Pdlim5基因突變檢測特異性引物和液相芯片的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了一種PDLIM5基因突變檢測液相芯片和特異性引物，該液相芯片主要包括有：每種由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點(diǎn)的特異性引物序列組成的ASPE引物，所述特異性引物序列為：針對G76A位點(diǎn)的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10，針對G277T位點(diǎn)的SEQ?ID?NO.11及SEQ?ID?NO.12，針對C100T位點(diǎn)的SEQ?ID?NO.13及SEQ?ID?NO.14，和/或針對T132C位點(diǎn)的SEQ?ID?NO.15及SEQ?ID?NO.16；有anti-tag序列包被的微球；擴(kuò)增引物。本發(fā)明所提供的檢測液相芯片的檢測結(jié)果與測序法的吻合率高達(dá)100％，實(shí)現(xiàn)多個突變位點(diǎn)的野生型和突變型并行檢測。
【專利說明】PDLIM5基因突變檢測特異性引物和液相芯片
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明屬于分子生物學(xué)領(lǐng)域，涉及醫(yī)學(xué)和生物技術(shù)，具體的是涉及一種rouM5基因突變檢測特異性引物和液相芯片。
【背景技術(shù)】
[0002]PDLIM5 是一種 LIM 蛋白，同時也是 Enigmahomologue LIM domain(ENH)蛋白，英文名稱為 Postsynaptic Density-95/discs large/Zone occludens-1 (PDZ)andLin-11, Isl-1, Mec-3 (LIM) domain 5,位于 4 號染色體 4q22.3 上,其組成與 Enigma 蛋白類似，由I個PDZ結(jié)構(gòu)域和3個LIM結(jié)構(gòu)域組成。作為銜接蛋白(adaptor protein)在神經(jīng)系統(tǒng)中，ENH蛋白可與PKC β，ε , y相互作用，能被PKC ε，β I磷酸化。ENH還能和L/N型鈣離子通道結(jié)合，影響這些通道的開閉。在心臟中，ENH被報道與心肌肥大相關(guān)，ENH介導(dǎo)PKDl對L型鈣離子通道的磷酸化，而PKD的過度激活導(dǎo)致心肌肥大?？赡芎湍[瘤相關(guān)，在hela S3k-562 molt_4等眾多癌細(xì)胞系中，都有ENH表達(dá)?；蚺c前列腺癌，抑郁癥和精神分裂癥有相關(guān)性。
[0003]目前，PDLIM5基因突變檢測方法主要有=Illumina光纖微珠芯片技術(shù)、直接測序法和熒光定量PCR技術(shù)，雖然Illumina光纖微珠芯片技術(shù)是高靈敏度和精確性的高通量檢測系統(tǒng)，但是自動化程度低，手工操作比較多，難以滿足實(shí)際應(yīng)用的需要。而其它以PCR為基礎(chǔ)的檢測技術(shù)，如直接測序法和熒光定量PCR技術(shù)，則存在靈敏度低，樣品易污染、假陽性率高的缺點(diǎn)，而且直接測序法和熒光定量PCR技術(shù)存在著檢測通量的局限性，每次只能檢測一種突變類型，不能滿足實(shí)際應(yīng)用的需要。
[0004]本發(fā)明目標(biāo)檢測的PDUM5基因突變位點(diǎn)，如表所示:
[0005]`
【權(quán)利要求】
1.一種rouM5基因突變檢測液相芯片，其特征在于，包括有:(A).針對rouM5基因不同突變位點(diǎn)分別設(shè)計的野生型和突變型的ASPE引物對:每條ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點(diǎn)的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為:針對G76A位點(diǎn)的 SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，針對 G277T 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.11 及 SEQ ID N0.12,針對 C100T 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.13 及 SEQ ID N0.14，和 / 或針對 T132C位點(diǎn)的 SEQ ID N0.15及 SEQ ID N0.16 ;所述 tag 序列選自 SEQ ID N0.1 -SEQ ID N0.8 ； (B).有ant1-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球,所述ant1-tag序列與微球連接中間還設(shè)有間隔臂序列；所述ant1-tag序列選自SEQ ID N0.17-SEQ ID N0.24，且所述ant1-tag序列能相應(yīng)地與(A)中所選的tag序列互補(bǔ)配對； (C).用于擴(kuò)增出需要檢測的、具有相應(yīng)突變位點(diǎn)的目標(biāo)序列的引物。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的H)UM5基因突變檢測液相芯片，其特征在于，所述擴(kuò)增引物為:針對 G76A 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.25 及 SEQ ID N0.26，針對 G277T 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.27 及SEQ ID N0.28，針對 C100T 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.29 及 SEQ ID N0.30，和 / 或針對 T132C 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.31 及 SEQ ID N0.32。
3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的基因突變檢測液相芯片，其特征在于，所述ASPE引物為:針對G76A位點(diǎn)的由SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.9組成的序列及由SEQ ID N0.2和SEQ ID N0.10組成的序列，針對G277T位點(diǎn)的由SEQ ID N0.3和SEQ ID N0.11組成的序列及由SEQ ID N0.4和SEQ ID N0.12組成的序列，針對C100T位點(diǎn)的由SEQ ID N0.5和SEQID N0.13組成的序列及由SEQ ID N0.6和SEQ ID N0.14組成的序列，和/或針對T132C位點(diǎn)的由SEQ ID N0.7和SEQ ID N0.15組成的序列及由SEQ ID N0.8和SEQ ID N0.16組成的序列。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的H)UM5基因突變檢測液相芯片，其特征在于，所述間隔臂為5— 10 個 T。
5.用于TOLIM5基因突變檢測的特異性引物，其特征在于，所述特異性引物序列為:針對 G76A 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，針對 G277T 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.11 及 SEQ IDN0.12，針對 C100T 位點(diǎn)的 SEQ ID N0.13 及 SEQ ID N0.14，和 / 或針對 T132C位點(diǎn)的 SEQ IDN0.15 及 SEQ ID N0.16。
【文檔編號】C12N15/11GK103451269SQ201210179332
【公開日】2013年12月18日 申請日期:2012年5月31日 優(yōu)先權(quán)日:2012年5月31日
【發(fā)明者】許嘉森, 楊惠夷 申請人:益善生物技術(shù)股份有限公司