檢測核酸鏈和物質間結合或相互作用的檢測方法

專利名稱：檢測核酸鏈和物質間結合或相互作用的檢測方法
技術領域：
本發明涉及才企測4亥酸鏈(4企測用4亥酸鏈，detecting nucleic acid )
更具體地說，本發明涉及能夠檢測特定物質或者物質間的結合或相 互作用的檢測核酸鏈，并且還涉及物質之間的結合或相互作用的檢 測方法。
皆景技術
檢測蛋白質、有機小分子、核酸、多聚復合物(多聚配合物)、 細胞、細胞組織、金屬離子、微生物、病毒等的技術在各種領域的 研究、開發等中擔負非常重要的角色。如今，檢測技術的開發在各 種領域，例如，諸如特定疾病的i貪斷、藥物開發、食品等的衛生控 制、以及環境污染的凈化和恢復中正在進4亍。
在它們之中，允許在底物(基外反，substrate)的表面(界面) 等上發生物質間的相互作用或反應，并通過物理方法、光學方法等 檢測它的技術，近年來尤其得到發展。這些技術已作為重要的技術， 在諸如疾病的診斷、化合物(例如藥物)的篩選、法醫學、遺傳信息的綜合分析、生物物質(biosubstance)的功能分析、蛋白質組 (proteome)分析、以及活體內相互作用的分析的領域中得到越來 越多的應用。
作為4企測技術，JP-A-08-333398公開了 一種使用特異性地識別 尿中皮質醇(一種激素)的多克隆抗體或單克隆抗體的免疫測定方 法；JP-A-2007-000009公開了 一種用于通過使用對雙鏈核酸特異的 降解酶而簡易且準確地;險測靶核酸分子的方法；JP-A-2006-133098 公開了 一種蛋白質的檢測方法，該方法通過在分離介質中插入有源 電極(活性電極)，通過其使蛋白質樣品進行電泳，以氧化該蛋白 質的官能團，并測量所產生的電流來沖企測蛋白質的有無； JP-A-2002-296274公開了 一種用于檢測宮頸涂片標本中瘤細胞及其 前體的方法，該方法通過用抗體或核酸探:4十同時染色并4企測至少兩 種不同的分子標記物(該分子標記物表示基因表達中的疾病相關的 變化)而進行才僉測；以及JP-A-2006-262775 ^Hf了一種樣t生物細胞 的才企測方法，其特征在于通過使發光增感劑(luminescence sensitizer )與微生物細胞樣品接觸來增加待被;微生物細胞發射的熒 光強度。
這里，對與本發明有關的"適體"進4于描述。術語"適體"意 指具有允許核酸分子或肽特異性地結合于特定物質，例如蛋白質、 有機小分子、核酸、多聚復合物、細胞、細胞組織、金屬離子、微 生物、病毒等的功能的核酸分子或肽。"適體"可不受限制地與任 何對象(object)結合，并允許以高親和性(親和力)和高特異性 結合于對象。其易于大量合成，并且其作用機制簡單。因此，其可 廣泛地應用于諸如結構蛋白組學、輩巴分析、靶確認(target validation )、以及藥凈勿開發的4頁i或中。
由于上述原因，近年來正在進行各種適體的l支術開發。例如， JP-A-2006-320289 ^>開了 一種RNA適體，其特異性地結合于來自異常朊病毒蛋白質(mSAF)的原纖維(fibril),并可用于朊病毒病 的診斷、治療或預防；以及JP-A-2007-082543公開了一種抑制大腸 桿菌釋放因子的RNA適體。

發明內容
上述的物質4企測方法都具有優點和缺點。例如，它們中的每一 個都涉及一個或多個問題，因為它不適于小分子的沖企測，如果^f品 為痕量時它不能4企測，和/或它要求特殊的步驟以避免物質的失活。 因此，仍有進一步開發的空間。
因此，本發明的目的是提供一種新型的檢測核酸鏈，其又可提 供一種至今未知的物質4企測方法。
目的而進行了廣泛的研究。結果，本發明的發明人從根本上改變了 傳統方法中已實踐的測量揮:針或耙(目標物，target)本身的變化的 》見念，并已找到一種新方法，該方法能夠通過設計制造一種不同于 適體或耙的物質，在適體與靶的結合上發生變化，并測量那種變化 來才企測革巴。
因而，在本發明的第一個方面中，提供了一種^^測核酸鏈，該 沖企測核酸鏈包括具有能夠起適體作用的第一石成基序列區的第一核 酸鏈，以及具有第二堿基序列區的第二核酸鏈，該第二石咸基序列區 與第一堿基序列區互補并與第一堿基序列區形成互補鏈，其中，檢 測核酸鏈i殳計成使得當預定的物質與第一石咸基序列區相互作用時， 第一堿基序列區和第二堿基序列區形成的互補鏈解離(離解， dissociate)為單鏈。對于用于4企測第一石咸基序列區和第二石咸基序列區形成的互補 鏈解離為單鏈的方法不作特別限制。然而，作為實例，可以設計為 使得檢測核酸鏈包括探針。
在探針具有提供表明第 一堿基序列區和第二堿基序列區形成
的互補鏈解離為單鏈的^r測信號的功能的情況下，對于探針的位 置、功能等沒有特別限制。例如，探針可以是保持在檢測核酸鏈的 第二核酸鏈上并能夠產生檢測信號的物質。具體的實例可包括電介 質和熒光物質。
4罙4十也可由兩種或兩種以上物質構成。示例性的纟笨針可以為一 種包括標記在第二核酸鏈上的熒光物質，和標記在第一核酸鏈上并 能在第一堿基序列區和第二堿基序列區形成的互補鏈存在時猝滅 熒光物質的猝滅劑的探針。
在本發明的第二個方面中，還提供了一種通過至少使用上述的 才全測核酸鏈而用于4企測在能夠起適體作用的第一》咸基序列區與預 定物質間的相互作用的方法。
在上述方法中，第一核酸鏈可在其一端固定于固相表面上。
對于第一石咸基序列區與預定物質之間的結合或相互作用的檢 測方法沒有特別限制。然而，例如，第一石成基序列區與予貞定物質之 間的結合或相互作用可以通過測量由保持在第二核酸鏈上的電介 質可獲得的介電常數的變化并檢測互補鏈解離為單鏈而檢測。
第 一堿基序列區與預定物質之間的結合或相互作用還可以通 過測量沖企測核酸鏈的重量變化并沖企測互#卜鏈解離為單鏈而才僉測。此外，第一石咸基序列區與預定物質之間的結合或相互作用還可以通過測量來自插入劑(其結合或吸附于在^r測核酸鏈中第一石咸基 序列區與第二堿基序列區形成的互補鏈上并能夠發射熒光)的熒光 強度的降低并檢測互補鏈解離為單鏈而檢測。現在，將對關于本發明的特定4支術術語進行描述。如本文中所 4吏用的術語"適體"意指核酸分子或肽，其具有允許該核酸分子或 肽特異性地結合于諸如蛋白質、有機小分子、核酸、多聚復合物、 細胞、細胞組織、金屬離子、微生物、病毒等特定物質的功能。如本文中所^吏用的術語"揮:針"包4舌所有其每一個均可以:探測(acquire)用于4企測預定物質的4企測信號的物質。實例可以包括電 介質、具有期望重量的J朱(bead)、熒光物質、；故射性物質、插入劑 等。如本文中所使用的術語"猝滅劑"意指一種物質，其為激發能 吸4欠劑(excitation energy absorber)并具有承卩制4卩近的熒光4勿質發 射熒光的功能。如本文中所-使用的術語"插入劑"意指一種結合于雙《連核酸中 的互補鏈部位(位點，site)以發射熒光等的物質。實例可包括「 "POPO-l"(商標名，分子4笨針(Molecular Probes ) />司的產品)、 "TOTO-3"(商標名，Invitrogen公司的產品)、"SYBRTM GREEN I" (Invitrogen 司的產品)、"PICOGREEN "(分子4笨針 (Molecular Probes )公司的產品)、以及Hoechst 33258。根據本發明的檢測核酸鏈的應用，使得可以不考慮預定物質的 尺寸、數量、種類等而對預定物質進行簡單并準確的4企測。而且， 根據本發明的檢測核酸鏈可將預定物質的活性降低最小化，并因此不需要進行用于抑制活性降低的任何附加的步驟。此外，根據本發 明的檢測核酸鏈可以以高精度檢測物質間的結合或相互作用。化'的分析、預定物質與適體結合后的功能分析或物質的篩選，并預期其可對i者如疾病的i貪斷、化合物(例如，藥物)的篩選、法醫學、遺 傳信息的綜合分析、生物物質的功能分析、蛋白質組分析、活體內 相互作用的分析、食品等的衛生控制、以及環境污染的凈化與恢復 的所有領域作出貢獻。


圖1A和圖1B為根據本發明第一方面的第一實施例的4企測核 酸鏈和根據本發明第二方面的第 一實施例的用該才企測核酸鏈來檢 測物質的方法的示意圖；圖2A-圖2C是根據本發明第一方面的第二實施例的檢測核酸 鏈和才艮據本發明第二方面的第二實施例的用該;險測核酸鏈來4企測物質的方法的示意圖；圖3A和圖3B是根據本發明第一方面的第三實施例的才企測核 酸鏈和才艮據本發明第二方面的第三實施例的用該才企測核酸4連來檢 測物質的方法的示意圖；圖4A和圖4B是才艮據本發明第一方面的第四實施例的4企測核 酸鏈和才艮據本發明第二方面的第四實施例的用該才全測核酸鏈來檢 測物質的方法的示意圖；圖5A和圖5B是才艮據本發明第二方面的第五實施例的用于枱r 測預定物質間相互作用的方法的示意圖；圖6A和圖6B是根據本發明第二方面的第六實施例的用于檢 測予貞定物質間沖目互4乍用的方法的示意圖；以及圖7A 圖7C是根據本發明第二方面的第七實施例的，如用于 適體的功能分析、預定物質在其與適體結合后的功能分析或物質的具體實施方式
在下文中，將參照附圖對本發明的優選實施例進行描述。然而， 應當注意，在下文中將描述的實施例僅以舉例方式示出了本發明的 代表性實施例，并且本發明的范圍不應狹窄地解釋為下述實例。首先，將參照圖1A和圖1B，對根據本發明第一方面的第一實 施例的4企測核酸鏈Nl，以及根據本發明第二方面的第一實施例的 用檢測核酸鏈Nl來4全測預定物質4的方法進行描述。粗略地描述，根據本發明第一方面的第一實施例的檢測核酸鏈 Nl至少i殳置有第一4亥酸鏈11和第二核酸鏈21。第一核酸鏈11具有起適體作用的石咸基序列區A，作為第一石威 基序列區。在圖1A和圖1B中，第一核酸鏈11在其一端固定于固 相表面S(例如多朱等；這在下文中同樣適用)上，雖然其并不限于 這樣的固定形式。如隨后將參照圖4A和圖4B所描述的，其可以是 一種自由形式(游離形式)。關于將第一核酸鏈ll在其一端固定于 固相表面S上，對用于其固定的方法沒有特別限制，并且已知的方 法均可使用。示例性的是抗生物素蛋白-生物素結合和偶聯反應(例 如，重氮偶聯反應)。第二核S史鏈21具有與石威基序列區A互補的堿基序列區B，作 為第二堿基序列區。在圖1A和圖1B中，示出了與整個石威基序列區 A互補的堿基序列區，作為堿基序列區B的一個實例。然而，石咸基 序列區B并不限于這樣的堿基序列區，且如圖2A~圖2C中所示， 堿基序列區B可與長于堿基序列區A的堿基序列區互補。此夕卜，堿 基序列區B可以與如圖3A和圖3B中所描述的堿基序列區A的至 少一部分互#卜。在圖1A和圖1B中，第二核酸鏈21在其相反端用探針，即電 介質31進行修飾。然而，無須預先用揭:針對第二核酸鏈21進行修 飾。例如，可在才全測前不久施加{務飾、標記(labeling)等。雖然優 選能夠探測物理或化學檢測信號的物質，但是對探針的類型沒有特 別限制。除電介質31以外，可以使用所有已知的4笨針，例如具有 已知重量的珠、熒光物質、放射性物質以及插入劑。這是根據本發明第一方面的第一實施例的檢測核酸鏈Nl，其 中以上描述的第 一核酸鏈11和第二核酸鏈21以雙鏈形式存在。在圖1A和圖1B中，數字4指代特異性地結合至石威基序列區A 的預定物質。在預定物質是與堿基序列區A (其起適體作用)特異 性地結合或相互作用的物質的情況下，對可^皮4企測的預定物質4沒 有特別限制。實例可包括蛋白質、有機小分子、核酸、多聚復合物、 細月包、細月包組織、金屬離子、樣i生物、病毒等。在反應或相互作用的位置，準備檢測核酸鏈Nl用于反應或相 互作用(參見圖1A)。當預定物質4充滿(填充，charge)那里時， 堿基序列區A和預定物質4彼此結合，以便當預定物質4與堿基序 列區A之間的結合性比預定物質4與堿基序列B之間的結合性更具 優勢時，導致第二核酸鏈21的解離(如圖1B中所示)。結合性的強度可以通過改變堿基序列區A或B的長度和/或GC含量進行調 整。由于第二核酸鏈21其上攜帶用于其修飾(modification)的電 介質31，因此當第二核酸鏈21解離時，固相表面上的介電常數顯 著變化。因此，預定物質4可通過用表面等離子體共振傳感器 (surface plasmon resonance sensor, SPR4專感器)等須'J量介電常凄t的變^:而4企測。當第二核酸鏈21上攜帶的用于其修飾的探針是具有期望重量的珠時，預定物質4還可以通過按照石英晶體孩么量天平法(QCM 法)等測量重量變化而4企測。與通常使用的探針核酸不同，將根據本發明第一方面的第一實 施例的4企測核酸鏈N1^殳計為，使得僅形成雙鏈的第一核酸鏈11中 的堿基序列區A與預定物質4結合或相互作用，而形成雙鏈的其他 核酸《連，即，第二核酸鏈21，同時解離。因此，無須在預定物質4 上進行標記等。此外，預定物質4的4企測可通過測量解離的第二核 酸鏈21的變化，而非測量預定物質4本身的變化來實施。從而， 即使當預定物質4是小分子或為痕量時，也可以以高靈敏度4企測預 定物質4。接下來，將參照圖2A~圖2C,對才艮據本發明第一方面的第二 實施例的檢測核酸鏈N2和根據本發明第二方面的第二實施例的用 該才企測核酸鏈N2 4企測預定物質4A的方法進4于描述。才艮據本發明第一方面的第二實施例的檢測核酸鏈N2是以這樣 的形式，即作為第二核酸鏈22中的第二堿基序列區的堿基序列區D 與作為第一堿基序列區的堿基序列區互補地形成雙鏈，堿基序列區 D長于第一核酸鏈12中的堿基序列區C。此外，作為示例性探針的熒光物質32標記于第二核酸鏈22的一端。對熒光物質32的類 型沒有特別限制。然而，例如，可使用任何已知的熒光物質，例如 諸如Cy3或Cy5的焚光染料或諸如熒光素酶或GEP的熒光蛋白。與圖1A和圖1B中所示的第一實施例相類似，在反應或相互 作用的位置準備4企測核酸鏈N2用于反應或相互作用(參見圖2A )。 當預定物質4A充滿那里時，堿基序列區C和預定物質4A彼此結 合乂人而導致第二核酸鏈22的解離(如圖2B所示)。預定物質4A可通過對反應或相互作用的位置進4亍洗滌，然后 確定是否經予貞定》皮長的熒光-敫發光(fluorescence excitation light)而 發射出熒光來檢測。具體地描述，當存在與堿基序列區C結合或相 互作用的預定物質4A時，第二核酸鏈解離^f吏得如圖2C中所示，第 二核酸鏈22通過隨后的洗滌-故除去，并且即4吏當照射預定波長的 熒光激發光時也不發射熒光。當不存在與堿基序列區C結合或相互 作用的預定物質4A時，第二核酸鏈22不發生解離，且4企測核酸鏈 N2保持雙鏈形式。由于檢測核酸鏈N2不會經洗滌而被除去，因此 當照射預定波長的熒光激發光時發射出熒光。接下來參照圖3A和圖3B,在下文中將對根據本發明第一方面 的第三實施例的#企測核酸鏈N3和才艮據本發明第二方面的第三實施 例的用該4企測核酸鏈N3 4企測預定物質4B的方法進4于描述。才艮據本發明第一方面的第三實施例的4企測核酸鏈N3以這樣的 形式，即作為第二核酸鏈23中的第二堿基序列區的堿基序列區F 與作為第一核酸鏈13中的第一堿基序列區的堿基序列區E的一部 分互補地形成雙鏈。使用作為探針的是由熒光物質331和能夠猝滅 該熒光物質331的猝滅劑332所構成的探針。它被這樣設計，即熒 光物質331凈皮標記至第二核酸鏈23的一端，而猝滅劑332 #:標記 至第 一核酸鏈13的 一端，使得只要形成雙鏈即可捽滅熒光物質331 。與圖1A和圖IB以及圖2A-圖2C中所示的實施例相類似， 在反應或相互作用的位置中準備檢測核酸鏈N3用于反應或相互作 用，其中熒光物質331處于猝滅狀態(參見圖3A)。當預定物質4B 充滿那里時，石咸基序列區E和預定物質4B彼此結合以使第二核酸 鏈23解離(如圖3B所示)。第一核酸鏈13與第二核酸鏈23;f皮此解離后，熒光物質331和 猝滅劑332彼此分開，使得熒光物質331即將發射熒光。因此，對 經預定波長的熒光激發光而產生的熒光放射進行測量，使得可以檢 測予貞定物質4B。如第三實施例中的猝滅劑的使用可產生以下優點，即不再需要 如在圖2A~圖2C所示的第二實施例中所進行的洗滌步驟。以下將參照圖4A和圖4B,對根據本發明第一方面的第四實施 例的沖企測核酸鏈N4和才艮據本發明第二方面的第四實施例的用該沖企 測核酸鏈N4來檢測預定物質4C的方法進行描述。根據第四實施例的才僉測核酸鏈N4不固定在任何固相表面上， 而是以自由(游離)狀態存在。作為示例性的探針，使用插入劑34 并將其結合或吸附在石威基序列區G (作為第一核酸鏈14中的第一 石成基序列區)與石咸基序列區H (作為第二核酸鏈24中的第二石咸基 序列區)形成的互4卜鏈上。與圖1A和圖1B、圖2A~圖2C以及圖3A和圖3B中戶斤示的 實施例相類似，在反應或相互作用的位置中準備4企測核酸《連N4用 于反應或相互作用(參見圖4A)。當預定物質4C充滿那里時，石咸 基序列區G與預定物質4C 4皮此結合從而導致第二核酸鏈24的解 離(如圖4B中所示)。第一核酸鏈14與第二核酸鏈24彼此解離后，插入劑34也解 離。因此，在預定波長的熒光激發光等的照射下，測量熒光放射的 減少偵J尋可以;險測預定物質4C。圖5A和圖5B示出了4艮據本發明第二方面的第五實施例的用 于才企測予貞定物質4a、 4b之間的相互〗乍用的方法。在該第五實施例 中，將使用圖1A和圖1B中所示的沖企測核酸鏈N1作為檢測核酸鏈 進行描述。然而，第五實施例并不限于使用4企測核酸鏈N1。例如， 也可才艮據需要，使用上述才艮據第 一至第四實施例的4企測核酸鏈中的 任意一種。圖5A和圖5B中以標號4a示出的預定物質，只要其4安原才羊存 在就不能結合至石威基序列區A。然而，當它與其他j子貞定物質4b相 互作用時，其性能改變， -使得其可結合至石咸基序列區A。在反應或相互作用的位置中，準備檢測核酸鏈Nl與預定物質 4a用于反應或相互作用(參見圖5A)。當預定物質4b充滿那里時， 預定物質4a與預定物質4b之間發生相互作用。然后，如此相互作 用的預定物質4a、 4b結合至堿基序列區A從而導致第二核酸鏈21 的解離。由于第二核酸鏈21于其上攜帶電介質31用于其修飾，因此當 第二核酸鏈21解離時，固相表面上的介電常數顯著改變。因此， 預定物質4a和予貞定物質4b之間的相互作用可通過例如〗吏用表面等 離子體傳感器(SPR傳感器)等測量介電常數的變化而檢測。圖6A和圖6B為根據本發明第二方面的第六實施例的用于檢 測預定物質4與結合抑制物質5之間的相互作用的方法的示意圖。 在該第六實施例中，還將使用圖1A和圖1B中所示的4全測核酸鏈 Nl作為4企測核酸鏈而進4于描述。然而，第六實施例并不限于4吏用檢測核酸鏈Nl。例如，也可根據需要使用上述根據第一至第四實 施例的檢測核酸鏈中的任意一種。在圖6A中，結合抑制物質5抑制預定物質4與堿基序列區A 之間的結合。當結合抑制物質5從預定物質4解離，或結合抑制物 質5的功能在特定作用下喪失時，預定物質4結合至堿基序列區A 乂人而導致第二核酸鏈21的解離。由于第二核酸鏈21于其上攜帶電介質31用于其修飾，因此當 第二核酸鏈21解離時，固相表面上的介電常數顯著改變。因此， 結合抑制物質5從預定物質4上解離或結合抑制物質5的功能障礙 (functional failure)可以通過例4口^f吏用表面等離子體傳感器(SPR 傳感器)等測量介電常凄史的變化而4全測。根據第六實施例的方法可用于諸如結合抑制物質5的功能抑制 劑的篩選。當預定物質4以以下狀態存在，即，通過結合抑制物質 5抑制預定物質4結合于檢測核酸鏈Nl,尤其是石咸基序列區A (如 圖6A中所示)，然后供入一種未示出的能夠作為用于結合抑制物質 5的功能抑制劑的物質以抑制結合抑制物質5的功能時，該預定物 質結合至石咸基序列區A。這種結合導致第二核酸鏈21的解離，使 得固相表面上的介電常凄t顯著改變。由前述內容容易地理解，才艮據 本發明第一方面的第一實施例的檢測核酸鏈Nl可用于結合抑制物 質5的功能抑制劑的篩選。述的功能分析等。在下文中，將參照圖7A~圖7C對這樣的應用的 一個實例進行描述。圖7A~圖7C示出了才艮據本發明第二方面的第七實施例、如用 于適體功能的分析、預定物質結合于適體后的功能的分析或物質的篩選的用于4企測物質間結合或相互作用的方法。在該第七實施例中，還將4吏用圖1A和圖1B中所示的檢測核酸鏈N1，作為4企測核 酸鏈進4于描述。然而，第七實施例并不限于4吏用一企測核酸鏈Nl。 例如，也可根據需要，使用上述根據第一至第四實施例的檢測核酸 鏈中的任意一種。如上所述，在反應或相互作用的位置中準備才企測核酸鏈Nl用 于反應或相互作用(參見圖7A)。當預定物質4c充滿那里時，預 定物質4c和堿基序列區A彼此結合從而導致第二核酸鏈21的解離 (如圖7B中所示)。此時，預定物質4c結合至石咸基序列區A (其 起適體作用)可首先通過測量介電常lt等的變化而i正實。適體設置有與各種物質結合以影響它們的作用的功能。當預定 物質4c (其通常不與，例如物質61進行任何相互作用)與適體(石咸 基序列區A)結合后能夠與物質61相互作用時，該適體(堿基序 列區A)則^皮i人為具有將預定物質4c改變為可以與物質61相互作 用的物質4d的功能。雖然還不知道預定物質4c在與其適體結合后將提供什么功能， 但根據第七實施例的方法使得可以進行由預定物質4c與適體(堿 基序列區A)結合而獲得的物質4d的功能分析。如果可以確定預 定物質4c在其與適體U咸基序列區A)結合后能夠與物質61相互 作用(如圖7C中所示)，則由預定物質4c結合至適體(堿基序列 區A)而產生的物質4d^皮i人為具有如允i午其與物質61相互作用的 這樣的性能。此外，上述方法原理的4吏用還使;得可以進4亍由預定物質4c與 適體(堿基序列區A)的相互作用而可獲得的物質61的篩選。在上述應用中，物質61與物質4c之間相互作用的存在與否可 通過傳統已知的方法而確定。由于通過物質61與物質4d之間相互 作用重量發生改變，因此該相互作用可通過石英晶體微量天平法 (QCM法)等來才企測。該相互作用也可通過將標記物質(例如熒 光物質、》文射性物質或插入劑)結合或吸附在物質61或物質4d上 的方法，或者通過如PRET原理中，物質間的相互作用可導致來自 物質61或物質4d本身的熒光的顏色等發生變化的方法而得到4企 測。本領域的技術人員應當理解，可以根據設計要求和其它因素進 行各種變更、組合、子組合以及改變，只要它們在所附權利要求或 其等同物的范圍內。
權利要求
1.一種檢測核酸鏈，包括第一核酸鏈，所述第一核酸鏈具有能夠起適體作用的第一堿基序列區，以及第二核酸鏈，所述第二核酸鏈具有第二堿基序列區，所述第二堿基序列區與所述第一堿基序列區互補并與所述第一堿基序列區形成互補鏈，其中，所述檢測核酸鏈這樣設計，使得當預定物質與所述第一堿基序列區相互作用時，所述第一堿基序列區和第二堿基序列區形成的所述互補鏈解離為單鏈。
2. 根據權利要求1所述的檢測核酸鏈，進一步包括可用于檢測所 述第一和第二互補石威基序列區形成的所述互補鏈離解為所述 單鏈的探針。
3. 根據權利要求2所述的檢測核酸鏈，其中，所述探針是保持在 所述第二核酸鏈上并可以產生4企測信號的物質。
4. 根據權利要求3所述的檢測核酸鏈，其中，所述物質是電介質。
5. 根據權利要求3所述的檢測核酸鏈，其中，所述物質是熒光物 質。
6. 根據權利要求2所述的檢測核酸鏈，其中，所述探針包括熒光物質，所述熒光物質標記在所述第二核酸鏈上，以及猝滅劑，所述猝滅劑標記在所述第一核酸鏈上并能夠在 所述第 一堿基序列區和第二堿基序列區形成的所述互4卜鏈存 在時猝滅所述熒光物質。
7. —種通過至少使用根據權利要求1所述的檢測核酸鏈，檢測能 夠起適體作用的第 一堿基序列區與預定物質之間的相互作用 的方法。
8. 根據權利要求7所述的方法，其中，所述第一核酸鏈的一端固 定在固相表面上。
9. 根據權利要求7所述的方法，其中，通過測量可由保持在所述 第二核酸鏈上的電介質獲得的介電常H的變化來4全測所述互 補鏈解離為所述單鏈。
10. 根據權利要求7所述的方法，其中，通過測量所述檢測核酸鏈 的重量的變化來檢測所述互補鏈解離為所述單鏈。
11. 根據權利要求7所述的方法，其中，通過測量來自結合或吸附 在所述檢測核酸鏈中的所述第 一堿基序列區和第二堿基序列 區的所述互補鏈上并能夠發射焚光的插入劑的焚光強度的降 低來檢測所述互補鏈解離為所述單鏈。
全文摘要
本文公開了一種檢測核酸鏈，該檢測核酸鏈包括第一核酸鏈，其具有能夠起適體作用的第一堿基序列區，以及第二核酸鏈，其具有第二堿基序列區，該第二堿基序列區與第一堿基序列區互補且與第一堿基序列區形成互補鏈，其中，所述檢測核酸鏈這樣設計，使得當預定物質與第一堿基序列區相互作用時，第一和第二堿基序列區形成的互補鏈解離為單鏈。本發明還公開了一種檢測物質間結合或相互作用的方法。
文檔編號C12Q1/68GK101307360SQ200810098110
公開日2008年11月19日 申請日期2008年5月13日 優先權日2007年5月14日
發明者上野雅嗣, 渡部祐己 申請人:索尼株式會社