專利名稱：一種染色體8q24區段多態性檢測特異性引物和液相芯片的制作方法
技術領域：
本發明屬于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及一種染色體 8q24區段檢測特異性引物和液相芯片。
背景技術：
全基因組關聯研究發現，染色體SqM區段的單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)與前列腺癌、結腸癌和乳腺癌等多種腫瘤的遺傳易感性相關。目前，對染色體8明4區段的單核苷酸多態性進行檢測、分析的方法很多，如直接測序法、PCR-RFLP分析法、傳統固相芯片等等，其中最常用的是PCR-RFLP分析法。PCR-RFLP 法是基于基因突變造成的限制性內切酶識別位點的改變，如位點丟失或產生新位點，通過 PCR擴增某一特定片段，再用限制性內切酶酶切擴增產物，電泳觀察片段的大小，這種方法用于檢測酶切位點改變的基因突變，可直接判斷基因型，但該法不能用于沒有產生新酶切位點的基因突變檢測。再次，傳統固相芯片因其重復性差不能滿足實際應用的需要，而其它基于PCR技術的方法都存在著檢測通量的局限性，每次只能檢測一種突變類型，不能滿足實際應用的需要。本發明目標檢測的染色體8明4區段突變位點，如表所示
權利要求
1.一種染色體8明4區段多態性檢測液相芯片，其特征是，主要包括有A.針對染色體8明4區段的11種常見多態性位點分別設計的野生型和突變型特異性 ASPE引物，每種ASPE弓丨物由5’端的tag序列和3’端的針對目的基因多態性位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列分別選自針對G83T的SEQ ID NO. 23和SEQ ID NO. 24、針對 C140A 的 SEQ ID NO. 25 及 SEQID NO. 26、針對 C160T 的 SEQ ID NO. 27 及 SEQ ID NO. 28、針對 G99A 的 SEQ ID NO. 29 及 SEQ ID NO. 30、針對 C202A 的 SEQ ID NO. 31 及 SEQ ID NO. 32、針對 C296T 的 SEQ ID NO. 33 及 SEQ ID NO. 34、針對 A125C 的 SEQ ID NO. 35 及 SEQ ID NO. 36、針對 T119C 的 SEQ ID NO. 37 及 SEQ ID NO. 38、針對 C149A 的 SEQ ID NO. 39 及 SEQ ID NO. 40、針對 C193T 的 SEQ ID NO. 41 及 SEQ ID NO. 42、針對 G201T 的 SEQ ID NO. 43 及SEQ ID NO. 44中的一對以上；所述tag序列選自SEQ ID NO. 1 SEQ ID NO. 22中的序列；B.分別包被有特異的anti-tag序列的微球，所述anti-tag序列能相應地與A中所選 tag序列互補配對，所述anti-tag序列選自SEQ ID NO. 45 SEQ ID NO. 66中的序列，所述 anti-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列，上述每種微球具有不同顏色編碼；C.用于擴增具有G83T、C140A、C160T、G99A、C202A、C296T、A125C、Tl 19C、C149A、C193T 和G201T的中的一個以上多態性位點目標序列的引物。
2.根據權利要求1所述的染色體8明4區段多態性檢測液相芯片，其特征是，所述擴增引物選自針對 G83T 的 SEQ ID NO. 67 和 SEQ ID NO. 68、針對 C140A 的 SEQ ID NO. 69 和 SEQ ID NO. 70、針對 C160T 的 SEQ ID N0. 71 和 SEQ ID N0. 72、針對 G99A 的 SEQ ID N0. 73 和 SEQ ID N0. 74、針對 C202A 的 SEQ ID N0. 75 和 SEQ ID N0. 76、針對 C296T 的 SEQ ID N0. 77 和 SEQ ID N0. 78、針對 A125C 的 SEQ ID N0. 79 和 SEQ ID N0. 80、針對 T119C 的 SEQ ID N0. 81 和 SEQ ID N0. 82、針對 C149A 的 SEQ ID N0. 83 和 SEQ ID N0. 84、針對 C193T 的 SEQ ID N0. 85 和 SEQ ID N0. 86、針對 G201T 的 SEQ ID N0. 87 和 SEQ ID N0. 88 中的一對以上。
3.根據權利要求1所述的染色體8明4區段多態性檢測液相芯片，其特征是，所述ASPE 引物選自針對G83T的由SEQ ID NO. 1和SEQ ID N0. 23組成的序列及由SEQ ID N0. 2和 SEQ ID NO. M組成的序列、針對C140A的由SEQ ID N0. 3和SEQ ID N0. 25組成的序列及由 SEQ ID N0. 4 和 SEQ ID N0. 26 組成的序列、針對 C160T 的由 SEQ ID N0. 5 和 SEQ ID N0. 27 組成的序列及由SEQ ID N0. 6和SEQ ID N0.觀組成的序列、針對G99A的由SEQ ID N0. 7 和SEQ ID N0. 29組成的序列及由SEQ ID N0. 8和SEQ ID N0. 30組成的序列、針對C202A 的由SEQ ID N0. 9和SEQ IDN0. 31組成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID N0. 32組成的序列、針對C296T的由SEQ IDN0. 11和SEQ ID N0. 33組成的序列及由SEQ ID N0. 12和SEQ ID N0. 34組成的序列、針對A125C的由SEQ ID N0. 13和SEQ ID N0. 35組成的序列及由SEQ ID N0. 14 和 SEQ ID N0. 36 組成的序列、針對 T119C 的由 SEQ ID N0. 15 和 SEQ ID N0. 37 組成的序列及由SEQ ID N0. 16和SEQ IDN0. 38組成的序列、針對C149A的由SEQ ID N0. 17 和SEQ ID N0. 39組成的序列及由SEQ IDN0. 18和SEQ ID N0. 40組成的序列、針對C193T 的由 SEQ ID N0. 19 和 SEQ ID N0. 41 組成的序列及由 SEQ ID N0. 20 和 SEQ ID N0. 42 組成的序列、針對G201T的由SEQ ID N0. 21和SEQ IDN0. 43組成的序列及由SEQ ID N0. 22和 SEQ ID N0. 44組成的序列中的一對以上。
4.根據權利要求1所述的染色體8明4區段多態性檢測液相芯片，其特征是，A.所述特異性ASPE引物為針對G83T的由SEQID NO. 1和SEQ ID NO. 23組成的序列及由SEQID NO. 2和SEQ ID NO. 24組成的序列、針對C140A的由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO. 25組成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 26組成的序列、針對C160T的由SEQ ID NO. 5和SEQ IDN0. 27組成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO.觀組成的序列、針對G99A 的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 29組成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 30組成的序列、針對C202A的由SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. 31組成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID NO. 32組成的序列、針對C296T的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 33組成的序列及由SEQ ID NO. 12 和 SEQ ID NO. 34 組成的序列、針對 A125C 的由 SEQ ID NO. 13 和 SEQ ID NO. ；35 組成的序列及由SEQ ID NO. 14和SEQ ID NO. 36組成的序列、針對T119C的由SEQ ID NO. 15 和SEQ ID NO. 37組成的序列及由SEQ ID NO. 16和SEQ ID NO. 38組成的序列、針對C149A 的由 SEQID NO. 17 和 SEQ ID NO. 39 組成的序列及由 SEQ ID NO. 18 和 SEQ ID NO. 40 組成的序列、針對C193T的由SEQ ID N0. 19和SEQ ID N0. 41組成的序列及由SEQ ID N0. 20和 SEQ ID N0. 42組成的序列、和針對G201T的由SEQ ID N0. 21和SEQ ID N0. 43組成的序列及由SEQ ID N0. 22和SEQ ID N0. 44組成的序列；B.分別包被有特異的anti-tag序列的微球，所述anti-tag序列能相應地與A中所選 tag序列互補配對，所述anti-tag序列選自SEQ ID N0. 45 SEQ ID N0. 66中的序列，所述 anti-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；C.所述擴增引物為針對G83T的SEQID N0. 67和SEQ ID N0. 68、針對C140A的SEQ ID N0. 69 和 SEQID N0. 70、針對 C160T 的 SEQ ID N0. 71 和 SEQID N0. 72、針對 G99A 的 SEQ ID N0. 73 和 SEQ ID N0. 74、針對 C202A 的 SEQ ID N0. 75 和 SEQ ID N0. 76、針對 C296T 的 SEQ ID N0. 77 和 SEQ ID N0. 78、針對 A125C 的 SEQ ID N0. 79 和 SEQ ID N0. 80、針對 T119C 的 SEQ ID N0. 81 和 SEQ ID N0. 82、針對 C149A 的 SEQ ID N0. 83 和 SEQ ID N0. 84、針對 C193T 的 SEQ ID N0. 85 和 SEQ ID N0. 86、和針對 G201T 的 SEQ ID N0. 87 和 SEQ ID N0. 88。
5.根據權利要求1-4任一項所述的染色體8明4區段多態性檢測液相芯片，其特征是， 所述間隔臂序列為5-10個T。
6.一種用于染色體8明4區段多態性檢測的特異性引物，其特征在于，所述特異性引物序列為針對 G83T 的 SEQ ID N0. 23 和 SEQ ID NO. Μ、針對 C140A 的 SEQ ID Ν0. 25 及 SEQ ID N0. 26、針對 C160T 的 SEQ ID N0. 27 及 SEQ ID N0. 28、針對 G99A 的 SEQ ID N0. 29 及 SEQ ID N0. 30、針對 C202A 的 SEQ ID N0. 31 及 SEQ ID N0. 32、針對 C296T 的 SEQ ID N0. 33 及 SEQ ID N0. 34、針對 A125C 的 SEQ ID N0. 35 及 SEQ ID N0. 36、針對 T119C 的 SEQ ID N0. 37 及 SEQ ID N0. 38、針對 C149A 的 SEQ ID N0. 39 及 SEQ ID N0. 40、針對 C193T 的 SEQ ID N0. 41 及 SEQ ID N0. 42、針對 G201T 的 SEQ ID N0. 43 及 SEQ ID N0. 44 中的一對以上。
全文摘要
本發明公開了一種染色體8q24區段多態性檢測特異性引物和液相芯片，該液相芯片主要包括有由5’端的tag序列和3’端的針對目的基因多態性位點的特異性引物序列組成的特異性引物，所述特異性引物序列分別選自針對G83T的SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24、針對C140A的SEQ ID NO.25及SEQ ID NO.26、針對C160T的SEQ ID NO.27及SEQ ID NO.28、針對G99A的SEQ ID NO.29及SEQ ID NO.30、針對C202A的SEQ ID NO.31及SEQ ID NO.32、針對C296T的SEQ ID NO.33及SEQ ID NO.34、針對A125C的SEQ ID NO.35及SEQ ID NO.36、針對T119C的SEQ ID NO.37及SEQ ID NO.38、針對C149A的SEQ ID NO.39及SEQ ID NO.40、針對C193T的SEQ ID NO.41及SEQ ID NO.42、針對G201T的SEQ ID NO.43及SEQ ID NO.44中的一對以上；所述tag序列選自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.22中的序列；微球，擴增引物。所制備的染色體8q24區段多態性檢測液相芯片具有非常好的信號噪聲比，并且所設計的探針以及anti-tag序列之間基本上不存在交叉反應。
文檔編號C12N15/11GK102304567SQ201110110689
公開日2012年1月4日 申請日期2011年4月29日 優先權日2011年4月29日
發明者羅小笛, 許嘉森, 郭婧 申請人:廣州益善生物技術有限公司