包括厭氧培養的人類腸道微生物群的組合物的制作方法【專利摘要】本發明涉及一種厭氧微生態系統、一種用于疾病的治療或預防的包括厭氧培養的人類腸道微生物群的組合物，并且其中該組合物中的微生物群沒有接觸1995年之后使用的抗生素。本發明進一步涉及該組合物用于疾病的預防和治療的應用，以及制備該組合物的方法。【專利說明】包括厭氧培養的人類腸道微生物群的組合物【
技術領域：
】[0001]本發明涉及厭氧微生態系統，所述厭氧微生態系統包括厭氧培養的人類腸道微生物群。本發明還涉及構成功能性接種培養的厭氧培養的微生物群的組合物，所述功能性接種培養是用于使被擾亂的人類微生物組(miCTobiome)和胃腸功能重新恢復正常。[0002]本發明進一步涉及用于預防和治療疾病的組合物的應用以及用于制備該組合物的方法。【
背景技術：
】[0003]腸胃微生物群(microbiota)由幾種復雜的微生態系統構成，其中發生在單個微生物菌株之間以及微生物群和宿主之間的相互作用。通過與粘膜壁直接接觸和非直接地(例如，通過代謝產物和信號傳遞物質)發生與宿主的相互作用。[0004]本腸道生態平衡可被外部和內部的物理、化學和生物因子或劑干擾，其后果可以是局部的(例如，被干擾的新陳代謝、胃腸運動性改變、改變的功能/串擾(crosstalk))和/或導致包括其他器官系統的系統性效果。[0005]艱難梭菌相關性腹灣(clostridiumdifficileassociateddiarrhoea,CDAD)最早在約三分之一個世紀以前被描述。然而，盡管在PubMed上有數以千計的病理學、流行病學、臨床診斷和多種治療方法的文獻，CDAD仍然繼續堅持作為感染性醫療護理相關的腸胃疾病的昂貴的主要原因，并且此困難被認為會在全球增加。最近宣稱，如今我們在歐洲、美國和加拿大遭受到十倍增長的CDAD。據報道，滅滴靈和萬古霉素治療的治療失敗率增加，新的抗生素，例如非達霉素(fidaxomicin)、奧利萬星(oritavancin)、硝唑尼特(nitazoxanide)、REP3123和NVB303將要上市。然而，需要承認，即使在這些藥物被使用之前，某些數量的艱難梭菌(Clostridiumdifficile)菌株對這些藥物正在表達減弱的敏感性。此外，無論它們的臨床療效結果如何，它們在使用中一定是昂貴的。`[0006]已宣稱，一些病人在完成使用新藥物的治療之后繼續顯示復發性腹瀉，因此，其他策略集中于例如從近親或包括不同細菌的混合物的合成的組合物而來的糞便移植。[0007]W002/07741描述了包括用于治療腸胃失調的預定的菌群的制備的合成組合物。W0201I/033310描述了用于腸胃失調的治療的、包括從糞便提取的菌群的膠囊劑量。[0008]糞便移植是一種已知的方法，但不是沒有風險的。迄今，來自近親的捐獻者的糞便材料已被使用。關于這種程序的主要問題是對于某些抗生素有抗性的基因的傳播的風險。當將來需要抗生素治療時，這些基因的傳播可以對病人造成嚴重后果。這種療法的另一個主要問題是在捐獻者的糞便中存在的潛在傳染性劑的傳播的風險，其支持對于要施用的糞便進行精心篩選。這種篩選費時費錢。進一步地，這種類型的治療被許多人認為是極度丑陋的。[0009]以前發表的提到糞便移植的文獻:[0010]-JohanS.BakkenFecalbacteriotherapyforrecurrentClostridiumdifficileinfectionAnaerobel5(2009)285-289.[0011]-CJorup-Ronstrom,AHakansson，A-KPerson,TMidtvedt,ENorin.FeceskulturframgangsrikterapividClostridiumdifficile-diarre.Lakartidningennr462006volym103，3603-3605.[0012]-A.Gustafsson，A.Berstad,S.Lund-T0nncscn,T.Midtvedt，E.Norin.TheEffectofFaecalEnemaonFiveMicrof1ra-AssociatedCharacteristicsinPatientswithAntibiotic-AssociatedDiarrhoea.ScandJGastroenterol1999；34:580-586.[0013]-A.Gustavsson，S.Lund-T0rmescn，A.Berstad,T.Midtvedt&E.Norin.FaecalShort-ChainFattyAcidsinPatientswithAntibiotic-AssociatedDiarrhoea,beforeandafterFaecalEnemaTreatment.ScandJGastroenterol1998；33:721-727.【
發明內容】[0014]本發明涉及厭氧培養的微生態系統，所述厭氧培養的微生態系統包括厭氧培養的人類腸道微生物群。[0015]本發明還涉及用于疾病的藥物治療和預防的包括所述微生物群的組合物，以及制備該組合物的方法。本發明還包括將本發明的治療或預防的量施用給人。[0016]本發明還涉及一種組合物，其包括厭氧培養的腸道微生物群，所述腸道微生物群構成用于使被擾亂的人類微生物群和胃腸功能恢復正常的功能性接種培養物，以及這種組合物用于疾病的預防和治療的應用。[0017]本發明還涉及用于胃腸和/或系統性/新陳代謝失調的藥物治療的厭氧培養的人類腸道微生物群，所述胃腸和/或系統性/新陳代謝失調起源于被擾亂的或不正常的胃腸生態系統。[0018]本發明還涉及這種厭氧培養的人類微生物群用于疾病的藥物治療或預防的應用。所述組合物還可包括活性抗病的其他微生物因子(例如噬菌體)或信號物質。【具體實施方式】[0019]本發明的第一個方面是一種厭氧的微生態系統，所述微生態系統包括厭氧培養的人類腸道微生物群。`[0020]本發明的另一方面是一種組合物，所述組合物包括厭氧培養的人類腸道微生物群。[0021]在本發明中，術語“微生物群”用于描述典型地生存于胃腸系統的微生物群，即一些微生物。[0022]根據本發明的組合物構成用于使被擾亂的人類微生物群和胃腸功能重新恢復正常的功能性培養物。出乎意料的是，該組合物已顯示在基本的治療和預防中有用。[0023]根據本發明的組合物以協同方式與受損的腸道微生物群相互作用，并且重新建立其生理和新陳代謝功能。本發明還可用作預防藥物以首先避免腸道微生物群的紊亂。[0024]根據一個實施方式，本組合物包括下列四門中的至少三種的厭氧菌:擬桿菌門(Bacterioidetes)、厚壁菌門(Firmicutes)、變形菌門(Proteobacteria)和放線菌門(Actinobacteria)。[0025]根據另一個實施方式，本組合物不含下列微生物:甲肝病毒、乙肝病毒、丙肝病毒、巨細胞病毒、EB病毒(Epstein-Barrvirus)、人類免疫缺陷病毒(humanimmunodeficiencyvirus,HIV)、杯狀病毒(Calicivirus)和輪狀病毒(Rotavirus)、沙門氏菌(Salmonella)、志賀氏菌(Shigella)、彎曲桿菌(Campylobacter)、耳爾森菌(Yersinia)和原生動物孢囊。優選地，它也不含選自于超廣譜-β-內酰胺酶和金屬-內酰胺酶、藥物的代謝物和生物異源物質的物料。[0026]根據本發明的組合物中的微生物群優選未接觸過1995年之后開始臨床使用的抗生素。[0027]本發明包括用于胃腸和/或系統性/新陳代謝失調的藥物治療的厭氧培養的人類腸道微生物群，所述胃腸和/或系統性/新陳代謝失調起源于不正常的胃腸生態系統。[0028]根據本發明的組合物的一個優勢在于，其包括在15年的培養期間穩定且同源的功能性微生態系統。在培養期間沒有其他細菌菌株進入系統。在微生態系統中的微生物菌株彼此間互相作用和交流。微生態系統是同源的。[0029]根據本發明的功能性生態系統具有重新建立和/或穩定腸道微生物群和/或正常腸道功能的能力。[0030]本發明的另一方面是一種包括微生態系統的組合物，所述微生態系統包括用于疾病的治療或預防的厭氧培養的人類腸道微生物群。[0031]組合物的細菌含量優選地為多于每毫升培養基IO6個，更優選地為多于每毫升培養基IO9個。[0032]在本發明的一個實·施方式中，組合物包括從來自于單一捐獻者的糞便中獲得的厭氧的微生態系統。源自于健康的單一捐獻者的糞便的培養對于獲得在一段時間內穩定的功能性微生態系統來說是必需的。[0033]捐獻者優選為具有良好功能的胃腸系統的健康的個體。[0034]優選地，糞便從單次排便樣品中獲得。還優選的是，糞便在1995年之前獲得。[0035]在本發明的一個優選的實施方式中，組合物保持在嚴格的厭氧條件下直到最后施用。并且，優選該組合物在最后施用過程中保持在厭氧條件下。[0036]本發明的另一方面為一種制備包括厭氧微生態系統的組合物的方法，所述厭氧微生態系統包括厭氧培養的人類腸道微生物群。[0037]根據本發明的組合物在嚴格的厭氧條件下培養。通過厭氧培養，促進了厭氧菌的增殖，并且抑制了需氧菌的進一步增殖。[0038]在本發明的一個優選的實施方式中，通過培養從健康個體獲得的排便樣品來制備本組合物。優選地，所述健康個體具有正常的功能值的糞留醇(coprostanol)、尿膽素、黏蛋白、糞便胰蛋白酶活性、短鏈脂肪酸和β-天門冬氨酰甘氨酸(beta-aspartylglycine)。樣品還優選地應在1995年之前獲取。更加優選地，所述排便樣品被調查為不含甲肝病毒、乙肝病毒、丙肝病毒、巨細胞病毒、EB病毒(Epstein-Barrvirus)、人類免疫缺陷病毒(humanimmunodeficiencyvirus,HIV)、杯狀病毒(Calicivirus)和輪狀病毒(Rotavirus)。此外，排便樣品被篩選為不含沙門氏菌(Salmonella)、志賀氏菌(Shigella)、彎曲桿菌(Campylobacter)、耶爾森菌(Yersinia)、艱難梭菌和原生動物孢囊的存在。[0039]用于根據本發明的方法中的培養基優選地促進了下列四門中的至少三種的厭氧菌的增殖:擬桿菌門(Bacterioidetes)、厚壁菌門(Firmicutes)、變形菌門(Proteobacteria)和放線菌門(Actinobacteria)。[0040]在一個實施方式中，培養基是基于酵母的培養基,優選為基于細菌學蛋白胨酵母的培養基(bacteriologicalpeptoneyeastbasedmedium)。該培養基包括添加的膽固醇，優選為動物來源的膽固醇。更加優選該培養基包括優選以從0.5至5%(w/v(每體積重量))的量、更優選以1.25%(w/v)的量添加的凍干母雞卵黃。[0041]優選地，所述培養包括厭氧指示器，優選為刃天青。[0042]在根據本發明的方法中使用的培養基促進了下列四門中的至少三種的厭氧菌在一個并且相同的樣品中的增殖:擬桿菌門(Bacterioidetes)、厚壁菌門(Firmicutes)、變形菌門(Proteobacteria)和放線菌門(Actinobacteria)。進一步地,優選的培養條件抑制了需氧菌的增殖。[0043]在一個優選的實施方式中，將組合物在嚴格的厭氧條件下再培養，優選每兩周在氮氣流中再培養。[0044]優選地，糞便樣品厭氧培養至少15年。[0045]根據本發明的方法，在一段時間內培養糞便樣品促進了所需細菌的增殖，而抑制了需氧菌。[0046]根據本發明的方法的一個優勢在于，它使得所有所需的細菌在一個且相同的樣品中能夠繁殖。因此，不需要混合不同的培養物。這具有這樣的優勢:獲得的組合物包括對腸道微生物群具有穩定效果、并且能夠重新建立宿主和腸之間的聯系的微生態系統。進一步地，通過在一個樣品中厭氧培養微生物群，根據所主張的發明，在每個組合物中再生產在一段長時間(例如超過至少15年)內具有保持的生理和/或藥學效果的相同的微生態系統。[0047]進一步地，根據本發明的微生態系統在嚴格厭氧的條件下培養。`[0048]人類腸道菌群由數百種不同的微生物構成，其中大部分是嚴格厭氧的。[0049]在本發明的一個實施方式中，下列細菌種類一起構成超過1%、優選地超過20%、更優選地超過50%的組合物的總菌含量；[0050]細菌界；“放線菌門”；放線菌綱；紅蝽菌亞綱；紅蝽菌目；“紅蝽菌亞目”；紅蝽菌科；柯林斯氏菌屬，[0051]細菌界；“放線菌門”；放線菌綱；紅蝽菌亞綱；紅蝽菌目；“紅蝽菌亞目”；紅蝽菌科；伊格爾茲氏菌屬，[0052]細菌界；“放線菌門”；放線菌綱；紅蝽菌亞綱；紅蝽菌目；“紅蝽菌亞目”；紅蝽菌科；歐陸森氏菌屬，[0053]細菌界；“擬桿菌門”；“擬桿菌屬綱”；“擬桿菌屬目”；“紫單胞菌科”；parabacteroides屬，[0054]細菌界；“擬桿菌門”；“擬桿菌屬綱”；“擬桿菌屬目”；“普雷沃氏菌科”;普氏菌屬，[0055]細菌界；“擬桿菌門”；“擬桿菌屬綱”；“擬桿菌屬目”；“理研菌科”；別許旺氏菌屬，[0056]細菌界；“擬桿菌門”；“擬桿菌屬綱”；“擬桿菌屬目”；“擬桿菌科”;擬桿菌屬，[0057]細菌界；“厚壁菌門”；“芽孢桿菌綱”；“乳桿菌目”；“腸球菌科”;腸球菌屬，[0058]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“優桿菌科”;優桿菌屬，[0059]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“優桿菌科”;未分類的“優桿菌科”，[0060]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“毛螺菌科”;丁酸弧菌屬，[0061]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“毛螺菌科”;D0rea屬，[0062]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“毛螺菌科”；羅氏菌屬，[0063]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“毛螺菌科”;未分類的“毛螺菌科”，[0064]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“消化鏈球菌科”;Sporacetigenium屬，[0065]細菌界；“厚壁菌門”;“梭菌綱”;梭菌目；“消化鏈球菌科”;未分類的“消化鏈球菌科”，[0066]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“瘤胃菌科”;厭氧細桿菌屬，[0067]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“瘤胃菌科”；Anaerotruncus屬，[0068]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“瘤胃菌科”;顫桿菌克屬，[0069]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“瘤胃菌科”;未分類的“瘤胃菌科”，[0070]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“梭菌科”梭菌科I”;梭菌屬，[0071]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”；八聯球菌屬，[0072]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”;未分類的“梭菌科1，，，[0073]細菌界；“厚壁菌門”;“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XI；Anaerococcus屬，·[0074]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XI;芬戈爾德菌屬，[0075]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”；梭菌目；未確定的分類位置XI；Peptoniphilus屬，[0076]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XI;未分類的未確定的分類位置XI，[0077]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”；梭菌目；未確定的分類位置XIII；Anaerovorax屬，[0078]細菌界；“厚壁菌門”;“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XIII；Mogibacterium屬，[0079]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XIV;Blautia屬，[0080]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未分類的梭菌目，[0081]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；韋榮球菌科；韋榮球菌屬，[0082]細菌界；“厚壁菌門”；“Erysipelotrichi綱”；“Erysipelotrichales目”；丹毒絲菌科；holdemania,[0083]細菌界；“變形菌門”；俘一變形菌綱；伯克氏菌目；產堿菌科；Parasutterella屬，[0084]根據本發明的一個實施例，細菌含量包括上述提到的細菌種類的一種或多種。[0085]通過本發明可以被治療或預防的疾病為例如抗生素治療之后的腹瀉，尤其是由艱難梭菌導致的腹瀉，所述由艱難梭菌導致的腹瀉可能持續很久，并且難以通過常規方法來治療，并且可能在罕有情況下導致死亡。其他的治療領域為腸道易激綜合癥(IrritableBowelSyndrome,IBS)、鉄質過敏癥(CeliacDisease)和炎性腸疾病(InflammatoryBowelDiseases)，例如潰瘍性結腸炎、克羅恩氏病、顯微鏡結腸炎和Pauchitis。另一個治療領域是腸道微生物組的醫源性障礙/生態失調，例如在放射治療、化療和與移植相關之后。其他可以用本發明來治療或預防的疾病的例子有神經疾病，例如帕金森氏病、早老性癡呆病、路格里克氏病(LouGehrig’sDisease)肌萎縮性脊髓側索硬化癥(AmyotrophicLateralSclerosis,ALS)、多發性硬化；行為/精神障礙，例如自閉癥、艾斯伯格綜合癥、注意缺陷多動障礙(AttentionDeficitHyperactivityDisorder,ADHD)和抑郁癥；風濕疾病，例如風濕性關節炎；以及系統性/新陳代謝失調，例如高血壓、肥胖癥和2型糖尿病，以及胃腸道的瘤/腫瘤疾病。本發明還可用于慢性疲勞綜合征的治療。本發明還可用于皮膚疾病的治療，例如尋常痤瘡。[0086]本發明還涉及該厭氧培養的人類微生物群用于疾病的藥物治療或預防的生產的應用。[0087]根據本發明的組合物可通過選自于鼻十二指腸管、胃鏡、結腸鏡/乙狀結腸鏡和灌腸器的儀器或者以冷凍干燥形式以合適的蓋侖制劑來給人施用，所述蓋侖制劑例如抗胃酸膠囊、納米膠囊或栓劑。[0088]在一個實施方式中，該組合物還可包括活性抗病的其他微生物因子(例如噬菌體)或信號物質。_9]制劑的形式[0090]組合物可以下列形式的制式的制劑來提供:[0091]1.從冰凍狀態新解凍的溶液[0092]2.冷凍干燥的培養產物[0093]3.新鮮培養物[0094]4.活的微膠囊培養·物[0095]逝量[0096]根據問題的性質、原因和嚴重程度，在一段時間階段(例如1-30天)內，將本發明每天至少一次應用于人類胃腸道。每次施用1-1OOml的本產物，優選20-40ml，或在凍干形式下的等同量。[0097]施用的方式[0098]本產物可優選地根據下列非限制性實施例來施用:以溶液形式，通過例如鼻十二指腸管、胃鏡、結腸鏡/乙狀結腸鏡和灌腸器，或者以冷凍干燥形式以合適的蓋侖制劑，例如抗胃酸膠囊、納米膠囊或栓劑來施用。[0099]其他組分(載體)[0100]可將促進本發明的施用或支持本發明的效果的其他物質和組分添加入本組合物中。[0101]本發明的治療可以在抗生素治療和/或運動減少物質之后，或者可以不在其之后。[0102]本發明通過下列非限制性實施例來描述。[0103]實施例1[0104]根據本發明的微生物群從在1995年前源自健康的單一捐獻者的排便樣品中獲得。捐獻者和糞便都被仔細檢查過。發現捐獻者的腸道微生物群的功能狀況具有正常功能值的糞留醇、尿膽素、黏蛋白、糞便胰蛋白酶活性、短鏈脂肪酸和天門冬氨酰甘氨酸。甲肝病毒、乙肝病毒、丙肝病毒、巨細胞病毒、EB病毒、人類免疫缺陷病毒(HIV)、杯狀病毒和輪狀病毒的檢測的結果都呈陰性。此外，還針對沙門氏菌、志賀氏菌、彎曲桿菌、耶爾森菌、艱難梭菌和原生動物孢囊的存在對糞便進行了篩選，并且所用這些調查研究都呈陰性。[0105]來自排便樣品的內部的糞便的樣品(Bristo標準2型)取自上述健康的捐獻者，并立即懸浮在30ml預還原的無菌的基于細菌學蛋白胨酵母的培養基(美國Difco公司)，并添加1.25%(w/V)凍干母雞卵黃(瑞典Fresenius-Kabi公司)，以刃天青作為厭氧指示劑。每兩周該組合物在氮氣流下重新培養。發現培養產物的細菌含量為每毫升培養基大于IO9個。[0106]本產品包括下列種類:[0107]細菌界；“放線菌門”；放線菌綱；紅蝽菌亞綱；紅蝽菌目；“紅蝽菌亞目”；紅蝽菌科；柯林斯氏菌屬，[0108]細菌界；“放線菌門”；放線菌綱；紅蝽菌亞綱；紅蝽菌目；“紅蝽菌亞目”；紅蝽菌科；伊格爾茲氏菌屬，[0109]細菌界；“放線菌門”；放線菌綱；紅蝽菌亞綱；紅蝽菌目；“紅蝽菌亞目”；紅蝽菌科；歐陸森氏菌屬，[0110]細菌界；“擬桿菌門”；“擬桿菌屬綱”；“擬桿菌屬目”；“紫單胞菌科”；parabacteroides屬，[0111]細菌界；“擬桿菌門”；“擬桿菌屬綱”；“擬桿菌屬目”；“普雷沃氏菌科”;普氏菌屬，[0112]細菌界；“擬桿菌門”；“擬桿菌屬綱”；“擬桿菌屬目”；“理研菌科”；別許旺氏菌屬，[0113]細菌界；“擬桿菌門”；“擬桿菌屬綱”；“擬桿菌屬目”；“擬桿菌科”;擬桿菌屬，[0114]細菌界；“厚壁菌門”；“芽孢桿菌綱”；“乳桿菌目”；“腸球菌科”;腸球菌屬，[0115]細菌界；“厚壁菌門”；`“梭菌綱”;梭菌目；“優桿菌科”;優桿菌屬，[0116]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“優桿菌科”;未分類的“優桿菌科”，[0117]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“毛螺菌科”;丁酸弧菌屬，[0118]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“毛螺菌科”;D0rea屬，[0119]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“毛螺菌科”；羅氏菌屬，[0120]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“毛螺菌科”;未分類的“毛螺菌科”，[0121]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“消化鏈球菌科”;Sporacetigenium屬，[0122]細菌界；“厚壁菌門”;“梭菌綱”;梭菌目；“消化鏈球菌科”;未分類的“消化鏈球菌科”，[0123]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“瘤胃菌科”;厭氧細桿菌屬，[0124]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“瘤胃菌科”；Anaerotruncus屬，[0125]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“瘤胃菌科”;顫桿菌克屬，[0126]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“瘤胃菌科”;未分類的“瘤胃菌科”，[0127]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”;梭菌屬，[0128]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”；八聯球菌屬，[0129]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”;未分類的“梭菌科1，，，[0130]細菌界；“厚壁菌門”;“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XI；Anaerococcus屬，[0131]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XI;芬戈爾德菌屬，[0132]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”；梭菌目；未確定的分類位置XI；Peptoniphilus屬，[0133]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XI;未分類的未確定的分類位置XI，[0134]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”；梭菌目；未確定的分類位置XIII；Anaerovorax屬，[0135]細菌界；“厚壁菌門”;“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XIII；Mogibacterium屬，[0136]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XIV;Blautia屬，[0137]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未分類的梭菌目，[0138]細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；韋榮球菌科；韋榮球菌屬，[0139]細菌界厚壁菌門”；“Erysipelotrichi綱”；“Erysipelotrichales目”；丹毒絲菌科；holdemania,以及[0140]細菌界；“變形菌門”；俘一變形菌綱；伯克氏菌目；產堿菌科;Parasutterella屬，[0141]在添加10%的甘油后，該組合物可保存在_70°C下。[0142]實施例2[0143]將來自于沒有接觸抗生素或抗生素抗性基因(例如，通過細菌感染)的個體的新鮮或冷凍的排便樣品在厭氧·條件下接種于30ml蛋白胨酵母培養基(美國Difco公司)中，所述蛋白胨酵母培養基包括動物來源的膽固醇(例如，1.25%凍干母雞卵黃，瑞典Fresenius-Kabi公司)，以刃天青作為厭氧指示劑。每兩周將該組合物重新培養。培養的產物的細菌含量應為每毫升培養基大于IO6個,優選大于IO9個。在添加10%的甘油后,該組合物可保存在-70°C下。[0144]實施例3[0145]用根據本發明的組合物治療32位年齡在27-94歲之間的一組病人(20位女性，年齡的中位數為78歲；12位男性，年齡的中位數為75歲)。在這些病人中，22位有潛在的慢性疾病，例如癌癥(乳腺癌、結腸癌、前列腺癌)和心血管疾病或肺病。當首次檢查到復發性艱難梭菌感染(RecurrentClostridiumDifficileInfection,RCDI)時，11位病人服用頭孢菌素，9為病人服用氯林可霉素，4位病人服用環丙沙星，2位病人服用異惡唑青霉素，另外3位病人服用某些其他抗生素，最后，I位病人服用阿奇霉素。在接受根據本發明的組合物之前，2位病人沒有得到特定抗生素預治療。[0146]常規地，將30ml體積的根據實施例1的本發明通過在乙狀結腸中的經直腸引入導管或通過結腸鏡來直腸施用。根據在瑞典Huddinge的Karolinska醫院的一般操作來進行梭菌毒素的分析。在接受本發明的32位病人中，22位病人被治愈。這22位病人經歷了生活質量方面的極大的改善，從在幾個月期間患有腹瀉到在某幾天中具有正常排便習慣的生活。這些病人中的15位僅僅接受了一次本發明，其余的接受了多出一次至兩次的本發明。還有四位病人經歷了顯著的改善，并且在剩余的4位病人中，必須施用重復的抗生素治療。不知道腹瀉原因的另2位病人也被治愈了。跟蹤調查時間為5-68個月，中位數為26個月。沒有觀察到通過本程序導致的負面效果。[0147]實施例4[0148]具有與腸蘭伯氏鞭毛蟲相關的感染后腸胃炎的病人遭受與IBS類似的問題。傳統的IBS治療并不成功。經決定，這些病人應該接受根據本發明的組合物。在連續的三天，使用胃-空腸管來施用30ml的一劑本組合物。出乎意料的是，所有的病人在施用本發明之后很快就恢復了，并且在很長的時間內保持沒有病`癥。【權利要求】1.厭氧微生態系統，所述厭氧微生態系統包括厭氧培養的人類腸道微生物群。2.根據權利要求1所述的厭氧微生態系統，其包括從源自單個捐獻者的樣品得到的厭氧微生態系統。3.包括根據權利要求1所述的厭氧微生態系統的組合物，其用于疾病的治療或預防。4.根據權利要求3所述的組合物，其沒有超廣譜-β-內酰胺酶和金屬-β-內酰胺酶、藥物的代謝物或生物異源物質。5.根據權利要求3和4中任意一項所述的組合物，其中，組合物中的微生物群沒有接觸在1995年之后進入臨床使用的抗生素。6.根據權利要求3-5中任意一項所述的組合物，其特征在于，所述組合物包括下列四門中的至少三種的厭氧菌:擬桿菌門、厚壁菌門、變形菌門和放線菌門。7.根據權利要求3-6中任意一項所述的組合物，其特征在于，所述組合物不含下列微生物:甲肝病毒、乙肝病毒、丙肝病毒、巨細胞病毒、EB病毒、人類免疫缺陷病毒(HIV)、杯狀病毒和輪狀病毒、沙門氏菌、志賀氏菌、彎曲桿菌、耶爾森菌和原生動物孢囊。8.根據權利要求3-7中任意一項所述的組合物，其特征在于，下列細菌種類一起構成超過本發明的總菌含量的1%:細菌界；“放線菌門”;放線菌綱；紅蝽菌亞綱；紅蝽菌目；“紅蝽菌亞目”；紅蝽菌科；柯林斯氏菌屬，細菌界；“放線菌門”;放線菌綱；紅蝽菌亞綱；紅蝽菌目；“紅蝽菌亞目”；紅蝽菌科；伊格爾茲氏菌屬，細菌界；“放線菌門”;放線菌綱；紅蝽菌亞綱；紅蝽菌目；“紅蝽菌亞目”；紅蝽菌科；歐陸森氏菌屬，細菌界；“擬桿菌門”；“擬桿菌屬綱”；“擬桿菌屬目”；“紫單胞菌科”^arabacteiOides屬，細菌界；“擬桿菌門”；“擬桿菌屬綱”；“擬桿菌屬目”；“普雷沃氏菌科”;普氏菌屬，細菌界；“擬桿菌門”；“擬桿菌屬綱”；“擬桿菌屬目”；“理研菌科”;別許旺氏菌屬，細菌界；“擬桿菌門”；“擬桿菌屬綱”；“擬桿菌屬目”；“擬桿菌科”;擬桿菌屬，細菌界；“厚壁菌門”；“芽孢桿菌綱”；“乳桿菌目”；“腸球菌科”;腸球菌屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“優桿菌科”;優桿菌屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“優桿菌科”;未分類的“優桿菌科”，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“毛螺菌科”;丁酸弧菌屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“毛螺菌科”;D0rea屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目毛螺菌科”；羅氏菌屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目毛螺菌科”;未分類的“毛螺菌科”，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”；梭菌目；“消化鏈球菌科”fporacetigenium屬，細菌界；“厚壁菌門”;“梭菌綱”;梭菌目；“消化鏈球菌科”;未分類的“消化鏈球菌科”，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目瘤胃菌科”;厭氧細桿菌屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”；梭菌目；“瘤胃菌科”；Anaerotruncus屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目瘤胃菌科”;顫桿菌克屬，細菌界厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目瘤胃菌科”;未分類的“瘤胃菌科”，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”;梭菌屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”;八聯球菌屬，細菌界；“厚壁菌門”;“梭菌綱”;梭菌目；“梭菌科”;“梭菌科I”;未分類的“梭菌科1”，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”；梭菌目；未確定的分類位置XI;AnaeiOC0CCuS屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XI;芬戈爾德菌屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”；梭菌目；未確定的分類位置XI;P^)t0niphilus屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XI;未分類的未確定的分類位置XI，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”；梭菌目；未確定的分類位置XIII；Anaerovorax屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XIII;M0gibaCterium屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未確定的分類位置XIV5Blautia屬，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；未分類的梭菌目，細菌界；“厚壁菌門”；“梭菌綱”;梭菌目；韋榮球菌科；韋榮球菌屬，細菌界；“厚壁菌門”;“Erysipelotrichi綱”;“Erysipelotrichales目”;丹毒絲菌科；holdemania,以及細菌界；“變形菌門”;俘一變形菌綱；伯克氏菌目；產堿菌科;Parasutterella屬。9.根據權利要求3-7中任意一項所述的組合物，其特征在于，所述組合物的細菌內含物包括權利要求8所述的細菌種類的一種或多種。10.根據權利要求3-9中任意一`項所述的組合物，其特征在于，所述組合物進一步包括其他活性抗病的微生物因子或信號物質。11.根據權利要求3-10中任意一項所述的組合物，其特征在于，所述組合物進一步包括促進本發明的施用或支持本發明的效果的其他物質和組分。12.根據權利要求3-11中任意一項所述的組合物，其用于作為藥物的應用。13.根據權利要求3-12中任意一項所述的組合物，其用于位于胃腸系統中的疾病的治療的應用，所述位于胃腸系統中的疾病例如腸道易激綜合癥(IBS)、麩質過敏癥和炎性腸疾病，例如潰瘍性結腸炎、克羅恩氏病、顯微鏡結腸炎和Pauchitis，還有與放射治療、化療和移植或抗生素相關腹瀉相關的醫源性障礙/生態失調，尤其是與艱難梭菌相關的疾病(艱難梭菌相關腹瀉和復發性艱難梭菌感染)。14.根據權利要求3-12中任意一項所述的組合物，其中，所述組合物用于神經失調的治療，所述神經失調例如為帕金森氏病、早老性癡呆病、路格里克氏病肌萎縮性脊髓側索硬化癥和多發性硬化。15.根據權利要求3-12中任意一項所述的組合物，其中，所述組合物用于行為/精神障礙的治療，所述行為/精神障礙例如為自閉癥、艾斯伯格綜合癥、注意缺陷多動障礙(ADHD)和抑郁癥。16.根據權利要求3-12中任意一項所述的組合物，其中，所述組合物用于風濕疾病的治療，所述風濕疾病例如為風濕性關節炎。17.根據權利要求3-12中任意一項所述的組合物，其中，所述組合物用于系統性/新陳代謝疾病的治療，所述系統性/新陳代謝疾病例如為肥胖癥、高血壓和2型糖尿病。18.根據權利要求3-12中任意一項所述的組合物，其中，所述組合物用于胃腸道的瘤/腫瘤疾病的治療。19.根據權利要求3-12中任意一項所述的組合物，其中，所述組合物用于慢性疲勞綜合征的治療。20.根據權利要求3-12中任意一項所述的組合物，其中，所述組合物用于諸如尋常痤瘡的皮膚疾病的治療。21.根據權利要求3-20中任意一項所述的組合物，其用于通過選自于鼻十二指腸管、胃鏡、結腸鏡/乙狀結腸鏡和灌腸器的儀器或者以冷凍干燥形式以合適的蓋侖制劑來給人施用的應用，所述合適的蓋侖制劑例如為抗胃酸膠囊、納米膠囊或栓劑。22.—種用于制備包括包含厭氧人類腸道微生物群的厭氧微生態系統的組合物的方法，所述方法的特征在于，在培養基中厭氧培養糞便樣品，所述培養基能促進下列四門中的至少三種的厭氧菌的增殖:擬桿菌門、厚壁菌門、變形菌門和放線菌門。23.根據權利要求22所述的方法，其特征在于，在培養期間，需氧菌被抑制。24.包括包含厭氧人類腸道微生物群的厭氧微生態系統的組合物用于疾病的治療或預防的應用。·【文檔編號】A61P1/00GK103857402SQ201280049908【公開日】2014年6月11日申請日期:2012年10月11日優先權日:2011年10月11日【發明者】阿諾德·伯斯泰德,托爾·米德威迪特,伊麗莎白·諾林,彼得·本諾,阿蒂拉·達爾格林申請人:阿基姆醫藥公司