用于肺癌的診斷、預后和治療的基于微小rna的方法和組合物的制作方法

用于肺癌的診斷、預后和治療的基于微小rna 的方法和組合物的制作方法
【專利摘要】本發明提供了用于肺癌的診斷、預后和治療的新的方法和組合物。本發明還提供了鑒定抗肺癌劑的方法。
【專利說明】用于肺癌的診斷、預后和治療的基于微小RNA的方法和組合物
[0001]發明人:CarloM.Croce, Nozomu Yanaihara 和 Curtis C.Harris
[0002]本申請是申請日為2007年I月3日、申請號為200780006750.8、發明名稱為“用于肺癌的診斷、預后和治療的基于微小RNA的方法和組合物”的申請的分案申請。
[0003]政府資助
[0004]本發明全部或部分由來自CCR/NCI/NIH的基金CA76259和校內基金資助，也依照合同號N01-C0-12400由來自NCI/NIH的聯邦基金資助。政府具有本發明的某些權利。
[0005]發明背景
[0006]在世界范圍內，肺癌造成比任何其它形式的癌癥更多的死亡(Goodman，G.E.，Thorax57:994-999 (2002)) ο在美國，肺癌是男性和女性癌癥死亡的主要原因。在2002年，肺癌死亡率估計是134，900例。肺癌也是所有歐洲國家癌癥死亡的主要原因，肺癌_相關死亡的數目在發展中國家也快速增加。
[0007]無論在診斷時的疾病階段，所有肺癌患者的五年生存率僅是約13%。這與在該疾病仍然在局部時檢測出的病例的46%的五年生存率形成對比。但是，在該疾病已經擴散之前，僅16 %的肺癌被發現。早期檢測是困難的，因為在該疾病已經達到晚期之前經常觀察不到臨床癥狀。目前，使用胸部X線、痰中含有的細胞類型的分析和支氣管氣道的纖維光學檢查來輔助診斷。治療方案由癌癥的類型和階段決定，包括手術、放療和/或化療。盡管對該癌癥和其它癌癥的治療進行了大量研究，肺癌仍然難以有效地診斷和治療。因此，非常需要改進的檢測和治療這些癌癥的方法。
[0008] Carbone, J.Clin.0ncol.23:3219-3226(2005) ；Granville 和 Dennis, Cell Mol.Biol.32:169-176 (2005)) o例如，p53和RB/pl6途徑中的缺陷是肺癌中常見的。幾個其它的基因，例如K-ras，PTEN，ΠΠΤ和MY018B，在肺癌中發生遺傳改變，盡管頻率更低(Minna等人，Cancer Celll:49-52 (2002) ;Sekido 等人，Annu.Rev.Med.54:73-87 (2003) ; Yokota 和Kohno，Cancer Sc1.95:197-204(2004))。盡管對已知的基因和蛋白的關注已經產生了有用的信息，以前未知的肺癌標記也可以導致對肺癌生物學的洞察。
[0009]微小RNA(miRNA)是通過與信使RNA(mRNA)靶雜交并引發對它的翻譯抑制或較不常見地引起其降解來控制基因表達的一類小的非編碼RNA。miRNA的發現和研究已揭示在生物發育和各種細胞過程例如細胞分化、細胞生長和細胞死亡中發揮重要作用的miRNA介導的基因調控機制(Cheng，Α.Μ.，等人，Nucleic Acids Res.33:1290-1297 (2005))。近年來的研究表明，特定miRNA的異常表達可參與人的疾病，例如神經障礙(Ishizuka，A.，等人，Genes Dev.16:2497-2508 (2002))和癌癥。具體地，已在人慢性淋巴細胞性白血病中發現 miR-16-l 和 / 或 miR-15a 的不當表達(Calin, G.A.，等人，Proc.Natl.Acad.Sc1.U.S.A.99:15524-15529 (2002))。
[0010]含有所有已知的人微小RNA的微陣列的開發和應用，已經允許同時分析樣品中每種 miRNA 的表達(Liu, C.G.等人，Proc Natl.Acad.Sc1.U.S.A.101:9740-9744 (2004))。這些微小RNA微陣列不僅已經用于證實miR-16-l在人CLL細胞中失調，而且用于產生與明確定義的人CLL的臨床病理學特征有關的miRNA表達特征(Calin，G.A.等人，Proc.Natl.Acad.Sc1.U.S.A.101:1175-11760 (2004))。
[0011]對在肺癌細胞中差異表達的微小RNA的鑒定，會輔助診斷、預測和治療肺癌。此外，對這些miRNA的推定靶的鑒定，會輔助解釋它們的致病作用。本發明提供了用于肺癌的診斷、預后和治療的新的方法和組合物。

【發明內容】

[0012]本發明部分地基于與肺癌細胞中改變的表達水平有關的特定miRNA的鑒定。
[0013]因此，本發明包括診斷受試者是否患有肺癌或處于發生肺癌的風險中的方法。根據本發明的方法，將受試者的測試樣品中至少一種miR基因產物的水平與對照樣品中的相應的miR基因產物的水平相比較。與對照樣品中相應的miR基因產物的水平相比，測試樣品中所述miR基因產物的水平的改變(例如增加，降低)，指示著受試者患有肺癌或處于發生肺癌的風險中。在某些實施方案中，所述至少一種miR基因產物選自:miR-21，miR-191，miR-126*，miR-210, miR-155, miR-143, miR-205, miR-192-prec, miR-224, miR-126, miR-24-2，miR-30a_5p，miR-212, miR-140, miR-9, miR-214, miR-17_3p，miR-124a_l，miR-218-2, miR-95，miR-145, miR-198, miR-216-prec, miR-219-1, miR_106a，miR-197, miR-192, miR-125a_prec，miR-26a_l-prec，miR-146, miR-203, miR-199b_prec，let_7a_2-prec，miR_27b，miR-32，miR-29b_2，miR-220, miR-33, miR-181c-prec, miR-150, miR-101-1, miR-124a_3，miR-125a和let-7f-l。在一個特定的實施方案中，所述至少一種miR基因產物選自:miR-21，miR-191，miR-155, miR-210, miR-126*和miR-224。在另一個實施方案中，所述至少一種miR基因產物選自:miR-21，m iR-205和miR-216。在另一個實施方案中，所述肺癌是肺腺癌，且所述至少一種 miR 基因產物選自:miR-21, miR-191, miR-155, miR-210, miR-126*, miR-126, miR-24-2, miR-219-1, miR-95, miR-192-prec, miR-220, miR-216-prec, miR-204-prec, miR-188，miR-198, miR-145 和 miR-224。
[0014]使用本領域技術人員眾所周知的眾多技術(例如，定量或半定量RT-PCR，RNA印跡分析，溶液雜交檢測)，可以測量至少一種miR基因產物的水平。在一個具體的實施方案中，如下測量至少一種miR基因產物的水平:從獲自受試者的測試樣品逆轉錄RNA，以提供一組靶寡脫氧核苷酸，使所述靶寡脫氧核苷酸與一種或多種miRNA-特異性探針寡核苷酸(例如，包含miRNA-特異性探針寡核苷酸的微陣列)雜交，以提供測試樣品的雜交譜，并對比測試樣品雜交譜與從對照樣品產生的雜交譜。測試樣品中至少一種miRNA的信號相對于對照樣品的變化指示著受試者患有肺癌或處于發生肺癌的風險中。在一個特定的實施方案中，所述微陣列包含針對所有已知人miRNA的實質部分的miRNA-特異性探針寡核苷酸。在另一個實施方案中，所述微陣列包含針對選自下述的一種或多種miRNA的miRNA-特異性探針寡核苷酸:miR-21, miR-191, miR-126*, miR-210, miR-155, miR-143, miR-205, miR-192-prec, miR-224, miR-126, miR-24-2, miR-30a_5p，miR-212, miR-140, miR-9, miR-214, miR-17-3p, miR-124a_l, miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198, miR-216-prec, miR-219-1, miR_106a,miR-197, miR-192, miR-125a-prec, miR-26a-1-prec, miR-146, miR-203, miR-199b-prec, Iet-7a-2-prec, miR_27b, miR-32, miR-29b_2, miR-220, miR-33, miR-181c-prec, miR-150, miR-101-1, miR-124a-3, miR_125a和 let_7f_l。[0015]本發明也提供了確定患有肺癌的受試者的預后的方法，其包括測量在來自受試者的測試樣品中與肺癌不良預后有關的至少一種miR基因產物的水平。根據這些方法，與對照樣品中相應的miR基因產物的水平相比，測試樣品中與不良預后有關的miR基因產物的水平的改變，指示著不良預后。在某些實施方案中，所述至少一種miR基因產物選自:miR-155，miR-17-3p, miR-106a, miR-93, let-7a_2, miR-145, let_7b, miR-20 和 miR-21。在一個特定的實施方案中，所述肺癌是肺腺癌，且所述至少一種miR基因產物選自:miR-155和let_7a_2。
[0016]可以如本文所述(例如定量或半-定量RT-PCR，RNA印跡分析，溶液雜交檢測，微陣列分析)，測量所述至少一種HiiR基因產物的水平。與對照樣品相比，測試樣品中至少一種miRNA的信號的改變，指示著受試者患有不良預后的肺癌或處于發生不良預后的肺癌的風險中。在一個特定的實施方案中，miR-125a、miR-125b-l、miR-224和/或miR-21的信號的改變，指示著受試者患有不良預后的肺癌或處于發生不良預后的肺癌的風險中。在另一個實施方案中，來自患有肺腺癌的受試者的樣品中miR-155和/或let-7a-2信號的改變，指示著不良預后。在一個特定實施方案中，所述微陣列包含針對選自下述的一種或多種miRNA 的 miRNA-特異性探針寡核苷酸:miR-21, miR-191, miR-126*, miR-210, miR-155, miR-143, miR-205, miR-192-prec, miR-224, miR-126, miR-24-2, miR-30a_5p，miR-212, miR-140,miR-9, miR-214, miR-17_3p，miR-124a_l，miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198, miR-216-prec, miR-219-1, miR_106a, miR-197, miR-192, miR-125a_prec, miR-26a_l-prec, miR-146, miR-203, miR-199b-prec, let-7a-2-prec, miR-27b, miR-32, miR-29b_2, miR-220, miR-33, miR-181c-prec, miR-150, miR-101-1, miR-124a_3, miR_125a和 let_7f_l。
[0017]本發明也包括治療受試者的肺癌的方法，其中受試者的癌細胞中至少一種miR基因產物失調(例如，減量調節，增量調節)。當至少一種分離的miR基因產物在肺癌細胞中減量調節時，該方法包括，施用有效量的分離的miR基因產物、或其分離的變體或生物活性片段，從而抑制受試者中 癌細胞的增殖。當至少一種分離的miR基因產物在癌細胞中增量調節時，該方法包括，給受試者施用有效量的至少一種用于抑制所述至少一種miR基因產物的表達的化合物，從而抑制肺癌細胞的增殖。
[0018]在一個相關實施方案中，治療受試者的肺癌的方法另外包括下述步驟:首先測定受試者肺癌細胞中至少一種miR基因產物的量，并將所述miR基因產物的水平與對照細胞中相應的miR基因產物的水平相對比。如果肺癌細胞中miR基因產物的表達失調(例如，減量調節，增量調節)，該方法另外包括，改變在肺癌細胞中表達的所述至少一種miR基因產物的量。在一個實施方案中，在癌細胞中表達的miR基因產物的量小于在對照細胞中表達的miR基因產物的量，并將有效量的所述miR基因產物、或其分離的變體或生物活性片段施用給受試者。在另一個實施方案中，在癌細胞中表達的miR基因產物的量大于在對照細胞中表達的miR基因產物的量，并將有效量的至少一種用于抑制所述至少一種miR基因的表達的化合物施用給受試者。
[0019]本發明另外提供了用于治療肺癌的藥物組合物。在一個實施方案中，所述藥物組合物包含至少一種分離的miR基因產物、或其分離的變體或生物活性片段，和藥學上可接受的載體。在一個特定的實施方案中，所述至少一種miR基因產物對應于相對于合適的對照細胞在肺癌細胞中具有降低的表達水平的miR基因產物。在某些實施方案中，所述分離的 miR 基因產物選自:miR-126*，miR-143, miR-192, miR-224, miR-126, miR-30a_5p，miR-140，miR-9, miR-124a-l, miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198, miR-216, miR-219-1, miR-125a, miR-26a_l, miR-199b, let-7a_2, miR-27b, miR-32, miR-29b_2, miR-220, miR-33, miR-181c, miR-101-1, miR-124a-3, let_7f_l 和其組合。
[0020]在另一個實施方案中，本發明的藥物組合物包含至少一種抑制miR表達的化合物。在一個特定的實施方案中，所述至少一種抑制miR表達的化合物對在肺癌細胞中的表達大于對照細胞的miR基因產物是特異性的。在某些實施方案中，所述抑制miR表達的化合物對一種或多種選自下述的miR基因產物是特異性的:miR-21，miR-191, miR-210, miR-155，miR-205, miR-24-2, miR-212, miR-214, miR-17_3p，miR-106a, miR-197, miR-192, miR-146，miR-203, miR-150 和其組合。
[0021]本發明也包括鑒定抗肺癌劑的方法，其包括給細胞提供測試試劑，和測量細胞中至少一種miR基因產物的水平。在一個實施方案中，該方法包括，給細胞提供測試試劑，和測量與肺癌細胞中降低的表達水平有關的至少一種miR基因產物的水平。與合適的對照細胞相比，所述細胞中所述miR基因產物的水平的增加，指示著測試試劑是抗肺癌劑。在一個特定的實施方案中，與肺癌細胞中降低的表達水平有關的至少一種miR基因產物選自:miR-126*，miR-143, miR-192, miR-224, miR-126, miR-30a_5p，miR-140, miR-9, miR-124a_l，miR-218-2，miR-95, miR-145, miR-198, miR-216, miR-219-1, miR_125a，miR-26a_l，miR_199b，Iet_7a_2，miR_27b，miR-32, miR-29b_2，miR-220, miR-33, miR_181c，miR-101-1, miR-124a_3，let-7f-l和其組合。
[0022]在其它實施方案中，該方法包括，給細胞提供測試試劑，和測量與肺癌細胞中增加的表達水平有關的 至少一種miR基因產物的水平。與合適的對照細胞相比，與肺癌細胞中增加的表達水平有關的miR基因產物的水平的降低，指示著測試試劑是抗肺癌劑。在一個特定的實施方案中，與肺癌細胞中增加的表達水平有關的至少一種miR基因產物選自:miR-21，miR-191, miR-210, miR-155, miR-205, miR-24-2, miR-212, miR-214, miR-17_3p，miR-106a, miR-197, miR-192, miR-146, miR-203, miR-150 和其組合。
[0023]附圖簡述
[0024]本專利或申請文件含有至少一幅彩色附圖。含有彩色附圖的本專利或專利申請公開的拷貝將在提出請求并支付必要的費用后由官方提供。
[0025]圖1顯示的圖描繪了通過實時RT-PCR分析測得的肺癌(Ca)和非癌(N)組織中人miR-21 前體(hsa-mir-21 ;上圖)、人 miR-126* 前體(hsa-mir-126* ;中圖)和人 miR-205前體(hsa-mir-205 ;下圖)的相對表達水平。癌樣品是腺癌或鱗狀細胞癌(SCC)。進行配對t檢驗，以確定肺癌組織和非癌肺組織中的表達水平之間的統計學顯著性。
[0026]圖2描述了通過溶液雜交測得的肺癌樣品(即，腺癌(Adeno)和鱗狀細胞癌(SCC))中 miR-21 (hsa-mir-21)、miR-126* (hsa-mir-126*)和 miR-205 (hsa-mir-205)的成熟miRNA的表達。Ca代表癌性的肺組織，N代表非癌肺組織。5S rRNA用作加樣對照。
[0027]圖3A的樹狀圖描繪了基于代表小細胞肺癌(SCLC)和非小細胞肺癌(NSCLC)的13個肺癌細胞系的微小RNA表達譜的分級聚類。
[0028]圖3B描述了與圖3A所列出的那些相對應的13個肺癌細胞系(頂部)的miRNA表達簇視圖。根據顏色指示在圖右側列出的不同miRNA的表達水平。藍色指示低于中值的表達水平，黑色指示大約與中值相等的表達水平，橙色指示大于中值的表達水平。灰色指示缺少的數據點。
[0029]圖4是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲線。根據hsanir-155表達，將其中雜交強度不同于背景的腺癌病例(參見實施例4)分類，并使用時序檢驗對比存活數據。將平均表達比定義為，平均表達比=腫瘤表達的平均值/非癌組織表達的平均值。將hsa-mir-155高表達組(即，表達比>平均表達比(1.42)的組；n = 27)與相應的非癌肺組織相對比。將hsa-mir-155低表達組(即，表達比〈平均表達比(1.42)的組；n = 28)與相應的非癌肺組織相對比。所述比例代表相對于非癌對照的肺癌樣品中的雜交信號強度。
[0030]圖5是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲線。根據hsa-let-7a_2表達，將其中雜交強度不同于背景的腺癌病例(參見實施例4)分類，并使用時序檢驗對比存活數據。將平均表達比定義為，平均表達比=腫瘤表達的平均值/非癌組織表達的平均值。將hsa-let-7a-2高表達組(即，表達比≥平均表達比(0.95)的組；n = 34)與相應的非癌肺組織相對比。將hsa-let-7a-2低表達組(即，表達比〈平均表達比(0.95)的組；n = 18)與相應的非癌肺組織相對比。
[0031]圖6是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲線。根據前體hsaniR-155表達，將來自一個原始組群的32個腺癌病例分類，并使用時序檢驗對比存活數據。將平均表達比定義為，平均表達比=腫瘤表達的平均值/非癌組織表達的平均值。將前體hsa-miR-155高表達組(即，表達比≥平均表達比(1.19)的組；n = 13)與相應的非癌肺組織相對比。將前體hsa-miR-155低表達組(即，表達比 < 平均表達比(1.19)的組；n = 19)與相應的非癌肺組織相對比。
[0032]圖7是腺癌 患者的Kaplan-Meier存活曲線。根據前體hsa-let-7a_2表達，將來自一個原始組群的32個腺癌病例分類，并使用時序檢驗對比存活數據。將平均表達比定義為，平均表達比=腫瘤表達的平均值/非癌組織表達的平均值。將前體hsa-let-7a-2高表達組(即，表達比≥平均表達比(0.92)的組；n = 18)與相應的非癌肺組織相對比。將前體hsa-let-7a-2低表達組(即，表達比 < 平均表達比(0.92)的組；n = 14)與相應的非癌肺組織相對比。
[0033]圖8是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲線。根據前體hsa-let-7a_2表達，將來自一個獨立的額外組群的32個腺癌病例分類，并使用時序檢驗對比存活數據。前體hsa-mir-155 高表達組(η = 14);前體 hsa-mir-155 低表達組(η = 18)。
[0034]圖9是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲線。根據前體hsa-let-7a_2表達，將來自一個獨立的額外組群的32個腺癌病例分類，并使用時序檢驗對比存活數據。前體hsa-let-7a-2 高表達組(η = 15);前體 hsa-let_7a_2 低表達組(η = 17)。
[0035]圖10是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲線。根據如通過實時RT-PCR分析所估計的前體hsa-mir-155表達，將來自2個獨立組群組合的64個腺癌病例分類。使用時序檢驗對比存活數據。將平均表達比定義為，平均表達比=腫瘤表達的平均值/非癌組織表達的平均值。將前體hsa-miR-155高表達組(即，表達比≥平均表達比(1.19)的組；n =27)與相應的非癌肺組織相對比。將前體hsa-miR-155低表達組(即，表達比〈平均表達比(1.19)的組；n = 37)與相應的非癌肺組織相對比。
[0036]圖11是腺癌患者的Kaplan-Meier存活曲線。根據如通過實時RT-PCR分析所估計的前體hsa-let-7a-2表達，將來自2個獨立組群組合的64個腺癌病例分類。使用時序檢驗對比存活數據。將平均表達比定義為，平均表達比=腫瘤表達的平均值/非癌組織表達的平均值。將前體hsa-let_7a_2高表達組(即，表達比≥平均表達比(0.92)的組；n =33)與相應的非癌肺組織相對比。將前體hsa-let-7a_2低表達組(即，表達比〈平均表達比(0.92)的組；n = 31)與相應的非癌肺組織相對比。
[0037]圖12描述了在2個肺癌細胞系(H157，A549)中用5_氮雜_dC和/或TSA處理后MYO18B mRNA的表達，如通過RT-PCR分析所測得的。泳道1，無處理；泳道2，用1.0 μ Μ5-氮雜-dC處理72小時；泳道3，用1.0 μ M TSA處理24小時；泳道4，用1.0 μ Μ5-氮雜_dC處理72小時，隨后用1.0 μ M TSA處理24小時。GAPDH表達用作加樣對照。
[0038]發明詳述
[0039]本發明部分地基于，與正常的對照細胞相比，在肺癌細胞中具有改變的表達的特定miRNA的鑒定，也基于這些微小RNA與特定診斷、預后和治療特征的關聯。
[0040]如本文中互換使用的，〃miR基因產物，〃〃微小RNA，〃〃miR，〃或"miRNA"是指來自miR基因的未加工的或加工過的RNA轉錄物。由于miR基因產物不翻譯成蛋白，術語"miR基因產物〃不包括蛋白。未加工的miR基因轉錄物也稱作"miR前體"，通常包含長度為約70-100個核苷酸的RNA轉錄物。miR前體可以用RNA酶(例如，Dicer, Argonaut,或RNA酶IIK例如，大腸桿菌RNA酶III))消化加工成有活性的19-25個核苷酸的RNA分子。該有活性的19-25個核苷酸的RNA分子也稱作〃加工過的"miR基因轉錄物或〃成熟的"miRNA。
[0041]所述有活性的19-25個核苷酸的RNA分子可以通過天然加工途徑(例如，使用完整細胞或細胞裂解物)或通過合成加工途徑(例如，使用分離的加工酶，例如分離的Dicer, Argonaut,或RNA酶III)從miR前體得到。應當理解,所述有活性的19-25個核苷酸的RNA分子也可以通過生物或化學合成直接生成，不必從miR前體加工。當在本文中用名稱提及微小RNA時，該名稱對應著前體和成熟形式兩者，除非另有說明。
[0042]本發明包括診斷受試者是否患有肺癌或處于發生肺癌的風險中的方法，其包括測量來自受試者的測試樣品中至少一種miR基因產物的水平，并將測試樣品中所述miR基因產物的水平與對照樣品中相應的miR基因產物的水平相對比。如本文所用的，“受試者”可以是患有或被懷疑患有肺癌的任意哺乳動物。在一個優選的實施方案中，受試者是患有或被懷疑患有肺癌的人。
[0043]所述肺癌可以是任意形式的肺癌，例如，不同組織學的肺癌(例如腺癌，鱗狀細胞癌)。此外，所述肺癌可以伴隨特定預后(例如低生存率，快速進展)。
[0044]表1a和Ib描述了特定的前體和成熟人微小RNA的核苷酸序列。
[0045]表1a-人微小RNA前體序列。
[0046]
【權利要求】
1.miRNA-特異性探針寡核苷酸在制備診斷劑中的用途，所述診斷劑用于診斷受試者是否患有肺癌或處于發生肺癌的風險中，所述診斷包括:測量來自所述受試者的測試樣品中至少miR-17-3p基因產物的水平，其中與對照樣品中miR-17-3p基因產物的水平相比，測試樣品中所述miR-17-3p基因產物的水平的增量調節，指示著受試者患有肺癌或處于發生肺癌的風險中。
2.權利要求1的用途，其中所述診斷還包括，測量至少一種選自下列的另外的miR基因產物:miR-21, miR-191, miR-126*，miR-210, miR-155, miR-143, miR-205, miR-192-prec,miR-224，miR-126, miR-24—2，miR-30a_5p，miR-212，miR-140，miR-9，miR-214，miR-124a_l，miR-218—2，miR-95，miR-145，miR-198，miR-216-prec, miR-219—1，miR_106a，miR-197，miR-192，miR-125a_prec，miR-26a_l-prec，miR-146，miR-203，miR-199b_prec，let_7a_2-prec，miR-27b，miR-32，miR-29b_2，miR-220，miR-33，miR-181c-prec, miR-150，miR-101-1，miR_124a-3，miR-125a 和 let_7f_l。
3.權利要求1的用途，其中所述診斷還包括，測量至少一種選自下列的另外的miR基因產物:miR-21, miR-191, miR-155, miR-210, miR-126* 和 miR-224。
4.權利要求1的用途，其中所述診斷還包括，測量至少一種選自下列的另外的miR基因產物:miR-21, miR-205 和 miR-216。
5.權利要求1的用途，其中所述肺癌是肺鱗狀細胞癌，且所述診斷還包括，測量至少一種選自下列的另外的 miR 基因產物:miR-205, miR-224, miR-191, miR-126*, miR-140, miR-210, miR-29b, miR-143, miR-203, miR-155, miR-21, miR-214, miR-212, miR-30a_5p 和miR-197。
6.miRNA-特異性探針寡核苷酸在制備診斷劑中的用途，所述診斷劑用于確定患有肺癌的受試者的預后，其中所述確定預后包括:測量來自所述受試者的測試樣品中至少miR-17-3p基因產物的水平，其中: 與對照樣品中miR-17-3p基因產物的水平相比，測試樣品中所述miR-17-3p基因產物的水平的改變指示著不良預后。
7.權利要求6的用途，其中所述確定預后還包括，測量至少一種選自下列的另外的miR基因產物:miR-155, miR-106a, miR-93, let-7a_2, miR-145, let_7b, miR-21 和 miR-20。
8.權利要求6的用途，其中所述確定預后還包括，測量至少一種選自下列的另外的miR基因產物:miR-155, miR-106a, miR-93, let-7a_2, miR-145, let_7b 和 miR-21。
9.權利要求6的用途，其中所述確定預后還包括，測量至少一種選自下列的另外的miR基因產物:miR-155和miR-20。
10.miRNA-特異性探針寡核苷酸在制備微陣列中的用途，所述微陣列通過下列步驟來診斷受試者是否患有肺癌或處于發生肺癌的風險中，所述步驟包括: (1)從獲自受試者的測試樣品逆轉錄RNA，以提供一組靶寡脫氧核苷酸； (2)使所述靶寡脫氧核苷酸與包含miRNA-特異性探針寡核苷酸的微陣列雜交，以提供測試樣品的雜交譜；和 (3)對比測試樣品雜交譜與從對照樣品產生的雜交譜， 其中至少miR-17-3p基因產物的增量調節指示著受試者患有肺癌或處于發生肺癌的風險中。
11.權利要求10的用途，其中所述微陣列還包含針對選自下述的一種或多種miRNA的miRNA-特異性探針寡核苷酸:miR-21, miR-191, miR-126*, miR-210, miR-155, miR-143, miR-205, miR-192-prec, miR-224, miR-126, miR-24-2, miR-30a_5p，miR-212, miR-140, miR-9, miR-214, miR-124a-l, miR-218-2，miR-95, miR-145, miR-198, miR-216-prec, miR-219-1，miR-106a, miR-197, miR-192, miR-125a-prec, miR-26a-1-prec, miR-146, miR-203, miR-199b_prec, let-7a-2-prec, miR_27b, miR-32, miR-29b_2, miR-220, miR-33, miR-181c-prec, miR-1.50，miR-101-1, miR-124a_3, miR-125a, let-7f,和其組合。
12.權利要求10的用途，其中所述微陣列還包含針對選自下述的一種或多種miRNA的miRNA-特異性探針寡核苷酸:miR-21, miR-191, miR-155, miR-210, miR-126* 和 miR-224。
13.權利要求10的用途，其中所述微陣列還包含針對選自下述的一種或多種miRNA的miRNA-特異性探針寡核苷酸:miR-21, miR-205和miR-216。
14.權利要求10的用途，其中所述肺癌是肺鱗狀細胞癌，且所述微陣列還包含針對選自下述的一種或多種miRNA的miRNA-特異性探針寡核苷酸:miR_205，miR-224, miR-191, miR-126*，miR-140, miR-210, miR-29b, miR-143, miR-203, miR-155, miR-21, miR-214, miR-21.2,miR-30a-5p 和 miR-197。
15.miRNA-特異性探針寡核苷酸在制備微陣列中的用途，所述微陣列通過下列步驟來診斷受試者是否患有不良預后的肺癌或處于發生不良預后的肺癌的風險中，所述步驟包括: (1)從獲自受試者的測試樣品逆轉錄RNA，以提供一組靶寡脫氧核苷酸； (2)使所述靶寡脫氧核苷酸與包含miRNA-特異性探針寡核苷酸的微陣列雜交，以提供所述測試樣品的雜交譜；和 (3)對比測試樣品雜交譜與從對照樣品產生的雜交譜， 其中至少miR-17-3p基因產物的增量調節指示著受試者患有不良預后的肺癌或處于發生不良預后的肺癌的風險中。
16.權利要求15的用途，其中所述微陣列還包含針對選自下述的一種或多種miRNA的miRNA-特異性探針寡核苷酸:miR-155，miR-106a，miR-93, let-7a_2, miR-145, let_7b，miR-21 和 miR-20。
17.權利要求15的用途，其中所述微陣列還包含針對選自下述的一種或多種miRNA的miRNA-特異性探針寡核苷酸:miR-155，miR-106a，miR-93, let-7a-2, miR-145, let_7b 和miR-21ο
18.權利要求15的用途，其中所述微陣列還包含針對選自下述的一種或多種miRNA的miRNA-特異性探針寡核苷酸:miR-155和miR-20。
19.權利要求15的用途，其中所述微陣列還包含至少一種針對選自下述的miRNA的miRNA-特異性探針寡核苷酸:miR-21, miR-191, miR-126*, miR-210, miR-155, miR-143, miR-205, miR-192-prec, miR-224, miR-126, miR-24-2, miR-30a_5p，miR-212, miR-140, miR-9, miR-214, miR-124a-l, miR-218-2, miR-95, miR-145, miR-198, miR-216-prec, miR-219-1, miR-106a, miR-197, miR-192, miR-125a-prec, miR-26a-1-prec, miR-146, miR-203, miR-199b_prec, let-7a-2-prec, miR_27b, miR-32, miR-29b_2, miR-220, miR-33, miR-181c-prec, miR-1.50，miR-101-1, miR-124a_3, miR-125a, let_7f_l，和其組合。
【文檔編號】C12Q1/68GK103993082SQ201410210166
【公開日】2014年8月20日 申請日期:2007年1月3日 優先權日:2006年1月5日
【發明者】C·M·克羅斯, 矢內原望, C·C·哈里斯 申請人:俄亥俄州立大學研究基金會