用于檢測癌癥中的微衛星不穩定性和測定與dna堿基切除修復途徑抑制的合成致死性的 ...的制作方法
【專利摘要】本申請涉及癌癥、尤其是錯配修復(MMR-)缺陷腫瘤領域。本文提供對檢測腫瘤是否為錯配修復缺陷具有高敏感性的新標記。該標記尤其是微衛星區域中的突變。因此，提供用于診斷腫瘤的微衛星不穩定性的方法，其包括測定這些標記的存在。此外，提供試劑盒來檢測這些標記(或其亞組)在樣品中的存在。
【專利說明】用于檢測癌癥中的微衛星不穩定性和測定與DNA堿基切除 修復途徑抑制的合成致死性的新標記
【技術領域】
[0001] 本申請涉及癌癥、尤其是錯配修復（MMR-)缺陷腫瘤領域。本文提供對檢測腫瘤是 否為錯配修復缺陷具有高敏感性的新標記。該標記尤其是微衛星區域中的突變。因此，提 供用于診斷腫瘤的微衛星不穩定性的方法，其包括測定該些標記的存在。此外，提供試劑盒 來檢測該些標記（或其亞組）在樣品中的存在。
[0002] 有趣地，突變優先影響通過同源重組（HR)途徑的雙鏈斷裂值SB)修復，DSB修復在 MMR缺陷腫瘤中功能上受損。本文中顯示，該些腫瘤對通過酶聚ADP核糖聚合酶的藥理學抑 制（PARP抑制）誘導單鏈斷裂敏感。因此，基于MMR和PARP之間的合成致死相互作化提 供用于MMR缺陷腫瘤的新治療模式。
【背景技術】
[0003] 腫瘤中與DNA錯配修復缺陷相關的基因組不穩定性的形式稱為微衛星不穩定性 (MSI)。微衛星不穩定性（MSI)是微衛星中的重復DNA核巧酸單位的數目的克隆變化。它 通常出現在錯配修復（MMR)基因缺陷的腫瘤中；DNAMMR系統未能修復DNA復制過程中發 生的錯誤，導致普遍存在于整個基因組中的簡單、重復的微衛星序列長度內的單核巧酸突 變和改變的加速累積。
[0004]MMR缺陷是非常清楚的Lynch綜合癥病因，Lynch綜合癥是造成2%至5%的子 宮內膜（EM)癌或結直腸（CRC)癌的癌癥易感性的常染色體顯性遺傳障礙。Lynch綜合癥 由MMR途經基因（MLH1、MS肥、M甜3、MS冊或PMS2)中的突變或缺失引起Qiricny, 2006)。 此外，MLHl的外遺傳沉默（常稱為"散發性"Lynch綜合癥）促成該些腫瘤的另外15% (Kuismanen等，2002)。還已在少數卵巢癌、膜腺癌、胃癌、白血病W及幾種其他癌癥中描述 了MMR缺陷。
[0005]MMR機制的缺陷在腫瘤組織中但不在正常周圍組織中產生DNA復制錯誤。具體而 言，體細胞錯誤作為單核巧酸和二核巧酸重復中的插入/缺失突變累積一稱為微衛星不 穩定性（MSI)的現象（Pinol等，2005)。
[0006]MMR缺陷的腫瘤在諸如5-氣尿嚼巧和焼化劑（如替莫哇胺（temozolomide))的 標準化療后顯示不同的預后和治療結果。未治療的具有MMR缺陷腫瘤的CRC患者具有略好 的預后，但似乎未從基于5-氣尿嚼巧的輔助性化療（其是CRC的首選化療）受益。具體 而言，在MMR缺陷腫瘤中，5-氣尿嚼巧誘導的錯配被耐受，導致未能誘導細胞死亡化ewish 等，2010)。MMR缺陷腫瘤對EM中常用的化療順式笛氨和脫駿笛氨也有抗性化ewish 等，2010)。此外，MMR缺陷腫瘤可W對包括抗-EGFR和抗-VEGF治療的祀向治療具有抗性， 因為它們在激活旁路或下游信號傳導途徑的基因中獲得二次突變。例如，MMR腫瘤可W在雙 鏈斷裂修復基因（例如13611、411?和^050)、已知的癌基因或腫瘤抑制基因（例如？11(3〔八 或PTEN)中獲得突變。另一種可能性是MLHl的外遺傳沉默與諸如BRAFV600E突變的具體 突變一致（Ogino等，2012)，其代表晚期CRC中對祀向抗-EGFR治療的反應的已建立的陰性 預測因子值eRoock等，2010)。
[0007] 個性化MMR缺陷腫瘤的治療的努力已集中于鑒定與MMR途徑的合成致死相互 作用。具體而言，研究掲示，增加的氧化損傷（通過氨基蝶嶺暴露或PINKl沉默（Martin 等，2011))和堿基切除修復炬ER)途徑的干擾（通過DNA聚合酶Y或目抑制（Martin 等，2010))致敏MMR缺陷腫瘤。具體而言，在MMR腫瘤中，氧化損傷誘導8-氧鳥嘿嶺 (8-oxoG)DNA損傷，其未能通過邸R或MMR途徑充分修復，在DNA水平主要產生GC至TA的 二核巧酸顛換，導致細胞死亡。此外，已假設存在腫瘤可耐受的最大突變頻率，在最大突變 頻率W上，突變的進一步增加將是有害的。因此，已提出用誘變核巧類似物附加地治療MMR 腫瘤，直至獲得導致腫瘤的錯誤災變樣消融的臨界突變水平。但是，到現在為止，該些努力 未能轉化為臨床上有效的治療選擇。備選地，還可W祀向由于MMR缺陷而發生的二次突變 值orard等，2011)。但是，表征MMR缺陷腫瘤的二次突變譜的研究限于在一個或幾個報道 基因座觀察，或僅集中在已知熱點序列處的突變上。雖然它們能夠確定突變最常影響單核 巧酸和二核巧酸重復，但存在于該些腫瘤中的體細胞突變譜仍未得到很好的表征。
[0008] 由于MMR缺陷主要存在于結直腸腫瘤和子宮內膜腫瘤中代表家族形式的癌癥，且 由于腫瘤顯示MMR缺陷的突變譜特征，常使用評估MMR缺陷的診斷測試。
[0009]目前為止，最常用的檢測MSI的方法是測量包含整個微衛星的聚合酶鏈反應擴增 子的長度。該需要DNA、一對引物（其中之一常進行末端英光標記）、測序儀和適宜的軟件。 備選地，如果對擴增子進行測序，則可W簡單地計數重復單位的數目。MSI也可W通過檢測 錯配修復基因之一的免疫組織化學（IHC)染色的丟失來直接診斷。免疫組織化學法和基因 法都表征為大量的假陽性，為此，在常規診斷背景中進行免疫組織化學和基因水平的組合 評估。
[0010] 人基因組中有至少500000個微衛星，由于MMR缺陷并非影響給定腫瘤中的所有微 衛星，研究一個W上微衛星和研究常受不穩定性影響的微衛星很重要。由于微衛星標記最 初由研究人員根據它們自己的實驗非常隨機地挑選，在Bethesda,MD舉行了會議來討論該 問題，并提出建議來促進研究之間的一致性。該導致稱為Bethesda系列9的"金標準"標記 系列的推薦。此系列由H個二核巧酸重復值2S123、D5S346、D17S250)和兩個單核巧酸重 復炬AT26、BAT2W組成，且仍是MSI的標準測試。已提出，如果40%或更多的測試標記不 穩定（也稱為MSI-高或MSI-H)，則認為腫瘤MSI陽性。在使用五標記系列時，該意味著在 它們中的至少兩個為陽性時稱為MSI;但是，具有MSI的腫瘤中通常有四個或全部五個為陽 性。全部五個標記測試為陰性的腫瘤稱為微衛星穩定（MSS)。對于在1個腫瘤標記上（或 <30%的腫瘤標記上）測試為陽性的腫瘤，提出了術語MSI-L9。
[0011] 雖然仍認為Bethesda系列是標準，但已知它具有比較低的敏感性（也取決于哪一 個MMR基因突變）。例如，對于具有MLHl突變的患者，敏感性為80 %，但對于具有MS冊突 變的患者，它僅為55%W。該可W通過加入其他標記來改善W，但實際上為MSI-H的患者仍 可W呈現為MSI-L或MSS。該并非沒有意義，因為MSI狀態在幾種癌癥（例如Lynch綜合 癥的那些）的預后（MSI-H患者通常較好11)、治療（MSI-H腫瘤不響應基于氣-尿嚼巧（即） 的輔助性治療，因為需要完整的MMR系統來誘導具有即修飾的DNA的細胞的調亡11-")和 診斷中很重要，新診斷的結直腸癌（CRC)患者常進行MSI狀態篩查。
[0012] 另一顯著的劣勢是，Bethesda系列僅推薦用于結腸癌，即使已知其他顯示MSI的 癌癥9。該似乎是由于該樣的事實，該五個標記是非常隨機地鑒定為在微衛星不穩定結腸癌 中突變，但生物學機制未知。
[0013] 另一劣勢屬于技術性的。Bethesda標記系列包含非常長的重復（例如，BAT26標 記包含26核巧酸A重復），用來測定MSI狀態的典型PCR產物超過l(K)bp。為了準確測序 該些片段并測定重復的精確長度，通常與多毛細管凝膠電泳結合使用基于Sanger的測序 方法。但是，越來越多的實驗室使用所謂的"下一代"測序，下一代測序利用大規模并行測 序技術。雖然更便宜，但該些技術利用較短的閱讀，且不能用來檢測Bethesda標機系列上 的微衛星不穩定性。因此，實驗室需要維持兩臺測序儀：一臺用于Bethesda標機系列篩查， 一臺用于其他實驗。如果狀態不需要特殊的測序儀來測定MSI,且此測定可W在常用的設備 上進行，則它將方便得多。
[0014] 因此，找到比目前使用的Bethesda系列更敏感同時保持對MSI的特異性的微衛 星不穩定性標記將是有利的。理想地，用無偏檢測法找到該些標記（即在整個基因組內尋 找而不是檢查認為在疾病背景中改變的具體區域）。另一優勢是指示MSI的標記的鑒定本 身。該就是說，它們是微衛星不穩定性的通用標記，而不僅僅是結腸癌中的微衛星不穩定性 的標記（如Bethesda系列的情況）。該確實將避免找到其中可W存在MSI的每種癌癥的新 標記的需要。另一優勢將是可W不依賴于技術地測定其狀態的標記的鑒定。更具體而言， 可W用下一代測序技術鑒定（而不是僅用Sanger測序鑒定）的標記。該樣，實驗室無需保 持它們僅用于檢查Bethesda系列標記的儀器。
[0015] 此外，還存在進一步優化MMR特異性治療例如W更合理地預測它們對祀向治療的 反應的巨大需要。另外，存在找到克服對常用治療的抗性的方式的需要，例如，通過鑒定MMR 缺陷腫瘤對其敏感的治療，即使它們對標準治療具有抗性。
[001引發明概述
[0017] 本發明的目的是提供用于測定具體癌癥的MSI狀態的更好的標記。為了確保檢測 無偏，我們在此首次報道錯配修復缺陷腫瘤的下一代測序。選擇不處于長微衛星中的標記， 使得它們的檢測不依賴于Sanger測序技術。另外，為了擴大標記的適用性，在不同腫瘤類 型中評價了標記，使得它們代表多種癌癥的微衛星不穩定性標記，而不是癌癥類型特異性 標記。最后，選擇經常存在于腫瘤中的標記。有趣地，許多頻發（熱點）突變聚集在影響 DNA雙鏈斷裂修復途徑的基因中，且可W顯示此途徑在功能上受影響。因此，可W證明，該些 標記為陽性的腫瘤對DNA堿基切除修復酶抑制劑（如PARP抑制劑）的抑制敏感；該產生合 成致死相互作用。
[0018] 如將在實施例章節中展開，下一代測序允許鑒定可W用來檢測MMR缺陷且符合該 些條件的新的標記系列。
[0019] 鑒定出的標記可W分為兩類；存在于具體基因的編碼區（即外顯子）中的微衛星 區域中的插入/缺失，及存在于具體基因的非編碼區（最尤其是5'和3'UTR區）中的插入 /缺失。
[0020] 因此，本文提供診斷腫瘤的MSI狀態的方法，其包括測定插入/缺失在腫瘤DNA樣 品中的至少兩個微衛星區域中的存在，其中該至少兩個微衛星區域是：
[002。-存在于來自表1中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的至少兩個微衛星區域； 或
[0022]-選自存在于表2中所列基因的外顯子中的那些和/或存在于來自表I中所列基 因的5'UTR區或3'UTR區中的那些的至少H個微衛星區域；
[002引其中至少一個插入/缺失的存在指示MSI。
[0024] 根據其他具體實施方案，該微衛星區域是同聚物區域。還根據其他具體實施方案， 該微衛星區域與表1或2中鑒定的微衛星區域相同（即該至少兩個微衛星區域選自表1或 2中所列的微衛星區域的列表）。
[002引根據具體實施方案，存在于UTR中的微衛星區域可W選自表4而不是表1。根據其 他具體實施方案，該些微衛星區域可W選自表6而不是表1。
[0026] 根據備選而非排他的具體實施方案，存在于基因的外顯子中的微衛星區域可W選 自表5而不是表2。根據其他具體實施方案，該區域可W選自表7而不是表2。
[0027] 根據非常具體的實施方案，該微衛星區域可W選自表8中所列的基因。
[0028] 根據具體實施方案，診斷其MSI狀態的癌癥或腫瘤選自：結直腸癌、子宮內膜癌、 卵巢癌、胃癌、白血病和Lynch綜合癥的腫瘤。
[0029] 由于非編碼區（如5'和3'UTR區）中的微衛星中的插入/缺失經受了比編碼區 中的插入/缺失少的選擇壓力（后者由此導致移碼突變，產生完全不同于最初的翻譯），可 W證明，來自非編碼區的微衛星中的插入/缺失是不同癌癥類型中MSI的可靠標記。事實 上，在證明具有MSI的MMR缺陷腫瘤上測試時，本文鑒定的超過50%的非編碼區標記評分為 陽性。對于外顯子標記，在該些腫瘤上測試時，仍有超過1/3評分為陽性。該解釋了為什么 設想在至少部分標記處于外顯子區中時使用至少H個標記。
[0030] 還尤其設想使用外顯子區中的標記和非編碼區中的標記的組合。例如，根據具體 實施方案，其中測定插入/缺失的存在的該至少兩個微衛星區域是選自存在于來自表1中 所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的那些的至少兩個微衛星區域和選自存在于表2中所 列基因的外顯子中的那些的至少兩個微衛星區域。
[0031] 根據具體實施方案，設想使用多于至少兩個或H個的標記。使用更多的標記通常 將產生更準確的診斷（雖然此益處將增加成本。另外，一旦高于標記的某個闊值，加入另一 標記的相對價值即受限，因為它并非必然增加信息）。因此，根據具體實施方案，使用至少 4、5、6、7或8個標記（即選自存在于表2中所列基因的外顯子中的那些和/或存在于來自 表1中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的微衛星區域中的插入/缺失）。根據另一具 體實施方案，用至少8、9、10、11或12個插入/缺失在選自存在于表2中所列基因的外顯子 中的那些和/或存在于來自表1中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的那些的微衛星區 域中的存在來測定MSI狀態。根據其他具體實施方案中，還使用甚至更多的標記，例如至少 15個、至少20個、至少25個、至少30個、至少35個、至少40個標記、或至少50個標記。
[0032] 根據具體實施方案，所使用的至少一個標記是之前未與癌癥相關的基因中或之前 未知在MMR缺陷腫瘤中受影響的基因中的外顯子標記。因此，設想選自存在于表2中所列基 因的外顯子中的那些的一個或多個微衛星包含存在于選自W下的基因中的至少一個微衛 星；SETD1B、RBMXL1、CCDC150、0R7E24、C15orf40、KIAA2018、LTN1、化C22A9、C畑26、孤X27、 EX0SC9、FAMl 11B、KIAA0182、KIAA1919、MIS18BP1、PRRT2、TMEM60、AQP7、ARVl、CCDC168、 ELAVL3、F8、陽TUB、HPS1、NBEAL1、P4HTM、PIGB、RBM43、RG9MTD1、SWR和TMEM9。根據甚 至更具體的實施方案，至少一個微衛星存在于選自W下的基因中；SETD1B、TMEM60、DDX27、 EX0SC9、FAM111B和KIAA1919。根據備選實施方案，SEC31A、CN0T2、RNF145、RNPC3、SLC35W、TMBIM4、CD3G、D0CK3、MY010和PRRGl也可W用于該些列表中。
[0033] 根據備選的具體實施方案，所使用的至少一個標記是定位于5'或3'UTR區中的 10和15個重復堿基之間的同聚物中的插入/缺失。
[0034] 尤其設想的標記系列是表3中所示基因中的微衛星。因此，根據該些實施方案，提 供該樣的方法，其中測定插入/缺失在腫瘤DNA的樣品中的至少兩個微衛星區域中的存在， 其中該至少兩個微衛星區域是來自表3中所示的56個基因的微衛星區域。
[00巧]根據具體實施方案，MSI狀態可W進一步表征如下；如果所研究的微衛星區域的 17%或更多包含插入/缺失，則該腫瘤為MSI-H，如果2%和17%之間的微衛星區域包含插 入/缺失，則該腫瘤為MSI-L，如果不到2 %的微衛星區域包含插入/缺失，則該腫瘤為微 衛星穩定（MSS)。作為實例，對于56個標記的實例，如果0個或1個標記為陽性，則將該腫 瘤分類為MSS，如果2至9個為陽性標記，則該腫瘤是MSI-L，如果10個或更多個為陽性標 記，則將該腫瘤分類為MSI-H。備選地，來自Bethesda系列的范圍可W外推（10個中的0個 是陽性標記是MSS，10個中的1個或2個是陽性標記為MSI-L，3個或更多個是陽性標記為 MSI-H;其對應于在MSS和MSI-L之間區分的1%和9%之間的陽性標記及分類為MSI-H的 超過20 %陽性標記的邊界）。
[0036] 根據具體方面，本文提供的微衛星插入/缺失標記可W獨立于所使用的技術檢 巧IJ。但是，尤其設想不通過基于Sanger測序的方法來進行插入/缺失的存在的測定。該是 因為用Bethesda標記系列檢測微衛星不穩定性的方法通常通過Sanger測序進行，Sanger 測序是證明非常麻煩的流程。根據其他實施方案，尤其設想通過單堿基對延伸法（如 SequenomMassArray)、DNA雜交技術（例如化qman)、烙解曲線分析（包括HRM)或類似技 術測定插入/缺失的存在。
[0037] 根據另一方面，提供用于測定腫瘤樣品中的MSI的生物標志系列。該種生物標志 序列包含選自存在于來自表1中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的那些和存在于表2 中所列基因的外顯子中的那些的至少八個微衛星區域。根據非常具體的實施方案，該生物 標志系列包含表3中所列微衛星區域的至少一半。根據其他具體實施方案，該生物標志系 列由表3中所列的56個微衛星區域所代表。
[0038] 尤其設想此生物標志系列可W用來檢測癌癥中的MSI狀態。因此，提供此生物標 志系列在診斷癌癥中的微衛星不穩定性中的用途。
[0039] 因此，提供本文所述的生物標志系列用作藥物。更具體而言，提供本文所述的生物 標志系列用作診斷劑。更具體而言，提供本文所述的生物標志系列用于診斷癌癥中的微衛 星不穩定性。
[0040] 根據其他實施方案，提供用于測定腫瘤樣品中的MSI的試劑盒，其包含對生物標 志系列（即選自存在于來自表1中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的那些和存在于表 2中所列基因的外顯子中的那些的至少八個微衛星區域）進行基因型分型的工具。最具體 而言，該試劑盒將適于尤其設想的一個或多個生物標志系列。根據具體實施方案，該試劑盒 將包含對Bethesda系列標記或擴展的Bethesda系列標記進行基因型分型的工具。該類試 劑盒尤其適于進行該標記與Bethesda系列的并肩比較。
[0041] 如實施例章節中所示，本文提供的插入/缺失標記富集在涉及DNA雙鏈斷裂修復 途徑并影響其功能性的基因中。因此，其中存在該些標記的細胞對DM堿基切除修復抑制 的合成致死性敏感。該提供了新的治療機會，因為MSI陽性腫瘤常對所使用的標準化療具 有抗性。
[0042] 因此，在另一方面，提供篩查癌細胞對DNA堿基切除修復酶抑制劑處理的敏感性 的方法，其包括測定該癌細胞中的MSI狀態。根據具體實施方案，該DNA堿基切除修復酶抑 制劑是PARP抑制劑。根據具體實施方案，該癌細胞來自選自W下的癌癥；結直腸癌、子宮內 膜癌、卵巢癌、胃癌、白血病和Lynch綜合癥的腫瘤。雖然該些方法基本上可W在體內、離體 和在體外進行，但尤其設想在體外進行它們。
[0043] 根據具體實施方案，MSI的存在指示癌細胞對DNA堿基切除修復酶抑制劑處理的 敏感性；即在用該種抑制劑處理時，該癌細胞將死亡、停止生長或更少地增殖。
[0044] 根據具體實施方案，該癌細胞是獲自個體的細胞，且對DNA堿基切除修復酶抑制 劑處理的敏感性的篩查用于指導該個體的處理。根據備選實施方案，該敏感性篩查用于分 層或分類個體進行臨床試驗。
[0045] 根據具體實施方案，通過本文所述的方法來確定MSI的存在，即包括測定插入/缺 失在腫瘤DNA的樣品中的至少兩個微衛星區域中的存在的方法，其中該至少兩個微衛星區 域是：
[0046] -存在于來自表1中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的至少兩個微衛星區域； 或
[0047]-選自存在于表2中所列基因的外顯子中的那些和/或存在于來自表1中所列基 因的5'UTR區或3'UTR區中的那些的至少H個微衛星區域；
[004引其中至少一個插入/缺失的存在指示MSI。
[0049] 根據其他具體實施方案，用本文所述的生物標志系列確定MSI的存在，即包含選 自存在于來自表1中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的那些和存在于表2中所列基因 的外顯子中的那些的至少八個微衛星區域的生物標志系列。
[0050] 因此，不僅提供篩查癌細胞對DNA堿基切除修復酶抑制劑處理的敏感性的方法， 還提供診斷患有癌癥的個體對DNA堿基切除修復酶抑制劑處理的敏感性的方法，其包括W 下步驟：
[0051]-測定獲自該個體的癌細胞的樣品中的MSI狀態；
[005引-將該MSI狀態與對DNA堿基切除修復酶抑制劑處理的敏感性相關，其中MSI的存 在指示對該處理的敏感性。
[0053] 可選地，該些方法包括從該個體獲得癌細胞的樣品的附加步驟（在測定步驟之 前）。然后通常在所獲得的樣品的細胞中進行MSI狀態的測定。尤其設想在體外進行癌細 胞的樣品中的MSI狀態的測定。
[0054] 根據具體實施方案，該DNA堿基切除修復酶抑制劑抑制劑是PARP抑制劑。根據具 體實施方案，該癌細胞來自選自W下的癌癥：結直腸癌、子宮內膜癌、卵巢癌、胃癌、白血病 和Lynch綜合癥的腫瘤（或Lynch綜合癥譜的任意其他腫瘤）。根據具體實施方案，通過本 文所述的方法來確定MSI的存在，即包括測定插入/缺失在腫瘤DNA的樣品中的至少兩個 微衛星區域中的存在的方法，其中該至少兩個微衛星區域是：
[005引-存在于來自表1中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的至少兩個微衛星區域； 或
[0056] -選自存在于表2中所列基因的外顯子中的那些和/或存在于來自表I中所列基 因的5'UTR區或3'UTR區中的那些的至少H個微衛星區域；
[0057] 其中至少一個插入/缺失的存在指示MSI。
[0058] 根據其他具體實施方案，用本文所述的生物標志系列確定MSI的存在，即包含選 自存在于來自表1中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的那些和存在于表2中所列基因 的外顯子中的那些的至少八個微衛星區域的生物標志系列。
[0059] 還設想此方面的方法可W包括用DNA堿基切除修復酶抑制劑處理該個體的步驟 (如果通過MSI狀態確定該個體對該種處理敏感）。
[0060] 因此，還提供用于在有需要的個體中治療具有MSI的癌癥的方法，其包括：
[0061]-確定MSI在該癌癥中的存在；
[0062] -對該個體施用DNA堿基切除修復酶抑制劑。
[0063] 設想通過對該個體施用該抑制劑來治療該癌癥。該方法可W可選地具有從該個體 獲得癌細胞的樣品的附加步驟（在測定MSI和確定MSI的存在的步驟之前）。
[0064] 根據具體實施方案，該DNA堿基切除修復酶抑制劑抑制劑是PARP抑制劑。根據具 體實施方案，該癌細胞來自選自W下的癌癥：結直腸癌、子宮內膜癌、卵巢癌、胃癌、白血病 和Lynch綜合癥的腫瘤。根據具體實施方案，通過本文所述的方法來確定MSI的存在，即包 括測定插入/缺失在腫瘤DNA的樣品中的至少兩個微衛星區域中的存在的方法，其中該至 少兩個微衛星區域是：
[006引-存在于來自表1中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的至少兩個微衛星區域； 或
[0066] -選自存在于表2中所列基因的外顯子中的那些和/或存在于來自表1中所列基 因的5'UTR區或3'UTR區中的那些的至少H個微衛星區域；
[0067] 其中至少一個插入/缺失的存在指示MSI。
[0068] 根據其他具體實施方案，用本文所述的生物標志系列確定MSI的存在，即包含選 自存在于來自表1中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的那些和存在于表2中所列基因 的外顯子中的那些的至少八個微衛星區域的生物標志系列。
[0069] 附圖簡述
[0070] 圖1.MS冊缺陷高變體中的體細胞取代和插入/缺失。
[0071] (a)MMR缺陷腫瘤和兩種MMR健全腫瘤中的平均突變頻率（每mpb堿基的突變 數，）。化）按插入/缺失和取代分層的突變頻率。（c-d)在微衛星、同聚物（長度超過化P)、 短同聚物（長度為3至化P)中及"不在重復區域中"觀察到的插入/缺失的分數，與它們 在該些區域中的預期分數相比。（e-f)分層為外顯子、基因間和內含子區域的MMR缺陷腫瘤 中的插入/缺失（e)和取代（f)的頻率。
[0072] 圖2.MS冊缺陷高變體中的體細胞突變和插入/缺失模式。
[0073] (a)黑素瘤、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、MMR缺陷子宮內膜腫瘤、兩種MMR健全子 宮內膜腫瘤的全基因組序列和來自子宮內膜腫瘤患者的匹配種系DNA(外周白細胞）中的 體細胞取代模式。（b-c)MMR缺陷化）和MMR健全（C)腫瘤中的體細胞取代頻率按第一個核 巧酸突變的二核巧酸分層。歸一化的取代頻率反映受影響的二核巧酸的數目除W那些二核 巧酸的全基因組數目，表示為總取代頻率的百分比。（d)預測MMR缺陷腫瘤中的取代頻率的 基因組特征多變量線性回歸模擬。所展示的是顯示取代頻率和基因組特征之間相關的按取 代的數目排序的基因組特征數據的熱圖。在熱圖右側的條形圖中展示各基因組特征的源自 線性模型的T值，并顯示顯著性（灰色陰影等于P〉0.01)和相關方向。為了在單個熱圖中 容納不同尺度的各特征，按百分位數分布展示基因組特征數據，白色和紅色分別表示低和 高百分位數。因為數目不足W按IMb窗口進行模擬，將CpG位點中的G:C〉A:T轉換按IOMb 窗口分級。（e)高變體中每IMb窗口的取代、轉換（排除CG中的G:C〉A:T)和顛換的頻率 對按十分位數分級的該窗口的復制時間。頻率相對于最早窗口復制展示。誤差棒表示平均 值的標準誤（對于復制時間超過0. 2的取代和轉換，P<0. 01)。（f)CpG島內和CpG島外的 取代、轉換（排除CG中的G:C〉A:T)和顛換的頻率，相對于其在高變體中的全基因組頻率。 (g)預測MMR缺陷腫瘤中的插入/缺失頻率的基因組特征多變量線性回歸模擬。熱圖和條 形圖如針對系列（d)所述。化)MMR缺陷腫瘤中按核巧酸分層的受插入/缺失影響的同聚物 的分數，與具有該核巧酸含量的同聚物的全基因組分數相比。（i)插入或缺失所示數目的堿 基的所有插入/缺失的分數。（j-k)高變體中的體細胞取代和最接近的體細胞插入/缺失 (j)或取代化）之間的距離及基于20個隨機模型的預期距離。
[0074]圖3. 10個MMR缺陷外顯子組的體細胞突變模式。
[00巧](a) 10個MMR缺陷腫瘤和4個MMR健全腫瘤的編碼外顯子中的平均突變頻率。化） 按插入/缺失和取代分層的10個MMR缺陷腫瘤對4個MMR健全腫瘤的編碼外顯子中的平 均突變頻率。（c-d)MMR缺陷外顯子（C)和一組公開的種系從頭取代（d)中按二核巧酸（第 一個核巧酸突變）分層的取代頻率。作圖的歸一化取代頻率反映受影響二核巧酸的數目除 W那些二核巧酸的全基因組數目，并表示為總體細胞取代頻率的百分比。（e)在MLHl缺陷 和MSH2缺陷腫瘤中在微衛星、同聚物、短同聚物中及不在重復區域中觀察到的插入/缺失 的分數，與該些區域的全基因組分數相比。
[007引圖4.MMR缺陷腫瘤的外顯子組、5'和3'UTR中的熱點突變。
[0077] (a)同聚物的分數作為其在編碼區、5'和3'UTR中的長度的函數。化）受插入/ 缺失影響的同聚物的分數作為編碼區、5'和3'UTR中的同聚物長度的函數。（C)MMR缺陷腫 瘤的編碼區、5'和3'UTR中的平均體細胞插入/缺失頻率。（d)經常受插入/缺失影響的 同聚物的分數作為編碼區、5'和3'UTR的同聚物長度的函數。
[0078] 圖5.評估MSI的Bethesda和56標記熱點突變系列。
[0079] 在114個未選擇的原發性子宮內膜腫瘤的獨立系列中分析了擴展的Bethesda系 列及通過外顯子組測序鑒定的外顯子、5'和3'UTR中的56個熱點突變的系列。結果基于 擴展的Bethesda系列按照高微衛星不穩定性（MSI-H)、低微衛星不穩定性（MSI-L)或微衛 星穩定（MS巧狀態進行顏色編碼。
[0080] 圖6.通過皿途徑影響DNADSB修復的體細胞突變。
[0081] 通過皿途徑修復DSB的示意圖（修改自IPA同源重組途徑示意圖）。標記為澄 色（灰色背景）的基因攜帶我們自己的MMR缺陷腫瘤集中或來自公開可得的TCGA數據集 的MSI-H腫瘤中的體細胞突變。
[008引圖7. MMR缺陷細胞對PARP抑制敏感。
[0083] (a)染色DNA修復標記RAD51 (綠色）并用DAPI(藍色）復染的暴露于0或10UM olaparib的MMR缺陷和MMR健全原代腫瘤細胞的代表性共焦圖像。箭頭（黃色）指示包 含超過5個綠色核點的RAD51陽性細胞。化）含有乂個RAD51核點的細胞的定量。顯示 用olaparib(10yM)或載體對照處理后24小時時8種不同的MMR缺陷細胞和4種不同的 MMR健全細胞的培養物的平均值。（c-d) 8種MMR缺陷細胞（C)和4種MMR健全細胞（d)伴 隨olaparib的濃度遞增（lyM、3yM、10yM)的平均細胞增殖。用xCE化igenceRTCADP 系統（RocheAppliedScience)測量實時細胞增殖直至處理后48小時。將值對模擬處理 的對照（OuMolaparib)歸一化。誤差棒代表平均值的標準差。星號表示，在所示時間點， 處理的細胞和模擬處理的細胞之間統計上顯著的差異（P<〇. 05)。（e)每種細胞培養物的細 胞增殖率（MMR缺陷細胞W藍色顯示（圖中靠下的8個）和MMR健全細胞W紅色顯示（圖 中靠上的4個））。總的來說，MMR缺陷細胞表征為增殖的劑量依賴性減少，而MMR健全細胞 未響應olaparib(重復測量P= 2. 0E-7 ;還見圖7c)。
[0084] 發明詳述
[00財定義
[0086] 將就具體實施方案并參考某些附圖描述本發明，但本發明不限于該些具體實施方 案和附圖，而是僅通過權利要求來限制。權利要求中任何參考符號不應解釋為限制范圍。所 述附圖僅是示意性和非限制性的。在附圖中，為了說明的目的，一些元素的大小可W夸大， 而不是按比例繪制。在本說明書和權利要求中使用術語"包含"時，它不排除任意其他元素 或步驟。在提到單數名詞時使用不定冠詞或定冠詞（例如"一"、"一個"、"該"）時，除非另 有明確說明，該包括多個該名詞。
[0087] 此外，本說明書和權利要求中的術語第一、第二等用于在相似的元素之間進行區 分，并非必然用于描述連續順序或時間順序。應理解，該樣使用的術語在適當環境下可互 換，本文所述的本發明的實施方案能夠W本文所描述或說明的順序之外的其他順序操作。
[0088] 提供W下術語或定義僅是為了輔助理解本發明。除非文中明確定義，本文所用 的所有術語具有與它們之于本發明所屬領域的技術人員相同的含義。對于本領域的定義 和術語，從業者尤其可參考Sambrook等，MolecularCloning=AL油oratoryManual,第 2 版，ColdSpringHarborPress,Plainsview,NewYork(1989);和Ausubel等，Qirrent ProtocolsinMolecularBiology(Supplement47),JohnWiley&Sons,NewYork(1999)。 本文提供的定義不應解釋為具有比本領域普通技術人員的理解小的范圍。
[0089] 本文所用的術語"微衛星"或"微衛星區域"指核巧酸序列中由至少兩個重復單位 組成且具有最少6個堿基的長度的單核巧酸、二核巧酸、H核巧酸、四核巧酸、五核巧酸或 六核巧酸重復。微衛星的具體亞類包括同聚物。本文所用的"同聚物"指微衛星區域，其是 至少6個堿基的單核巧酸重復；換言之，如果在DNA水平看，則是至少6個連續的A、C、T或 G殘基的一段序列。最尤其是，在測定微衛星時，審視個體的基因組DNA(或存在于個體中的 癌癥的基因組DNA)。
[0090] 本申請中所用的術語"MSI狀態"指微衛星不穩定性（MSI)的存在，微衛星不穩定 性是微衛星中重復DNA核巧酸單位數目的克隆改變或體細胞改變。MSI狀態可W是H個離 散種類之一；MSI-H，也稱為MSI-高、MSI陽性或MSI;MSI-L，也稱為MSI-低；或微衛星穩定 (MSS)，也稱為缺乏MSI。通常，為了分類為MSI-H，用于分類MSI狀態的標記中的至少20% 需評分為陽性，而對于MSS分類，不到2. 5%評分為陽性。如果中間數目的標記評分為陽性， 則將腫瘤分類為MSI-L。應注意，由于該些初始界限衍生自擴展的Bethesda標記系列（其 僅由10個標記組成），由于通常將評估不到100個標記，且陽性標記的數目是整數，該百分 比是近似值。MSS和MSI-L之間的差異通常將是1%和9%之間的標記評分為陽性（在評 估10個標記時，該意味著1個陽性標記導致MSI-L分類），而MSI-L和MSI-H之間的差異通 常將是15%和25%之間的陽性標記（即，在該闊值之上，腫瘤是MSI-H，在該闊值之下，腫 瘤是MSI-L)。備選地，僅評估微衛星不穩定性的存在和缺乏之間的差異而不是在H個種類 中進行區分，在該種情況下，該狀態為存在MSI或缺乏MSI( =MSS)。鑒于完整的錯配修復 (MMR)系統的缺乏和MSI的存在之間的相關性，診斷MSI的存在（或診斷MSI狀態）可W解 釋為診斷MMR效率。但是，應注意，MMR可W有功能或缺乏，不存在中間種類。因此，MSI-L 也對應于MMR缺陷一該種情況等同于僅評估MSI的存在或缺乏。
[0091]"診斷腫瘤的MSI狀態"或"診斷個體中腫瘤的MSI狀態"或"診斷個體的MSI狀 態"或"測定腫瘤（或個體）的MSI狀態"在本文中認為是同義詞。測定（或診斷）MSI狀 態通常暗示基于在所研究的微衛星區域中檢測到一個或多個插入/缺失的存在而得出MSI 的結論，或基于未在所研究的微衛星區域中檢測到插入/缺失而得出缺乏微衛星不穩定的 結論。因此，在微衛星區域中"測定插入/缺失的存在"意指在該微衛星區域中評估或檢測 插入/缺失的存在或缺乏。同樣，在至少兩個微衛星區域中測定插入/缺失的存在意指在 該至少兩個微衛星區域的每一個中評估或檢測插入/缺失的存在或缺乏。至少一個插入/ 缺失的存在指示MSI(如本申請中所解釋，確定MSI所需的陽性標記的精確數目將取決于所 使用的標記的數目）。
[0092] 本文所用的"插入/缺失"指包括插入、缺失二者及其組合的突變種類。微衛星區 域中的插入/缺失導致核巧酸的凈獲得或喪失。可W通過將它與其中不存在插入/缺失的 DNA相比（例如將來自腫瘤樣品的DNA與來自具有該腫瘤的個體的種系DNA相比），或者尤 其是在單態微衛星或同聚物的情況下，通過將它與該微衛星的已知長度相比（尤其是通過 計數重復單位的數目），可W確定插入/缺失的存在。根據具體實施方案，尤其設想插入/ 缺失具有1和5個核巧酸之間的長度（即微衛星或同聚物的長度比該微衛星或同聚物的正 常已知長度長或短1至5個核巧酸）。根據其他具體實施方案中，該插入/缺失具有1至4 個核巧酸、1至3個核巧酸或1或2個核巧酸的長度。應注意，由于插入/缺失可W是插入 和缺失的組合，改變的核酸序列可W比該長度參考大（例如，5個核巧酸的缺失與3個核巧 酸的插入導致長度改變2,但微衛星的序列也可W改變）。但是，最典型地，插入/缺失將是 通常為1或2個核巧酸的插入或缺失。
[0093]"單態微衛星"是其中所有個體、尤其是給定群體的所有個體具有相同數目的重復 單位的微衛星。該與"多態微衛星"不同，多態微衛星用來指其中給定群體的超過1 %展示 重復單位數目的雜合性的微衛星。作為實例，BAT26標記在超過99%的歐洲人種中由26個 腺嘿嶺組成，而在至多25%的美國人種（包括非洲裔美國人）中觀察到在此位置具有不同 數目的腺嘿嶺（例如15、20、22、23)的等位基因"。因此，BAT26在歐洲人種是單態微衛星， 在美國人種是多態微衛星le。
[0094]"腫瘤DNA的樣品"指可W用作進行測序的基礎的任意樣品，其中存在來自癌癥的 DNA。本文所用的術語"癌癥"指涉及失調的細胞生長的不同疾病，還指惡性腫瘤。術語"腫 瘤"在本申請中用作同義詞。設想此術語涵蓋所有實體瘤類型（癌、肉瘤、胚細胞瘤），但它 還明確涵蓋非實體癌癥類型，如白血病、淋己瘤和骨髓瘤。因此，"腫瘤DM的樣品"也可W是來自患有白血病的人的血液樣品。通常，腫瘤DNA的樣品已在一個點從個體、尤其是患有 癌癥的個體分離。可選地，它已進行了一種或多種形式的預處理（例如，裂解、分級分離、 分離、純化）W測序DNA，但也設想測序來自未處理的樣品的DNA。本文所用的名詞"個體" 指單個脊椎動物，更尤其是單個哺乳動物，最尤其是單個人類。本文所用的"個體"通常是 人，但也可W是哺乳動物，尤其是馴養動物，如貓、狗、兔、豚鼠、雪貂、大鼠、小鼠等，或農場 動物，如馬、牛、豬、山羊、綿羊、駝羊等。個體還可W是非哺乳動物脊椎動物，如魚類、爬行動 物、兩棲動物或鳥類；基本上任意可發展癌癥的動物都符合該定義。
[0095] 本文所用的術語"結直腸癌"意在包括結腸的惡性腫瘤（ICD-10中的C18)、直腸己 狀結腸連接部的惡性腫瘤（ICD-10中的C19)、直腸的惡性腫瘤（ICD-10中的C20)及化口和 化管的惡性腫瘤（ICD-10中的C21)。
[0096] 本文所用的術語"Lynch綜合癥"指常染色體顯性遺傳病癥，其具有結腸或結直腸 癌W及其他癌癥（包括子宮內膜癌、卵巢癌、胃癌、小腸癌、肝膽管癌、上尿道癌、腦癌和皮 膚癌）的高風險。該些癌癥的高風險是由使DNA錯配修復受損的遺傳突變引起。該病癥的 舊名是HNPCC。
[0097] 本文所用的"DNA堿基切除修復酶抑制劑"指可W在DNA水平（通過抑制相關基 因產物的形成，即通過阻止或干擾轉錄）、在RNA水平（通過中和或去穩定mRNA來阻止 或干擾翻譯）或在蛋白質水平（通過中和或抑制涉及BER的蛋白質）干擾基因產物的堿 基切除修復功能的物質。尤其設想該抑制劑是PARP抑制劑，因為該類抑制劑已良好地表 征。最尤其設想的是PARP-I和/或PARP-2的抑制劑，因為該些酶是最活躍地涉及B邸的 PARP。但是，也可W使用其他PARP的抑制劑。在該方面，最近的出版物提出，PARP抑制劑 iniparib(明確設想使用）抑制PARP-I和2之外的其他PARP，尤其是PARP-5和6(JiJ，Lee MP,KadotaM等Pharmacodynamicandpathwayanalysisofthreepresumedinhibitors ofpoly(ADP-ribose)polymerase:ABT-888,AZD2281,和BSI201.Proceedingsofthe 102ndAnnualMeetingoftheAmericanAssociationforCancerResearch;2011年 4 月 2-6 日；Orlando,Fla.AACR. 2011.Abstractnr4527;MaegleyKA,Bin曲amP,Tatlock JH等AllPARPinhibitorsarenotequal:aninvitromechanisticcomparison ofPF-01367338toiniparib.JClinOncol. 2011 ;29(增刊；摘要el3576);化gourney RA,KenyonKR,FranciscoFR等FunctionalanalysisofPARPinhibitorsAZD 2281andBSI-201inhumantumorprimarycultures:acomparisonofactivityand examinationofsynergywithcytotoxicdrugs.JClinOncol. 2011 ;29 (增干U;摘要 el3599))。
[0098]PARP抑制劑的實例包括但不限于iniparib、olaparib、rucaparib、veliparib、 CEP9722、MK4827、BMN-673 和 3-氨基苯甲醜胺。
[0099] 詳述
[0100] 發生在錯配修復（MMR)缺陷細胞中的DNA復制錯誤作為錯配突變持續存在并使得 易感一系列腫瘤。因此，測序了第一個來自MMR缺陷腫瘤的基因組，允許無偏地評估DNA復 制錯誤。觀察到突變率相對于MMR健全的腫瘤顯著提高。插入或缺失（插入/缺失）突變 最常發生，且大致限于同聚物序列，而單堿基對取代主要由A:T〉G:C和G:C〉A:T轉換組成， 且更常定位在插入/缺失附近。由于取代率在體細胞插入/缺失附近更高，該暗示插入/ 缺失突變在DNA復制過程中作為誘變位點。由于陰性克隆選擇，體細胞突變率在外顯子組 中比在基因組的其余部分中低，而由于陽性選擇，幾個MMR缺陷腫瘤中發生了一些外顯子 突變。該些頻發突變尤其影響在正常匹配組織中表達的基因，暗示它們代表了MMR缺陷腫 瘤進程的驅動者。
[0101] 有趣地，插入/缺失主要定位在同聚物中，尤其是具有增加的長度的同聚物中。該 些觀察結果還具有中間臨床implication。目前用于MSI腫瘤的診斷分類WWS的擴展的 Bethesda系列僅具有有限的敏感性（即MLH1-、M甜2-和MS冊-缺陷腫瘤的80%、84%和 55% 16)，很可能是因為此系列由8個微衛星及僅2個長度分別為25和26個核巧酸的同聚 物標記組成。通過將我們的56個頻發插入/缺失的系列應用于114個子宮內膜腫瘤，我們 可W證明，至多43%的腫瘤顯示可變的MSI程度。該顯著高于之前的報道，最可能是因為該 些插入/缺失不是隨機選擇的，而是通過無偏評估頻繁影響外顯子組、5'和3'UTR的突變 鑒定的。我們還觀察到，子宮內膜腫瘤中的頻發插入/缺失定位在其他癌癥類型的MMR腫 瘤中。由于3'UTR中的插入/缺失僅由受影響的同聚物的長度決定，而在外顯子組中，它 們需在源組織表達的基因中進行陽性選擇，多種癌癥類型所共有的大多數插入/缺失定位 在5'和3'UTR。因此，5'和3'UTR或其他非編碼序列中的頻發突變似乎尤其適于檢測多 種癌癥類型中的MSI。有趣地，最頻發的突變的選擇系列對檢測多種癌癥類型中的微衛星不 穩定性（MSI)高度敏感。在114個原發性子宮內膜腫瘤中，在幾乎一半的腫瘤中觀察到了 MSI的連續譜，表明MSI比預期更頻繁地發生。
[0102] 如將在實施例章節中、尤其是在實施例5中詳述，在MMR缺陷腫瘤中，在5'UTR和 3'UTR區中尤其存在更常受插入/缺失影響的同聚物。表1中提供突變最頻發的基因的列 表。
[0103] 表1.16個MMR缺陷腫瘤樣品中的5'和3'UTR區中最頻發的插入/缺失（存在 于16個腫瘤樣品中的至少4個中）。后兩欄分別顯示該同聚物有多頻繁地受插入或缺失影 響。
[0104]
【權利要求】
1. 診斷腫瘤的MSI狀態的方法，其包括測定插入/缺失在所述腫瘤DNA樣品中的至少 兩個微衛星區域中的存在，其中至少兩個微衛星區域是： -存在于來自表1中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的至少兩個微衛星區域；或 -選自存在于表2中所列基因的外顯子中的那些和/或存在于來自表1中所列基因的 5'UTR區或3'UTR區中的那些的至少三個微衛星區域； 其中至少一個插入/缺失的存在指示MSI。
2. 權利要求1的方法，其中微衛星區域是同聚物區域。
3. 權利要求1或2的方法，其中微衛星區域與表1或表2中鑒定的微衛星區域相同。
4. 權利要求1至3中任一項的方法，其中腫瘤選自結直腸癌、子宮內膜癌、卵巢癌、胃 癌、白血病和Lynch綜合癥的腫瘤。
5. 權利要求1至4中任一項的方法，其中至少兩個微衛星區域是選自存在于來自表1 中所列基因的5'UTR區或3'UTR區中的那些的至少兩個微衛星區域，和選自存在于表2中 所列基因的外顯子中的那些的至少兩個微衛星區域。
6. 權利要求1至5中任一項的方法，其中選自存在于表2中所列基因的外顯子中的那 些的一個或多個微衛星包含選自以下基因的至少一個微衛星：SETD1B、RBMXL1、（XDC150、 TMEM60、DDX27、EX0SC9、FAM111B、KIAA0182、KIAA1919、0R7E24、P4HTM、PRRT2、RNPC3 和 TMEM97。
7. 權利要求1至6中任一項的方法，其中至少兩個微衛星區域是至少八個微衛星區域。
8. 權利要求1至7中任一項的方法，其中至少兩個微衛星區域是表3中所示的56個微 衛星區域。
9. 權利要求7或8的方法，其中MSI進一步表征如下：如果所述微衛星區域的17%或 更多包含插入/缺失，則所述腫瘤為MSI-H，如果2%和17%之間的所述微衛星區域包含插 入/缺失，則所述腫瘤為MSI-L，如果不到2 %的所述微衛星區域包含插入/缺失，則所述腫 瘤為微衛星穩定（MSS)。
10. 權利要求1至9中任一項的方法，其中不通過基于Sanger測序的方法來進行插入 /缺失的存在的測定。
11. 權利要求1至10中任一項的方法，其中通過單堿基對延伸技術、DNA雜交技術或熔 解曲線分析來進行插入/缺失的存在的測定。
12. 用于測定腫瘤樣品中的MSI的生物標志系列，其包含選自存在于來自表1中所列基 因的5'UTR區或3'UTR區中的那些和存在于表2中所列基因的外顯子中的那些的至少八 個微衛星區域。
13. 權利要求12的生物標志系列，其中至少八個微衛星區域是選自表3中所列基因的 至少八個微衛星區域。
14. 權利要求12或13的生物標志系列，其用作診斷劑。
15. 權利要求12或13的生物標志系列，其用于診斷癌癥中的微衛星不穩定性。
16. 權利要求12或13的生物標志系列的用途，用于診斷癌癥中的微衛星不穩定性。
17. 用于測定腫瘤樣品中的MSI的試劑盒，其包含對選自存在于來自表1中所列基因 的5'UTR區或3'UTR區中的那些和存在于表2中所列基因的外顯子中的那些的至少八個 微衛星區域進行基因型分型的工具。
18. 在有需要的個體中治療具有MSI的癌癥的方法，其包括： -確定MSI在所述癌癥中的存在； -對所述個體施用DNA堿基切除修復酶抑制劑。
19. 權利要求18的方法，其中DNA堿基切除修復酶抑制劑是PARP抑制劑。
20. 權利要求18或19的方法，其中通過權利要求1至11中任一項的方法和/或用權 利要求12和13的生物標志系列確定MSI的存在。
21. 權利要求20的方法，其中癌癥選自結直腸癌、子宮內膜癌、卵巢癌、胃癌、白血病和 Lynch綜合癥的腫瘤。
22. 權利要求21的方法，其中癌癥對用于這些類型的癌癥的至少一種標準治療具有抗 性。
23. 篩查癌細胞對DNA堿基切除修復酶抑制劑處理的敏感性的方法，其包括測定所述 細胞中的MSI狀態。
24. 權利要求23的方法，其中癌細胞來自選自結直腸癌、子宮內膜癌、卵巢癌、胃癌、白 血病和Lynch綜合癥的腫瘤的癌癥。
25. 權利要求23或24的方法，其中DNA堿基切除修復酶抑制劑是PARP抑制劑。
26. 權利要求23至25中任一項的方法，其中MSI的存在指示對所述處理的敏感性。
27. 權利要求23至26中任一項的方法，其中癌細胞是獲自個體的細胞，且所述敏感性 的篩查用于指導所述個體的處理或用于分層或分類所述個體進行臨床試驗。
28. 權利要求23至27中任一項的方法，其中通過權利要求1至11中任一項的方法和 /或用權利要求12和13的生物標志系列確定MSI的存在。
29. 診斷患有癌癥的個體對DNA堿基切除修復酶抑制劑處理的敏感性的方法，其包括 以下步驟： -可選地從所述個體獲得癌細胞的樣品； -測定從所述個體獲得的癌細胞的樣品中的MSI狀態； -將所述MSI狀態與對DNA堿基切除修復酶抑制劑處理的敏感性相關，其中MSI的存在 指示對所述處理的敏感性。
30. 權利要求29的方法，其進一步包括以下步驟：如果所述個體對這種處理敏感，則用 DNA堿基切除修復酶抑制劑處理所述個體。
31. 權利要求29或30的方法，其中通過權利要求1至11中任一項的方法和/或用權 利要求12和13的生物標志系列確定MSI的存在。
【文檔編號】C12Q1/68GK104379765SQ201380030379
【公開日】2015年2月25日 申請日期:2013年4月10日 優先權日:2012年4月10日
【發明者】D·蘭布雷徹特 申請人:非營利性組織佛蘭芒綜合大學生物技術研究所, 生命科學研究合伙人公司