJ)00835谷氨酸受體，離子型，N-曱基D-天冬氨酸2C0,0334291,500558(GRIN2C),mRNA.47顧一OI2柳染色體20可讀框14('C20orfl4)，mRNA.0,0334291,617033128<table>tableseeoriginaldocumentpage129</column></row><table>基因ID74BC041376757677808182838485868788卯9192939495%97AK021691AF353674AL83428378NM—03274479畫000442NM—005538Z34278NM—033339NM—005618NM—016938NM—152369NM—018244則—133367BC03164889BC008502NM_13S340羅_006259麗—024533NMJKM155NM—020831AK095808NM—138573NM00383998NM004237說明(20g獲得，表9)類似于假定蛋白5830442F04,克隆MGC:43895IMAGE:5274634,mRNA，完整cds.cDNAFL川629fis,克隆HEMBA1004241.BTB結構域蛋白(BDPL)mRNA,部分cds.mRNA,cDNADKFZp547N0315(來自克隆DKFZp54，315).假定蛋白MGC12335(MGC12335),mRNA.血小板/內皮細胞粘附分子(CD31抗原)(PECAM1),mRNA.4中制素，卩C(INHBC),mRNA.(JER58)MUC5AC粘蛋白的mRNA(部分).胱天蛋白酶7,凋亡相關半胱氨酸蛋白酶(CASP7),轉錄變體7,mRNA.5樣l(果蠅)(DLLl),mRNA.含EGF的纖蛋白樣細胞外基質蛋白2(EFEMP2),mRNA.假定蛋白MGC45474(MGC45474),mRNA.染色體20可讀框44(C20orf44),mRNA.染色體6可讀框33(C6orf33),mRNA.KIAA1324蛋白，克隆MGC:35166IMAGE:5169952,mRNA,完整cds.克隆MGC:14841IMAGE:4295121，mRNA，完整cds.含abhydrolase結構域3(ABHD3),mRNA.蛋白激酶，cGMP依賴性，n型(PRKG2)，mRNA.假定蛋白FLJ22167(FU22167),mRNA.聯膜蛋白A6(ANXA6),轉錄變體l,mRNA.成巨核細胞白血病(異位)1(MKL1),mRNA.cDNAFLJ38489fis,克隆FEBRA2023550,弱類似于P3蛋白.神經調節蛋白4(LOC145957),mRNA.腫瘤壞死因子受體超家族，成員lla,NFKB的激活物(TNFRSF11A),mRNA.曱狀腺素受體相互作用物13(TRIP13),mRNA.FDR效果0,055936-1,860450,0559360,056150,0578090,0578860,0578860,0578860,0586720,0586720,0588830,059763。，0647180'0675U0,0705850,0705851,502259-1,351161'423136-3,23807-2,70861,147071-4,85491-1,40297-1,29421,522942-1,602571,488465-1,81794-3,167180,071165-1,661790,07％70,079670,0721910,0755650,0755650，0755650,0755650,075565-1,61731-1,74885-1,972661,760937-1,03031-1,19307-1,28984-1,639750,0755652,118122130<table>tableseeoriginaldocumentpage131</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage132</column></row><table>表10:位于染色體缺失區內并且具有8p上的染色體缺失、顯示結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間的差異表達的人基因。8p說明(8p缺失，表10)命中數#弁畫一020749AT2受體-相互作用蛋白l(ATIPl),mRNA.3xNM_004315N-酰基鞘氨醇酰胺水解酶(酸性神經酰胺酶)1(ASAH1),3xmRNA.畫——003747錨端聚合酶，TRFl-相互作用錨蛋白相關的ADP-核糖聚合2x酶(TNKS)，mRNA.麗-_016353鋅指，含DHHC結構域2(ZDHHC2),mRNA.2x畫——152415假定蛋白FLJ32642(FLJ32642)，mRNA.2x薩_006197中心粒旁物質1(PCM1),mRNA.2x麗—000662N-乙酰轉移酶1(芳基胺N-乙酰轉移酶)(NAT1),mRNA.2x畫—匿000015N-乙酰轉移酶2(芳基胺N-乙酰轉移酶)(NAT2),mRNA.2xD31887KIAA0062基因的mRNA,部分cds.2x畫—017884PIN2-相互作用蛋白1(PINX1),mRNA.lx畫——004462法尼基-二磷酸法尼基轉移酶1(FDFT1),mRNA.lx畫—006765推定的前列腺癌腫瘤抑制物(N33)，mRNA.lx畫一001715B淋巴細胞激酶激酶(BLK),mRNA.lx畫_012331曱硫氨酸亞砜還原酶A(MSRA),mRNA.lx觀——139167sarcoglycan;(SGCZ),mRNA.lxNM—013354CCR4-NOT轉錄復合物,亞基7(CNOT7),轉錄變體l，mRNA.lx畫-_005144無毛(HR),轉錄變體l,mRNA.lx##:表10-16中的"命中數"是指獨立測定的數目，在所述測定中對于給定基因觀察到了改變的表達與結腸直腸腺癌細胞的存在之間的關聯(與樣品的基因組背景無關的改變的表達，即在染色體異常的類型上選擇的樣品集合的改變的表達)。表ll:位于染色體缺失區內并且具有8q上的染色體獲得、顯示結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間的差異表達的人基因。133<table>tableseeoriginaldocumentpage134</column></row><table>表12:位于染色體缺失區內并且具有13q上的染色體獲得、顯示結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間的差異表達的人基因。基因ID說明命中數(13q獲得，表12).....................NM__145293類似于假定蛋白FLJ20897(LOC196549)，mRNA.3xN風一005358僅LIM結構域7(LM07),轉錄變體1,mRNA.3xU50531BRCA2區，mRNA序列CG030.2xNM——012158F框和富含亮氨酸的重復蚤白3A(FBXL3A),mRNA.2xNM——017817RAB20,成員RAS癌基因家族(RAB20),mRNA.2xNM一一003899Rho鳥。票呤核苷酸交換因子(GEF)7(ARHGEF7)，轉錄變體1,2xmRNA.麗-—003903CDC16細胞分裂周期16同源物(啤酒糖酵母)(CDC16),2xmRNA.NM-—018386假定蛋白FLJ11305(FLJ11305),mRNA.2xBC008975克隆MGC:16774IMAGE:4215274，mRNA,完整cds.2xNM_—023011類似于酵母Upfi,變體A(UPF3A),轉錄變體l,mRNA.2xNM—_001260細胞周期蛋白依賴性激酶8(CDK8),mRNA.lxNM_—006646WAS蛋白家族，成員3(WASF3),mRNA.xU50524BRCA2區，mRNA序列CG017.lx麗一—033111CG016(LOC88523),mRNA.lxNM——024808假定蛋白FLJ22624(FLJ22624),mRNA,lx畫-—014832TBC1結構域家族，成員4(TBC1D4),mRNA.lxNM_一006002遍在蛋白羧基末端酯酶L3(遍在蛋白硫羥酸酯酶)(UCHL3),lxmRNA.麗——015057KIAA0916蛋白(KIAA0916),mRNA.lx畫-—024546假定蛋白FLJ13449(FLJ13449),mRNA.lxBC026126假定蛋白KIAA1165,克隆MGC:3415IMAGE:3027907,lxmRNA,完整cds.畫_—006493蠟樣脂-脂褐質沉積癥，神經元的5(CLN5),mRNA.lx畫—_018210假定蛋白FU10769(FLJ10769),mRNA.lx雨—_017664假定蛋白FLJ20093(FLJ20093),mRNA.lx表13:位于染色體缺失區內并且具有15q上的染色體缺失、顯示結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間的差異表達的人基因。<table>tableseeoriginaldocumentpage136</column></row><table>表15:位于染色體缺失區內并且具有18q上的染色體缺失、顯示結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間的差異表達的人基因。基因ID說明(18q缺失，表15)命中數NM—004715CTD(羧基末端結構域，RNA聚合酶II,多肽A)磷酸酶,亞基12x(CTDP1)，轉錄變體FCPla,mRNA.NM_006701類似于粟酒裂殖酵母diml+(DIMl),mRNA.2xNM—014913KIAA0863蛋白(KIAA0863),mRNA._lx表16:位于染色體缺失區內并且具有20q上的染色體獲得、顯示結腸直腸腺瘤和腺癌細胞之間的差異表達的人基因。基因ID說明命中數(20g獲得，表16)NM—016397TH1樣(果蠅)(TH1L),mRNA.8xNM—018270染色體20可讀框20(C20orf20),mRNA.8xNM_006602轉錄因于樣5(基本螺旋-環-螺旋)(TCFL5),mRNA.7xNM_080476CDC91細胞分裂周期91樣1(啤酒糖酵母)(CDC91L1),6xmRNA.NM—017896染色體20可讀框11(C20orfl1),mRNA.6xNM—006097肌球蛋白調節性輕鏈2,平滑肌同種型(MYRL2),mRNA.5xNM—021809TGFB請導的因子2(TALE家族同源框)(TGIF2)，mRNA.5xNM_018840推定的Rab5相互作用蛋白(RIP5),mRNA.5xNM_003600絲氨酸/蘇氨酸激酶6(STK6),mRNA.5xNM017495含RNA結合區(RNPl,RRM)ll(RNPC1),mRNA.5xNM—007002粘附調節分子1(ADRMl)，mRNA.5xNM—016354溶質栽體家族21(有機陰離子轉運蛋白)，成員12(SLC21A12),5xmRNA.NM—014071核受體共激活物6(NCOA6),mRNA.4xNM—002212整聯蛋白(34結合蛋白(ITGB4BP),mRNA.4xNM—003185TAF4RNA聚合酶II,TATA框結合蛋白(TBP)相關因子，4x135kDa(TAF4)，mRNA.NM—152255蛋白酶體(前體，macropain)亞基，a型，7(PSMA7),轉錄4x<table>tableseeoriginaldocumentpage138</column></row><table>基因ID說明命中數(20q獲得，表16)畫一一003908真核翻譯起始因子2,亞基2(3,38kDa(EIF2S2),tnRNA.lxNM—003610RAElRNA輸出1同源物(粟酒裂殖酵母)(RAE1),mRNA.lxNM-153360假定蛋白FLJ90166(FU90166),mRNA.lx固一080425GNAS復合物基因座(GNAS),轉錄變體3，mRNA.lxNM—■114內皮縮血管肽3(EDN3),mRNA.lx麗-001853膠原，IX型，a3(COL9A3),mRNA.lxNM—144498氧基固醇結合蛋白樣2(OSBPL2),轉錄變體2，mRNA.lxNM——017798染色體20可讀框21(C20orf21),mRNA.lxNM—012384糖皮質激素條件元件結合蛋白2(GMEB2),mRNA.lx表17:具有染色體異常、在結腸直腸腺瘤組織和結腸直腸腺癌組織之間具有改變的表達的標記基因。139<table>tableseeoriginaldocumentpage140</column></row><table>基因ID說明(表n)FDR效果AF191020E2IG5(E2IG5)mRNA,完整cds.0,071441-0,25437AF258564PP3781mRNA,完整cds.0,0334293,63228AF304443B淋巴細胞激活相關蛋白BC-2048mRNA,完整0,094327-0,7255AF339772cds.克隆IMAGE:128781,mRNA序列.0,0368250,386798AF350451C6orf37mRNA,完整cds.0,064674-0,32683AF353674BTB結構域蛋白(BDPL)mRNA,部分cds.0,05615-1,35116AF441770Tho2mRNA,完整cds.0,004211,754557AF514992核蛋白p30mRNA,部分cds.0,090807-0,16537AI546979PN2.1—12—B02.rmynormcDNA5',mRNA序列.0,041285-3,01754AI652393wb20fD2,xlNCI—CGAP—GC6cDNA克隆0,0758680,223284IMAGE:23062353',mRNA序列.AJ292079MUC5AC蛋白的部分mRNA(粘蛋白基因，0,043301-1,2742MUC5AC).AJ489592糖基化依賴性細胞粘附分子1的mRNA0,0506421,402198(GLYCAM1基因)，分離的KHcl5.AJ489980溶質載體家族13的mRNA(鈉依賴性二羧酸轉運0,076544-0:45616蛋白)'成員2(SLC13A2基因).AK000165cDNAFLJ20158fis,克隆COL08935.0,077657-0，21885AK001130cDNAFL羅68fis,克隆HEMBB1001058,弱類0,083270,318442似于神經元的線狀蛋白AD7c-NTPrnRNA.A副l卯3cDNAFLJ11041fis,克隆PLACE1004405.0,0818880,583886AK002162cDNAFL川300fis,克隆PLACE1009886.0,094934-0,269AK021691cDNAFLJ11629fis，克隆HEMBA1004241.0,0559361,502259AK021812cDNAFLJ11750fis,克隆HEMBA1005568.0,045178-0,35545AK021887cDNAFL川825fis,克隆HEMBA1006494.0,072998-0'51913AK022101cDNAFLJI2039fis,克隆HEMBB1001930.0,080006-0,23547AK022220cDNAFLJ12158fis,克隆MAMMA1000522.0,061202-0,32507AK022263cDNAFLJ12201fis,克隆MAMMA1000906.0,084113-0,27479AK022295cDNAFLJ12233fis,克隆MAMMA1001215.0,0938660,230759AK022424cDNAFLJ12362fis,克隆MAMMA1002360.0,099417-0,36672AK022426cDNAFLJ12364fis,克隆MAMMA1002384.0,082429-0,99196AK022479cDNAFLJ12417fis,克隆MAMMA1003039.0,0744570，407503AK022745cDNAFLJ12683fis,克隆NT2RM4002457.0,088650,379521基因ID說明(表17)FDR效果AK022947cDNAFLJ12885fis,克隆NT2RP2003988.0,0855490,273694AK022976cDNAFLJI2914fis,克隆NT2RP2004523.0,0853490,348863AK023018cDNAFLJ12956fis，克隆NT2RP2005501.0,0403790,306279AK023616cDNAFLJ13554fis，克隆PLACE1007478.0,0693170,315352AK024156cDNAFLJ14094fis,克隆MAMMA1OO0372.0,039111-0,42942AK024254cDNAFLJ14192fis，克隆NT2RP3000584.0,0421740,224429AK024423FU00012蛋白的mRNA，部分cds.0,076544-0,22477AK024563cDNA:FLJ20910fis,克隆ADSE00492.0,0120330,349917AK024933cDNA:FU21280fis,克隆COL01884.0,093866-0,36332AK024940cDNA:FLJ21287fis，克隆COL01918.0,094327-0,45615AK025758cDNA:FLJ22105fis,克隆HEP17660.0,0030822,552564AK026367cDNA:FLJ22714fis,克隆HSI13646.0,0416680,388352AK026883cDNA:FLJ23230fis,克隆CAE07143.0,0067250,426682AK027819cDNAFLJ14913fis,克隆PLACE1006782.0,080006-0,38327AK054799cDNAFLJ30237fis,克隆BRACE2002034.0,005971-0，3鄉1AK055091cDNAFLJ30529fis'克隆BRAWH2001052.0,025102-0,32068AK055903cDNAFLJ3341fis,克隆MESAN1000050.0,023674-0,44115AK056178cDNAFU31616fis,克隆NT2RI2003019.0,0980670,313366AK056292cDNAFU31730fis,克隆NT2R12006838.0,0758680,40984AK056柳cDNAFLJ31839fis,克隆NT2RP7000086.0,0938440,375509AK056573cDNAFLJ32011fis,克隆NT2RP7009507.0,085549-0,25456AK056609cDNAFU32047fis,克隆NTONG2001137.0,094327-0,26822AK056680cDNAFLJ321I8fis,克隆PEBLM1000029.0,0765440,189024AK057045cDNAFLJ32483fis,克隆SKNMC2001503,弱類0,061898-0,38993似于P-SE凝集素糖蛋白配體1前體.AK057085cDNAFLJ32523fis,克隆SMINT2000032.0,068720,393846AK057624cDNAFLJ33062fis，克隆TRACH2000032.0,0474220,250799AK057664cDNAFLJ33102fis，克隆TRACH2000898.0,074457-0,32304AK057962cDNAFLJ25233fis,克隆STM01789.0,072458-0,32341AK074192cDNAFLJ23612fis,克隆ADKA02523.0,0771110,255663AK074657cDNAFL顏76fis,克隆MAMMA1000528.0,096835-1,13323AK075564cDNAPSEC0264fis'克隆NT2RP3002337.0,057755-0,77583AK090401FLJ00278蛋白的mRNA.0,0997120,283364AK090998cDNAFLJ33679fis，克隆BRAWH2002352.0,036982-0,53683142<table>tableseeoriginaldocumentpage143</column></row><table>基因ID說明(表l7)FDR效泉AL137326mRNA,cDNADKFZp434B0650(來自克隆DKFZp434B0650).AL137645mRNA,cDNADKFZp586D0924(來自克隆DKFZp586D0924).AL3卯178mRNA,cDNADKFZp547N064(來自克隆DKFZp547N064).AL713719mRNA,cDNADKFZp667K1916(來自克隆DKFZp667K1916).AL713790mRNA,cDNADKFZp564F1062(來自克隆DKFZp564F1062),AL831862mRNA，cDNADKFZp76112317(來自克隆DKFZp7儘317).AL831872mRNA,cDNADKFZp547A1310(來自克隆DKFZp547A1310).AL831875mRNA,cDNADKFZp547EI510(來自克隆DKFZp547E1510).AL832390m脂A,cDNADKFZp667H2012(來自克隆DKFZp667H2012).AL833463mRNA,cDNADKFZp686P07U6(來自克隆DKFZp6旨07116).AL833655mRNA，cDNADKFZp66700320(來自克隆DKFZp66700320).AL833742mRNA，cDNADKFZp666E186(來自克隆DKFZp666E186).AL834121mRNA,cDNADKFZp761D2121(來自克隆DKFZp761D2121).AL834283mRNA,cDNADKFZp547N0315(來自克隆DKFZp547N0315).AW084755xc57d02.xlNCI—CGAP_Eso2cDNA克隆IMAGE:25883553'類似于SW:CHH2—B0MM0P05687絨毛膜類高半胱氨酸HCA蛋白12前體含元件MSR1重復元件AW296028UI-H-BW0-aiu-d-04-0-UI.slNCI—CGAP—Sub6cDNA克隆1MAGE:27306543',mRNA序列，0,0965910,4160070.094710.2821510.0929280,25卯920,0662750,0697860,488787-0,255920.081827-0,169680.061791-0,464650,0855490,012320.206302-1,721060,0482942,3607420,094327-0,347520,0800450,0800450'057謝0,082476-0,39501-0，305731,4231360,4430770,0454520,340944144<table>tableseeoriginaldocumentpage145</column></row><table>基因ID說明(表n)FDR效果IMAGE:3637449,mRNA,完整cds.BC009447克隆MGC:15887IMAGE:3530481,mRNA,完整0,063510,288058cds.BC010701克隆MGC:16795IMAGE:3855397，mRNA,完整0,028543-0,40007cds.BC010857克隆MGC:9168IMAGE:3876839,mRNA,完整0,068720,156838cds.BC011242克隆IMAGE:4153763,mRNA.0,0923120,5178BC011877類似于胞質分裂的貢獻物1,克隆0,041668-0,33248謹GE:3347029，mRNA.BC013389克隆IMAGE:3932143,mRNA.0,0391110，437633BC014259克隆MGC:2()791IMAGE:4763971，mRNA,完整0,093866-0,23018cds.BC014362克隆IMAGE:3932221,mRNA.0,0633850,253343BCO14441類似于RIKENcDNA2810405F18基因，克隆0,083328-0'23912MGC:22960IMAGE:4865283,mRNA,完整cds.BC015412克隆IMAGE:4393471，mRNA.0,0235430,3971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ntpage154</column></row><table>基因ID說明(表n)FDR效果NM_004403聾，常染色體顯性5(DFNA5),mRNA.NM—004407牙本質基質酸性磷蛋白(DMP1),mRNA.NM—004453電子轉移黃素蛋白脫氫酶(ETFDH),核基因編碼線粒體蛋白，mRNA.NM—004539天冬酰胺酰-tRNA合成酶(NARS),mRNA.NM—004545NADH脫氫酶(泛醌)1P亞復合物，1，7kDa(NDUFB1),mRNA.NM—004588鈉通道，電壓門控的，II型，p多肽(SCN2B),mRNA.NM—004599固醇調節元件結合轉錄因子2(SREBF2),mRNA.NM—004603突觸融合蛋白IA(腦)(STXIA),mRNA.NM—004653SmcyH.log,Y染色體(小鼠)(SMCY),mRNA.NM_004657血清剝奪反應(磷脂酰絲氨酸結合蛋白)(SDPR),mRNA.NM—004669細胞內氯通道3(CLIC3),mRNA.NM—004699X染色體上的DNA區段(獨特的)9928表達的序列(DXS9928E),mRNA.NM—004704U3snoRNP相關55-kDa蛋白(U3陽55K)，mRNA.NM—004715CTD(羧基末端結構域，RNA聚合酶II,多肽A)磷酸酶，亞基1(CTDP1)，轉錄變體FCPIa，mRNA.核糖體蛋白S6激酶，卯kDa,多肽5(RPS6KA5),mRNA.UDP-Gal:(5GlcNAc|31,4-半乳糖基轉移酶，多肽5(B4GALT5),mRNA,NM_004786硫氧還蛋白樣，32kDa(TXNL),mRNA.NM—004891線粒體核糖體蛋白L33(MRPL33),核基因編碼線粒體蛋白，轉錄變體l，mRNA.NM_004901溶酶體腺苦三磷酸雙磷酸酶樣1(LYSALl)，mRNA.NM_004925水通道蛋白3(AQP3),mRNA.NM—004993Machado-Joseph病(脊髄小腦共濟失調3,橄欖體腦橋小腦共濟失調3，常染色體顯性，共濟失調蛋白3)(MJD)'轉錄變體l,mRNA.NM—005015氧化酶(細胞色素c)組裝1樣(0XA1L),mRNA.NM004755畫0047760,0909120,0994290'06卯330,0009440,0938660,0590150,0800060,0428570,0993310,0824760,0847480,0391110,0008240,0368250,0416740,0572330,061591,1715470,268602-0,20405-0,24154-0,175120,057233-0，19156-0，24卯20,402681-0,444540,247845-0,695181,0046740,27622-0,195240,085964-0,181160,0915320,160436-0,197120,1759350,006725-0，23079-0,42326-0,31480,094327-0,15643155基因ID說明(表17)FDR效果NM005374翻00545NM_005054RAN結合蛋白2樣1(RANBP2L1)，轉錄變體1,mRNA.NM—005080X-盒結合蛋白1(XBP1),mRNA.NM—005104舍布羅莫結構域2(BRD2),mRNA.NM—005273烏。票呤核普酸結合蛋白(G蛋白)，p多肽2(GNB2),mRNA.NM_005276甘油-3-磷酸脫氪酶1(可溶的)(GPD1),mRNA.NM—005313葡萄糖調節的蛋白，58kDa(GRP58),mRNA.NM_005339huntmgtm相互作用蛋白2(HIP2),mRNA,NM_005358僅LIM結構域7(LM07),轉錄變體1,mRNA.NM_005359MAD,母體抗decapentaplegicH.log4(果蠅)(MADH4),mRNA.膜蛋白，棕櫚酰化的2(MAGUKp55超家族成員2)(MPP2)，mRNA.溶質栽體家族20(磷酸轉運蛋白)，成員1(SLC20A1),mRNA.NMJ)05469過氧化物酶體酰基輔酶A硫酯酶(PTEl)，mRNA.NM—00553干擾素，y-謙導型蛋白16(IFI16)，mRNA.NM一005538抑制素，卩CONHBC),mRNA.NM一005618S樣l(果蠅)(DLLl)，mRNA.NM—005637滑膜肉瘤異位，染色體18(SS18)，mRNA,NM—005870sm3相關多肽，18kDa(SAP18),mRNA.NM—005877剪接因子3a,亞基l，120kDa(SF3A1),mRNA.NM_005944由單克隆抗體MRCOX-2鑒定的抗原(M0X2),mRNA.NM_005955金屬調節性轉錄因子1(MTFl)，mRNA.NM_005959褪黑激素受體IB(MTNRIB)，mRNA.NM_006022轉化生長因子p刺激的蛋白TSC-22(TSC22),mRNA.NM_006097肌球蛋白調節性輕鏈2，平滑肌同種型(MYRL2),mRNA.NM—006117過氧化物酶體D3,D2-烯酰-輔酶A異構酶(PECI)，mRNA.NM—006150僅LIM結構域6(LM06),mRNA.0,047390,0943270,088650,0700660,087220'0939890,0943270,0421740,0446640,089690,0805560，0923120,0578860,0588830,0770780,0206910,0236290,0949340，0765440,0697860,04116-0,283-0,24926-0，62480,334504-0,23882-0,29814-0,319670,251855-0,332580,063252-0,1740,2588460,336772-0,363671,147071-1,2942-0,133420，219704-1,49304-0,207330,192013-0,315530,2034890,0623830,3387080,050505-0.366470,089785U02005156基因ID說明(表17)FDR效果NM—_006197中心粒旁物質1(PCM1)，mRNA.0,045178-0,27764NM_—006215絲氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制劑，進化枝A。'0421740,444696(a-1抗蛋白酶，抗胰蛋白酶)，成員4(絲氨酸蛋白酶抑制蛋白A4)，mRNA.雇-—006251蛋白激酶，AMP激活的，a1催化亞基(PRKAAl),0,039111-0,32277mRNA.畫_—006259蛋白激酶，cGMP依賴性，II型(PRKG2)，mRNA.0，071967-1,74885NM——006416溶質栽體家族35(CMP-唾液酸轉運蛋白)，成員10,077064-1,64993(SLC35A1),mRNA.畫-—006492aristaless樣同源框3(ALX3),mRNA0,0976520,242826NM-.006493蠟樣脂-脂褐質沉積癥，神經元的5(CLN5)，0,033965-0,31853mRNA.NM——006602轉錄因子樣5(基本螺旋-環-螺旋)(TCFL5),0,0329592,252188mRNA.NM——0066154丐激活中性蛋白酶9(nCL-4)(CAPN9),mRNA.0，03%48-2,76165麗一—006644熱激105kD(HSP105B),mRNA.0,0664170,411448畫-—006701類似于粟酒裂殖酵母diml十(DIMl),mRNA.0,085377-0,14439NM_—006726LPS-反應性液泡交通，含岸和錨(LRBA)，mRNA.0,04717-0,17132NM——006746中足上的性梳樣1(果蠅)(SCMLl)，mRNA.0,098780,24864觀一一006752飲食過度5(SURF5)，轉錄變體a,mRNA.0,087470,233567NM——006769僅LIM結構域4(LM04),mRNA.0,093866-0,26606剛——006796AFG3ATP酶家族基因3樣2(酵母)(AFG3L2),0,058226-0,20738核基因編碼線粒體蛋白，mRNA.觀——006809線粒體外膜的移位酶34(TOMM34),mRNA.0,038230,466704NM-匿0068U腫瘤差異表達的I(TDE1),mRNA.0,0938660,185639畫-匿006825細胞骨架相關蛋白4(CKAP4),mRNA.0,02765-0,1768NM_—006833C0P9亞基6(MOV34H.log，34kD)(C0PS6)'0,0800450,151558mRNA.畫__006839內膜蛋白，線粒體(mitofilin)(1MMT),mRNA.0,036825-0,32053剛——006886ATP合酶，H+轉運，線粒體Fl復合物，e亞基0,0474220,207215(ATP5E),核基因編碼線粒體蛋白，mRNA.NM-—006922鈉通道，電壓門控的，III型，a多肽(SCN3A),0,082581-0,207mRNA.—007002粘附調節分子1(ADRM1),mRNA.0,0479221,658766157<table>tableseeoriginaldocumentpage158</column></row><table>基因ID說明(表17)FDR效果NM—012469染色體20可讀框14(C20orfl4),mRNA.0,0334291,617033NM—013354CCR4-NOT轉錄復合物,亞基7(CNOT7),轉錄變0,054537-0,19074體1,mRNA.NM—013362鋅指蛋白225(ZNF225),mRNA.0,056597-0,48787NM一013390跨膜蛋白2(TMEM2),mRNA.0,047922-1,58866NM_013451fer-1樣3,myoferhn(秀麗新桿線蟲)(FERlL3),0,003816-0，26834轉錄變體1，mRNA.NM—013974二曱基精氨酸二曱基氨基水解酶2(DDAH2),0,08%90,211115mRNA.NM—014052GW128蛋白(GW128),mRNA.0,0002192,75826NM—014065HT001蛋白(HTOOl),mRNA.0,0825810,175696NMJH4066HT002蛋白，高血壓相關的鈣調節的基因0,0434580,183686(HT002),mRNA.NM—014071核受體共激活物6(NCOA6),mRNA.0,0824760,270178NM一014177HSPC154蛋白(HSPC154),mRNA.0,004542-0,22578NM—014282乙酰透明質酸結合蛋白4(HABP4),mRNA.0,0623830,27001NM—014353RAB26'成員RAS癌基因家族(RAB26),mRNA.0,016631-0,43657nm_014444y微管蛋白環復合物蛋白(76p基因)(76P),0,0891160,843388m固A.nm—014471絲氨酸蛋白酶抑制劑，Kazal4型(SPINK4),0,086303-0,41374mRNA.NM—014593CpG結合蛋白(CGBP),mRNA.0,089567-0,16544NMJH4622雜合性缺失，11,染色體區2,基因A0,039648-1,81638(LOH11CR2A),mRNA.NM—014636Ral鳥。票呤核普酸交換因子RalGPSIA0,062383-0,19%1(RALGPS1A),mRNA.NM_0〗4657K1AA0406基因產物(KIAA0406)，mRNA.0,0673360,273531NM—014729胸腺高遷移性基團框蛋白TOX(TOX)，mRNA.0,029713-0,38597NM_014747KIAA0237基因產物(KIAA0237),mRNA.0,051215-1,51108NM—014766KIAA0193基因產物(KIAA0193)，mRNA.0,0137444,253342NM—014786Rho特異性鳥噪呤-核苷酸交換因子164kDa0,0662750,223783(P164RHOGEF),mRNA.NM_014849突觸泡糖蛋白2(SV2),mRNA.0,0662660,151549NM—014885細胞分裂后期促進復合物io(APCIO)，mRNA.0,0664170,240729159說明(表n)FDR效果麗_一01柳7來自BCRA2區的假定蛋白(CG005)，mRNA.0,0803380,233766NM_—014902KIAA0964蛋白(KIAA0964),mRNA.0,0479221,345732NM—_015070KIAA0853蛋白(KIAA0853),mRNA.0,0781880,196796畫——015127Mid-1相關的氯通道l(MCLC),mRNA.0,050505-0,25616麗__015338KIAA0978蛋白(KIAA0978),mRNA.0，08%510,250409NM-—015476DKFZP586M1523蛋白(DKFZP5畫1523),0，0卿87-0,1933mRNA.雇-—015512DKFZP434A236蛋白(DKFZP434A236),mRNA.0,0630040,254703醒一—015540DKFZP727M111蛋白(DKFZP727M111),mRNA.0,0623830,167647NM_—015666GTP結合蛋白5(推定的)(GTPBP5),mRNA.0,0943270,261554NM——015705假定蛋白DJ1042K10.2(DJ1042K10.2),mRNA.0,061202-0，3962NM——015721gem(核細胞器)相關蛋白4(GEMIN4),mRNA.0,0709460,228449NM-—015832曱基-CpG結合結構域蛋白2(MBD2),轉錄變體0,067336-0,17895睪丸特異性，mRNA.雨——015949CGI-20蛋白(CGI-20),mRNA.0,0950370,227496NM-—015962CGI-35蛋白(CGI-35),mRNA.0,079602-0,30982畫一—016004染色體20可讀框9(C20orf9),mRNA.0,0949340,21615NM_—016014CGI-67蛋白(CGI-67),mRNA.0,09289-0,24249NM——016127假定蛋白MGC8721(MGC8721),mRNA.0,061202-0,20445NM——016299可能是小鼠熱激蛋白的直向同源物，70kDa40,0622370，168397(HSP70-4),mRNA.NM-—016305染色體18上的滑膜肉瘤異位基因樣2(SS18L2),0,0824760,194934mRNA.固_—016308UMP-CMP激酶(UMP-CMPK),mRNA.0,002075-0,25909NM——016332含硒蛋白質X,1(SEPXl)，mRNA.0,092890,201764醒_—016354溶質栽體家族21(有機陰離子轉運蛋白)，成員120,0800131,550246(SLC21A12),mRNA.NM——016397TH1樣(果蠅)(THIL),mRNA.0,0065831,918519畫-_016400Huntingtin相互作用蛋白K(HYPK),mRNA.0,090912-1,04747躍--016569T-框3(尺骨乳腺綜合征)(TBX3),轉錄變體2，0,08865-0,41763mRNA.剛扁—016594FK506結合蛋白U,19kDa(FKBPU),mRNA.0,066266-0,23327麗_—016626假定蛋白LOC51320(LOC51320),mRNA.0,036126-0'22033NM——016646間質干細胞蛋白DSCD28(LOC51336),mRNA.0,0218021,439666160基因ID說明(表17)FDR效果NM-—016938含EGF的纖蛋白樣細胞外基質蛋白2(EFEMP2),0,0597631,522942mRNA.NM_—017417UDP-N-乙酰-a-D-半乳糖胺多肽N-乙酰氨基半0,095888-0,40833乳糖基轉移酵8(GalNAc-T8)(GALNT8)'mRNA.麗-—017495含RNA結合區(RNPl，RRM)ll(RNPCl)'mRNA.0,0392551,951461麗-—017540UDP-N-乙酰-a-D-半乳糖胺多肽N-乙酰氨基半0,094934-0,1997乳糖基轉移酶10(GalNAc-TIO)(GALNTIO)，mRNA.NM——017699假定蛋白FLJ20174(FLJ20174),mRNA,0,039648-2,23626NM——017707在肝癌中上調的1(UPLC1),mRNA.0,0%054-0,32197NM-—017709假定蛋白FLJ20202(FLJ20202),mRNA.0,079602-0,5167麗-—017750假定蛋白FLJ202%(FLJ202%),mRNA.0,01679-0,24488NM——017762假定蛋白FLJ20313(FLJ20313),mRNA,0,075595-0,32046NM——017817RAB20，成員RAS癌基因家族(RAB20),mRNA.0,0938660,157212NM_—017872假定蛋白FLJ20546(FLJ20546),mRNA.0,038899-0,24664NM—_017895死亡/H(Asp-Glu-Ala-Asp/His)框多肽270,0664170,283457(DDX27),mRNA.削__017896染色體20可讀框11(C20orfU),mRNA.0,0009251,93846NM——017933假定蛋白FLJ20701(FLJ20701),mRNA.0,048261-0,35263NM—_018043假定蛋白FLJ10261(FLJ10261),mRNA.0,070596-0,50301麗——(M8142假定蛋白FLJ10569(FU10569)，mRNA.0,081888-0,30228NM-—018147Fas凋亡抑制分子(FAIM),mRNA.0,085964-0,34657NM——018154假定蛋白FLJ10604(FU10604),mRNA.0,0474220,229376麗-—018203假定蛋白FLJ10748(FLJ10748),mRNA.0,061202-0,38393NM—-018206空泡蛋白分選35(酵母)(VPS35),mRNA.0,0156560,147472NM_—018235假定蛋白FLJ10830(FLJ10830),mRNA.0,095161-0,18303NM-—018244染色體20可讀框44(C20orf44)，mRNA.0,0675111,488465NM_匿O18246假定蛋白FLJ10853(FLJ10853),mRNA.0,094327-0,19685NM_—018270染色體20可讀框20(C20orf20),mRNA.0,0421120,977697NM——018326假定蛋白FLJ11110(FU11110)，mRNA.0,0691950,141442NM-匿O18360X染色體可讀框15(CXorfl5),mRNA.0,0923120,341923NM__018386假定蛋白FLJ11305(FLJ11305),mRNA.0,0222160,248688NM—_018388CHCR(CHCR),mIWA.0,005045-0,54868訓—_018414GalNAca-2,6-唾液酸轉移酶I,長形0,024589-3,79484161<table>tableseeoriginaldocumentpage162</column></row><table>基因ID說明(表17)FDR效果NM-—020962可能是PuncEll的小鼠相鄰物的直向同源物0,0997370,320891(NOPE),mRNA.NM—_021033RAP2A,RAS癌基因家族的成員(RAP2A),0,0106570,314425mRNA.醒-_02畫溶質栽體家族5(鈉依賴性維生素轉運蛋白)，成員0,0391110,3787%6(SLC5A6),mRNA.NM-—021158染色體20可讀框97(C20orf97),mRNA.0,010592,067057畫——021246淋巴細胞抗原6復合物，基因座G6D(LY6G6D),0,0368250,781552mRNA.雇一—021258白介素22受體(1L22R),mRNA.0,0811320,515985NM-—021637假定蛋白FLJ14084(FLJ14084),mRNA.0,071297-0,36458NM——021724核受體亞家族1,D組，成員1(NR1D1),mRNA.0,0612020,392836麗一—021738監理蛋白(SVIL),轉錄變體2，mRNA,0,03532-1,04373醒-—021809TGFB誘導的因子2(TALE家族同源框)(TG1F2),0,0029322,265688mRNA.畫-—021911Y-氨基丁酸(GABA)A受體,卩2(GABRB2)，轉錄0,019169-6,04422變體1,mRNA.麗一—02928假定蛋白FLJ22649類似于信號肽酶SPC22/230,007549-0,22392(FLJ22649),mRNA.NM--02簡假定蛋白FLJ22174(FLJ22174)，mRNA.0，047922-1,93072NM——022062PBX/有節的1同源框2(PKNOX2),mRNA.0,037750,266646NM-—022082染色體20可讀框59(C20orf59),mRNA.0,0069643,252232畫-—022130高爾基體磷蛋白3(包膜蛋白)(GOLPH3),mRMA.0,041674-0,30666雇-匿022157RagC蛋白(GTR2),mRNA.0,0612020，180955NM-—022461假定蛋白FLJ21939類似于5-氮胞。密啶誘導的基0,097690,167686因2(FLJ2I939),mRNA.薩__023011類似于酵母Upf3，變體A(UPF3A),轉錄變體1,0,0990140,151456mRNA.NM-—024035假定蛋白MGC3113(MGC3113),mRNA.0,0954340,2878%麗_—024075LENG5蛋白(LENG5),mRNA.0,0796020,149324NM—-024090長鏈脂肪酰延伸酶(LCE),mRNA.0，0166310,19%65NM——024096假定蛋白MGC5627(MGC5627)，mRNA.0,0565970,218944NM——024110胱天蛋白酶募集結構域家族，成員14(CARD14)，0,0166310,235476轉錄變體1,mRNA.163<table>tableseeoriginaldocumentpage164</column></row><table>基因ID說明(表17)FDR效果NM一麗-畫-畫030789.030815030877031266腦一031285NM031299NM-NM—麗_NM_NM—雨一麗-畫—031413031453—031472031920031966.032013.032044032125NM—032229剛032242雨一NM-NM—麗-廳032352.032432032527.032576032579NM032611NM—NM—NM-畫032633.032709.032744032803NM032813組織特異性(次要)13(M13),mRNA.染色體20可讀框126(C20orfl26),mRNA.聯蛋白，|3樣1(CTNNBL1),mRNA.異源細胞核核糖核脊酸蛋白A/B(HNRPAB)，轉錄變體1,mRNA.假定蛋白PP1057(PP1057),mRNA.可能是富含小鼠基因的簇的直向同源物，C8基因(GRCC8)，mRNA.貓眼綜合征染色體區，候選物2(CECR2),mRNA.假定蛋白MGC11034(MGC11034),mRNA.假定蛋白MGC11134(MGC11134),mRNA.ARG99蛋白(ARG99),mRNA.細胞周期蛋白Bl(CCNB)，mRNA.NDRG家族成員3(NDRG3)，mRNA.IV型再生基因(REG-IV),mRNA.假定蛋白DKFZp564D0478(DKFZP564D0478)'mRNA.假定蛋白FLJ22774(FLJ22774),mRNA.假定蛋白DKFZp564A176(DKFZp564A176)，mRNA.假定蛋白MGC11296(MGC11296),mRNA.結合LIM蛋白的肌動蛋白2(ABLIM2),mRNA.假定蛋白FU14972(KIAA1847),mRNA.染色體Y可讀框15B(CYorfl5B)，mRNA.結腸和小腸特異性的富含半胱氨酸的蛋白前體(HXCP2),mRNA.蛋白酪氨酸磷酸酶IVA型，成員3(PTP4A3),轉錄變體I,mRNA.假定蛋白MGC5457(MGC5457),mRNA.假定蛋白MGC13047(MGC13047)，mRNA.假定蛋白MGC12335(MGC12335),mRNA.溶質栽體家族7(陽離子氨基酸轉運蛋白，y+系統)，成員3(SLC7A3),mRNA.假定蛋白FLJ14624(FLJ14624),mRNA.0,0329590,029630,0665660，085%40,0244460，08%90,0854750,0926410,0609750,0505050,0479220,0976520,0800450,0697860,0166310，0520790,0662660,0156560,0673360,0923120,0770640,0673360,0651%0,0578860,0745191,338115。，2526260，248269-0,15420,446880,337448-1,83919-0,30736-0,264710'2083651,6372060,159868-0,792120,212384-0,768770,2491690,1324480,2322910,53376-0，51647-4,923070,015390,3703190,171888-0,35449-3,238070,7073530,0030780,266088165<table>tableseeoriginaldocumentpage166</column></row><table>CN101711362A基因ID說明(表17)FDR效果NM—一138573神經調節蛋白4(LOC145957),mRNA.0,075565-1，28984畫一—138706P-l，3-N-乙酰葡糖胺轉移酶蛋白0,074457-0,59194(IMAGE:4卯7098),mRNA.NM一—138784假定蛋白BC014341(LOC116123),mRNA.0,048697-0,36672畫——138792假定蛋白BC018147(LOC123169)，mRNA.0,093866-0,17206NM_—138963核糖體蛋白S4,Y連鎖的2(RPS4Y2),mRNA.0,080006-0,53287NM——139016假定基因LOC128439(LOC128439),mRNA.0,0894220，233019腹—J39167sarcoglycan:(SGCZ),mRNA.0,039卯20,228483NM—_144498氣基固醇結合蛋白樣2(OSBPL2),轉錄變體2，0,0796020'344545mRNA.NM——144618假定蛋白MGC29891(MGC29891),mRNA.0,0994170,189802畫_—144641假定蛋白FLJ32332(FLJ32332),mRNA.0,0954340,252008NM_—144660假定蛋白FLJ25082(FLJ25082),mRNA.0,0505050,302561麗一—144664假定蛋白MGC33371(MGC33371),mRNA.0,082476-0,30557薩一_144726假定蛋白FLJ31951(FLJ31951),mRNA.0,057755-0,27891畫——144736假定蛋白PR01853(PR01853),轉錄變體1，0,068720,165416mRNA.NM_—144778肌盲樣蛋白MBLL39(MBLL39)，轉錄變體1,0,0781880,218234mRNA.NM——145235類似于R1KENcDNA1700007B22(LOC92565),0,051215-2,3424mRNA.畫一一145284類似于假定蛋白MGC17347(LOC159090),0,0673360,250469mRNA.雇-一145293類似于假定蛋白F1J20897(LOC196549),mRNA.0,0231610,187785薩__152312假定蛋白FU35207(FLJ35207),mRNA.0,0827760,498205NM-—152322假定蛋白FLJ33957(FLJ33957)，mRNA.0，0517310,373213NM_—152332染色體14可讀框47(C14orf47),mRNA.0,030466-0,3124NM-匿152369假定蛋白MGC45474(MGC45474),mRNA.0，064718-1,60257蘭——152400假定蛋白FLJ39370(FLJ39370),mRNA.0,058226-0,22856NM——152415假定蛋白FLJ32642(FLJ32642),mRNA.0,08865-0,17664NM——152429假定蛋白MGC39320(MGC39320),mRNA.0,082581-0,25357麗_—152437假定蛋白DKFZp761B128(DKFZp761B128),0,097690,400912mRNA.剛—一l52586假定蛋白FU37318(FLJ37318),mRNA.0,080739-0'22746167<table>tableseeoriginaldocumentpage168</column></row><table>表18:在結腸直腸腺瘤細胞中的三種或更多種不同的染色體異常中具有改變的表達的標記基因。CN基因ID說明(表18)在5種染色體異常中具有改變的表達的標記基因染色體異常NM—016397TH1樣(果蠅)(TH1L),mRNA.8p缺失8q獲得15q缺失18q缺失20q獲得在染色體異常中具有改變的表達的標記基因NM006602轉錄因子樣5(基本螺旋-環-螺旋)(TCFL5),mRNA.NM—016646間質干細胞蛋白DSCD28(LOC51336),mRNA.NM—018270染色體20可讀框20(C20orf20),mRNA.NM—021945假定蛋白FLJ22174(FU22174),mRNA.NM—024522假定蛋白FLJ12650(FLJ12650),mRNA.NM—030579細胞色素b5線粒體外膜前體(CYB5-M)，mRNA.8p缺失13q獲得18q缺失20q獲得13q獲得15q缺失18q缺失20q獲得8p缺失13q獲得18q缺失20q獲得13q獲得15q缺失18q缺失20q獲得8q獲得15q缺失18q缺失20q獲得8p缺失13q獲得15q缺失18q缺失169<table>tableseeoriginaldocumentpage170</column></row><table>CN基因ID說明〖表18).........................................................H^L.!..,BC038S52克隆IMAGE:5168364，mRNA.8p缺失15q缺失18q缺失BM921036AGENCOURT—6633196NEH—MGC—115cDNA克隆8p缺失8q獲得18q缺失8p缺失8q獲得18q缺失13q獲得15q缺失18q缺失13q獲得18q缺失20q獲得8p缺失8q獲得18q缺失8p缺失15q缺失18q缺失8p缺失18q缺失20q獲得NM—006117過氧化物酶體D3，D2-烯酰-輔酶A異構酶(PECI),mRNA.8q獲得13q獲得IMAGE:57523555',mRNA序列.NM—000285肽酶D(PEPD)，mRNA.NM—002267核周蛋白a3(輸入蛋白a4)(KPNA3),mRNA.NM—002915復制因子C(激活物1)3,38kDa(RFC3),mRNA.NM—003014分泌的巻曲相關蛋白4(SFRP4),mRNA.NM_005469過氧化物酶體酰基輔酶A硫酯酶(PTE1),mRNA.NM—005877剪接因子3a,亞基l，120kDa(SF3A1),mRNA.NM—006644熱激105kD(HSP105B),mRNA.NM—006809線粒體外膜的移位酶34(TOMM34),mRNA.NM—007019遍在蛋白綴合酶E2C(UBE2C),mRNA.18q缺失8p缺失15q缺失18q缺失8p缺失15q缺失18q缺失8p缺失18q缺失20q獲得m基因ID說明(4j,).....................................................................................................................舉.^，力宜..NM—007055聚合酶(RNA)III(定向于DNA)(155kD)(RPC155),mRNA.8q獲得13q獲得18q缺失NM—014052GW128蛋白(GW128),mRNA.8p缺失18q缺失20q獲得NM—016938含EGF的纖蛋白樣細胞外基質蛋白2(EFEMP2),mRNA.8p缺失18q缺失20q獲得NM—018414GalNAca-2,6-唾液酸轉移酶I，長形(ST6GalNAcI),mRNA.8p缺失18q缺失20q獲得NM_018710假定蛋白DKFZp762O076(DKFZp7620076),mRNA.8p缺失18q缺失20q獲得NM—030789組織特異性(次要)13(HM13),mRNA.13q獲得18q缺失20q獲得NM_080476CDC91細胞分裂周期91樣1(啤酒糖酵母)(CDC引L1),8p缺失mRNA.18q缺失20q獲得NMJ38425假定蛋白BC009925(LOCI13246)，mRNA.8q獲得13q獲得18q缺失NM—144726假定蛋白FLJ31951(FLJ31951),mRNA.13q獲得15q缺失18q缺失AL832390mRNA,cDNADKFZp667H2012(來自克隆13q獲得DKFZp667H2012).18q缺失NM_001951E2F轉錄因子5,p130結合(E2F5),mRNA.NM—014786Rho-特異性烏。票呤-核苷酸交換因子(P164RHOGEF),mRNA.20q獲得8p缺失8q獲得18q缺失164kDa8p缺失13q獲得15q缺失基因ID說明(表18》生.^，!f.NM—017896染色體20可讀框11(C20orfU),mRNA.8p缺失18q缺失20q獲得NM_025138假定蛋白FLJ12661(FLJ12661),轉錄變體1,mRNA.8p缺失13q荻得__18q缺失17權利要求用于檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括以下步驟a)在所述患者的受試樣品中檢測至少表8、9或16的標記基因NM_017495和NM_006602的表達水平，和b)比較用于步驟a)中的所述標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平，其中與所述對照樣品相比，所述受試樣品中所述至少兩種標記基因表達水平的升高，表明所述患者中結腸直腸腺癌細胞的存在。2.權利要求1的體外方法，包括以下步驟a)在所述患者的受試樣品中檢測至少表8、9或16的標記基因NM_017495、NM_006602、NM_018840、NM_003600、NM_018270、NM_007002和NM_016397的表達水平，和b)比較用于步驟a)中的所述標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平，其中與所述對照樣品相比，所述受試樣品中所述至少7種標記基因表達水平的升高，表明所述患者中結腸直腸腺癌細胞的存在。3.用于檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括以下步驟a)在所述患者的受試樣品中檢測選自表1所列標記基因的至少12種標記基因的表達水平，和b)比較用于步驟a)中的標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平，其中與所述對照樣品相比，所述受試樣品中所述至少12種標記基因表達水平的升高或降低，表明所述患者中結腸直腸腺癌細胞的存在。4.用于檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括以下步驟a)在所述患者的受試樣品中檢測選自表17所列標記基因的一種或多種標記基因的表達水平，和b)比較用于步驟(a)中的所述至少一種標記基因的表達水平與對照的表達水平，其中與所述對照樣品相比，所述受試樣品中所述一種或多種標記基因表達水平的升高或降低，表明所述患者中結腸直腸腺癌細胞的存在。5.用于檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括以下步驟a)在所述患者的受試樣品中檢測一種或多種標記基因的表達水平，所述標記基因的表達在存在染色體異常時改變，其中所述一種或多種標記基因包括_選自表2中描述的標記基因的兩種或更多種標記基因，其表達水平由于染色體8。上的染色體缺失而改變，和/或，-選自表3中描述的標記基因的一種或多種標記基因，其表達水平由于染色體8(1上的染色體獲得而改變，和/或，-選自表4中描述的標記基因的3種或更多種標記基因，其表達水平由于染色體13(1上的染色體獲得而改變，和/或，-選自表5中描述的標記基因的一種或多種標記基因，其表達水平由于染色體15(1上的染色體缺失而改變，和/或，_選自表6中描述的標記基因的一種或多種標記基因，其表達水平由于染色體17。上的染色體缺失而改變，和/或，_選自表7中描述的標記基因的3種或更多種標記基因，其表達水平由于染色體18q上的染色體缺失而改變，和/或，_選自表8中描述的標記基因的9種或更多種標記基因，其表達水平由于染色體20q上的染色體獲得而改變，和/或，_選自表9中描述的標記基因的兩種或更多種標記基因，其表達水平由于染色體20q上的染色體獲得而改變；禾口b)比較用于步驟(a)中的所述一種或多種標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平，其中與所述對照樣品相比，所述受試樣品中所述一種或多種標記基因表達水平的升高或降低，表明所述患者中腺癌細胞的存在。6.用于檢測患者中結腸直腸腺癌細胞的存在的體外方法，該方法包括以下步驟a)在所述患者的受試樣品中檢測多種標記基因的表達水平，所述標記基因的表達在存在染色體異常時改變，所述多種標記基因包括_選自表2中描述的標記基因的至少一種標記基因，其表達水平由于染色體8p上的染色體缺失而改變，和/或，_選自表3中描述的標記基因的至少一種標記基因，其表達水平由于染色體8q上的染色體獲得而改變，和/或，_選自表4中描述的標記基因的至少一種標記基因，其表達水平由于染色體13上的染色體獲得而改變，和/或，-選自表5中描述的標記基因的至少一種標記基因，其表達水平由于染色體15(1上的染色體缺失而改變，和/或，_選自表6中描述的標記基因的至少一種標記基因，其表達水平由于染色體17。上的染色體缺失而改變，和/或，-選自表7中描述的標記基因的至少一種標記基因，其表達水平由于染色體18(1上的染色體缺失而改變，和/或，_選自表8或表9中描述的標記基因的至少一種標記基因，其表達水平由于染色體20q上的染色體獲得而改變，禾口b)比較用于步驟a)中的標記基因的表達水平與對照樣品的表達水平，其中與所述對照樣品相比，所述受試樣品中所述多種標記基因表達水平的升高或降低，表明所述患者中腺癌細胞的存在。7.權利要求3-6的任一項的方法，其中根據表l-9，所述標記基因具有小于0.05的p或FDR值。8.權利要求3-6的任一項的方法，其中根據表l-9，所述標記基因具有小于0.01的p或FDR值。9.權利要求3-8的任一項的方法，其中根據表2-9，所述標記基因在腺瘤和腺癌細胞之間的表達水平的差異是至少"2"。10.權利要求3-8的任一項的方法，其中根據表2-9，所述標記基因在腺瘤和腺癌細胞之間的表達水平的差異是至少"4"。11.權利要求5或6的方法，其中表達水平由于染色體8p上的染色體缺失而改變的標記基因選自下組標記基因表10中描述的NM_020749、NM_004315、NM_003747、NM_016353、NM_152415、NM_006197、NM_000662、NM_000015、D31887、NM_017884、NM_004462、NM_006765、NM_001715、NM_012331、NM_139167、NM_013354和NM_005144。12.權利要求5或6的方法，其中表達水平由于染色體8q上的染色體獲得而改變的標記基因選自下組標記基因表11中描述的NM_138455、NM_032611、NM_032862、AL713790、BC030520、NM_024035、NM_017767、NM_002346、AF289596、NM_012162和AB051475。13.權利要求5或6的方法，其中表達水平由于染色體13q上的染色體獲得而改變的標記基因選自下組標記基因表12中描述的NM_145293、NM_005358、U50531、NM_012158、畫_017817、畫_003899、畫_003903、畫_018386、BC008975、畫_023011、NM_001260、NM_006646、U50524、NM_033111、NM_024808、NM_014832、NM_006002、NM_015057、NM_024546、BC026126、NM_006493、NM_018210和NM_017664。14.權利要求5或6的方法，其中表達水平由于染色體15q上的染色體缺失而改變的標記基因選自下組標記基因表13中描述的NMJ)30574、NMJ)04255、NMJ)02573、AB033025、NM_033240、NM_000126、NM_015079、NM_015969和NM_016073。15.權利要求5或6的方法，其中表達水平由于染色體17p上的染色體缺失而改變的標記基因選自下組標記基因表14中描述的NM_130766、NM_015721和NMJ)31430。16.權利要求5或6的方法，其中表達水平由于染色體18q上的染色體缺失而改變的標記基因選自下組標記基因表15中描述的NM_004715、NM_006701和NM_014913。17.權利要求5或6的方法，其中表達水平由于染色體20q上的染色體獲得而改變的標記基因選自下組標記基因表16中描述的NM_016397、NM_018270、NM_006602、NM_080476、NM_017896、NM_006097、NM_021809、NM_018840、NM_003600、NM_017495、NM_007002、NM_016354、NM_014071、NM_002212、NM_003185、NM_152255、NM_022082、NM_018244、畫_014902、畫_032013、畫_020182、畫_006886、畫_020673、BC003122、NM_012325、NM_014183、NM_021100、NM_004738、NM_016045、NM_014054、NM_022105、NM_015666、NM_032527、BC025345、NM_033405、NM_006892、NM_005225、NM_000687、BC035639、NM_018677、NM_006047、NM_016436、NM_015511、NM_016082、NM_007238、NM_003908、NM_003610、NM_153360、NM_080425、NM_000114、NM_001853、NM_144498、NM_017798和NM—O12384。18.權利要求5或6的方法，其中表達水平由于染色體20q上的染色體獲得而改變的標記基因選自下組標記基因表16中描述的NM_016397、NM_018270、NM_006602、NM_080476、NM_017896、NM_006097、NM_021809、NM_018840、NM_003600、NM_017495、NM_007002、NM_016354、NM_014071、NM_002212、NM_003185、NM_152255、NM_022082、NM_018244、畫_014902、畫_032013、畫_020182、畫_006886、畫_020673、BC003122、NM_012325、NM_014183、NM_021100、NM_004738、NM_016045、NM_014054、NM_022105、NM_015666、NM_032527、BC025345和NM_033405。19.權利要求1-18的任一項的方法，其中所述受試樣品是結腸直腸腺瘤組織的活檢物或切除物。20.權利要求1-18的任一項的方法，其中所述受試樣品選自尿、血液、唾液、汗液和糞便的樣品。21.權利要求1-19的任一項的方法，其中所述對照樣品是包含結腸直腸腺瘤細胞而不包含結腸直腸癌細胞的患者的相同組織的樣品。22.權利要求1-21的任一項的方法，其中所述表達水平是在蛋白水平確定的。23.權利要求1-21的任一項的方法，其中所述表達水平是在RNA水平確定的。24.權利要求1-23的任一項的方法，其中使用的標記基因是這樣的標記基因與腺瘤細胞相比，其表達水平在腺癌細胞中升高。25.權利要求1-24的任一項的方法在診斷結腸直腸腺瘤進展為結腸直腸癌中的用途。26.用于檢測結腸直腸腺癌細胞的試劑盒，包含用于特異性檢測表1中描述的至少12種標記基因的表達的試劑。27.用于檢測結腸直腸腺癌細胞的試劑盒，包含用于特異性檢測表17中描述的至少一種標記基因的表達的試劑。28.用于檢測結腸直腸腺癌細胞的試劑盒，包含用于特異性檢測一種或多種標記基因的表達的試劑，所述試劑盒包含_用于特異性檢測選自表2中描述的標記基因的3種或更多種標記基因的試劑，和/或，-用于特異性檢測選自表3中描述的標記基因的一種或多種標記基因的試劑，和/或，-用于特異性檢測選自表4中描述的標記基因的兩種或更多種標記基因的試劑，和/或，_用于特異性檢測選自表5中描述的標記基因的一種或多種標記基因的試劑，和/或，_用于特異性檢測選自表6中描述的標記基因的一種或多種標記基因的試劑，和/或，_用于特異性檢測選自表7中描述的標記基因的3種或更多種標記基因的試劑，和/或，_用于特異性檢測選自表8中描述的標記基因的7種或更多種標記基因的試劑，和/或，_用于特異性檢測選自表9中描述的標記基因的7種或更多種標記基因的試劑。29.用于檢測結腸直腸腺癌細胞的試劑盒，包含用于特異性檢測下組中每一組中至少一種標記基因的表達的試劑集合表2中描述的標記基因、表3中描述的標記基因、表4中描述的標記基因、表5中描述的標記基因、表6中描述的標記基因、表7中描述的標記基因、表8中描述的標記基因和表9中描述的標記基因。30.權利要求26-229的任一項的試劑盒，其中根據表1-9，所述標記基因具有小于0.05的p或FDR值。31.權利要求26-29的任一項的試劑盒，其中根據表l-9，所述標記基因具有小于0.01的p或FDR值。32.權利要求27-31的任一項的試劑盒，其中根據表2-9或17，所述標記基因在腺瘤和腺癌細胞之間的表達水平的差異是至少"2"。33.權利要求27-31的任一項的試劑盒，其中根據表2-9或17，所述標記基因在腺瘤和腺癌細胞之間的表達水平的差異是至少"4"。34.權利要求26-33的任一項的試劑盒，其中所述試劑是寡核苷酸或抗體。35.權利要求34的試劑盒，其中所述寡核苷酸排列在支持物上。36.權利要求34的試劑盒，其中所述抗體結合于分泌的蛋白或細胞表面上的蛋白。37.權利要求26-36的任一項的試劑盒，其中所述一種或多種試劑用選自放射性標記物、磁性標記物、MRI造影標記物、發色標記物和超聲標記物的標記物官能化。38.權利要求26-36的任一項的試劑盒，其中所述標記基因是這樣的基因與腺瘤細胞相比，其表達水平在腺癌細胞中升高。39.用于檢測結腸直腸病變中的腺癌細胞的體內方法，所述方法包括以下步驟a)使所述結腸直腸病變與經標記的試劑接觸，所述試劑能夠與選自表17中描述的基因的標記基因表達的蛋白特異性結合或相互作用，禾口b)檢測該試劑與所述結腸直腸病變的結合或相互作用，其中檢測到所述結腸直腸病變的病灶內所述試劑的結合或相互作用的差異，表明所述病變中腺癌細胞的存在。40.權利要求39的方法，其中所述標記基因是位于細胞膜上的蛋白、分泌的蛋白或酶。41.與表17或18中描述的標記基因特異性結合或相互作用的試劑，其用作檢測結腸直腸腺瘤組織中腺癌細胞的存在的體內診斷劑。42.與表17或18中描述的標記基因特異性結合或相互作用的試劑在制備診斷劑中的用途，所述診斷劑用于檢測結腸直腸腫瘤組織中腺癌細胞的存在。全文摘要本發明涉及在結腸直腸腺瘤和腺癌細胞中基因的差異標記以及它們與染色體異常的關聯。本發明提供了用于檢測與腺瘤進展為腺癌細胞相關的染色體異常的工具。本發明公開了用于體內和體外診斷結腸直腸腫瘤的方法和工具。文檔編號G01N33/574GK101711362SQ200880011036公開日2010年5月19日申請日期2008年4月3日優先權日2007年4月5日發明者B·平托莫雷斯德卡瓦爾霍,G·A·梅杰申請人:基督教高等教育科學研究及病人護理協會