專利名稱：一種選擇復(fù)合聚合酶鏈反應(yīng)引物的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及一種對(duì)核酸分子進(jìn)行擴(kuò)增的方法，特別是涉及一種選擇復(fù)合聚合酶鏈反應(yīng)引物的方法。
對(duì)核酸分子進(jìn)行擴(kuò)增一般采用聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)，用PCR可把一個(gè)脫氧核糖核酸(DNA)分子擴(kuò)增成數(shù)量巨大的同一分子。核糖核酸(RNA)經(jīng)轉(zhuǎn)錄成脫氧核糖核酸后，也可用PCR進(jìn)行擴(kuò)增。進(jìn)行PCR反應(yīng)時(shí)，需有二個(gè)對(duì)靶分子具專一性的DNA小分子作為反應(yīng)的引物(引物對(duì))。引物的作用是與靶分子雜交，并以其3′末端為起點(diǎn)，復(fù)制靶分子，從而使一個(gè)靶分子變成二個(gè)靶分子。反復(fù)此一過(guò)程就可實(shí)現(xiàn)靶分子的擴(kuò)增。PCR反應(yīng)還可同時(shí)對(duì)多個(gè)靶分子進(jìn)行擴(kuò)增，即復(fù)合聚合酶鏈反應(yīng)。進(jìn)行復(fù)合PCR時(shí)，引物對(duì)的數(shù)量與需擴(kuò)增的靶分子的種類數(shù)量相等。由于堿基G與C的配對(duì)穩(wěn)定性比A與T配對(duì)的穩(wěn)定性強(qiáng)，它們的穩(wěn)定性可用不同的數(shù)值表示，這種數(shù)值可定義為堿基對(duì)的特征值。堿基在引物中位置的重要性也可數(shù)值化，即定義為加權(quán)值，在選擇引物時(shí)，現(xiàn)有的方法是根據(jù)引物的堿基組成計(jì)算相應(yīng)雜交分子的穩(wěn)定性、引物本身的二級(jí)結(jié)構(gòu)和引物之間的相互作用。但較少考慮引物的引導(dǎo)復(fù)制能力(即延伸性)。在進(jìn)行復(fù)合PCR反應(yīng)時(shí)，尚無(wú)方法確定引物對(duì)之間的延伸性關(guān)系。根據(jù)現(xiàn)有的方法選擇引物，常遇到的困難是取得等量的擴(kuò)增產(chǎn)物，例如某些靶分子的擴(kuò)增產(chǎn)物會(huì)遠(yuǎn)大于其它靶分子的擴(kuò)增產(chǎn)物，這種非平衡性的擴(kuò)增在分子診斷中會(huì)造成誤診，是有待解決的技術(shù)難題。
本發(fā)明的目的是提供一種選擇復(fù)合聚合酶鏈反應(yīng)引物的方法，即用引物的延伸性指導(dǎo)引物的選擇，以促進(jìn)多產(chǎn)物的平衡擴(kuò)增。
一種選擇復(fù)合聚合酶鏈反應(yīng)引物的方法，包括計(jì)算引物的延伸性和引物對(duì)的延伸性的平均值和差值，其特征是所述的延伸性是堿基對(duì)特征值和加權(quán)值的積的總和，并根據(jù)引物對(duì)的延伸性的平均值和差值對(duì)引物進(jìn)行選擇或組合，使同一組的引物對(duì)具有相近的延伸性平均值和差值。
本發(fā)明的優(yōu)點(diǎn)是進(jìn)行復(fù)合PCR時(shí)在同一反應(yīng)中得到相等或接近相等的不同產(chǎn)物，提高反應(yīng)結(jié)果的可靠性及相關(guān)診斷的準(zhǔn)確性。
下面通過(guò)實(shí)施例說(shuō)明本發(fā)明。
對(duì)一百個(gè)靶分子進(jìn)行復(fù)合聚合酶鏈反應(yīng)，用已知的常規(guī)辦法設(shè)計(jì)出一百個(gè)引物對(duì)(共二百個(gè)引物)，希望用盡可能少的反應(yīng)器進(jìn)行平衡的復(fù)合PCR，以降低反應(yīng)成本。設(shè)一引物的結(jié)構(gòu)為5′-ACGTCTTGCATCTGAACCT-3′，并設(shè)A與T的特征值為1，G與C的特征值為2，倒數(shù)第一個(gè)位置的加權(quán)值為10，倒數(shù)第二位為7，倒數(shù)三、四、五、六位的加權(quán)值分別為5、3、2、1，引物的可延伸性則為
3′T C C A AG(10×1)+(7×2)+(5×2)+(3×1)+(2×1)+(1×2)＝41同一引物對(duì)的另一引物的可延伸性可用同樣的方法進(jìn)行計(jì)算。它們之間的平均值及差值也可計(jì)算而得。用同一方法，其它九十九引物對(duì)的平均值及差值因此可依此法求得。再分別計(jì)算出一百個(gè)引物對(duì)的延伸性平均值與差值后，分別比較它們的大小，根據(jù)平均值的大小把所有引物對(duì)分成二組，在每一組中再根據(jù)差值大小分成二小組。這樣，一百個(gè)引物對(duì)就被分成四組用于四個(gè)復(fù)合PCR反應(yīng)，從而得到最佳反應(yīng)效果。
另一實(shí)施方法是先設(shè)定延伸性的平均值和差值范圍然后用電腦在靶分子的序列中找出相應(yīng)的引物位置，由此確定引物序列，最后把數(shù)值接近的引物組成在一起，用于復(fù)合PCR反應(yīng)。
權(quán)利要求
1.一種選擇復(fù)合聚合酶鏈反應(yīng)引物的方法，包括計(jì)算引物的延伸性和引物對(duì)的延伸性的平均值和差值，其特征是所述的延伸性是堿基對(duì)特征值和加權(quán)值的積的總和，并根據(jù)引物對(duì)的延伸性的平均值和差值對(duì)引物進(jìn)行選擇或組合，使同一組的引物對(duì)具有相近的延伸性平均值和差值。
全文摘要
一種選擇復(fù)合聚合酶鏈反應(yīng)引物的方法,包括計(jì)算引物的延伸性和引物對(duì)的延伸性的平均值和差值,其特征是所述的延伸性是堿基對(duì)特征值和加權(quán)值的積的總和,并根據(jù)引物對(duì)的延伸性的平均值和差值對(duì)引物進(jìn)行選擇或組合,使同一組的引物對(duì)具有相近的延伸性平均值和差值。本發(fā)明的優(yōu)點(diǎn)是進(jìn)行復(fù)合PCR時(shí)在同一反應(yīng)中得到相等或接近相等的不同產(chǎn)物,提高反應(yīng)結(jié)果的可靠性及相關(guān)診斷的準(zhǔn)確性。
文檔編號(hào)C12P19/00GK1351173SQ0012398
公開(kāi)日2002年5月29日 申請(qǐng)日期2000年10月28日 優(yōu)先權(quán)日2000年10月28日
發(fā)明者吳昌, 吳明 申請(qǐng)人:吳昌, 吳明