用于鑒定抗原的組合物和方法

專利名稱：：用于鑒定抗原的組合物和方法用于鑒定抗原的組合物和方法關于聯邦政府贊助的研究的聲明美國政府在本發明中具有已付清的許可(paid-uplicense)和在有限情況下要求專利所有人根據國家衛生研究院給予的撥款AI039558和AI055900的條款所規定的合理的條件來許可他人的權利。
背景技術：
：受到對人類的新疾病威脅的出現、在西方世界早先可醫治的疾病的再度出現例如TB、生物恐怖主義的威脅，以及只要發現合適的抗原，癌癥可以通過疫苗接種來治療的不斷增多的證據的驅動，關于疫苗技術的令人興奮的事件在過去幾年中已經更新了。傳染性疾病仍然是世界范圍內發病和死亡的主要原因之一，每年殺死超過1千3百萬青年和兒童。TB本身對每年的2百萬例死亡負責，而估計每年總體超過3百萬個體死于瘧疾和AIDS。傳染性疾病的新出現或再度出現，也形成了對全世界健康的持續不斷的威脅。許多傳染性疾病，例如癡疾、TB、AIDS、SARS和流感由能夠直接在人類細胞內生長和傳播的細胞內病原體引起。因為細胞內病原體在宿主細胞內隔離生長，在產生保護性免疫方面，體液(抗體)免疫反應常常是無效的。當它們有作用時，疫苗是預防和治療疾病的最有效的方式之一。不幸的是，許多研究和臨床疫苗計劃具有很低的成功概率，因為在本發明之前，尚沒有方法來篩選所有可能的抗原或預測哪些抗原將是有效的。因而，對于開發用于傳染性疾病和癌癥的治療的有效疫苗的新策略存在著需要。發明概述在第一個方面，本發明提供了可復制的庫，其包括處在規定位置的至少20(例如，30、40、50、60、70、80、90、100、125、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1200、1500、2000、2500、3000、4000或5000)個不連續的成員(discretemembers),其中(a)所述庫的成員各自包括細胞或病毒，所述細胞或病毒包括編碼多肽的至少一部分的第一多核苷酸，所述多肽由所述細胞或病毒以外的病原生物的基因組編碼，所述第一多核苦酸可操作地連接到啟動子，和(b)所述庫包括多核苷酸，該多核芬酸編碼由所述病原生物的基因組(即，蛋白質組)編碼的多肽的至少10%(例如，20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、98%或99%)的一部分。在相關的第二個方面，本發明提供了可復制的庫，其包括處在規定位置的至少10(例如，15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、125、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1200、1500、2000、2500、3000、4000或5000)個不連續的成員，其中(a)所述庫的成員各自包括細胞或病毒，所述細胞或病毒包括編碼多肽的至少一部分的第一多核普酸，所述多肽由所述細胞或病毒以外的病原生物的基因組編碼，所述第一多核苷酸可操作地連接到啟動子，(b)所述成員各自包括少于24(例如，23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3或2)個不同的多核苷酸，每個所述多核苦酸編碼病原生物的基因組編碼的多肽的至少一部分，和(c)所述庫包括多核苷酸，該多核苦酸編碼由所述病原生物的基因組(即，蛋白質組)編碼的多肽的至少部分的至少10%(例如，20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、98%或99%)。在本發明的前兩個方面的任一個中，所述多肽的部分可以具有與所述病原生物的基因組編碼的多肽的相應部分至少50%、60%、70%、80%、90%、93%、95%、98%或99%的序列同一性。進一步的，所述庫的每個成員可以包括由所述病原生物的基因組編碼的單個多核苷酸。最后，所述病原生物可以是細菌、病毒或真菌。在第三個方面，本發明提供了可復制的庫，其包括至少10(例如，15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、125、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1200、1500、2000、2500、3000、4000或5000)個不連續的成員，其中所述成員各自包括第一細胞或病毒，所述第一細胞或病毒包括編碼多肽或其部分或片段的多核苦酸，與相應的正常細胞相比在贅生性細胞內所述多肽是差異表達的，所述多核苦酸可操作地連接到啟動子，和所述庫包括多核苷酸，該多核苦酸編碼與所述相應的正常細胞相比在贅生性細胞內差異表達的多肽的至少5%(例如，10°/。、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、98%或99%)的部分。所述多肽的部分可以具有與在贅生性細胞中表達的多肽的相應部分至少50%、60%、70%、80%、卯％、93%、95%、98%或99%的序列同一性。所述庫的每個成員可以含有少于50、40、30、20、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3或2個多核苦酸，每個多核苷酸編碼在所述贅生性細胞中差異表達的不同多肽的一部分。在上述三個方面的任一個中，所述病毒可以是噬菌體。所述細胞或第一細胞可以是細菌(例如，E.co/纟)。所述細菌或病毒可以進一步包括編碼在細菌中不天然地表達的多肽，例如孔洞形成蛋白(例如，LLO)的第二多核苷酸。做為選擇，所述第一多核苷酸可以進一步編碼第二多肽，例如孔洞形成蛋白(例如，LLO)。第一多核普酸的每一個可以進一步包括第一標簽序列，其中每個所述多核苦酸編碼包括第一標簽和所述多肽的部分的融合蛋白。每個多核苷酸可以進一步包括第二標簽序列。所述啟動子可以是可誘導啟動子(例如，T7啟動子)。在第四個方面，本發明提供了測定多肽是否是免疫原性的方法，其包括步驟(a)用第二細胞(例如，巨噬細胞)分別地接觸以上方面的任一個的庫的每個成員，所述第二細胞能夠(i)內吞每個成員中的所述細胞或病毒，和(ii)通過I類MHC途徑在它的表面展示肽，其中所述庫的每個成員包括由所述多核苷酸編碼的多肽，(b)用CTL細胞(例如，多種CTL細胞)分別地接觸步驟(a)的每個成員，所述CTL細胞(neoplasm)的哺乳動物；和(c)檢測所述CTL細胞是否被活化，其中所述CTL細胞的活化確定了所述成員中含有的多肽是否是免疫原性的。所述庫的每個成員可以包括編碼孔洞形成蛋白(例如，LLO)的多核菩酸。所述庫的每個成員可以在所述接觸步驟(a)之前被殺死。在接觸步驟(b)之前，所述第二細胞可以;波殺死。所述方法可以進一步包括步驟(d)從所述庫的復制拷貝(replicac叩y)中回收編碼步驟(c)中鑒定的多肽的多核苷酸，或者在接觸步驟(a)之前包括步驟，產生所述庫的復制品。所述方法可以進一步包括使用所述庫進行方法步驟(b)和(c)再至少一(例如，2、3、4、5、7、10或15)次，每次進行步驟(b)和(c)時其可以包括使用不同的CTL(例如，多種CTL細胞)。在另一個實施方式中，所述方法可以包括步驟(d)鑒定在步驟(c)中被確定為免疫原性的多肽之內足夠CTL活化的表位。在第五個方面中，本發明還提供了包括使用本發明的第四個方面筌定的至少一個(例如，2、3、4、5、6、7、8、10、15、20、25、30、40或50個)表位或多肽的組合物(例如，藥物組合物或疫苗)。所述組合物可以進一步包括藥學上可接受的載體。在第六個方面，本發明描述了與在衣原體感染中作為免疫原性蛋白的CT788多肽(SEQIDNO:1)的發現以及作為抗原表位的CT788133-152(SEQIDNO:2)的鑒定相關的組合物和方法。根據這個發現，本發明描述了包括CT788多肽的純化的或重組的多肽(例如，CT788多肽或包括CT788多肽的融合蛋白)，包括包含CT788多肽的多肽(例如，CT788多肽或包括CT788多肽的融合蛋白)的組合物，以及包括CT788多肽的片段(例如，當所述片段是免疫原性的時，或所述片段的融合蛋白)例如KGIDPQELWVWKKGMPNWEK(SEQIDNO:2)、或包括具有選自由表l中所列序列構成的組的氨基酸序列的片段(例如，表l中所列的免疫原性片段)的純化的或重組的多肽。還描述的是包括多肽的組合物，所述多肽包括CT788多肽的片段(例如，免疫原性片段)如KGIDPQELWVWKKGMPNWEK(SEQIDNO:2)、或包括具有選自由表1中所列序列構成的組的氨基酸序列的片段(例如，表1中所列的免疫原性片段)。CT788多肽或其片段可以在分子的N-末端或C-末端含有至少1、2、3、4、5、8、10、15或更多其他的氨基酸。表l:Ctalm-m的片段(包括SEQIDNO:3-154)<table>tableseeoriginaldocumentpage12</column></row><table>本發明還描述了藥物和疫苗組合物。在一個實施方式中，本發明描述了包括多肽和藥學上可接受的載體的藥物組合物，所述多肽包括CT788多肽或包括CT788多肽的片段(例如，免疫原性片段，如以上描述的那些)。藥物組合物可以被配制用于通過本領域已知的任何方式、例如在此描述的那些(例如，口服或胃腸外的)施用。在另一個實施方式中，本發明描述了包括多肽和藥學上可接受的載體的疫苗，所述多肽包括CT788多肽或包括CT788多肽的片段(例如，免疫原性片段，如以上描述的那些)。所述疫苗可以進一步包括佐劑(例如，在此描述的那些)，并且可以被配制用于通過本領域已知的任何方式、例如在此描述的那些(例如，口服或胃腸外的)施用。在第六個方面的上述實施方式的任一種中，所述多肽可以具有CT788多肽的序列或CT788片段的序列(例如，在表1中和在表2中顯示的那些)。本發明的多肽可以是融合蛋白。融合蛋白可以包括在純化中有用的標簽，例如GST、His或myc,或可以包括來自免疫分子的蛋白(例如，Ig蛋白，如IgG、IgM、IgA或IgE,或Ig蛋白的Fc區域)，或在此描述的或本領域已知的任何標簽。本發明還描述了在個體(例如，需要這種治療的個體)中治療或預防感染(例如，細菌性感染，如衣原體感染)的方法。所述方法包括向個體施用(例如，以足夠預防或治療所述細菌性感染的數量)CT788多肽或其片段(例如，免疫原性片段，如以上描述的那些)。施用的CT788多肽或其片段可以是純化的多肽或其片段。多肽的"部分"或"片段，，意思是所述多肽的至少5、6、7、8、9、10、15、20、30、50、100、200、300或500個氨基酸。片l殳或部分可以包括全長多肽(例如，生物體的基因組編碼的多肽)的5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%或甚至100%。"可操作連接的"意思是核酸分子和一個或更多個調節序列(例如，啟動子)以這樣的方式連接，以允許當合適的分子(例如，轉錄活化物蛋白)結合到調節序列時所述核酸分子的產物(即，多肽)的表達和/或分泌。"病原生物的基因組編碼的多肽"意思是與所述病原生物編碼的多肽具有至少50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、或甚至100%的同一性的多肽。"病原生物"意思是能夠感染哺乳動物的任何生物體。示范性的病原生物是細菌、病毒、原生動物和真菌，包括在此描述的生物體。在本發明的上下文中，"病原生物"另外指包括在本發明的庫中的細胞或病毒以外的生物體。"孔洞形成蛋白"(pore-formingprotein)意思是任何多肽，當與脂雙層膜接觸時，其能夠在膜中形成通道或孔洞。所述孔洞或通道可以容許分子例如離子、多肽或其片段、或多核苷酸的通過，以穿過所述膜。"LLO"意思是李斯特菌素O(listeriolysinO),或能夠在真核膜中形成孔洞的其任何片段或變體(例如，與LLO序列基本上相同的多肽)。"能夠內吞的細胞"是指具有將顆粒例如細胞、病毒或大分子內在化到膜結合區室之內的能力的細胞。"差異表達的"是指與相應的對照細胞相比，在測試細胞(例如，贅生性細胞)中表達的至少50/。、10%、25%、50%、75。/0、100%、150%、250%、500%或1000%的表達提高。"CT788多肽"意思是與附圖14中所示序列具有至少40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或甚至100%的同一性，并具有在早先被衣原體感染的生物體中刺激免疫反應的能力的多肽。"標簽序列"意思是用于融合蛋白的形成的任何序列(例如，包括在此描述的多肽的片段或部分)。示范性的標簽包括FLAG、His(例如，His6)、血球凝集素(HA)、Myc、谷胱甘肽S-轉移酶(GST)、或任何其他本領域已知的標簽。標簽序列可以存在于蛋白質的N-或C-末端。"純化的多肽"或"分離的多肽"意思是已經與天然地伴隨它的成分分離開的多肽。一般地，當多肽按重量計算至少30%沒有(30%,byweight,freefrom)與之天然相關的蛋白質和天然發生的有機分子時，多肽是基本上純的。在某些實施方式中，制品是按重量計算至少50%、60%、75%、85%、90%、95%、96°/。、97%、98%或99%沒有與之天然相關的分子。例如，通過從天然來源提取；通過表達編碼這種多肽的重組多核苷酸；或通過化學合成所述多肽，可以獲得純化的多肽。可以通過任何適當的標準方法，例如，通過柱層析、聚丙烯酰胺凝膠電泳或通過HPLC分析來測量純度。"基本上相同的"意思是多肽或核酸展現與參考氨基酸(例如，CT788)或核酸序列至少50%、75%、85%、90%、95%或甚至99%的同一性。對于多肽，比較序列的長度一般將是至少7個氨基酸(例如，20個氨基酸)，優選的至少30個氨基酸，更優選的至少40個氨基酸，最優選的50個氨基酸，或全長。對于核酸，比較序列的長度一般將是至少20個核苷酸(例如，60個核苷酸)，優選的至少90個核苦酸，更優選的至少120個核苷酸，或全長。核普酸序列是基本上相同的另一個指標是兩個分子在嚴格條件下是否相互雜交。嚴格條件是序列依賴性的，在不同環境中是不同的。一般地，選擇嚴格條件為約5。C到約20°C,通常約l(TC到約15°C,在規定的離子強度和pH值下低于特定序列的熱熔點(Tm)。Tm是50。/。的目標序列與匹配的探針雜交的溫度(在規定的離子強度和pH值下)。一般地，嚴格條件將是其中鹽濃度是約0.02摩爾(molar)、pH7和溫度是至少約6(TC的那些條件。例如，在標準的Southern雜交過程中，嚴格條件將包括在6xSSC在42°C中的起始洗滌，隨后是在0.2xSSC在至少約55°C、一般約60。C以及常常約65。C的溫度下的一次或多次另外的洗滌。對于本發明來說，當核苷酸序列編碼的多肽和/或蛋白質是基本上相同的時，核苷酸序列也是基本上相同的。因而，當一個核酸序列與第二核酸序列編碼基本上相同的多肽時，兩個核酸序列是基本上相同的，即使由于遺傳密碼允許的簡并性，它們在嚴^^各條件下不雜交(對于密碼子簡并性和遺傳密碼的說明，參見，Darnelletal.(1990)MolecularCellBiology,SecondEditionScientificAmericanBooksW.H.FreemanandCompanyNewYork)。蛋白質純度或均質性可以通過本領域已知的許多方式來表明，例如蛋白質樣品的聚丙烯酰胺凝膠電泳，隨后在染色時可視化。對于某些目的，高分辨率可能是需要的，可以利用HPLC或相似的純化方式。"免疫原性"意思是化合物(例如，多肽或其片段)具有在生物體(例如，早先感染衣原體的生物體)中刺激免疫反應的能力。具有處在規定位置的不連續成員的庫提供了相比集中庫的幾個優點，包括對每個單獨的抗原的提高的敏感性以及快得多的篩選過程。根據以下的詳細說明、附圖和權利要求，本發明的其他特征和益處將是明顯的。附圖的簡要描述附圖l是顯示常規的MHCI類抗原呈遞的示意圖。附圖2是顯示在Z>/Wenamo朋cj^oge"^(單核細胞增多性李斯特桿菌)感染期間CD8+效應物T細胞反應的刺激的示意圖。附圖3是顯示在感染期間李斯特菌素O(LLO)介導的丄.mo"ocjKoge"^,人液泡的逃避的示意圖。附圖4是顯示在五.co/z'中表達的多肽向能夠內吞細菌的細胞的胞質液的LLO介導的遞送的示意圖。附圖5是一組圖像，顯示了表達GFP和LLO的￡.co"向細胞的細胞質的遞送。附圖6是顯示抗原向I類MHC途徑的五.co/z7LLO介導的遞送的示意圖。附圖7是在C.frac/zoma他庫的克隆中使用的修改的Gateway系統。附圖8是顯示任何感興趣的病原體的抗原鑒定的表達克隆策略的示意圖。附圖9是使用B3ZT細胞的所采用的庫的驗證策略的示意圖，其使用在此描述的l'務改的Gateway載體識別在表達的蛋白質上存在的SIINFEKL標簽(SEQIDNO:155)。附圖10是顯示通過成功地確定庫中哪些蛋白質被表達而理論化的庫驗證策略可行的圖像。附圖11是顯示篩選乳腺癌抗原的策略的示意圖。附圖12是顯示利用衣原體特異性T細胞系篩選C.frac/zoma"s庫的陽性結果的圖像。附圖13A是顯示利用與未感染的或衣原體感染的BMM細胞混合的CD4+T細胞克隆、來自流式細胞計的CD4和IFNy表達的結果的圖表。結果根據活細胞來門選。附圖13B是顯示在感染后72小時檢測的衣原體IFU的數量的圖表。早先感染的(免疫)小鼠和具有在此鑒定的CD4+T細胞克隆的幼稚小鼠顯示了與沒有CD4+T細胞克隆的幼稚小鼠相比低的感染水平。附圖14是CT788(Ctal)蛋白(SEQIDNO:1)和CT788133-152(Ctal33.152)(SEQIDNO:2)的肽序列。附圖15是顯示用BMM培養、然后與T細胞克隆NR9.2孵育的、表達單獨的C.frac/zoma^ORF的克隆的圖像。這個附圖顯示了平Ctal(由ORFCT788編碼)的Eco"誘導NR9.2分泌高水平的IFNy(>370ng/ml),而表達庫中的其他衣原體蛋白質的五.僅誘導背景水平的IFNY分泌(<26ng/ml)。標記為Ctal和ELISAStandards的反應孔是黃色的；其他反應孔是無色的。在附圖中顯示的與Ctal或標準物不相應的反應孔的比色強度是庫中所有其他Eco//克隆所見的結果中典型的。標明了相應于高數量的IFNY的ELISA標準物。附圖16A是顯示對T細胞克隆NR9.2表達的Voc2和VP8.3TCR元件染色的、來自非轉基因和NR1轉基因小鼠的CD4+外周血淋巴細胞的標繪圖。結果根據活的CD4+細胞來門選。附圖16B是顯示響應于標明濃度的Ctal133-152(SEQIDNO:2)的、來自NR1轉基因或非轉基因小鼠的脾細胞的增殖的圖表。增殖通過卩H]胸腺嘧啶核苷摻入細胞來測量。這些結果表明，NR1TCRtg細胞識別Ctal133-152(SEQIDNO:2)。附圖17是顯示注射到幼稚小鼠中的CD4+T細胞克隆(NR9.2)在衣原體感染之后增殖的圖表。觀察到CFSE標記的TCR轉基因T細胞的增殖，作為轉移的群體向左進入任意設置的門的移動。CFSE標記的NR1或OTII細胞被轉移到C57BL/6接受者中。一天之后，小鼠用標明的病原體靜脈內地感染。在三天之后收獲脾臟。對活的CD4+Va2+細胞門選結果，以檢測NR1TCRtg細胞。附圖18A是一組標繪圖，顯示了在導液淋巴結中增殖的轉基因T細胞上CD69和CD44被增量調節，CD62L被減量調節。轉移到幼稚小鼠中的CFSE標記的CD4+TCR轉基因細胞的增殖(反映為群體向左的移動)在用Crac/w/m^s血清型L2感染接受者小鼠之后5-7天測量。如從圖表的底部到頂部的群體移動中所反映的，CD69在增殖的細胞上增量調節。如在圖表的頂部向底部的群體移動中所反映的，CD62L在增殖的細胞上減量調節。結果根據活的Thyl.2+CD4+細胞來門選。附圖18B是一對圖表，顯示轉移的TCR轉基因細胞在感染后四天在導向生殖道的淋巴結中廣泛地增殖，而在導向其他位點的淋巴結中不增殖。點線代表未感染的小鼠；實線代表感染的小鼠。結果根據活的Thyl.2+(CD90.2)十CD4+細胞來門選(gated)。附圖18C是一組標繪圖，顯示了轉移的TCR轉基因T細胞在衣原體的子宮內感染之后被征募到小鼠的生殖道中。CFSE標記的NR1細胞被轉移到CD90.1接受者中，然后用106IFU的C.frac/zoma&血清型L2在子宮中模擬感染或感染。在感染后七天，從小鼠中取出生殖道，分析轉移的NR1細胞的存在。比較模擬感染的和感染的接受者的生殖道中CD90.2+CD4+NR1細胞的存在。結果根據活細胞來門選。方框顯示了在小鼠的生殖組織中繼承性地轉移的(adoptivelytransferred)T細胞。附圖19是一組圖表，顯示了NR1細胞在C.rac/zomato的子宮內感染之后在ILN中優先地增殖。CFSE標記的NR1細胞被轉移到CD90.1接受者中，其然后用106IFU的C.frac/zoma&血清型L2在子宮中沖莫擬感染或感染。在感染后標明的時間收獲ILN和NDLN,;險查CD4+NR1細胞的增殖。結果根據活的CD90.2+CD4+Va2+細胞門選來特異性地檢17測NR1TCRtg細胞。附圖20是一組圖表，顯示了NR1細胞分化成Thl細胞。CFSE標記的NR1細胞—皮轉移到CD90.1接受者中，其然后用106IFU的C.""c/wmato血清型L2在子宮中感染。六天后，來自ILN的細胞用PMA/離子霉素刺激，通過流式細胞計檢查細胞內IFNy。Ctal特異性T細胞(CD90.2+CD4+)根據CFSE1。和CFSEhl細胞來門選，比較這兩個群體中細胞內IFNy水平。實線代表同種型對照；灰色填充的直方圖代表IFNy。附圖21A是一組圖表，顯示了在模擬感染和感染的小鼠的生殖道中NR1細胞上CD62L、CD44和CFSE的水平。結果根據活的CD90.2+CD4+細胞門選來特異性地檢測NR1TCRtg細胞。附圖21B是圖表，顯示了來自生殖道的NR1細胞用PMA/離子霉素刺激，并通過流式細胞計分析來檢測IFNy的產生。結果根據活的CD90.2+CD4+細胞門選來特異性地檢測NR1TCRtg細胞。實線代表同種型對照；填充的直方圖代表IFNy。附圖22是圖表，顯示了T細胞克隆NR9.2識別新的T細胞抗原Ctal133-152(SEQIDNO:2)。通過測試重疊的20-mer合成肽刺激NR9.2分泌IFNy的能力來繪制來自Ctal的抗原性肽。在IFNyELISA分析中，僅Ctalm-m刺激NR9.2分泌顯著水平的IFNy。以下顯示的是Ctal的蛋白質序列(SEQIDNO:1),Ctal133-152(SEQIDNO:2)是下劃線的。詳細i兌明在一個方面，本發明允許證實的人類免疫效應物的體外篩選，以從完整的蛋白質組或其部分、從任何引發疾病的病原體、以及從贅生性細胞中差異表達的多肽中鑒定它們的關鍵目標抗原。在另一個方面，本發明提供了組合物，包括純化的蛋白質和疫苗，以及涉及使用CT788多肽或其片段作為抗原治療或預防衣原體感染的方法。本發明的第一個方面的技術允許研究人員預測哪種表位混合物將作為預防性或治療性疫苗在體內被證實有效。重要地，它體外模擬了哺乳動物免疫系統并用每個抗原來呈遞它，從而給定的引發疾病的病原體可以在受感染宿主中表達。在幾天之內，有可能從引發疾病的病原體或其部分的完整蛋白質組中鑒定將在體內最有效地刺激免疫系統的特定抗原，這是早先不可能的任務。本發明的核心是快速地鑒定引起保護性細胞毒T淋巴細胞的體內刺激的抗原的能力，容許鑒定將被直接包括入現有抗原遞送系統的免疫靶標，以產生具有最高概率產生保護性細胞介導的免疫的多價疫苗制劑。保護性細胞介導的免疫反應的關鍵元件之一是CD8+細胞毒T淋巴細胞(CTL),其可以識別并消滅病原體感染的宿主細月包，防止病原體在宿主內的傳播。在自然感染期間CTL的產生常常需要在宿主細胞的胞質液中產生病原體特異性抗原性蛋白。在細胞內感染期間，在宿主細胞胞質液內存在的抗原性蛋白質被蛋白水解降解為肽。這些肽隨后與主要組織相容性復合體(MHC)1類分子相締合地顯示在宿主細胞的表面(附圖l和2)。在宿主細胞表面的肽/MHC復合物被CTL識別，引起受感染宿主細胞的CTL介導的殺傷和保護性T細胞記憶的發展。然而，在開發策略來有效地鑒定用作I類MHC途徑的耙標的病原體特異性抗原方面，獲得了相對較少的進展。這樣的靶標是第一線的材料，用于摻入成分疫苗中來刺激保護性CTL記憶并預防侵入微生物的感染。因而，開發有效的的方法來鑒定病原體特異性抗原性蛋白并將它們耙向MHCI類呈遞途徑，在針對細胞內病原體的疫苗的合理設計中有基本的重要性。雖然幾種當前的疫苗策略處于開發中用于體內抗原遞送，在本發明之前，不存在策略，用于傳染性疾病病原體的完整抗藥分布型的快速確定，以確定最合適的抗原決定簇來包括在疫苗制劑中。本發明允許傳染性病原體的全部蛋白質成分的有效的體外表達，伴隨著將表達的蛋白質靶向宿主抗原呈遞細胞(APC)用于CTL反應的產生。通過這種耙向的表達系統遞送給宿主細胞的抗原凈皮I類MHC途徑加工(附圖1)來呈遞給CTL。通過使用從早先感染的個體產生的病原體特異性CTL系，照這樣鑒定候選疫苗抗原。如下文所述，本發明已經應用于沙眼衣原體，一種細胞內細菌性病原體，是在美國最常見的性傳染的疾病病原體。C.^racAoma^也是在世界范圍內可預防的失明的主要原因，當前沒有可用的疫苗。在繼承轉移并用于鑒定CTL引發抗原。相應于894個可能的C"ac/ww"^開放閱讀框的獨特成員的一個抗原，從針對C.^rac/oma^表達庫篩選的每個CTL系中鑒定出來。鑒定的抗原在Cfrac/zom"to感染期間刺激保護性CTL。在此描述了產生本發明的庫和進行篩選分析的方法。來自病原生物的庫的產生為了產生本發明的庫，來自病原生物(例如，病毒或細菌)的基因組的開放閱讀框或其部分被克隆到能夠在所述庫的成員所包括的細胞或病毒中表達(例如，與啟動子可操作地連接)的載體中。這可以通過本領域已知的任何方式來實現。在一個實施方式中，設計PCR引物來擴增在病原生物的基因組中鑒定的開放閱讀框。引物的集合可以被設計以從病原生物的基因組擴增開放閱讀框或其部分的10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%98%、99%或甚至100%。引物設計可以使用計算機程序進行，例如，GAP(Genome-wideAutomatedPrimerfinderserver)計算機程序，可以從Irvine的加州大學獲得，其容許耙向來自病原體的基因組的大量開放閱讀框的引物的設計。在一個實施方式中，設計引物，使得來自病原生物的蛋白質的分泌信號序列被除去。其基因組已經被測序或正在被測序的病原細菌和病毒可以在例如基因組聯機數據庫(GOLD)(LioliosKetal.,A^wc/ezc爿c/A"仏34(Databaseissue):D332-334，2006)中找到。其基因組;波完全測序的病原生物(例如，細菌性病原體)在本發明中是特別有用的。做為選擇，mRNA的逆轉錄可以用于產生本發明的庫。與靶向特定mRNA序列的引物一起的逆轉錄酶可以用于將mRNA內含有編碼區或其部分轉錄成DNA序列。通過PCR(例如，在此描述的)的隨后的擴增可以用于產生足夠數量的DNA用于將期望的多核苦酸克隆到表達載體中。為了產生庫的不連續的成員，含有特異于開放閱讀框或其部分的引物的每個PCR反應可以在獨立的反應體積(例如，在96孔平板中)中進行。在一個實施方式中，使用兩步驟PCR過程。第一組引物被用于擴增期望的開放閱讀框，第二組引物被用于將其他的序列附加到擴增的序列上用于克隆。這種其他的序列可以包括限制性內切酶的位點或用于克隆的重組序列(例如，來自Invitrogen的Gateway系統或MAGIC系統(Lietal.A/a亡7(3):311-9,2005)),或本領域已知的4壬何序列標簽(例如，His6標簽，myc標簽，或SIINFEKL表位(SEQIDNO:155))。如本領域已知的的，對于所使用的系統，-魄情況將PCR產物導入克隆載體中。如果克隆載體缺乏能夠驅動在庫的細胞或病毒中的表達的啟動子，隨后必須的是將ORF或其片段克隆到含有啟動子的載體中。在任何克隆步驟期間，肽標簽，例如在此描述的那些，可以被添加到多肽克隆物或其部分的N-末端或C-末端。一旦編碼多肽的至少部分的多核苷酸被克隆到能夠表達的載體中，它們可以各自被導入合適的宿主細胞或病毒中，從而形成本發明的庫。多肽的888種的庫。在本發明中有用的病原生物包括，例如，腺病毒、Ascani/w淤6n'co/(ies、星病毒、Sacferoz'(iess//.、beta國溶血'f生鏈J求菌、BK病毒、說ostoc，to/z謹/m's、祝"W麵jvcest/e，a似z態、Soni"e〃a/e/^m&、冠狀病毒、才可薩奇病毒A、柯薩奇病毒B、0少/tococcuyweq/brm(3朋、Cry/^os/wn'Jz'wm、纟田月包巨病毒、艾#可病毒、￡>2towoe6a/z/Wo(y/7'ca、￡>^e^)afers//.、EVfero6/w《vermz'cw/an^、5"w/^n9coccw5^p/.、Epstein曙Barr病毒、馬月鹵炎病毒、￡^c/ze〃'c/n'aco//、￡^c/zen'c/n'as//.、真菌、G&ni/af/a附6/z'a、//ae附o/7/zz71^z'"^7wewzae、肝炎病毒、肝炎C病毒、單纟屯'l"生皰滲病毒、///Wop/a雄aca/ww/a/謹、HIV、/(ymewo/ep/swo7a,流感病毒、JC病毒、^7e^e〃as//7.、丄eg/o;e〃(3s,、Z/^/zm"m》6fowov朋"淋巴細胞性脈絡叢腦膜炎病毒、微絲蚴、微孢子蟲、A^co6"cfenww^&n:w/cw;y、Norwalk病毒、(9p/W/2on:/n'sWvern'm'、副^L感病毒、副舉占病毒、尸/oywoWw/w、尸wewwoq)Ast^cahw/Z、7Vo/^us、尸sewc/owowowaerwgi"c^a、尸w^/omomww/.、狂犬病病毒、。乎吸道合月包體病毒、鼻病毒、4侖^l犬病毒、沙門氏菌、志賀氏菌、圣路易腦炎病毒、5"to/7/2y/ococcwsawet^、iSVre/^ococciM1/we謂om'ae、/SVn9wgy/oz.(ie《他rcora/^、介體病毒、roxo//asmas/p.、7Wc/zwn、/Wc/n'w/Yif、F^n'ce〃a-ZoWer病毒、f瓜菌屬霍舌L、本發明特別有用的是專性的細胞內病原體。細胞內細菌包括、例如、附^amo,0/、5.parser"B.reci^rew/7's、5./w/-<i/、S.fwn'ca/v2e、S.va/az'w'awa、irwce〃aWor加、5.me/"e腦's、CVz/amyc/z'a戸e謂om.ae、C./w'加".、(7.frac/zoma"s、Cow6/〃.arwm/w"w"wm、Gox/e〃a6wrwe/v7、￡7zr/z.c/n.acaw&、兒hc^:e"wz'、兄和A.(y;/n'。示范寸生的纟田月包內原生動物有a附azcwewsz's、丄.Z)n3zz7/eww^、丄.c/zagtw/、丄.cfowov"7/、丄.t/owovawz'c/zag<x$7'、丄.^/owovaw/Jowov"wi、Z^.(icwov"w/z'w/awfw附、丄.ewn.e"z7、丄.gwy"weww's、/7zy^wo/、丄.？arew,o/ae、丄./ro//ca、AZ/craspon't^'wwcey/oweww's、A^."yh'cawwm、7Vc^6macowwor/、A^os^maocw/arww、A^.a/ggrae、尸/oy附0(^'wmZ)erg/zez'、尸.6nxs7'/z'"wwm、尸.c/zo^aw6^'、尸.c/za6aw(^'at/am/、尸.c/za6aw(i/c/za6aw(i/、尸.c_ywomo/g/、尸./a/c^arwm、尸./nagz7e、尸.g"〃/wacewm、尸.A:wcw/ew'、尸./c"http://zwn2e、尸.wa/an'ae、尸.owz/e、尸./^c/ze/7cwz'、尸.^S7'脂.ora/e、尸.57'mz'wm、尸."WwcAe^e"en'、尸、v/wcA:ez'vz力cA:ez'、尸.vzVax、尸._yoe/h'、尸.少oe/hw/gen'eiM7's、尸.yoe/"、尸/e/^stop/zon3awgwz'〃orwm、尸./n^/og/c^s^o/(ie051、尸.w/naf"<ie〃ae、尸.ovan'ae、尸.(y//c"/^、jSe//v3^2z'wto"wa/z^、7"axo//"扁agowc/z7、7>ac/zi^/ez'Wo/7/2ora/zomz'm's、71.22可以在本發明中使用的傳染性的真菌包括酵母，例如C朋&^Qmc/z't/a^rz^ez'、CVm力tfa/we^/o加//ca/z、、Qm^feto《^〃e，ow<i//、QmW(iag/a6rato、Qmt/^/ww'am'ae和C朋力(iarwgora。其他真菌包括Af/cn^porw附cam's,口其4也s//.,ZWc/zop/zj^ow(i"列^口T.rw6z-wm禾口A/a/assez/a、尸/(yro/^/on9"or6z'cw/are、尸.ova/e、Oj/^ococcuyweq/brm6W51、J5/e廠g/〃ws/wm/gafus*禾口其^f也j"/e廠g/〃w51^p/.,Zygomyce/^s(e.g.,A/n'zopws,Mwcor),尸a^2cocc7.(^o/6/es6n3w7/ew^s7's、5/ayfomyces<ie77"/7/7'<ie5//^/op/awmaca/ww/afwm、Coc".c^oz'(ie《/wm/OJ禾口5^7orof/2n'x對于細菌宿主中庫的產生，能夠表達克隆的多核苷酸的任何載體可以在宿主細菌中使用。在一個實施方式中，使用五.co"的實驗室菌抹；用于在Eco"中表達的合適的載體是本領域公知的，包括載體例如pET表達載體系統(EMDBiosciences,SanDiego,Calif.)、pDESTSL8(在此描述)和pDEST17(Invitrogen)。載體可以^皮修飾以包括N-或C-末端標簽，如所希望的，例如，用于庫的驗證(例如，如在此描述的)。這種載體也可以含有可誘導啟動子(例如，T7聚合酶啟動子)，這是本領域公知的，其容許在應用外源化學物質(例如，IPTG(異丙基-beta-D-硫代半乳糖苷)或在應用噬菌體(例如，CE6嗟菌體)時的表達，取決于所使用的細菌菌林。對于病毒庫(例如，噬菌體展示庫)的產生，形成庫的多核苷酸被克隆到噬菌體載體中。這種載體和載體系統是本領域公知的，包括NovagenT7Select⑧噬菌體展示載體(EMDBiosciences)。在某些實施方式中，本發明的細菌庫，除了含有來自病原生物的第一多核苷酸之外，可以含有第二多核苷酸序列，作為笫一多核苦酸的部分(除了來自病原生物的序列之外)或作為第二表達載體的部分。這種第二多核苷酸序列可以編碼第二蛋白質，例如，李斯特菌素O(LLO)。五.CO/〃LLO系統￡.co"/LLO系統提供了一種方式，用于在五.co"中表達的蛋白質在內吞到細胞之后逃脫內吞它的液泡，并接觸細胞的胞質液(附圖3)。LLO通過穿孔液泡來起作用，從而允許它的內容物逃脫進入細胞質。李斯特菌素O在中度酸性pH值下(液泡內的pH條件)展現了更好的孔洞形成能力，因而非常適合于這個目的。這容許表達的蛋白質通過I類MHC途徑的增強的加工(參見附圖4-6)。這種系統在美國專利6,004，815中廣泛地描述了，其通過引用合并在此。除了LLO之外，本發明的庫和方法可以采用具有相似活性的其他蛋白質；可以采用促進潛在抗原性蛋白向細胞的細胞質遞送的任何蛋白質(例如，孔洞形成蛋白)，所述細胞能夠內吞本發明的庫的細菌或病毒。E.co/z7LLO系統對于篩選活化CD8+CTL細胞的抗原是特別有用的。沒有LLO而制備的本發明的庫可以用于篩選CD4+CTL細胞活化。在此呈現的實施例意圖是說明而不是限制本發明。實施例1克隆C//am_y<i/<af/rac/zoma^(沙眼衣原體)基因組沙眼衣原體血清型D/UW-3/Cx基因組中的每個ORF通過2步驟PCR過程來擴增。第一個步驟使用了對每個ORF特異的引物來以96孔形式擴增每個序列。所述引物被設計以除去ORF中存在的任何分泌信號序列，以防止當它們被表達時在中的分泌并最小化毒性。第二PCR步驟^f皮用于向每個PCR產物的5'和3'末端添加需要的重組序列。一旦ORF^L擴增和添加了重組序列，PCR產物^皮重組到DONR載體中。這可以使用Gateway系統或MAGIC系統來進行。對于這個庫，使用Gateway系統。在存在GatewayBP重組酶的情況下將最終的PCR產物于pDONR221質粒孵育。在過夜孵育之后，反應溶液直接轉化到Eco"中，其然后平鋪在含有卡那霉素的LB瓊脂平板上來選擇DONR質粒的存在。生長的任何細菌必須含有已經與PCR產物重組的DONR載體，因為由于質粒中毒素基因的存在，如果沒有重組，DONR質粒對于五.co"是有毒的。當DONR質粒與PCR產物重組時，這個毒素基因喪失了，容許細菌支持質粒的存在。MAGIC重組系統非常類似地工作，只是PCR產物被直接轉化到已經含有MAGIC1供體載體的中。重組步驟在細菌內發生。然后通過將細菌平鋪在含有氯苯丙氨酸的平板上來選擇成功的重組事件。由于載體中pheS基因的存在，這種化學物質對于含有沒與PCR產物重組的magic供體載體的Eco"是有毒的，所述基因在成功的重組期間喪失。僅僅含有已經與PCR產物重組的供體載體的Eco/Z存活。兩種系統中的完整轉化過程以96孔形式來進行，包括打板步驟來確保在瓊脂平板上的任何孔中的所有的菌落是僅僅單個ORF序列的成功重組的結果，所述序列在PCR步驟期間在相應的反應孔中被擴增。這容許克隆群體中每個ORF的克隆。每個ORF的克隆被接種到96深孔平板中含有卡那霉素的LB中。來自每個克隆的質粒DNA通過96孔迷你制備操作來分離。與克隆的ORF序列的DONR載體5'和3'中的序列互補的引物被用于PCR擴增重組到載體中的序列。PCR產物在瓊脂糖凝膠上跑動，產物的大小與預測的大小進行比較。與預測的大小顯著不同的、含有重組序列的任何克隆被放棄，選擇該ORF的新的克隆并對適當的大小進行測試。含有正確長度的序列的所有克隆移動到克隆操作的下一步驟。對于MAGIC系統，供體載體可以用于表達ORF;因而，不再需要進一步的克隆。然而在Gateway系統中，ORF序列被穿梭到含有容許ORF的表達的啟動子的第二載體中。通過將分離的DONR質粒DNA與目的地載體pDESTSL8在存在GatewayLR重組酶的情況下孵育來實現這一點。pDESTSL8通過添加含有SIINFEKL表位(SEQIDNO:155)的C-末端融合物在我們的實驗室中從pDEST17(附圖7)構建。在18小時的孵育之后，反應溶液直接轉化到中，其然后以96孔形式平鋪在含有羧千青霉素的LB瓊脂平板上。每個ORF的克隆接種到96孔平板中含有羧千青霉素的LB中，來選擇接受了已經重組在ORF序列中的pDESTSL8的細菌。分離每個克隆的質粒DNA,與重組的ORF的pDESTSL85'和3'的序列互補的引物被用于PCR擴增重組的序列。這些PCR擴增的產物通過瓊脂糖凝膠電泳來分析；具有不正確大小的插入物的任何克隆一皮放棄，測試該ORF的新的克隆。具有正確大小的插入物的每個克隆被認為是正確的，并繼續來測試表達。來自贅生性細胞的庫的產生在本發明的另一個實施方式中，提供了包括編碼至少多肽的片段的多核苷酸的可復制的庫，與相應的正常細胞相比在贅生性細胞例如癌細胞(例如，乳腺癌細胞)中所述多肽的表達被提高(例如，至少1.05、1.1、1.2、1.4、1.5、1.75、2、3、4、5、7、10、25、50或100倍的因數)。在贅生性細胞中具有提高的表達的一組多核苷酸的筌定可以通過本領域已知的任何方法來進行。一般地，使用表達陣列，例如可以從Affymetrix獲得的那些，來對表達進行剖繪。因而，其表達在贅生性細胞中增加的多核普酸使用這種表達陣列被鑒定出，然后可以用于產生本發明的庫。其表達在贅生物中增加的多核苷酸的克隆可以通過逆轉錄從鑒定為具有提高的表達的每個多核苷酸轉錄的單獨的mRNA來進行。選擇對每個mRNA特異的引物，并用于單獨地將mRNA序列轉錄到DNA序列中。DNA序列然后可以克隆到合適的載體中，所述載體含有能夠在所述庫的細胞或病毒中表達的啟動子，一般是在通過PCR擴增每個DNA序列之后。一旦每個多核苷酸被克隆到載體中，多核苷酸可以被導入在此描述的細胞或病毒。與正常細胞相比在贅生性細胞中過量表達的多核苷酸液可以通過使用cDNA減法庫來鑒定。產生這種庫的方法是本領域已知的，并且是商業上可獲得的，例如，ClonetechPCR-Select產品(ClonetechLaboratories,Inc.,MountainView,Calif.)。多核苷酸的表達為了在本發明的方法中使用，形成庫的成員的細胞或病毒可以表達編碼來自病原生物的多肽的至少一部分的多核苷酸。在具有可誘導啟動子的細菌系統中，這伴隨著施用合適的物質(例如，化學物質或噬菌體)來誘導蛋白質表達。對實施例1中描述的CUrac/zomato庫來說，如下進行這一點。實施例2C.加C/20函"'S多核普酸的表達含有ORF的每個表達質粒被轉化到已經含有質粒的五.co/z'中來表達李斯特菌素O(cLLO)的細胞胞漿形式。細菌平鋪在含有羧千青霉素和氯霉素的LB瓊脂平板上來選擇兩個質粒。挑選每個ORF的菌落，接種到96孔平板中含有羧節青霉素和氯霉素的LB中，并生長18小時。然26后將穩定期培養物稀釋到含有0.2%麥芽糖、羧千青霉素和氯霉素的新鮮LB中。在4小時生長之后，對每個反應孔采集OD6oo來確定每個孔中的細菌數目。添加MgS04來在每個培養物中得到10mM的濃度。然后，在其基因組中含有處在組成型啟動子之下的T7聚合酶的基因的復制缺陷的入噬菌體，CE6噬菌體以12:l的MOI添加。一旦噬菌體感染了細菌，T7聚合酶被表達，其然后能夠在T7啟動子的控制下轉錄衣原體ORF。輕輕地混合培養物，在37。C沒有搖動地孵育20分鐘。20分鐘后，搖動孵育培養物另外1小時40分鐘，以允許ORF的表達。然后測量每個反應孔的OD6C)()來確定每個培養孔中細菌的濃度。從每個反應孔收獲1x108個細菌，團化并重懸浮在1mL的0.5%多聚曱醛中。培養物在室溫下孵育30分鐘。培養物然后團化，用PBS洗滌三次。在最后的洗滌之后，細胞進行團化，重懸浮在lmL的PR-10培養基中。培養物然后按20jul的體積等分到96孔平板中，并在-8(TC冷凍。這個操作可以產出超過50個獨立的庫等分量來篩選不同的T細胞系。庫的表達的驗證本領域已知的任何方法可以用于確定庫的每個成員是否能夠表達來自病原生物或贅生性細胞的多核苷酸(例如，western印跡)。在此描述的C.frac/zoma^庫中，表達的證實如下實現。實施例3測試表達我們利用融合到每個ORF的C-末端的SIINFEKL表位(SEQIDNO:155)開發出蛋白質表達的高通量測試，用于蛋白質表達的驗證(附圖8-10)。為了進行這種分析，庫的冷凍等分量被解凍，添加到H2b單體型的巨噬細胞，所述巨噬細胞在前一天播種到96孔平板中。賦予巨喧細胞/細菌混合物一小時，在這期間，細菌被巨噬細胞吞噬。在吞噬泡這，細菌被裂解，將Eco/i表達的所有蛋白質釋放到液泡中，包括衣原體蛋白質和cLLO。cLLO然后穿孔吞噬泡膜，容許衣原體蛋白質進入巨噬細胞的胞質液，在其中它可以被加工，來自蛋白質的肽可以呈遞在MHCI類分子上。如果衣原體蛋白質被表達為全長的，它具有融合到它的C-末端的SIINFEKL表位(SEQIDNO:155)。這個表位將與衣原體蛋白質一起被遞送，將被加工并呈遞在巨噬細胞表面的MHCI類分子上。通過在小時孵育的結束時添加B3ZT細胞雜交瘤細胞來探試這種MHC-肽復合物。當它們識別MHCSIINFEKL復合物時，B3Z細胞變為活化的(附圖9)。當它們變為活化的時，P-半乳糖苷酶表達被誘導。B3Z細胞與巨噬細胞孵育15-20小時以容許B3Z細胞有時間掃描所述的MHC-肽復合物，并且如果存在復合物時增量調節P-半乳糖苷酶。在15-20小時之后，添加LacZ緩沖液來檢測平板的每個反應孔中P-半乳糖普酶活性的量。LacZ緩沖液含有洗滌劑來裂解巨噬細胞，以及p-半乳糖苷酶底物、氯苯紅-P-D-半乳吡喃糖香(CPRG)，當被p-半乳糖苦酶裂解時其從黃色變為紫色。裂解的產物的數量通過在分光光度計中測量每個反應孔的OD570nm來確定。因而，570nm處的強信號表明在該反應孔中表達的衣原體蛋白質一皮表達為全長并且^皮遞送給I類MHC途徑。確定來自病原體或贅生性細胞的多肽是否是免疫原性的細胞或病毒的庫含有編碼來自病原生物或來自贅生性細胞的多肽的多核苷酸，可以被篩選來確定所述多核苦酸編碼的哪些多肽是免疫原性的。這可以通過用第二細胞(例如，巨噬細胞)接觸庫的每個成員來實現，所述第二細胞能夠內吞庫的細胞或病毒，并且在所述第二細胞的表面展示所述庫的表達的多肽的部分。例如，在美國專利No.6,008,415中描述了這個過程。第二細胞然后與來自早先感染上病原生物的生物體的CTL細胞、來自具有贅生物的生物體的CTL細胞、或來自早先具有贅生物的生物體的CTL細胞接觸。與CTL細胞接觸可以通過例如使用多聚曱醛固定第二細胞來進行。能夠結合呈遞的抗原/蛋白質部分的CTL將引起細胞因子的分泌。細胞因子分泌(例如，IFNy、IL-2或TNF的分泌)可以如本領域已知的來分析，例如，使用ELISA分析。在工作實施例中，如以下實施例4中所描述的篩選在此描述的C.frac/zowato庫。細胞毒T淋巴細胞用于本發明的方法中的CTL細胞的庫可以通過本領域已知的任何方法來得到。一般地，在篩選針對病原生物的抗原時，從早先被病原體感染的哺乳動物制備CTL細胞。這種制品將含有對來自病原體的抗原特異的CTL細胞。C.frac/wmato特異性CTL可以如下從小鼠中引發。用107IFU的C.rrac/zowato注射小鼠。14天后，小鼠;故安樂死，收獲脾臟。脾臟通過70jum篩子來碎化，產生脾細胞的單細胞溶液。利用本領域中標準的MACS分離方案，使用結合到MACS磁性珠子的a-CD8抗體從脾細胞中分離CD8+T細胞(參加，例如，可從MiltenyiBiotecInc.,Auburn,Calif.獲得的MACS技術)。分離的CD8+細胞添加到24孔平皿中相同單體型的巨噬細胞，所述巨噬細胞在18小時之前用CJrac/zomato感染。在含有IL-2的培養基中添加來自幼稚小鼠的照射的脾細胞作為飼養細胞。細胞孵育10天，在這期間，CJrac/zomaW特異性T細胞被感染的巨噬細胞刺激并復制。在第10天，利用在18小時前C./rac/zomato感染的巨噬細胞和照射的脾細胞再次刺激T細胞。重復這個過程，直到存在足夠數量的T細胞來篩選整個庫。對于用于針對贅生性細胞例如乳腺癌細胞的抗原的篩選的CTL細胞的制備，使用完整的腫瘤RNA產生特異于乳腺癌的多克隆CTL庫。然后使用已知的胂瘤相關抗原驗證CTL庫(附圖U)。例如，如Hasselletal.(Immunology79:513-519,1993)所描述的，CTL細胞可以從人類受試者克隆。實施例4未知抗原的篩選庫的冷凍等分量(總共10個96孔平板)被解凍，添加到巨噬細胞，所述巨噬細胞在前一天播種到10個96孔平板中。平板孵育2小時，洗滌并用1%多聚曱醛固定來殺死巨噬細胞并穩定任何I類MHC-肽相互作用。然后再次洗滌細胞來除去多聚曱醛。未知特異性的C.frac/wwa^特異性CD8+T細胞然后添加到每個反應孔中。如果T細胞識別的表位被呈遞在給定的反應孔中，T細胞將變為活化的。通過使用IFNyELISA試劑盒策略18-20小時培養后每個反應孔的上清液中存在的IFNy的數量，檢測T細胞活化(參見附圖12)。這也可以伴隨著測試活化的T細胞釋放的其他細胞因子例如IL-2。含有比所有其他反應孔高得多濃度的IFNy的任何反應孔暗示了庫中的相應衣原體蛋白質是可能的抗原。對于任何可能的抗原，重復該過程來確保命中不是假陽性的。如果在第二次篩選中抗原活化了T細胞，ORF被認為是抗原，并且繼續進行表位鑒定。表位鑒定一旦鑒定了多肽抗原，常常希望的是鑒定CTL細胞應答的所述多肽內的表位。這可以通過使用本領域已知的的克隆技術重復地分析多肽的每個部分來實現，或可以使用系統如Erase-a-Base試劑盒(Promega)來實現。如在此描述的針對CTL細胞來篩選截斷的多肽，以確定多肽的哪些部分是產生免疫原性反應所需的。在一個實施方式中，T細胞系所識別的特定肽表位通過使用來自Promega的Erase-a-Base試劑盒產生完整抗原序列的嵌套刪除來鑒定。含有抗原序列的質粒克隆首先用Nhel和AatII消化。Nhel切割產生靠近ORF的3'末端的適當的5'突出，以容許Erase-a-Base試劑盒中的核酸酶沿抗原序列裂解3'-5',而AatII切割位點的3'突出防止核酸酶從另一個方向上消化并且除去藥物抗性盒的序列。一旦使用限制性內切酶切割了質粒，根據試劑盒所提供的方案，Erase-a-Base試劑盒^L用于在編碼抗原的序列中產生一系列3'截斷物。這些截斷物被連接并轉化到含有質粒的5".co"中來表達cLLO。然后如上所述用CE6噬菌體誘導蛋白質表達。當表達時，截斷物將產生缺少它們C-末端肽序列的不斷增加的數量的蛋白質。然后使用以上闡述的原始的T細胞系重新篩選不同的截斷物克隆。不再活化T細胞系的克隆喪失了T細胞系識別的表位的序列。確定了不再含有表位的最大的截斷物克隆以及仍然含有表位的最短的截斷物克隆的序列。表位的3'邊緣的位置存在于最短的陽性克隆含有的以及最大的陰性克隆不含有的肽序列中。合成了這個序列的重疊的8-10mer肽。肽然后在巨噬細胞上脈沖，篩選它們活化T細胞系的能力。能夠活化T細胞系的肽^皮i^為是表位。CT788本發明特征還在于CT788(Ctal)多肽和其片段(例如，包括CT788蛋白質的氨基酸133-152的免疫原性片段(SEQIDNO:2)和在表1中列出的那些(SEQIDNO:3-154)(例如，表1中列出的免疫原性片段))，包括CT788蛋白質或其片段的藥物和疫苗組合物(例如，在此描述的那些)，以及通過施用CT788或其片段(例如，免疫原性片段)(例如，在此描述的片段)用于治療或預防細菌感染(例如，衣原體感染)的方法。C77SS#為Crac/wmatoW^定雖然病原體特異性TCRtgT細胞早先已經在其他傳染性疾病模型中使用(Butzetal.,/扁廳'(y8:167-75,1998;Sanoetal.，￡"平她d194:173-80,2001;Romanetal.,J.￡平她d196:957-68,2002;Colesetal.,丄/畫訓/.168:834-838,2002;McSorleyetal.，/畫廳.(y16:365-377,2002),以下描述的NR1小鼠是具有特異于感染生殖道的病原體的T細胞的第一種TCRtg小鼠。早先，不可能的是檢查對生殖器病原體例如CJmc/zomato的T細胞反應，因為難以在體內鑒定和跟蹤特異于生殖器抗原的幼稚T細胞。特別是，不能夠遺傳地修飾CJrac/zom"^來表達異源T細胞表位，以及缺乏明確定義的衣原體特異性CD4+T細胞抗原，使得難以研究對這種生殖器病原體的T細胞反應。由于在衣原體感染期間識別的鼠CD4+T細胞抗原早先沒有被定義，原始的衣原體特異性T細胞反應的分析限于檢查對未確定的抗原的多克隆T細胞反應(Cainetal.，/"/e"./mmw"o/.63:1784-1789,1995)。在這些早先的實驗中，研究人員不能夠區分真正的衣原體特異性T細胞反應和旁觀者T細胞活化，旁觀者T細胞活化已經顯示了在許多其他的傳染性疾病才莫型中促進總體響應(Yangetal.,丄/mwimo/.136:1186-1193,1986;Toughetah，/附mw"o/.Wev.150:129-142,1996)。如以下描述的，我們筌定了CD4+T細^^抗原Ctal(CT788)，其容許檢測CJrac/zomato感染期間刺激的抗原特異性T細胞反應。由于N-末端信號序列，這種抗原預計是細胞周質蛋白，但是它的功能是未知的(Stephensetal.，S"e匿282:754-759,1998)。Ctal在所有已經測序的C^ac/2omato血清型中是保守的，包括引起生殖道感染、眼睛感染和LGV的那些血清型。Ctal在自然感染后刺激保護性T細胞，表明這個蛋白質可能在針對C.frac/zomato的免疫中起到重要作用。在研究T細胞與抗原的起始遭遇中的另一個困難是在未免疫的動物中病原體特異性T細胞的低的前體頻率。其他研究人員試圖通過將未知特異性的T細胞克隆轉移到衣原體感染的小鼠中來提高衣原體特異性T細胞的頻率(Hawkinsetal.,/"/e"./柳臓朋/.68:5587-5594,2000;Hawkinsetal.,/"/e"./m附w"o/.70:5132-5139,2002)。因為轉移的T細胞是經歷了抗原的，并已經通過多輪的重新刺激來增殖，這些T細胞的反應不能被用于才莫擬幼稚T細胞與CJrac/zomato的起始遭遇。為了克服早先的方法的局限性以及研究初始的衣原體特異性T細胞反應，我們開發了NRl,—種特異于Ctal的TCRtg小鼠系。在此，NR1細胞向未免疫的小鼠中的繼承轉移被用于提高幼稚的、衣原體特異性T細胞的頻率，而仍然維持接受者動物中的多克隆T細胞環境(Papeetal.,/mmw朋/.i^v.156:67-78,1997)。然后檢查衣原體特異性T細胞對感染的鼠生殖道的反應。采用了感染模型，其中用人類C.frac/zomato血清型L2接種小鼠的子宮。這種傳染途徑早先已經用于初免衣原體特異性T細胞，其隨后可以從脾臟培養(Starnbachetal.,/"/e"./國,/.63:3527-3530,1995),還展現了在小鼠中引起輸卵管炎(Tuffreyetal.,J.尸W/zo/.67:605-16，1986;Tuffreyetal.,J.尸W/zo/.(Oxford)71:403-10,1990)。其他研究使用了不同的衣原體物種C/z/^^Jzamwn^nm2作為感染的小鼠模型。已知C.mwn^n/m不感染人類，但是當接種到雌性小鼠的陰道宮頂中時引起上行性感染。然而，我們不能使用這種模型，因為我們的Ctal特異性T細胞不識別C.mwni/wwm感染的細胞(數據未顯示)，表明C.frac/zomato中的Ctal表位在C.mw7'&nw2中的Ctal同源物中可能不是保守的。利用CJrac/zo附ato的人類血清型的子宮內感染，衣原體特異性T細胞在生殖道中展現了響應于感染的Thl反應。當仍處于ILN中時這些細胞分泌IFNY,在遷移到感染的生殖道中之后繼續分泌。IFNy長期被暗示作為衣原體清除中的關鍵效應物，但是也可能是與感染相關的組織病理的原因。在體外，IFNy增強吞噬細胞控制衣原體復制的能力(Rottenbergetal.,C群.(9—./mw,/.14:444-451,2002)。在體內，對衣原體感染的敏感度在IFNYV-小鼠中增加，轉移到小鼠中的衣原體特異性t細胞如果分泌IFNy僅僅看起來是保護性的(Loomisetal.,Cwr.一".Mcra6M5:87-91,2002)。除了它在保護中的作用之夕卜，IFNy在體外誘導衣原體發展成持續狀態(Rottenbergetal.,Cwm(9戸力./mmwo/.14:444-451,2002;Hoganetal.,/w/ect/mmimo/.72:1843-1855,2004.),有證據的是，生物體在某些人類感染中存留(Villarealetal.,JW/znto."化4:5-9,2002)。衣原體的存留或重復感染可能促進體內的組織結宛(Beattyetal.,A^cra&o/.Aev.58:686-699，1994)。才艮據I，NY促進組織病理的假說，相對于來自對照患者的淋巴細胞，來自患有與Chlamydia相關的輸卵管因素不育的患者的淋巴細胞響應于衣原體分泌高水平的IFNy(Kin醒enetal.,C//w.￡"平/附mwwo/.131:299-303,2003)。在我們的^t型中，在ILN中NR1T細胞上CD69的增量調節不會發生，直到生殖器感染之后三天，增殖不會發生，直到感染后四天。在子宮內衣原體接種和NR1細胞的活化之間的時期可以確定衣原體抗原移動進入導液淋巴結所需的時間量，在導液淋巴結中抗原可以活化幼稚T細胞。這個時間顯著地晚于全身感染之后在脾臟中誘導的增殖(數據未顯示)。生殖器組織中免疫系統的元件與腸組織中的那些相比是較少被表征的，但盡管如此這兩種粘膜表面之間的差異是明顯的。不同意腸腔，生殖器粘膜缺少有組織的淋巴元件(Parretal.，說o/.A^rat/.44:491-498,1991;Nandietal.,/mmw"o/.5:332-338,1993)。雖然腸腔具備可以直接采樣腔內容物的Peyer's膜片，T淋巴細胞針對生殖器病原體的淋巴細胞的起始必須在生殖器粘膜外部發生，也許是在ILN中，ILN將抗原從生殖道中導出(Parretal.,J."e/rad/mmwwo/.17:101-14,1990;Cainetal.,/w/e"./mmwwo/.63:1784-9,1995;Hawkinsetal.，/w/e"./mww"o/.68:5587-94,2000;Nandietal.，Weg./wmw"o/.5:332-338，1993)。例如，對腸的病原體e"&nca特異性的T細胞已經;故證明在口腔感染后幾個小時在Peyer's膜片中活化，這些淋巴結中的T細胞直到感染后兩天廣泛地增殖(McSorleyetal.,/mmwmXy16:365-377,2002)。衣原體抗原從生殖器表面遷移到ILN所需的時間量可以解釋在感染后三天之前NR1活化的缺乏。生殖器和腸粘膜也在對征募淋巴細胞負責的細胞表面粘附分子方面不同。淋巴細胞上的a4P7整聯蛋白與腸內皮上的MAdCAM-1粘附分子之間的相互作用介導T淋巴細胞向腸粘膜的征募，這樣的相互作用看起來在向生殖器粘膜的征募中不起到重要作用(Rottetal.,/mmwwo/.156:3727-2736,1996;Perryetal.,J./mmwwo/.160:2905-2914,1998)。早先展現的是，T細胞可以保護小鼠免于衣原體感染(Starnbachetal.,/mmwwo/.,153:5183-9,1994;Starnbachetal.，J",/wwwwo/.,171:4742-9,2003)。然而，早先不可能的是確定幼稚的衣原體特異性T細胞首先遭遇抗原的時間和地點，它們在活化之后如何運輸，以及它們增殖的時間和地點。分析這些早期事件方面的主要局限是幼稚衣原體特異性T細胞的低的前體頻率。然而，我們現在產生了第一種研究衣原體特異性幼稚T細胞的反應的工具一一T細胞受體(TCR)轉基因小鼠。o>rr為了鑒定衣原體特異性TCR用于TCR轉基因小鼠的創造，我們產生了衣原體特異性CD4'T細胞克隆，稱為NR9.2。當在細胞內細胞因子染色分析中與衣原體感染的巨噬細胞共培養時，這個克隆特異性地分泌IFNy(附圖13A)。此外，這個克隆的繼承轉移保護幼稚小鼠免于衣原體感染(附圖13B)。篩選了基因組數據庫中含有的C./rac/2oma似ORF表達的蛋白質的庫。在我們篩選的894個ORF中，僅表達由CT788編碼的蛋白質的五.co//(附圖14)刺激NR9.2分泌顯著性水平的IFNy(附圖15)。CT788在公開的CJrac/wmWs基因組中被注釋為未知功能的預測的周質蛋白質(Stephensetal.，282:754-759,1998),它的序列與衣原體屬之外的蛋白質具有微小的同源性。CT788被稱為Ctal(衣原體特異性T細胞抗原1)。來自NR9.2克隆的表達TCR的小鼠我們然后產生了來自NR9.2克隆的表達TCR的小鼠。來自所產生的TCR轉基因小鼠的外周血單核細胞表達與衍生它們的T細胞克隆一樣的相同的可變鏈元件(Va2、VP8.3)。我們將來自NR9.2的重排的基因組TCRoc和TCRP序列克隆到表達載體中，并將這些構建體注射到C57BL/6受精的卵母細胞中。假孕的雌性接受者然后植入所述卵母細胞，使用對NR9.2TCR特異的引物篩選出自寄母的單獨的幼仔。鑒定出TCRtg創立者系，稱為NR1。為了確認NR9.2TCR在NR1中的轉基因細胞上表達，測試了來自這些動物的外周血的細胞的Voc2和VP8.3TCR元件的表達。Voc2和VP8.3是原始的NR9.2T細胞克隆表達的可變鏈(數據未顯示)。顯著百分比的來自轉基因小鼠的外周血的CD4+T細胞的表達Voc2和VP8.3(附圖16A),表明來自NR9.2的TCRa和TCRP轉基因被有效地表達。轉基因細胞也是CD691。、CD251。、CD62Lhl、CD441。和CTLA41。，表明它們是幼稚的T細胞(數據未顯示)。為了確定NR1轉基因T細胞是否對Ctal是特異性和反應性的，我們測試了轉基因的脾臟細胞響應于Ctal133_152(參見附圖14,SEQIDNO:2)的增殖。來自幼稚NR1小鼠的脾臟細胞顯示了對Ctal133-152的強的增殖反應(附圖16B)。NRl脾臟細胞也響應于這種肽分泌高水平的IFNY(數據未顯示)。相比之下，來自NRl的脾臟細胞不響應于來自卵清蛋白的對照肽0￥八323-336增殖(數據未顯示)。為了確定NR1轉基因T細胞是否在體內響應衣原體，來自NRl小鼠的脾臟和外周淋巴結的三千萬個細胞用熒光染料羰基熒光素雙醋酸34琥珀酰亞胺基酯(CFSE)來標記并繼承性地轉移到C57BL/6接受者中。大約10%的NR1細胞是表達Ctal特異性TCR的CD4+T細胞(數據未顯示)，轉移的群體含有大約3x106個Ctal特異性T細胞。CFSE標記的NR1轉基因細胞在轉移到未感染的接受者小鼠中之后保持了高水平的CFSE,表明轉基因細胞在沒有感染的情況下不分裂。在接受CFSE標記的轉基因細胞的其他C57BL/6動物中，用107IFU的C.frac/20wato^爭脈內地感染動物。用于感染的C.frac/zow"^生物體是血清型L2，其與人類中性病性淋巴肉芽腫(LGV)相關，或是血清型D,其與典型的人類生殖道感染相關。在用C./rac/zoma^血清型感染三天之內，轉基因細胞廣泛地增殖(附圖17)。我們還觀察到NR1細胞的增殖特異于CJrac/zomato感染。當接受NR1細胞的動物用5Wwo"e〃ae"&nca或Zj'Wen'awowocyfoge"es,爭月永內；也感染時，砵爭基因的T細月包不被刺激增殖。由于其他的對照展現了具有其他特異性的TCRtgT細胞在接受者小鼠中不會響應Cfrac/zomato感染，我們顯示了卵清蛋白特異性OTII轉基因T細胞響應于具有佐劑的卵清蛋白增殖(數據未顯示)但是不響應于C.frac/wma〃、感染(附圖17)。為了研究在粘膜感染的環境中CD4+T細胞對C./rac/zowa似的反應，用CFSE標記的轉基因細胞繼承性地轉移的Thyl.l(CD90.1)接受者小鼠用CJrac/wma似L2在子宮角中感染。使用Thyl.l接受者小鼠，供體轉基因細胞容易地區分于接受者動物中的內源細胞。轉基因細胞的活化狀態通過檢查早期活化標記物CD69以及來自嫁淋巴結(ILN)的T細胞上幼稚T細胞標記物CD62L的細胞表面表達來評定，ILN將來自生殖道的抗原導出(Parretal.,J.i^/rad/mmw"o/.17:101-14,1990;Cainetal.，/"/e"./mmwwo/.63:1784-9，1995;Hawkinsetal,/"/e"./附mwwo/.68:5587-94,2000)。在感染后五天除去ILN，4金查淋巴結中的NR1T細胞的CD69增量調節和CFSE熒光的損失。未感染的小鼠中的轉基因細胞主要時未活化的(CD691。)并且是幼稚表型的(CD62Lhl)。在感染之后，CD69在經歷了幾輪細胞分裂的細胞上增量調節，在經歷了進一步輪數的分裂后的細胞上減量調節。CD62L在廣泛地分裂的轉基因細胞的亞群上減量調節(附圖18A)。而T細胞增殖在非導液淋巴結中是弱的，在導液淋巴結中感染后四天觀察到廣泛的T細胞增殖(附圖18B)。在活化和增殖之后，轉基因細胞也被征募到感染的小鼠中的生殖器粘膜上(附圖18C)。如附圖18A所示，來自感染的動物的顯著數量的NR1T細胞顯示了CFSE的漸進性的稀釋，表明發生了廣泛的增殖。此外，新近分裂的(CFSEmed)NR1T細胞表達高水平的CD69,表明這些細胞新近也已經被活化。一旦NR1細胞經歷了廣泛的增殖(CFSE1。)，它們表達更低水平的CD69。這些結果與CD69作為早期T細胞活化標記物一致，其僅在抗原遭遇之后短暫地增量調節(Ziegleretal.,汾emO仏12:456-65,1994;Cochranetal.,/wmwm(y12:241-50,2000)。來自模擬感染的接受者的ILN的細胞是CFSEW的，并且不增量調節CD69,表明它們沒有被活化。有趣地，在感染的接受者中存在著相似的CFSEh^D691。NR1細胞群體。這些可以是不遭遇抗原的細胞，或者它們可以是由于內源的TCR重排不表達合適的Ctal特異性TCR的細胞(vonBoehmer,Wev./mmwwo/.8:531-556,1990;Balomenosetal.,丄/mmwwo/.i55:3308-3312,1995)。活化的T細胞的其他特征包括幼稚標記物CD62L的減量調節和活化分子CD44的增量調節。為了確認NR1細胞在衣原體生殖器感染之后被活化，分析了CD62L和CD44在來自接受者小鼠的ILN的轉移的CFSE標記的NR1T細胞上的表達。感染后七天，廣泛地增殖的NR1T細胞的子集(CFSE1。)降低了CD62L的表達(附圖18A)。相反，在才莫擬感染的和感染的接受者中未分裂的(CFSE1。)NR1細胞主要是CD62Lhl。除了顯示CD621表型之外，效應物T細胞一般表達高水平的活化標記物CD44。來自感染的接受者的ILN的增殖的NR1T細胞完全地是CD44hi(附圖18A)。因而，NR1細胞在衣原體的生殖器感染之后的小鼠的ILN中-故活化并增殖。NR1細胞的廣泛的增殖在ILN中優先地發生。為了確^人在ILN中NR1細胞的活化和增殖由生殖道向這些淋巴結的抗原導引所引起，在ILN中NR1細胞的反應與不導引生殖道的淋巴結(非導引淋巴結，NDLN)中的反應比4交。長時間監一見T細胞活化和增殖來確保在觀察倒感染的過程時在NDLN中出現了任何活性。3x107個CFSE標記的NR1細胞轉移到CD90.1小鼠中。小鼠然后在子宮中用106IFU的CJrac/wmato血清型L2感染。然后在感染后不同的時間收獲淋巴結。在ILN中，在感染后三天開始在NR1細胞上見到CD69的增量調節。感染后四天，觀察到CD62L的減量調節和CD44的增量調節。活化標記物的獲得在來自ILN的NR1細胞中優先地發生，在來自NDLN的NR1細胞中不發生(數據未顯示)。因而，NR1細胞在衣原體的生殖器感染之后的ILN中被特異性地活化。通過在感染后各個時間監視轉移的NR1細胞的增殖，我們確認了NR1細胞在ILN中優先地遭遇抗原。在ILN中感染后兩天和三天NR1細胞主要時CFSE^的，表明這些細胞在這些早期時間點沒有增殖(附圖19),但是ILN中的NR1細胞在感染后四天內廣泛地增殖。雖然NR1細胞在感染的四天也在NDLN中增殖，數量顯著地低于在ILN中見到的。相對于在ILN中，在NDLN中的增殖NR1細胞含有更低水平的CFSE,并且不表達顯著性水平的CD69(數據未顯示)，表明這些細胞在活化之后從其他位點遷移到NDLN。NR1T細胞在NDLN中的顯著擴展甚至在感染后一周也不發生(數據未顯示)，再一次表明NR「細胞的增殖優先地在ILN中發生。ILN中的NR1細胞發展了分泌IFNY的能力。為了檢查抗原活化的NR1細胞成為效應物T細胞的分化，我們確定了增殖的NR1細胞響應于C.^rac/zowato感染分泌效應物細胞因子。3xl07CFSE標記的NR1細胞轉移到CD90.1同基因小鼠中，然后這些小鼠在子宮中用106IFU的CJrac/zoma^血清型L2感染。六天后除去ILN,通過流式細胞計分析NR1t細胞的細胞因子的產生。增殖的NR1細胞(cfse1。)分泌ifny,而非增殖的細胞(CFSEhi)不分泌IFNy(附圖20)。NR1細胞不分泌IL-4(數據未顯示)。因而，在衣原體的生殖器感染之后，NR1細胞優先地分化成Thl表型的效應物T細胞。經歷了抗原的NR1細胞移動到生殖道。在活化之后，效應物T細胞一般被征募到感染的位點，在此它們促進病原體的消除(Swainetal.,Adv.Exp.Med.Biol.512:113-120,2002;Gallichanetal.,J.Exp.Med.184:1879-1890,1996)。為了確定衣原體特異性NRl細胞是否遷移到小鼠中生殖器感染的位點，3x1C^CFSE標記的NRl細胞轉移到CD90.1同基因小鼠中。這些接受者在子宮中用106IFIH々Cfrac/wma&血清型L2感染。然后分離生殖道組織，測定轉移的衣原體特異性T細胞的存在。與才莫擬感染的動物中相比，在CJrac/zom"to感染的動物的生殖器粘膜中觀察到顯著更多的NR1細胞(附圖18C)。征募到生殖道中的轉基因細胞具有經歷了抗原的細胞的表型(CFSE1。CD62L1。CD44hi)并且分泌IFNY(附圖21A和21B)。概括地說，分泌IFNY的活化的NR1TCRtgT細胞響應于C.rrac/zomato感染被征募到生殖器粘膜中。Ctal的抗原性片段為了更精密地繪制NR9.2T細胞所識別的Ctal內的表位，篩選了覆蓋Ctal序列的一系列重疊20-mer肽刺激NR9.2分泌IFNY的能力(表2)。20-mer肽Ctal133國152(KGIDPQELWVWKKGMPNWEK;SEQIDNO:2)誘導NR9.2分泌顯著性水平的IFNy(附圖22),確認了這些C.frac/zomato特異性T細胞對這20個氨基酸內的表位的特異性。表2:抗原/t細胞系、肽和策略的IFNy(ng)(seqIDNO:2和156-171)表2:抗原/T細胞系,肽和策略的IFNy(ng)(SEQIDNO:2和156-171)<table>tableseeoriginaldocumentpage38</column></row><table>通過篩選這個20-mer的刪除肽，可以鑒定NR9.2的活化所需的最小序列。表位序列可以包括Ctal133-152的3、4、5、6、7、8、9、10、11、13、14、15、16、17、18和19個氨基酸片段，可以包括Ctal133.152片段的N-末端或C-末端刪除，或N-和C-末端刪除的組合(參見，例如，表1)。進一步的，也可以類似地鑒定在Ctal的其他區域的抗原性肽或使用其他T細胞克隆。本發明的組合物和方法可以包括或采用在此描述的表位片段的組合。Ctal片段的抗原性可以使用本領域已知的方法和在此描述的方法來測定。如下地進行如上所述的實一險。小鼠.C57BL/6J(H-2b)、B6.PL-thyla0Cy(CD90.1同基因的)和OTII小鼠獲自JacksonLaboratory。組織培養.骨髓衍生的樹突狀細胞(BMDC)和骨髓衍生的巨喧細胞(BMM)如早先描述的培養(Steeleetal.，/./m應即/.173:6327-6337，2004;Shawetal.,/"/e"./扁畫/74:1001-1008,2006)。細菌的生長、分離和檢測。Cfrac/wwa^血清型L2434/Bu和CJrac/zoma^血清型D(UW-3/Cs)的基本體(EB)如早先描述的增殖和定量(Stambachetal.,/畫畫/.171:4742-4749,2003)。^/w,〃ae"fenca血清型Typhimurium(ATCC14028)在Luria畫Bertani(LB)培養基中在37。C生長。單核細胞增多性李斯特桿菌10403s生長在3(TC的腦心浸液(BHI)培養基(Difco/BectonDickinson,Sparks,MD)中。NR9.2T細胞克隆的產生.來自小鼠的脾細胞在用C.frac/zomato血清型L2感染后21天分離，與照射的(2,000rads)BMDC、UV失活的C.frac/zowato血清型L2和幼稚的同基因脾細胞在RP-10(添加10%FCS、L-谷氨酰胺、HEPES,50juM2-PME、50U/ml的青霉素和50|ug/ml鏈霉素的RPMI1640)中與oc-甲基甘露糖苷和來自伴刀豆凝集素A刺激的大鼠脾臟細胞的5%上清液培養。使用DynabeadsMouseCD8(Invitrogen)從培養物中耗盡CD8+T細胞。用CUrac/wwato脈沖的BMCD每七天重復刺激CD4+T細胞。一旦建立了C.frac/zomato特異性CD4+T細胞，通過限制稀釋分離T細胞克隆NR9.2。T細胞抗原Ctal的鑒定.來自Crac/2omato血清型D的基因組序列的表達庫被插入到pDEST17載體(Invitrogen)的修改的形式中，并轉化到Eco"的Stbl2菌抹(Invitrogen)中。在蛋白質表達的誘導之后，細菌固定在0.5%多聚曱醛中并與BMM孵育。然后添加NR9.2細胞，在24h之后，通過ELISA(Endogen,Rockford，IL)測試上清液的IFNy水平。為了見到Ctal內的反應性肽表位，在IFNyELISA(Endogen)中以25juM的濃度使用合成的20-mer肽(MITBiopolymersLab，Cambridge,Mass.)。流式細胞計和抗體.特異于CD4、CD90.2、Va2、VP8.3、CD69、CD25、CD44、CD62L、CTLA-4、IFNy和IL畫4的抗體購自BDBiosciences(SanDiego,Calif.)。數據在BDBiosciencesFACSCaliburTM流式細胞計(SanJose,Calif.)上收集，用CellQuestTM軟件分析。通過在存在GolgiPlugTM試劑(BDBiosciences)的情況下與衣原體感染的BMM(MOI5:1)孵育NR9.2T細胞來進行細胞內細胞因子染色。通過在存在PMA(50ng/ml,MPBiomedicals,Solon,Ohio)、離子霉素(1|ug/ml，Sigma,St.Louis,Mo.)和GolgiPlugiM試劑(BDBiosciences)的情況下刺激細胞4小時，進行NR1轉基因細胞的細胞內細胞因子染色。細胞用Cytofix/CytopermPlus試劑盒(BDBiosciences)滲透。PE結合的大鼠IgGl(BDBiosciences)^皮用在同種型對照抗體。NR1TCRtg小鼠產生.來自NR9.2的重排的TCR使用了Voc2Joc16和VP8.3DJP1.2受體鏈。基因組TCR序列被克隆并插入TCR載體pTa和pTP的建議的限制性位點(Kouskoffetal.,丄/畫畫/淑Ws180:273-80,1995)。原核的DNA序列在注射到受精的C57BL/6J的生殖核中之前從兩個載體中除去。TCR轉基因創立者通過PCR來鑒定。通過用特異于Vcc2和V(38.3的抗體染色來自小鼠的眼窩血液的樣品，隨后通過流式細胞計來進行常規篩選以鑒定轉基因小鼠。NR1細胞的繼承轉移、小鼠的感染和來自小鼠的組織的制備.脾臟和外周淋巴結分離自NR1TCRtg小鼠并用染料CFSE(5juM，MolecularProbes,Eugene,Ore.)標記。用3xl()7個NRl細胞i.v.注射接受者小鼠。在細胞的轉移之后一天感染小鼠。在標明的地方，小鼠用107IFU的C/rac/2cwa"s,3x103CFU的丄.mowocj^ogew^、或5x103CFU的&ew&nca靜脈內地感染。為了感染生殖道，在感染之前一周用2.5mg的安宮黃體酮皮下地處理小鼠以將小鼠同步到發情狀態(Perryetal.，/w/e"./mmwwo/.67:3686-3689,1999;Ramseyetal.,/"/e"./mmwwo/.67:3019-3025，1999)。通過用106IFU的C.frac/zomato血清型L2接種子宮角來進行子宮內的感染。在感染后各個時間，制備脾臟、ILN或取自腋下和頸部淋巴結的NDLN的單細胞懸浮液，染色，如上所述通過流式細胞計分析。為了從生殖器粘膜分離淋巴細胞，從小鼠中取下生殖道(輸卵管、子宮和宮頸)，用膠原酶(XI型，Sigma)消化一小時，之后染色和流式細月包計。細胞內細胞因子染色.骨髓衍生的巨噬細月包用5:1MOI的CJrac/wmW^L2感染16-18小時。以效應物比目標比例5:1添力口T細胞，在存在布雷菲德菌素A(Pharmingen)的情況下孵育另外6小時。為了IFNy的存在，對細胞進行滲透和染色。然后在FACScan流式細胞計上使用標準的流動細胞技術來分析細胞。保護分析.在T細胞重新刺激后10天，107個T細胞用PBS洗滌兩次，繼承性地轉移到C57BL/6接受者小鼠中。然后小鼠用1(^IFU的CJrac/zoma^L2i.v.感染。三天后脾臟在McCoy細胞單層上滴定。作為對照，幼稚小鼠和衣原體免疫小鼠也用C.frac/wmatoL2感染，三天后滴定脾臟。子宮內的感染.CUrac/wm"似的子宮內感染通過用106IFU的CJrac/wma似L2的子宮角外科接種來進行。收獲導液(骼的)和非導液(腋下的、子宮頸的、顎的)淋巴結，在FACScan流式細胞計上使用標準的流動細胞計技術分析單細胞懸浮液。CT788多肽表達編碼多核苷酸分"^或其片段"的全部或部分轉化來產生。'分子生物學領域的技術人員將理解各種各樣的表達系統的任何一種可以用于提供多肽CT788或其片段。所使用的確切宿主細胞對于本發明不是關鍵的。CT788多肽或其片段可以在原核宿主(例如，￡.co/0中或在真核宿主(例如，釀酒酵母、昆蟲細胞，例如Sf21細胞，或哺乳動物細胞，例如NIH3T3、HeLa或優選的COS細胞)中產生。這樣的細胞可以從廣泛的來源獲得(例如，美國典型培養物保藏所，Rockland,Md.;還參見，例如，上文的Ausubeletal.)。轉化或轉染的方法和表達媒介物的選擇將取決于選擇的宿主系統。例如，在Ausubeletal.(上文)中描述了轉化和轉染方法；表達i某介物可以從例如CloningVectors:ALaboratoryManual(Po而els,P.H.etal.，1985,Supp.1987)中所提供的那些中選擇。一旦表達了重組CT788多肽或其片段，例如使用親和層析來分離它。在一個實例中，針對CT788多肽或其片段產生的抗體可以附著于柱上，并用于分離重組多肽。在親和層析之前攜帶多肽的細胞的裂解和分級可以通過標準方法來進行(參見，例如，Ausubeletal.,上文)。一旦被分離，如果希望，重組CT788多肽或其片段可以被進一步純化，例如，通過高效液相層析法(參見，例如Fisher,LaboratoryTechniquesInBiochemistryAndMolecularBiology,eds.，WorkandBurdon,Elsevier，1980)。CT788的短的片段也可以通過化學合成產生(例如，通過SolidPhasePeptideSynthesis,2nded.,1984ThePierceChemicalCo.,Rockford,111.中所描述的方法)。還包括在本發明中的時融合到異源序列的CT788蛋白或其片段，所述異源序列例如可檢測標記物(例如，可以直接或間接地檢測的蛋白質，例如綠色熒光蛋白，血球凝集素或堿性磷酸酶)、DNA結合結構域(例如，GAL4或LexA)、基因活化結構域(例如，GAL4或VP16)、純化標簽，或分泌信號肽。這些融合蛋白可以通過任何標準方法來產生。融合蛋白還可以包括與免疫原性蛋白的融合物，例如Ig蛋白質，例如，IgG、IgM、IgA或IgE或Ig蛋白的Fc區域。對于表達CT788融合蛋白的穩定的細胞系的產生，PCR擴增的CT788核酸可以克隆到哺乳動物表達載體的衍生物的限制性位點中。例如，pcDNA23(Invitrogen,Carlsbad,CA)的衍生物KA含有編碼流感病毒血球凝集素(HA)的DNA片段。做為選擇，可以使用編碼其他標簽例如c-myc或聚組氨酸標簽的載體衍生物。可以融合到CT788的其他序列包括提供免疫刺激功能的那些，例如白細胞介素-2(Fanetal.,爿cto說oc/nm.Bzo//z，.57".38:683-690，2006)、Toll樣受體隱5鞭毛蛋白(Huleattetal,，Kaccz"e8:763-775，2007)、猿免疫缺陷病毒Tat(Chenetal.，F固"e24:708-715，2006)、或C組鏈球菌的纖維蛋白原-白蛋白-lgG受體(Schulzeetal.,Kacczwe23:1408-1413，2005)。此外，可以添加異源序列以增加溶解度或提高半衰期，例如，親水性氨基酸殘基(Murbyetal.，五w.J.Aoc/zew.230:38-44,1995)、糖基化序列(SinclairandElliott,丄尸/ww7.5V/.94:1626-1635,2005)、或人絨毛膜促性腺激素或促血小板生成素的羧基末端(Leeetal.,腸c/z綴說—,LCo畫.339:380-385,2006)。疫苗產生本發明還提供了包括CT788多肽、CT788的片段(例如，免疫原性片段)、在本發明的方法中鑒定的任何多肽、或其片段(例如，免疫原性片段)的疫苗組合物。疫苗可以進一步包括其他的抗原性肽片段(例如，2、3、4、5、6、10個或更多不同的片段)。本發明進一步包括在個體、特別是人類中誘導免疫學反應的方法，所述方法包括用CT788多肽或其片段(例如，免疫原性片段)接種個體，在適合的載體中，目的是誘導免疫反應以保護個體免于感染，特別是細菌性感染，最特別的是衣原體感染。這種免疫學組合物的施用可以在已經經歷感染的個體中治療性地使用，或可以預防性地使用來預防感染。含有免疫原性多肽的疫苗的制備是本領域技術人員已知的。CT788多肽、CT788多肽的片段、本發明的方法中鑒定的多肽、或其片段可以充當疫苗接種的抗原，或者編碼多肽的表達載體或其片段或變體可以被體內遞送，以誘導免疫學反應，包括抗體的產生，特別是T細胞免疫反應。CT788多肽、在本發明的方法中鑒定的多肽、或其片段或變體可以融合到重組蛋白質，所述重組蛋白質穩定所述多肽、幫助它的溶解、促進它的產生或純化、或通過提供免疫系統的其他刺激來作為佐劑。在(Satoetal.，273:352,1996)中描述了包含本發明的多肽或核苷酸和免疫刺激性DNA序列的組合物和方法。一般地，疫苗以可注射的形式制備，作為液體溶液或作為懸浮液。適合于注射的固體形式也可以被制備作為乳劑，或與密封在脂質體中的多肽一起制備。疫苗抗原通常與藥學上可接受的載體組合，其包括任何載體，所述載體不誘導對接受所述載體的個體有害的抗體的產生。適合的載體一般包含緩慢代謝的大的大分子，例如蛋白質、多糖、聚乳酸、聚羥基乙酸、聚合的氨基酸、氨基酸共聚物、脂質聚合物、和無或許的病毒顆粒。這種栽體是本領域技術人員公知的。這些載體也可以作為佐劑起作用。佐劑是增強疫苗有效性的免疫刺激試劑。有效的佐劑包括但不限于，鋁鹽，例如氫氧化鋁和磷酸鋁、胞壁酰肽(例如，胞壁酰二肽)、細菌細胞壁成分、皂角苷佐劑、和作為免疫刺激試劑來增強組合物的有效性的其他物質。其他佐劑包括脂質體制劑、合成佐劑，例如皂角苷(例如，QS21)、單磷酰基脂質A和聚膦嗪。本發明的免疫原性組合物，例如CT788多肽、CT788片段、在本發明的方法中鑒定的多肽、或其片段、藥學上可接受的載體、和佐劑一般還含有稀釋劑，例如水、鹽水、甘油、乙醇。還可以存在輔助物質，例如濕潤劑或乳化劑、pH緩沖物質，等等。蛋白質可以被配制為中性或鹽形式的疫苗。疫苗一般通過注射胃腸外地施用；這種注射可以是皮下的、皮內的、肌肉內的、靜脈內的或腹膜內的。其他制劑適合于其他施用形式，例如通過栓劑或口服地。口服組合物可以作為溶液、懸浮液、片劑、丸劑、膠嚢、或持續釋放制劑來施用。疫苗還可以通過眼睛、鼻內的、胃、肺部的、腸、直腸、陰道、或泌尿道途徑來施用。施用可以以單劑量或間隔重復地施用。適合的劑量取決于本領域技術人員理解的43各種的參數，例如，疫苗本身的性質、施用途徑、以及要接種的哺乳動物的狀況(例如，體質、年齡、哺乳動物的一般健康狀態)。此外，疫苗也可以被施用給個體來產生多克隆抗體(使用標準方法從血清純化的或分離的)，其可以用于被動免疫個體。這些多克隆抗體也可以充當免疫化學試劑。抗原性肽(例如，CT788肽，如包括CT788133-152或其任何片段的在此描述的那些)也可以作為融合肽來施用。例如，多肽或多肽衍生物可以融合到具有佐劑活性的多肽，例如，霍亂毒素的B亞單位，或五.co//熱不穩定毒素。幾種可能性可以用于實現融合。首先，北方面的多肽可以被融合到具有佐劑活性的多肽的N-或C-末端。第二，多肽片段可以融合在具有佐劑活性的多肽的氨基酸序列之內。藥物組合物除了疫苗之外，本發明還提高了藥物組合物，其包括使用本發明的方法答定的多肽或其片段，或包括CT788多肽或其片段(例如，免疫原性片段或在此描述的任何片段)的組合物。這種組合物可以摻入藥物組合物中，分散在藥學上可接受的載體、媒介物或稀釋劑中。在一個實施方式中，所述藥物組合物包括藥學上可接受的賦形劑。本發明的化合物可以根據當前的描述通過任何合適的方法施用，例如，取決于它們的預定用途、如本領域中公知的。例如，如果本發明的化合物將口服地施用，它們可以被配制為片劑、膠嚢、微粒、粉劑或糖漿。做為選擇，本發明的制劑可以作為注射(靜脈內的、肌肉內的或皮下的)、滴注制品或栓劑胃腸外地施用。對于通過眼粘膜途徑的應用，本發明的化合物可以被配制為滴眼劑或眼膏。這些制劑可以通過常規方法制備，如果希望，化合物可以與任何常規的添加劑，例如賦形劑、粘合劑、崩解劑、潤滑劑、矯正劑、增溶劑、懸浮助劑、乳化劑或包被劑混合。受試者化合物可以適合于口服、鼻部、表面(包括口腔的和舌下的)、直腸、陰道、氣霧劑和/或腸胃外的施用。制劑可以方便地以單位劑量形式存在，可以通過藥學領域任何公知的方法來制備。與載體材料組合產生單劑量的試劑的數量可以取決于治療的受試者和施用的特定模式而變化。適合于腸胃外施用的本發明的藥物組合物包括補充劑的一種或多種成分，和一種或多種藥學上可接受的無菌等滲水性或非水性溶液、分散體、懸浮液或乳劑，或可以在即將使用之前恢復成無菌可注射溶液的無菌粉末，其可以含有抗氧化劑、緩沖劑、抑菌劑、使得制劑與期望的接受者的血液等滲的溶質，或懸浮或增稠劑。治療病原性疾病或贅生物的方法在此描述的多肽、疫苗和藥物組合物可以用于疾病包括病原性感染的多種治療和用于贅生性失調的治療。本領域技術人員將了解，在此描述的任何組合物的劑量將取決于癥狀、患者的年齡和體重、要治療或預防的失調的性質和嚴重度、施用途徑、以及補充劑的形式而變化。任何目標制劑可以以任何適合的劑量施用，例如，在單劑量中或在分開的劑量中。單獨地或與本發明的任何其他化合物一起，或與被認為對要治療的特定失調、疾病或狀況有用的任何化合物組合，本發明的化合物的劑量可以通過本領域技術人員已知的技術容易地確定。并且，本發明提供了超過一種目標化合物以及其他治療試劑的混合物。本發明的幾種化合物、或作為選擇其他治療試劑的組合使用，可以降低任何單一組分所需的劑量，因為不同成分的發作和效果的持續時間可能是互補的。在這種組合治療中，不同的活性試劑可以一同地或單獨地、同時地或在一天內的不同時間遞送。治療性抗體和T細胞耗盡做為選擇，對衣原體而不是感染本身的免疫反應可能對伴隨感染的癥狀，包括無菌性和骨盆炎癥性疾病負責。在這種情況下，可能希望的是通過感染的個體內的CD4+或CD8+T細胞的子集限制免疫反應。在本發明的方法中鑒定的針對T細胞克隆的抗體(例如，特異于靶向CT788的CD4+細胞的抗體)因而在治療或預防與衣原體感染相關的有害影響中是有用的。例如，在Weinbergetal.，NatMed.2(2):183-189,1996中描述了T細胞的特定群體的選擇性耗盡的方法。在本說明書中提及的所有專利、專利申請和公開物在此通過引用來合并，其程度與特定的或單獨的指示通過引用來合并每個單獨的專利、專利申請或公開物相同。權利要求1.一種可復制的庫，包含處在規定位置的至少20個不連續的成員，其中(a)所述庫的所述成員各自包含細胞或病毒，所述細胞或病毒包含編碼多肽的至少一部分的第一多核苷酸，所述多肽由病原生物的基因組編碼，所述第一多核苷酸可操作地連接到啟動子，和(b)所述庫包含編碼所述多肽的至少50％的部分的多核苷酸，所述多肽由所述病原生物的基因組編碼。2.—種確定庫是否含有或編碼免疫原性多肽的方法，所述方法包括(a)用第二細胞分別地接觸權利要求1的庫的每個成員，所述第二細胞能夠(i)內吞每個成員中的所述細胞或所述病毒和(ii)通過I類MHC途徑在它的表面展示肽，其中所述庫的每個成員包含由所述多核苷酸編碼的所述多肽；(b)用來自早先被所述病原生物感染的哺乳動物的CTL細胞分別地接觸步驟(a)的每個成員；和(c)檢測所述CTL細胞是否被活化，其中所述CTL細胞的活化表明所述多肽是免疫原性的，從而確定所述庫是否含有或編碼免疫原性多肽。3.權利要求2的方法，其中所述庫的所述每個成員進一步包含編碼孔洞形成蛋白的多核苦酸。4.權利要求3的方法，其中所述孔洞形成蛋白是LLO。5.權利要求2的方法，其中所述第二細胞是巨噬細胞。6.權利要求2的方法，其中所述庫的所述每個成員在所述接觸步驟(a)之前被殺死。7.權利要求2的方法，其中在所述接觸步驟(b)之前，所述第二細月包一皮殺死。8.權利要求2的方法，進一步包括步驟(d)從所述庫的復制物拷貝中回收編碼步驟(c)中鑒定的所述多肽的多核苷酸。9.權利要求2的方法，其中，在接觸步驟(a)之前，產生所述庫的復制物。10.權利要求2的方法，進一步包括步驟(d)鑒定步驟(c)中被確定為免疫原性的所述多肽之內足夠CTL活化的表位。11.權利要求2的方法，其中所述庫的所述成員包含來自所述病原生物的蛋白質組的至少75%的多肽。12.權利要求11的方法，其中所述庫的所述成員包含來自所述病原生物的蛋白質組的至少90%的多肽。13.權利要求12的方法，其中所述庫的所述成員包含來自所述病原生物的蛋白質組的至少95%的多肽。14.權利要求11的方法，其中所述庫的每個成員包含少于10個不同的編碼來自所述病原生物的多肽的多核苦酸。15.—種疫苗，包含權利要求10的方法筌定的至少一個表位和藥學上可接受的載體。16.—種表位混合物，包含使用權利要求10的方法鑒定的至少5個表位。17.—種組合物，包含權利要求2的方法鑒定的至少5種多肽。18.—種疫苗，包含權利要求2的方法鑒定的至少一種免疫原性多肽和藥學上可接受的載體。19.權利要求2的方法，其中所述接觸步驟(b)使用多種CTL細胞來進行。20.權利要求2的方法，進一步包括使用所述庫進行所述方法步驟(b)和(c)至少再一次。21.權利要求20的方法，其中每次進行所述方法，在步驟(b)中接觸不同的CTL細胞。22.權利要求l的可復制的庫，其中所述病毒是噬菌體。23.權利要求l的可復制的庫，其中所述細胞是細菌。24.權利要求23的可復制的庫，其中所述細菌是五.co"。25.權利要求23的可復制的庫，其中所述細菌進一步包含第二多核苷酸，所述第二多核苷酸編碼在所述細菌中不天然地表達的多肽。26.權利要求25的可復制的庫，其中所述第二多核苷酸編碼孔洞形成蛋白。27.權利要求26的可復制的庫，其中所述孔洞形成蛋白是LLO。28.權利要求l的可復制的庫，其中所述第一多核苷酸進一步編碼第二多肽。29.權利要求28的可復制的庫，其中所述第二多肽是孔洞形成蛋白。30.權利要求29的可復制的庫，其中所述孔洞形成蛋白是LLO。31.權利要求1的可復制的庫，其中每個所述第一多核苷酸進一步包含第一標簽序列，所述多核苷酸編碼融合蛋白，所述融合蛋白包含所述第一標簽和所述多肽的所述至少的部分。32.權利要求31的可復制的庫，其中所述多核苷酸進一步包含第二標簽序列。33.權利要求1的可復制的庫，其中所述多肽的所述部分與所述病原生物的基因組編碼的多肽的相應部分具有至少95%的序列同一性。34.權利要求l的可復制的庫，其中所述多肽的所述部分與所述病原生物的基因組編碼的多肽的相應部分具有至少99%的序列同一性。35.權利要求l的可復制的庫，其中所述庫的每個成員包含由所述病原生物的基因組編碼的單個多核苷酸。36.權利要求l的可復制的庫，其中所述病原生物是細菌。37.權利要求l的可復制的庫，其中所述病原生物是病毒。38.權利要求l的可復制的庫，其中所述啟動子是可誘導啟動子。39.權利要求l的可復制的庫，其中所述集合包含編碼多肽或其片段的至少75%的多核苷酸，所述多肽由所述病原生物的基因組編碼。40.權利要求1的可復制的庫，其中所述集合包含編碼多肽或其片段的至少90%的多核普酸，所述多肽由所述病原生物的基因組編碼。41.權利要求1的可復制的庫，其中所述集合包含編碼多肽或其片段的至少95%的多核普酸，所述多肽由所述病原生物的基因組編碼。42.—種可復制的庫，包含處在規定位置的至少10個不連續的成員，其中(a)所述庫的所述成員各自包含細胞或病毒，所述細胞或病毒包含編碼多肽的至少一部分的第一多核苷酸，所述多肽由病原生物的基因組編碼，所述第一多核苷酸可操作地連接到啟動子，(b)所述成員各自包含少于24種不同的多核苷酸，每一種編碼病原生物的基因組編碼的多肽的至少一部分，和(c)所述庫包含編碼多肽的至少部分的至少10%的多核苷酸，所述多肽由所述病原生物的基因組編碼。43.權利要求42的可復制的庫，其中所述細胞是細菌。44.權利要求43的可復制的庫，其中所述細菌是Eco仏45.權利要求42的可復制的庫，其中所述病毒是噬菌體。46.權利要求42的可復制的庫，其中所述成員各自包含編碼多肽的至少一部分的一個多核苷酸，所述多肽由病原生物的基因組編碼。47.—種可復制的庫，包含至少20個不連續的成員，其中(a)所述成員各自包含第一細胞或病毒，所述第一細胞或病毒包含編碼多肽或其片段的多肽，與相應的正常細胞相比，所述多肽在贅生性細胞內是差異表達的，所述多核普酸可操作地連接到啟動子，和(b)所述庫包含編碼多肽或其片段的至少30%的多核苷酸，與所述相應的正常細胞相比，所述多肽在所述贅生性細胞內差異表達。48.權利要求47的可復制的庫，其中所述贅生性細胞是癌細胞。49.權利要求48的可復制的庫，其中所述癌細胞是乳腺癌細胞。50.權利要求47的可復制的庫，其中所述第一細胞是細菌。51.權利要求50的可復制的庫，其中所述細菌是Eco/z。52.權利要求50的可復制的庫，其中所述細菌進一步包含第二多核苷酸，所述第二多核苷酸編碼在所述細菌中不天然地表達的多肽。53.權利要求52的可復制的庫，其中所述第二多核苦酸編碼孔洞形成蛋白。54.權利要求53的可復制的庫，其中所述孔洞形成蛋白是LLO。55.權利要求47的可復制的庫，其中所述第一多核普酸進一步編碼第二多肽。56.權利要求55的可復制的庫，其中所述第二多肽是LLO。57.權利要求47的可復制的庫，其中每個所述多核苦酸進一步包含第一標簽序列，所述多核苷酸編碼融合蛋白，所述融合蛋白包含所述第一標簽和所述多肽的所述至少的部分。58.權利要求57的可復制的庫，其中所述多核苦酸進一步包含第二標簽序列。59.權利要求47的可復制的庫，其中所述多肽的所述部分與在所述贅生性細胞中差異表達的多肽的相應部分具有至少95%的序列同一性。60.權利要求47的可復制的庫，其中所述多肽的所述部分與在所述贅生性細胞中差異表達的多肽的相應部分具有至少99%的序列同一性。61.權利要求47的可復制的庫，其中所述庫的每個成員包含所述贅生性細胞中差異表達的單個多核苦酸。62.—種純化的多肽，包含CT788多肽。63.權利要求62的多肽，具有CT788多肽的序列。64.權利要求62的多肽，其中所述多肽是融合蛋白。65.—種包含多肽的組合物，所述多肽包含權利要求62的多肽。66.—種純化的多肽，包含CT788多肽的片段，其中所述片段是免疫原性的。67.權利要求66的多肽，其中所述片段具有氨基酸序列KGIDPQELWVWKKGMPNWEK(SEQIDNO:2)。68.權利要求67的多肽，具有氨基酸序列KGIDPQELWVWKKGMPNWEK(SEQIDNO:2)。69.權利要求66的多肽，其中所述多肽是融合蛋白。70.權利要求66的多肽，其中所述片段具有選自由表1中所列序列構成的組的氨基酸序列。71.—種組合物，包含具有CT788多肽的片段的多肽。72.權利要求71的組合物，其中所述片段具有氨基酸序列KGIDPQELWVWKKGMPNWEK(SEQIDNO:2)。73.權利要求71的組合物，其中所述片段具有選自由表1中所列序列構成的組的氨基酸序列。74.—種包含多肽和藥學上可接受的載體的藥物組合物，其中所述多肽包含CT788多肽或包含所述CT788多肽的免疫原性片段。75.—種包含多肽和藥學上可接受的載體的疫苗，所述多肽包含含CT788多肽的多肽、或包含所述CT788多肽的免疫原性片段。76.—種治療或預防細菌性感染的方法，所述方法包括向個體施用多肽，所述多肽包含CT788多肽或包含所述CT788多肽的片段。77.權利要求76的方法，其中所述多肽以足夠預防或治療所述細菌性感染的數量施用。78.權利要求76的方法，其中所述多肽被純化。79.權利要求76的方法，其中所述多肽能夠在所述個體中產生免疫反應。80.權利要求76的方法，其中所述細菌性感染是衣原體感染。全文摘要提供了具有處在規定位置的不連續成員的可復制的庫，用于篩選病原生物的抗原。還提供的是使用這種庫的方法以及特異性抗原CT788，其在衣原體感染期間誘導T細胞活化。文檔編號C40B30/04GK101437989SQ200780014310公開日2009年5月20日申請日期2007年2月21日優先權日2006年2月21日發明者D·E·希金斯,M·N·斯塔恩巴赫,N·R·羅恩,T·吉拉恩申請人:哈佛大學校長及研究員協會