猴腺病毒(大猩猩)或腺病毒載體及其使用方法

猴腺病毒(大猩猩)或腺病毒載體及其使用方法
【專利摘要】本發明提供了一種腺病毒或腺病毒載體，其特征為包含一種或多種特定的核酸序列或一種或多種特定的氨基酸序列，或其部分，所述腺病毒或腺病毒載體涉及例如腺病毒pIX蛋白、DNA聚合酶蛋白、五鄰體蛋白、六鄰體蛋白和/或纖維蛋白。
【專利說明】猴腺病毒(大猩猩)或腺病毒載體及其使用方法
[0001]相關申請的交叉引用
[0002]本專利申請要求2011年10月5日提交的申請號為61/543,652的美國臨時專利申請的優先權，其通過引用并入本申請。
[0003]通過引用并入的電子提交材料
[0004]與本申請一并提交的可機讀核苷酸/氨基酸序列表標識如下:2012年10月5日創建的文件名為 “711249Sequence Listing_ST25.TXT” 的 719，903 字節的 ASCII (文本)文件,其通過引用整體并入本申請。
_5] 發明背景
[0006]以生物學上有意義的形式和量在體內遞送蛋白已阻礙藥物和疫苗的發展數十年。已證實成功代替了傳統蛋白遞送方法的一項措施是遞送在體內產生蛋白的外源性核酸序列。基因轉移載體理想地能進入多種細胞類型，能夠接納較大的核酸序列，是安全的并且能夠生產出治療患者所需的量。病毒載體是具有這些有利性質的基因轉移載體(參見例如 Thomas 等，Nature Review Genetics, 4:346-358 (2003))。而且，盡管多種病毒載體被工程化改造以感染廣泛的細胞類型，但是還能夠對病毒載體進行修飾，使其靶向特定的細胞類型，這能夠增強這種載體的治療效力(參見例如Kay等，NatureMedicine, 7(I):33-40(2001))。
[0007]在用于治療目的將外源性蛋白遞送至哺乳動物細胞方面，使用病毒載體已經取得了一些成功，包括例如逆轉錄病毒(參見例如Cavazzana-Calvo等，Science, 288(5466):669-672(2000))、慢病毒(參見例如 Cartier 等，Science, 326:818-823 (2009))、腺相關病毒(AAV)(參見例如 Mease 等，Journal of Rheumatology, 27 (4): 692-703 (2010))、單純皰疹病毒(HSV)(參見例如 Goins 等，Gene Ther.，16 (4): 558-569 (2009))、牛痘病毒(參見例如 Mayrhofer 等，J.Virol.，83(10):5192-5203(2009))和腺病毒(參見例如 Lasaro 和Ertl, Molecular Therapy, 17 (8):1333-1339(2009))。
[0008]盡管具有有利的性質，但是病毒基因轉移載體的廣泛使用仍受到一些因素的阻礙。在這方面，某些細胞不會容易地順從通過目前可用的病毒載體進行的基因遞送。例如，淋巴細胞在攝取腺病毒方面存在障礙(Silver等，Virology, 165:377-387 (1988)，和Horvath等，J.Virology, 62 (I): 341-345 (1988))。此外，整合至宿主細胞基因組的病毒載體(例如逆轉錄病毒載體)可能會導致在癌基因中插入突變(參見例如Cavazzana-Calvo等，如上所示，和 Hacein-Bey-Abina 等，N.Engl.J.Med.，348:255-256 (2003))。
[0009]病毒載體用于基因轉移的用途還受到病毒載體免疫原性的阻礙。大多數美國人已經接觸過多種野生形式的目前正作為基因轉移載體開發的病毒(例如腺病毒)。其結果是，很多美國人口已經預先產生了對基于某些病毒的基因轉移載體的免疫力。這種載體在血液中會被迅速清除，從而減弱了載體遞送生物學上有意義的量的基因產物的有效性。而且，某些病毒載體的免疫原性妨礙了有效的重復給藥，當在疫苗應用中使用病毒載體時，這可以有利于“激發”針對病原體的免疫系統，從而導致病毒載體的劑量中僅有一小部分有效地將載荷的物質遞送至宿主細胞。[0010]因此，仍需要能夠用于在體內有效地將基因遞送至哺乳動物細胞的改良的病毒載體。本發明提供了這種病毒載體。
[0011]發明概沭
[0012]本發明提供了一種腺病毒或腺病毒載體。所述腺病毒或腺病毒載體包括一種或多種選自下組的核酸序列:(a)與SEQ ID NO:1具有至少96%—致性的核酸序列，(b)與SEQID N0:2具有至少99%—致性的核酸序列，(c)與SEQ ID NO:3具有至少80%—致性的核酸序列，(d)與SEQ ID N0:4具有至少80%—致性的核酸序列和(e)與SEQ ID N0:5具有至少85.4%—致性的核酸序列。
[0013]本發明提供了一種包括一種或多種選自下組的核酸序列的腺病毒或腺病毒載體:(a)與SEQ ID N0:6具有至少98.7%—致性的核酸序列，(b)與SEQ ID N0:7具有至少
98.9%—致性的核酸序列，(c)與SEQ ID NO:8具有至少99.4%—致性的核酸序列，(d)與SEQ ID N0:9具有至少99.1%—致性的核酸序列，(e)與SEQ ID NO: 10具有至少81.25%一致性的核酸序列，(f)與SEQ ID NO: 11具有至少90.83%—致性的核酸序列和(g)與SEQID NO: 12具有至少82.5%—致性的核酸序列。
[0014]本發明提供了一種包括一種或多種選自下組的核酸序列的腺病毒或腺病毒載體:(a)包括SEQ ID NO:6的至少162個連續的核苷酸的核酸序列，(b)包括SEQ ID NO:7的至少162個連續的核苷酸的核酸序列，(c)包括SEQ ID NO:8的至少121個連續的核苷酸的核酸序列，(d)包括SEQ ID NO:9的至少531個連續的核苷酸的核酸序列，(e)包括SEQ IDNO: 10的至少156個連續的核苷酸的核酸序列，(f)包括SEQ ID NO: 11的至少192個連續的核苷酸的核酸序列和(g)包括SEQ ID NO: 12的至少84個連續的核苷酸的核酸序列。
[0015]本發明提供了一種包括一種或多種選自下組的氨基酸序列的腺病毒或腺病毒載體:(a)與SEQ ID NO: 14具有至少85% —致性的氨基酸序列，(b)與SEQ ID NO: 15具有至少80% —致性的氨基酸序列和(c)與SEQ ID NO: 16具有至少80% —致性的氨基酸序列。
[0016]本發明提供了一種包括一種或多種選自下組的核酸序列的腺病毒或腺病毒載體:(a)編碼與SEQ ID NO: 13具有至少99.7%—致性的氨基酸序列的核酸序列，(b)編碼與SEQID NO: 14具有至少85%—致性的氨基酸序列的核酸序列，(c)編碼與SEQ ID NO: 15具有至少80%—致性的氨基酸序列的核酸序列和(d)編碼與SEQ ID NO: 16具有至少80%—致性的氨基酸序列的核酸序列。
[0017]本發明提供了一種包括一種或多種選自下組的氨基酸序列的腺病毒或腺病毒載體:(a)與SEQ ID NO: 18具有至少99% —致性的氨基酸序列，(b)與SEQ ID NO: 20具有至少81.4% —致性的氨基酸序列，(c)與SEQ ID NO:21具有至少91.3%—致性的氨基酸序列和(d)與SEQ ID N0:22具有至少83.4% —致性的氨基酸序列。
[0018]本發明提供了一種包括一種或多種選自下組的核酸序列的腺病毒或腺病毒載體:(a)編碼與SEQ ID NO: 18具有至少99%—致性的氨基酸序列的核酸序列，(b)編碼與SEQID NO: 19具有至少99.75%—致性的氨基酸序列的核酸序列，(c)編碼與SEQ ID NO:20具有至少81.4%—致性的氨基酸序列的核酸序列，(d)編碼與SEQ ID勵:21具有至少91.3%一致性的氨基酸序列的核酸序列，(e)編碼與SEQ ID勵:22具有至少83.4%—致性的氨基酸序列的核酸序列。
[0019] 本發明提供了一種包括一種或多種選自下組的氨基酸序列的腺病毒或腺病毒載體:(a)包括SEQ ID NO: 18的至少89個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列，(b)包括SEQ IDNO:20的至少114個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列，(c)包括SEQ ID NO:21的至少231個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列和⑷包括SEQ ID NO: 22的至少30個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列。
[0020] 本發明提供了一種包括一種或多種選自下組的核酸序列的腺病毒或腺病毒載體:(a)編碼包括SEQ ID NO: 18的至少89個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列，(b)編碼包括SEQ ID NO: 19的至少428個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列，(c)編碼包括SEQ ID NO:20的至少114個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列，(d)編碼包括SEQ ID NO:21的至少231個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列和(e)編碼包括SEQ ID N0:22的至少30個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列。
[0021]發明詳沭
[0022]腺病毒通常與人類的良性病變相關，并且已對從多個種屬(包括人)中分離得到的腺病毒基因組進行了廣泛的研究。腺病毒是中型的(90-100nm)，含有約36kb雙鏈DNA的無包膜二十四面體病毒。腺病毒的衣殼介導病毒感染細胞早期階段的關鍵相互作用，并且在腺病毒生命周期結束時用于包裝腺病毒基因組。所述衣殼含有252個殼粒，其包括240個六鄰體、12個五鄰體基底蛋白和12個纖維(Ginsberg等，Virology, 28:782-83 (1966))。所述六鄰體包含三個相同的蛋白，即多肽II (Roberts等，Science, 232:1148-51 (1986))。所述五鄰體基底包含五個相同的蛋白以及所述纖維包含三個相同的蛋白。蛋白Ilia、VI和IX存在于腺病毒的外殼中并且其被認為具有穩定病毒衣殼的作用(Stewart等，Cell, 67:145-54(1991)和 Stewart 等，EMBO J.，12(7):2589-99 (1993))。除了 pIX 以外，衣殼蛋白的表達依賴于腺病毒聚合酶蛋白。因此，僅當聚合酶蛋白基因存在和表達時，腺病毒顆粒的主要成分才能由基因組表達。
[0023]腺病毒的若干特性使其成為治療應用(即“基因治療”)中用于將遺傳物質轉移至細胞或者疫苗應用中作為抗原遞送系統使用的理想載體。例如，腺病毒能夠以較高滴度(例如約IO13顆粒單位(PU))生產，并且能夠將遺傳物質轉移至非復制和復制細胞。可以對腺病毒基因組進行操作使其攜帶大量的外源性DNA (高達約8kb)，并且腺病毒衣殼能夠增強更長的序列的轉移(Curiel等，Hum.Gene Ther.，3:147-154(1992))。此外，腺病毒通常不會整合至宿主細胞的染色體，而是保持線性游離體形式，從而極大降低了重組的腺病毒干擾正常細胞功能的可能性。
[0024]本發明至少部分地基于此前未經鑒定或分離的腺病毒的發現和分離。本申請所述的腺病毒分離自大猩猩。在東部大猩猩(Gorilla beringei)和西部大猩猩(Gorillagorilla)兩個種屬中有四個廣泛認可的大猩猩亞種。西部大猩猩種屬包括亞種西部低地大猩猩(Gorilla gorilla gorilla)和克羅斯河大猩猩(Gorilla gorilla diehli)。東部大猩猩種屬包括亞種山地大猩猩(Gorilla beringei beringei)和東部低地大猩猩(Gorilla beringei graueri)(參見例如 Wilson 和 Reeder, eds.，Mammalian Species ofthe World, 3rded., Johns Hopkins University Press, Baltimore, Maryland (2005))。本發明的腺病毒分離自東部低地大猩猩(Gorilla beringei graueri)。
[0025]已對若干這種腺病毒的基因組進行了分析，并且已確定所述腺病毒可以具有核酸序列例如 SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 27、SEQID NO:28,SEQ ID NO:29,SEQ ID NO:30,SEQ ID NO:3USEQ ID NO:32,SEQ ID NO:33,SEQID NO:34,SEQ ID NO:35或SEQ ID NO:36，其均包括多個子序列以唯一地定義所述腺病毒，即核酸序列SEQ ID NO: 1-12和氨基酸序列SEQ ID NO: 13-22。SEQ ID NO:6_12分別編碼氨基酸序列SEQ ID NO: 17-22。SEQ ID NO: 1_5分別是核酸序列SEQ ID NO:6和9_12的子集。SEQ ID NO: 13-16分別是氨基酸序列SEQ ID NO: 19-22的子集。
[0026]可以按照此前已知的將腺病毒用作腺病毒載體例如基因遞送載體的相同方式對腺病毒進行修飾。
[0027]術語“腺病毒”，如本申請所使用的，指保留了參與腺病毒生命周期的能力且未通過例如破裂(例如超聲)、變性(例如使用加熱或溶劑)或者交聯鍵(例如通過福爾馬林形成交聯)被物理滅活的腺病毒。所述“腺病毒生命周期”包括(I)病毒結合和進入細胞，(2)腺病毒基因組轉錄和腺病毒蛋白翻譯，(3)腺病毒基因組復制和(4)病毒粒子組裝(參見例如Fields Virology, 5thed.，Knipe 等(eds.), Lippincott Williams &Wilkins, Philadelphia, PA(2006))。
[0028]術語“腺病毒載體”，如本申請所使用的，指其中的腺病毒基因組已被操作以容納相對于腺病毒基因組是非天然的核酸序列的腺病毒。典型地，通過將一個或多個突變(例如缺失、插入或取代)引入腺病毒的腺病毒基因組以容納非天然核酸序列(例如用于基因轉移的核酸序列)插入至腺病毒的方法產生腺病毒載體。
[0029]腺病毒和腺病毒載體可以是具有復制能力的、有條件地具有復制能力的或復制缺陷的。
[0030]具有復制能力的腺病毒或腺病毒載體能夠在典型的宿主細胞(即典型地能夠被腺病毒感染的細胞)中復 制。具有復制能力的腺病毒或腺病毒載體與野生型腺病毒相比在腺病毒基因組中具有一個或多個突變(例如一個或多個缺失、插入和/或取代)，但該突變不會抑制其在宿主細胞中的病毒復制的腺病毒。例如，所述腺病毒或腺病毒載體能夠部分或完全缺失稱為E3區的腺病毒早期區，其不是腺病毒或腺病毒基因組的繁殖所必須的。[0031 ] 有條件地復制的腺病毒或腺病毒載體是被設計成在預先確定的條件下復制的腺病毒或腺病毒載體。例如，可以將復制必需的基因功能例如由腺病毒早期區編碼的基因功能可操作地與可誘導的、可阻遏的或組織特異性轉錄控制序列例如啟動子連接。在這種實施方式中，復制需要存在或不存在與轉錄控制序列相互作用的特異性因素。在美國專利號5，998，205中進一步描述了有條件地復制的腺病毒載體。
[0032]復制缺陷的腺病毒或腺病毒載體是需要補償一個或多個復制所需的腺病毒基因組的功能或區域的腺病毒或腺病毒載體，作為結果，例如一個或多個復制必需基因功能或區域的缺乏，使得腺病毒或腺病毒載體在典型的宿主細胞中不能復制，特別是在被腺病毒或腺病毒載體所感染的人體中的那些宿主細胞。
[0033]在基因功能或基因組區域中的缺陷，如本申請所使用的，被定義為腺病毒基因組足量的遺傳物質被破壞(例如缺失)以消除或損害所述基因的功能(例如基因產物的功能降低至少約2倍、5倍、10倍、20倍、30倍或50倍)，其核酸序列全部或部分被破壞(例如缺失)。整個基因區的缺失通常不需要破壞復制必需基因功能。但是，出于在腺病毒基因組中為一個或多個轉基因的提供足夠空間的目的，除去一個或多個基因區的大部分可能是可取的。盡管缺失遺傳物質是優選地，但是通過增加或取代使遺傳物質突變也適用于破壞基因功能。復制必需基因功能是腺病毒復制(例如繁殖)所需的基因功能并且其由例如腺病毒早期區(例如E1、E2和E4區)、晚期區(例如L1、L2、L3、L4和L5區)、參與病毒包裝的基因(例如IVa2基因)和病毒相關RNA (例如VA-RNA-1和/或VA-RNA-2)所編碼。
[0034]無論腺病毒或腺病毒載體是具有復制能力的還是復制缺陷的，所述腺病毒或腺病毒載體仍保留至少一部分腺病毒基因組。所述腺病毒或腺病毒載體可以包含腺病毒基因組的任意一部分，包括蛋白編碼和非蛋白編碼區。理想地，所述腺病毒或腺病毒載體包含編碼腺病毒蛋白的至少一條核酸序列。所述腺病毒或腺病毒載體可以包含編碼任意適宜地腺病毒蛋白的核酸序列，其中腺病毒蛋白例如由任意一個早期區基因(即E1A、E1B、E2A、E2B、E3和/或E4區)編碼的蛋白，或者由任意一個晚期區基因編碼的蛋白，所述基因編碼病毒結構蛋白(即L1、L2、L3、L4和L5區)。
[0035]理想地，所述腺病毒或腺病毒載體包含一個或多個編碼PlX蛋白、DNA聚合酶蛋白、五鄰體蛋白、六鄰體蛋白和/或纖維蛋白的核酸序列。所述腺病毒或腺病毒載體可以包含編碼腺病毒蛋白的全長氨基酸序列的全長核酸序列。或者，所述腺病毒或腺病毒載體可以包含編碼腺病毒蛋白全長氨基酸序列一部分的全長核酸序列的一部分。
[0036]核酸序列的“一部分”包含至少10個核苷酸(例如約10個至約5000個核苷酸)。優選地，核酸序列的“一部分”包含10個或更多個(例如15個或更多、20個或更多、25個或更多、30個或更多、35個或更多、40個或更多、45個或更多、50個或更多或者100個或更多)核苷酸，但是少于5，000個(例如4900個或更少、4000個或更少、3000個或更少、2000個或更少、1000個或更少、800個或更少、500個或更少、300個或更少或者100個或更少)核苷酸。優選地，核酸序列的一部分是約10個至約3500個核苷酸(例如約10、20、30、50、 100、300、500、700、1000、1500、2000、2500 或 3000 個核苷酸)，約 10 個至約 1000 個核苷酸(例如約25、55、125、325、525、725或925個核苷酸)，或約10個至約500個核苷酸(例如約 15、30、40、50、60、70、80、90、150、175、250、275、350、375、450、475、480、490、495或499個核苷酸)，或者任意兩個前述值所定義的范圍。更優選地，核酸序列的“一部分”包含不超過約3200個核苷酸(例如約10個至約3200個核苷酸、約10個至約3000個核苷酸、或約30個至約500個核苷酸，或者任意兩個前述值所定義的范圍)。
[0037]氨基酸序列的“一部分”包含至少3個氨基酸(例如約3個至約1，200個氨基酸)。優選地，氨基酸序列的“一部分”包含3個或更多個(例如5個或更多、10個或更多、15個或更多、20個或更多、25個或更多、30個或更多、40個或更多或者50個或更多)氨基酸，但是少于1，200個(例如1，000個或更少、800個或更少、700個或更少、600個或更少、500個或更少、400個或更少、300個或更少、200個或更少或者100個或更少)氨基酸。優選地，氨基酸序列的一部分是約3個至約500個氨基酸(例如約10、100、200、300、400或500個氨基酸)，約3個至約300個氨基酸(例如約20、50、75、95、150、175或200個氨基酸)，或約3個至約100個氨基酸(例如約15、25、35、40、45、60、65、70、80、85、90、95或99個氨基酸)，或者任意兩個前述值所定義的范圍。更優選地，氨基酸序列的“一部分”包含不超過約500個氨基酸(例如約3個至約400個氨基酸、約10個至約250個氨基酸、約50個至約100個氨基酸，或者任意兩個前述值所定義的范圍)。
[0038]腺病毒pIX蛋白存在于腺病毒衣殼中，已發現其增強六鄰體九聚物之間的相互作用，并且是包裝全長基因組所必需的(參見例如Boulanger等，J.Gen.Virol., 44:783-800(1979) ；Horwitz M.S., ^Adenoviridae and theirreplication，，in Virology, 2nded., B.N.Fields 等，(eds.), Raven Press, Ltd., NewYork, pp.1679-1721 (1990), Ghosh-Choudhury 等，EMBO J.，6:1733-1739 (1987)和 vanOostrum等,J.Virol.，56:439-448 (1985))。除了其對腺病毒結構的貢獻以外，還發現PlX顯示出了轉錄性質，如刺激腺病毒主要晚期啟動子(MLP)活性(參見例如Lutz等，J.Virol.,71 (7):5102-5109 (1997))。編碼全部或部分腺病毒pIX蛋白的核酸序列包括例如 SEQ ID NO:6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO:8。SEQ ID NO:1 是 SEQ ID NO:6 的子集。包含全長PlX蛋白或其部分的氨基酸序列包括例如SEQ ID N0:17和SEQ ID N0:18。
[0039]腺病毒DNA聚合酶蛋白是病毒DNA在體外和體內復制所必需的。所述聚合酶與末端蛋白(TP)前體的復合物共純化，所述末端蛋白與腺病毒DNA的5’端共價連接(Field等，J.Biol.Chem.，259:9487-9495(1984))。腺病毒 DNA 聚合酶和 pTP 均由 E2 區編碼。所述聚合酶蛋白是除PlX以外的全部結構蛋白的表達所需的。沒有聚合酶蛋白的基因序列，就不產生聚合酶蛋白。其結果是，病毒基因組不復制，主要的晚期啟動子不活化和衣殼蛋白不表達。編碼全部或部分腺病毒DNA聚合酶蛋白的核酸序列包括例如SEQ ID N0:9。SEQID Ν0:2是SEQ ID Ν0:9的子集。包括全長腺病毒DNA聚合酶或其部分的氨基酸序列包括例如 SEQ ID NO: 19 和 SEQ ID NO: 13。
[0040]腺病毒六鄰體蛋白是腺病毒衣殼中最大的和最豐富的蛋白。所述六鄰體蛋白是病毒衣殼組裝、確定衣殼的十二面體對稱性(其反過來定義了衣殼體積和DNA包裝尺寸的限度)和衣殼的完整性所必需的。此外，為了減少腺病毒載體的中和，六鄰體是修飾的主要靶點(參見例如 Gall 等，J.Virol., 72:10260-264 (1998)和 Rux 等，J.Virol., 77 (17):9553-9566 (2003))。六鄰體蛋白的主要結構特征在不同血清型的腺病毒之間是相同的，但是六鄰體蛋白的尺寸和免疫學性質在不同血清型之間不同(Jornvall等，J.Biol.Chem.,256(12): 6181-6186 (1981))。對15種腺病毒六鄰體蛋白進行比較的結果顯示六鄰體的主要抗原和血清型特異性區域出現在環I和2(即分別為LI或11和LII或12)，在其中存在七個在不同的腺病毒血清型之間長度和序列不同的離散的高變區(HVR1至HVR7)(Crawford-Miksza 等，J.Virol., 70 (3): 1836-1844 (1996))。編碼全部或部分腺病毒六鄰體蛋白的核酸序列包括例如SEQ ID NO: 11和SEQ ID N0:4。包含全長腺病毒六鄰體蛋白或其部分的氨基酸序列包括例如SEQ ID N0:21和SEQ ID NO: 15。
[0041]腺病毒纖維蛋白是具有三個結構域的腺病毒多肽IV的同源三聚體:尾、軸和隆突。(Devaux 等，J.Molec.Biol., 215: 567-88 (1990), Yeh 等，VirusRes.,33:179-98(1991))。所述纖維蛋白主要通過隆突和軸結構域介導病毒與細胞表面受體的結合(Henry等，J.Virol.，68 (8):5239-46 (1994))。用于三聚化的氨基酸序列位于隆突，其是所述纖維(尾)的氨基末端與五鄰體基底結合所必需的(Novelli等，Virology, 185:365-76 (1991))。除了識別細胞受體并且與五鄰體基底結合以外，所述纖維有助于血清型鑒定。來自于不同 腺病毒血清型的纖維蛋白具有極大差異(參見例如Green等，EMBO J.,2:1357-65 (1983)，Chroboczek 等，Virology, 186:280-85 (1992)和 Signas 等，J.Virol.,53:672-78 (1985))。因此，所述纖維蛋白具有對腺病毒的生命周期至關重要的多種功能。編碼全部或部分腺病毒纖維蛋白的核酸序列包括例如SEQ ID NO: 12和SEQ IDN0:5。包含全長腺病毒纖維蛋白或其部分的氨基酸序列包括例如SEQ ID N0:22和SEQ IDNO:16。
[0042]腺病毒五鄰體基底蛋白位于十二面體衣殼的頂部并且包含五個相同的單體。所述五鄰體基底蛋白提供了用于將六鄰體蛋白橋連于十二面體衣殼的多個小平面上的結構，并且提供了用于將纖維蛋白摻入衣殼的必要接口。所述五鄰體基底的各單體均含有RGD三肽基序(Neumann等，Gene, 69:153-157 (1988))。所述RGD三肽介導與αν整合素的結合并且在五鄰體基底的RGD序列具有點突變的腺病毒感染細胞的能力受到限制(Bai等，J.Virol.，67:5198-5205(1993))。因此，五鄰體基底蛋白是衣殼的結構和病毒-細胞相互作用的最大效能所必需的。編碼全部或部分腺病毒五鄰體基底蛋白的核酸序列包括例如SEQ ID NO: 10和SEQ ID NO: 3。包含全長腺病毒五鄰體基底蛋白或其部分的氨基酸序列包括例如 SEQ ID NO:20 和 SEQ ID NO: 14。
[0043]核酸或氨基酸序列的“一致性”，如本申請所述，可以通過將目的核酸或氨基酸序列與對照核酸或氨基酸序列比較確定。計數在對照序列中被改變和/或修飾(例如通過點突變、插入或缺失)以得到目的序列的核苷酸或氨基酸殘基的數量。從目的序列的總長減去這種改變的總數，用所述差值除以目的序列的長度并以百分率表示。用于獲得最佳比對和計算兩條或多條序列之間一致性多種數學算法是公知的并且被納入多種可用的軟件程序中。這種程序的例子包括CLUSTAL-W、T-Coffee和ALIGN(用于核酸和氨基酸序列的比對)、BLAST程序(例如BLAST2.1、BL2SEQ和之后的版本)以及FASTA程序(例如FASTA3x、FASTM和SSEARCH)(用于序列比對和序列相似性檢索)。序列比對算法也公開于例如 Altschul 等，J.Molecular Biol., 215 (3): 403-410 (1990)，Beigert 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA, 106(10):3770-3775 (2009)，Durbin 等編著 Biological SequenceAnalysis:Probalistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge UniversityPress, Cambridge, UK(2009), Soding, Bioinformatics, 21(7):951-960 (2005)，Altschul等，Nucleic Acids Res.，25(17):3389-3402 (1997)和 Gusfield, Algorithms onStrings, Trees and Sequences, Cambridge University Press, Cambridge UK(1997)中。
[0044]在一個實施方式中，腺病毒或腺病毒載體包括一種或多種下述核酸序列:(a)與SEQ ID NO:1具有至少96%—致性的核酸序列(例如至少96 %或100 %—致性)，(b)與SEQ ID N0:2具有至少99%—致性的核酸序列(例如至少99.08%、至少99.16%、至少 99.23 %、至少 99.31 %、至少 99.39 %、至少 99.47 %、至少 99.55 %、至少 99.62 %、至少 99.70%、至少 99.78 %、至少 99.86%、至少 99.93%或 100%—致性)，(c)與 SEQ IDNO:3具有至少80%—致性的核酸序列(例如至少82%、至少84.22%、至少86.44%、至少
88.67%、至少 90.89%、至少 93.11%、至少 95.33%、至少 97.56%、至少 99.78%或 100%一致性)，(d)與SEQ ID N0:4具有至少80%—致性的核酸序列(例如至少80.58%、至少 82.67%、至少 84.75%、至少 86.83%、至少 88.92%、至少 91.00%、至少 93.08%、至少
95.17%、至少97.25%、至少99.33%或100%—致性)和(e)與SEQ ID NO:5具有至少85.4 % 一致性的核酸序列(例如至少87.48 %、至少89.57 %、至少91.65%、至少93.73 %、至少95.82%、至少97.90%、至少99.98%或100%—致性)。
[0045] 所述腺病毒或腺病毒載體可以單獨包含一種、兩種、三種、四種或全部五種前述序列或其任意組合。在這一方面，所述腺病毒或腺病毒載體可以包括任意兩種前述序列的任意組合、任意三種前述序列的任意組合、任意四種前述序列的任意組合或者全部五種前述序列。例如，所述腺病毒或腺病毒載體可以包括與SEQ ID NO:1具有至少96%—致性的核酸序列。所述腺病毒或腺病毒載體可以包括與SEQ ID N0:2具有至少99% —致性的核酸序列和與SEQ ID N0:3具有至少80%—致性的核酸序列。所述腺病毒或腺病毒載體可以包括與SEQ ID NO:1具有至少96%—致性的核酸序列，與SEQ ID NO:3具有至少80%—致性的核酸序列和與SEQ ID NO:5具有至少85.4%—致性的核酸序列。所述腺病毒或腺病毒載體可以包括(a)SEQ ID ΝΟ:1所示的核酸序列，(b) SEQ ID NO:2所示的核酸序列，(c) SEQID NO:3所示的核酸序列，(d) SEQ ID NO:4所示的核酸序列或(e) SEQ ID NO:5所示的核酸序列。所述腺病毒或腺病毒載體可以包括(a)與SEQ ID NO:1具有至少96%—致性的核酸序列，(b)與SEQ ID NO:2具有至少99%—致性的核酸序列，(c)與SEQ ID NO:3具有至少80%—致性的核酸序列，(d)與SEQ ID N0:4具有至少80%—致性的核酸序列和(e)與SEQ ID NO:5具有至少85.4%—致性的核酸序列。所述腺病毒或腺病毒載體可以包括(a)SEQ ID ΝΟ:1所示的核酸序列，(b)SEQ ID NO:2所示的核酸序列，(c) SEQ ID NO:3所示的核酸序列，(d)SEQ ID N0:4所示的核酸序列和(e) SEQ ID NO:5所示的核酸序列。
[0046]在另一個實施方式中，所述腺病毒或腺病毒載體包括一種或多種下述核酸序列:(a)與SEQ ID N0:6具有至少98.7%—致性的核酸序列(例如至少98.95%、至少99.20%、至少99.45%、至少99.70%、至少99.95%或100%—致性)，(b)與SEQ ID NO:7具有至少
98.9%—致性的核酸序列(例如至少99.15%、至少99.40%、至少99.65%、至少99.90%或100%—致性)，(c)與SEQ ID N0:8具有至少99.4%—致性的核酸序列(例如至少
99.65 %、至少99.90%或100%—致性)，(d)與SEQ ID NO: 9具有至少99.1 %—致性的核酸序列(例如至少99.13%、至少99.16%、至少99.19%、至少99.23%、至少99.26%、至少99.29 %、至少 99.32 %、至少 99.35 %、至少 99.38 %、至少 99.42 %、至少 99.45 %、至少99.48 %、至少 99.51 %、至少 99.54 %、至少 99.57 %、至少 99.61 %、至少 99.64%、至少99.67 %、至少 99.70 %、至少 99.73 %、至少 99.76 %、至少 99.79 %、至少 99.83 %、至少
99.86 %、至少 99.89 %、至少 99.92 %、至少 99.95 %、至少 99.98 % 或 100 % 一致性)，(e)與SEQ ID NO: 10具有至少81.25%—致性的核酸序列(例如至少81.30%、至少81.36%、至少 81.41%、至少 81.46%、至少 81.52%、至少 81.57%、至少 81.63%、至少 81.68%、至少
81.73 %、至少 81.79 %、至少 8L 84%、至少 8L 89 %、至少 8L 95 %、至少 82.00 %、至少
82.06 %、至少 82.11 %、至少 82.16 %、至少 82.22 %、至少 82.27 %、至少 82.32 %、至少82.38 %、至少 82.43 %、至少 82.48 %、至少 82.54 %、至少 82.59 %、至少 82.65 %、至少
82.70 %、至少 82.75 %、至少 82.81 %、至少 82.86 %、至少 82.91 %、至少 82.97 %、至少
83.02、至少 83.08 %、至少 83.13 %、至少 83.18 %、至少 83.24%、至少 83.29 %、至少83.34 %、至少 83.40 %、至少 83.45 %、至少 83.50 %、至少 83.56 %、至少 83.61 %、至少83.67 %、至少 83.72 %、至少 83.77 %、至少 83.83 %、至少 83.88 %、至少 83.93 %、至少
83.99 %、至少 84.04 %、至少 84.09 %、至少 84.15 %、至少 84.20 %、至少 84.26 %、至少84.31 %、至少 84.36 %、至少 84.42 %、至少 84.47 %、至少 84.52 %、至少 84.58 %、至少84.63 %、至少 84.69 %、至少 84.74 %、至少 84.79 %、至少 84.85 %、至少 84.90 %、至少
84.95 %、至少 85.01 %、至少 85.06 %、至少 85.11 %、至少 85.17 %、至少 85.22 %、至少
85.28 %、至少 85.33 %、至少 85.38 %、至少 85.44 %、至少 85.49 %、至少 85.54%、至少
85.60 %、至少 85.65 %、至少 85.71 %、至少 85.76 %、至少 85.81 %、至少 85.87 %、至少85.92 %、至少 85.97 %、至少 86.03 %、至少 86.08 %、至少 86.13 %、至少 86.19 %、至少
86.24 %、至少 86.30 %、至少 86.35 %、至少 86.40 %、至少 86.46 %、至少 86.51 %、至少86.56 %、至少 86.62 %、至少 86.67 %、至少 86.73 %、至少 86.78 %、至少 86.83 %、至少
86.89 %、至少 86.94 %、至少 86.99 %、至少 87.05 %、至少 87.10 %、至少 87.15 %、至少
87.21 %、至少 87.26 %、至少 87.32 %、至少 87.37 %、至少 87.42 %、至少 87.48 %、至少87.53 %、至少 87.58 %、至少 87.64 %、至少 87.69 %、至少 87.74 %、至少 87.80 %、至少
87.85 %、至少 87.91 %、至少 87.96 %、至少 88.01 %、至少 88.07 %、至少 88.12 %、至少
88.17 %、至少 88.23 %、至少 88.28 %、至少 88.34 %、至少 88.39 %、至少 88.44 %、至少88.50 %、至少 88.55 %、至少 88.60 %、至少 88.66 %、至少 88.71 %、至少 88.76 %、至少
88.82 %、至少 88.87 %、至少 88.93 %、至少 88.98 %、至少 89.03 %、至少 89.09 %、至少
89.14%、至少 89.19 %、至少 89.25 %、至少 89.30 %、至少 89.36 %、至少 89.41 %、至少89.46 %、至少 89.52 %、至少 89.57 %、至少 89.62 %、至少 89.68 %、至少 89.73 %、至少
89.78 %、至少 89.84 %、至少 89.89 %、至少 89.95 %、至少 90.00 %、至少 90.05 %、至少
90.11 %、至少 90.16 %、至少 90.21 %、至少 90.27 %、至少 90.32 %、至少 90.38 %、至少90.43 %、至少 90.48 %、至少 90.54 %、至少 90.59 %、至少 90.64 %、至少 90.70 %、至少
90.75 %、至少 90.80 % 、至少 90.86 %、至少 90.91 %、至少 90.97 %、至少 91.02 %、至少
91.07 %、至少 91.13 %、至少 91.18 %、至少 91.23 %、至少 91.29 %、至少 91.34%、至少91.39 %、至少 9L 45 %、至少 9L 50 %、至少 9L 56 %、至少 9L 61 %、至少 9L 66 %、至少
91.72 %、至少 9L 77 %、至少 9L 82 %、至少 9L 88 %、至少 9L 93 %、至少 9L 99 %、至少
92.04 %、至少 92.09 %、至少 92.15 %、至少 92.20 %、至少 92.25 %、至少 92.31 %、至少92.36 %、至少 92.41 %、至少 92.47 %、至少 92.52 %、至少 92.58 %、至少 92.63 %、至少
92.68 %、至少 92.74 %、至少 92.79 %、至少 92.84 %、至少 92.90 %、至少 92.95 %、至少
93.01 %、至少 93.06 %、至少 93.11 %、至少 93.17 %、至少 93.22 %、至少 93.27 %、至少93.33 %、至少 93.38 %、至少 93.43 %、至少 93.49 %、至少 93.54 %、至少 93.60 %、至少93.65 %、至少 93.70 %、至少 93.76 %、至少 93.81 %、至少 93.86 %、至少 93.92 %、至少
93.97 %、至少 94.03 %、至少 94.08 %、至少 94.13 %、至少 94.19 %、至少 94.24 %、至少
94.29 %、至少 94.35 %、至少 94.40 %、至少 94.45 %、至少 94.51 %、至少 94.56 %、至少94.62 %、至少 94.67 %、至少 94.72 %、至少 94.78 %、至少 94.83 %、至少 94.88 %、至少
94.94 %、至少 94.99 %、至少 95.04 %、至少 95.10 %、至少 95.15 %、至少 95.21 %、至少
95.26 %、至少 95.31 %、至少 95.37 %、至少 95.42 %、至少 95.47 %、至少 95.53 %、至少95.58 %、至少 95.64 %、至少 95.69 %、至少 95.74 %、至少 95.80 %、至少 95.85 %、至少
95.90 %、至少 95.96 %、至少 96.01 %、至少 96.06 %、至少 96.12 %、至少 96.17 %、至少
96.23 %、至少 96.28 %、至少 96.33 %、至少 96.39 %、至少 96.44 %、至少 96.49 %、至少96.55 %、至少 96.60 %、至少 96.66 %、至少 96.71 %、至少 96.76 %、至少 96.82 %、至少
96.87 %、至少 96.92 %、至少 96.98 %、至少 97.03 %、至少 97.08 %、至少 97.14 %、至少
97.19 %、至少 97.25 %、至少 97.30 %、至少 97.35 %、至少 97.41 %、至少 97.46 %、至少97.51 %、至少 97.57 %、至少 97.62 %、至少 97.68 %、至少 97.73 %、至少 97.78 %、至少
97.84 %、至少 97.89 %、至少 97.94 %、至少 98.00 %、至少 98.05 %、至少 98.10 %、至少
98.16 %、至少 98.21 %、至少 98.27 %、至少 98.32 %、至少 98.37 %、至少 98.43 %、至少
【權利要求】
1.一種腺病毒或腺病毒載體，其包括一種或多種選自下組的核酸序列: (a)與SEQID NO:1具有至少96%同一性的核酸序列， (b)與SEQID N0:2具有至少99%同一性的核酸序列， (c)與SEQID N0:3具有至少80%同一性的核酸序列， (d)與SEQID N0:4具有至少80%同一性的核酸序列，以及 (e)與SEQID NO:5具有至少85.4%同一性的核酸序列。
2.根據權利要求1所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQID NO:1具有至少96%同一'I"生的核酸序列。
3.根據權利要求2所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID ΝΟ:1所示的核酸序列。
4.根據權利要求1-3任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括與SEQID NO:2具有至少99%同一性的核酸序列。
5.根據權利要求4所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO:2所示的核酸序列。
6.根據權利要求1-5任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括與SEQID NO:3具有至少80%同一性的核酸序列。
7.根據權利要求6任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括SEQID NO:3所不的核酸序列。
8.根據權利要求1-7任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQID N0:4具有至少80%同一性的核酸序列。
9.根據權利要求8所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID N0:4所示的核酸序列。
10.根據權利要求1-9任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括與SEQID NO: 5具有至少85.4%同一性的核酸序列。
11.根據權利要求10所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO:5所示的核酸序列。
12.—種腺病毒或腺病毒載體，其包括一種或多種選自下組的核酸序列: (a)與SEQID NO:6具有至少98.7%同一性的核酸序列， (b)與SEQID NO:7具有至少98.9%同一性的核酸序列， (c)與SEQID NO:8具有至少99.4%同一性的核酸序列， (d)與SEQID NO:9具有至少99.1%同一性的核酸序列， (e)與SEQID NO: 10具有至少81.25%同一性的核酸序列， (f)與SEQID NO: 11具有至少90.83%同一性的核酸序列，以及
(g)與SEQID NO: 12具有至少82.5%同一性的核酸序列。
13.根據權利要求12所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQID NO:6具有至少98.7%同一性的核酸序列。
14.根據權利要求13所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO:6所示核酸序列。
15.根據權利要求12-14任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQID NO: 7具有至少98.9%同一性的核酸序列。
16.根據權利要求15所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO:7所示的核酸序列。
17.根據權利要求12-16任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQID NO: 8具有至少99.4%同一性的核酸序列。
18.根據權利要求17所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID N0:8所示的核酸序列。
19.根據權利要求12-18任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQID NO:9具有至少99.1 %同一性的核酸序列。
20.根據權利要求19所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO:9所示的核酸序列。
21.根據權利要求12-20任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQIDNO: 10具有至少81.25%同一性的核酸序列。
22.根據權利要求21所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID N0:10所述的核酸序列。
23.根據權利要求12-22任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQIDNO: 11具有至少90.83%同一性的核酸序列。
24.根據權利要求23所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID ΝΟ:11所示的核酸序列。
25.根據權利要求12-24任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括與SEQIDNO: 12具有至少82.5%同一性的核酸序列。
26.根據權利要求25所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO: 12所示的核酸序列。
27.一種腺病毒或腺病毒載體，其包括一種或多種選自下組的核酸序列: (a)包括SEQID NO:6的至少162個連續的核苷酸的核酸序列， (b)包括SEQID NO:7的至少162個連續的核苷酸的核酸序列， (c)包括SEQID NO:8的至少121個連續的核苷酸的核酸序列， (d)包括SEQID NO:9的至少531個連續的核苷酸的核酸序列， (e)包括SEQID NO: 10的至少156個連續的核苷酸的核酸序列， (f)包括SEQID NO: 11的至少192個連續的核苷酸的核酸序列，以及 (g)包括SEQID NO: 12的至少84個連續的核苷酸的核酸序列。
28.根據權利要求27所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括包含SEQID NO:6的至少162個連續的核苷酸的核酸序列。
29.根據權利要求28所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO:6所示的核酸序列。
30.根據權利要求27-29任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括包含SEQIDNO:7的至少162個連續的核苷酸的核酸序列。
31.根據權利要求30所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO:7所示的核酸序列。
32.根據權利要求27-31任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括包含SEQIDNO:8的至少121個連續的核苷酸的核酸序列。
33.根據權利要求32所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO:8所示的核酸序 列。
34.根據權利要求27-33任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括包含SEQIDNO:9的至少531個連續的核苷酸的核酸序列。
35.根據權利要求34所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID N0:9所示的核酸序列。
36.根據權利要求27-35任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括包含SEQIDNO: 10的至少156個連續的核苷酸的核酸序列。
37.根據權利要求36所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO: 10所示的核酸序列。
38.根據權利要求27-37任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括包含SEQIDNO: 11的至少192個連續的核苷酸的核酸序列。
39.根據權利要求38所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID ΝΟ:11所示的核酸序列。
40.根據權利要求27-39任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括包含SEQIDNO: 12的至少84個連續的核苷酸的核酸序列。
41.根據權利要求40所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO: 12所示的核酸序列。
42.一種腺病毒或腺病毒載體，其包括一種或多種選自下組的氨基酸序列: (a)與SEQID NO: 14具有至少85%同一性的氨基酸序列， (b)與SEQID NO: 15具有至少80%同一性的氨基酸序列，以及 (c)與SEQID NO: 16具有至少80%同一性的氨基酸序列。
43.根據權利要求42所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQID NO: 14具有至少85%同一性的氨基酸序列。
44.根據權利要求43所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO: 14所示的核酸序列。
45.根據權利要求42-44任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQIDNO: 15具有至少80%同一性的氨基酸序列。
46.根據權利要求45所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO: 15所示的氨基酸序列。
47.根據權利要求42-46任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQIDNO: 16具有至少80%同一性的氨基酸序列。
48.根據權利要求47所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO: 16所示的氨基酸序列。
49.一種腺病毒或腺病毒載體，其包括一種或多種選自下組的核酸序列: (a)編碼與SEQID NO: 13具有至少99.7%同一性的氨基酸序列的核酸序列， (b)編碼與SEQID NO: 14具有至少85%同一性的氨基酸序列的核酸序列，(c)編碼與SEQID NO: 15具有至少80%同一性的氨基酸序列的核酸序列，以及 (d)編碼與SEQID NO: 16具有至少80%同一性的氨基酸序列的核酸序列。
50.根據權利要求49所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼與SEQID NO:13具有至少99.7%同一性的氨基酸序列的核酸序列。
51.根據權利要求50所示的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID NO:13所示的氨基酸序列的核酸序列。
52.根據權利要求49-51任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括編碼與SEQIDNO: 14具有至少85%同一性的氨基酸序列的核酸序列。
53.根據權利要求52所示的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID NO: 14所示的氨基酸序列的核酸序列。
54.根據權利要求49-53任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括編碼與SEQIDNO: 15具有至少80%同一性的氨基酸序列的核酸序列。
55.根據權利要求54所示的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID NO: 15所示的氨基酸序列的核酸序列。
56.根據權利要求49-55任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括編碼與SEQIDNO: 16具有至少80%同一性的氨基酸序列的核酸序列。
57.根據權利要 求56所示的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID NO:16所示的氨基酸序列的核酸序列。
58.一種腺病毒或腺病毒載體，其包括一種或多種選自下組的氨基酸序列: (a)與SEQID NO: 18具有至少99%同一性的氨基酸序列， (b)與SEQID N0:20具有至少81.4%同一性的氨基酸序列， (c)與SEQID NO:21具有至少91.3%同一性的氨基酸序列，以及 (d)與SEQID NO:22具有至少83.4%同一性的氨基酸序列。
59.根據權利要求58所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQID NO: 18具有至少99%同一性的氨基酸序列。
60.根據權利要求59所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO: 18所示的氨基酸序列。
61.根據權利要求58-60任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括與SEQIDNO: 20具有至少81.4%同一性的氨基酸序列。
62.根據權利要求61所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID N0:20所示的氨基酸序列。
63.根據權利要求58-62任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQIDNO: 21具有至少91.3%同一性的氨基酸序列。
64.根據權利要求63所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO:21所示的氨基酸序列。
65.根據權利要求58-64任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQIDNO: 22具有至少83.4%同一性的氨基酸序列。
66.根據權利要求65所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括SEQID NO:22所不的氨基酸序列。
67.—種腺病毒或腺病毒載體,其包括一種或多種選自下組的核酸序列: (a)編碼與SEQID NO: 18具有至少99%同一性的氨基酸序列的核酸序列， (b)編碼與SEQID NO: 19具有至少99.75%同一性的氨基酸序列的核酸序列， (c)編碼與SEQID NO: 20具有至少81.4%同一性的氨基酸序列的核酸序列，(d)編碼與SEQID NO: 21具有至少91.3%同一性的氨基酸序列的核酸序列， (e)編碼與SEQID N0:22具有至少83.4%同一性的氨基酸序列的核酸序列。
68.根據權利要求67所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼與SEQID NO: 18具有至少99 %同一性的氨基酸序列的核酸序列。
69.根據權利要求68所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID N0:18所示的氨基酸序列的核酸序列。
70.根據權利要求67-69任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括與SEQIDNO: 19具有至少99.75%同一性的氨基酸序列的核酸序列。
71.根據權利要求70所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID NO: 19所示的氨基酸序列的核酸序列。
72.根據權利要求67-71任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼與SEQIDNO: 20具有至少81.4%同一性的氨基酸序列的核酸序列。
73.根據權利要求72所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID N0:20所示的氨基酸序列的核酸序列。
74.根據權利要求67-73任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼與SEQIDNO:21具有至少91.3%同一性的氨基酸序列的核酸序列。
75.根據權利要求74所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID NO:21所示的氨基酸序列的核酸序列。
76.根據權利要求67-75任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼與SEQIDNO: 22具有至少83.4%同一性的氨基酸序列的核酸序列。
77.根據權利要求76所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID NO:22所示的氨基酸序列的核酸序列。
78.一種腺病毒或腺病毒載體，其包括一種或多種選自下組的氨基酸序列: (a)包括SEQID NO: 18的至少89個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列， (b)包括SEQID NO:20的至少114個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列， (c)包括SEQID NO:21的至少231個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列，以及 (d)包括SEQID NO:22的至少30個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列。
79.根據權利要求78所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括包含SEQID NO: 18的至少89個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列。
80.根據權利要求79所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO: 18的氨基酸序列。
81.根據權利要求78-80任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括包含SEQIDNO:20的至少114個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列。
82.根據權利要求81所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID N0:20的氨基酸序列。
83.根據權利要求78-82任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括包含SEQIDNO:21的至少231個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列。
84.根據權利要求83所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO:21的氨基酸序 列。
85.根據權利要求78-84任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括包含SEQIDNO:22的至少30個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列。
86.根據權利要求85所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括SEQID NO:22的氨基酸序列。
87.一種腺病毒或腺病毒載體，其包括一種或多種選自下組的核酸序列: (a)編碼包括SEQID NO: 18的至少89個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列， (b)編碼包括SEQID NO: 19的至少428個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列， (c)編碼包括SEQID NO:20的至少114個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列， (d)編碼包括SEQID NO:21的至少231個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列，以及 (e)編碼包括SEQID NO:22的至少30個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列。
88.根據權利要求87所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼包含SEQID NO: 18的至少89個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列。
89.根據權利要求88所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID NO:18所示的氨基酸序列的核酸序列。
90.根據權利要求87-89任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括編碼包含SEQID NO: 19的至少428個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列。
91.根據權利要求90所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID NO: 19所示的氨基酸序列的核酸序列。
92.根據權利要求87-91任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼包含SEQID NO:20的至少114個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列。
93.根據權利要求92所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID N0:20所示的氨基酸序列的核酸序列。
94.根據權利要求87-93任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼包含SEQID NO:21的至少231個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列。
95.根據權利要求94所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID NO:21所示的氨基酸序列的核酸序列。
96.根據權利要求87-95任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其包括編碼包含SEQID NO:22的至少30個連續的氨基酸殘基的氨基酸序列的核酸序列。
97.根據權利要求96所述的腺病毒或腺病毒載體，其包括編碼SEQID NO:22所示的氨基酸序列的核酸序列。
98.根據權利要求1-97任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體,其中所述腺病毒或腺病毒載體需要對用于增殖的腺病毒基因組的一個或多個早期區的缺陷進行補償，但不需要對用于增殖的腺病毒基因組的任何其他缺陷進行補償。
99.根據權利要求98所述的腺病毒或腺病毒載體，其中所述一個或多個早期區選自下組:腺病毒基因組的El區、E2區和E4區。
100.根據權利要求99所述的腺病毒或腺病毒載體，其中所述腺病毒或腺病毒載體需要對用于增殖的腺病毒基因組的El區的缺陷進行補償，但不需要對用于增殖的腺病毒基因組的任何其他缺陷進行補償。
101.根據權利要求99所述的腺病毒或腺病毒載體，其中所述腺病毒或腺病毒載體需要對用于增殖的腺病毒基因組的ElA區或ElB區的缺陷進行補償，但不需要對用于增殖的腺病毒基因組的任何其他缺陷進行補償。
102.根據權利要求99所述的腺病毒或腺病毒載體，其中所述腺病毒或腺病毒載體至多需要對用于增殖的腺病毒基因組的E4區的缺陷進行補償，但不需要對用于增殖的腺病毒基因組的任何其他缺陷進行補償。
103.根據權利要求99所述的腺病毒或腺病毒載體，其中所述腺病毒或腺病毒載體需要對用于增殖的腺病毒基因組的El區的缺陷和腺病毒基因組的E4區的缺陷進行補償，但不需要對用于增殖的腺病毒基因組的任何其他缺陷進行補償。
104.根據權利要求1-103任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體，其進一步包括轉基因。
105.一種組合物，所述組合物包括權利要求1-104任意一項所述的腺病毒或腺病毒載體以及藥學上可接受的載體。
【文檔編號】C12N7/00GK103974970SQ201280059668
【公開日】2014年8月6日 申請日期:2012年10月5日 優先權日:2011年10月5日
【發明者】鄧肯·麥克維伊, 道格拉斯·E·布拉夫, 詹森·G·D·加爾 申請人:金維克有限公司