專利名稱：用于診斷和治療抗間變性淋巴瘤激酶(alk)激酶抑制劑的癌癥的方法和組合物的制作方法
技術領域：
本發明通常涉及抗間變性淋巴瘤激酶(ALK)激酶抑制劑的癌癥的檢測和治療。
背景技術：
間變性淋巴瘤激酶(ALK)是在間變性大細胞淋巴瘤中最初鑒定的呈其組成型活化的致癌融合形式之一-核磷酸蛋白(NPM)-ALK的胰島素受體超家族中的受體酪氨酸激酶(RTK)(Morris 等(1994)Science263:1281-1284 ；Morris 等(1997)Oncogene14:2175-2188)。隨后的研究已鑒定了彌漫性大B細胞淋巴瘤、惡性組織細胞增生癥、炎性肌纖維母細胞瘤肉瘤、食管鱗狀細胞癌、乳腺癌、結腸直腸癌和非小細胞肺癌亞類中的ALK融合(查閱 Webb 等(2009)Expert Rev Anticancer Ther9:331-356)。最近，已經證明 ALK的基因組DNA擴增和蛋白質過表達 以及激活點突變引起成神經細胞瘤(Webb等(2009)Expert RevAnticancer Ther 9:331-356 ;George 等(2008) Nature 455:975-979)。除證實ALK活性異常對其有決定性作用的這些癌癥外，更多間接聯系通過牽涉具有報道的ALK配體、多效生長因子和中期因子的自分泌和/或旁分泌生長環的受體活化機制使ALK牽連于其它惡性腫瘤(例如成膠質細胞瘤)的發生中(Webb等(2009) Expert Rev AnticancerTher9:331-356)。在這廣泛的癌癥中牽涉ALK的組成型活化形式突變體已經引起制藥和生物科技公司對研究類似于分別靶向Abelson(ABL)激酶和表皮生長因子受體(EGFR)激酶的小分子激酶抑制劑伊馬替尼(Gleevec, Novartis)和埃羅替尼(Tarceva, Genentech/OSI)的ALK抑制劑相當大的興趣。自2001年以來，美國已經批準將8種ATP競爭性小分子激酶抑制劑(包括伊馬替尼和埃羅替尼)用于各種癌癥適應證中(查閱Webb等(2009)Expert RevAnticancer Ther 9:331-356)。雖然這些藥物已經證實作為抗癌劑極其有價值一也許最好的例子就是在慢性骨髓性白血病(CML)和胃腸道間質瘤(GIST)患者中在施用甲磺酸伊馬替尼(Gleevec, Novartis)后實現的療效,但是這些抑制劑在臨床上的使用已經導致抗藥性腫瘤的發生(O，Hare 等(2007) Blood 110:2242-2249 ；EngeIman 和 Settleman (2008)Curr Opin Genet Dev 18:1-7 ;Bikker 等(2009) JMed Chem 52:1493-1509)。已將這種抗性歸因于許多機制，包括編碼致癌激酶的基因擴增以及替代性信號通路的激活；然而，最常見的介導ATP競爭性激酶抑制劑抗性的機制是在激酶靶的激酶催化結構域內或附近發生個別或成群的突變(O’Hare 等(2007)Bloodll0:2242_2249 ;Engelman 和 Settleman(2008)Curr Opin Genet Devl8:1-7 ;Bikker 等(2009) J Med Chem 52:1493-1509)。這些突變阻止抑制劑與其激酶靶的高親和力相互作用，然而使其催化結構域結合的ATP完整。對激酶抑制劑臨床抗性的發生和鑒定賦予此類抗性的激酶結構域突變已引起設計和研究后續藥物以治療腫瘤不再對用第一代試劑治療反應的患者。對于臨床應用而言需要檢測ALK激酶結構域中抗性突變的存在的有力診斷測定以確認變得對用ALK激酶抑制劑治療有抗性的癌癥患者的抗性機制，并且允許醫師知情選擇第二代抑制劑以管理有第一代抑制劑抗性腫瘤的患者。目前不存在檢測ALK抑制劑抗性的測定。這些腫瘤的鑒定還將用于指導知情設計和合成發展為抑制抗第一代抑制劑的ALK的這些突變形式的ALK第二代和新一代抑制劑。發明概述提供了用于鑒定、預后、診斷和治療抗ALK激酶抑制劑或從遺傳學角度易于抗ALK激酶抑制劑的癌癥的組合物和方法。本發明基于在ALK中發現賦予對ALK激酶抑制劑，例如PF-0234166的抗性的新型突變。提供了包含ALK抑制劑抗性突變的多肽和編碼所述多肽的多核苷酸并且發現作為生物標記物用于檢測抗性突變和診斷那些抗ALK激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法中的用途。本文還提供了特異性結合包含公開的抗性突變的ALK多肽的抗體，包含所述抗體的試劑盒和包含能夠特異性檢測或特異性擴增編碼具有ALK抑制劑抗性突變的ALK的多核苷酸的多核苷酸的試劑盒用于檢測生物樣品中的抗性突變。進一步提供了鑒定特異性結合包含抗性突變的ALK或ALK致癌融合蛋白和/或抑制其活性的方法。本發明涵蓋以下實施方案:
1.一種分離的多核苷酸，所述多核苷酸包含選自以下的核苷酸序列:a) SEQ ID NO: 5、7、9、11、13、15、17、19、21、25、27、29、31、98、100 或 102 中所示的核
苷酸序列；b)編碼 SEQ ID NO: 6、8、10、12、14、16、18、20、22、26、28、30、32、99、101 或 103 中所
示氨基酸序列的核苷酸序列；c)與SEQ ID NO: 5具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO:6具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有絲氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種間變性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；d)與SEQ ID NO: 7具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO:8具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有丙氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；e)與SEQ ID NO:9具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 10具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在其與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置具有纈氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；
f)與SEQ ID N0:11具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 12具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；g)與SEQ ID N0:13具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 14具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置具有蛋氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；h)與SEQ ID N0:15具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 16具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置具有酪氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；i)與SEQ ID NO: 17具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 18具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有半胱氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；j)與SEQ ID NO: 19具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 20具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有異亮氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；k)與SEQ ID N0:21具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 22具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的 氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有纈氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；I)與SEQ ID N0:25具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 26具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置具有精氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；m)與SEQ ID N0:27具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 28具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置具有天冬酰胺殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；η)與SEQ ID Ν0:29具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 30具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；ο)與SEQ ID Ν0:31具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO:32具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置具有丙氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；P)與SEQ ID N0:98具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO:99具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；q)與SEQ ID NO: 100具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 101具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；和r)與SEQ ID NO: 102具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 103具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有亮氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽。2.根據實施方案I所述的分離的多核苷酸，其中所述多核苷酸包含選自以下的核苷酸序列:a)與SEQ ID NO: 5具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO:6具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有絲氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種間變性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；b)與SEQ ID NO: 7具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO:8具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有丙氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；c)與SEQ ID NO:9具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 10具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在其與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置具有纈氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；d)與SEQ ID NO: 11具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 12具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；e)與SEQ ID NO: 13具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 14具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置具有蛋氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；
f)與SEQ ID NO: 15具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 16具有至少95%序列同一'丨生的氨基酸序列的核苷酸序列,其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置具有酪氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；
g)與SEQ ID NO: 17具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 18具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有半胱氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；h)與SEQ ID N0:19具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 20具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有異亮氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；i)與SEQ ID N0:21具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO:22具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有纈氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；j)與SEQ ID N0:25具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO:26具有至少95%序列同一'丨生的氨基酸序列的核苷酸序列,其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置具有精氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；k)與SEQ ID N0:27具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 28具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置具有天冬酰胺殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；I)與SEQ ID N0:29具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 30具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；m)與SEQ ID N0:31具有至少95%序列同一性 的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 32具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置具有丙氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；η)與SEQ ID Ν0:98具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO:99具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID Ν0:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；ο)與SEQ ID NO: 100具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 101具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID Ν0:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；和，P)與SEQ ID NO: 102具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ IDNO: 103具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有亮氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽。3.根據實施方案I所述的分離的多核苷酸，其中所述多核苷酸包含選自以下的核苷酸序列:a) SEQ ID NO: 33、35、37、39、41、43、45、47、49、53、55、57、59、61、63 或 104 中所示的
核苷酸序列；b)編碼 SEQ ID N0:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或 105 中
所示氨基酸序列的核苷酸序列；c)與 SEQ ID NO:33、35、37、39、41、43、45、47、49、53、55、57、59、61、63 或 104 具有
至少90%序列同一性的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；和d)編碼具有與 SEQ ID NO:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或
105具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽。4.根據實施方案3所述的分離的多核苷酸，其中所述多核苷酸進一步包含編碼ALK致癌融合蛋白伴侶的核苷酸序列，并且其中所述多核苷酸編碼ALK致癌融合蛋白。5.根據實施方案4所述的分離的多核苷酸，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侶選自核磷酸蛋白(NPM)、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5-氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷酸甲酰轉移酶/MP環水解酶(ATIC)、網格蛋白重鏈(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(TPM4)、膜突蛋白(MSN)、Ran結合蛋白2 (RanBP2)、棘皮動物微管相關蛋白樣4 (EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驅動蛋白家族成員5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重鏈9 (MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色體17 (AL017)上的環指蛋白213 (RNF213)/ALK淋巴瘤寡聚伴侶。6.根據實施方案5所述的分離的多核苷酸，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侶具有SEQ ID N0:97中所示的氨基酸序列。7.根據實施方案I所述的分離的多核苷酸，其中所述多核苷酸包含選自以下的核苷酸序列:a) SEQ ID N0:65、67、69、71、73、75、77、79、81、85、87、89、91、93、95 或 106 中所示的
核苷酸序列；b)編碼 SEQ ID NO:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107 中
所示氨基酸序列的核苷酸序列；c)與 SEQ ID N0:65、67、69、71、73、75、77、79、81、85、87、89、91、93、95 或 106 具有
至少90%序列同一性的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；和d)編碼具有與 SEQ ID N0:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或
107具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽。8.根據實施方案1-7中任一項所述的分離的多核苷酸，其中所述ALK小分子激酶抑制劑選自 PF-0234166、NVP-TAE684、星孢菌素、7-羥基星孢菌素、CEP-14083、CEP-14513、CEP-28122、吡啶酮 14、 吡啶酮 15、CRL151104A 和 WZ-5-126。
9.根據實施方案8所述的分離的多核苷酸，其中所述ALK小分子激酶抑制劑為PF-02341066。10.一種表達盒，所述表達盒包含根據實施方案1-9中任一項所述與啟動子可操作地連接的分離的多核苷酸。11.一種宿主細胞，所述宿主細胞包含根據實施方案10所述的表達盒。12.一種分離的多肽，所述多肽包含選自以下的氨基酸序列:a) SEQ ID N0:6、8、10、12、14、16、18、20、22、26、28、30、32、99、101、103 中所示的氨
基酸序列；b)與SEQ ID N0:6具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有絲氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種間變性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制劑的激酶活性；c)與SEQ ID N0:8具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有丙氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；d)與SEQ ID NO: 10具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置具有纈氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；e)與SEQ ID NO: 12具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；f)與SEQ ID NO: 14具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置具有蛋氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；g)與SEQ ID NO: 16具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置具有酪氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；h)與SEQ ID NO: 18具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有半胱氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；i)與SEQ ID NO: 20具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有異亮氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；j)與SEQ ID NO: 22具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有纈氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；k)與SEQ ID NO: 26具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置具有精氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；1)與SEQ ID NO: 28具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置具有天冬酰胺殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；m)與SEQ ID NO: 30具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；η)與SEQ ID NO: 32具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置具有丙氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；ο)與SEQ ID Ν0:99具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID Ν0:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；P)與SEQ ID NO: 101具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID Ν0:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；和，q)與SEQ ID NO: 103具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有亮氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性。13.根據實施方案12所述的分離的多肽，其中所述多肽包含選自以下的氨基酸序列: a)與SEQ ID N0:6具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有絲氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種間變性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制劑的激酶活性；b)與SEQ ID N0:8具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有丙氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；c)與SEQ ID NO: 10具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置具有纈氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；d)與SEQ ID NO: 12具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；e)與SEQ ID NO: 14具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置具有蛋氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；f)與SEQ ID NO: 16具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置具有酪氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；g)與SEQ ID NO: 18具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有半胱氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；h)與SEQ ID NO: 20具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有異亮氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；i)與SEQ ID NO: 22具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有纈氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；j)與SEQ ID NO: 26具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置具有精氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；k)與SEQ ID NO: 28具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置具有天冬酰胺殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；I)與SEQ ID NO: 30具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；m)與SEQ ID NO: 32具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置具有丙氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；η)與SEQ ID Ν0:99具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID Ν0:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；ο)與SEQ ID NO: 101具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID Ν0:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；和P)與SEQ ID NO: 103具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有亮氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性。14.根據實施方案12所述的分離的多肽，其中所述多肽包含選自以下的氨基酸序列:a) SEQ ID NO: 34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64或 105 中所示的
氨基酸序列；和b)與 SEQ ID N0:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或 105 具有
至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性。15.根據實施 方案14所述的分離的多肽，其中所述多肽進一步包含ALK致癌融合蛋白伴侶，從而形成ALK致癌基因融合蛋白。16.根據實施方案15所述的分離的多肽，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侶選自核磷酸蛋白(NPM)、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5-氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷酸甲酰轉移酶ΛΜΡ環水解酶(ATIC)、網格蛋白重鏈(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(ΤΡΜ4)、膜突蛋白(MSN)、Ran結合蛋白2 (RanBP2)、棘皮動物微管相關蛋白樣4 (EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驅動蛋白家族成員5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重鏈9 (MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色體17 (AL017)上的環指蛋白213 (RNF213)/ALK淋巴瘤寡聚伴侶。17.根據實施方案16所述的分離的多肽，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侶具有SEQID N0:97中所示的氨基酸序列。18.根據實施·方案12所述的分離的多肽，其中所述多肽包含選自以下的氨基酸序列:a) SEQ ID NO: 66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107 中所示氨
基酸序列；和b)與 SEQ ID N0:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107 具有
至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性。19.根據實施方案12-18中任一項所述的分離的多肽，其中所述ALK小分子激酶抑制劑選自 PF-0234166、NVP-TAE684、星孢菌素、7-羥基星孢菌素、CEP-14083、CEP-14513、CEP-28122、吡啶酮 14、吡啶酮 15、CRL151104A 和 WZ-5-126。20.根據實施方案19所述的分離的多肽，其中所述ALK小分子激酶抑制劑為PF-02341066。21.一種已被改變為表達抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體多肽的非人轉基因動物，其中所述ALK抗性突變體多肽具有至少一個選自以下的ALK激酶抑制劑抗性突變體殘基:a)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的絲氨酸殘基；b)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的丙氨酸殘基；c)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置的纈氨酸殘基；d)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置的賴氨酸殘基；e)在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置的蛋氨酸殘基；f)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置的酪氨酸殘基；g)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的半胱氨酸殘基；h)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的異亮氨酸殘基；i)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的纈氨酸殘基；j)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的亮氨酸殘基；k)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置的精氨酸殘基；I)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置的天冬酰胺殘基；m)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置的賴氨酸殘基；η)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置的丙氨酸殘基；ο)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置的賴氨酸殘基；和P)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置的賴氨酸殘基。22.一種特異性結合抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體多肽的抗體，其中所述ALK抗性突變體多肽具有至少一個選自以下的ALK激酶抑制劑抗性突變體
殘基:a)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的絲氨酸殘基；b)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的丙氨酸殘基；c)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置的纈氨酸殘基；d)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置的賴氨酸殘基；e)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置的蛋氨酸殘基；f)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置的酪氨酸殘基；g)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的半胱氨酸殘基；h)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的異亮氨酸殘基；i)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的纈氨酸殘基；j)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的亮氨酸殘基；k)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置的精氨酸殘基；l)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置的天冬酰胺殘基；m)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置的賴氨酸殘基；η)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置的丙氨酸殘基；ο)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置的賴氨酸殘基；和，P)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置的賴氨酸殘基。23.根據實施方案22所述的抗體，其中所述ALK抗性突變體多肽包含根據實施方案12-20中任一項所述的分離的多肽。24.一種用于檢測生物樣品中ALK抑制劑抗性突變的試劑盒，所述試劑盒包含根據實施方案22或23所述的抗體。25.根據實施方案24所述的試劑盒，所述試劑盒進一步包含用于檢測與ALK結合的抗體的化學藥品。26.一種用于檢測生物樣品中ALK抑制劑抗性突變的試劑盒，所述試劑盒包含含至少一種可特異性檢測或特異性擴增具有ALK抑制劑抗性突變的ALK抗性突變體多核苷酸的多核苷酸的試劑，其中所述ALK抗性突變體多核苷酸編碼抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體多肽，其中所述ALK抗性突變體多肽具有至少一個選自以下的ALK激酶抑制劑抗性突變體殘基:a)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的絲氨酸殘基；b)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的丙氨酸殘基；c)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置的纈氨酸殘基；d)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置的賴氨酸殘基；e)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置的蛋氨酸殘基；f)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置的酪氨酸殘基；g)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的半胱氨酸殘基；h)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的異亮氨酸殘基；i)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的纈氨酸殘基；j)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的亮氨酸殘基；
k)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置的精氨酸殘基；I)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置的天冬酰胺殘基；m)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置的賴氨酸殘基；η)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置的丙氨酸殘基；ο)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置的賴氨酸殘基；和，P)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置的賴氨酸殘基。27.根據實施方案26所述的試劑盒，其中所述至少一種可特異性檢測或特異性擴增ALK抗性突變體多核苷酸的多核苷酸能夠特異性檢測或特異性擴增根據實施方案1-9中任一項所述的多核苷酸。28.根據實施方案26所述的試劑盒，其中所述試劑包含一對擴增包含所述ALK抑制劑抗性突變的擴增子的引物。29.根據實施方案26所述的試劑盒，其中所述試劑包含至少一種探針，所述探針包含在嚴格條件下與所述ALK抗性突變體多核苷酸雜交并從而檢測ALK抑制劑抗性突變的多核苷酸序列。30.一種測定生物樣品的ALK抑制劑抗性突變的方法，所述方法包括使所述生物樣品與根據實施方案22所述的抗體接觸并 檢測所述抗體與具有所述ALK抑制劑抗性突變的ALK的結合。31.一種診斷患有ALK活性異常相關癌癥的患者中抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述患者的生物樣品中ALK抑制劑抗性突變的存在，所述方法包括使所述生物樣品與根據實施方案22所述的抗體接觸，并檢測所述抗體與具有所述ALK抑制劑抗性突變的ALK的結合，其中具有所述ALK抑制劑抗性突變的所述ALK的存在表明所述患者患有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥。32.一種測定生物樣品的ALK抑制劑抗性突變的方法，所述方法包括使所述生物樣品與包含至少一種可特異性檢測或特異性擴增具有ALK抑制劑抗性突變的ALK抗性突變體多核苷酸的多核苷酸的試劑接觸，其中所述ALK抗性突變體多核苷酸編碼抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體多肽，其中所述ALK抗性突變體多肽具有至少一個選自以下的ALK激酶抑制劑抗性突變體殘基:a)在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的絲氨酸殘基；b)在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的丙氨酸殘基；c)在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置的纈氨酸殘基；d)在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置的賴氨酸殘基；e)在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置的蛋氨酸殘基；f)在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置的酪氨酸殘基；g)在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的半胱氨酸殘基；h)在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的異亮氨酸殘基；i)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的纈氨酸殘基；j)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的亮氨酸殘基；k)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置的精氨酸殘基；
I)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置的天冬酰胺殘基；m)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置的賴氨酸殘基；η)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置的丙氨酸殘基；ο)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置的賴氨酸殘基；和，P)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置的賴氨酸殘基。33.一種診斷患有ALK活性異常相關癌癥的患者中抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述患者的生物樣品中ALK抑制劑抗性突變的存在，所述方法包括使所述生物樣品與包含至少一種可特異性檢測或特異性擴增具有ALK抑制劑抗性突變的ALK抗性突變體多核苷酸的多核苷酸的試劑接觸，其中所述ALK抗性突變體多核苷酸編碼抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體多肽，其中所述ALK抗性突變體多肽具有至少一個選自以下的ALK激酶抑制劑抗性突變體殘基:a)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的絲氨酸殘基；b)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的丙氨酸殘基；c)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置的纈氨酸殘基；
d)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置的賴氨酸殘基；e)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置的蛋氨酸殘基；f)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置的酪氨酸殘基；g)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的半胱氨酸殘基；h)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的異亮氨酸殘基；i)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的纈氨酸殘基；j)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的亮氨酸殘基；k)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置的精氨酸殘基；I)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置的天冬酰胺殘基；m)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置的賴氨酸殘基；η)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置的丙氨酸殘基；ο)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置的賴氨酸殘基；和，P)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置的賴氨酸殘基；并檢測所述生物樣品中所述ALK抑制劑抗性突變的存在或不存在，其中所述ALK抑制劑抗性突變的存在表明所述患者患有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥。34.根據實施方案32或33所述的方法，其中所述至少一種可特異性檢測或特異性擴增ALK抗性突變體多核苷酸的多核苷酸能夠特異性檢測或特異性擴增根據實施方案1-9中任一項所述的多核苷酸。35.一種診斷受試者中抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述受試者的生物樣品中具有ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的存在，所述方法包括使所述生物樣品與特異性結合根據實施方案15-17中任一項所述的多肽的抗體接觸；并檢測所述抗體與具有ALK抗性突變的所述ALK致癌融合蛋白的結合；其中具有ALK抑制劑抗性突變的所述ALK致癌融合蛋白的存在表明所述受試者患有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥。36.一種診斷受試者中抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述受試者的生物樣品中編碼具有ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的存在，所述方法包括使所述生物樣品與包含至少一種可特異性檢測或特異性擴增編碼具有ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的多核苷酸的試劑接觸，其中所述至少一種多核苷酸能夠特異性檢測或特異性擴增根據實施方案4-6中任一項所述的多核苷酸；并檢測所述生物樣品中編碼具有所述ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在或不存在；其中編碼具有所述ALK抑制劑抗性突變的所述ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在表明所述受試者患有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥。37.根據實施方案30-36中任一項所述的方法，其中所述ALK小分子激酶抑制劑選自 PF-0234166、NVP-TAE684、星孢菌素、7-羥基星孢菌素、CEP-14083、CEP-14513、CEP-28122、吡啶酮 14、吡啶酮 15、CRL151104A 和 WZ-5-126。38.根據實施方案37所述的方法，其中所述ALK小分子激酶抑制劑為PF-02341066ο39.一種診斷患有ALK活性異常相關癌癥的患者中抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述患者的生物樣品中ALK抑制劑抗性突變的存在，所述方法包括使所述生物樣品與特異性結合抗PF-02341066的ALK抗性突變體多肽結合的抗體接觸，其中所述ALK抗性突變體多肽在與SEQ ID N0:2的氨基酸殘基位置1196相對應的位置具有蛋氨酸殘基；并檢測所述抗體與具有所述ALK抗性突變的ALK的結合，其中具有所述ALK抑制劑抗性突變的所述ALK的存在表明所述患者患有抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥。40.根據實施方案39所述的方法，其中所述ALK抗性突變體多肽包含選自以下的
氨基酸序列:a) SEQ ID NO: 24中所示的氨基酸序列；和b)與SEQ ID NO: 24具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1196相對應的位置具有蛋氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性；41.根據實施方案39所述的方法，其中所述ALK抗性突變體多肽包含選自以下的氨基酸序列:a) SEQ ID NO: 52中所示的氨基酸序列；和b)與SEQ ID NO: 52具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。42.根據實施方案41所述的方法，其中所述ALK抗性突變體多肽進一步包含ALK致癌融合蛋白伴侶，從而包含ALK致癌融合蛋白。43.根據實施方案39所述的方法，其中所述ALK抗性突變體多肽包含選自以下的氨基酸序列:
a) SEQ ID N0:84中所示的氨基酸序列；和b)與SEQ ID NO: 84具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。44.一種診斷患有ALK活性異常相關癌癥的患者中抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述受試者的生物樣品中ALK抑制劑抗性突變的存在，所述方法包括:a)使所述生物樣品與包含至少一種可特異性檢測或特異性擴增編碼具有ALK抑制劑抗性突變的ALK抗性突變體多核苷酸的多核苷酸的試劑接觸，其中所述ALK抗性突變體多核苷酸編碼抗PF-02341066的ALK抗性突變體多肽，其中所述ALK抗性突變體多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1196相對應的位置具有蛋氨酸殘基；以及，b)檢測所述生物樣品中所述ALK抑制劑抗性突變的存在或不存在，其中所述ALK抑制劑抗性突變的存在表明所述患者患有抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥。45.根據實施方案44所述的方法，其中所述ALK抗性突變體多核苷酸包含選自以下的多核苷酸:a)具有SEQ ID N0:23、51或83中所示核苷酸序列的多核苷酸；b)編碼SEQ ID NO:24、52或84中所示氨基酸序列的多核苷酸；c)與SEQ ID NO: 23、51或83具有至少90%序列同一性的多核苷酸，或編碼與SEQID N0:24、52或84具有至少90%序列同一'丨生的氨基酸序列的多核苷酸,其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有蛋氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗PF-02341066的激酶活性的多肽。46.一種診斷受試者中抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述受試者的生物樣品中具有ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的存在，所述方法包括 :a)使所述生物樣品與特異性結合包含選自以下的多肽的ALK致癌融合蛋白的抗體接觸:i)SEQ ID NO:52中所示的氨基酸序列；和ii)與SEQ ID NO: 52具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性；以及，b)檢測所述抗體與具有ALK抗性突變的所述ALK致癌融合蛋白的結合；其中具有ALK抑制劑抗性突變的所述ALK致癌融合蛋白的存在表明所述受試者患有抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥。47.一種診斷受試者中抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述受試者的生物樣品中編碼具有ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的存在，所述方法包括:a)使所述生物樣品與包含至少一種可特異性檢測或特異性擴增編碼ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的多核苷酸的試劑接觸，其中編碼ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸包含選自以下的多核苷酸:i)具有SEQ ID NO:51中所示核苷酸序列的多核苷酸；ii)編碼SEQ ID NO:52中所示氨基酸序列的多核苷酸；iii)與SEQ ID NO: 51具有至少90%序列同一性的多核苷酸，或編碼與SEQ IDNO:52具有至少90%序列同一'丨生的氨基酸序列的多核苷酸,其中所述多核苷酸編碼在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有蛋氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗PF-02341066的激酶活性的多肽；以及，b)檢測所述生物樣品中編碼具有所述ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在或不存在；其中編碼具有所述ALK抑制劑抗性突變的所述ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在表明所述受試者患有抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥。48.根據實施方案46或47所述的方法，其中所述ALK致癌融合蛋白包含選自以下的ALK致癌融合蛋白伴侶:核磷酸蛋白(NPM)、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5-氨基咪唑_4_甲酰胺核糖核苷酸甲酰轉移酶ΛΜΡ環水解酶(ATIC)、網格蛋白重鏈(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(TPM4)、膜突蛋白(MSN)、Ran結合蛋白2 (RanBP2)、棘皮動物微管相關蛋白樣4(EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驅動蛋白家族成員5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重鏈9(MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色體17(AL017)上的環指蛋白213(RNF213)/ALK淋巴瘤寡聚伴侶。49.根據實施方案48所述的方法，其中所述致癌融合蛋白伴侶具有SEQ ID NO:97中所示的氨基酸序列。50.根據實施方案32_34、36、44、45和47中任一項所述的方法，其中檢測所述多核苷酸包括核酸測序技術、核 酸擴增法或核酸雜交技術。51.根據實施方案31、33、35、36和39-49中任一項所述的方法，其中所述癌癥選自大B細胞淋巴瘤、間變性大細胞淋巴瘤(ALCL)、惡性組織細胞增生癥、炎性肌纖維母細胞瘤肉瘤、食管鱗狀細胞癌、乳腺癌、結腸直腸癌、非小細胞肺癌、成神經細胞瘤、膀胱癌、腎癌和成膠質細胞瘤。52.根據實施方案31、33、35、36和39-49中任一項所述的方法，所述方法進一步包含為所述患者選擇療法。53.一種特異性減少抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體的表達的方法，所述方法包括將靶向編碼所述ALK抗性突變體的基因的沉默元件引入表達所述ALK抗性突變體的細胞中，其中所述沉默元件的引入或表達特異性減少所述ALK抗性突變體的表達，其中所述ALK抗性突變體為根據實施方案12-20中任一項所述的多肽。54.一種治療抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK活性異常相關癌癥的方法，所述方法包括施用有效量的靶向編碼抗所述至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體的基因的沉默元件，其中所述沉默元件的引入或表達特異性減少所述ALK抗性突變體的表達，其中所述ALK抗性突變體為根據實施方案12-20中任一項所述的多肽。55.一種治療抗PF-02341066的ALK活性異常相關癌癥的方法，所述方法包括施用有效量的靶向編碼抗PF-02341066的ALK抗性突變體的基因的沉默元件，其中所述沉默元件的引入或表達特異性減少所述ALK抗性突變體的表達，其中所述ALK抗性突變體為包含選自以下的氨基酸序列的多肽:a) SEQ ID NO: 24中所示的氨基酸序列；和b)與SEQ ID NO: 24具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1196相對應的位置具有蛋氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。56.根據實施方案55所述的方法，其中所述多肽包含選自以下的氨基酸序列:a) SEQ ID NO: 52中所示的氨基酸序列；和b)與SEQ ID NO: 52具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。57.根據實施方案56所述的方法，其中所述多肽進一步包含ALK致癌融合蛋白伴侶，從而包含ALK致癌融合蛋白。58.根據實施方案55所述的方法，其中所述多肽包含選自以下的氨基酸序列:a) SEQ ID N0:84中所示的氨基酸序列；和b)與SEQ ID NO: 84具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。59.根據實施方案54-58中任一項所述的方法,其中所述癌癥選自大B細胞淋巴瘤、間變性大細胞淋巴瘤(ALCL)、惡性組織細胞增生癥、炎性肌纖維母細胞瘤肉瘤、食管鱗狀細胞癌、乳腺癌、結腸直腸癌、非小細胞肺癌、成神經細胞瘤、膀胱癌、腎癌和成膠質細胞瘤。
60.一種鑒定能夠抑制ALK抗性突變體或ALK融合蛋白的激酶活性的試劑的方法，所述方法包括:a)使候選試劑與根據實施方案12-20中任一項所述的多肽接觸；以及b)確定所述候選試劑是否抑制所述多肽的激酶活性。61.根據實施方案60所述的方法，其中所述多肽在真核細胞中表達；其中所述多肽為根據實施方案15-17中任一項所述的多肽；并且其中確定所述試劑是否抑制所述多肽的激酶活性包括監測所述細胞在選自以下的細胞活性上的至少一種變化:a)抑制細胞生長；b)刺激細胞死亡；c)抑制錨定非依賴生長；和，d)抑制細胞遷移或侵襲；其中鑒定誘導細胞活性的所述變化的至少一種的試劑為ALK抗性突變體的抑制劑。62.根據實施方案60所述的方法，其中非人動物已被改變為表達所述多肽或其中已經將表達所述多肽的真核細胞引入非人動物體內；其中所述多肽為根據實施方案15-17中任一項所述的多肽；其中確定所述試劑是否抑制所述多肽的激酶活性包括監測所述非人動物的腫瘤生長；并且其中腫瘤生長的減緩表明試劑抑制所述多肽的激酶活性。63.根據實施方案60所述的方法，其中所述多肽在真核細胞中表達；其中所述多肽為根據實施方案12或18所述的分離的多肽；其中所述多肽的激酶活性被激活；并且其中確定所述試劑是否抑制所述多肽的激酶活性包括監測所述細胞在選自以下的細胞活性上的至少一種變化:a)抑制細胞生長；b)刺激細胞死亡；c)抑制錨定非依賴生長；和，
d)抑制細胞遷移或侵襲；其中鑒定誘導細胞活性的所述變化的至少一種的試劑為ALK抗性突變體的抑制劑。64.一種鑒定能夠特異性結合根據實施方案12-20中任一項所述的多肽的試劑的方法，所述方法包括步驟:a)使候選試劑與根據實施方案13-21中任一項所述的多肽接觸；以及，b)確定所述候選試劑是否特異性結合所述多肽。65.根據實施方案64所述的方法，其中所述多肽呈活性或非活性狀態。在以下給出的本發明的描述中更詳細地公開了本發明的這些和其它方面。附圖簡述
圖1 示出了如先前所述(Lagisetti 等(2009)J Med Chem52:6979-6990)對表達天然NPM-ALK( “NPM-ALK/BaF3”)或工程化為激酶結構域中含有3種抑制劑抗性突變(L1196M、G1202R或D1203N)的其中一種的NPM-ALK的BaF3細胞克隆進行72小時XTT測定，對PF-02341066反應的死亡曲線結果。還作為正常、非ALK依賴性細胞對照試驗了親本BaF3細胞(“BaF3”)。PF-02341066對每種細胞克隆的IC50值可在表3中找到。發明詳述本發明的組合物包括ALK多肽、編碼ALK多肽的多核苷酸及其抗ALK小分子激酶抑制劑的變異體和片段。也稱為群名稱CD246的ALK或間變性淋巴瘤激酶是受體酪氨酸激酶的胰島素受體超 家族的成員。ALK多肽為包含細胞外配體結合區、跨膜結構域和細胞質激酶催化區的單鏈跨膜蛋白。ALK由人體內的染色體帶2p23 (Morris等(1994) Science263:1281-1284 ;Shiota 等(1994) 0ncogene9:1567-1574)和遠端鼠染色體 17 (Mathew ^(1995)Cytogenet.Cell.Genet.70:143-144)上找到的基因座編碼。在本領域中已知各種物種的ALK多核苷酸和多肽。Genbank登記號NC_000002.11中示出了人ALK的基因組序列。可在Genbank登記號U62540中找到人ALK的編碼序列并示于SEQ ID NO:1中并且編碼的人ALK多肽示于SEQ ID N0:2中。小鼠和果蠅ALK cDNA的Genbank登記號分別為D83002和AAF36990。人ALK為1620-氨基酸(aa)多肽，然而小鼠ALK長度為1621個aa并且果蠅ALK多肽為1701個aa。人ALK cDNA編碼177-kDa的多肽，但是具有翻譯后修飾，例如N-糖基化，成熟ALK為大約200-220kDa。ALK多肽包含各種保守結構域。人ALK的1030個氨基酸長的細胞外結構域含有幾個基序，包括26個氨基酸的氨基端信號肽序列和內源配體多效生長因子和中期因子的結合位點(位于殘基391-401處)。28個氨基酸跨膜結構域(位于SEQ ID NO: 2的殘基1031-1058處)的后面為包含與IR底物_1進行磷酸酪氨酸依賴的相互作用的結合位點(位于殘基1093-1096)的64個氨基酸的細胞質近膜片段。最小的激酶結構域(殘基1116-1383)在其活化環中包括含3個酪氨酸的基序(酪氨酸1278、1282和1283)。這些酪氨酸殘基是調控活化環構象的自體磷酸化位點，阻止ATP進入呈非磷酸化態的ATP結合囊中并向外擺動遠離結合囊以使在磷酸化三聯酪氨酸后的激酶活化過程中ATP的進入不受阻礙(Tartari 等(2008) J Biol Chem 283:3743-3750)。雖然 ALK 的殘基 1116-1383 涵蓋了最小的激酶結構域，但是對于最佳活性而言需要殘基E1406和E1408并且被視為擴大的激酶結構域的一部分。244個氨基酸的ALK羧基端含有用于含Src同源2結構域(SHC)的底物蛋白的磷酸酪氨酸依賴性結合位點(殘基1504-1507)和用于磷脂酶C-Y的磷酸酪氨酸依賴性結合的相互作用位點(殘基1603-1606)。ALK的神經系統主導表達譜表明激酶在神經系統的發育或作用中起作用；然而，ALK敲除小鼠可存活并不表現出易于顯見的異常(Iwahara等(1997) Oncogene14:439-449 ；Morris 等(1997) OncogeneH: 2175-2188 ;Loren 等(2001)Genes Cells6:531-544 ;Pulford 等(1997)Blood 89:1394-1404)。對 ALK 敲除小鼠的進一步研究顯示小鼠表現出“抗抑郁性質”，表明ALK可能牽涉于認知和/或情緒性病癥的病理生理學(Bilsland 等(2008)Neuropsychopharmacology 33:684-700)。雖然已經證明ALK的基因組DNA擴增和蛋白質過表達以及激活點突變引起成神經細胞瘤(Webb 等(2009) Expert Rev AnticancerTher 9:331-356 ;George 等(2008) Nature455:975-979)并且全長ALK已牽連于其它惡性腫瘤(例如成膠質細胞瘤)的發生中(Webb等(2009) Expert Rev Anticancer Ther 9:331-356),但是 ALK 活性異常相關的多數癌癥是由于形成表現出組成型激酶活性的致癌ALK融合蛋白。因此，用于檢測目前公開的抗性突變的方法中，用于診斷那些抗ALK激酶抑制劑或可能發展對其的抗性的癌癥和用于鑒定特異性結合包含抗性突變的ALK或ALK致癌融合蛋白和/或抑制其活性的試劑的方法中的ALK多核苷酸和多肽包括那些包含激酶結構域的ALK多核苷酸和多肽、全長ALK或ALK致癌融合蛋白。“ALK致癌融合”或“ALK致癌融合蛋白”是包含氨基端融合伴侶和羧基端的ALK多肽片段的多肽。兩種蛋白質的融合導致通過氨基端融合伴侶中寡聚化結構域介導的寡聚化組成型活化ALK的激酶活性并且隨后組成型傳輸促生長細胞信號。ALK活化引起細胞增殖和細胞凋亡增加，至少部分由于蛋白激酶C(PKC)、有絲分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和磷酸肌醇3激酶(PI3K)途徑的活化。另外，ALK的活化增強了細胞遷移和侵襲并促進細胞的錨定非依賴生長。在一些實施方案中，氨基端伴侶蛋白是在正常細胞中廣泛表達的一種蛋白并且其啟動子是造成編碼的融合蛋白異常表達的原因。自然存在的ALK致癌融合是染色體易位的結果。如本文所使用，“ALK致癌融合伴侶”或“ALK致癌融合蛋白伴侶”指包含寡聚化結構域的ALK致癌融合的氨基端片段。
自然存在的致癌融合伴侶在本領域中已知并且包括但不限于核磷酸蛋白(NPM)、、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5-氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷酸甲酰轉移酶ΛΜΡ環水解酶(ATIC)、網格蛋白重鏈(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(TPM4)、膜突蛋白(MSN)、Ran結合蛋白2 (RanBP2)、棘皮動物微管相關蛋白樣4 (EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驅動蛋白家族成員5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重鏈9(MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色體17(AL017)上的環指蛋白213 (RNF213)/ALK淋巴瘤寡聚伴侶(見Webb等(2009)Expert Rev Anticancer Ther9:331_356,其通過引用整體并入本文以供查閱)。表I提供了每種ALK致癌融合伴侶的基因組和編碼序列的登記號，連同對與ALK融合的片段的編碼序列的參考。表1.ALK致癌融合伴侶
權利要求
1.一種分離的多核苷酸,所述多核苷酸包含選自以下的核苷酸序列: a)SEQ ID N0:5、7、9、ll、13、15、17、19、21、25、27、29、31、98、100或 102 中所示的核苷酸序列； b)編碼SEQ ID N0:6、8、10、12、14、16、18、20、22、26、28、30、32、99、101 或 103 中所示氨基酸序列的核苷酸序列； c)與SEQID NO: 5具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO:6具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有絲氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種間變性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； d)與SEQID NO:7具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO:8具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有丙氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； e)與SEQID NO: 9具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 10具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在其與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置具有纈氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； f)與SEQID NO: 11具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 12具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； g)與SEQID NO: 13具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 14具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置具有蛋氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； h)與SEQID NO: 15具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 16具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置具有酪氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； i)與SEQID NO: 17具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 18具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有半胱氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； j)與SEQ ID NO: 19具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 20具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有異亮氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； k)與SEQ ID NO: 21具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 22具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有纈氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； I)與SEQ ID NO: 25具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 26具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置具有精氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； m)與SEQ ID NO: 27具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 28具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置具有天冬酰胺殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； η)與SEQ ID NO: 29具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 30具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； ο)與SEQ ID NO: 31具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 32具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置具有丙氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK 小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； P)與SEQ ID NO: 98具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 99具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； q)與SEQ ID NO: 100具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 101具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；和， r)與SEQ ID NO: 102具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 103具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有亮氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽。
2.根據權利要求1所述的分離的多核苷酸，其中所述多核苷酸包含選自以下的核苷酸序列: a)與SEQID NO:5具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO:6具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有絲氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種間變性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； b)與SEQID NO:7具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO:8具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有丙氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； c)與SEQID NO: 9具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 10具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在其與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置具有纈氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； d)與SEQID NO: 11具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 12具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； e)與SEQID NO: 13具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 14具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置具有蛋氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； f)與SEQID NO: 15具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 16具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置具有酪氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； g)與SEQID NO: 17具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 18具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有半胱氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； h)與SEQID NO: 19具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 20具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO:2的氨基酸殘基位置1174相對`應的位置具有異亮氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； i)與SEQID NO: 21具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 22具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有纈氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； j)與SEQ ID NO: 25具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 26具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置具有精氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； k)與SEQ ID NO: 27具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 28具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置具有天冬酰胺殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； I)與SEQ ID NO: 29具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 30具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； m)與SEQ ID NO: 31具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 32具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置具有丙氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； η)與SEQ ID NO: 98具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 99具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽； ο)與SEQ ID NO: 100具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 101具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置具有賴氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；和， P)與SEQ ID NO: 102具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或編碼與SEQ ID NO: 103具有至少95%序列同一性 的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有亮氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽。
3.根據權利要求1所述的分離的多核苷酸，其中所述多核苷酸包含選自以下的核苷酸序列:a)SEQ ID NO:33、35、37、39、41、43、45、47、49、53、55、57、59、61、63 或 104 中所示的核苷酸序列； b)編碼SEQ ID N0:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或 105 中所示氨基酸序列的核苷酸序列； c)與SEQ ID NO:33、35、37、39、41、43、45、47、49、53、55、57、59、61、63 或 104 具有至少90%序列同一性的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；和 d)編碼具有與SEQ ID N0:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或 105具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽。
4.根據權利要求3所述的分離的多核苷酸，其中所述多核苷酸進一步包含編碼ALK致癌融合蛋白伴侶的核苷酸序列，并且其中所述多核苷酸編碼ALK致癌融合蛋白。
5.根據權利要求4所述的分離的多核苷酸，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侶選自核磷酸蛋白(NPM)、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5-氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷酸甲酰轉移酶/MP環水解酶(ATIC)、網格蛋白重鏈(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(TPM4)、膜突蛋白(MSN)、Ran結合蛋白2 (RanBP2)、棘皮動物微管相關蛋白樣4 (EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驅動蛋白家族成員5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重鏈9 (MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色體17 (AL017)上的環指蛋白213 (RNF213)/ALK淋巴瘤寡聚伴侶。
6.根據權利要求5所述的分離的多核苷酸，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侶具有SEQID N0:97中所示的氨基酸序列。
7.根據權利要求1所述的分離的多核苷酸，其中所述多核苷酸包含選自以下的核苷酸序列:a)SEQ ID N0:65、67、69、71、73、75、77、79、81、85、87、89、91、93、95 或 106 中所示的核苷酸序列； b)編碼SEQ ID N0:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107 中所示氨基酸序列的核苷酸序列； c)與SEQ ID NO:65、67、69、71、73、75、77、79、81、85、87、89、91、93、95 或 106 具有至少90%序列同一性的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽；和 d)編碼具有與SEQ ID N0:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列，其中所述多核苷酸編碼具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性的多肽。
8.根據權利 要求1-7中任一項所述的分離的多核苷酸，其中所述ALK小分子激酶抑制劑選自 PF-0234166、NVP-TAE684、星孢菌素、7-羥基星孢菌素、CEP-14083、CEP-14513、CEP-28122、吡啶酮 14、吡啶酮 15、CRL151104A 和 WZ-5-126。
9.根據權利要求8所述的分離的多核苷酸，其中所述ALK小分子激酶抑制劑為PF-02341066。
10.一種表達盒，所述表達盒包含根據權利要求1-9中任一項所述與啟動子可操作地連接的分離的多核苷酸。
11.一種宿主細胞，所述宿主細胞包含根據權利要求10所述的表達盒。
12.—種分離的多肽，所述多肽包含選自以下的氨基酸序列: a)SEQ ID N0:6、8、10、12、14、16、18、20、22、26、28、30、32、99、101、103 中所示的氨基酸序列； b)與SEQID NO:6具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有絲氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種間變性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制劑的激酶活性； c)與SEQID NO:8具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有丙氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； d)與SEQID N0:10具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置具有纈氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； e)與SEQID NO:12具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； f)與SEQID N0:14具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置具有蛋氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； g)與SEQID N0:16具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置具有酪氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； h)與SEQID NO:18具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有半胱氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； i)與SEQID N0:20具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有異亮氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； j)與SEQ ID NO:22具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有纈氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； k)與SEQ ID NO:26具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位 置1202相對應的位置具有精氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； I)與SEQ ID NO:28具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置具有天冬酰胺殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； m)與SEQ ID N0:30具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； η)與SEQ ID ΝΟ:32具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置具有丙氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； ο)與SEQ ID ΝΟ:99具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； P)與SEQ ID NO: 101具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；和， q)與SEQ ID NO: 103具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有亮氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性。
13.根據權利要求12所述的分離的多肽，其中所述多肽包含選自以下的氨基酸序列: a)與SEQID NO:6具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有絲氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種間變性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制劑的激酶活性； b)與SEQID NO:8具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有丙氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； c)與SEQID NO: 10具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置具有纈氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； d)與SEQID NO: 12具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； e)與SEQID N0:14具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置具有蛋氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； f)與SEQID NO:16具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置具有酪氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； g)與SEQID NO:18具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有半胱氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；` h)與SEQID N0:20具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有異亮氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； i)與SEQID NO:22具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有纈氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； j)與SEQ ID NO:26具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置具有精氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； k)與SEQ ID NO:28具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置具有天冬酰胺殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； I)與SEQ ID N0:30具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； m)與SEQ ID NO:32具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置具有丙氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； η)與SEQ ID ΝΟ:99具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性； ο)與SEQ ID NO: 101具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置具有賴氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性；和， P)與SEQ ID NO: 103具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO: 2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置具有亮氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性。
14.根據權利要求12所述的分離的多肽，其中所述多肽包含選自以下的氨基酸序列:a)SEQ ID N0:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或 105 中所示的氨基酸序列；和 b)與SEQ ID N0:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或 105 具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性。
15.根據權利要求14所述的分離的多肽，其中所述多肽進一步包含ALK致癌融合蛋白伴侶，從而形成ALK致癌基因融合蛋白。
16.根據權利要求15所述的分離的多肽，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侶選自核磷酸蛋白(NPM)、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5-氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷酸甲酰轉移酶/MP環水解酶(ATIC)、網格蛋白重鏈(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(TPM4)、膜突蛋白(MSN)、Ran結合蛋白2 (RanBP2)、棘皮動物微管相關蛋白樣4 (EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驅動蛋白家族成員5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重鏈9 (MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色體17 (AL017)上的環指蛋白213 (RNF213)/ALK淋巴瘤寡聚伴侶。
17.根據權利要求16所述的分離的多肽，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侶具有SEQIDNO:97中所示的氨基酸序列。
18.根據權利要求12所述的分離的多肽，其中所述多肽包含選自以下的氨基酸序列:a)SEQ ID N0:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107 中所示氨基酸序列；和 b)與SEQ ID N0:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107 具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的激酶活性。
19.根據權利要求12-18中任一項所述的分離的多肽，其中所述ALK小分子激酶抑制劑選自 PF-0234166、NVP-TAE684、星孢菌素、7-羥基星孢菌素、CEP-14083、CEP-14513、CEP-28122、吡啶酮 14、吡啶酮 15、CRL151104A 和 WZ-5-126。
20.根據權利要求19所述的分離的多肽，其中所述ALK小分子激酶抑制劑為PF-02341066。
21.一種已被改變為表達抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體多肽的非人轉基因動物，其中所述ALK抗性突變體多肽具有至少一個選自以下的ALK激酶抑制劑抗性突變體殘基: a)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的絲氨酸殘基； b)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的丙氨酸殘基； c)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置的纈氨酸殘基；d)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置的賴氨酸殘基； e)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置的蛋氨酸殘基； f)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置的酪氨酸殘基； g)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的半胱氨酸殘基； h)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的異亮氨酸殘基； i)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的纈氨酸殘基； j)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的亮氨酸殘基； k)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置的精氨酸殘基； I)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置的天冬酰胺殘基； m)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置的賴氨酸殘基； η)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置的丙氨酸殘基； ο)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置的賴氨酸殘基；和， P)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置的賴氨酸殘基。
22.—種特異性結合抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體多肽的抗體，其中所述ALK抗性突變體多肽具有至少一個選自以下的ALK激酶抑制劑抗性突變體殘基: a)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的絲氨酸殘基； b)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的丙氨酸殘基； c)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置的纈氨酸殘基； d)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置的賴氨酸殘基； e)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置的蛋氨酸殘基； f)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置的酪氨酸殘基； g)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的半胱氨酸殘基； h)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的異亮氨酸殘基； i)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的纈氨酸殘基； j)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的亮氨酸殘基； k)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置的精氨酸殘基； I)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置的天冬酰胺殘基； m)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置的賴氨酸殘基； η)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置的丙氨酸殘基； ο)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置的賴氨酸殘基；和， P)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置的賴氨酸殘基。
23.根據權利要求22所述的抗體，其中所述ALK抗性突變體多肽包含根據權利要求12-20中任一項所述的分離的多肽。
24.一種用于檢測生物樣品中ALK抑制劑抗性突變的試劑盒，所述試劑盒包含根據權利要求22或23所述的抗體。
25.根據權利要求24所述的試劑盒，所述試劑盒進一步包含用于檢測與ALK結合的抗體的化學藥品。
26.一種用于檢測生物樣品中ALK抑制劑抗性突變的試劑盒，所述試劑盒包含含至少一種可特異性檢測或特異性擴增具有ALK抑制劑抗性突變的ALK抗性突變體多核苷酸的多核苷酸的試劑，其中所述ALK抗性突變體多核苷酸編碼抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體多肽，其中所述ALK抗性突變體多肽具有至少一個選自以下的ALK激酶抑制劑抗性突變體殘基: a)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的絲氨酸殘基； b)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的丙氨酸殘基； c)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置的纈氨酸殘基； d)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置的賴氨酸殘基； e)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置的蛋氨酸殘基； f)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置的酪氨酸殘基； g)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的半胱氨酸殘基； h)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的異亮氨酸殘基； i)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的纈氨酸殘基； j)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的亮氨酸殘基； k)在與SEQ ID NO:2的 氨基酸殘基位置1202相對應的位置的精氨酸殘基； I)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置的天冬酰胺殘基； m)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置的賴氨酸殘基； η)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置的丙氨酸殘基； ο)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置的賴氨酸殘基；和， P)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置的賴氨酸殘基。
27.根據權利要求26所述的試劑盒，其中所述至少一種可特異性檢測或特異性擴增ALK抗性突變體多核苷酸的多核苷酸能夠特異性檢測或特異性擴增根據權利要求1-9中任一項所述的多核苷酸。
28.根據權利要求26所述的試劑盒，其中所述試劑包含一對擴增包含所述ALK抑制劑抗性突變的擴增子的引物。
29.根據權利要求26所述的試劑盒，其中所述試劑包含至少一種探針，所述探針包含在嚴格條件下與所述ALK抗性突變體多核苷酸雜交并從而檢測ALK抑制劑抗性突變的多核苷酸序列。
30.一種測定生物樣品的ALK抑制劑抗性突變的方法，所述方法包括使所述生物樣品與根據權利要求22所述的抗體接觸并檢測所述抗體與具有所述ALK抑制劑抗性突變的ALK的結合。
31.一種診斷患有ALK活性異常相關癌癥的患者中抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述患者的生物樣品中ALK抑制劑抗性突變的存在，所述方法包括使所述生物樣品與根據權利要求22所述的抗體接觸，并檢測所述抗體與具有所述ALK抑制劑抗性突變的ALK的結合，其中具有所述ALK抑制劑抗性突變的所述ALK的存在表明所述患者患有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥。
32.一種測定生物樣品的ALK抑制劑抗性突變的方法，所述方法包括使所述生物樣品與包含至少一種可特異性檢測或特異性擴增具有ALK抑制劑抗性突變的ALK抗性突變體多核苷酸的多核苷酸的試劑接觸，其中所述ALK抗性突變體多核苷酸編碼抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體多肽，其中所述ALK抗性突變體多肽具有至少一個選自以下的ALK激酶抑制劑抗性突變體殘基: a)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的絲氨酸殘基； b)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的丙氨酸殘基； c)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置的纈氨酸殘基； d)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置的賴氨酸殘基； e)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置的蛋氨酸殘基； f)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置的酪氨酸殘基； g)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的半胱氨酸殘基； h)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的異亮氨酸殘基； i)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的纈氨酸殘基； j)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的亮氨酸殘基； k)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置的精氨酸殘基； I)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置的天冬酰胺殘基； m)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置的賴氨酸殘基； η)在與SEQ ID NO:2的氨基 酸殘基位置1269相對應的位置的丙氨酸殘基； ο)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置的賴氨酸殘基；和， P)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置的賴氨酸殘基。
33.一種診斷患有ALK活性異常相關癌癥的患者中抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述患者的生物樣品中ALK抑制劑抗性突變的存在，所述方法包括使所述生物樣品與包含至少一種可特異性檢測或特異性擴增具有ALK抑制劑抗性突變的ALK抗性突變體多核苷酸的多核苷酸的試劑接觸，其中所述ALK抗性突變體多核苷酸編碼抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體多肽，其中所述ALK抗性突變體多肽具有至少一個選自以下的ALK激酶抑制劑抗性突變體殘基: a)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的絲氨酸殘基； b)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置的丙氨酸殘基； c)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1129相對應的位置的纈氨酸殘基； d)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1132相對應的位置的賴氨酸殘基； e)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1151相對應的位置的蛋氨酸殘基； f)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1156相對應的位置的酪氨酸殘基； g)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的半胱氨酸殘基； h)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的異亮氨酸殘基； i)在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的纈氨酸殘基； j)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1174相對應的位置的亮氨酸殘基； k)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1202相對應的位置的精氨酸殘基； I)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1203相對應的位置的天冬酰胺殘基； m)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1210相對應的位置的賴氨酸殘基； η)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1269相對應的位置的丙氨酸殘基；O)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1406相對應的位置的賴氨酸殘基；和， P)在與SEQ ID NO:2的氨基酸殘基位置1408相對應的位置的賴氨酸殘基； 并檢測所述生物樣品中所述ALK抑制劑抗性突變的存在或不存在，其中所述ALK抑制劑抗性突變的存在表明所述患者患有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥。
34.根據權利要求32或33所述的方法，其中所述至少一種可特異性檢測或特異性擴增ALK抗性突變體多核苷酸的多核苷酸能夠特異性檢測或特異性擴增根據權利要求1-9中任一項所述的多核苷酸。
35.一種診斷受試者中抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述受試者的生物樣品中具有ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的存在，所述方法包括使所述生物樣品與特異性結合根據權利要求15-17中任一項所述的多肽的抗體接觸；并檢測所述抗體與具有ALK抗性突變的所述ALK致癌融合蛋白的結合；其中具有ALK抑制劑抗性突變的所述ALK致癌融合蛋白的存在表明所述受試者患有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥。
36.一種診斷受試者中抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述受試者的生物樣品中編碼具有ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的存在，所述方法包括使所述生物樣品與包含至少一種可特異性檢測或特異性擴增編碼具有ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的多核苷酸的試劑接觸，其中所述至少一種多核苷酸能夠特異性檢測或特異性擴增根據權利要求4-6中任一項所述的多核苷酸；并檢測所述生物樣品中編碼具有所述ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在或不存在；其中編碼具有所述ALK抑制劑抗性突變的所述ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在表明所述受試者患有抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑或很可能發展對其的抗性的癌癥。
37.根據權利要求30-36中任一項所述的方法，其中所述ALK小分子激酶抑制劑選自PF-0234166、NVP-TAE684、星孢菌素、7-羥基星孢菌素、CEP-14083、CEP-14513、CEP-28122、吡啶酮 14、吡啶酮 15、CRL151104A 和 WZ-5-126。
38.根據權利要求37所述的方法，其中所述ALK小分子激酶抑制劑為PF-02341066。
39.一種診斷患有ALK活性異常相關癌癥的患者中抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述患者的生物樣品中ALK抑制劑抗性突變的存在，所述方法包括使所述生物樣品與特異性結合抗PF-02341066的ALK抗性突變體多肽結合的抗體接觸，其中所述ALK抗性突變體多肽在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1196相對應的位置具有蛋氨酸殘基；并檢測所述抗體與具有所述ALK抗性突變的ALK的結合，其中具有所述ALK抑制劑抗性突變的所述ALK的存在表明所述患者患有抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥。
40.根據權利要求39所述的方法，其中所述ALK抗性突變體多肽包含選自以下的氨基酸序列: a)SEQ ID NO: 24中所示的氨基酸序列；和 b)與SEQID NO:24具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1196相對應的位置具有蛋氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性；
41.根據權利要求39所述的方法，其中所述ALK抗性突變體多肽包含選自以下的氨基酸序列: a)SEQ ID NO: 52中所示的氨基酸序列；和 b)與SEQID N0:52具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。
42.根據權利要求41所述的方法，其中所述ALK抗性突變體多肽進一步包含ALK致癌融合蛋白伴侶，從而包含ALK致癌融合蛋白。
43.根據權利要求39所述的方法，其中所述ALK抗性突變體多肽包含選自以下的氨基酸序列: a)SEQ ID NO: 84中所示的氨基酸序列；和 b)與SEQID N0:84具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。
44.一種診斷患有ALK活性異常相關癌癥的患者中抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述受試者的生物樣品中ALK抑制劑抗性突變的存在，所述方法包括: a)使所述生物樣品與包含至少一種可特異性檢測或特異性擴增編碼具有ALK抑制劑抗性突變的ALK抗性突變體多核苷酸的多核苷酸的試劑接觸，其中所述ALK抗性突變體多核苷酸編碼抗PF-02341066的ALK抗性突變體多肽，其中所述ALK抗性突變體多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1196相對應的位置具有蛋氨酸殘基；以及 b)檢測所述生物樣品中所述ALK抑制劑抗性突變的存在或不存在；其中所述ALK抑制劑抗性突變的存在表明所述患者患有抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥。
45.根據權利要求44所述的方法，其中所述ALK抗性突變體多核苷酸包含選自以下的多核苷酸: a)具有SEQID NO:23、51或83中所示核苷酸序列的多核苷酸； b)編碼SEQID NO:24、52或84中所示氨基酸序列的多核苷酸； c)與SEQID NO:23、51或83具有至少90%序列同一性的多核苷酸，或編碼與SEQ IDNO: 24、52或84具有至少90%序列同一'丨生的氨基酸序列的多核苷酸,其中所述多核苷酸編碼在與SEQ ID NO: 2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有蛋氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗PF-02341066的激酶活性的多肽。
46.一種診斷受試者中抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述受試者的生物樣品中具有ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的存在，所述方法包括: a)使所述生物樣品與特異性結合包含選自以下的多肽的ALK致癌融合蛋白的抗體接觸: i)SEQID NO:52中所示的氨基酸序列；和 ii)與SEQID NO:52具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性；以及， b)檢測所述抗體與具有ALK抗性突變的所述ALK致癌融合蛋白的結合；其中具有ALK抑制劑抗性突變的所述ALK致癌融合蛋白的存在表明所述受試者患有抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥。
47.一種診斷受試者中抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥的方法，所述方法包括測定來自所述受試者的生物樣品中編碼具有ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的存在，所述方法包括: a)使所述生物樣品與包含至少一種可特異性檢測或特異性擴增編碼ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的多核苷酸的試劑接觸，其中編碼ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸包含選自以下的多核苷酸: i)具有SEQ ID N0:51中所示核苷酸序列的多核苷酸； )編碼SEQ ID NO:52中所示氨基酸序列的多核苷酸； iii)與SEQ ID NO: 51具有至少90%序列同一性的多核苷酸，或編碼與SEQ ID NO: 52具有至少90%序列同一'丨生的氨基酸序列的多核苷酸,其中所述多核苷酸編碼在與SEQ IDNO: 2的氨基酸殘基位置1123相對應的位置具有蛋氨酸殘基的多肽，并且其中所述多核苷酸編碼具有抗PF-02341066的激酶活性的多肽；以及， b)檢測所述生物樣品中編碼具有所述ALK抑制劑抗性突變的ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在或不存在；其中編碼具有所述ALK抑制劑抗性突變的所述ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在表明所述受試者患有抗PF-02341066或很可能發展對其的抗性的癌癥。
48.根據權利要求46或47所述的方法，其中所述ALK致癌融合蛋白包含選自以下的ALK致癌融合蛋白伴侶:核磷酸蛋白(NPM)、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5_氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷酸甲酰轉移酶ΛΜΡ環水解酶(ATIC)、網格蛋白重鏈(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(TPM4)、膜突蛋白(MSN)、Ran結合蛋白2 (RanBP2)、棘皮動物微管相關蛋白樣4(EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驅動蛋白家族成員5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重鏈9(MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色體17(AL017)上的環指蛋白213 (RNF213) /ALK淋巴瘤寡聚伴侶。
49.根據權利要求48所述的方法，其中所述致癌融合蛋白伴侶具有SEQID NO:97中所示的氨基酸序列。
50.根據權利要求32-34、36、44、45和47中任一項所述的方法，其中檢測所述多核苷酸包括核酸測序技術、核酸擴增法或核酸雜交技術。
51.根據權利要求31、33、35、36和39-49中任一項所述的方法，其中所述癌癥選自大B細胞淋巴瘤、間變性大細胞淋巴瘤(ALCL)、惡性組織細胞增生癥、炎性肌纖維母細胞瘤肉瘤、食管鱗狀細胞癌、乳腺癌、結腸直腸癌、非小細胞肺癌、成神經細胞瘤、膀胱癌、腎癌和成膠質細胞瘤。
52.根據權利要求31、33、35、36和39-49中任一項所述的方法，所述方法進一步包含為所述患者選擇療法。
53.一種特異性減少抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體的表達的方法，所述方法包括將靶向編碼所述ALK抗性突變體的基因的沉默元件引入表達所述ALK抗性突變體的細胞中，其中所述沉默元件的引入或表達特異性減少所述ALK抗性突變體的表達，其中所述ALK抗性突變體為根據權利要求12-20中任一項所述的多肽。
54.一種治療抗至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK活性異常相關癌癥的方法，所述方法包括施用有效量的靶向編碼抗所述至少一種ALK小分子激酶抑制劑的ALK抗性突變體的基因的沉默元件，其中所述沉默元件的引入或表達特異性減少所述ALK抗性突變體的表達，其中所述ALK抗性突變體為根據權利要求12-20中任一項所述的多肽。
55.一種治療抗PF-02341066的ALK活性異常相關癌癥的方法，所述方法包括施用有效量的靶向編碼抗PF-02341066的ALK抗性突變體的基因的沉默元件，其中所述沉默元件的引入或表達特異性減少所述ALK抗性突變體的表達，其中所述ALK抗性突變體為包含選自以下的氨基酸序列的多肽: a)SEQ ID NO: 24中所示的氨基酸序列；和 b)與SEQID NO:24具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在與SEQID NO:2的氨基酸殘基位置1196相對應的位置具有蛋氨酸殘基，并且其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。
56.根據權利要求55所述的方法，其中所述多肽包含選自以下的氨基酸序列: a)SEQ ID NO: 52中所示的氨基酸序列；和 b)與SEQID NO:52具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。
57.根據權利要求56所述的方法，其中所述多肽進一步包含ALK致癌融合蛋白伴侶，從而包含ALK致癌融合蛋白。
58.根據權利要求55所述的方法，其中所述多肽包含選自以下的氨基酸序列: a)SEQ ID N0:84中所示的氨` b)與SEQID N0:84具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。
59.根據權利要求54-58中任一項所述的方法,其中所述癌癥選自大B細胞淋巴瘤、間變性大細胞淋巴瘤(ALCL)、惡性組織細胞增生癥、炎性肌纖維母細胞瘤肉瘤、食管鱗狀細胞癌、乳腺癌、結腸直腸癌、非小細胞肺癌、成神經細胞瘤、膀胱癌、腎癌和成膠質細胞瘤。
60.一種鑒定能夠抑制ALK抗性突變體或ALK融合蛋白的激酶活性的試劑的方法，所述方法包括: a)使候選試劑與根據權利要求12-20中任一項所述的多肽接觸；以及 b)確定所述候選試劑是否抑制所述多肽的激酶活性。
61.根據權利要求60所述的方法，其中所述多肽在真核細胞中表達；其中所述多肽為根據權利要求15-17中任一項所述的多肽；并且其中確定所述試劑是否抑制所述多肽的激酶活性包括監測所述細胞在選自以下的細胞活性上的至少一種變化: a)抑制細胞生長； b)刺激細胞死亡； c)抑制錨定非依賴生長；和， d)抑制細胞遷移或侵襲； 其中鑒定誘導細胞活性的所述變化的至少一種的試劑為ALK抗性突變體的抑制劑。
62.根據權利要求60所述的方法，其中非人動物已被改變為表達所述多肽或其中已經將表達所述多肽的真核細胞引入非人動物體內；其中所述多肽為根據權利要求15-17中任一項所述的多肽；其中確定所述試劑是否抑制所述多肽的激酶活性包括監測所述非人動物的腫瘤生長；并且其中腫瘤生長的減緩表明試劑抑制所述多肽的激酶活性。
63.根據權利要求60所述的方法，其中所述多肽在真核細胞中表達；其中所述多肽為根據權利要求12或18所述的分離的多肽；其中所述多肽的激酶活性被激活；并且其中確定所述試劑是否抑制所述多肽的激酶活性包括監測所述細胞在選自以下的細胞活性上的至少一種變化: a)抑制細胞生長； b)刺激細胞死亡； c)抑制錨定非依賴生長；和， d)抑制細胞遷移或侵襲； 其中鑒定誘導細胞活性的所述變化的至少一種的試劑為ALK抗性突變體的抑制劑。
64.一種鑒定能夠特異性結合根據權利要求12-20中任一項所述的多肽的試劑的方法，所述方法包括步驟: a)使候選試劑與根據權利要求13-21中任一項所述的多肽接觸；以及， b)確定所述候選試劑是否特異性結合所述多肽。
65.根據權利要求64所述的方法，其中所述多肽呈活性或非活性狀態。
全文摘要
本文提供了用于診斷和治療抗至少一種間變性淋巴瘤激酶(ALK)激酶抑制劑的癌癥的組合物和方法。本發明基于發現ALK中賦予對至少一種ALK激酶抑制劑的抗性的突變。提供了具有至少一個ALK抑制劑抗性突變的多核苷酸和多肽并且發現在用于診斷、預后和/或治療ALK活性異常相關疾病，尤其是，抗至少一種ALK激酶抑制劑的疾病的方法和組合物中的用途。還提供了用于鑒定可抑制激酶活性和/或降低ALK抗性突變體的表達水平的試劑的方法和組合物。
文檔編號C12N1/21GK103201286SQ201180023776
公開日2013年7月10日 申請日期2011年4月13日 優先權日2010年4月15日
發明者斯蒂芬·W·莫里斯, 江琴, 崔曉麗, 薛立全 申請人:圣祖德兒童研究醫院