專利名稱：用于產生糖蛋白的宿主細胞的選擇和用途的制作方法
用于產生糖蛋白的宿主細胞的選擇和用途本申請要求于2010年4月7日提交的美國申請序列號61/321，863的優先權。先前申請的披露內容被視為本申請的披露內容的一部分(并且通過引用結合在此)。本發明是針對選擇用于產生糖蛋白的宿主細胞的方法、宿主細胞以及其他相關的方法、細胞和糖蛋白。
背景技術：
一種典型的糖蛋白產品就復雜性而言實質上不同于一種典型的小分子藥物。附接至一種糖蛋白的氨基酸主鏈上的糖結構在可以在結構上以許多方式而變化，這些許多方式包括序列、分支、糖含量以及非均勻性。因此，糖蛋白產品可以是具有許多結構多樣分子的復雜的非均勻混合物，這些結構多樣分子自身具有復雜的聚糖結構。糖基化作用不僅增加了分子的結構復雜性，而且影響或調節了糖蛋白的許多生物和臨床屬性。
發明概述在蛋白質上的翻譯后修飾(例如，糖結構、聚糖補充物、聚糖組分)的出現是許多因素的極其復雜的相互作用的結果。在此描述的方法部分地依賴于在從選擇的細胞群體制成的蛋白質上的翻譯后修飾(例如，糖結構、聚糖補充物、聚糖組分)的特性的多重觀察分析(multi-observational analysis)。這些方法允許按照不同的細胞群體對其制造的蛋白質賦予復雜的翻譯后修飾(例如，糖結構、聚糖補充物、聚糖組分)的能力而比較它們的能力。細胞群體質量屬性概況提供了在細胞群體之間(甚至是對于十分相似的細胞系)的令人驚訝地強大的區別。因此，在此描述的這些方法可以用來選擇一種適當的宿主細胞以用于產生靶糖蛋白(例如，用于產生一種市售的生物治療糖蛋白的生物仿制或生物再造產品)，例如，在此描述的方法可以用來鑒定和/或選擇一種宿主細胞以用于產生生物仿制或生物再造產品，該生物仿制或生物再造產品最佳地匹配了其中產生該市售的生物治療糖蛋白的宿主細胞的糖基化特性，例如，在其中產生該市售的生物治療糖蛋白的宿主細胞群體并不為生物仿制或生物再造產品的制造者所知的情況下。在多個方面，使用在此描述的方法選擇了用于產生一種靶糖蛋白的適當的宿主細胞群體。在一方面，本發明的特點為一種制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，選擇的糖結構、聚糖補充物、聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結構)的糖蛋白或提供或選擇一個細胞群體(例如CHO細胞群體)例如以用于制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，選擇的糖結構、聚糖補充物、聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結構)的糖蛋白的方法。該方法包括(a)直接或間接獲得用于產生所述糖蛋白的一個細胞群體的個性特征，其中該個性特征是通過在此描述的一種方法而獲得或確定的，例如，通過(i)針對第一細胞群體的多個分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為翻譯后修飾的一個值，該值是多個區別觀察值(例如，多個不同基因的表達水平，或多個不同的糖結構、聚糖結構、聚糖組分或它們的組合的表達水平)的函數，由此為所述第一細胞群體提
供一組值；(ii)針對第二細胞群體的多個分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為翻譯后修飾的一個值，該值是多個區別觀察值(例如，多個不同基因的表達水平，或多個不同的糖結構、聚糖結構、聚糖組分或它們的組合的表達水平)的函數，由此為所述第二細胞群體提
供一組值；(iii)將針對選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構、聚糖補充物、聚糖組分或它們的組合)的一個值與針對所述第一細胞群體的該組值和針對所述第二細胞群體的該組值進行比較；并且(iv)響應于所述比較，選擇所述第一或第二細胞群體。在一個實施方案中，該方法是一種提供或選擇一個細胞群體(例如CHO細胞群體)例如以用于制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，選擇的糖結構、聚糖補充物、聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結構)的糖蛋白的方法，并且該方法進一步包括(b)培養所述選擇的細胞群體。在一個實施方案中，該方法是一種制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，選擇的糖結 構、聚糖補充物、聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結構)的糖蛋白的方法，并且該方法進一步包括(b)在所述選擇的細胞群體中制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構、聚糖補充物或聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結構)的糖蛋白。在一個實施方案中，該方法可以進一步包括在步驟(b)之前，對所鑒定的細胞群體進行基因修飾以便表達所述糖蛋白，例如，將編碼全部或部分的所述糖蛋白的核酸引入所述鑒定的細胞群體之中。在一個實施方案中，獲得了針對多個，例如，至少3、4、5、6、7、8、9、10個細胞群體
的一組值。在一個實施方案中，在所述多個細胞群體中的所述細胞群體各自來自相同的種類、組織以及細胞類型，盡管在多個實施方案中這些細胞群體可能因天然獲得的或有意誘發的突變而有所不同。在一些實施方案中，在所述多個細胞群體中的細胞群體各自源于不同的細胞系。在一個實施方案中，在所述多個細胞群體中的細胞群體各自源于特定細胞系的不同的單細胞克隆。在一個實施方案中，在所述多個細胞群體中的所述細胞群體各自是一個緊密相關的細胞群體。在一個實施方案中，這些細胞群體中的每個細胞群體共享一種共同的祖先細胞，其中該祖先細胞并不是生物的一部分，例如，該祖先細胞是一種培養細胞或一種細胞系的生成細胞(founder cell)。典型地，該共同的祖先細胞是已經從多細胞生物(例如，昆蟲或動物，例如，哺乳動物或靈長類)中去除的一種細胞，例如，培養細胞，作為共同的祖先細胞，不包括自其取得該共同的祖先細胞的動物或動物祖先的前體細胞。在一個實施方案中，細胞群體各自源于一種共同的祖先細胞，并且多個細胞群體中的細胞群體沒有任何一個具有以下的有意誘發的突變，即該突變使編碼合成、附接或修飾一種聚糖的蛋白質的基因失活。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體各自源于一個共同的祖先細胞，并且多個細胞群體中的細胞群體沒有任何一個具有在編碼一種蛋白質的基因中的有意誘發的失活突變，該蛋白質選自糖基轉移酶(例如，MGATl (GlcNAc Tl)、α甘露糖苷酶II、ΙΙχ、α甘露糖苷酶IB、α甘露糖苷酶IA、FucTl_9、葡糖苷酶(例如，GCS1、GANAB)、一種針對生物合成或定位或轉運的前體、GNE (例如，葡萄糖胺(UDP-N-乙酰基)-2-表異構酶/N-乙酰甘露糖胺)、高爾基體m)P磷酸酶、UDP-GlcNAc轉運蛋白、UAP-I (UDP-N-乙酰己糖胺焦磷酸化酶)、PGM-3-葡萄糖磷酸變位酶3、NAGK-N-乙酰基-D-葡糖胺激酶、GNPNATI-磷酸葡萄糖胺-N-乙酰轉移酶I、UGP-2-UDP-葡萄糖焦磷酸化酶2、UGDH-UDP-葡萄糖6-脫氫酶GAlK-I-半乳糖激酶-UPGM-I-葡萄糖磷酸變位酶-I、GCK-葡萄糖激酶)，該蛋白質是改變例如伴侶蛋白(BiP、SNARE、cpn、hsp)、EDEM (ER降解性甘露糖苷酶樣蛋白)、MANEA、以及甘露糖受體通過ER和高爾基體(golgi )的定位或運輸的靶標。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體各自源于一個共同的祖先細胞，并且多個細胞群體中的細胞群體沒有任何一個具有以下的有意誘發的失活突變，即該突變調節一種聚糖代謝物(例如，在此描述的代謝物)的水平。在一個實施方案中，這些細胞群體不是源于Pro-5細胞系。在一個實施方案中，細胞群體未被修飾成(例如，未化學誘變成)對凝集素是抗性的。在一個實施方案中，所選擇的翻譯后修飾是一種選擇的聚糖補充物或聚糖組分。
在一個實施方案中，糖蛋白是一種治療性生物產品，例如，治療性抗體、Fe-受體融合物、激素、細胞因子。在一個實施方案中，糖蛋白是一種市售的治療性生物產品的生物仿制或生物再造型式。在一個實施方案中，對于每個細胞群體的觀察值包括對基因的表達水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個觀察值。在一個實施方案中，對于每個細胞群體的觀察值包括關于聚糖代謝物的水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個觀察值。在一個實施方案中，該方法(例如(i)至(iv))包括(i)針對多個細胞群體中的每個細胞群體，獲得包括一組答案的一個細胞群體質量屬性概況(一個概況)，其中一個答案表示為翻譯后修飾并且是對于多個觀察值的一個操作產物，所述獲得的概況形成多個區別概況；(ii)獲得一種選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構、聚糖補充物、聚糖組分或它們的組合)的個性特征；(iii)將所獲得的概況與在(ii)中所獲得的個性特征進行比較；(iv)響應于比較(例如，當所獲得的概況和在(ii)中所獲得的個性特征顯示出彼此具有預選關系時，例如，前者包括后者)而選擇該多個細胞群體之一以用于產生主題糖蛋白；選擇或提供該細胞群體以制造所述糖蛋白和/或在所述選擇的細胞群體中制造具有所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構)的所述糖蛋白。在一些實施方案中，該方法進一步包括將編碼所有或部分的所述糖蛋白的核酸引入所述鑒定的細胞群體之中。在一個實施方案中，所述細胞群體的個性特征是直接獲得的。在一個實施方案中，所述細胞群體的個性特征是間接獲得的。在一個實施方案中，一個答案的維度小于觀察值數目的維度。在一個實施方案中，該方法包括相比于觀察值數目降低該答案的維度的一種操作。在一個實施方案中，該比較與答案’ 一起作出，其中答案’相比于該答案具有至少少一個的維度。在一個實施方案中，該方法包括相比于一個答案降低答案’的維度的一種操作。在一些實施方案中，一個基礎觀察值表示為聚糖結構、糖結構、聚糖組分或聚糖補充物。這樣一個實施方案可以具有以下特性中的一種或多種在所述獲得的概況中的答案是基于第一和第二觀察值并且所述第一觀察值是第一翻譯后修飾(例如，聚糖結構、糖結構、聚糖組分或聚糖補充物)的水平，而第二觀察值是第二翻譯后修飾(例如，聚糖結構、糖結構、聚糖組分或聚糖補充物)的水平；該比較包括將所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構)與所述多個概況的維度表示進行比較，其中在每個維度中的軸代表糖結構、聚糖補充物或聚糖組分的一個不同方面，例如，其中針對第一維度的軸代表聚糖A的水平并且針對第二維度的軸代表聚糖B的水平。在一些實施方案中，一個基礎觀察值不表不為聚糖結構而是(例如)表不為一個或多個基因的表達水平。在這樣的實施方案中，該操作不僅給出一個答案而且表述出就聚糖結構而言的該答案。這樣一個實施方案可以具有以下特性中的一種或多種·在所述獲得的概況中的答案是基于第一和第二觀察值并且所述第一和第二觀察值中的至少一個不是表示為翻譯后結構(例如，糖結構)，而是表示為與翻譯后結構(例如，糖結構)相關的一個參數，并且該操作提供了表示為翻譯后結構(例如，糖結構、聚糖補充物或聚糖組分)的一個答案；在所述獲得的概況中的答案是基于第一和第二觀察值并且所述第一觀察值是第一代謝物的水平，而第二觀察值是第二代謝物的水平；比較包括將針對所選擇的糖結構、聚糖補充物或聚糖組分的答案與所述多個所獲得的區別概況的η維度描繪進行比較，其中每個維度中的軸與糖結構、聚糖補充物或聚糖組分的一個不同方面相關，例如，其中針對第一維度的軸與聚糖A的水平相關并且針對第二維度的軸與聚糖B的水平相關。該方法需要“獲得”步驟，例如，獲得一個概況或獲得一個選擇的翻譯后修飾的個性特征。獲得該方法可以包括許多要素中的一個。在一個實施方案中，獲得一個值包括使樣品經受一個過程，該過程導致該樣品或另一種物質(例如，在分析中使用的分析純試劑或裝置)中的物理變化。這樣的方法包括分析方法，例如，包括以下各項中的一個或多個的一種方法，即使一種物質(例如，分析物，或其片段或其他衍生物)與另一種物質分離；將一種分析物或其片段或其他衍生物與另一種物質(例如，緩沖劑、溶劑或反應物)合并；或者改變一種分析物或其片段或其他衍生物的結構，例如通過斷裂或形成在該分析物或一種試劑的第一與第二原子之間的共價或非共價鍵。在其他實施方案中，例如在方法包括產生糖蛋白、或培養細胞、收獲糖蛋白或純化糖蛋白，或者導致方法中所使用的一個實體(例如，細胞、糖蛋白或試劑)的轉化的另一個步驟的實施方案中，該獲得步驟可能是在沒有這樣的轉化的情況下可以(例如)通過檢查、t匕較或從另一方接收信息而產生的一個步驟。在一個實施方案中，獲得一個概況包括進行化學或物理分析以便確定該概況。在一個實施方案中，獲得一個概況包括從另一方接收關于該概況的信息。在一個實施方案中，獲得一個翻譯后修飾的個性特征包括進行化學或物理分析以便確定該個性特征。在一個實施方案中，獲得一個翻譯后修飾的個性特征包括從一種藥物的說明中(例如，從包裝說明書中)選擇該個性特征。
在一個實施方案中，獲得一個翻譯后修飾的個性特征包括從一個列表或表格中選擇該個性特征。在一個實施方案中，獲得一個翻譯后修飾的個性特征包括從另一方接收關于該翻譯后修飾的個性特征的信息。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為聚糖結構。在一個實施方案中，一個觀察值的水平是4，4, 1,0,0.在一個實施方案中，一個觀察值是4，4，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，5，1，0，0的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，5，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，5，1，2，O的水平。 在一個實施方案中，一個觀察值是5，5，I, O, O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，I, O, O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，I, I, O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，I, 3，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，6，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，6，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，1，3，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，1，4，O的水平。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為不同于聚糖結構、聚糖補充物或聚糖組分。在一個實施方案中，一個觀察值是基因表達水平。在一個實施方案中，一個觀察值是糖基轉移酶表達水平。在一個實施方案中，一個觀察值是在聚糖生物合成中涉及的基因的表達水平。在一個實施方案中，一個觀察值是代謝物水平。在一個實施方案中，一個觀察值是UMP水平。在一個實施方案中，一個觀察值是GTP水平。在一個實施方案中，一個觀察值是UDP-Gal水平。在一個實施方案中，一個觀察值是⑶P-Fuc水平。如在此的別處所論述，在此描述的方法可以與一系列細胞群體(例如，來自一個親本細胞系的不同細胞株或來自一個親本細胞株的不同分離物)一起使用。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體之一是CHO細胞系。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體之一是CHO Kl細胞系。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體之一是CHO S細胞系。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體之一是DG44細胞系。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體之一是DHFR(_)細胞系。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體之一是CHO GS細胞系。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的操作適合于在這些方法中使用。
在一個實施方案中，該操作是多個觀察值的算法組合。在一個實施方案中，該操作是針對多個觀察值的一個模型的擬合。在一個實施方案中，該模型是線性模型。在一個實施方案中，該操作包括使對于源于信息源(例如，列表、表格或數據庫，例如，公眾可獲取的數據庫)的觀察值的多個值有關(例如，相關、關聯或相等同)。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用。在一個實施方案中，該答案是在多個基因的表達水平上的一個操作產物，例如，其中該多個基因中的至少一個編碼形成所選擇的翻譯后修飾的一種蛋白質；該多個基因中的至少一個編碼降低所選擇的翻譯后修飾的水平的一種蛋白質；該答案是在ST3GAL3和·ST3GAL4水平上的操作產物。在另一方面，本發明的特點為一種從相同細胞類型的多個分離物(例如，來自CHO細胞群體的分離物)提供或選擇一個細胞群體以用于制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，選擇的糖結構、聚糖補充物或聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結構)的糖蛋白的方法。該方法包括(a)獲得一個選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構、聚糖補充物、聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結構)的個性特征；(b)例如通過使用在此描述的方法，獲得一個評估，即所述細胞類型的所述多個分離物各自產生所述選擇的翻譯后修飾的能力，(C)從所述多個分離物選擇一個分離物，(d)任選地培養所述選擇的細胞群體；從而提供一個細胞群體。在一個實施方案中，該方法進一步包括(b)培養所述選擇的細胞群體。在一個實施方案中，該方法進一步包括(b)在所述選擇的細胞群體中制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構、聚糖補充物或聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結構)的一種糖蛋白。在一個實施方案中，該方法可以進一步包括在步驟(b)之前，對所鑒定的細胞群體進行基因修飾以表達所述糖蛋白，例如，將編碼所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述鑒定的細胞群體之中。在一個實施方案中，獲得了針對多個，例如，至少3、4、5、6、7、8、9、10個細胞群體
的一組值。在一個實施方案中，在所述多個細胞群體中的所述細胞群體各自來自相同的種類、組織以及細胞類型，盡管在多個實施方案中這些細胞群體可能因天然獲得的或有意誘發的突變而有所不同。在一些實施方案中，在所述多個細胞群體中的細胞群體各自源于不同的細胞系、不同的細胞株或不同的克隆。在一個實施方案中，在所述多個細胞群體中的細胞群體各自源于特定細胞系的不同的單細胞克隆。在一個實施方案中，在所述多個細胞群體中的所述細胞群體各自是一個緊密相關的細胞群體。
在一個實施方案中，細胞群體中的每個細胞群體共享一種共同的祖先細胞，其中該祖先細胞并不是生物的一部分，例如，該祖先細胞是一種培養細胞或一種細胞系的生成細胞。典型地，該共同的祖先細胞是已經從多細胞生物(例如，昆蟲或動物，例如，哺乳動物或靈長類)中去除的一種細胞，例如，培養細胞，作為共同的祖先細胞，不包括自其取得該共同的祖先細胞的動物或動物祖先的前體細胞。在一個實施方案中，細胞群體各自源于一種共同的祖先細胞，并且多個細胞群體中的細胞群體沒有任何一個具有以下的有意誘發的突變，即該突變使編碼合成、附接或修飾一種聚糖的蛋白質的基因失活。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體各自源于一個種共同的祖先細胞，并且多個細胞群體中的細胞群體沒有任何一個具有在編碼一種蛋白質的基因中的有意誘發的失活突變，該蛋白質選自糖基轉移酶(例如，MGATl (GlcNAcTl)、α甘露糖苷酶II、ΙΙχ, α甘露糖苷酶IB、α甘露糖苷酶IA、FucTl-9、葡糖苷酶(例如，GCSU GANAB)、針對生物合成或定位或轉運的前體、GNE (例如，葡萄糖胺(UDP-N-乙酰基)-2_表異構酶/N-乙酰甘露糖胺)、高爾基體UDP磷酸酶、UDP-GlcNAc轉運蛋白、UAP-I(UDP-N-乙酰己糖胺焦磷酸化酶)、PGM-3-葡萄糖磷酸變位酶3、NAGK-N-乙酰基-D-葡糖 胺激酶、GNPNATI-磷酸葡萄糖胺-N-乙酰基轉移酶I、UGP-2-UDP-葡萄糖焦磷酸化酶2、UGDH-UDP-葡萄糖6-脫氫酶GAlK-I-半乳糖激酶-I、PGM_1_葡萄糖磷酸變位酶-I、GCK_葡糖激酶)，該蛋白質是改變例如，伴侶蛋白(BiP、SNARE、cpn、hsp)、EDEM (ER降解性甘露糖苷酶樣蛋白)、MANEA、甘露糖受體通過ER和高爾基體的定位或運輸的靶標。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體各自源于一種共同的祖先細胞，并且多個細胞群體中的細胞群體沒有任何一個具有以下的有意誘發的失活突變，即該突變調節一種聚糖代謝物(例如，在此描述的代謝物)的水平。在一個實施方案中，這些細胞群體不是源于Pro-5細胞系。在一個實施方案中，這些細胞群體未被修飾成(例如，未化學誘變成)對凝集素是抗性的。在一個實施方案中，所選擇的翻譯后修飾是一種選擇的聚糖補充物或聚糖組分。在一個實施方案中，糖蛋白是一種治療性生物產品，例如，治療性抗體、Fe-受體融合物、激素、細胞因子。在一個實施方案中，糖蛋白是一種市售的治療性生物產品的生物仿制或生物再造型式。在一個實施方案中,對于每個細胞群體的觀察值包括對基因的表達水平的至少2、
3、4、5、6、7、8、9、10或更多個觀察值。在一個實施方案中，對于每個細胞群體的觀察值包括關于聚糖代謝物的水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個觀察值。在一個實施方案中，該方法(例如⑴至(iv))包括(i)針對多個細胞群體中的每個細胞群體，獲得包括一組答案的一個細胞群體質量屬性概況(一個概況)，其中一個答案表示為翻譯后修飾并且是對于多個觀察值的一個操作產物，所述獲得的概況形成多個區別概況；(ii)獲得一個選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構、聚糖補充物、聚糖組分)的個性特征；(iii)將所獲得的概況與在(ii)中所獲得的個性特征進行比較；(iv)響應于比較(例如，當所獲得的概況和在(ii)中所獲得的個性特征顯示出彼此具有預選關系時，例如，前者包括后者)而選擇該多個細胞群體之一以用于產生主題糖蛋白；選擇或提供該細胞群體以制造所述糖蛋白和/或在所述選擇的細胞群體中制造具有所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構)的所述糖蛋白。在一些實施方案中，該方法進一步包括對所鑒定的細胞群體進行基因修飾以表達所述糖蛋白，例如，將編碼所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述鑒定的細胞群體之中。在一個實施方案中，所述細胞群體的個性特征是直接獲得的。在一個實施方案中，所述細胞群體的個性特征是間接獲得的。在一個實施方案中，一個答案的維度小于觀察值數目的維度。在一個實施方案中，該方法包括相比于觀察值數目降低該答案的維度的一種操作。在一個實施方案中，比較與答案’ 一起作出，其中答案’相比于該答案具有至少少一個的維度。 在一個實施方案中，該方法包括相比于一個答案降低答案’的維度的一種操作。在一些實施方案中，一個基礎觀察值表示為聚糖結構、糖結構、聚糖組分或聚糖補充物。這種實施方案可以具有以下特性中的一種或多種在所述獲得的概況中的答案是基于第一和第二觀察值并且所述第一觀察值是第一翻譯后修飾(例如，聚糖結構、糖結構、聚糖組分或聚糖補充物)的水平，而第二觀察值是第二翻譯后修飾(例如，聚糖結構、糖結構、聚糖組分或聚糖補充物)的水平；該比較包括將所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構)與所述多個概況的維度表示進行比較，其中在每個維度中的軸代表糖結構、聚糖補充物或聚糖組分的一個不同方面，例如，其中針對第一維度的軸代表聚糖A的水平并且針對第二維度的軸代表聚糖B的水平。在一些實施方案中，一個基礎觀察值不表不為聚糖結構而是(例如)表不為一個或多個基因的表達水平。在這樣的實施方案中，該操作不僅給出一個答案而且表述出就聚糖結構而言的答案。這樣一個實施方案可以具有以下特性中的一種或多種在所述獲得的概況中的答案是基于第一和第二觀察值并且所述第一和第二觀察值中的至少一個不表示為翻譯后結構(例如，糖結構)，而是表示為與翻譯后結構(例如，糖結構)相關的一個參數，并且該操作提供了表示為翻譯后結構(例如，糖結構、聚糖補充物或聚糖組分)的一個答案；在所述獲得的概況中的答案是基于第一和第二觀察值并且所述第一觀察值是第一代謝物的水平，而第二觀察值是第二代謝物的水平；比較包括將針對所選擇的糖結構、聚糖補充物或聚糖組分的答案與所述多個所獲得的區別概況的η維度描繪進行比較，其中每個維度中的軸與糖結構、聚糖補充物或聚糖組分的一個不同方面相關，例如，其中針對第一維度的軸與聚糖A的水平相關并且針對第二維度的軸與聚糖B的水平相關。該方法需要“獲得”步驟，例如，獲得一個概況或獲得一個選擇的翻譯后修飾的個性特征。獲得該方法可以包括許多要素中的一個。在一個實施方案中，獲得一個值包括使樣品經受一個過程，該過程導致該樣品或另一種物質(例如，在分析中使用的分析純試劑或裝置)中的物理變化。這樣的方法包括分析方法，例如，包括以下各項中一個或多個的一種方法，即使一種物質(例如，分析物，或其片段或其他衍生物)與另一種物質分離；將一種分析物或其片段或其他衍生物與另一種物質(例如，緩沖劑、溶劑或反應物)合并；或者改變一種分析物或其片段或其他衍生物的結構，例如通過斷裂或形成在該分析物或一種試劑的第一與第二原子之間的共價或非共價鍵。在其他實施方案中，例如在方法包括產生糖蛋白、或培養細胞、收獲糖蛋白或純化糖蛋白，或者導致方法中所使用的一個實體(例如，細胞、糖蛋白或試劑)的轉化的另一個步驟的實施方案中，該獲得步驟可能是在沒有這種轉化的情況下可以(例如)通過檢查、比較或從另一方接收信息而產生的一個步驟。在一個實施方案中，獲得一個概況包括進行化學或物理分析以便確定該概況。在一個實施方案中，獲得一個概況包括從另一方接收關于該概況的信息。在一個實施方案中，獲得一個翻譯后修飾的個性特征包括進行化學或物理分析以便確定該個性特征。 在一個實施方案中，獲得一個翻譯后修飾的個性特征包括從一種藥物的說明中(例如，從包裝說明書中)選擇該個性特征。在一個實施方案中，獲得一個翻譯后修飾的個性特征包括從一個列表或表格中選擇該個性特征。在一個實施方案中，獲得一個翻譯后修飾的個性特征包括從另一方接收關于該翻譯后修飾的個性特征的信息。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為聚糖結構。在一個實施方案中，一個觀察值是4，4，1，0，0的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，4，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，5，1，0，0的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，5，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，5，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，5，1，0，0的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，1，0，0的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，1，3，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，6，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，6，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，1，3，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，1，4，O的水平。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為不同于聚糖結構、聚糖補充物或聚糖組分。在一個實施方案中，一個觀察值是基因表達水平。在一個實施方案中，一個觀察值是糖基轉移酶表達水平。在一個實施方案中，一個觀察值是在聚糖生物合成中涉及的基因的表達水平。在一個實施方案中，一個觀察值是代謝物水平。
在一個實施方案中，一個觀察值是UMP水平。在一個實施方案中，一個觀察值是GTP水平。在一個實施方案中，一個觀察值是UDP-Gal水平。在一個實施方案中，一個觀察值是⑶P-Fuc水平。如在此的別處所論述，在此描述的方法可以與一系列細胞群體(例如，來自一個親本細胞系的不同細胞株或來自一個親本細胞株的不同分離物)一起使用。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體之一是CHO細胞系。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體之一是CHO Kl細胞系。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體之一是CHO S細胞系。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體之一是DG44細胞系。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體之一是DHFR(_)細胞系。在一個實施方案中，多個細胞群體中的細胞群體之一是CHO GS細胞系。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的操作適合在這些方法中使用。在一個實施方案中，該操作是多個觀察值的算法組合。在一個實施方案中，該操作是針對多個觀察值的一個模型的擬合。·在一個實施方案中，該模型是線性模型。在一個實施方案中，該操作包括使對于源于信息源(例如，列表、表格或數據庫，例如，可公用的數據庫)的觀察值的多個值有關(例如，相關、關聯或相等同)。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用。在一個實施方案中，該答案是在多個基因的表達水平上的一個操作產物，例如，其中該多個基因中的至少一個編碼形成所選擇的翻譯后修飾的一種蛋白質；該多個基因中的至少一個編碼降低所選擇的翻譯后修飾的水平的一種蛋白質；該答案是在ST3GAL3和ST3GAL4水平上的一個操作產物。在另一方面，本發明的特點為一種選擇或評估一種細胞(例如)以用于制造具有一個選擇的翻譯后修飾的糖蛋白的方法。該方法包括(a)直接或間接獲得用于產生所述糖蛋白的一個細胞群體的個性特征，其中該個性特征是通過以下各項來確定的，即(i)針對第一細胞群體的多個分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為翻譯后修飾的一個值，該值是多個區別觀察值(例如，多個不同基因的表達水平，或例如具有選擇的聚糖結構的多個不同的糖結構、聚糖補充物或聚糖組分的表達水平)的函數，由此為所述第一細胞群體提供一組值；(ii)針對第二細胞群體的多個分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為翻譯后修飾的一個值，該值是多個區別觀察值的函數，由此為所述第二細胞群體提供一組值；(iii)將針對選擇的翻譯后修飾(例如,糖結構、聚糖補充物或聚糖組分,例如具有選擇的聚糖結構)的一個值與針對所述第一細胞群體的該組值和針對所述第二細胞群體的該組值進行比較；并且(iv)響應于所述比較而選擇所述第一或第二細胞群體；從而選擇或評估所述細胞，其中(I)步驟(i和/或ii)包括培育一個細胞群體、進行化學或物理分析以提供一個答案，例如，進行化學或物理分析以提供一個觀察值。在一個實施方案中，該方法(例如⑴至(iv))包括(i)針對多個細胞群體中的每個細胞群體，獲得包括一組答案的一個細胞群體質量屬性概況，其中一個答案表示為翻譯后修飾并且是對于多個觀察值的一個操作產物，所述獲得的概況形成多個區別概況；(ii)獲得一個選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構、聚糖補充物、聚糖組分)的個性特征；(iii)將所獲得的概況與在(b)中所獲得的個性特征進行比較；(iv)響應于比較(例如，當所獲得的概況和在(b)中所獲得的個性特征顯示出彼此具有預選關系時，例如，前者包括后者)而選擇該多個細胞群體之一以用于產生主題糖蛋白，
從而選擇或評估所述細胞，其中步驟(i)包括培育一個細胞群體、進行化學或物理分析以提供一個答案，例如，進行化學或物理分析以提供一個觀察值；步驟(ii)包括進行化學或物理分析以提供所述個性特征；步驟(iii)包括提供作為一個η維度空間的該概況的表示并且將該個性特征與所述空間進行比較；或者任選地,該方法進一步包括培養所述選擇的細胞。如在此的別處所論述，一個觀察值可以是表示為例如具有選擇的聚糖結構(例如，在此披露的一種聚糖結構)的糖結構、聚糖補充物或聚糖組分。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為不同于例如具有選擇的聚糖結構的糖結構、聚糖補充物或聚糖組分，例如，基因表達(例如，在此所論述的一種基因)或代謝物(例如，在此所論述的一種代謝物)的水平。如在此的別處所論述，在此描述的方法可以與一系列細胞群體(例如，CHO或在此描述的其他細胞群體)一起使用。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的操作適合在這些方法中使用，例如，在此所論述的操作，例如，算法組合或線性模型。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作為在多個基因的表達水平上的一個操作產物的一個答案。如在此的別處所論述，答案和/或觀察值的類型可以是在此描述的一個或多個基因的表達水平。在另一方面，本發明的特點是一種提供一個細胞群體(例如)以用于制造具有選擇的翻譯后修飾的糖蛋白的方法。該方法包括(a)針對多個細胞群體中的每個細胞群體，獲得包括一組答案的一個細胞群體質量屬性概況，其中一個答案表示為翻譯后修飾并且是對于多個觀察值的一個操作產物，所述獲得的概況形成多個區別概況；(b)獲得選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構、聚糖補充物或聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結構)的個性特征；(C)將所獲得的概況與在(b)中所獲得的個性特征進行比較；
(d)響應于比較(例如，當所獲得的概況和在(b)中所獲得的個性特征顯示出彼此具有預選關系時，例如，前者包括后者)而選擇該多個細胞群體之一以用于產生主題糖蛋白；并且(e)培養所述選擇的細胞群體以提供所述群體。如在此的別處所論述，一種方法可能需要一個或多個“獲得”步驟，例如，獲得一個概況或獲得一個選擇的翻譯后修飾的個性特征。在一個實施方案中，獲得一個值包括使樣品經受一個過程，該過程導致該樣品或另一種物質(例如，在分析(例如在此描述的這種分析)中使用的分析純試劑或裝置)中的物理變化。在其他實施方案中，例如在方法包括產生糖蛋白、或培養細胞、收獲糖蛋白或純化糖蛋白，或者導致方法中所使用的一個實體(例如，細胞、糖蛋白或試劑)的轉化的另一個步驟的實施方案中，該獲得步驟可能是在沒有這種轉化的情況下可以(例如)通過檢查、比較或從另一方接收信息而產生的一個步驟。
如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為例如具有選擇的聚糖結構(例如，在此披露的一種聚糖結構)的糖結構、聚糖補充物或聚糖組分。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為不同于聚糖結構，例如，基因表達(例如，在此所論述的一種基因)或代謝物(例如，在此所論述的一種代謝物)的水平。如在此的別處所論述，在此描述的方法可以與一系列細胞群體(例如，CHO或在此描述的其他細胞群體)一起使用。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的操作適合在這些方法中使用，例如，在此所論述的操作，例如，算法組合或線性模型。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作為在多個基因的表達水平上的一個操作產物的一個答案。如在此的別處所論述，答案和/或觀察值的類型可以是在此描述的一個基因或多個基因的表達水平。在另一方面，本發明的特點是一種監控用于制造具有選擇的翻譯后修飾的糖蛋白的產生過程的方法。該方法包括(a)針對第一細胞群體的多個分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為翻譯后修飾的一個值，該值是多個區別觀察值(例如，多個不同基因的表達水平，或例如具有選擇的聚糖結構的多個不同的糖結構、聚糖補充物或聚糖組分的表達水平)的函數，由此為所述第一細胞群體提供一組值；(b)將針對選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構、聚糖補充物或聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結構)的一個值與針對所述第一細胞群體的該組值進行比較；并且(C)如果該比較顯示出與該組值的第一預選關系，例如，該組值包括該個性特征，則進行第一選項，例如，繼續培養；而如果該比較顯示出與該組值的第二預選關系，例如，該組值不包括該個性特征，則進行第二選項，例如，中止當前的培養條件或在新的一組條件下進行培養。在一個實施方案中，該方法包括(a)針對產生細胞的一個等分部分，獲得包括一組答案的一個細胞群體質量屬性概況，其中一個答案表示為翻譯后修飾并且是對于多個觀察值的一個操作產物；(b)將選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構)的個性特征與所述概況進行比較；
(c)如果該比較顯示出與該概況的第一預選關系，例如，該概況包括該個性特征，則進行第一選項，例如，繼續培養；而如果該比較顯示出與該概況的第二預選關系，例如，該概況不包括該個性特征，則進行第二選項，例如，中止當前的培養條件或在新的一組條件下進行培養。在一個實施方案中，所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物是一種生物治療性糖蛋白(例如，市售的生物治療性糖蛋白)的聚糖組分和/或聚糖補充物，并且如果該概況包括所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物的個性特征，則繼續培養所述CHO細胞，(例如)以便產生所述生物治療性糖蛋白的一種生物再造或生物仿制糖蛋白。在一個實施方案中，所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物是一種生物治療性糖蛋白(例如，市售的生物治療性糖蛋白)的聚糖組分和/或聚糖補充物，并且如果該概況不包括所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物的個性特征，則進行第二選項，例如，選擇具有包括所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物的一個概況的一個不同的CHO細胞群體，(例如)以便產生所述生物治療性糖蛋白的一種生物再造或生物仿制糖蛋白。在一個實施方案中，所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物是一種生物治療性糖蛋白(例如，市售的生物治療性糖蛋白)的聚糖組分和/或聚糖補充物，并且如果該概況包括所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物的個性特征，則繼續培養所述CHO細胞，(例如)以便產生所述生物治療性糖蛋白。在一個實施方案中，所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物是一種生物治療性糖蛋白(例如，市售的生物治療性糖蛋白)的聚糖組分和/或聚糖補充物，并且如果該概況不包括所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物的個性特征，則進行第二選項，例如，中止當前的培養條件或在一組新的條件(例如，導致包括所述選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物的個性特征的一個概況的條件)下進行培養，以便產生所述生物治療性糖蛋白。如在此的別處所論述，方法可能需要一個或多個“獲得”步驟，例如，獲得一個概況或獲得一個選擇的翻譯后修飾的個性特征。在一個實施方案中，獲得一個值包括使樣品經受一個過程，該過程導致該樣品或另一種物質(例如，在分析(例如在此描述的這種分析)中使用的分析純試劑或裝置)中的物理變化。在其他實施方案中，例如在方法包括產生糖蛋白、或培養細胞、收獲糖蛋白或純化糖蛋白，或者導致在方法中所使用的一個實體(例如，細胞、糖蛋白或試劑)的轉化的另一個步驟的實施方案中，該獲得步驟可能是在沒有這種轉化的情況下可以(例如)通過檢查、比較或從另一方接收信息而產生的一個步驟。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為聚糖結構(例如，在此披露的一種聚糖結構)。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為不同于聚糖結構，例如，基因表達(例如，在此所論述的一種基因)或代謝物(例如，在此所論述的一種代謝物)的水平。如在此的別處所論述，在此描述的方法可以與一系列細胞群體(例如，CHO或在此描述的其他細胞群體)一起使用。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的操作適合在這些方法中使用，例如，在此所論述的操作，例如，算法組合或線性模型。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作為在多個基因的表達水平上的一個操作產物的一個答案。
如在此的別處所論述，答案和/或觀察值的類型可以是在此描述的一個或多個基因的表達水平。在另一方面，本發明的特點是一種選擇用于在細胞群體中制造的糖蛋白的方法。該方法包括(a)針對一個細胞群體，獲得包括一組答案的一個細胞群體質量屬性概況，其中一個答案表示為糖結構并且是對于多個觀察值的一個操作產物；(b)獲得多個糖結構的個性特征；(C)將所獲得的概況與在(b)中所獲得的個性特征進行比較；(d)響應于比較(例如，當(b)中所獲得的個性特征和所獲得的概況顯示出彼此具有預選關系時，例如，前者包括后者)而選擇該多個糖結構之一以用于在所述細胞群體中產生；并且 (e)在所述細胞群體中制造具有所選擇的糖結構的一種糖蛋白。如在此的別處所論述，一種方法可能需要一個或多個“獲得”步驟，例如，獲得一個概況或獲得一個選擇的翻譯后修飾的個性特征。在一個實施方案中，獲得一個值包括使樣品經受一個過程，該過程導致該樣品或另一種物質(例如在分析(例如在此描述的這種分析)中使用的分析純試劑或裝置)中的物理變化。在其他實施方案中，例如在方法包括產生糖蛋白、或培養細胞、收獲糖蛋白或純化糖蛋白，或者導致方法中所使用的一個實體(例如，細胞、糖蛋白或試劑)的轉化的另一個步驟的實施方案中，該獲得步驟可能是在沒有這種轉化的情況下可以(例如)通過檢查、比較或從另一方接收信息而產生的一個步驟。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為聚糖結構(例如，在此披露的一種聚糖結構)。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為不同于聚糖結構，例如，基因表達(例如，在此所論述的一種基因)或代謝物(例如，在此所論述的一種代謝物)的水平。如在此的別處所論述，在此描述的方法可以與一系列細胞群體(例如，CHO或在此描述的其他細胞群體)一起使用。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的操作適合在這些方法中使用，例如，在此所論述的操作，例如，算法組合或線性模型。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作為在多個基因的表達水平上的一個操作產物的一個答案。如在此的別處所論述，答案和/或觀察值的類型可以是在此描述的一個或多個基因的表達水平。在一方面,本披露的特點是一種包括針對預選的細胞群體(例如,CHO細胞)的一個細胞群體的分離物的多個記錄的數據庫，其中每個記錄包括用于所述預選的細胞類型的一個獨特的分離物(與多個分離物中的其他分離物相反)的一個識別符以及用于對于該分離物而言是獨特的一個細胞群體質量屬性概況的一個識別符，并且其中對于該分離物而言，針對每一條目的所述細胞群體質量屬性概況是獨特的(與多個分離物中的其他分離物相反)。在一個實施方案中，預選的細胞類型是CHO或在此描述的其他細胞群體。一個數據庫包括多個記錄，該多個記錄中的每個記錄對應于預選的細胞群體(例如，CHO細胞)的一個細胞群體的一個分離物，其中所述多個記錄包括第一記錄，該第一記錄包括用于所述預選的細胞類型的第一分離物的一個識別符以及用于針對所述第一分離物的第一細胞群體質量屬性概況的一個識別符，第二記錄，該第二記錄包括用于所述預選的細胞類型的第二分離物的一個識別符以及用于針對第二分離物而言是獨特的第二細胞群體質量屬性概況的一個識別符，其中在所述多個記錄中的每個記錄中的細胞群體質量屬性概況對于多個分離物中的每個分離物來說是不同的，不同于針對多個分離物中的每個其他分離物的細胞群體質量屬性概況。在一個實施方案中，數據庫包括針對至少5、10或20個分離物的記錄。 在一方面，本發明的特點是一種制造具有選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物的糖蛋白，或從多個CHO群體提供或選擇一個CHO細胞群體(例如)以用于制造具有選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物的糖蛋白的方法。該方法包括(a)直接或間接獲得用于產生所述糖蛋白的一個CHO細胞群體的個性特征，其中該個性特征是通過在此描述的一種方法而獲得或確定的，例如，通過(i)針對第一 CHO細胞群體(例如，在此描述的CHO細胞群體)的多個分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為聚糖組分和/或聚糖補充物的一個值，該值是多個區別觀察值的函數，這些區別觀察值包括多個基因的表達水平以及多個不同的糖結構、聚糖結構、聚糖組分、聚糖補充物或它們的組合的表達水平，由此為所述第一 CHO細胞群體提供一組值；(ii)針對第二 CHO細胞群體(例如，在此描述的CHO細胞群體)的多個分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為聚糖組分和/或聚糖補充物的一個值，該值是多個區別觀察值的函數，這些區別觀察值包括多個基因和/或代謝物的表達水平以及多個不同的糖結構、聚糖結構、聚糖組分、聚糖補充物或它們的組合的表達水平，由此為所述第二 CHO細胞群體提供一組值，其中所述第二 CHO細胞群體(例如)因天然獲得的或有意誘發的突變而不同于所述第一 CHO細胞群體；(iii)將針對選擇的聚糖組分或聚糖補充物的一個值與針對所述第一 CHO細胞群體的該組值和針對所述第二 CHO細胞群體的該組值進行比較；(iv)響應于所述比較而選擇所述第一或第二 CHO細胞群體。在一個實施方案中，所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物是一種生物治療性糖蛋白(例如，市售的生物治療性糖蛋白)的聚糖組分和/或聚糖補充物，并且所選擇的CHO細胞群體具有一組值，這組值指示產生具有該市售的生物治療性糖蛋白的聚糖組分和/或聚糖補充物的糖蛋白。在一個實施方案中，該糖蛋白是一種治療性抗體、Fe-受體融合物、激素、細胞因子。在一個實施方案中，該糖蛋白是一種市售的治療性生物產品的生物仿制或生物再造型式。在一個實施方案中，該方法是一種提供或選擇一個CHO細胞群體(例如)以用于制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，選擇的糖結構、聚糖補充物、聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結構)的糖蛋白的方法，并且該方法進一步包括(b)培養所述選擇的CHO細胞群體。在一個實施方案中，該方法是一種制造具有選擇的聚糖補充物和/或聚糖組分的糖蛋白的方法，并且該方法進一步包括(b)在所述選擇的CHO細胞群體中制造具有選擇的聚糖補充物和/或聚糖組分的一種糖蛋白。在一個實施方案中，該方法可以進一步包括在步驟(b)之前，對所鑒定的CHO細胞群體進行基因修飾以便表達所述糖蛋白，例如，將編碼所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述鑒定的CHO細胞群體之中。在一個實施方案中，多個CHO細胞群體中的CHO細胞群體之一是CHO Kl細胞系。在一個實施方案中，多個CHO細胞群體中的CHO細胞群體之一是CHO S細胞系。在一個實施方案中，多個CHO細胞群體中的CHO細胞群體之一是DG44細胞系。在一個實施方案中，多個CHO細胞群體中的CHO細胞群體之一是DHFR(_)細胞系。在一個實施方案中，多個CHO細胞群體中的CHO細胞群體之一是CHO GS細胞系。 在一個實施方案中，獲得了針對多個，例如，至少3、4、5、6、7、8、9、10個CHO細胞群體一組值。在一個實施方案中，獲得了針對包括CHO Kl細胞系、CHO S細胞系、DG44細胞系以及DHFR(-)細胞系的多個CHO細胞群體的一組值。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為聚糖結構(例如，在此披露的一種聚糖結構)。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為基因表達(例如，在此所論述的一種基因)或代謝物(例如，在此所論述的一種代謝物)的水平。在一個實施方案中，對于每個CHO細胞群體的觀察值包括對基因的表達水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個觀察值。在一個實施方案中，對于每個細胞群體的觀察值包括關于聚糖代謝物的水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個觀察值。在一個實施方案中，一個觀察值是4，4，1，0，0的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，4，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，5，1，0，0的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，5，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，5，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，5，I, O, O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，I, O, O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，I, I, O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，I, 2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，I, 3，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，6，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，6，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，1，3，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，1，4，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是糖基轉移酶表達水平。在一個實施方案中，一個觀察值是在聚糖生物合成中涉及的基因的表達水平。在一個實施方案中，一個觀察值是代謝物水平。在一個實施方案中，一個觀察值是UMP水平。
在一個實施方案中，一個觀察值是GTP水平。在一個實施方案中，一個觀察值是UDP-Gal水平。在一個實施方案中，一個觀察值是⑶P-Fuc水平。在一方面，本發明的特點是一種制造具有選擇的聚糖補充物和/或聚糖組分的糖蛋白，或提供或選擇一個CHO細胞群體(例如)以用于制造具有選擇的聚糖補充物和/或聚糖組分的糖蛋白的方法。該方法包括(i)針對多個CHO細胞群體中的每個CHO細胞群體，獲得包括一組答案的一個細胞群體質量屬性概況(一個概況)，其中一個答案表示為翻譯后修飾并且是對于多個觀察值的一個操作產物，所述獲得的概況形成多個區別概況；(ii)獲得聚糖補充物和/或聚糖組分的個性特征；
(iii)將所獲得的概況與在(ii)中所獲得的個性特征進行比較；(iv)響應于比較(例如，當所獲得的概況和所獲得的所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物的個性特征顯示出彼此具有預選關系時，例如，前者包括后者)而選擇該多個CHO細胞群體之一以用于產生主題糖蛋白；選擇或提供該CHO細胞群體以便制造所述糖蛋白和/或在所述選擇的CHO細胞群體中制造具有所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物的所述糖蛋白。在一些實施方案中，該方法進一步包括將編碼所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述選擇的CHO細胞群體之中。在一個實施方案中，所選擇的聚糖組分和/或聚糖補充物是一種生物治療性糖蛋白(例如，市售的生物治療性糖蛋白)的聚糖組分和/或聚糖補充物，并且所選擇的CHO細胞群體具有一組值，這組值指示產生具有該市售的生物治療性糖蛋白的聚糖組分和/或聚糖補充物的糖蛋白。在一個實施方案中，該糖蛋白是一種治療性抗體、Fe-受體融合物、激素、細胞因子。在一個實施方案中，該糖蛋白是一種市售的治療性生物產品的生物仿制或生物再造型式。在一個實施方案中，該方法是一種提供或選擇一個CHO細胞群體(例如)以用于制造具有選擇的聚糖補充物和/或聚糖組分的糖蛋白的方法，并且該方法進一步包括培養所述選擇的CHO細胞群體。在一個實施方案中，該方法是一種制造具有選擇的聚糖補充物和/或聚糖組分的糖蛋白的方法，并且該方法進一步包括在所述選擇的CHO細胞群體中制造具有選擇的聚糖補充物和/或聚糖組分的一種糖蛋白。在一個實施方案中，該方法可以進一步包括對所選擇的CHO細胞群體進行基因修飾以便表達所述糖蛋白，例如，將編碼所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述鑒定的CHO細胞群體之中。在一個實施方案中，多個CHO細胞群體中的CHO細胞群體之一是CHO Kl細胞系。在一個實施方案中，多個CHO細胞群體中的CHO細胞群體之一是CHO S細胞系。在一個實施方案中，多個CHO細胞群體中的CHO細胞群體之一是DG44細胞系。在一個實施方案中，多個CHO細胞群體中的CHO細胞群體之一是DHFR(_)細胞系。在一個實施方案中，多個CHO細胞群體中的CHO細胞群體之一是CHO GS細胞系。在一個實施方案中，獲得了針對多個，例如，至少3、4、5、6、7、8、9、10個CHO細胞群體一組答案。在一個實施方案中，獲得了針對包括CHO Kl細胞系、CHO S細胞系、DG44細胞系以及DHFR(-)細胞系的多個CHO細胞群體一組答案。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為聚糖結構(例如，在此披露的一種聚糖結構)。如在此的別處所論述，一個觀察值可以表示為基因表達(例如，在此所論述的一種基因)或代謝物(例如，在此所論述的一種代謝物)的水平。在一個實施方案中，對于每個CHO細胞群體的觀察值包括對基因的表達水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個觀察值。在一個實施方案中，對于每個CHO細胞群體的觀察值包括關于聚糖代謝物的水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個觀察值。在一個實施方案中，一個觀察值是4，4，1，0，0的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，4，I, 1，O的水平。·在一個實施方案中，一個觀察值是4，5，1，0，0的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，5，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是4，5，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，5，1，0，0的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，1，0，0的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，I, I, O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是5，6，I, 3，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，6，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，6，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，I, 1，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，1，2，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，1，3，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是6，7，1，4，O的水平。在一個實施方案中，一個觀察值是糖基轉移酶表達水平。在一個實施方案中，一個觀察值是在聚糖生物合成中涉及的基因的表達水平。 在一個實施方案中，一個觀察值是代謝物水平。在一個實施方案中，一個觀察值是UMP水平。在一個實施方案中，一個觀察值是GTP水平。在一個實施方案中，一個觀察值是UDP-Gal水平。在一個實施方案中，一個觀察值是⑶P-Fuc水平。如在此的別處所論述，許多類型的觀察值適合在這些方法中使用，例如，在此所論述的操作，例如，算法組合或線性模型。如在此的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作為在多個基因的表達水平上的一個操作產物的一個答案。如在此的別處所論述，答案和/或觀察值的類型可以是在此描述的一個或多個基因的表達水平。標題和識別符(例如，(a)、(b)、⑴等)僅是為了易于閱讀本說明書和權利要求而呈現的。本說明書或權利要求中標題或識別符的使用并不要求步驟或要素按照字母或數字順序或它們被呈現的順序來進行。根據以下詳細說明、并且根據權利要求書，本發明的其他特征和優點將是清楚的。
首先簡要描述附圖圖I是來自分離的糖蛋白的聚糖的說明性色譜圖，這些聚糖通過LC和LC/MS進行釋放、標記以及分析；圖2是來自CHO克隆的產品的分布的說明性LC數據的描繪；圖3是用于針對每個細胞類型CHO KUCHO SXHO DG44以及DHfr(-)的細胞群體質量屬性概況(CPQAP)的PCA分析的標繪圖；
圖4是表達水平的描繪；圖5是表達水平的描繪；圖6是利用ST3GAL3表達來計算所產生的聚糖5，6，I, 2，O水平的線性模型；圖7是與來自每個細胞系背景的克隆(每個點)之間的糖基化相關的轉錄本分布的描繪，每個細胞系背景是針對每個轉錄本而聚類的；圖8是糖相關基因的轉錄本的PCA分析的描繪，這些糖相關基因源于來自CHO細胞系背景的每個克隆，圓形表示CHOKl、三角形表示CH0S、加號表示DG44 ；圖9是在用于四個細胞類型中的每個的細胞群體質量屬性概況上重疊的未知物的描繪。如在此所使用的，“獲得一個值”是指導致對該值的擁有的任何過程。在一個實施方案中，這個值是通過(例如)在一個樣品(例如，糖蛋白樣品、細胞提取物或細胞樣品(例如，細胞系))上進行一個或多個物理轉化步驟而“直接獲得”。這個過程因此導致該樣品或另一種物質(例如，在該過程中使用的分析純試劑或裝置)中的物理變化。作為舉例，這樣的方法包括分析方法；制備方法；以及細胞操作，例如，從細胞中提取或純化組分(例如核酸，如mRNA或DNA，或蛋白質)，或培養細胞。這些方法典型地包括以下各項的一個或多個使一種物質(例如，分析物，或其片段或其他衍生物)與另一種物質分離；將一種物質(例如，分析物或其片段或其他衍生物)與另一種物質(例如，緩沖劑、溶劑或反應物)合并；或者改變一種分析物或其片段或其他衍生物的結構，例如通過斷裂或形成在該物質(例如，一種分析物)的第一原子與第二原子之間的一個共價或非共價鍵。該值也可以“間接獲得”。間接獲得包括(例如)從另一方(例如，直接獲得該值的一方)接收該值。典型地，甚至是在由間接獲得來表征的實施方案中，某一方使一個樣品經受如上文所描述的一個過程，該過程導致該樣品或另一種物質中的物理變化。在一個實施方案中，實踐評估方法的一方指導另一方來進行這個過程，并且(例如)實踐該方法的一方接收該值。在一個實施方案中，一個值可以是一個細胞或細胞系是否具有一個特征或具有何種程度的一個特征的表達，該特征例如聚糖結構相關特征，例如，轉錄本的水平、制造具有預選的聚糖結構的糖蛋白的能力、聚糖結構的預選水平、第一與第二聚糖結構的預選比或在預選位置處的預選的聚糖結構。“細胞群體質量屬性概況”(CPQAP)包括針對一個細胞群體的一組答案。一組答案包括至少兩個答案。典型地，一組答案包括針對第一細胞(例如，一個細胞群體的第一分離物或等分部分)的答案以及針對第二細胞(例如，該細胞群體的第二分離物或等分部分)的答案。表示為翻譯后修飾(例如，聚糖結構)的一個答案是關于多個觀察值(例如，測量結果或確定的特征)的操作產物。一個操作使這些觀察值與翻譯后修飾(例如，聚糖結構)有關。在一個實施方案中，這些觀察值表示為翻譯后修飾(例如，聚糖結構)。在一個實施方案中，觀察值不表示為翻譯后修飾(例如，聚糖結構)，例如，它們被表示為基因表達，并且操作也將它們轉換成翻譯后修飾(例如，聚糖結構)的單位。示例性操作包括將一或多個觀察值與翻譯后修飾(例如，聚糖結構)相關聯，例如通過使用一個查表或等效工具；將觀察值用作一個模型(例如，線性模型)中的輸入，該模型使觀察值與翻譯后修飾(例如聚糖結構)產生關系；或例如當觀察值自身表示為翻譯后修飾(例如，聚糖結構)時，例如通過相加將觀察值合并。可以通過主成分分析獲得觀察值。如果包括一個細胞群體質量屬性概況的這組答案被視作視為連續的，則可以將其直觀化/分析為定義由該細胞群體占據的一個離散空間。例如，這組答案能夠以η維度進行描繪并且占據η維度的空間，例如，如果以3個維度進行描繪，那么該組定義一個3維度的空間。 如在此所使用的術語“在多個區別細胞群體質量屬性概況中”，該多個中的每個細胞群體質量屬性概況都不同于該多個中的其他每個CPQAP，例如，第一概況的至少一個答案不同于第二概況的至少一個答案。在一個實施方案中，一個答案是翻譯后修飾(例如，糖結構)的狀態的直接指示，例如，糖結構的存在或水平，一個細胞具有X水平的聚糖X以及y水平的聚糖I。一個選擇的翻譯后修飾例如糖結構(例如，存在于參考蛋白質上的糖結構)是將要在一種蛋白質上包括的翻譯后修飾(例如，糖結構)。如果這組答案包括所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構)，或者換言之，如果所選擇的糖結構落在該細胞群體質量屬性概況之內，則可以選擇該細胞群體用于產生具有所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構)的糖蛋白。該翻譯后修飾(例如，糖結構)與多個細胞群體質量屬性概況的比較允許選擇一個細胞群體來優化具有所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構)的一種蛋白質的產生。如在此使用的“區別分離物”是指第一個細胞或第一組細胞與第二個細胞或第二組細胞之間的關系。區別分離物具有共同的細胞祖先，但每個區別分離物的生成細胞被分開至少1、10、20、50、100、500、1，000、5，000或10，000個細胞分裂周期。為了進行說明，一個親本細胞分裂而給出兩個Fl細胞，每個Fl細胞分裂而給出兩個F2細胞，每個F2細胞分裂而給出兩個F3細胞。在親本細胞與F3細胞之間存在三個細胞分裂周期。典型地，該共同的細胞祖先是一種已經從多細胞生物(例如，昆蟲或動物，例如，哺乳動物或靈長類)中去除的細胞，例如，培養細胞，作為共同的細胞祖先，不包括自其取得該共同的細胞祖先的動物或動物祖先的前體細胞。如在此所使用的“觀察值”是對于一種參數的一個值，例如，對于和細胞的特性有關的一種參數的測量結果、確定的或觀察的值。如在此所使用的“緊密相關的細胞群體”是指具有一種或多種、以及在多個實施方案中兩種或更多種、或全部以下特性的細胞群體它們來自相同的種類；它們來自相同的組織類型；它們具有相同的細胞類型(例如，它們是基質細胞)；它們具有相同的轉化狀態(例如，都被轉化并且在培養中顯示出基本上永生的生長或者均不能永生化生長，或者彼此在選擇的介質上都具有在2X之內的生長率)。在多個實施方案中，它們的生成細胞彼此被分開少于1000個細胞分裂周期，并且在多個實施方案中是少于500或100個細胞分裂周期。如在此所使用的“糖結構”是指一種糖蛋白的聚糖補充物的一個或多個要素或是指一種選擇的聚糖結構。糖結構可以(例如)是指單個單糖、單個聚糖組分(例如，高甘露糖結構的存在)，或者是指一種糖蛋白的整個聚糖補充物，或一個特殊的聚糖結構(例如，高甘露糖聚糖組分)。如在此所使用的“聚糖補充物”是指一種糖蛋白的所有聚糖組分。在具有單個糖基化位點的蛋白質情況下，附著到其上的聚糖組分形成聚糖補充物。在具有一個以上的糖基化位點的蛋白質情況下，聚糖補充物是由附著在所有位點的聚糖組分構成的。“聚糖補充物的組分”是指構成聚糖補充物的聚糖組分的子集，例如，附著到它的糖基化位點或它們各自的糖基化位點的一個或多個聚糖組分。聚糖補充物可以是混合物中所有糖蛋白的所有聚糖組分的平均值。聚糖補充物也可以是在一種糖蛋白混合物之內與糖型相關的所有聚糖組 分。如在此所使用的“聚糖組分”，是指一個糖部分，例如，附著到蛋白質一個位點處的的單糖、低聚糖或多糖(例如，二糖、三塘、四糖等等)。在多個實施方案中，該附著是共價的并且聚糖組分是經由N或O連接至該蛋白質。聚糖組分可以是經由糖苷鍵而彼此附著的單糖的鏈。聚糖組分可以是直鏈的或支鏈的。如在此所使用的“聚糖結構”是指聚糖補充物、聚糖補充物的組分或聚糖組分的結構。聚糖結構的要素包括以下各項的一個或多個在一個或多個位點(例如，用于N-連接或O-連接糖基化作用的一個或多個位點)處的糖基化作用的存在、缺乏或水平；N-或 O-連接；長度(單糖部分的數目)；在一個鏈之內的單糖(例如，半乳糖基部分)的布置布局或位置；糖含量(例如，在一種特殊的聚糖中的單糖組分的量或比率)；糖序列(例如，在一個聚糖部分中的單糖亞單位的順序)；末端或倒數第二個糖亞單位的存在、缺乏或數量；分支點的數目、布局以及類型(例如，平分型GlcNAc或甘露糖結構的存在、缺乏或數量)；復雜結構(例如，雙觸角結構、三觸角結構、四觸角結構等)的存在、缺乏或水平；高甘露糖或混合結構的存在、缺乏或水平單糖部分之間的關系(例如，在單糖部分、同分異構體以及分支點之間的連接)；選擇的單糖(例如，半乳糖基部分、巖藻糖基部分、GIcNAc部分或甘露糖基部分)的存在、缺乏、位置或數目；選擇的結構(例如，單半乳糖化、二半乳糖化或聚半乳糖化結構)的存在、缺乏、位置或數目；其他非限制性實例包括在天然發生的糖蛋白上發現的任何其他結構；以及跨過一個或多個位點的異質性或同質性(例如，跨過整個蛋白質的多樣性，例如，對一種蛋白質的潛在糖基化位點的占據程度(例如，對在多個分子中的兩個或更多個特定的蛋白質主鏈之間的相同的潛在糖基化位點的占據程度以及對一個蛋白質主鏈上的一個潛在糖基化位點相對于對相同的蛋白質主鏈上的一個不同的潛在糖基化位點的占據程度))。聚糖結構可以描述為第一聚糖結構與第二聚糖結構的存在、缺乏或數量的比較。例如，唾液酸的存在、缺乏或數量相對于巖藻糖的存在、缺乏或數量。在其他實例中，可以將唾液酸如N-乙酰神經氨酸的存在、缺乏或數量與(例如)唾液酸衍生物如N-羥乙酰神經氨酸的存在、缺乏或數量進行比較。聚糖結構能夠以許多方式來進行描述、鑒定或測定。聚糖結構能夠(例如)以定義的結構術語進行描述，例如通過化學名稱、或通過功能或物理特性(例如，通過分子量或與純化或分離有相關的參數，例如，在色譜柱或其他分離裝置中的峰值的保留時間)。在多個實施方案中，作為舉例，聚糖結構可以是來自多個聚糖結構的一個峰值或其他部分(代表一個或多個種類)，這多個聚糖結構源于(例如，來自酶消化的)糖蛋白。如在此所使用的“單糖”是指一個聚糖組分的基本單位，以及在多個實施方案中是通過糖基轉移酶來轉移至底物上的一個部分。如在此所使用的單糖包括天然和非天然發生的單糖。示例性得單糖部分包括葡萄糖(Glc)、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、甘露糖(Man)、 N-乙酰甘露糖胺(ManNAc)、半乳糖(Gal)、N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)、巖藻糖(Fuc)、唾液酸(NeuAc)和核糖以及它們的衍生物和類似物。不同單糖的衍生物是已知的。例如，唾液酸涵蓋三十多種衍生物，其中N-乙酰神經氨酸和N-羥乙酰神經氨酸形成核心結構。唾液酸類似物的實例包括功能上模擬的唾液酸、但不被內源性宿主細胞唾液酸酶識別的那些。單糖類似物的其他實例包括但不限于N-菊芋糖基甘露糖胺(ManLev)、Neu5Ac α -甲基糖苷、Neu5Ac β -甲基糖苷、Neu5Ac α -芐基糖苷、Neu5Ac β -芐基糖苷、Neu5Ac α -甲基糖苷甲酯、Neu5Ac α -甲酯、9_0_乙酰-N-乙酰神經氨酸、9_0_乳酰-N-乙酰神經氨酸、N-疊氮乙酰甘露糖胺和其O-乙酰化的變體、以及Neu5Ac α -乙基硫苷。如在此所使用的“高甘露糖”是指一個或多個N-聚糖結構，包括分別含有3、4、5、
6、7、8 或 9 個甘露糖殘基的 ΗΜ3、ΗΜ4、ΗΜ5、ΗΜ6、ΗΜ7、ΗΜ8 以及 ΗΜ9。細胞和細胞系在此描述的方法使用細胞來產生具有選擇的翻譯后修飾(例如，糖結構)的糖蛋白。下文是在此處描述的這些以及其他方法中有用的細胞和細胞系的實例。在此處描述的方法中有用的細胞可以是真核的或原核的，只要這種細胞提供了適當的酶或已經向其中加入了適當的酶來激活并附著(或去除)存在于細胞中的糖類、或存在于細胞培養基中的糖類、或被進料到細胞中的糖類。真核細胞的實例包括酵母、昆蟲、真菌、植物以及動物細胞，尤其是哺乳動物細胞。適合的哺乳動物細胞包括任何正常的非永生、或正常的或異常的永生動物或人類細胞，包括由SV40 (C0S-7，ATCC CRL 1651)轉化的猴腎CVl 系；人胚腎系(293) (Graham 等人，普通病毒學雜志(J. Gen. Virol )，36:59 (1977));幼倉鼠腎細胞(baby hamster kidney cell) (BHK, ATCC CCL 10);中國倉鼠卵巢(CHO),例如 DG44、DUKX-VlU GS-CHO (ATCC CCL 61、CRL 9096、CRL 1793 以及 CRL 9618)；小鼠睪丸支持細胞(TM4，Mather,繁殖生物學(Biol. R印rod. ) 23:243251 (1980));猴腎細胞(CV1ATCCCCL 70);非洲綠猴腎細胞(VER0-76，ATCC CRL 1587);人宮頸癌細胞(HeLa，ATCC CCL 2);布法羅大鼠肝細胞(BRL 3A, ATCCCRL 1442);人肺細胞(W138，ATCCCCL 75);人肝細胞(!fep G2, HB 8065);小鼠黑色素瘤細胞(NSO);小鼠乳腺腫瘤(MMT060562，ATCC CCL51)、TRI 細胞(Mather 等人，紐約科學院年刊(Annals N. Y. Acad. Sci.)383:4446(1982));犬腎細胞(MDCK) (ATCC CCL 34&CRL 6253),HEK 293 (ATCC CRL 1573)、WI-38 細胞(ATCC CCL75) (ATCC:美國典型培養物保藏中心(American Type CultureCollection)，Rockville, Md. )、MCF-7 細胞、MDA-MB-438 細胞、U87 細胞、A127 細胞、HL60細胞、A549細胞、SPlO細胞、DOX細胞、SHSY5Y細胞、Jurkat細胞、BCP-I細胞、GH3細胞、9L細胞、MC3T3細胞、C3H-10T1/2細胞、NIH-3T3細胞、C6/36細胞、人成淋巴細胞細胞系(例如，GEX)以及PER.C6r'細胞。在 Winnacker 的從基因到克隆(FROM GENES TO CLONES) (VCH出版社，紐約州紐約市，1987)中總體上論述了使用哺乳動物組織細胞培養來表達多肽。示例性植物細胞包括(例如)擬南芥、油菜籽、玉米、小麥、水稻、煙草等(Staub等人的 2000 年的《自然生物技術》(Nature Biotechnology) I (3) : 333-338 以及 McGarvey, P.B.等人的 1995 年的《生物技術》(Bio-Technology) 13 (13) :1484-1487 ；Bardor, Μ.等人的1999年的《植物科學發展趨勢》(Trends in Plant Science)4(9) :376-380)。示例性昆蟲細胞包括(例如)草地貪夜蛾Sf9、Sf21、粉紋夜蛾(Trichoplusia ni)等。示例性細菌細胞包括大腸桿菌。還可以選擇各種酵母和真菌如畢赤酵母、甲醇畢赤酵母、多形漢遜酵母以及釀酒酵母。·培養某和加工在此所描述的這些方法可以包括確定和/或選擇導致一種所希望的糖結構的產生的培養基組分或培養條件。可以確定的培養參數包括培養基組分、pH、補料條件、重量克分子滲透壓濃度、二氧化碳水平、攪拌速率、溫度、細胞密度、接種密度、計時、以及鼓泡速率(sparge rate)。生產參數方面的變化，像細胞培養的攪拌速度、細胞培養所處的溫度、培養基中的組分、培養開始和停止時的時間、營養物供給的計時方面的變化(能夠導致所產生的糖蛋白產物的一種聚糖特性的變化)。因此，在此描述的方法可以包括以下各項的一種或多種增加或降低攪拌細胞的速度、增加或降低細胞培養所處的溫度、加入或去除培養基組分、以及改變培養開始和/或停止時的時間。如在此所使用的，對一種生產參數或其一種組合進行順序選擇表示選擇一個第一參數(或組合)，然后選擇一個第二參數(或組合)，例如，基于通過選擇該第一生產參數所施加的一種約束。培養基在此描述的這些方法可以包括確定和/或選擇一種培養基組分和/或一種培養基組分的濃度，它與一種所希望的糖結構呈正相關。取決于培養條件，可以在糖蛋白產生過程中或當在培養基中存在變化時添加或給予一種培養基組分。培養基組分包括直接添加至培養中的組分以及成為細胞培養的副產物的組分。培養基組分包括，例如緩沖劑、氨基酸含量、維生素含量、鹽含量、礦物質含量、血清含量、碳源含量、脂質含量、核酸含量、激素含量、微量元素含量、氨含量、輔因子含量、指示劑含量、小分子含量、水解產物含量、以及酶調節劑的含量。牛理化學參數在此描述的方法可以包括選擇與一個所希望的糖結構相關聯的培養條件。這樣的條件可以包括溫度、pH、重量克分子滲透壓濃度、剪力或攪拌速率、氧化作用、鼓泡速率(spurge rate)、生長容器、切向流動、D0、C02、氮、分批補料、氧化還原作用、細胞密度以及補料策略。表2中提供了可以選擇的生理化學參數的實例。
W2
溫度DOpHCO2
重量克分子滲透壓濃度氮
剪力或攪拌速率分批補料
氧化作用氧化還原作用
起泡速率細胞密度
生長容器灌注培養
切向流補料策略
分批例如，這種生產參數可以是在酸性、中性或堿性的pH條件下培養細胞。溫度可以選自從10° C至42° C。例如，大約28° C至36° C的溫度不顯著性地改變由在這些溫度下所培養的細胞(例如，一種CHO細胞，例如，一種dhfr不足的CHO細胞)所產生的糖蛋白的半乳糖基化作用、巖藻糖基化作用、高甘露糖的產生、混合物的產生、或唾液酸化作用。另夕卜，減緩一種細胞的生長速率的任何方法也可能具有這種效應。因此，當不希望具有改變糖合成的這一生產參數時，可以選擇減緩生長速率的這個范圍或方法中的溫度。在其他實施方案中，可以選擇導致一個或多個所希望的聚糖特征的二氧化碳水平。CO2 水平可以是(例如)大約 5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、13%、15%、17%、20%、23% 以及 25%(和它們之間的范圍)。在一個實施方案中，當希望降低藻糖基化作用時，可以在大約11%至25% (例如，大約15%)的CO2水平下培養細胞。CO2水平可以是人工來調節或者可以是一種細胞副產物。很多燒瓶、玻璃瓶(bottles)、反應器以及控制器允許細胞培養系統的生產和按比例放大。可以至少部分地基于與一種或多種所希望的聚糖特性的關聯來選擇系統。例如，細胞可以作為分批的、補料分批的、灌注的、或連續的培養物而生長。可以選擇的生產參數包括，例如添加或去除培養基(包括何時(在培養時間過程中的早期、中期、或晚期)對培養基進行收獲，以及收獲培養基的頻率如何);增加或降低攪拌細胞培養物的速度；增加或降低培養細胞所處的溫度；添加或去除培養基，使得培養基密度得以調節；選擇細胞培養開始或停止的時間；以及選擇改變細胞培養參數所處的時間。可以對這樣的參數進行選擇以用于分批、補料分批、灌注、以及連續培養條件中的任何一種。糖蛋白主題糖蛋白包括天然發生和非天然發生的糖蛋白。代表性的糖蛋白包括抗體，例如，IgG抗體、IgM抗體、人源性抗體、人源化抗體、移植抗體和嵌合抗體以及它們的片段；融合蛋白，例如，包括人源性(或其他)抗體域(例如，Fe或恒定區域)的融合體；生長因子；激素；干擾素；細胞因子；細胞因子受體；可溶性血液組分，例如白蛋白、凝血因子、血細胞生成因子；酶；以及由表3中所列出的蛋白質代表的任何種類的蛋白質。還包括在此描述的任何糖蛋白或任何類別的糖蛋白的可溶性或活性片段。可以由在此描述的方法制造的示例性糖蛋白包括在表3中的那些。表3.
權利要求
1.一種制造具有選擇的聚糖補充物或聚糖組分的糖蛋白的方法，該方法包括 (a)獲得用于產生所述糖蛋白的一個細胞群體的個性特征，其中該個性特征是通過以下各項獲得或確定的 (i)針對一個第一細胞群體的多個分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為一種聚糖補充物或聚糖組分的一個值，該值是多個區別觀察值的一個函數，這些區別觀察值包括多個不同基因的表達水平以及多個不同的糖結構、聚糖結構、聚糖組分或它們的組合的表達水平，由此為所述第一細胞群體提供一組值； ( )針對一個第二細胞群體的多個分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為一種聚糖補充物或聚糖組分的一個值，該值是多個區別觀察值的一個函數，這些區別觀察值包括多個不同基因的表達水平以及多個不同的糖結構、聚糖結構、聚糖組分或它們的組合的表達水平，由此為所述第二細胞群體提供一組值； (iii)將針對一種選擇的聚糖補充物或聚糖組分的一個值與針對所述第一細胞群體的該組值和針對所述第二細胞群體的該組值進行比較；并且 (iv)響應于所述比較而選擇所述第一或第二細胞群體；并且 (b)培養所述選擇的細胞群體，從而制造具有所述選擇的聚糖補充物或聚糖組分的所述糖蛋白。
2.如權利要求I所述的方法，進一步包括從該培養中分離所述糖蛋白。
3.如權利要求2所述的方法，進一步包括純化所述糖蛋白。
4.如權利要求I所述的方法，進一步包括 (i)針對多個細胞群體中的每個細胞群體，獲得包括一組答案的一個細胞群體質量屬性概況(一個概況)，其中一個答案表示為一種聚糖補充物或聚糖組分并且是對于多個觀察值的一個操作產物，所述獲得的概況形成多個不同的概況； ( )獲得一種選擇的聚糖補充物或聚糖組分的個性特征； (iii)將所獲得的概況與在(ii)中所獲得的該個性特征進行比較； (iv)當所獲得的概況包括在(ii)中所獲得的該個性特征時，選擇該多個細胞群體中的一個以便制造具有該選擇的聚糖補充物或聚糖組分的所述糖蛋白。
5.如權利要求I所述的方法，進一步包括將編碼所述糖蛋白的全部或部分的一種核酸弓I入所述鑒定的細胞群體之中。
6.一種制造具有選擇的聚糖組分或聚糖補充物的糖蛋白的方法，該方法包括 (a)獲得用于產生所述糖蛋白的一個CHO細胞群體的個性特征，其中該個性特征是通過以下各項獲得或確定的 (i)針對一個第一 CHO細胞群體的多個分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為聚糖組分或聚糖補充物的一個值，該值是多個區別觀察值的一個函數，這些區別觀察值包括多個基因或代謝物的表達水平以及多個不同的糖結構、聚糖結構、聚糖組分、聚糖補充物或它們的組合的表達水平，由此為所述第一 CHO細胞群體提供一組值； ( )針對一個第二 CHO細胞群體的多個分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為聚糖組分或聚糖補充物的一個值，該值是多個區別觀察值的一個函數，這些區別觀察值包括多個基因或代謝物的表達水平以及多個不同的糖結構、聚糖結構、聚糖組分、聚糖補充物或它們的組合的表達水平，由此為所述第二 CHO細胞群體提供一組值，其中所述第二 CHO細胞群體因一個天然獲得的或有意誘發的突變而不同于所述第一 CHO細胞群體； (iii)將針對一種選擇的聚糖組分或聚糖補充物的一個值與針對所述第一CHO細胞群體的該組值和針對該第二 CHO細胞群體的該組值進行比較； (iv)響應于所述比較而選擇所述第一或第二CHO細胞群體；并且 (b)培養所選擇的CHO細胞群體，從而制造具有該選擇的聚糖組分或聚糖補充物的所述糖蛋白。
7.如權利要求6所述的方法，其中該觀察值是以下各項中的一種或多種4，4，1，0，0的水平;4, 4，I, 1,0的水平；4，5，1,0,0的水平；4，5，I, 1,0的水平；4，5，1,2,0的水平；5，5，I, O, O 的水平；5，6，I, O, O 的水平；5，6，I, I, O 的水平；5，6，I, 2，O 的水平；5，6，I, 3，O的水平；6，6，I, 1,0的水平；6，6，1,2,0的水平；6，7，I, 1,0的水平；6，7，1,2,0的水平；6，7，I, 3，O的水平；6，7，I, 4，O的水平；糖基轉移酶的表達水平；在聚糖生物合成中涉及的基因的表達水平；代謝物的水平；UMP的水平；GTP的水平；UDP-Gal的水平；GDP_Fuc的水平。
8.如權利要求I所述的方法，其中獲得了針對包括CHOKl細胞系、CHO S細胞系、DG44細胞系以及DHFR(-)細胞系的多個CHO細胞群體的一組值。
9.一種從來自一個細胞群體的多個分離物提供或選擇一個細胞群體以用于制造具有選擇的聚糖補充物或聚糖組分的糖蛋白的方法，該方法包括 (a)獲得一種選擇的聚糖補充物或聚糖組分的個性特征； (b)獲得一個評估，即所述細胞群體的所述多個分離物各自產生所述聚糖補充物或聚糖組分的能力，并且 (C)從所述多個分離物中選擇一個分離物，從而從一個細胞群體提供一個分離物以用于制造具有選擇的聚糖補充物或聚糖組分的一種糖蛋白。
10.一種監控用于制造具有選擇的翻譯后修飾的糖蛋白的產生過程的方法，該方法包括 (a)針對一個第一細胞群體的多個分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為一種聚糖補充物或聚糖組分的一個值，該值是多個區別觀察值的一個函數，這些區別觀察值包括多個不同基因的表達水平以及多個不同的糖結構、聚糖補充物或聚糖組分的表達水平，由此為所述第一細胞群體提供一組值； (b)鑒定一種選擇的聚糖補充物或聚糖組分； (C)將針對該選擇的聚糖補充物或聚糖組分的一個值與針對所述第一細胞群體的該組值進行比較；并且 (d)如果該比較顯示出針對所述第一細胞群體的該組值包括針對該選擇的聚糖補充物或聚糖組分的該值，則進行第一選項，例如，繼續培養；而如果該比較顯示出該組值不包括針對該選擇的聚糖補充物或聚糖組分的該值，則進行第二選項，例如，中止當前的培養條件或在一組新的條件下進行培養。
11.一種選擇用于在細胞群體中制造的糖蛋白的方法，該方法包括 (a)針對一個細胞群體，獲得包括一組答案的一個細胞群體質量屬性概況，其中一個答案表示為一種聚糖補充物或聚糖組分并且是對于多個觀察值的一個操作產物； (b)獲得多個聚糖補充物或聚糖組分的個性特征；(C)將所獲得的概況與在(b)中所獲得的這些個性特征進行比較； (d)當在(b)中所獲得的這些個性特征包括所獲得的概況時，選擇該多個聚糖補充物或聚糖組分之一以用于在所述細胞群體中產生；并且 (e)在所述細胞群體中制造具有所選擇的糖結構的一種糖蛋白。
12.一種包括針對預選的細胞群體的一個細胞群體的分離物的多個記錄的數據庫，其中每個記錄包括用于所述預選的細胞類型的一個獨特的分離物的一個識別符以及用于針對該分離物而言是獨特的一個細胞群體質量屬性概況的一個識別符，并且其中對于該分離物而言，針對每一條目的所述細胞群體質量屬性概況是獨特的，與多個分離物中的其他分離物相反。
全文摘要
在此提供了一種制造具有選擇的糖結構的糖蛋白的方法。
文檔編號A61K45/00GK102917733SQ201180022322
公開日2013年2月6日 申請日期2011年4月7日 優先權日2010年4月7日
發明者B·E·柯林斯, J·杜夫納, V·法魯丁, N·巴納戈爾, L·瑟尼拉坎塔皮賴, C·J·博斯克斯, G·驕陳如 申請人:動量制藥公司